papper 0.6.6__py3-none-win_amd64.whl

pandoc_manuscript/__init__.py

@@ -0,0 +1,49 @@
+"""Command-line helpers for Papper's Markdown-first manuscript workflow."""
+
+from __future__ import annotations
+
+import importlib.metadata as importlib_metadata
+import json
+
+_DIST_NAME = "papper"
+_UNKNOWN_VERSION = "0+unknown"
+
+
+def _installed_version() -> str:
+    """Read the installed package version so CLI output follows release metadata."""
+    try:
+        return importlib_metadata.version(_DIST_NAME)
+    except importlib_metadata.PackageNotFoundError:
+        return _UNKNOWN_VERSION
+
+
+__version__ = _installed_version()
+
+
+def _direct_url_commit_id() -> str | None:
+    """Return the installed Git commit id recorded by PEP 610 metadata."""
+    try:
+        direct_url_text = importlib_metadata.distribution(_DIST_NAME).read_text("direct_url.json")
+    except importlib_metadata.PackageNotFoundError:
+        return None
+    if not direct_url_text:
+        return None
+    try:
+        direct_url = json.loads(direct_url_text)
+    except json.JSONDecodeError:
+        return None
+    commit_id = direct_url.get("vcs_info", {}).get("commit_id")
+    return commit_id if isinstance(commit_id, str) and commit_id else None
+
+
+def runtime_cache_version() -> str:
+    """Return a cache key version that changes for Git-installed revisions."""
+    commit_id = _direct_url_commit_id()
+    if commit_id:
+        return f"{__version__}+git.{commit_id}"
+    return __version__
+
+__all__ = [
+    "__version__",
+    "runtime_cache_version",
+]

pandoc_manuscript/_template/.agents/bib-metadata-rebuild/SKILL.md

@@ -0,0 +1,228 @@
+---
+name: bib-metadata-rebuild
+description: 当需要系统检查或重建 `.bib` 参考文献条目的元数据时，应使用此技能，尤其适用于作者姓名格式不规范、期刊或会议信息放错字段、年份或页码可疑、以及需要优先依据 DOI 或官方 API 纠正 BibTeX 条目的情况。
+---
+
+# Bib 元数据重建
+
+处理 `references.bib` 或用户指定的 `.bib` 文件，按“优先依据 DOI 官方记录重建条目，而不是只修补局部字段”的原则，系统检查并规范参考文献元数据。
+
+## 适用场景
+
+- 用户明确要求检查 `.bib` 元数据错误
+- 用户指出作者姓名格式、题名、期刊、卷期页码、条目类型或字段位置不标准
+- 用户要求“根据 DOI 重构”“从头整理”“调用 API 确认”
+- 现有 `.bib` 大量使用 `@misc + note` 混装期刊或会议信息
+
+## 总体原则
+
+1. 优先保留现有 cite key，除非用户明确要求重命名
+2. 对有 DOI 的条目，优先使用 DOI 内容协商或官方元数据重建，而不是手工补丁式修改
+3. 对无 DOI 的条目，先按题名搜索正式 DOI；实在找不到时再保留为次优来源
+4. 目标是生成“字段位置正确、类型合理、作者姓名规范、核心元数据完整”的 BibTeX，而不是只让文献“勉强能用”
+5. 除软件手册等特殊条目外，尽量保证每条文献都有 `doi` 和 `url`
+
+## 工作流程
+
+### 1. 盘点全表
+
+先通读整个 `.bib` 文件，识别以下情况：
+
+- 条目总数、键名模式、是否存在重复 key
+- 哪些条目已有 DOI
+- 哪些条目缺 DOI 但可能是正式论文
+- 哪些条目是软件、手册、预印本、会议论文、期刊论文、书章节
+- 哪些条目把 `journal`、`booktitle`、`pages`、`volume`、`number` 塞进了 `note`
+
+优先把条目分为三类：
+
+- `有 DOI，可直接重建`
+- `无 DOI，但可通过题名补查 DOI`
+- `无 DOI，且应保留为手工整理条目`
+
+### 2. 依据 DOI 抓取权威元数据
+
+对有 DOI 的条目，优先尝试 DOI 内容协商：
+
+```bash
+curl -L -H 'Accept: application/x-bibtex; charset=utf-8' "https://doi.org/<DOI>"
+```
+
+必要时改用 Citeproc JSON：
+
+```bash
+curl -L -H 'Accept: application/citeproc+json' "https://doi.org/<DOI>"
+```
+
+可接受的数据源优先级：
+
+1. `doi.org` 内容协商返回的 BibTeX 或 Citeproc JSON
+2. Crossref API
+3. 出版社落地页
+4. arXiv 官方 DOI 或 arXiv API
+
+如果 DOI 落地页不是标准 Crossref/出版社返回，而是中文中转页或多重解析页，至少提取并核对：
+
+- 正式题名
+- 作者列表
+- 期刊或会议名称
+- 年份
+- 卷期页码
+- DOI 本身
+
+### 3. 重建条目，而不是局部修补
+
+对每个 DOI 条目，尽量用官方返回结果重建完整条目内容，同时保留原 cite key。
+
+常见类型建议：
+
+- `@article`：期刊论文
+- `@inproceedings`：会议论文
+- `@incollection`：Springer/ECCV 这类书章节式会议论文
+- `@misc`：arXiv 预印本
+- `@manual`：软件手册
+
+优先保留的核心字段：
+
+- `author`
+- `title`
+- `journal`
+- `booktitle`
+- `publisher`
+- `year`
+- `volume`
+- `number`
+- `pages`
+- `doi`
+- `url`
+
+一般应移除或谨慎保留的噪声字段：
+
+- `note` 中被错误混装的期刊或会议信息
+- `issn`
+- `isbn`
+- `keywords`
+- `abstract`
+- `copyright`
+- `collection`
+- `series`
+
+### 4. 规范字段位置
+
+重点检查并改正以下问题：
+
+- 期刊名应在 `journal`，不要塞在 `note`
+- 会议名应在 `booktitle`
+- 书章节式会议论文优先用 `@incollection`
+- 卷号在 `volume`，期号在 `number`
+- 页码或文章号在 `pages`
+- DOI 在 `doi`
+- DOI 跳转地址在 `url`
+
+如果原条目类似这样：
+
+```bibtex
+@misc{key,
+  title = {...},
+  year = {...},
+  note = {Journal 12, 123--130},
+  doi = {...}
+}
+```
+
+应重构为：
+
+```bibtex
+@article{key,
+  author = {...},
+  title = {...},
+  journal = {...},
+  year = {...},
+  volume = {...},
+  pages = {...},
+  doi = {...},
+  url = {...}
+}
+```
+
+### 5. 规范作者姓名
+
+作者字段不要保留缩写式或不稳定的拼法，优先采用 DOI 官方记录中的完整姓名。
+
+目标格式：
+
+```bibtex
+author = {Family, Given and Family, Given and Family, Given}
+```
+
+注意：
+
+- 保留重音符号、变音符号和连字符
+- `Jr.`、`del`、`van`、`de` 等姓名成分要谨慎处理
+- 不要把作者列表写成逗号分隔的一整串文本
+- 中文期刊若 DOI 不返回可解析 BibTeX，可保留中文作者姓名，但仍要使用标准 `and` 连接
+
+### 6. 处理无 DOI 条目
+
+对无 DOI 条目，按以下顺序处理：
+
+1. 先按完整题名搜索 Crossref
+2. 对计算机视觉/机器学习论文，再查 arXiv DOI `10.48550/arXiv.*`
+3. 如果题名搜索到正式会议 DOI，用正式会议记录替换原临时写法
+4. 如果仍无正式 DOI，再根据来源保留为：
+   - `@misc`：预印本
+   - `@manual`：软件/文档
+   - `@book` / `@incollection`：确实属于书籍或章节时
+
+### 7. 特殊条目处理
+
+**arXiv 预印本：**
+
+- 可使用 `10.48550/arXiv.*`
+- 一般整理为 `@misc`
+- `publisher = {arXiv}`
+- `url = {https://arxiv.org/abs/<id>}`
+
+**软件或手册：**
+
+- 优先使用 `@manual`
+- 用 `organization` 或 `publisher` 表示机构
+- 不要伪装成期刊论文
+
+**中文期刊 DOI：**
+
+- 如果 DOI 不返回标准 BibTeX，而是跳到中转页，手工提取题名、作者、期刊、卷期页码
+- 若能确认是正式期刊，优先整理为 `@article`
+
+### 8. 收尾校验
+
+修改完成后，至少检查：
+
+- 所有 cite key 是否保持稳定
+- 非手册条目是否都具备 `doi`
+- 是否还残留大量 `@misc + note` 的伪期刊条目
+- 是否还存在 `&amp;`、乱码、HTML 实体、奇怪的长破折号
+- 是否还有 `collection`、`series` 等明显无助于当前稿件输出的字段
+- 会议论文和书章节的条目类型是否合理
+- 作者字段是否为 BibTeX 可解析的标准格式
+
+## 推荐输出方式
+
+如果用户要你直接改文件：
+
+1. 先批量重建
+2. 再做一轮人工清洗
+3. 最后给出简短总结：修了哪些类型的问题、哪些条目是人工兜底
+
+如果用户要你先审查不改：
+
+- 先列出高风险问题条目
+- 再说明哪些可以通过 DOI 自动重建
+- 最后指出少数需要人工确认的条目
+
+## 完成标准
+
+- `.bib` 的主要条目已按 DOI 或官方记录重建
+- 作者姓名、期刊/会议字段、卷期页码、DOI、URL 的位置正确
+- 大部分不规范的 `@misc + note` 条目已转成更合适的标准类型
+- 只有确实无法标准化的条目才保留为手工整理形式

pandoc_manuscript/_template/.agents/manuscript-review/SKILL.md

@@ -0,0 +1,114 @@
+---
+name: manuscript-review
+description: "提升以 Pandoc Markdown 编写的学术论文最初稿时，应使用此技能。它会根据学术写作规范检查结构、写作风格和格式，并给出具体、可执行的修改建议。不要用于根据审稿意见或者其他具体的意见对论文进行修改的场景。"
+--- 
+
+# 稿件审阅
+
+审阅当前稿件文件中的学术写作质量问题。先通读稿件，再按照下列规范的优先级依次检查，最后给出带位置标注的具体问题和修改建议。
+
+## 审阅流程
+
+1. 阅读完整稿件文件（`manuscript.md` 或用户指定的文件）
+2. 按照下方优先级顺序逐项检查各条规范
+3. 按优先级分组报告发现的问题，并附上文件位置和具体修改建议
+4. 如果用户同意，再应用这些修改
+
+## 优先级 1：关键结构问题
+
+这些问题会影响整篇文稿，应优先处理。
+
+**1.1 引言与相关工作分离**
+- 引言和相关工作必须合并为一个统一的 Introduction
+- 建议结构：问题/研究动机 → 传统方法 → 带引用的现代方法 → 研究空白 → 本文贡献 → 论文组织
+
+**1.2 引言内部出现小节**
+- Introduction 必须是连贯叙述，不能包含任何 `##` 标题
+- 删除所有子小节，并重组为自然衔接的段落
+
+**1.3 过多使用 `###`（三级标题）**
+- 将其改写为带过渡语的叙述性段落
+- 可使用“First, ...”“Subsequently, ...”“Building upon this, ...”等表达连接主题
+
+## 优先级 2：主要行文流畅性问题
+
+在结构正确之后再处理这些问题。
+
+**2.1 伪标题**：将加粗文本当作标题使用
+
+识别模式：段首出现 `**Label**: content...`。应改写为自然叙述。
+
+修改前：
+```markdown
+**Data Collection**: We collected data from multiple sources...
+
+**Data Cleaning**: The data was preprocessed by removing outliers...
+```
+
+修改后：
+```markdown
+Data was collected from multiple sources including sensor networks and historical
+records. The raw data underwent preprocessing to remove outliers and handle missing
+values through interpolation.
+```
+
+**2.2 列表过多的写法**：用简短项目符号代替段落
+
+应使用枚举式衔接语将其改写为叙述性段落。
+
+修改前：
+```markdown
+The procedure includes:
+- Data preprocessing
+- Feature extraction
+- Model training
+```
+
+修改后：
+```markdown
+The procedure consists of three main stages. First, data preprocessing cleans
+and normalizes the input. Second, feature extraction captures discriminative
+characteristics. Third, model training optimizes the objective function.
+```
+
+**2.3 重复的图表引导句式**
+
+识别：段落以 `@fig:label shows/presents/illustrates...` 开头。
+
+修改方式：先写叙述内容，再在句末或段末放置图引用。
+```markdown
+The experimental results demonstrate superior performance, with the proposed
+method achieving 95% accuracy, as shown in @fig:results.
+```
+
+表达可适当变化，例如“as shown in”“depicted in”“presented in”，或使用括号形式 `(@fig:label)`。
+
+## 优先级 3：次要格式问题
+
+在结构和行文流畅性修正完成后再进行润色。
+
+**3.1 过度使用加粗**
+- 允许：表格中的最优结果、贡献陈述中的作者名称
+- 不允许：正文强调、列表项标签、伪标题
+
+**3.2 交叉引用语法错误**
+- 检查所有 `@fig:`、`@tbl:`、`@eq:`、`@sec:` 引用是否都指向有效标签
+
+**3.3 引文格式**
+- 括号式引用：`[@key]` 或 `[@key1; @key2]`
+- 叙述式引用：`@key showed that...`
+
+## 附加检查项
+
+**段落质量：**
+- 每段应有 3-7 句，围绕一个中心思想展开，并以主题句开头
+- 标记单句段落（过渡段除外）
+- 标记过长段落（超过 10 句）
+
+**章节结构：**
+- Introduction：不设子小节，并整合相关工作
+- Methods/Results/Discussion：允许子小节，但每节最多建议 3-5 个
+- Conclusion：通常不设子小节
+
+**编号列表：**
+- 每一项都应是完整句子或完整段落，而不是简短词组