paper-harness-cli 0.1.0__py3-none-any.whl

paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/METADATA

@@ -0,0 +1,128 @@
+Metadata-Version: 2.4
+Name: paper-harness-cli
+Version: 0.1.0
+Summary: CLI kernel for bootstrapping and maintaining paper-harness projects
+Project-URL: Homepage, https://github.com/Nkzono99/paperops
+Project-URL: Repository, https://github.com/Nkzono99/paperops
+Project-URL: Issues, https://github.com/Nkzono99/paperops/issues
+Author: paperops maintainers
+Requires-Python: >=3.11
+Description-Content-Type: text/markdown
+
+# paperops
+
+`paperops` は、AI エージェントと論文を書くためのプロジェクトハーネスである。
+
+人間が `template/` を手でコピーして使う道具ではない。主導線は `pops` CLI で、Agent が安全に project state を初期化・診断・更新するための execution kernel として扱う。
+
+## 最小セットアップ
+
+新規論文プロジェクト:
+
+```sh
+uvx --from paper-harness-cli pops init paper-my-topic
+cd paper-my-topic
+pops setup
+pops doctor
+```
+
+既存プロジェクトを CLI 管理へ寄せる:
+
+```sh
+cd paper-my-topic
+pops migrate --apply
+pops doctor
+```
+
+`template/` はこのリポジトリ内の source of truth であり、`paper-harness-cli` パッケージに bundled scaffold として同梱される。
+
+## AI 前提の作業ループ
+
+日常運用の主役は、CLI そのものではなく Agent との会話である。
+
+1. 人間が論文トピック、制約、投稿先候補、判断を伝える。
+2. Agent が `notes/project-brief.md`、`notes/claim-evidence-map.md`、`manuscript/venue.md` を整える。
+3. `pops` が init / setup / doctor / update-harness のような決定的操作を担う。
+4. 原稿は `manuscript/ja` を中心に進め、必要な block を `manuscript/en` へ同期する。
+5. 共有前に `make ci`、投稿前に `make pre-submit` でハーネスのゲートを通す。
+6. 再利用可能な摩擦は `/feedback-paper-harness` で上流 `paperops` に戻す。
+
+CLI の詳細は [`docs/cli.md`](docs/cli.md) を参照する。
+
+## コア設計思想
+
+- `template/` は個別論文リポジトリに展開される scaffold の source of truth。
+- `src/paperops/` は `template/` を展開・診断・更新する薄い CLI。
+- `notes/` はセッション継続性、主張・証拠、読者モデル、AI 利用ログの共有 memory。
+- `manuscript/ja` と `manuscript/en` は block ID で対応するバイリンガル原稿。
+- `refs/` は raw PDF 置き場ではなく、キュレーション済みの参照知識層。
+- `submission/<venue>/` は投稿先公式テンプレートと最終提出用 TeX の隔離スロット。
+- `pops update-harness` はハーネス管理ファイルだけを扱い、下流固有の `manuscript/`、`notes/`、`refs/`、`submission/` を自動上書きしない。
+
+## リポジトリ構成
+
+- `src/paperops/`: `pops` CLI
+- `template/`: 論文プロジェクトに展開される scaffold
+- `.github/workflows/`: 下流論文リポジトリから呼び出し可能な再利用可能 GitHub Actions workflow
+- `.github/ISSUE_TEMPLATE/`: テンプレート改善、スキル要求、構造変更の Issue フォーム
+- `.claude/skills/`, `.agents/skills/`: テンプレート保守用 skill
+- `docs/`: アーキテクチャ、変更ポリシー、トリアージルール、CLI と配布方針
+- `tests/`: `pops` CLI の最小 smoke tests
+
+## スキャフォールドが最適化するもの
+
+- `refs/`: 生の PDF 置き場ではなく共有知識層として活用
+- `notes/`: セッション引き継ぎ、主張・証拠、読者モデル、AI 利用ログ、継続性の状態管理
+- 日本語・英語の原稿をブロックレベルのミラーとして追跡
+- `submission/<venue>/`: 投稿先公式テンプレートと最終提出用 TeX の分離
+- `manuscript/publication-metadata.toml`、`notes/ai-use.md`、`notes/reproducibility.md`: 公開メタデータ、AI 利用開示、計算環境、図表 provenance の投稿前確認
+- `make pre-submit`: `make ci` に加えて引用サマリー、submission slot、スタータープレースホルダー、workflow 参照、公開メタデータ不足を検出
+- `make citation-check`: TeX 本文中の citation key と `.bib` の不整合を早期検出
+- `make public-terms-check` / `make claim-evidence-check`: 内部語の公開本文混入と supported claim の evidence 対応を早期検出
+- `make mirror-freshness-check` / `make submission-drift-check`: 日英 block の同期鮮度と投稿版への科学的変更戻し忘れを点検
+- `make skill-mirror-check`: `.agents/skills/` が `.claude/skills/` の同名 source of truth を参照しているかを点検
+- `scripts/build-ja.sh` / `scripts/build-en.sh`: `\input` / `\include` / `\includegraphics` / bibliography / style 参照の構造検証を行い、TeX 環境があれば PDF ビルドへ進む
+- 下流論文リポジトリ用の Issue フォーム: 原稿レビュー、エビデンス不足、ハーネス摩擦を分けて収集
+- テンプレート自体の再利用可能な保守ワークフロー
+- プロジェクトローカルの Claude / Codex スキル、フック、運用ルール
+
+## CLI
+
+```sh
+pops init paper-my-topic
+pops setup
+pops doctor
+pops update-harness --dry-run
+pops migrate --apply
+pops feedback
+pops version
+```
+
+このコマンド面は将来の CLI 標準化前の最小形である。標準化までは、実装を小さく保ち、既存 skill と Makefile の運用を壊さないことを優先する。
+
+## PyPI 公開
+
+`paper-harness-cli` は release publish または手動 dispatch で PyPI に公開する。
+GitHub Actions の `PyPI 公開` workflow は distribution を build / check し、PyPI Trusted Publishing で `paper-harness-cli` にアップロードする。
+PyPI 側では trusted publisher として、この repository、workflow `.github/workflows/publish-pypi.yml`、environment `pypi` を設定しておく。
+
+## 開発と検証
+
+テンプレートは完全な TeX 環境を前提とせず、軽量なローカルチェックを提供する。
+`scripts/build-ja.sh` と `scripts/build-en.sh` は `latexmk` が利用可能な場合はコンパイルを行い、そうでなければ `scripts/check-tex-structure.py` による構造検証にフォールバックするため、クリーンなランナーでも CI が執筆ハーネスを実行できる。
+想定されるローカルセットアップは、リポジトリローカルの `.venv` 内の `python3.11` である。
+
+```sh
+make venv
+make smoke
+python -m pip wheel . --no-deps -w .codex-tmp/wheelhouse
+```
+
+## 上流リファレンス
+
+フックと設定のレイアウトは Anthropic の Claude Code ドキュメントのプロジェクト設定とフックに準拠しており、GitHub 自動化ファイルは GitHub の再利用可能ワークフローと Issue フォームのドキュメントに準拠している:
+
+- https://code.claude.com/docs/en/settings
+- https://code.claude.com/docs/en/hooks
+- https://docs.github.com/en/actions/reference/workflows-and-actions/reusing-workflow-configurations
+- https://docs.github.com/en/enterprise-cloud@latest/communities/using-templates-to-encourage-useful-issues-and-pull-requests/syntax-for-issue-forms

paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/RECORD

@@ -0,0 +1,142 @@
+paperops/__init__.py,sha256=Kz7cTiQApLrUnixAgRbxyRXd1twp-OmFB-dn8fR6HIw,122
+paperops/cli/__init__.py,sha256=D4LlmHpzncV-Te3Ydw-HjPS-vNFzJripV4n8vU2jens,36
+paperops/cli/main.py,sha256=S0oqKJBVSpbzx6V56pDTpjc2G-RgODgB-feN8HpRFhc,21176
+paperops/_data/scaffold/.gitattributes,sha256=4bGPXDIDFo2JwRwa62tTzx7ecP_1eBeCA4fO8cTQbc8,89
+paperops/_data/scaffold/.gitignore,sha256=1SZzH1j9VK2IW0EuDEUzcTTI4OFe1YK3uNMFI7cLCSs,339
+paperops/_data/scaffold/AGENTS.md,sha256=ac7lU6jZ4kq6db3sw6BZPSOUNxaZxhdPQ9SjZLPH9G4,10128
+paperops/_data/scaffold/CLAUDE.md,sha256=vkuXiQ76Gsq8DXtrjsLwfAlKGOR9slJxF3qSkufNpL8,10140
+paperops/_data/scaffold/Makefile,sha256=taYy_qYKJMr69tsKReUnPlI0cyxl9biOTCb2shjbbCI,1894
+paperops/_data/scaffold/README.md,sha256=zO1k4TLYeqYp5D-S2i3657fejjpUkgiIiqW_yP5dX-M,5181
+paperops/_data/scaffold/TROUBLESHOOTING.md,sha256=WPZdDDD2enEev5XNK9S7YApIRf6HUvtvsJ0rDlZiFn8,1281
+paperops/_data/scaffold/tex-env.example.toml,sha256=TWj6OtyQ9FgI3xREi7q6c41DaoaE0510vhVxgDdMGxs,445
+paperops/_data/scaffold/.agents/README.md,sha256=yaTIaVc5P4miZJWRhlxhOt74Wtjt8z3NlCcuZ3sjm-o,627
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/ai-disclosure-check/SKILL.md,sha256=eAcrKIYwsn8W4DAR9MFgVlij2XYvy8LOcMSH0CbnsXI,570
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/calibrate-claims/SKILL.md,sha256=TQjPM7HBmwHOeQREwKB5reIShnhjgzG8PDFoZ6e-sG8,591
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/collect-manuscript-review/SKILL.md,sha256=JMPSs7y4HTe7kYJcMFpICt855g_mtCmv5Augakuvd2s,1081
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/design-manuscript-claims/SKILL.md,sha256=vCMBFiqhhEJoDPHb6VbpVcNHD95BJU_KAelO_GsfYjU,1214
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/feedback-paper-harness/SKILL.md,sha256=Mhk7myRGTp5WfWqoOg-7INIsj6gS5_4RzI6ZIwBMCiw,752
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/figure-story-audit/SKILL.md,sha256=zZgkS9AhbNv-3fs65rwFpSykGVfBJLKYRGiYaPnQ1iU,546
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/import-manuscript/SKILL.md,sha256=nLacqe3jsuC2h8gmTCfiE9f7PqLF0R6_3VIxTNHZeqk,748
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/improve-writing-harness/SKILL.md,sha256=0P62FAnY6dE_5ztaSSXgPgIIl2IYPyPnrrAjvQLShVs,720
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/note-writing-session/SKILL.md,sha256=DJW67c1J2M1_e8Mr5z_1lehj-Y42kh_TKHIfua3e5d8,736
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/paragraph-surgery/SKILL.md,sha256=J8FnUHFjhsNKr_YBGi8f5hx9GLulsB0cI_cfMqYtnv0,557
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/public-terminology-pass/SKILL.md,sha256=ovEJZivKGUlnqhip2mGNmih-i-uybLomndcHKst7JJo,543
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/pull-template-updates/SKILL.md,sha256=fs0As7NUkV-qzk3D8dytwi6zqJETIp96n6JnjTkC-kE,1320
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/resolve-local-paths/SKILL.md,sha256=o-0CMeMvubOS_dMfWEBj_9hOaoOEtnBrKbkJaA27uR8,602
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/resume-session/SKILL.md,sha256=YG5T0QMEzgFxOLLpWLUBi29MYVRw_bD5k-5sHr98cwU,754
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/review-public-manuscript/SKILL.md,sha256=FhrnixWXgtZKcck71vJbzj5uGGRyYWSyzouSabGHZIw,1742
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/setup/SKILL.md,sha256=isNaeRLP8Th_xagD-mc-C7LbqRS5TEy_fb-8iDbXHsY,1310
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/start-manuscript-review/SKILL.md,sha256=7uN46UqJdbQhReQjApbOsNtl_OukOrAHe_Qym8oIy-U,1030
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/sync-ja-en/SKILL.md,sha256=BKpQgXnTkaDAeJTmN_WZcyiL7J5eDRgOuJmrbOZmPdE,602
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/update-refs/SKILL.md,sha256=2snXpgQgQJgxXBBzUVLMhPMCL7RjqipWdSe6Djnbdjw,557
+paperops/_data/scaffold/.agents/skills/venue-fit-review/SKILL.md,sha256=84G3hX5TBHiw6wborGs_ZQuCH3GsHCDVGY-Gem3-o2w,571
+paperops/_data/scaffold/.claude/settings.json,sha256=ncCeptkJXscqnzmi2aMKH_GwH_QmjvKcNm17sWQbREQ,1140
+paperops/_data/scaffold/.claude/hooks/refresh-session-context.sh,sha256=OSw4UnaKqwH4bDAjYVNmz_b74FlL6e8hma51vg51dAM,349
+paperops/_data/scaffold/.claude/rules/manuscript-editing.md,sha256=W5bl4Rs0JrQ0nCJCmHirnpjmSqiFCs2RvmmgBB_asf0,792
+paperops/_data/scaffold/.claude/rules/notes-session.md,sha256=r8P5lAFbK3vlzI6H8VvilKUeGOPLdG5O5yEw45iH1sc,969
+paperops/_data/scaffold/.claude/rules/refs-knowledge.md,sha256=eezBZEQHqZDMYMKWPZwP0ewMieqTleHzCPpR0x8iNNc,558
+paperops/_data/scaffold/.claude/rules/writing-policy.md,sha256=C7CLmlFUCGpD4-aqJYIE-QaoDhwaDlByL9ds2fNKA8o,639
+paperops/_data/scaffold/.claude/rules/writing-quality.md,sha256=Qvda3ewMxApBj2nNiCGMePC8E6dDqUe3jLvKC0NkLkY,1106
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/ai-disclosure-check/SKILL.md,sha256=QJWRjbNCHereRKTs4RjOFnHUFTRxgkT3akArr9KQYf8,1336
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/calibrate-claims/SKILL.md,sha256=SEK9b5c7fxWkkjZsslIrEidhL-r_tCqB9N8vClRJ7g0,1563
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/collect-manuscript-review/SKILL.md,sha256=TxVpBwUexAFdnZHinAU-uX8AR4hSlGGy9GtmnwFV5PQ,3747
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/design-manuscript-claims/SKILL.md,sha256=joL2I9B5j9rjEpLjIqN_N0H4MthjpLLjV_UZDtZBERc,5812
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/feedback-paper-harness/SKILL.md,sha256=s3qvT6IboXmQERb8_6M52BwrtCg28HfhHH8Jrigm7OU,1382
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+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/improve-writing-harness/SKILL.md,sha256=wWlejiXVGa9thjQad_Q6pi8-xRpei9j-rUqumDhPjRo,1023
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/note-writing-session/SKILL.md,sha256=WAkksZe8gnfuD8SxwqAhMCub3g-RlPpyq5XSN6pEJu4,1357
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/paragraph-surgery/SKILL.md,sha256=AMuHOgVLUi0nFUJT_PJT1N33I4q0GwVVOAsiYo7ytis,1193
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/public-terminology-pass/SKILL.md,sha256=hHhFt54mXzBqH7BGUny0uSectydBaL9IxrfdUuOWgFw,1162
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/pull-template-updates/SKILL.md,sha256=OWCC3MAVem4-sXWOdv7fKy--J003RXO-tsV-N2mPZo0,3943
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/resolve-local-paths/SKILL.md,sha256=Z6ZXkbumoDvOuun_sbWdmVuPPFIOZ3uzs6Rsg0sWZoE,953
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/resume-session/SKILL.md,sha256=m4EeSOSP0qaT_oLAlHLwDQ_S5xcfmlF4229Gsz2IluA,1175
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/resume-session/templates/session-summary.md,sha256=kPzlRnLHMwZ0aiXXy6Dwo8JQPkBRcvB1jMV-gxTWin8,181
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/review-public-manuscript/SKILL.md,sha256=In2V-WZTqfTQfd45KUUETFlwH1D-iUvDItBjlEqxZ68,7402
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/setup/SKILL.md,sha256=pP5LywjF6OIqVBYXiB20aezveFCFOEAZ7O_bpe-Jswo,6805
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/start-manuscript-review/SKILL.md,sha256=GTF0DgEmWIDidVyBTQ6Ty602P00EEb1r4jBaX64swqQ,3110
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/sync-ja-en/SKILL.md,sha256=t2ZhYZgJdN0ie3fQi-d3_rhwpinPfjPfZ-cVdAfhmsc,1323
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/sync-ja-en/scripts/sync_blocks.py,sha256=dL6J1sLmCFxGnSV-2HP38vDsHjkDfAZvaYsubcXeJ8E,1508
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/sync-ja-en/templates/drift-report.md,sha256=GguSKuYry8od06POHqIOERaMjNTLgXLfvhRDGHCjL8o,223
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/update-refs/SKILL.md,sha256=Sk9iiNYQoxUvdd7t5dIv88rDkU2jU0NsbXJJFeljkJE,1095
+paperops/_data/scaffold/.claude/skills/venue-fit-review/SKILL.md,sha256=NsAe4OUCU4Hx9hx6fBpH-MLimJuCpdqRtxcs2Q30wo8,1412
+paperops/_data/scaffold/.github/PULL_REQUEST_TEMPLATE.md,sha256=87kx2TzgOEe_YwZSqG3eXF47sIxdZdmsnJdJCVwxYuc,1432
+paperops/_data/scaffold/.github/ISSUE_TEMPLATE/config.yml,sha256=EwZOe-pljgHnGLQU-7ezskTzZBH-Je4gVcFR97U0VHo,27
+paperops/_data/scaffold/.github/ISSUE_TEMPLATE/evidence-request.yml,sha256=WRnv7vsc-lPM8UpvIiOT0vL1xO5V9DcOkMyBlm0yPyc,1231
+paperops/_data/scaffold/.github/ISSUE_TEMPLATE/harness-friction.yml,sha256=iHHJpxtAoRPgQSzMec0cIGrJO2LD7ys0elfZKOFDuTg,1258
+paperops/_data/scaffold/.github/ISSUE_TEMPLATE/manuscript-feedback.yml,sha256=ePQ-MYLeE8P3Hyh6SODgs7MdJ9aExYbPegLDQcR0Kkg,1221
+paperops/_data/scaffold/.github/workflows/ci.yml,sha256=cfZ5ZfIMgBAK-AQAdmtWUkFf-rkwzm7AQgzsK5JlefY,232
+paperops/_data/scaffold/.github/workflows/mirror-check.yml,sha256=Kzv-dOdMnx_AZQmgOpx4-fNIu62lWbIs9xbgisFg6ks,434
+paperops/_data/scaffold/.github/workflows/release.yml,sha256=_IUY1_6Pu825Gv3TQapzi2Rt-TLPcBJ_0FGuVYFAz7c,201
+paperops/_data/scaffold/manuscript/publication-metadata.toml,sha256=myNDj85KIQ1K-hi2uxDV78JIk_gV1CW3gvlbRK9i9Wc,606
+paperops/_data/scaffold/manuscript/venue.md,sha256=wFC_3G2eLqaG6F9rU8tjEzK65go2whEEn-JuevRrjgo,694
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/main.tex,sha256=hrUeb9R8vRT9DATdXwDAOq6F5dSDCXJy7_Ot-aVpvdw,449
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/frontmatter/authors.tex,sha256=upHg86c5Fnl9FI2_BUIBOzxm_zeRFrAkjZaZF_9i7rY,269
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/frontmatter/title.tex,sha256=bclVPbAnLBy2FA8FiR_Lbt_1cMPG43p0hAHSeilY5Sw,275
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/sections/00_abstract.tex,sha256=uaPJ1ZNERPuSApGj6KfJG0wdwVChgZ5ZNkcSmB3plXM,525
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/sections/10_intro.tex,sha256=HcMbiQWiadpakkh27Or3_fmPlQZMRSvpsjxElqIRoQY,522
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/sections/20_method.tex,sha256=YAYR5YqrrVbaRQeh7LwL7hiklnkXlZk2t64--vs67M8,422
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/sections/30_results.tex,sha256=gceWTlrUf58JpO5NcutdYvaUrBDFOOYLRq5m_7yDcyE,485
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/sections/40_discussion.tex,sha256=j09Vqx-42eoavFfgKpbv6HNMCWDPzeZV-E8Tnq2Mqvs,370
+paperops/_data/scaffold/manuscript/en/sections/90_conclusion.tex,sha256=Lyp46XElXS3JgDvyIAbDeSykN4R27FFu0oTVER5i3P4,341
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/main.tex,sha256=aeJQF2vf0D4CrOoXZyri95RDl6X0cnA6Z2HgLR53-1A,449
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/frontmatter/authors.tex,sha256=X_9UIvNOzoSGZ7MWshmyscFQ_-jRU2M1A8kGijs4zv8,322
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/frontmatter/title.tex,sha256=H4mDEbEckcuVzGYrWpXkOKcJ9D0IRPD8-Nn8qm3HKIo,322
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/sections/00_abstract.tex,sha256=Y18MUrS0T5vrW4KBrQvsM57BJJnKieiec6fhKl8y58E,505
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/sections/10_intro.tex,sha256=hQH7m9zzWmclfYNNjUtef83ZrjhKEhxBvcrwqn92Y4s,520
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/sections/20_method.tex,sha256=gITNHYBZC5VjKNqI1NlYgsu63JhFb3wvnOIb1MIiPYY,417
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/sections/30_results.tex,sha256=2hFAPS5cnVvfvLo2SBNpYsq1z9sL1aHMIvQcJLvDa7I,485
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/sections/40_discussion.tex,sha256=aT6sRpv8nVbxwBRatxEPJ0Qp139XK5vdYQyGTxzWjNM,366
+paperops/_data/scaffold/manuscript/ja/sections/90_conclusion.tex,sha256=6_lOn4R0LYHGV0SvfjCwTvhUtPzJzXT4UUinWqCfBww,359
+paperops/_data/scaffold/manuscript/mirror/block-ledger.yml,sha256=Luk0AYTrB9HHlgidOLLZbc3_Yhmrj-9HUQnEUaHOo1g,4471
+paperops/_data/scaffold/manuscript/mirror/change-queue.md,sha256=BaS-NpEpP3xZQQJV9MG3I0ZfJ5s1vSrntEP_vs5XFP8,138
+paperops/_data/scaffold/manuscript/mirror/map.toml,sha256=-nZWSJNMFehoD-LRgG0l--MGg7gTNkMgXYXWzSyjkjU,564
+paperops/_data/scaffold/manuscript/mirror/status.md,sha256=DWFpcerAlXMjiqY2DC1Zfbs0_h7hSDAYOLZmdgDZ3TU,631
+paperops/_data/scaffold/manuscript/mirror/terminology.yml,sha256=CVGLznLHJoQbpKFjszn_NnJKJ52ii2MkkiiY8gYJLxM,708
+paperops/_data/scaffold/manuscript/mirror/reports/.gitkeep,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
+paperops/_data/scaffold/manuscript/shared/bib/mypapers.bib,sha256=Tm-zI_s91pVyf89aAXK8Lo6BnelJWtWLN8q5X76QT4o,71
+paperops/_data/scaffold/manuscript/shared/bib/references.bib,sha256=ZD--jdI5ui40dQfCloWwSsRv3F5RXyAPTjT0ubMN5rM,138
+paperops/_data/scaffold/manuscript/shared/figures/.gitkeep,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
+paperops/_data/scaffold/manuscript/shared/style/journal.cls,sha256=s8Us3XdM2Nqsao4MxsqNNmYy31HyrFHTPakx0CN3S8I,567
+paperops/_data/scaffold/manuscript/shared/style/macros.tex,sha256=3HHGRiVgcz0isXW_9NpCbInGJHQI-fYfoWXLMJQHDMw,179
+paperops/_data/scaffold/notes/ai-use.md,sha256=IBBmnF8pC2UH-hyJX-0knEv2_uPiExtVeKGsPKn1IxE,1361
+paperops/_data/scaffold/notes/claim-evidence-map.md,sha256=NQrvLaNMaAZ106_6BqiGKufu5Rpg7jrENODorBgNKb8,1179
+paperops/_data/scaffold/notes/contribution-claims.md,sha256=znkwS5DsoUyfUfZlC8Z2UAeNGHmU5XI89l0bRCQr8Lc,501
+paperops/_data/scaffold/notes/decision-log.md,sha256=Gz7DCUjuTR0vMdekafaB_BBU7HTNz4rT_zZq-0ShWW8,227
+paperops/_data/scaffold/notes/handoff.md,sha256=OiyLODhWvMJHzucOd005e0VCjFATaJjEyoulGBvKfU8,489
+paperops/_data/scaffold/notes/open-questions.md,sha256=i6PtcZeWChIT3r2IIwQEgQLyLOp70PuZtAlzNekwmJs,244
+paperops/_data/scaffold/notes/project-brief.md,sha256=yRrGPG8SeO5iUOYcqtdcJH7GPYo53FJlGrVYVjP0-P4,532
+paperops/_data/scaffold/notes/reproducibility.md,sha256=uUTXfUXZfNyLirkfKPeRWi43y1KKmVs80t0eAyTEReY,1460
+paperops/_data/scaffold/notes/reviewer-model.md,sha256=UiSwRDlRyNyjp7s3MhsTLIBJMeYy6QJZWnYDBdmsEsg,828
+paperops/_data/scaffold/notes/todo.md,sha256=T0WufZMfJtsD0IS0CmcycKhJqTCDGzSJMH3pYyrl3d8,256
+paperops/_data/scaffold/refs/index.md,sha256=06NkTREhAfX8nlvmxhqAdgC2d9fhlKfUuJx5XJWH6Rk,1184
+paperops/_data/scaffold/refs/local/README.md,sha256=QJAvGnwZjJt1TvgCRmC5jqZ7DMxw4SWrOtNQHs5NamE,126
+paperops/_data/scaffold/refs/local/aliases.md,sha256=z_ITCfGiwlRhPtNISdXL4vH62GJ0xQFktUQccfgPqMs,203
+paperops/_data/scaffold/refs/local/locations.example.toml,sha256=zF6JUpGtyfWbUDoRdtvX5ge2qJHqrxyZsBfejWSrf3M,464
+paperops/_data/scaffold/refs/papers/.gitkeep,sha256=AbpHGcgLb-kRsJGnwFEktk7uzpZOCcBY74-YBdrKVGs,1
+paperops/_data/scaffold/refs/summaries/.gitkeep,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
+paperops/_data/scaffold/refs/summaries/summary-template.md,sha256=kO4JVO4oCpPDJ8J_ZJjtSUR-QJ5uTekbbFQSlkTI5lM,516
+paperops/_data/scaffold/scripts/build-en-pdf.ps1,sha256=HUzEjhBNwLWlDP3WSujVOovGM_aDPwXxW9s2lA4_dnw,140
+paperops/_data/scaffold/scripts/build-en.sh,sha256=lDz_UZkbaATuVM00nCxGAtHaC7TiB4HzqHQsw6hm7EU,1721
+paperops/_data/scaffold/scripts/build-ja-pdf.ps1,sha256=qdspkkWMzW60czsRciYxXpD9iIxUCTfHj6sCl7OdIB0,140
+paperops/_data/scaffold/scripts/build-ja.sh,sha256=MMZs4HTkq9RadkXoeAY01AyD5KThOE4p7AymN69NKvI,1730
+paperops/_data/scaffold/scripts/build-pdf.ps1,sha256=8qJ8mMplN_mEyVo4LyS3zAh3uMv6X-1kjaYra7anKjk,4250
+paperops/_data/scaffold/scripts/check-citations.py,sha256=ree3k5mWMEiU8UXaYDryNaSskxTaRs0hSy6b4i3qnk4,4707
+paperops/_data/scaffold/scripts/check-claim-evidence.py,sha256=z8UEvx6G_dUDZyvzCPXmCEA4HTEum1R7QiL-LfAQArw,4946
+paperops/_data/scaffold/scripts/check-public-terms.py,sha256=BOKOfJTL1vtj7E3wCSFmWTPbAoqn_6Z2TkeAoBwjmM4,7484
+paperops/_data/scaffold/scripts/check-skill-mirror.py,sha256=-fOMs70OoR2RBzX1ZKHUja-lT7z1Ugnzx5_HIc2cH7k,2116
+paperops/_data/scaffold/scripts/check-submission-drift.py,sha256=Bijy20_mSy5TdDMouxuHm33aB-69j2V79-JvUGl1akE,2360
+paperops/_data/scaffold/scripts/check-tex-structure.py,sha256=EZM0cIwBWckTVOMHy81KW8CkpXn3ti-NfmJrmblT8Sw,7416
+paperops/_data/scaffold/scripts/collect-manuscript-review.py,sha256=S4iYoQwB50XwwQmhSSkbOpkO2N-NPmtlksqScs5Sojg,8244
+paperops/_data/scaffold/scripts/collect-note-context.py,sha256=TQC73pSUC1zoEcFT0T3AOZ62WihcTOymhcCL0TfG7Tw,1550
+paperops/_data/scaffold/scripts/export-arxiv.sh,sha256=VzQiDUGAljYK1u76GSMLUyBbi2nweGte74fZ6n-1Usk,1159
+paperops/_data/scaffold/scripts/lint-bib.py,sha256=l0yjhuNzROjXx5jIjWEhaFGH2sHyeddWn19hUBDvDLc,6527
+paperops/_data/scaffold/scripts/mirror-check.py,sha256=Enc2uM_E5CbHlif3YC3U8RgEew82j14TC4hcJXfAwYY,4121
+paperops/_data/scaffold/scripts/mirror-freshness-check.py,sha256=ysnJd7Qt22uyW88Fxr2mkoRKggFIMp5dwo29hGGec3k,8041
+paperops/_data/scaffold/scripts/readiness-check.py,sha256=d9FQiQHjCIY6d3wglWDj1wqiletVa4Br4mESrj0S2dM,10863
+paperops/_data/scaffold/scripts/tex-env.sh,sha256=J8OT-GeuF_M8-MahtTvFzfxoBGsM10HP0V5F9RyisEI,2323
+paperops/_data/scaffold/submission/README.md,sha256=qIxJweKE7igfeZoCtsqg95rss3gakQFpp9HoBXQE_ck,1411
+paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/METADATA,sha256=wxpbN_YlSRrO5TRXCkJbUBsNwyrGV4aOaFkNrutYN6E,7196
+paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/WHEEL,sha256=QccIxa26bgl1E6uMy58deGWi-0aeIkkangHcxk2kWfw,87
+paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/entry_points.txt,sha256=tfq3w0NWMcl4JlE3GLkuslSMOTAX1OQhThVT5CLK2V0,47
+paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/RECORD,,

paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/WHEEL

@@ -0,0 +1,4 @@
+Wheel-Version: 1.0
+Generator: hatchling 1.29.0
+Root-Is-Purelib: true
+Tag: py3-none-any

paper_harness_cli-0.1.0.dist-info/entry_points.txt

@@ -0,0 +1,2 @@
+[console_scripts]
+pops = paperops.cli.main:app

paperops/__init__.py

@@ -0,0 +1,7 @@
+"""Paper operations CLI package."""
+
+from __future__ import annotations
+
+__all__ = ["__version__"]
+
+__version__ = "0.1.0"

paperops/_data/scaffold/.agents/README.md

@@ -0,0 +1,7 @@
+# Codex harness
+
+このディレクトリは Codex 用のプロジェクトローカル skill 入口を提供する。
+
+`template/.claude/skills/` をハーネス方針の source of truth とし、`.agents/skills/` は Codex が同じ作業フローを発見するための薄い互換層として維持する。Claude 固有の `allowed-tools` や slash command 前提は、Codex の利用可能な tool と `AGENTS.md` のルールに読み替える。
+
+互換層を更新する場合は、対応する `.claude/skills/<skill>/SKILL.md` との差分を小さく保ち、片方だけに恒久的な方針を追加しない。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/ai-disclosure-check/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: ai-disclosure-check
+description: Codex で AI 利用ログ、投稿先ポリシー、人間検証、開示文案を点検する。
+---
+
+# ai-disclosure-check
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/ai-disclosure-check/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `notes/ai-use.md`、`notes/reproducibility.md`、`manuscript/venue.md` を読む。
+- 投稿先ポリシーは最新確認が必要な場合に公式資料へ当たる。
+- disclosure draft と human verification の不足を整理する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/calibrate-claims/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: calibrate-claims
+description: Codex で原稿の主張強度を evidence、scope、limitation に合わせて調整する。
+---
+
+# calibrate-claims
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/calibrate-claims/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `notes/claim-evidence-map.md`、`notes/reviewer-model.md`、`manuscript/mirror/status.md` を先に読む。
+- 防御的すぎる hedge と過剰主張の両方を点検する。
+- 本文を編集したら `make mirror-check`、必要なら `/sync-ja-en` を実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/collect-manuscript-review/SKILL.md

@@ -0,0 +1,16 @@
+---
+name: collect-manuscript-review
+description: Codex で TeX 直編集 diff と inline review comment を回収し、台帳化して必要に応じて原稿へ反映する。
+---
+
+# collect-manuscript-review
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/collect-manuscript-review/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `git status --short --branch`、`manuscript/mirror/status.md`、`manuscript/mirror/map.toml` を確認する。
+- `python scripts/collect-manuscript-review.py --root . --output notes/reviews/review-YYYY-MM-DD.md` で台帳を生成する。
+- `% REVIEW:`, `% AI:`, `% Q:`, `% KEEP?:`, `% TODO-PAPER:` を file / line / `% block:` に紐付けて読む。
+- 本文反映を依頼されている場合は、まず source-of-truth 側を整え、解決済み inline comment を削除し、必要な `manuscript/en` block を同期する。
+- 原稿本文または mirror を変えたら `make mirror-check` を実行する。構造、引用、refs、build に触れた場合は `make ci` を実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/design-manuscript-claims/SKILL.md

@@ -0,0 +1,16 @@
+---
+name: design-manuscript-claims
+description: Codex で原稿を作業報告型から主張中心の論文構造へ再設計する。
+---
+
+# design-manuscript-claims
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/design-manuscript-claims/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `review-public-manuscript` とは分けて使う。この skill は `notes/project-brief.md`、`notes/contribution-claims.md`、`notes/claim-evidence-map.md`、`notes/reviewer-model.md`、`manuscript/mirror/status.md`、JA source of truth を読んで、主張と証拠の階層を設計する。
+- 設計した claim / evidence / scope / limitation は、ユーザーが了承した範囲で `notes/claim-evidence-map.md` に反映する。
+- 先に abstract、introduction、conclusion、section headings、figure captions を読み、Core claim と Essential results を圧縮する。
+- 作業報告 smell、keep/compress/move/cut、over-claiming risk、block ID 単位の rewrite plan を出す。
+- ユーザーが rewrite を明示した場合だけ `manuscript/ja/` を編集する。`% block: ...` ID を保持し、EN mirror は `sync-ja-en` の方針で同期する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/feedback-paper-harness/SKILL.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+---
+name: feedback-paper-harness
+description: Codex で再利用可能な改善を上流 paper-harness-template にフィードバックする。
+---
+
+# feedback-paper-harness
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/feedback-paper-harness/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- 問題、再現手順、影響度、提案変更、下流での影響範囲を分けて整理する。
+- `pops feedback` が使える場合は、Issue 本文案の初期生成に使う。
+- GitHub CLI または GitHub app が使える場合は `Nkzono99/paper-harness-template` に構造化 Issue として起票する。
+- 起票できない環境では、Issue 本文案を作成してユーザーに渡す。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/figure-story-audit/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: figure-story-audit
+description: Codex で figure/table の claim, evidence, boundary と本文参照を監査する。
+---
+
+# figure-story-audit
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/figure-story-audit/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `notes/claim-evidence-map.md` と caption/本文参照を照合する。
+- caption が claim, evidence, boundary を示しているか確認する。
+- provenance が変わる場合は `notes/reproducibility.md` を更新する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/import-manuscript/SKILL.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+---
+name: import-manuscript
+description: Codex で既存 LaTeX 原稿を paper harness 構造にインポートする。
+---
+
+# import-manuscript
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/import-manuscript/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- 既存原稿の `main.tex`、class/style、bib、figures、投稿先テンプレート assets を分けて棚卸しする。
+- `manuscript/ja` / `manuscript/en` のミラー原稿と投稿先固有ファイルを混ぜない。
+- 投稿先公式テンプレートを取り込む場合は `submission/<venue>/` に閉じる。
+- インポート後は `make lint-bib`、`make mirror-check`、可能なら build ターゲットを実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/improve-writing-harness/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: improve-writing-harness
+description: Codex でプロジェクトローカルな執筆ハーネス摩擦を調査・修正する。
+---
+
+# improve-writing-harness
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/improve-writing-harness/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- まず問題がプロジェクトローカルか、テンプレートに返すべき繰り返し摩擦かを切り分ける。
+- テンプレートに返す価値がある場合は `feedback-paper-harness` を使い、ローカル修正だけで閉じない。
+- スクリプト、フック、ワークフローを変更したら該当する `make` ターゲットを実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/note-writing-session/SKILL.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+---
+name: note-writing-session
+description: Codex で作業セッション終了時に handoff と todo を更新する。
+---
+
+# note-writing-session
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/note-writing-session/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `notes/handoff.md`、`notes/todo.md`、必要に応じて `notes/decision-log.md` を更新する。
+- データ、解析環境、図表生成、共有 artifact が変わった場合は `notes/reproducibility.md` を更新する。
+- 恒久的な判断と一時的な作業メモを混ぜない。
+- 原稿構造、参考文献、ミラー状態を変えた場合は `make ci` または該当チェックを実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/paragraph-surgery/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: paragraph-surgery
+description: Codex で段落単位の流れ、topic sentence、stress position を整える。
+---
+
+# paragraph-surgery
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/paragraph-surgery/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- 段落を context / claim / evidence / warrant / limitation / transition に分類する。
+- 科学的意味を変える場合は先に計画を示す。
+- 本文を編集したら `make mirror-check`、必要なら `/sync-ja-en` を実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/public-terminology-pass/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: public-terminology-pass
+description: Codex でローカル語・内部語・未定義略語を公開語へ置換する。
+---
+
+# public-terminology-pass
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/public-terminology-pass/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `manuscript/mirror/terminology.yml` を gate として使う。
+- 本文、figure caption、section heading の local term を public term に置換する。
+- 最後に `make public-terms-check` を実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/pull-template-updates/SKILL.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+---
+name: pull-template-updates
+description: Codex で上流 paper-harness-template の変更を下流論文リポジトリに取り込む。
+---
+
+# pull-template-updates
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/pull-template-updates/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- 作業前に `git status`、`git rev-parse --show-toplevel`、対象 remote を確認する。
+- nested private repo では親 repo と paper repo の変更を混ぜない。dubious ownership が出たら、まず per-command の `git -c safe.directory=<repo> -C <repo> ...` を使う。
+- 下流の原稿・notes・refs のユーザー変更をテンプレート更新で上書きしない。
+- `notes/project-brief.md`、`notes/contribution-claims.md`、`notes/claim-evidence-map.md`、`notes/reviewer-model.md`、`notes/ai-use.md`、`manuscript/venue.md`、`manuscript/mirror/terminology.yml` はプロジェクト固有内容として扱う。
+- 旧テンプレート由来の `docs/project-brief.md`、`docs/target-venue.md`、`docs/contribution-claims.md`、`docs/terminology-ja-en.md` がある場合は、現行パスへ移行する候補として読む。
+- 取り込み後は `CHANGELOG.md` の migration note を確認し、必要な `make` ターゲットを実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/resolve-local-paths/SKILL.md

@@ -0,0 +1,13 @@
+---
+name: resolve-local-paths
+description: Codex で refs/local のローカルパスエイリアスを安全に解決する。
+---
+
+# resolve-local-paths
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/resolve-local-paths/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `refs/local/locations.toml` は個人環境ファイルとして扱い、明示依頼なしに作成・編集しない。
+- 共有可能な情報は `refs/local/aliases.md` や `refs/summaries/` に残し、ローカル絶対パスを原稿や共有ドキュメントへ混ぜない。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/resume-session/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: resume-session
+description: Codex で執筆セッション開始時に状態を把握し、次の作業を提案する。
+---
+
+# resume-session
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/resume-session/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `notes/handoff.md`、`notes/todo.md`、`notes/open-questions.md`、`notes/project-brief.md`、`notes/claim-evidence-map.md`、`notes/reviewer-model.md`、`manuscript/mirror/status.md` を優先して読む。
+- 原稿編集前に ja/en のミラー状態を確認し、必要なら `make mirror-check` を実行する。
+- ユーザーには、現在状態、中心主張、次に安全に進める作業、未解決リスクを短く返す。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/review-public-manuscript/SKILL.md

@@ -0,0 +1,19 @@
+---
+name: review-public-manuscript
+description: Codex で節単位・週次・投稿前の公開原稿を外部読者視点でレビューする。
+---
+
+# review-public-manuscript
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/review-public-manuscript/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- PDF または公開原稿だけをレビュー入力とし、`notes/`、`refs/local/`、working output は読まない。
+- 1 節を書いた直後は `section`、週次では Abstract + Introduction + title candidates + figure/table captions の `weekly`、投稿前は PDF/投稿対象 TeX 全体の `pre-submit` として扱う。
+- モード指定がない場合は入力粒度から推定し、出力冒頭で `Review mode` を明記する。
+- ユーザーが独立 subagent を明示的に許可した場合だけ、公開アーティファクトのみを渡して別文脈レビューを依頼する。
+- `general-researcher`、`reader-assumptions`、`local-terminology`、`public-reproducibility` の観点を明示された場合は、通常の scientific review と別枠で出力する。
+- run label、directory name、simulator flag、analysis artifact name、figure label が公開読者に通じる physical condition / public data product として説明されているか確認する。
+- 未定義語、ローカル語、暗黙前提、再現性ギャップ、図表 cleanup、Data availability 追記、rewrite patch plan、対応チェックリストに分けて返す。
+- repo-aware editor と public-only reviewer を混ぜず、public-only review は読者が詰まる箇所の検出に限定する。修正実装や内部台帳反映は通常の repo 文脈で行う。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/setup/SKILL.md

@@ -0,0 +1,16 @@
+---
+name: setup
+description: Codex でテンプレート由来の新しい論文リポジトリを初回セットアップする。
+---
+
+# setup
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/setup/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- Claude 固有の `allowed-tools` は Codex の利用可能な shell / file editing tool に読み替える。
+- 編集前に `README.md`、`AGENTS.md`、`notes/project-brief.md`、`notes/claim-evidence-map.md`、`notes/reviewer-model.md`、`notes/ai-use.md`、`manuscript/venue.md`、`manuscript/publication-metadata.toml`、`notes/reproducibility.md`、`refs/local/locations.example.toml` を確認する。
+- `refs/local/locations.toml` はローカル絶対パスを含みうるため、Codex は自動作成・自動編集せず、ユーザーに copy command と編集方針を提示する。
+- Core claim、reader model、AI use log は `notes/claim-evidence-map.md`、`notes/reviewer-model.md`、`notes/ai-use.md` の starter を埋めるか、未定 TODO として残す。
+- 初回セットアップ後、可能なら `make ci`、外部共有に近い状態なら `make pre-submit` も実行する。難しい場合は `make lint-bib`、`make citation-check`、`make mirror-check` を個別に実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/start-manuscript-review/SKILL.md

@@ -0,0 +1,16 @@
+---
+name: start-manuscript-review
+description: Codex で manuscript review セッションを開始し、レビュー用 branch と人間向けの TeX 通読ガイドを用意する。
+---
+
+# start-manuscript-review
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/start-manuscript-review/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- まず `git rev-parse --show-toplevel`、`git remote -v`、`git status --short --branch`、`manuscript/mirror/status.md` を確認する。
+- clean な作業ツリーなら `review/manuscript-YYYY-MM-DD` またはユーザー指定名へ `git checkout -b` で移動する。
+- 未コミット変更がある場合は、勝手に stash / commit / branch 移動をしない。
+- ユーザーには `% REVIEW:`, `% AI:`, `% Q:`, `% KEEP?:`, `% TODO-PAPER:` の inline comment と `% block:` 保持ルールを短く案内する。
+- レビュー終了後は `/collect-manuscript-review` で diff と inline comment を回収するよう案内する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/sync-ja-en/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: sync-ja-en
+description: Codex で日本語と英語の原稿をブロックレベルで同期する。
+---
+
+# sync-ja-en
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/sync-ja-en/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `% block: ...` ID を保持し、片側を盲目的に上書きしない。
+- 同期前後に `manuscript/mirror/status.md` と `manuscript/mirror/change-queue.md` を確認する。
+- 必要に応じて `.claude/skills/sync-ja-en/scripts/sync_blocks.py` を実行し、最後に `make mirror-check` を実行する。

paperops/_data/scaffold/.agents/skills/update-refs/SKILL.md

@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+name: update-refs
+description: Codex で参考文献と refs 知識層の整合性を確認・更新する。
+---
+
+# update-refs
+
+Codex で使う互換入口。実際の手順は `.claude/skills/update-refs/SKILL.md` を source of truth として読む。
+
+## Codex 実行メモ
+
+- `refs/` は生 PDF 置き場ではなく知識層として扱う。
+- citation key を安定させ、`manuscript/shared/bib/` と `refs/summaries/` の対応を確認する。
+- bib や引用を編集したら `make lint-bib` と `make citation-check` を実行する。