niwrap-freesurfer 0.5.2__py3-none-any.whl → 0.6.0__py3-none-any.whl

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  1. niwrap_freesurfer/freesurfer/analyzeto4dfp.py +1 -1
  2. niwrap_freesurfer/freesurfer/anatomi_cuts_utils.py +1 -1
  3. niwrap_freesurfer/freesurfer/annot2std.py +1 -1
  4. niwrap_freesurfer/freesurfer/ants_denoise_image_fs.py +1 -1
  5. niwrap_freesurfer/freesurfer/ants_n4_bias_field_correction_fs.py +1 -1
  6. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparc2feat.py +1 -1
  7. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparc_stats_aseg.py +1 -1
  8. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparcstats2table.py +1 -1
  9. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparcstatsdiff.py +1 -1
  10. niwrap_freesurfer/freesurfer/apas2aseg.py +1 -1
  11. niwrap_freesurfer/freesurfer/aseg2feat.py +1 -1
  12. niwrap_freesurfer/freesurfer/asegstats2table.py +1 -1
  13. niwrap_freesurfer/freesurfer/asegstatsdiff.py +1 -1
  14. niwrap_freesurfer/freesurfer/avi2talxfm.py +1 -1
  15. niwrap_freesurfer/freesurfer/bblabel.py +1 -1
  16. niwrap_freesurfer/freesurfer/bbmask.py +1 -1
  17. niwrap_freesurfer/freesurfer/bbregister.py +1 -1
  18. niwrap_freesurfer/freesurfer/bedpostx_mgh.py +1 -1
  19. niwrap_freesurfer/freesurfer/beta2sxa.py +1 -1
  20. niwrap_freesurfer/freesurfer/biasfield.py +1 -1
  21. niwrap_freesurfer/freesurfer/bmedits2surf.py +1 -1
  22. niwrap_freesurfer/freesurfer/brec.py +1 -1
  23. niwrap_freesurfer/freesurfer/browse_minc_header_tcl.py +1 -1
  24. niwrap_freesurfer/freesurfer/bugr.py +1 -1
  25. niwrap_freesurfer/freesurfer/build_desikan_killiany_gcs_csh.py +1 -1
  26. niwrap_freesurfer/freesurfer/cblumwmgyri.py +1 -1
  27. niwrap_freesurfer/freesurfer/check_mcr_sh.py +1 -1
  28. niwrap_freesurfer/freesurfer/compute_interrater_variability_csh.py +1 -1
  29. niwrap_freesurfer/freesurfer/compute_label_volumes_csh.py +69 -27
  30. niwrap_freesurfer/freesurfer/compute_vox2vox.py +1 -1
  31. niwrap_freesurfer/freesurfer/conf2hires.py +1 -1
  32. niwrap_freesurfer/freesurfer/connected_components.py +1 -1
  33. niwrap_freesurfer/freesurfer/cor_to_minc.py +1 -1
  34. niwrap_freesurfer/freesurfer/cp_dicom.py +1 -1
  35. niwrap_freesurfer/freesurfer/create_morph.py +1 -1
  36. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmdir_info_mgh.py +1 -1
  37. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmdjpeg_fs.py +1 -1
  38. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmdrle_fs.py +1 -1
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  41. niwrap_freesurfer/freesurfer/deface_subject.py +1 -1
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  44. niwrap_freesurfer/freesurfer/dicom_rename.py +1 -1
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  46. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_anatomi_cuts.py +1 -1
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  70. niwrap_freesurfer/freesurfer/fiducials_correction.py +1 -1
  71. niwrap_freesurfer/freesurfer/fix_subject_corrected_rh.py +1 -1
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  73. niwrap_freesurfer/freesurfer/fixup_mni_paths.py +1 -1
  74. niwrap_freesurfer/freesurfer/flip_4dfp.py +1 -1
  75. niwrap_freesurfer/freesurfer/flirt_newdefault_20080811_sch.py +1 -1
  76. niwrap_freesurfer/freesurfer/fname2ext.py +1 -1
  77. niwrap_freesurfer/freesurfer/freeview.py +1 -1
  78. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_check_version.py +1 -1
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  81. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_run_from_mcr.py +1 -1
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  265. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_info.py +1 -1
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  529. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_subject.py +1 -1
  530. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_subject_notal2.py +1 -1
  531. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_subject_old_skull_strip.py +1 -1
  532. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_subject_sc.py +1 -1
  533. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_subject_t1_auto_estimate_alveus_ml.py +1 -1
  534. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_subject_t1_t2_auto_estimate_alveus_ml.py +1 -1
  535. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_subregions.py +1 -1
  536. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_thalamic_nuclei.py +1 -1
  537. niwrap_freesurfer/freesurfer/segment_thalamic_nuclei_sh.py +1 -1
  538. niwrap_freesurfer/freesurfer/segpons.py +1 -1
  539. niwrap_freesurfer/freesurfer/setlabelstat.py +1 -1
  540. niwrap_freesurfer/freesurfer/sfa2fieldsign.py +1 -1
  541. niwrap_freesurfer/freesurfer/slicedelay.py +1 -1
  542. niwrap_freesurfer/freesurfer/sphere_subject.py +1 -1
  543. niwrap_freesurfer/freesurfer/sphere_subject_lh.py +1 -1
  544. niwrap_freesurfer/freesurfer/spline3_test.py +1 -1
  545. niwrap_freesurfer/freesurfer/spmregister.py +1 -1
  546. niwrap_freesurfer/freesurfer/sratio.py +1 -1
  547. niwrap_freesurfer/freesurfer/stat_normalize.py +1 -1
  548. niwrap_freesurfer/freesurfer/stattablediff.py +1 -1
  549. niwrap_freesurfer/freesurfer/stem2fname.py +1 -1
  550. niwrap_freesurfer/freesurfer/surf2vol.py +1 -1
  551. niwrap_freesurfer/freesurfer/surfreg.py +1 -1
  552. niwrap_freesurfer/freesurfer/swi_preprocess.py +1 -1
  553. niwrap_freesurfer/freesurfer/swi_process.py +1 -1
  554. niwrap_freesurfer/freesurfer/t4img_4dfp.py +1 -1
  555. niwrap_freesurfer/freesurfer/t4imgs_4dfp.py +1 -1
  556. niwrap_freesurfer/freesurfer/tal_compare.py +1 -1
  557. niwrap_freesurfer/freesurfer/talairach.py +1 -1
  558. niwrap_freesurfer/freesurfer/talairach_afd.py +1 -1
  559. niwrap_freesurfer/freesurfer/talairach_avi.py +1 -1
  560. niwrap_freesurfer/freesurfer/talairach_mgh.py +1 -1
  561. niwrap_freesurfer/freesurfer/talsegprob.py +1 -1
  562. niwrap_freesurfer/freesurfer/test_orientation_planes_from_parcellation.py +1 -1
  563. niwrap_freesurfer/freesurfer/test_recon_all_csh.py +1 -1
  564. niwrap_freesurfer/freesurfer/test_tutorials_sh.py +1 -1
  565. niwrap_freesurfer/freesurfer/tkmeditfv.py +1 -1
  566. niwrap_freesurfer/freesurfer/tkregister2.py +1 -1
  567. niwrap_freesurfer/freesurfer/tkregister2_cmdl.py +1 -1
  568. niwrap_freesurfer/freesurfer/tkregisterfv.py +1 -1
  569. niwrap_freesurfer/freesurfer/tksurferfv.py +1 -1
  570. niwrap_freesurfer/freesurfer/trac_all.py +1 -1
  571. niwrap_freesurfer/freesurfer/trac_paths.py +1 -1
  572. niwrap_freesurfer/freesurfer/trac_preproc.py +1 -1
  573. niwrap_freesurfer/freesurfer/tractstats2table.py +1 -1
  574. niwrap_freesurfer/freesurfer/train_gcs_atlas.py +1 -1
  575. niwrap_freesurfer/freesurfer/tridec.py +1 -1
  576. niwrap_freesurfer/freesurfer/trk_tools.py +1 -1
  577. niwrap_freesurfer/freesurfer/unpack_ima1_tcl.py +1 -1
  578. niwrap_freesurfer/freesurfer/unpack_mnc_tcl.py +1 -1
  579. niwrap_freesurfer/freesurfer/unpackmincdir.py +1 -1
  580. niwrap_freesurfer/freesurfer/unpacksdcmdir.py +1 -1
  581. niwrap_freesurfer/freesurfer/v_3dvolreg_afni.py +1 -1
  582. niwrap_freesurfer/freesurfer/v_4dfptoanalyze.py +1 -1
  583. niwrap_freesurfer/freesurfer/ventfix.py +1 -1
  584. niwrap_freesurfer/freesurfer/vertexvol.py +1 -1
  585. niwrap_freesurfer/freesurfer/vno_match_check.py +1 -1
  586. niwrap_freesurfer/freesurfer/vol2segavg.py +1 -1
  587. niwrap_freesurfer/freesurfer/vol2subfield.py +1 -1
  588. niwrap_freesurfer/freesurfer/vol2symsurf.py +1 -1
  589. niwrap_freesurfer/freesurfer/vsm_smooth.py +1 -1
  590. niwrap_freesurfer/freesurfer/wfilemask.py +1 -1
  591. niwrap_freesurfer/freesurfer/wm_anat_snr.py +1 -1
  592. niwrap_freesurfer/freesurfer/wmedits2surf.py +1 -1
  593. niwrap_freesurfer/freesurfer/wmsaseg.py +1 -1
  594. niwrap_freesurfer/freesurfer/xcerebralseg.py +1 -1
  595. niwrap_freesurfer/freesurfer/xcorr.py +1 -1
  596. niwrap_freesurfer/freesurfer/xfmrot.py +1 -1
  597. niwrap_freesurfer/freesurfer/xhemireg.py +1 -1
  598. niwrap_freesurfer/freesurfer/xsanatreg.py +1 -1
  599. niwrap_freesurfer/freesurfer/zero_lt_4dfp.py +1 -1
  600. {niwrap_freesurfer-0.5.2.dist-info → niwrap_freesurfer-0.6.0.dist-info}/METADATA +1 -1
  601. niwrap_freesurfer-0.6.0.dist-info/RECORD +700 -0
  602. niwrap_freesurfer-0.5.2.dist-info/RECORD +0 -700
  603. {niwrap_freesurfer-0.5.2.dist-info → niwrap_freesurfer-0.6.0.dist-info}/WHEEL +0 -0
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ANALYZETO4DFP_METADATA = Metadata(
9
- id="68ba555395398681b7b2f785a91ccbac22cbddc9.boutiques",
9
+ id="991ffef88bef8e5d81444f5958c1c7d3e22644f0.boutiques",
10
10
  name="analyzeto4dfp",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ANATOMI_CUTS_UTILS_METADATA = Metadata(
9
- id="7198fe86c99847a1acd99691b128d75fcca8f4b4.boutiques",
9
+ id="5b8fc2fbd044825ca8524543fcf4b4b3d56cb1f7.boutiques",
10
10
  name="anatomiCutsUtils",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ANNOT2STD_METADATA = Metadata(
9
- id="2c9123403463828b0f1e87c964b86cb68c130b07.boutiques",
9
+ id="94260c16cb751cafe61816e78c1cd15d1558bf0f.boutiques",
10
10
  name="annot2std",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ANTS_DENOISE_IMAGE_FS_METADATA = Metadata(
9
- id="11723bf924918f42194dab2a080f4af8786d3033.boutiques",
9
+ id="ceaab64d93fccf1f1155efcaaae5de0e2ed14132.boutiques",
10
10
  name="AntsDenoiseImageFs",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ANTS_N4_BIAS_FIELD_CORRECTION_FS_METADATA = Metadata(
9
- id="40f0127eb4c39998d72b36223ec17bf7255ab2c2.boutiques",
9
+ id="fa3c503d811c832b99fa1f69e112206d024886d1.boutiques",
10
10
  name="AntsN4BiasFieldCorrectionFs",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  APARC2FEAT_METADATA = Metadata(
9
- id="0ac9c7d7d17f6bd66cfbc4ec10b36ae576f35039.boutiques",
9
+ id="53160d8704e92c1e9f62f27dba6616b608c7216b.boutiques",
10
10
  name="aparc2feat",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  APARC_STATS_ASEG_METADATA = Metadata(
9
- id="f369685392146e6aac3bec57244b528c1438fc58.boutiques",
9
+ id="360c0f479d9ecf69674e8fbf165f4e1174d824c3.boutiques",
10
10
  name="aparc_stats_aseg",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  APARCSTATS2TABLE_METADATA = Metadata(
9
- id="7b7bfbf1a3b6bd57ebf50cd28aa6878555458f68.boutiques",
9
+ id="1521fea28c99f52d4d63d7ca1b13780658752d3a.boutiques",
10
10
  name="aparcstats2table",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  APARCSTATSDIFF_METADATA = Metadata(
9
- id="c9cea4353f4e4aca9c0c94b627fe528484a4d224.boutiques",
9
+ id="4a3d5285bb31b350d627388c14efaeed5f882361.boutiques",
10
10
  name="aparcstatsdiff",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  APAS2ASEG_METADATA = Metadata(
9
- id="3dc0c23b67aed06f4f6b85f8abfcfff2224cf026.boutiques",
9
+ id="eda1865146654f4bd355ad2e45b11e2c26036db4.boutiques",
10
10
  name="apas2aseg",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ASEG2FEAT_METADATA = Metadata(
9
- id="a171951e01eefa6d930d2f5fc71421003b6f23e3.boutiques",
9
+ id="b7b7dd7d021ba889f028fd69296eae3f1560ec42.boutiques",
10
10
  name="aseg2feat",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ASEGSTATS2TABLE_METADATA = Metadata(
9
- id="75e1aab6262bf11a4bb07f90323b14452beb59b8.boutiques",
9
+ id="913ffe3689796073b891a61e20a937aa44732063.boutiques",
10
10
  name="asegstats2table",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  ASEGSTATSDIFF_METADATA = Metadata(
9
- id="10487227e273c61c9beadcb9b38d15804d6724e3.boutiques",
9
+ id="db6a58e5c841a394a7bf194df11a9bf8523b88c1.boutiques",
10
10
  name="asegstatsdiff",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  AVI2TALXFM_METADATA = Metadata(
9
- id="8aeaf0bd3a7339f6d2f2be8c9e4153a86e47e03a.boutiques",
9
+ id="dd49fcac45ac0aee8f33fc3c39f2335f058798ac.boutiques",
10
10
  name="avi2talxfm",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BBLABEL_METADATA = Metadata(
9
- id="8029e18ce532d6970cd367d113a7d2298a390304.boutiques",
9
+ id="d1293820501628cd990eec4b275ecca954c2d046.boutiques",
10
10
  name="bblabel",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BBMASK_METADATA = Metadata(
9
- id="064153f645343fa44a6da922e9a35232f8ea8522.boutiques",
9
+ id="3655e677c7fb826f63ccb1bcc455303aa52c7b56.boutiques",
10
10
  name="bbmask",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BBREGISTER_METADATA = Metadata(
9
- id="dc717dfae108a6dd8224d23542be08c7135f2602.boutiques",
9
+ id="5afef238c6734753905291f538bd2eab731681c0.boutiques",
10
10
  name="bbregister",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BEDPOSTX_MGH_METADATA = Metadata(
9
- id="fb49a4fd21cd6f6cf877e9365ca0aa77e9e1a7f5.boutiques",
9
+ id="3ed864ec81d1c034c4ff17b4f55cad7b918d2d91.boutiques",
10
10
  name="bedpostx_mgh",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BETA2SXA_METADATA = Metadata(
9
- id="715f661699d8a42e26b57d5896f55ec5edf8d5d2.boutiques",
9
+ id="f0f822c3fdfc6946f2efbf9d1eba0fc23f0154a3.boutiques",
10
10
  name="beta2sxa",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BIASFIELD_METADATA = Metadata(
9
- id="c8391deeed6d412683183d406717be9cba1af3b4.boutiques",
9
+ id="5981ee8ca338526bd3e95eb71c3b7956f4c7d239.boutiques",
10
10
  name="biasfield",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BMEDITS2SURF_METADATA = Metadata(
9
- id="f869eae38aafdf868c159585778d592e90997dbd.boutiques",
9
+ id="c1daef85bf5d51503b439d0cfd018ad263aba494.boutiques",
10
10
  name="bmedits2surf",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BREC_METADATA = Metadata(
9
- id="926878e94d713380f9f820e8daf052c7f36030e8.boutiques",
9
+ id="b85a2d15360507de8faa909c425df2fb82e4ca9d.boutiques",
10
10
  name="brec",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BROWSE_MINC_HEADER_TCL_METADATA = Metadata(
9
- id="d9e64b68673469631420a82f8e3342cb78163bcc.boutiques",
9
+ id="22e391d58621f276bcf2d734a8c66b008bb55ba4.boutiques",
10
10
  name="browse-minc-header.tcl",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BUGR_METADATA = Metadata(
9
- id="61b1c8588fe75d759f05f238db179fab105dd284.boutiques",
9
+ id="c59ecc18f09513a64d6c410b4046dd59f641fd90.boutiques",
10
10
  name="bugr",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  BUILD_DESIKAN_KILLIANY_GCS_CSH_METADATA = Metadata(
9
- id="533d45cdbfae4bc58aadf050a7461db1dc6a6914.boutiques",
9
+ id="5e5a2f630a4fc0d2ffc6f6330bdbd3389407c897.boutiques",
10
10
  name="build_desikan_killiany_gcs.csh",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  CBLUMWMGYRI_METADATA = Metadata(
9
- id="fe20341079c6df1e8a587d62997fab1a4bf8a4d8.boutiques",
9
+ id="564e3588afc9810c3dc5013f2e056c14a2f92213.boutiques",
10
10
  name="cblumwmgyri",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  CHECK_MCR_SH_METADATA = Metadata(
9
- id="791978a63c49f038efea95973ac807e32f4fd537.boutiques",
9
+ id="3cf223c7fdc62b166c1577a94bc2b4f19d6881da.boutiques",
10
10
  name="checkMCR.sh",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  COMPUTE_INTERRATER_VARIABILITY_CSH_METADATA = Metadata(
9
- id="7363f7a4d7e7af9a9827c3ca57854bc1610a9623.boutiques",
9
+ id="7c673e67884e719ac415c4fda5f5ca418d13773d.boutiques",
10
10
  name="compute_interrater_variability.csh",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,19 +6,25 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  COMPUTE_LABEL_VOLUMES_CSH_METADATA = Metadata(
9
- id="f6bb92d910cd7a9b624eadf0f487558e645d0c90.boutiques",
9
+ id="868d89d16779dfaa8674d3cf6361c520a6cdcca9.boutiques",
10
10
  name="compute_label_volumes.csh",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
13
13
  )
14
14
 
15
15
 
16
+ ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters = typing.TypedDict('ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters', {
17
+ "__STYX_TYPE__": typing.Literal["label_L"],
18
+ "upper_L": typing.NotRequired[str | None],
19
+ "lower_L": typing.NotRequired[str | None],
20
+ })
21
+
22
+
16
23
  ComputeLabelVolumesCshParameters = typing.TypedDict('ComputeLabelVolumesCshParameters', {
17
24
  "__STYX_TYPE__": typing.Literal["compute_label_volumes.csh"],
18
25
  "label_vol": InputPathType,
19
26
  "output_file": str,
20
- "label_l": typing.NotRequired[str | None],
21
- "label_l_1": typing.NotRequired[str | None],
27
+ "label_L": typing.NotRequired[ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters | None],
22
28
  "version": bool,
23
29
  "help": bool,
24
30
  })
@@ -37,6 +43,7 @@ def dyn_cargs(
37
43
  """
38
44
  return {
39
45
  "compute_label_volumes.csh": compute_label_volumes_csh_cargs,
46
+ "label_L": compute_label_volumes_csh_label_l_cargs,
40
47
  }.get(t)
41
48
 
42
49
 
@@ -56,6 +63,56 @@ def dyn_outputs(
56
63
  }.get(t)
57
64
 
58
65
 
66
+ def compute_label_volumes_csh_label_l_params(
67
+ upper_l: str | None = None,
68
+ lower_l: str | None = None,
69
+ ) -> ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters:
70
+ """
71
+ Build parameters.
72
+
73
+ Args:
74
+ upper_l: The particular label to be analyzed (case-sensitive option).
75
+ lower_l: The particular label to be analyzed (case-insensitive option).
76
+ Returns:
77
+ Parameter dictionary
78
+ """
79
+ params = {
80
+ "__STYXTYPE__": "label_L",
81
+ }
82
+ if upper_l is not None:
83
+ params["upper_L"] = upper_l
84
+ if lower_l is not None:
85
+ params["lower_L"] = lower_l
86
+ return params
87
+
88
+
89
+ def compute_label_volumes_csh_label_l_cargs(
90
+ params: ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters,
91
+ execution: Execution,
92
+ ) -> list[str]:
93
+ """
94
+ Build command-line arguments from parameters.
95
+
96
+ Args:
97
+ params: The parameters.
98
+ execution: The execution object for resolving input paths.
99
+ Returns:
100
+ Command-line arguments.
101
+ """
102
+ cargs = []
103
+ if params.get("upper_L") is not None:
104
+ cargs.extend([
105
+ "--L",
106
+ params.get("upper_L")
107
+ ])
108
+ if params.get("lower_L") is not None:
109
+ cargs.extend([
110
+ "--l",
111
+ params.get("lower_L")
112
+ ])
113
+ return cargs
114
+
115
+
59
116
  class ComputeLabelVolumesCshOutputs(typing.NamedTuple):
60
117
  """
61
118
  Output object returned when calling `compute_label_volumes_csh(...)`.
@@ -69,8 +126,7 @@ class ComputeLabelVolumesCshOutputs(typing.NamedTuple):
69
126
  def compute_label_volumes_csh_params(
70
127
  label_vol: InputPathType,
71
128
  output_file: str,
72
- label_l: str | None = None,
73
- label_l_1: str | None = None,
129
+ label_l: ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters | None = None,
74
130
  version: bool = False,
75
131
  help_: bool = False,
76
132
  ) -> ComputeLabelVolumesCshParameters:
@@ -80,9 +136,7 @@ def compute_label_volumes_csh_params(
80
136
  Args:
81
137
  label_vol: Label volume to be analyzed.
82
138
  output_file: Text file where the results are written.
83
- label_l: The particular label to be analyzed (case-insensitive option).
84
- label_l_1: The particular label to be analyzed (case-insensitive\
85
- option).
139
+ label_l: The particular label to be analyzed.
86
140
  version: Print version and exit.
87
141
  help_: Print help and exit.
88
142
  Returns:
@@ -96,9 +150,7 @@ def compute_label_volumes_csh_params(
96
150
  "help": help_,
97
151
  }
98
152
  if label_l is not None:
99
- params["label_l"] = label_l
100
- if label_l_1 is not None:
101
- params["label_l_1"] = label_l_1
153
+ params["label_L"] = label_l
102
154
  return params
103
155
 
104
156
 
@@ -125,16 +177,8 @@ def compute_label_volumes_csh_cargs(
125
177
  "--out",
126
178
  params.get("output_file")
127
179
  ])
128
- if params.get("label_l") is not None:
129
- cargs.extend([
130
- "--l",
131
- params.get("label_l")
132
- ])
133
- if params.get("label_l_1") is not None:
134
- cargs.extend([
135
- "--l",
136
- params.get("label_l_1")
137
- ])
180
+ if params.get("label_L") is not None:
181
+ cargs.extend(dyn_cargs(params.get("label_L")["__STYXTYPE__"])(params.get("label_L"), execution))
138
182
  if params.get("version"):
139
183
  cargs.append("--version")
140
184
  if params.get("help"):
@@ -190,8 +234,7 @@ def compute_label_volumes_csh_execute(
190
234
  def compute_label_volumes_csh(
191
235
  label_vol: InputPathType,
192
236
  output_file: str,
193
- label_l: str | None = None,
194
- label_l_1: str | None = None,
237
+ label_l: ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters | None = None,
195
238
  version: bool = False,
196
239
  help_: bool = False,
197
240
  runner: Runner | None = None,
@@ -207,9 +250,7 @@ def compute_label_volumes_csh(
207
250
  Args:
208
251
  label_vol: Label volume to be analyzed.
209
252
  output_file: Text file where the results are written.
210
- label_l: The particular label to be analyzed (case-insensitive option).
211
- label_l_1: The particular label to be analyzed (case-insensitive\
212
- option).
253
+ label_l: The particular label to be analyzed.
213
254
  version: Print version and exit.
214
255
  help_: Print help and exit.
215
256
  runner: Command runner.
@@ -222,7 +263,6 @@ def compute_label_volumes_csh(
222
263
  label_vol=label_vol,
223
264
  output_file=output_file,
224
265
  label_l=label_l,
225
- label_l_1=label_l_1,
226
266
  version=version,
227
267
  help_=help_,
228
268
  )
@@ -231,8 +271,10 @@ def compute_label_volumes_csh(
231
271
 
232
272
  __all__ = [
233
273
  "COMPUTE_LABEL_VOLUMES_CSH_METADATA",
274
+ "ComputeLabelVolumesCshLabelLParameters",
234
275
  "ComputeLabelVolumesCshOutputs",
235
276
  "ComputeLabelVolumesCshParameters",
236
277
  "compute_label_volumes_csh",
278
+ "compute_label_volumes_csh_label_l_params",
237
279
  "compute_label_volumes_csh_params",
238
280
  ]
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  COMPUTE_VOX2VOX_METADATA = Metadata(
9
- id="cac931a71ca00f1e6fd4a05be9aebaf5ca0482ec.boutiques",
9
+ id="9a7bf87929e316ff71cbf7100a4c060f4d38576b.boutiques",
10
10
  name="compute_vox2vox",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  CONF2HIRES_METADATA = Metadata(
9
- id="2455d1a9818a72df60f5c386c53541cd8cd28eab.boutiques",
9
+ id="539c4acfba831cfb4f99ac6d61aa594dba2bc3f2.boutiques",
10
10
  name="conf2hires",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  CONNECTED_COMPONENTS_METADATA = Metadata(
9
- id="f1633b5575d9dbbe6d93199947f8505bc14a7d96.boutiques",
9
+ id="b9d479aaa7ac641f9959d97c1f7c18cc18043629.boutiques",
10
10
  name="connected_components",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  COR_TO_MINC_METADATA = Metadata(
9
- id="40b8ba63752dc024cdd4c61323a6a2c0ec2b41fb.boutiques",
9
+ id="15dda396a0f22d201e6574171b77090fc72b06a2.boutiques",
10
10
  name="cor_to_minc",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  CP_DICOM_METADATA = Metadata(
9
- id="e87057efacb16ed69de0523e99719b16d1c3fb64.boutiques",
9
+ id="a3b5658a53886c2046aff8ddfa60c01956982a5b.boutiques",
10
10
  name="cp-dicom",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  CREATE_MORPH_METADATA = Metadata(
9
- id="7ba94c2fde940591087049eddfc2da6806638f12.boutiques",
9
+ id="d00775e741e3933385d72fe876f856c711446cb8.boutiques",
10
10
  name="createMorph",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DCMDIR_INFO_MGH_METADATA = Metadata(
9
- id="162f400a399c275cd7fef293d1d5ad1cd84402e4.boutiques",
9
+ id="8a0c29bc82d0c5ee9d5b9085f7f1bd5a728df60b.boutiques",
10
10
  name="dcmdir-info-mgh",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DCMDJPEG_FS_METADATA = Metadata(
9
- id="23277311b6d3ec67d22170dc491d01934643849c.boutiques",
9
+ id="359bc973b8599706e77b1aca498ebac2ce7ef402.boutiques",
10
10
  name="dcmdjpeg.fs",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DCMDRLE_FS_METADATA = Metadata(
9
- id="b9eeb8b72ae777bc906cf77f646047be70b17380.boutiques",
9
+ id="46c0ce2e6f9c8a200078216d5100f33419da71f7.boutiques",
10
10
  name="dcmdrle.fs",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DCMSPLIT_METADATA = Metadata(
9
- id="3d5aa62fefcd13c6396a58e6fed84abe77250c1e.boutiques",
9
+ id="32509a30d18a74c8ffaec50695d2c1f51a6cff31.boutiques",
10
10
  name="dcmsplit",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DCMUNPACK_METADATA = Metadata(
9
- id="01d871981fcfe7211d8f4250bbd352a2a097e2e7.boutiques",
9
+ id="64a19ab70f6129ad53152ddeab602e5432759bab.boutiques",
10
10
  name="dcmunpack",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DEFACE_SUBJECT_METADATA = Metadata(
9
- id="274e5ad239a83bd50707ef1a9dcf8ce7c5e84775.boutiques",
9
+ id="89832befbb0be4ec4bfd9bda31d48569152b4136.boutiques",
10
10
  name="deface_subject",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DEFECT2SEG_METADATA = Metadata(
9
- id="a0c3f2a6d8ce1bf2e14e38a191f684088ba5acc6.boutiques",
9
+ id="ee34539fd2b9014ec765deedfc67dab265d637bf.boutiques",
10
10
  name="defect2seg",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DEFECT_SEG_METADATA = Metadata(
9
- id="0e4a4cf0254a2348ea18fc134e746047a23ee4d4.boutiques",
9
+ id="9b31a7d103732cf28fbea5f8fb3d389448877d3a.boutiques",
10
10
  name="defect-seg",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DICOM_RENAME_METADATA = Metadata(
9
- id="967c36e6f1722cec2c2a414d9307145c8c3ca445.boutiques",
9
+ id="3fa82f4f7cfa0f517393cf4bbd8d9673564b758d.boutiques",
10
10
  name="dicom-rename",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DIFFUSION_UTILS_METADATA = Metadata(
9
- id="644c1194ddc618947bb21fc39f90ede191a80b94.boutiques",
9
+ id="7be8ebb9754439dfbaa88637615d07589e30bde0.boutiques",
10
10
  name="diffusionUtils",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",
@@ -6,7 +6,7 @@ import pathlib
6
6
  from styxdefs import *
7
7
 
8
8
  DMRI_ANATOMI_CUTS_METADATA = Metadata(
9
- id="b3ae6660625cd9a73409943ca03518bf3c1e8760.boutiques",
9
+ id="01e01361461867f93868da157078842ad7024286.boutiques",
10
10
  name="dmri_AnatomiCuts",
11
11
  package="freesurfer",
12
12
  container_image_tag="freesurfer/freesurfer:7.4.1",