nabu 2024.1.0rc3__py3-none-any.whl → 2024.1.1__py3-none-any.whl
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- build/lib/nabu/io/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/io/tests/test_cast_volume.py +339 -0
- build/lib/nabu/io/tests/test_detector_distortion.py +178 -0
- build/lib/nabu/io/tests/test_writers.py +187 -0
- build/lib/nabu/io/tiffwriter_zmm.py +99 -0
- build/lib/nabu/io/utils.py +263 -0
- build/lib/nabu/io/writer.py +892 -0
- build/lib/nabu/misc/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/misc/binning.py +98 -0
- build/lib/nabu/misc/fftshift.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/filters.py +24 -0
- build/lib/nabu/misc/fourier_filters.py +152 -0
- build/lib/nabu/misc/histogram.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/histogram_cuda.py +8 -0
- build/lib/nabu/misc/kernel_base.py +4 -0
- build/lib/nabu/misc/padding.py +83 -0
- build/lib/nabu/misc/padding_base.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/processing_base.py +4 -0
- build/lib/nabu/misc/rotation.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/rotation_cuda.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/tests/__init__.py +1 -0
- build/lib/nabu/misc/tests/test_binning.py +48 -0
- build/lib/nabu/misc/tests/test_interpolation.py +70 -0
- build/lib/nabu/misc/transpose.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/unsharp.py +4 -0
- build/lib/nabu/misc/unsharp_cuda.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/unsharp_opencl.py +8 -0
- build/lib/nabu/misc/utils.py +117 -0
- build/lib/nabu/opencl/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/fft.py +6 -0
- build/lib/nabu/opencl/kernel.py +135 -0
- build/lib/nabu/opencl/memcpy.py +35 -0
- build/lib/nabu/opencl/padding.py +6 -0
- build/lib/nabu/opencl/processing.py +62 -0
- build/lib/nabu/opencl/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/utils.py +292 -0
- build/lib/nabu/pipeline/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/config.py +265 -0
- build/lib/nabu/pipeline/config_validators.py +589 -0
- build/lib/nabu/pipeline/datadump.py +164 -0
- build/lib/nabu/pipeline/dataset_validator.py +211 -0
- build/lib/nabu/pipeline/detector_distortion_provider.py +20 -0
- build/lib/nabu/pipeline/estimators.py +1012 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fallback_utils.py +149 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked.py +849 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked_cuda.py +152 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/computations.py +260 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/dataset_validator.py +63 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/nabu_config.py +590 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/processconfig.py +825 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/reconstruction.py +851 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/dataset_validator.py +19 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/fbp.py +147 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/filtering.py +246 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/gridded_accumulator.py +575 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded.py +1670 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded_cuda.py +119 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_reconstruction.py +598 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_utils.py +42 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/nabu_config.py +175 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/processconfig.py +62 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/span_strategy.py +483 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_accumulator.py +157 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_pipeline_elements_full.py +355 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_strategy.py +61 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/utils.py +51 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/weight_balancer.py +101 -0
- build/lib/nabu/pipeline/params.py +163 -0
- build/lib/nabu/pipeline/processconfig.py +210 -0
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_chunk_reader.py +78 -0
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_estimators.py +149 -0
- build/lib/nabu/pipeline/utils.py +116 -0
- build/lib/nabu/pipeline/writer.py +193 -0
- build/lib/nabu/pipeline/xrdct/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/preproc/__init__.py +7 -0
- build/lib/nabu/preproc/alignment.py +11 -0
- build/lib/nabu/preproc/ccd.py +161 -0
- build/lib/nabu/preproc/ccd_cuda.py +169 -0
- build/lib/nabu/preproc/ctf.py +361 -0
- build/lib/nabu/preproc/ctf_cuda.py +142 -0
- build/lib/nabu/preproc/distortion.py +92 -0
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield.py +212 -0
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_cuda.py +174 -0
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_variable_region.py +68 -0
- build/lib/nabu/preproc/flatfield.py +448 -0
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_cuda.py +144 -0
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_variable_region.py +79 -0
- build/lib/nabu/preproc/phase.py +425 -0
- build/lib/nabu/preproc/phase_cuda.py +143 -0
- build/lib/nabu/preproc/shift.py +95 -0
- build/lib/nabu/preproc/shift_cuda.py +102 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/__init__.py +1 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ccd_corr.py +59 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ctf.py +250 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_double_flatfield.py +86 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_flatfield.py +626 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_paganin.py +67 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_vshift.py +73 -0
- build/lib/nabu/processing/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/convolution_cuda.py +375 -0
- build/lib/nabu/processing/fft_base.py +163 -0
- build/lib/nabu/processing/fft_cuda.py +256 -0
- build/lib/nabu/processing/fft_opencl.py +54 -0
- build/lib/nabu/processing/fftshift.py +134 -0
- build/lib/nabu/processing/histogram.py +286 -0
- build/lib/nabu/processing/histogram_cuda.py +103 -0
- build/lib/nabu/processing/kernel_base.py +126 -0
- build/lib/nabu/processing/medfilt_cuda.py +159 -0
- build/lib/nabu/processing/muladd.py +29 -0
- build/lib/nabu/processing/muladd_cuda.py +68 -0
- build/lib/nabu/processing/padding_base.py +71 -0
- build/lib/nabu/processing/padding_cuda.py +75 -0
- build/lib/nabu/processing/padding_opencl.py +77 -0
- build/lib/nabu/processing/processing_base.py +123 -0
- build/lib/nabu/processing/roll_opencl.py +64 -0
- build/lib/nabu/processing/rotation.py +63 -0
- build/lib/nabu/processing/rotation_cuda.py +66 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fft.py +268 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fftshift.py +71 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_histogram.py +55 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_medfilt.py +77 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_muladd.py +54 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_padding.py +247 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_roll.py +63 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_rotation.py +83 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_transpose.py +72 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_unsharp.py +106 -0
- build/lib/nabu/processing/transpose.py +126 -0
- build/lib/nabu/processing/unsharp.py +79 -0
- build/lib/nabu/processing/unsharp_cuda.py +53 -0
- build/lib/nabu/processing/unsharp_opencl.py +75 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/__init__.py +3 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/cone.py +241 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp.py +124 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_base.py +391 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_opencl.py +78 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering.py +220 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_cuda.py +103 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_opencl.py +111 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/projection.py +240 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor.py +174 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor_cuda.py +44 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/rings.py +248 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/rings_cuda.py +322 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram.py +467 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_cuda.py +250 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_opencl.py +40 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/__init__.py +1 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_cone.py +308 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_deringer.py +220 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_fbp.py +252 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_filtering.py +133 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_halftomo.py +100 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_projector.py +164 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_reconstructor.py +93 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_sino_normalization.py +85 -0
- build/lib/nabu/resources/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cli/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cor.py +5 -0
- build/lib/nabu/resources/dataset_analyzer.py +469 -0
- build/lib/nabu/resources/gpu.py +169 -0
- build/lib/nabu/resources/logger.py +130 -0
- build/lib/nabu/resources/nxflatfield.py +217 -0
- build/lib/nabu/resources/templates/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/test_nxflatfield.py +104 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/test_units.py +47 -0
- build/lib/nabu/resources/utils.py +174 -0
- build/lib/nabu/stitching/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/alignment.py +184 -0
- build/lib/nabu/stitching/config.py +1286 -0
- build/lib/nabu/stitching/definitions.py +6 -0
- build/lib/nabu/stitching/frame_composition.py +155 -0
- build/lib/nabu/stitching/overlap.py +373 -0
- build/lib/nabu/stitching/sample_normalization.py +60 -0
- build/lib/nabu/stitching/slurm_utils.py +204 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_alignment.py +99 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_config.py +226 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_frame_composition.py +180 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_overlap.py +98 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_sample_normalization.py +49 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_slurm_utils.py +146 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_utils.py +21 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_z_stitching.py +1183 -0
- build/lib/nabu/stitching/utils.py +563 -0
- build/lib/nabu/stitching/z_stitching.py +2279 -0
- build/lib/nabu/tests.py +51 -0
- build/lib/nabu/testutils.py +375 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/algotom_convert_sino.py +276 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/pore3d_deringer_munch.py +108 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/tomocupy_remove_stripe.py +586 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/tomopy_phase.py +239 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/tomwer_load_flats_darks.py +162 -0
- build/lib/nabu/utils.py +836 -0
- nabu/__init__.py +1 -1
- nabu/estimation/cor.py +2 -2
- nabu/io/cast_volume.py +10 -2
- nabu/pipeline/estimators.py +13 -7
- nabu/resources/dataset_analyzer.py +15 -6
- nabu/stitching/config.py +2 -2
- nabu/stitching/z_stitching.py +3 -1
- {nabu-2024.1.0rc3.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/METADATA +1 -1
- nabu-2024.1.1.dist-info/RECORD +2375 -0
- nabu-2024.1.1.dist-info/top_level.txt +4 -0
- doc/doc_config.py +0 -32
- nabu-2024.1.0rc3.dist-info/RECORD +0 -296
- nabu-2024.1.0rc3.dist-info/top_level.txt +0 -2
- {nabu-2024.1.0rc3.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/LICENSE +0 -0
- {nabu-2024.1.0rc3.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/WHEEL +0 -0
- {nabu-2024.1.0rc3.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/entry_points.txt +0 -0
doc/doc_config.py
DELETED
@@ -1,32 +0,0 @@
|
|
1
|
-
#!/usr/bin/env python
|
2
|
-
|
3
|
-
from nabu.resources.nabu_config import nabu_config
|
4
|
-
|
5
|
-
|
6
|
-
def generate(file_):
|
7
|
-
def write(content):
|
8
|
-
print(content, file=file_)
|
9
|
-
for section, values in nabu_config.items():
|
10
|
-
if section == "about":
|
11
|
-
continue
|
12
|
-
write("## %s\n" % section)
|
13
|
-
for key, val in values.items():
|
14
|
-
if val["type"] == "unsupported":
|
15
|
-
continue
|
16
|
-
write(val["help"] + "\n")
|
17
|
-
write(
|
18
|
-
"```ini\n%s = %s\n```"
|
19
|
-
% (key, val["default"])
|
20
|
-
)
|
21
|
-
|
22
|
-
|
23
|
-
|
24
|
-
if __name__ == "__main__":
|
25
|
-
|
26
|
-
import sys, os
|
27
|
-
print(os.path.abspath(__file__))
|
28
|
-
exit(0)
|
29
|
-
|
30
|
-
fname = "/tmp/test.md"
|
31
|
-
with open(fname, "w") as f:
|
32
|
-
generate(f)
|
@@ -1,296 +0,0 @@
|
|
1
|
-
doc/conf.py,sha256=3xtCarCHrXPr50GbeRDuH-o3Jzojw7mpr7vpGfZPLAE,3787
|
2
|
-
doc/create_conf_doc.py,sha256=IVOdP70KvbW9WS_UQu3Iyd0YfS60E2fJ5IDtQ_s4cDw,1143
|
3
|
-
doc/doc_config.py,sha256=anqeOVjqE2e7eVzg7yuh9dvIneTkrA5doGl1cVBqT7Q,730
|
4
|
-
doc/get_mathjax.py,sha256=VIvKRCdDuF2VoY8JD3mSey9XX13AZMmwTJBHdt1tUs4,1012
|
5
|
-
nabu/__init__.py,sha256=KFgxnRQejwbIvTDyVIZ7pynIPRleDvWZjrxJpc-uKGI,274
|
6
|
-
nabu/tests.py,sha256=cew9OY2uTyncHI_HM32W8CP6B1GTGKaOW65XtMEqs7o,1417
|
7
|
-
nabu/testutils.py,sha256=qqtGgkIhpOpXhgeoXlqCb91Rx-JlI4ALaDF6nt8YRRk,13298
|
8
|
-
nabu/utils.py,sha256=1OKKhQ6-t7OOwTLQkTJuK5Hk9lb7hkEZrDtTdcmvD4c,24164
|
9
|
-
nabu/app/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
10
|
-
nabu/app/bootstrap.py,sha256=UQZzCBKtSXtQp5U0aXtlUhbjbwzgILTI4zD4zVffhBI,3246
|
11
|
-
nabu/app/bootstrap_stitching.py,sha256=Inr0_zRAtyeMTK1BKxGqoDf-Na0O33CICmQJYja06ug,2148
|
12
|
-
nabu/app/cast_volume.py,sha256=60mSXKivRMbK1TA8gsQROX2gmzCunCZG4TVP15t96yA,10928
|
13
|
-
nabu/app/cli_configs.py,sha256=FBh9bG80oY0fwfOntmgqgumS5i120_r60tCsj_mcdvE,22109
|
14
|
-
nabu/app/compare_volumes.py,sha256=Mu5O4uP-ANo-el-fE5PLvEq42BTk5FkrscaFRyQZdis,3341
|
15
|
-
nabu/app/composite_cor.py,sha256=N0Q7dxak7GktcuwxtwQ0PdZcmCS5CboChlxa2UCLMIA,5132
|
16
|
-
nabu/app/correct_rot.py,sha256=K0UQz4l5caFvsSr1-1y5hZvt6e45NAH3qYOhzHm2mGc,2130
|
17
|
-
nabu/app/create_distortion_map_from_poly.py,sha256=5knKx0VLyj-s1ObGwQWlh_ml_Uz4J8jvVBsU9EypLOw,6199
|
18
|
-
nabu/app/diag_to_pix.py,sha256=iSB9gJ5t45Rf025a0yx3Wom9yYRIlvsO8yPvSv5R6MY,15217
|
19
|
-
nabu/app/diag_to_rot.py,sha256=86lqINSN4SoQ0Eqf0fGYCw-eAhBHm8ds7TDWtLNE6Cg,17111
|
20
|
-
nabu/app/double_flatfield.py,sha256=zm9oHWR_QgAV2B3SeNWwgxpJtBsnnWUW4O2lCn5Hjbc,5450
|
21
|
-
nabu/app/generate_header.py,sha256=Voo-FAvwS_mU5gtDxyqpZnSpP_mlMSfd_6bEtgdi_tg,8919
|
22
|
-
nabu/app/histogram.py,sha256=gyLXKwFrU5WPQMkM1k8OdpIXSwGEEKC-f8RcTHKOho4,7930
|
23
|
-
nabu/app/multicor.py,sha256=7Y-V6IH0L9BBoPa1pW9hbY3CsBvJtABgwRQSwd5dMD8,2996
|
24
|
-
nabu/app/nx_z_splitter.py,sha256=p54jR-PAAw-AkGolM9fZE5lM2vbNLspCNCy5zBnJNP4,4976
|
25
|
-
nabu/app/parse_reconstruction_log.py,sha256=9eiJftCkyNvtZmTDjeOuKgu3a9Fe4KzJcfcI_ZdDlUM,4586
|
26
|
-
nabu/app/prepare_weights_double.py,sha256=5TkhTwNbvgeG8jlDLCwlkeOV_YMINySwdpmjaTM6pbk,5495
|
27
|
-
nabu/app/reconstruct.py,sha256=Lt3Qu11p_eaq4U6tMfQOw-gRSfGhgFwPms2LkjbZaWY,3968
|
28
|
-
nabu/app/reconstruct_helical.py,sha256=odjjCtq12vV_oGIpcK_P00nmH8YlFtq0_r28eBb-O_0,4454
|
29
|
-
nabu/app/reduce_dark_flat.py,sha256=fkUuVEgU54m9IeoJSHBL9hZ9iyHIOMYO8QjAZIZcXq4,6586
|
30
|
-
nabu/app/rotate.py,sha256=Rj8W7UDZHS4FLgMsGq4xvHfOujWJsyVexn-NOg3Gja0,6445
|
31
|
-
nabu/app/shrink_dataset.py,sha256=P9dorO0Q-gPAWgSHyZi3XQp4jkMTJacDYzNvJY4oh98,3507
|
32
|
-
nabu/app/stitching.py,sha256=Ibp1oVokLVMz-VX762j1C0E88Di0YJvRt-b8NjGoe7g,3310
|
33
|
-
nabu/app/utils.py,sha256=XUBRWDmth4i3BZHd27rfarFAUP7OEcsMeVmDJ6T4EXA,1178
|
34
|
-
nabu/app/validator.py,sha256=IR-DcUV5h1Fc5CChBfBIaglrGpfKNICX7tGirAroMiw,3368
|
35
|
-
nabu/app/tests/test_reduce_dark_flat.py,sha256=T-_zyzD0-f2c5Z-tlzmRF5p3vPtyL2RFb-D5fIYYEoM,2641
|
36
|
-
nabu/cuda/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
37
|
-
nabu/cuda/convolution.py,sha256=n8KsJ7IZdPOs_K5QZC6qblnOvIKYwxtdt03oNa0GiMU,241
|
38
|
-
nabu/cuda/fft.py,sha256=FaLlZZWS3N32O6Lt7MioNTLNTyD1KwVSAVYyUYuIe9o,194
|
39
|
-
nabu/cuda/kernel.py,sha256=jTTrjb6jwWUEk5NJJNs_BoNjpRiknhYRApZuA58vJis,3381
|
40
|
-
nabu/cuda/medfilt.py,sha256=4pFzE-JR1RufxfsgViewRTlh_a-YrTZikx-qvTZ2yUs,216
|
41
|
-
nabu/cuda/padding.py,sha256=DdexJvSuQPk9Svqlk1xZUfJBjs_Ru9E4kF-0Q7RPEyM,216
|
42
|
-
nabu/cuda/processing.py,sha256=07wCxP6YkBpS_UvEIu6dsXvhaINY06peNdkKZrcIcls,2605
|
43
|
-
nabu/cuda/utils.py,sha256=27zlJrxG6vLnbTSY-N8MDwL3m12zi9WqbavU8ZDnV3s,9741
|
44
|
-
nabu/cuda/src/ElementOp.cu,sha256=PhebQQgeF0V7MDNzeYiRXIeNq3tE2PsBx00XhanBmvg,7188
|
45
|
-
nabu/cuda/src/backproj.cu,sha256=Zq9w8TP9zSYCHH_91dfrTVLOSEmY0y4hzm7J2qdCdJ8,6257
|
46
|
-
nabu/cuda/src/backproj_polar.cu,sha256=sZbtw3KMfN69XyubJQSSLC87d5IPOyzbPBoRSNC1Cek,1851
|
47
|
-
nabu/cuda/src/boundary.h,sha256=eQhfKZm-o0kj88BvkUwzqfqxYfRde4Tuj8AhQvRK16Y,2898
|
48
|
-
nabu/cuda/src/convolution.cu,sha256=O6r8qPpQjpaqnNivMRX0LK3dEACKk9xyNYO9u_JysU0,7353
|
49
|
-
nabu/cuda/src/dfi_fftshift.cu,sha256=ElgNXy8H14mff2hmyjxCq7CnFK_DSY2Z564QGytRO1o,2220
|
50
|
-
nabu/cuda/src/flatfield.cu,sha256=ZVVmEd-jcsK03VWv42uugYw6LeUnDEVY8qo_G07doHs,2058
|
51
|
-
nabu/cuda/src/fourier_wavelets.cu,sha256=571gDOFLy4cMKOockPZIxCJKcFWJwDYT8FdWjQJHEWE,547
|
52
|
-
nabu/cuda/src/halftomo.cu,sha256=agqNiL4gvY0S57_d0Xa7rvjXI5teOOXF9XHK1IA-aDQ,2902
|
53
|
-
nabu/cuda/src/helical_padding.cu,sha256=87Ia2jDWzA_1ZSmE-v1yBqccIrIvF5Op6Nbmyvk31Ww,3955
|
54
|
-
nabu/cuda/src/histogram.cu,sha256=bVdVA5GfT0-asMjmWk8r39a7W2jmjL-YVz60LUyvqiQ,808
|
55
|
-
nabu/cuda/src/interpolation.cu,sha256=Q4TjDklZToSjk9yCd4Rq97kQlhSAgFer7Pf4PUo4jYU,839
|
56
|
-
nabu/cuda/src/medfilt.cu,sha256=fyuuOEHxQFfQoDjyXr_BdNRHIUBN7e6T66kvW4OQI7A,2449
|
57
|
-
nabu/cuda/src/normalization.cu,sha256=uEJLeKZRe6yWYB9fSHnLjluIOiNBzJRK8LFYyVqrrn0,2028
|
58
|
-
nabu/cuda/src/padding.cu,sha256=ir5kmWq3Fm0dgyNLfWS3bVp_GrQGJcHjCNXXoW76TmY,4420
|
59
|
-
nabu/cuda/src/proj.cu,sha256=i5WZ6-V_yO2BoAVkrrELAWhFHQAOifnVwPqtIWFbcS4,3750
|
60
|
-
nabu/cuda/src/rotation.cu,sha256=inatw44lT0Qn4D2xguLi_YZsjzP96zfGGLiCc9vLhQw,657
|
61
|
-
nabu/cuda/src/transpose.cu,sha256=Enim7vLxTCFZbK3BmYdQ6ZatA_FLp6601VOSl8iGFjg,476
|
62
|
-
nabu/cuda/tests/__init__.py,sha256=AbpHGcgLb-kRsJGnwFEktk7uzpZOCcBY74-YBdrKVGs,1
|
63
|
-
nabu/estimation/__init__.py,sha256=HWE3ivArjlJx4FjFh2Q73VmpIyzod80KTmXvFo1AP1s,379
|
64
|
-
nabu/estimation/alignment.py,sha256=bG5eskq-bGOdyRpxZ1t-udbcwKOvHUn6C4HmUrNOX9c,21584
|
65
|
-
nabu/estimation/cor.py,sha256=dG-Yg8o_sKJkmb9ghVnV-W1Zm0otJBg9MINBiEVKbdY,68114
|
66
|
-
nabu/estimation/cor_sino.py,sha256=xbTD-F3eemUuvsyV6dmJOTxSOL-KI15-JNPMC3S9ZAU,6394
|
67
|
-
nabu/estimation/distortion.py,sha256=DEXizQpgHBXmrhbQ0kuEchicxmiDgmU2qrh8bCgSezg,4701
|
68
|
-
nabu/estimation/focus.py,sha256=5Ot97-SfhdoaZaske3J_ZdPLIPGswovmGxmPM6ir2BU,15765
|
69
|
-
nabu/estimation/tilt.py,sha256=8xdNvJkA4rKLBSaGMq6ldR-Azoa1o6WlQ6lO5PuIGGk,8647
|
70
|
-
nabu/estimation/translation.py,sha256=L-SCLozW1I-FyGta9LjbNPLYRnaznwenF-p9rISM2pE,8581
|
71
|
-
nabu/estimation/utils.py,sha256=m1dYxyU1uSmyjRkPDhfXFzZ_o2mw8X2ApmvCC1MsvlQ,1401
|
72
|
-
nabu/estimation/tests/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
73
|
-
nabu/estimation/tests/test_alignment.py,sha256=odDbSXGPZz-aqCkPfFrZqqMp4NDz-4Sju87vWrOdA30,2491
|
74
|
-
nabu/estimation/tests/test_cor.py,sha256=TND-fGoupHQFhp-omp6SQFETxZAaL0WyjC5JZNzCvmI,21268
|
75
|
-
nabu/estimation/tests/test_focus.py,sha256=deaVGbIFSzHDAReoeAy-1HLsnKWpJQsC2SL9WTWEV6o,4170
|
76
|
-
nabu/estimation/tests/test_tilt.py,sha256=PN4tnV3-XU2nNA608kQShaHugWn_-wbHzWCTnLIaCTk,1658
|
77
|
-
nabu/estimation/tests/test_translation.py,sha256=RkOnCYgk9DZGKlIka1snqTv4wbIz_nG7-EHAxnBHsJU,2999
|
78
|
-
nabu/io/__init__.py,sha256=Mx0HRIENk0dJbN3b9tzPZhiOnPMxBItgVNQn_QLLrlI,176
|
79
|
-
nabu/io/cast_volume.py,sha256=KhwS8RKl17s39hJSSHnKVMIDMikVWYPYTomvQJgKBP8,15196
|
80
|
-
nabu/io/detector_distortion.py,sha256=Or4icugi0fGRKWIG0I9hCuR1UZA5Cel25ZGY7cR2j4I,11744
|
81
|
-
nabu/io/reader.py,sha256=1DlUYObfOBEGYJHEqyw1Mb2uQ_b_Z7-FFqMWS-4tIB0,23083
|
82
|
-
nabu/io/reader_helical.py,sha256=_6vZBH-US_VT7oOGJUtYXqPwFws7xZKcmdOthpwvlIQ,4477
|
83
|
-
nabu/io/tiffwriter_zmm.py,sha256=ykaSFqdbYhGNxdBrJRT_rxihx5wj9G8qMQMI1e07fNk,3838
|
84
|
-
nabu/io/utils.py,sha256=EcaAdjD09h_6dbVX2Bl3xGhK83hXBslixcJ4zn5kfLM,9241
|
85
|
-
nabu/io/writer.py,sha256=cWKY7RcNUztOs1ktzLP2G087fLvq4yNMNdvvBdnoOSk,31417
|
86
|
-
nabu/io/tests/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
87
|
-
nabu/io/tests/test_cast_volume.py,sha256=3zd_aGhMeMPkjg1I3Kq4oKltxwVloizXKgaDV8g_F7Q,10391
|
88
|
-
nabu/io/tests/test_detector_distortion.py,sha256=-l-fl_RmSoZHl9aDoHDoJE13L8w9ghBXGASc9PYGzqw,6341
|
89
|
-
nabu/io/tests/test_writers.py,sha256=PjHRI8euuRnejwE_LNMSdwqUq18V0V3VJwmRhi8xvyk,7188
|
90
|
-
nabu/misc/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
91
|
-
nabu/misc/binning.py,sha256=x7mbKTfEKF8ZaZoPq2LJl9hfUsQ0qMNGMxaHE98PcNc,2920
|
92
|
-
nabu/misc/fftshift.py,sha256=TF0RwlDqo_umTwBQb2juCA8Hrff4H20XULdcIyDTajI,205
|
93
|
-
nabu/misc/filters.py,sha256=8aoO7-g94PJ8zDUSKD0pV4knozsmZIGTDiiGgO3Fzhg,604
|
94
|
-
nabu/misc/fourier_filters.py,sha256=kGIOYTQtAMMvCgPz7PHTr38EiCKphM6X_16iBDbjwrQ,5691
|
95
|
-
nabu/misc/histogram.py,sha256=-BVR9ji2MFqgYIJpZV8qG2M4vjK9oT0rpJo66AAisYk,209
|
96
|
-
nabu/misc/histogram_cuda.py,sha256=bmB4JYE81wMGGAxBw4FuAr_c3kBptLilPxro9E2gVOE,238
|
97
|
-
nabu/misc/kernel_base.py,sha256=ASiEvHiXhp_dLjkQxxAhob1fQ68ZmIkTsZM9uz11dbU,194
|
98
|
-
nabu/misc/padding.py,sha256=NUTNDsafUnI1pgy-YtemKINGUUufCb7w2EV-UrznCsM,2713
|
99
|
-
nabu/misc/padding_base.py,sha256=41L_bwAlAA96b701CISqzOZTmhgQDSa1vzCjG8Tt-wE,216
|
100
|
-
nabu/misc/processing_base.py,sha256=YTDfq2G64RVVuZn7JgWTie1YAtW-tT48Uq3ZuXH21hw,214
|
101
|
-
nabu/misc/rotation.py,sha256=SNktZ6e9EDTZC6Pe1frtW5CMs5sQP_AWQnLdB1WLMF0,205
|
102
|
-
nabu/misc/rotation_cuda.py,sha256=_1fFuTHgAGuGY7_yufCD6M2nUnKkwNTxWQ0r3nK9W8A,225
|
103
|
-
nabu/misc/transpose.py,sha256=nCaCFIXWFZ6WP74dq8iGJA7SiJZ9_ChbXHfs6ER2hDw,209
|
104
|
-
nabu/misc/unsharp.py,sha256=AglfX-Aw4WD24-8fW2PmiThRQLG6t30bK9WFV8zbvUs,195
|
105
|
-
nabu/misc/unsharp_cuda.py,sha256=RawUFnfvdn5NhJmzplEfFhx75aaOdHWZfbwBtGZGVnk,221
|
106
|
-
nabu/misc/unsharp_opencl.py,sha256=dugGYYbVLPK64tXPHY4JtmBN39dptua9N0TPC1jLCx0,238
|
107
|
-
nabu/misc/utils.py,sha256=MvR66T-aqpt_zhLT3usbPjrBomW4ilcTQMrMuhdwY74,3906
|
108
|
-
nabu/misc/tests/__init__.py,sha256=AbpHGcgLb-kRsJGnwFEktk7uzpZOCcBY74-YBdrKVGs,1
|
109
|
-
nabu/misc/tests/test_binning.py,sha256=0TqnJrDhfqSeWF6ZJsMqFUQ0M2SJ1AHPpD1sWA0hBfE,1884
|
110
|
-
nabu/misc/tests/test_interpolation.py,sha256=H8ZJ7dppCcpxVa9wOBkJ9U0mymH5lGyCJ0LZCYIK8PE,2389
|
111
|
-
nabu/opencl/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
112
|
-
nabu/opencl/fft.py,sha256=-3Ao5Ug4_pEzIliQsBiGJc_PgyURPd8pRje8LWx51pU,208
|
113
|
-
nabu/opencl/kernel.py,sha256=C48xhgxhIkI-0j5CODJJTw-rdjjy8FiyQSJ0YuoYH5c,4736
|
114
|
-
nabu/opencl/memcpy.py,sha256=s_0CCO-PTDmEsCW9_kVCNHwN7_hw7uNy_O6KJ0zS71I,1263
|
115
|
-
nabu/opencl/padding.py,sha256=fe7AZ1VtQJ4F7zq31FjXSYQnleAubWwpEYTCxdZNcSI,224
|
116
|
-
nabu/opencl/processing.py,sha256=7JBZUpPoHMJVI4TEpk1YDn1lLjy0f6XU0qR-PFNfkwA,2122
|
117
|
-
nabu/opencl/utils.py,sha256=yPAt7xQ15n98Gf_ZSkazKUathZBe3WzD47TE-l0cjzs,10141
|
118
|
-
nabu/opencl/src/ElementOp.cl,sha256=RMScHhHYDa6xXC4NLJrC1KpDRq-aMZG1lwq3O9pStiY,1258
|
119
|
-
nabu/opencl/src/backproj.cl,sha256=M226iOQ-0WhGsJZfUn3mUCfBHqqGAqWa2caK9Igk058,5559
|
120
|
-
nabu/opencl/src/fftshift.cl,sha256=xq-HNRWhuXqTVD_nD-38_41HPYZPCXAHDTpxsGURSTY,1726
|
121
|
-
nabu/opencl/src/halftomo.cl,sha256=IZ2VJwWLpfaNpzM8Ief13zsqDcq68lyFqG55qYWoHNE,1386
|
122
|
-
nabu/opencl/src/padding.cl,sha256=0e4wDB3wOVFIFw0f7VTfD45PK6HzDhooCgK2DZqiUfA,460
|
123
|
-
nabu/opencl/src/roll.cl,sha256=UTH4A9SfajGoX3wjOAm1inDT9-8RxCFfoZ5ePijMGOE,2486
|
124
|
-
nabu/opencl/src/transpose.cl,sha256=jFRIFccPefzbKFEqEIVYGrWac5XJs3FY1tEmvCzA74E,450
|
125
|
-
nabu/opencl/tests/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
126
|
-
nabu/pipeline/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
127
|
-
nabu/pipeline/config.py,sha256=amc05PX0kZA5wHjD1oFP59MfW4pBA-gjBypy4tKLnv0,9221
|
128
|
-
nabu/pipeline/config_validators.py,sha256=rvK1Q_KmA1LUeNTefNxXCpYfDQ1zAdk1kFePrLintwc,16300
|
129
|
-
nabu/pipeline/datadump.py,sha256=Ua4tbzxfGMOiT2-7WZn3IDiJqzzK-TyFuku_XUkH8_Q,6520
|
130
|
-
nabu/pipeline/dataset_validator.py,sha256=b6RYIoaElX8QkqYPFl7KsMU7wai7jJjG6QtTQBvPd_o,9207
|
131
|
-
nabu/pipeline/detector_distortion_provider.py,sha256=ru1AxbcuO-FA8FYooPBWgp1lzdSDUtzFUC1A_sS8jME,920
|
132
|
-
nabu/pipeline/estimators.py,sha256=ea1ObPhvtceUYP5bkuX185ujh5RU9FcCNMXU-TQuhw8,41146
|
133
|
-
nabu/pipeline/fallback_utils.py,sha256=7ccrKYE-rp3fydb72VA6W0_eKcEoqYBEAPlmij_lyEc,6086
|
134
|
-
nabu/pipeline/params.py,sha256=VdrekcxOnbrMzvvLcwEWINiMM0uVKmPxJJBwp3lhHBg,3479
|
135
|
-
nabu/pipeline/processconfig.py,sha256=3wCobeC_gI9OTO7v0Hk-IeEJUdKoavK-OzKLd1da5Dg,8216
|
136
|
-
nabu/pipeline/utils.py,sha256=NONAgBfTfUYvBNfoTqD33MAYaPZyCJL10SnR6B0lLec,3462
|
137
|
-
nabu/pipeline/writer.py,sha256=mUpD0kNHrPQhnHwybMMxA7pjaKi53aP8QLBJsqEcQ-4,7501
|
138
|
-
nabu/pipeline/fullfield/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
139
|
-
nabu/pipeline/fullfield/chunked.py,sha256=qGE9gpww2zPbtPeM1Fe0RPRhl3onqxs8fr3HRug-x6I,36919
|
140
|
-
nabu/pipeline/fullfield/chunked_cuda.py,sha256=aGzjY8MX6OL8auEj6Y0RfOGCmFnczsdfj6-8Net5AbQ,5645
|
141
|
-
nabu/pipeline/fullfield/computations.py,sha256=VpIURVXh8EpNSfait_AIFM4Ci-GK_546Wkb-Wn9r31Y,9935
|
142
|
-
nabu/pipeline/fullfield/dataset_validator.py,sha256=sRgUECUc8aOjFbwrW-dHjvIf7K3T40YPSIgt3cInKAc,3055
|
143
|
-
nabu/pipeline/fullfield/nabu_config.py,sha256=a0mMoLkvlvHgX6RmUS1m1UhJS-XB3O6wBCnkNoI90Cs,30358
|
144
|
-
nabu/pipeline/fullfield/processconfig.py,sha256=SzA9FA7aK5V13q8f8fFmKvumvK0ATkl5Bi_lAs2r8m8,35658
|
145
|
-
nabu/pipeline/fullfield/reconstruction.py,sha256=Km_ZDtoiDQdX3TdTh6E9bzS5hoMC0jYU5eZWodaLbIg,36627
|
146
|
-
nabu/pipeline/helical/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
147
|
-
nabu/pipeline/helical/dataset_validator.py,sha256=0YQc0hdYdpaXznFaKmlj9SIu7mNs0xXMejcRkhOZHaI,640
|
148
|
-
nabu/pipeline/helical/fbp.py,sha256=0fAz-Fb0Rn_FzellvcS2cy-Wvm-5dxEf494YFt4pLws,5845
|
149
|
-
nabu/pipeline/helical/filtering.py,sha256=vkxiPkUbm8_KtfUbVwPu8WEvibAJII81TqZW8fvRqnM,10234
|
150
|
-
nabu/pipeline/helical/gridded_accumulator.py,sha256=me6yW7oPrGnlKy0FJvKe70mjqmy7YmClZTsJKdvGOw4,26308
|
151
|
-
nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded.py,sha256=D-192oOK4O3yCFPEATMKyp9cZBNy06ZiFRcB8RECiGw,68449
|
152
|
-
nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded_cuda.py,sha256=DqNM3fx2a_HsHmpY48MBCYK0pdJNXeu7nKKfFFFNW6I,3863
|
153
|
-
nabu/pipeline/helical/helical_reconstruction.py,sha256=rkanRA8mYJjzL9eP8v9eHDn-w00YPzySS1S_hHh3N98,24060
|
154
|
-
nabu/pipeline/helical/helical_utils.py,sha256=uFAQHDqENHqQWUpu1n99dnBCCKOlkgjDjvYORY6XFY0,1439
|
155
|
-
nabu/pipeline/helical/nabu_config.py,sha256=LmYUWC14oDpktLnjbz7qH1yt9NARNbgNG8GXr7E-UM8,8042
|
156
|
-
nabu/pipeline/helical/processconfig.py,sha256=IlCfKkiclBmDDdT6Ail3aSj9Q7zV38YpFmF1_SsCjy4,2775
|
157
|
-
nabu/pipeline/helical/span_strategy.py,sha256=7zV_Oo_liFiuv6m70o08XyoEIo_7QYs7MV7qtHFTgbc,25044
|
158
|
-
nabu/pipeline/helical/utils.py,sha256=51Qbh8db6-DX0iB9B9Kb07uwIG6_upAJg_8nhyzbB7o,1555
|
159
|
-
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160
|
-
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|
161
|
-
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162
|
-
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|
163
|
-
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|
164
|
-
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165
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-
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|
166
|
-
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|
167
|
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168
|
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|
169
|
-
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|
170
|
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|
-
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|
172
|
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|
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|
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|
174
|
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|
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|
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|
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|
-
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|
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|
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|
178
|
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|
179
|
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|
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|
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|
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|
-
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|
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|
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|
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|
-
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
-
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|
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|
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|
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|
-
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|
190
|
-
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|
191
|
-
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|
192
|
-
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|
193
|
-
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|
194
|
-
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|
195
|
-
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|
196
|
-
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|
197
|
-
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|
198
|
-
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|
199
|
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|
200
|
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|
201
|
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|
202
|
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|
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|
-
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|
204
|
-
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|
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|
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206
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
-
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|
210
|
-
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|
211
|
-
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|
212
|
-
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|
213
|
-
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|
214
|
-
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|
215
|
-
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|
216
|
-
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|
217
|
-
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|
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|
-
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|
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|
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|
220
|
-
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|
221
|
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|
222
|
-
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|
223
|
-
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|
224
|
-
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|
225
|
-
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|
226
|
-
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|
227
|
-
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|
228
|
-
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|
229
|
-
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|
230
|
-
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|
231
|
-
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|
232
|
-
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|
233
|
-
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|
234
|
-
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|
235
|
-
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|
236
|
-
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|
237
|
-
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|
238
|
-
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|
239
|
-
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|
240
|
-
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|
241
|
-
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|
242
|
-
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|
243
|
-
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|
244
|
-
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|
245
|
-
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|
246
|
-
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|
247
|
-
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|
248
|
-
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|
249
|
-
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|
250
|
-
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|
251
|
-
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|
252
|
-
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|
253
|
-
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|
254
|
-
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|
255
|
-
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|
256
|
-
nabu/resources/utils.py,sha256=LtOWEYneEzz0mDIpUWM23v9ILJ8FM0YFaVG3fFVc7OU,5725
|
257
|
-
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|
258
|
-
nabu/resources/templates/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
259
|
-
nabu/resources/templates/bm05_pag.conf,sha256=3-Zny2_QlQuZKge53N1vFLZ8yzq-y2cmpAAkByUdHX8,394
|
260
|
-
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|
261
|
-
nabu/resources/templates/id16_holo.conf,sha256=sDd_rEJGZjOGVAsGub5sT2arfXDnc_sxyDBAcfKHNpw,773
|
262
|
-
nabu/resources/templates/id19_pag.conf,sha256=u4fFPEBprzOW9_5_ChkIgowQcYpLhjmA8Gwm5XgC4Jc,384
|
263
|
-
nabu/resources/tests/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
264
|
-
nabu/resources/tests/test_nxflatfield.py,sha256=wLcBYpeD1UHGbimRrisGzgS9oVnQ8nNzayfXCowuLuk,4297
|
265
|
-
nabu/resources/tests/test_units.py,sha256=F2jFTck-1UwYET1MwTtX6ntzYUosfwOJkugSencGgz8,2155
|
266
|
-
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|
267
|
-
nabu/stitching/alignment.py,sha256=MSj-6npGfUnD3C5R5rqKwTogVRUDPmJuEZkPG9hMiUY,6752
|
268
|
-
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|
269
|
-
nabu/stitching/definitions.py,sha256=RyqzZY3KLwN4j0SkOFA-T1aicPbO2jBrqfWdz-1djxk,130
|
270
|
-
nabu/stitching/frame_composition.py,sha256=OGM9cLrLfEP5_hvhDbNq_zr2wdMeAuTTNlVqZk-qVBU,5889
|
271
|
-
nabu/stitching/overlap.py,sha256=eXAKsILS5jwqFY62JhDijeNW8H50rP-yjdUUGqjj0aY,15700
|
272
|
-
nabu/stitching/sample_normalization.py,sha256=_radin_wxnuD3MMmZNAOKA__aPa2z3ss4TFbZeocpXc,2069
|
273
|
-
nabu/stitching/slurm_utils.py,sha256=sZ-VQPh_YlJ1Lkh7ap8qxII0rBpZryMyoxE5Xn557t8,8906
|
274
|
-
nabu/stitching/utils.py,sha256=kMn2JEMDhcBQMweSlM0rUd-037H7iNUURTFMhXOTzC8,23651
|
275
|
-
nabu/stitching/z_stitching.py,sha256=yI0jmmP3y_0VrbzYUBXT9x3F0KIBwNOAuTdQ3nlCdsM,103356
|
276
|
-
nabu/stitching/tests/__init__.py,sha256=47DEQpj8HBSa-_TImW-5JCeuQeRkm5NMpJWZG3hSuFU,0
|
277
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