bentopy 0.2.0a10__cp313-cp313-manylinux_2_34_x86_64.whl

solvate/water/martini.rs

@@ -0,0 +1,409 @@
+/// From the standard Martini water box.
+#[allow(clippy::approx_constant)]
+pub const MARTINI: WaterBox<400, 1> = WaterBox::new(
+    "W",
+    ["W"],
+    Vec3::new(3.64428, 3.64428, 3.64428),
+    [
+        Vec3::new(0.084, 3.595, 3.359),
+        Vec3::new(0.460, 2.488, 2.882),
+        Vec3::new(3.165, 2.218, 0.652),
+        Vec3::new(3.295, 3.303, 2.679),
+        Vec3::new(1.213, 3.294, 0.205),
+        Vec3::new(1.296, 1.446, 1.188),
+        Vec3::new(0.811, 1.294, 1.352),
+        Vec3::new(1.802, 2.109, 0.786),
+        Vec3::new(1.477, 3.201, 3.141),
+        Vec3::new(0.126, 0.762, 3.104),
+        Vec3::new(0.888, 0.042, 2.906),
+        Vec3::new(2.582, 0.430, 1.793),
+        Vec3::new(2.231, 1.301, 0.363),
+        Vec3::new(2.801, 0.735, 3.454),
+        Vec3::new(0.167, 0.527, 2.579),
+        Vec3::new(0.266, 3.146, 3.600),
+        Vec3::new(1.788, 2.536, 0.332),
+        Vec3::new(0.220, 1.319, 2.025),
+        Vec3::new(1.113, 1.210, 3.262),
+        Vec3::new(3.572, 1.069, 1.761),
+        Vec3::new(3.336, 2.112, 2.620),
+        Vec3::new(1.644, 1.445, 1.647),
+        Vec3::new(2.190, 2.784, 2.016),
+        Vec3::new(0.690, 2.218, 2.248),
+        Vec3::new(0.049, 1.746, 1.819),
+        Vec3::new(1.085, 1.718, 3.011),
+        Vec3::new(3.356, 1.501, 3.265),
+        Vec3::new(0.972, 2.945, 1.710),
+        Vec3::new(2.093, 2.634, 2.844),
+        Vec3::new(1.313, 1.274, 2.069),
+        Vec3::new(1.605, 2.058, 1.712),
+        Vec3::new(2.602, 2.831, 3.560),
+        Vec3::new(1.681, 2.151, 3.570),
+        Vec3::new(1.662, 1.867, 3.048),
+        Vec3::new(0.071, 1.258, 3.570),
+        Vec3::new(2.903, 2.793, 3.169),
+        Vec3::new(0.484, 0.375, 1.167),
+        Vec3::new(1.011, 2.633, 2.166),
+        Vec3::new(3.474, 2.416, 1.456),
+        Vec3::new(2.887, 0.816, 2.023),
+        Vec3::new(3.172, 0.769, 0.118),
+        Vec3::new(3.637, 1.570, 2.424),
+        Vec3::new(1.604, 3.277, 2.177),
+        Vec3::new(3.378, 2.743, 0.615),
+        Vec3::new(0.507, 3.529, 0.369),
+        Vec3::new(0.900, 3.575, 1.045),
+        Vec3::new(0.697, 0.329, 2.471),
+        Vec3::new(3.320, 1.347, 2.746),
+        Vec3::new(2.725, 1.769, 1.205),
+        Vec3::new(2.691, 1.457, 0.232),
+        Vec3::new(1.899, 2.601, 2.372),
+        Vec3::new(1.705, 0.931, 1.571),
+        Vec3::new(2.305, 3.018, 2.565),
+        Vec3::new(3.176, 1.809, 0.987),
+        Vec3::new(2.078, 0.467, 1.003),
+        Vec3::new(0.735, 3.161, 0.686),
+        Vec3::new(0.106, 0.660, 1.285),
+        Vec3::new(2.892, 1.267, 1.759),
+        Vec3::new(0.350, 2.884, 1.674),
+        Vec3::new(1.691, 3.234, 0.544),
+        Vec3::new(3.083, 1.260, 0.008),
+        Vec3::new(0.106, 3.018, 2.172),
+        Vec3::new(0.897, 2.590, 2.652),
+        Vec3::new(1.270, 1.950, 1.271),
+        Vec3::new(1.292, 0.355, 2.364),
+        Vec3::new(3.521, 0.117, 1.661),
+        Vec3::new(0.740, 1.989, 0.129),
+        Vec3::new(0.395, 1.022, 0.308),
+        Vec3::new(0.457, 2.978, 1.102),
+        Vec3::new(1.588, 2.461, 1.350),
+        Vec3::new(2.920, 3.320, 3.064),
+        Vec3::new(1.846, 0.962, 0.748),
+        Vec3::new(3.229, 3.360, 1.520),
+        Vec3::new(2.906, 1.213, 3.118),
+        Vec3::new(3.619, 2.869, 1.252),
+        Vec3::new(2.246, 2.161, 2.736),
+        Vec3::new(0.012, 1.712, 0.942),
+        Vec3::new(1.123, 2.127, 2.515),
+        Vec3::new(2.327, 1.391, 0.893),
+        Vec3::new(2.204, 1.881, 0.997),
+        Vec3::new(0.547, 1.301, 2.471),
+        Vec3::new(0.532, 1.177, 3.393),
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+        Vec3::new(2.190, 0.441, 2.113),
+        Vec3::new(1.838, 0.626, 3.276),
+        Vec3::new(2.193, 0.775, 0.454),
+        Vec3::new(3.376, 3.168, 3.208),
+        Vec3::new(2.343, 0.249, 3.247),
+        Vec3::new(3.362, 2.550, 3.369),
+        Vec3::new(2.792, 0.717, 2.965),
+        Vec3::new(2.592, 0.655, 1.235),
+        Vec3::new(2.985, 1.789, 3.639),
+        Vec3::new(0.725, 3.365, 1.625),
+        Vec3::new(1.383, 1.082, 0.611),
+        Vec3::new(0.952, 0.366, 3.275),
+        Vec3::new(3.004, 0.850, 0.956),
+        Vec3::new(3.371, 1.332, 0.901),
+        Vec3::new(1.114, 3.549, 3.372),
+        Vec3::new(1.040, 0.085, 0.607),
+        Vec3::new(3.361, 0.619, 1.642),
+        Vec3::new(3.511, 2.868, 0.087),
+        Vec3::new(0.418, 2.071, 1.789),
+        Vec3::new(2.335, 0.658, 0.019),
+        Vec3::new(3.469, 2.990, 1.739),
+        Vec3::new(3.508, 0.184, 2.489),
+        Vec3::new(1.953, 1.396, 3.043),
+        Vec3::new(2.046, 2.735, 0.746),
+        Vec3::new(2.446, 2.029, 3.486),
+        Vec3::new(2.120, 0.006, 1.795),
+        Vec3::new(0.732, 0.909, 1.858),
+        Vec3::new(0.286, 2.109, 2.632),
+        Vec3::new(2.145, 3.302, 1.338),
+        Vec3::new(3.339, 0.899, 2.210),
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+        Vec3::new(1.754, 1.788, 1.243),
+        Vec3::new(3.606, 0.299, 2.984),
+        Vec3::new(1.755, 2.134, 2.578),
+        Vec3::new(1.972, 1.020, 2.023),
+        Vec3::new(2.824, 1.318, 0.861),
+        Vec3::new(3.111, 1.051, 0.503),
+        Vec3::new(2.920, 3.091, 0.892),
+        Vec3::new(2.754, 2.694, 1.688),
+        Vec3::new(2.650, 1.773, 0.666),
+        Vec3::new(2.083, 1.983, 1.652),
+        Vec3::new(2.964, 1.771, 1.719),
+        Vec3::new(0.339, 0.786, 2.143),
+        Vec3::new(3.117, 1.838, 2.970),
+        Vec3::new(3.468, 3.456, 2.116),
+        Vec3::new(1.398, 2.900, 1.518),
+        Vec3::new(2.405, 3.433, 2.842),
+        Vec3::new(2.399, 0.763, 2.606),
+        Vec3::new(1.606, 3.471, 2.667),
+        Vec3::new(3.303, 0.425, 1.133),
+        Vec3::new(3.094, 1.744, 2.434),
+        Vec3::new(0.077, 1.065, 2.472),
+        Vec3::new(2.937, 0.860, 1.490),
+        Vec3::new(3.348, 1.011, 3.267),
+        Vec3::new(2.233, 2.710, 1.485),
+        Vec3::new(1.489, 3.301, 1.098),
+        Vec3::new(0.604, 0.481, 0.356),
+        Vec3::new(1.708, 0.135, 2.166),
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+        Vec3::new(1.110, 1.721, 0.765),
+        Vec3::new(1.764, 2.350, 3.078),
+        Vec3::new(1.594, 0.708, 1.068),
+        Vec3::new(2.950, 0.305, 1.496),
+        Vec3::new(2.670, 3.587, 1.824),
+        Vec3::new(2.082, 3.235, 2.164),
+        Vec3::new(1.478, 2.272, 2.125),
+        Vec3::new(3.248, 2.995, 2.251),
+        Vec3::new(0.942, 0.498, 1.020),
+        Vec3::new(1.464, 2.795, 1.980),
+        Vec3::new(0.947, 0.726, 0.045),
+        Vec3::new(1.748, 1.335, 2.439),
+        Vec3::new(2.596, 0.201, 2.309),
+        Vec3::new(0.016, 2.044, 2.194),
+        Vec3::new(1.720, 1.862, 0.352),
+        Vec3::new(0.988, 0.177, 0.122),
+        Vec3::new(1.726, 1.258, 1.173),
+        Vec3::new(2.696, 0.234, 2.872),
+        Vec3::new(1.284, 2.246, 2.981),
+        Vec3::new(2.088, 2.028, 3.198),
+        Vec3::new(2.705, 2.058, 3.091),
+        Vec3::new(1.989, 0.198, 3.596),
+        Vec3::new(1.211, 0.814, 1.989),
+        Vec3::new(0.637, 0.770, 1.387),
+        Vec3::new(0.423, 3.482, 1.063),
+        Vec3::new(1.755, 2.812, 3.188),
+        Vec3::new(0.790, 2.297, 0.547),
+        Vec3::new(2.470, 1.682, 1.768),
+        Vec3::new(2.750, 1.481, 2.167),
+        Vec3::new(1.955, 2.155, 2.101),
+        Vec3::new(2.425, 2.529, 0.233),
+        Vec3::new(2.097, 0.550, 1.561),
+        Vec3::new(3.576, 0.828, 0.829),
+        Vec3::new(0.070, 3.417, 2.860),
+        Vec3::new(0.487, 2.643, 2.392),
+        Vec3::new(0.054, 3.489, 0.624),
+        Vec3::new(1.953, 0.759, 2.430),
+        Vec3::new(1.316, 2.782, 0.279),
+        Vec3::new(3.221, 3.164, 0.465),
+        Vec3::new(2.196, 1.817, 0.479),
+        Vec3::new(1.039, 1.008, 0.996),
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+        Vec3::new(1.223, 2.472, 1.673),
+        Vec3::new(0.965, 2.424, 0.071),
+        Vec3::new(0.206, 2.665, 0.839),
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+        Vec3::new(1.414, 0.295, 3.467),
+        Vec3::new(2.123, 0.437, 2.823),
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+        Vec3::new(2.377, 0.282, 0.609),
+        Vec3::new(0.322, 0.214, 2.186),
+        Vec3::new(0.370, 1.177, 1.556),
+        Vec3::new(3.059, 0.285, 1.962),
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+        Vec3::new(3.052, 0.471, 2.392),
+        Vec3::new(3.448, 1.674, 0.077),
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+        Vec3::new(0.002, 0.694, 0.314),
+        Vec3::new(0.788, 2.083, 2.875),
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+        Vec3::new(2.013, 3.560, 0.350),
+        Vec3::new(0.159, 2.067, 0.047),
+        Vec3::new(0.894, 2.478, 3.173),
+        Vec3::new(0.415, 1.645, 2.804),
+        Vec3::new(1.406, 1.750, 2.598),
+        Vec3::new(3.174, 0.109, 2.860),
+        Vec3::new(3.572, 1.719, 2.851),
+        Vec3::new(3.560, 1.919, 0.537),
+        Vec3::new(2.423, 2.251, 0.636),
+        Vec3::new(2.897, 3.551, 0.331),
+        Vec3::new(2.074, 1.541, 3.473),
+        Vec3::new(0.404, 2.508, 3.513),
+        Vec3::new(3.610, 0.430, 3.465),
+        Vec3::new(3.328, 1.358, 2.086),
+        Vec3::new(1.636, 3.488, 3.563),
+        Vec3::new(1.491, 0.117, 0.290),
+        Vec3::new(3.030, 2.716, 0.233),
+        Vec3::new(0.799, 0.809, 3.119),
+        Vec3::new(1.233, 2.803, 2.981),
+        Vec3::new(3.359, 0.794, 2.779),
+        Vec3::new(2.570, 3.453, 0.747),
+        Vec3::new(2.809, 2.072, 2.114),
+        Vec3::new(1.059, 0.488, 2.781),
+        Vec3::new(1.528, 1.557, 3.538),
+        Vec3::new(1.031, 2.736, 0.732),
+        Vec3::new(2.786, 2.234, 0.996),
+        Vec3::new(0.554, 0.860, 2.720),
+        Vec3::new(1.883, 2.922, 1.184),
+        Vec3::new(3.633, 1.482, 1.365),
+        Vec3::new(1.855, 0.115, 3.084),
+        Vec3::new(2.635, 2.820, 2.163),
+        Vec3::new(2.938, 3.164, 1.871),
+        Vec3::new(2.157, 2.966, 0.299),
+        Vec3::new(0.167, 2.858, 3.141),
+        Vec3::new(0.910, 0.850, 2.379),
+        Vec3::new(0.880, 0.198, 1.489),
+        Vec3::new(2.501, 1.040, 2.181),
+        Vec3::new(1.299, 2.211, 0.381),
+        Vec3::new(3.297, 2.153, 1.880),
+        Vec3::new(0.624, 2.911, 3.303),
+        Vec3::new(3.011, 3.593, 1.100),
+        Vec3::new(1.110, 0.613, 1.545),
+        Vec3::new(0.879, 2.106, 1.635),
+        Vec3::new(1.192, 3.517, 2.385),
+        Vec3::new(3.259, 3.613, 3.417),
+        Vec3::new(2.418, 1.801, 2.350),
+        Vec3::new(0.267, 1.599, 0.265),
+        Vec3::new(3.401, 3.257, 0.962),
+        Vec3::new(3.238, 0.581, 0.581),
+        Vec3::new(1.377, 0.100, 2.984),
+        Vec3::new(3.083, 2.902, 1.442),
+        Vec3::new(3.112, 1.458, 1.347),
+        Vec3::new(1.229, 1.131, 1.563),
+        Vec3::new(1.474, 1.393, 2.887),
+        Vec3::new(2.585, 2.546, 2.750),
+        Vec3::new(1.235, 1.000, 2.862),
+        Vec3::new(1.214, 3.466, 1.478),
+        Vec3::new(0.531, 3.425, 3.112),
+        Vec3::new(0.643, 2.786, 0.242),
+        Vec3::new(3.160, 2.544, 1.052),
+        Vec3::new(0.764, 1.336, 2.938),
+        Vec3::new(3.537, 1.266, 0.419),
+        Vec3::new(1.282, 2.323, 0.890),
+        Vec3::new(2.381, 1.705, 2.971),
+        Vec3::new(2.272, 1.333, 2.515),
+        Vec3::new(0.832, 1.705, 2.544),
+        Vec3::new(3.042, 3.593, 2.373),
+        Vec3::new(2.833, 0.227, 3.367),
+        Vec3::new(0.497, 0.377, 2.954),
+        Vec3::new(0.836, 1.400, 2.007),
+        Vec3::new(1.205, 1.214, 0.129),
+        Vec3::new(0.008, 2.973, 2.674),
+        Vec3::new(1.593, 1.682, 2.117),
+        Vec3::new(1.416, 0.707, 0.222),
+        Vec3::new(0.551, 1.523, 1.003),
+        Vec3::new(0.322, 3.375, 2.440),
+        Vec3::new(3.117, 1.601, 0.548),
+        Vec3::new(3.212, 0.517, 3.234),
+        Vec3::new(2.648, 2.726, 1.197),
+        Vec3::new(0.246, 1.650, 3.374),
+        Vec3::new(3.212, 0.114, 0.670),
+        Vec3::new(2.732, 2.589, 0.681),
+        Vec3::new(1.634, 1.647, 0.766),
+        Vec3::new(2.821, 0.451, 0.289),
+        Vec3::new(2.886, 1.058, 2.475),
+        Vec3::new(0.595, 1.651, 1.682),
+        Vec3::new(0.889, 2.590, 1.331),
+        Vec3::new(2.652, 1.210, 1.296),
+        Vec3::new(1.675, 0.589, 1.992),
+        Vec3::new(3.637, 2.500, 2.503),
+        Vec3::new(3.555, 0.487, 2.064),
+        Vec3::new(0.094, 3.317, 1.440),
+        Vec3::new(0.603, 2.504, 0.976),
+        Vec3::new(0.518, 0.121, 3.529),
+        Vec3::new(1.637, 2.974, 3.631),
+        Vec3::new(3.392, 1.942, 1.421),
+        Vec3::new(2.746, 2.119, 0.301),
+        Vec3::new(2.041, 3.640, 2.513),
+        Vec3::new(2.898, 2.362, 3.550),
+        Vec3::new(1.713, 0.072, 0.830),
+        Vec3::new(2.426, 0.941, 1.689),
+        Vec3::new(0.112, 2.528, 2.021),
+        Vec3::new(1.365, 0.490, 0.662),
+        Vec3::new(1.169, 1.974, 3.511),
+        Vec3::new(2.163, 0.955, 1.225),
+        Vec3::new(2.368, 2.365, 2.347),
+        Vec3::new(0.522, 2.970, 2.782),
+        Vec3::new(1.113, 2.953, 3.505),
+        Vec3::new(0.964, 0.750, 0.519),
+        Vec3::new(2.481, 0.892, 0.844),
+        Vec3::new(2.439, 3.000, 3.081),
+        Vec3::new(1.124, 1.592, 1.680),
+        Vec3::new(0.779, 3.290, 2.545),
+        Vec3::new(3.524, 3.407, 0.146),
+        Vec3::new(0.387, 2.079, 3.142),
+        Vec3::new(2.382, 2.341, 1.830),
+        Vec3::new(0.818, 1.990, 1.072),
+        Vec3::new(1.189, 2.997, 2.467),
+        Vec3::new(1.567, 0.416, 1.508),
+        Vec3::new(0.178, 2.400, 0.438),
+        Vec3::new(1.697, 1.351, 0.308),
+        Vec3::new(0.343, 1.900, 1.327),
+        Vec3::new(1.633, 0.542, 2.791),
+        Vec3::new(3.305, 0.251, 0.218),
+        Vec3::new(3.398, 1.997, 3.317),
+        Vec3::new(2.052, 3.254, 3.469),
+        Vec3::new(3.610, 2.348, 2.991),
+        Vec3::new(3.018, 3.146, 3.602),
+        Vec3::new(0.757, 3.602, 2.080),
+        Vec3::new(3.616, 2.224, 0.954),
+        Vec3::new(2.146, 1.491, 1.467),
+        Vec3::new(1.913, 0.103, 1.357),
+        Vec3::new(0.972, 3.087, 1.194),
+        Vec3::new(1.471, 0.828, 2.419),
+        Vec3::new(1.171, 0.197, 1.888),
+        Vec3::new(0.234, 3.019, 0.436),
+        Vec3::new(2.050, 2.383, 1.154),
+        Vec3::new(0.925, 3.178, 3.033),
+        Vec3::new(0.402, 2.001, 0.729),
+        Vec3::new(0.287, 0.544, 1.728),
+        Vec3::new(1.835, 2.509, 1.785),
+        Vec3::new(0.087, 0.363, 0.805),
+        Vec3::new(2.751, 1.569, 2.732),
+        Vec3::new(2.628, 0.955, 0.304),
+        Vec3::new(3.145, 2.627, 1.952),
+        Vec3::new(1.806, 3.111, 1.783),
+        Vec3::new(1.218, 3.215, 0.694),
+        Vec3::new(2.500, 0.118, 0.124),
+        Vec3::new(0.300, 3.378, 1.865),
+        Vec3::new(2.497, 1.136, 3.500),
+        Vec3::new(0.480, 0.666, 3.499),
+        Vec3::new(0.211, 1.266, 0.832),
+        Vec3::new(0.902, 1.255, 0.557),
+        Vec3::new(2.665, 1.582, 3.374),
+        Vec3::new(1.008, 1.863, 2.083),
+        Vec3::new(2.482, 0.149, 1.203),
+        Vec3::new(1.613, 3.580, 1.706),
+        Vec3::new(2.827, 3.042, 2.643),
+        Vec3::new(2.411, 3.191, 1.754),
+        Vec3::new(2.430, 2.171, 1.348),
+        Vec3::new(1.892, 0.396, 0.419),
+        Vec3::new(3.573, 0.024, 1.141),
+        Vec3::new(1.261, 1.659, 0.304),
+        Vec3::new(3.427, 0.996, 1.294),
+        Vec3::new(2.119, 2.166, 0.171),
+        Vec3::new(3.055, 2.366, 2.919),
+        Vec3::new(2.709, 3.067, 0.386),
+        Vec3::new(1.324, 0.742, 3.292),
+        Vec3::new(1.144, 1.326, 2.533),
+        Vec3::new(3.236, 2.821, 2.810),
+        Vec3::new(2.336, 0.771, 3.187),
+        Vec3::new(0.180, 1.242, 2.964),
+        Vec3::new(1.940, 1.719, 2.690),
+        Vec3::new(0.297, 2.477, 1.347),
+        Vec3::new(0.444, 1.774, 2.237),
+        Vec3::new(2.761, 2.060, 2.587),
+        Vec3::new(2.533, 3.440, 3.398),
+        Vec3::new(2.429, 1.179, 2.951),
+        Vec3::new(2.706, 3.233, 1.356),
+        Vec3::new(1.708, 2.953, 2.679),
+        Vec3::new(1.193, 3.308, 1.948),
+        Vec3::new(2.998, 2.479, 2.367),
+        Vec3::new(2.048, 2.551, 3.504),
+        Vec3::new(0.653, 2.504, 1.843),
+        Vec3::new(2.999, 2.263, 1.488),
+        Vec3::new(2.640, 3.329, 2.239),
+        Vec3::new(0.618, 3.058, 2.109),
+        Vec3::new(1.639, 1.110, 3.319),
+        Vec3::new(2.090, 3.276, 0.830),
+        Vec3::new(1.398, 2.531, 3.468),
+        Vec3::new(1.524, 2.769, 0.845),
+        Vec3::new(0.745, 1.509, 0.104),
+    ],
+);

solvate/water/models.rs

@@ -0,0 +1,150 @@
+use eightyseven::structure::Atom;
+use glam::Vec3;
+
+use crate::convert::Convert;
+
+/// A cuboid water box.
+pub struct WaterBox<const NATOMS: usize, const NATOMS_PER_RES: usize> {
+    // TODO: Make this ResName and AtomName.
+    resname: &'static str,
+    names: [&'static str; NATOMS_PER_RES],
+    /// Box dimensions.
+    dimensions: Vec3,
+    /// A list of the positions.
+    ///
+    /// For atomistic ordering, the canonical water ordering is oxygen first, followed by
+    /// hydrogens. That is, the first atom in the residue is the atom that is taken as the position
+    /// for the solvent-structure collision checks.
+    positions: [Vec3; NATOMS],
+}
+
+impl<const NATOMS: usize, const NATOMS_PER_RES: usize> WaterBox<NATOMS, NATOMS_PER_RES> {
+    /// Creates a new [`WaterBox`].
+    pub const fn new(
+        resname: &'static str,
+        names: [&'static str; NATOMS_PER_RES],
+        dimensions: Vec3,
+        positions: [Vec3; NATOMS],
+    ) -> Self {
+        // The number of atoms must be a multiple of the number of atoms per residue.
+        const { assert!(NATOMS.is_multiple_of(NATOMS_PER_RES)) }
+
+        Self {
+            resname,
+            names,
+            dimensions,
+            positions,
+        }
+    }
+
+    /// Returns solvent residue name for this [`WaterBox`].
+    pub const fn resname(&self) -> &'static str {
+        self.resname
+    }
+
+    /// Returns the number of points per residue for this [`WaterBox`].
+    pub const fn residue_points(&self) -> usize {
+        NATOMS_PER_RES
+    }
+
+    /// Returns the dimensions of this [`WaterBox`].
+    pub const fn dimensions(&self) -> Vec3 {
+        self.dimensions
+    }
+
+    /// Return an iterator over the positions must be considered for solvent-structure collisions.
+    pub fn positions(&'_ self) -> PositionsIterator<'_> {
+        PositionsIterator {
+            step: NATOMS_PER_RES,
+            idx: 0,
+            positions: &self.positions,
+        }
+    }
+
+    pub fn residues(&'_ self) -> ResiduesIterator<'_> {
+        ResiduesIterator {
+            step: NATOMS_PER_RES,
+            idx: 0,
+            resname: self.resname,
+            names: &self.names,
+            positions: &self.positions,
+        }
+    }
+}
+
+pub struct PositionsIterator<'wb> {
+    step: usize,
+    idx: usize,
+    positions: &'wb [Vec3],
+}
+
+impl<'wb> Iterator for PositionsIterator<'wb> {
+    type Item = Vec3;
+
+    fn next(&mut self) -> Option<Self::Item> {
+        let idx = self.idx;
+        self.idx += self.step;
+        self.positions.get(idx).copied()
+    }
+}
+
+pub struct ResiduesIterator<'wb> {
+    step: usize,
+    idx: usize,
+    resname: &'static str,
+    names: &'wb [&'static str],
+    positions: &'wb [Vec3],
+}
+
+pub struct Residue<'wb> {
+    resname: &'static str,
+    names: &'wb [&'static str],
+    positions: &'wb [Vec3],
+}
+
+impl<'wb> Residue<'wb> {
+    // TODO: Maybe this better fits where it is used. Here we start to introduce implementation
+    // details that are more local at the call site.
+    pub fn atoms<'a: 'wb>(
+        &'wb self,
+        resnum: &'a mut u32,
+        atomnum: &'a mut u32,
+        translation: Vec3,
+    ) -> impl Iterator<Item = Atom> + use<'wb> {
+        let rn = *resnum;
+        *resnum += 1;
+
+        Iterator::zip(self.positions.iter(), self.names).map(move |(&pos, &name)| {
+            let an = *atomnum;
+            *atomnum += 1;
+
+            Atom {
+                resnum: rn,
+                resname: self.resname.into(),
+                atomname: name.into(),
+                atomnum: an,
+                position: (pos + translation).convert(),
+                velocity: Default::default(),
+            }
+        })
+    }
+}
+
+impl<'wb> Iterator for ResiduesIterator<'wb> {
+    type Item = Residue<'wb>;
+
+    fn next(&mut self) -> Option<Self::Item> {
+        let idx = self.idx;
+        self.idx += self.step;
+        let positions = self.positions.get(idx..self.idx)?;
+        Some(Self::Item {
+            resname: self.resname,
+            names: self.names,
+            positions,
+        })
+    }
+}
+
+// Include the actual water coordinates.
+include!("martini.rs");
+include!("tip3p.rs");