TDCRPy 1.8.15__py3-none-any.whl → 1.8.16__py3-none-any.whl

{TDCRPy-1.8.15.dist-info → TDCRPy-1.8.16.dist-info}/METADATA

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 Name: TDCRPy
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 Summary: TDCR model
 Home-page: https://pypi.org/project/TDCRPy/
 Author: RomainCoulon (Romain Coulon)

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tdcrpy/Micelle/2nmfaq01.csv

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tdcrpy/Micelle/faq01.csv

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+1450;0.9;0.9;0.9;0.9;0.9
+1460;0.9;0.9;0.9;0.9;0.9
+1470;0.9;0.9;0.9;0.9;0.9
+1480;0.9;0.9;0.9;0.9;0.9
+1490;0.9;0.9;0.9;0.9;0.9
+1500;0.9;0.9;0.9;0.9;0.9

tdcrpy/TDCRPy.py

@@ -167,6 +167,7 @@ def TDCRPy(L, TD, TAB, TBC, TAC, Rad, pmf_1, N, kB, V, mode, mode2, Display=Fals
     config.read(file_conf)
     tau=config["Inputs"].getfloat("tau")
     Y=config["Inputs"].getboolean("Y")
+    micCorr=config["Inputs"].getboolean("micCorr")
     radListPureBeta=config["Inputs"].get("radListPureBeta")
     radListPureBeta=radListPureBeta.replace(" ","")
     radListPureBeta=radListPureBeta.split(',')
@@ -659,6 +660,7 @@ def TDCRPy(L, TD, TAB, TBC, TAC, Rad, pmf_1, N, kB, V, mode, mode2, Display=Fals
                     e_quenching.append(energy_vec[i])
                 elif p == "electron" or p == "positron":
                     energy_vec[i] = tl.Em_e(energy_vec_initial[i]*1e3,energy_vec[i]*1e3,kB*1e3,nE_electron)*1e-3
+                    if micCorr: energy_vec[i] = energy_vec[i]*tl.micelleLoss(energy_vec_initial[i])
                     e_quenching.append(energy_vec[i])
                 else:
                     e_quenching.append(0)
@@ -677,6 +679,7 @@ def TDCRPy(L, TD, TAB, TBC, TAC, Rad, pmf_1, N, kB, V, mode, mode2, Display=Fals
                         e_quenching2.append(energy_vec2[i])
                     elif p == "electron" or p == "positron":
                         energy_vec2[i] = tl.Em_e(energy_vec_initial2[i]*1e3,energy_vec2[i]*1e3,kB*1e3,nE_electron)*1e-3
+                        if micCorr: energy_vec2[i] = energy_vec2[i]*tl.micelleLoss(energy_vec_initial2[i])
                         e_quenching2.append(energy_vec2[i])
                     else:
                         e_quenching2.append(0) 

tdcrpy/TDCR_model_lib.py

@@ -40,6 +40,8 @@ A = config["Inputs"].getfloat("A")
 depthSpline = config["Inputs"].getint("depthSpline")
 Einterp_a = config["Inputs"].getfloat("Einterp_a")
 Einterp_e = config["Inputs"].getfloat("Einterp_e")
+diam_micelle = config["Inputs"].getfloat("diam_micelle")
+fAq = config["Inputs"].getfloat("fAq")
 
 # import PenNuc data
 with importlib.resources.as_file(files('tdcrpy').joinpath('decayData')) as data_path:
@@ -179,6 +181,17 @@ for ikB in kB_e:
     Em_electron.append(line)
 
 
+micelle_E = []; micelle_S = []
+with importlib.resources.as_file(files('tdcrpy').joinpath('Micelle')) as data_path:
+    tamptxt = "faq01.csv"
+    fid = open(data_path / tamptxt)
+line = fid.readlines()
+for iline in line:
+    iline=iline.replace("\n","").split(";")
+    micelle_E.append(float(iline[0]))
+    micelle_S.append([float(x) for x in iline[1:]])
+micelle_S = np.asarray(micelle_S)
+
 """
 ======= Library of functions =======
 """
@@ -965,9 +978,40 @@ def Em_e(Ei, Ed, kB, nE, Et = Einterp_e*1e3, kB_vec = kB_e):
     return r
 
 
+#============================================================================================
+
+#============================================================================================
 
+#========================= Reverse micelle treatment ========================================
 
+def micelleLoss(E,*, fAq=fAq, diam_micelle=diam_micelle, e_vec=micelle_E, data=micelle_S):
+    """
+    Estimation of the energy deposited ratio due to loss in reversed micelles.
+    The function carries out interpolation in values estimated with GENAT4-DNA
+    in: Nedjadi et al. Applied Radiation and Isotopes, Volume 125, 2017, Pages 94-107,
+    https://doi.org/10.1016/j.apradiso.2017.04.020
+    
+    Parameters
+    ----------
+    E : float
+        Initial energy of the electron. (in keV)
+    fAq : float, optional
+        Aqueous fraction. The default is fAq.    
+    diam_micelle : float, optional
+        Diameter of micelles (in nm). The default is diam_micelle.    
+    e_vec : list, optional
+        Tabulated data of considered energies (in eV). The default is micelle_E.    
+    data : list, optional
+        Tabulated data of energy deposited ratio. The default is micelle_S.
 
+    Returns
+    -------
+    S : float
+        energy deposited ratio (keV)
+    """
+    micDiam = np.array([0.5, 1.0, 2.0, 3.0, 4.0]) #nm
+    S=np.interp(E*1e3, e_vec, micelle_S[:,np.argwhere(micDiam==diam_micelle)[0][0]])*(1-fAq)/0.9
+    return S
 
 
 #============================================================================================

tdcrpy/config.toml

@@ -32,6 +32,13 @@ pN = 0.000302
 pO = 0.082022
 pP = 0.000092
 pCl = 0.000071
+# properties on reverse micelles
+# applied reverse micelle correction
+micCorr = True
+# diameter of the micelles in nm (possible values: 0.5, 1.0, 2.0, 3.0, 4.0)
+diam_micelle = 2
+# acqueous fraction of the scintillator
+fAq = 0.1
 
 ## PROPERTIES OF THE COUNTER
 # Coincidence resolving time (ns)