MoleditPy 1.16.2__py3-none-any.whl → 1.16.4__py3-none-any.whl

moleditpy/__main__.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 MoleditPy — A Python-based molecular editing software
 
 Author: Hiromichi Yokoyama
-License: Apache-2.0 license
+License: GPL-3.0 license
 Repo: https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 DOI 10.5281/zenodo.17268532
 """

moleditpy/main.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 MoleditPy — A Python-based molecular editing software
 
 Author: Hiromichi Yokoyama
-License: Apache-2.0 license
+License: GPL-3.0 license
 Repo: https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 DOI 10.5281/zenodo.17268532
 """

moleditpy/modules/about_dialog.py

@@ -50,7 +50,7 @@ class AboutDialog(QDialog):
         layout.addWidget(self.image_label)
         
         # Add text information
-        info_text = f"MoleditPy Ver. {VERSION}\nAuthor: Hiromichi Yokoyama\nLicense: Apache-2.0"
+        info_text = f"MoleditPy Ver. {VERSION}\nAuthor: Hiromichi Yokoyama\nLicense: GPL-3.0 license"
         info_label = QLabel(info_text)
         info_label.setAlignment(Qt.AlignmentFlag.AlignCenter)
         layout.addWidget(info_label)

moleditpy/modules/constants.py

@@ -4,7 +4,7 @@ from PyQt6.QtGui import QFont, QColor
 from rdkit import Chem
 
 #Version
-VERSION = '1.16.2'
+VERSION = '1.16.4'
 
 ATOM_RADIUS = 18
 BOND_OFFSET = 3.5

moleditpy/modules/main_window.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 MoleditPy — A Python-based molecular editing software
 
 Author: Hiromichi Yokoyama
-License: Apache-2.0 license
+License: GPL-3.0 license
 Repo: https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 DOI 10.5281/zenodo.17268532
 """

moleditpy/modules/molecule_scene.py

@@ -727,61 +727,130 @@ class MoleculeScene(QGraphicsScene):
 
                 # --- フューズされた辺の数による条件分岐 ---
                 if len(existing_orders) >= 2:
-                    # 2辺以上フューズ: 単純に既存の辺の次数とテンプレートの辺の次数が一致するものを最優先する
-                    # (この場合、新しい環を交互配置にするのは難しく、単に既存の構造を壊さないことを優先)
+                    
                     for rot in range(num_points):
-                        current_score = sum(100 for k, exist_order in existing_orders.items() 
-                                            if orig_orders[(k + rot) % num_points] == exist_order)
+                        match_double_count = 0
+                        match_bonus = 0
+                        mismatch_penalty = 0
+                        
+                        # 【新規追加】接続部（Legs）の安全性チェック
+                        # フューズ領域の両隣（テンプレート側）が「単結合(1)」であることを強く推奨する
+                        # これにより、既存構造との接続点での原子価オーバー（手が5本になる）を防ぐ
+                        safe_connection_score = 0
+                        
+                        # フューズ領域の開始と終了を探す（インデックス集合から判定）
+                        fused_indices = sorted(list(existing_orders.keys()))
+                        # 連続領域と仮定して、端のインデックスを取得
+                        # (0と5がつながっている環状のケースも考慮すべきだが、簡易的に最小/最大で判定し、
+                        #  もし飛び地なら不整合ペナルティで自然と落ちる)
+                        
+                        # 簡易的な隣接チェック: 
+                        # フューズに使われる辺集合に含まれない「その隣」の辺を見る
+                        for k in existing_orders:
+                            # 左隣を見る
+                            prev_idx = (k - 1 + rot) % num_points
+                            # 右隣を見る
+                            next_idx = (k + 1 + rot) % num_points
+                            
+                            # もし隣がフューズ領域外（＝接続部）なら、その次数をチェック
+                            # 注意: existing_ordersのキーは「配置位置(k)」
+                            # rotはテンプレートのズレ。
+                            # テンプレート上の該当エッジの次数は orig_orders[(neighbor_k + rot)] ではなく
+                            # orig_orders[neighbor_template_index]
+                            
+                            # 正確なロジック:
+                            # 今、配置位置 k にテンプレートの bond (k+rot) が来ている。
+                            # 配置位置 k の「隣のボンド」ではなく、
+                            # 「テンプレート上で」そのボンドの両隣にあるボンドが、今回のフューズに使われていないか確認する。
+                            pass 
+
+                        # --- シンプルな実装: 全ての非フューズ辺（外周になる辺）をチェック ---
+                        # 「フューズに使われていない辺」が単結合か二重結合かで加点
+                        # ピレンの場合(3辺フューズ)、残り3辺が外周。
+                        # ベンゼン(D-S-D-S-D-S)において、D-S-Dでフューズすると、残りはS-D-S。
+                        # 接合部(Legs)にあたるのは、残りのS-D-Sの両端のS。これが重要。
+                        
+                        # テンプレートの結合次数配列
+                        current_template_orders = [orig_orders[(i + rot) % num_points] for i in range(num_points)]
+                        
+                        # フューズ領域の両端を特定するために、
+                        # 「フューズしているk」に対応するテンプレート側のインデックスを集める
+                        used_template_indices = set((k + rot) % num_points for k in existing_orders)
+                        
+                        # テンプレート上で「使われている領域」の両隣（接続部）が「1(単結合)」なら超高得点
+                        for t_idx in used_template_indices:
+                            # そのボンドのテンプレート上の左隣
+                            adj_l = (t_idx - 1) % num_points
+                            # そのボンドのテンプレート上の右隣
+                            adj_r = (t_idx + 1) % num_points
+                            
+                            # もし隣が「使われていない」なら、それは接続部である
+                            if adj_l not in used_template_indices:
+                                if orig_orders[adj_l] == 1: safe_connection_score += 5000
+                            
+                            if adj_r not in used_template_indices:
+                                if orig_orders[adj_r] == 1: safe_connection_score += 5000
+
+                        # 既存のスコア計算
+                        for k, exist_order in existing_orders.items():
+                            template_ord = orig_orders[(k + rot) % num_points]
+                            if template_ord == exist_order:
+                                match_bonus += 100
+                                if exist_order == 2: match_double_count += 1
+                            else:
+                                # 不一致でも、Legsが安全なら許容したいのでペナルティは控えめに、
+                                # または safe_connection_score が圧倒的に勝つようにする
+                                mismatch_penalty += 50
+                        
+                        # 最終スコア: 接続部の安全性を最優先
+                        current_score = safe_connection_score + (match_double_count * 1000) + match_bonus - mismatch_penalty
+
                         if current_score > max_score:
                             max_score = current_score
                             best_rot = rot
 
                 elif len(existing_orders) == 1:
-                    # 1辺フューズ: 既存の辺を維持しつつ、その両隣で「反転一致」を達成し、新しい環を交互配置にする
-                    
-                    # フューズされた辺のインデックスと次数を取得
+                    # 1辺フューズ
                     k_fuse = next(iter(existing_orders.keys()))
                     exist_order = existing_orders[k_fuse]
                     
-                    # 目標: フューズされた辺の両隣（k-1とk+1）に来るテンプレートの次数が、既存の辺の次数と逆であること
-                    # k_adj_1 -> (k_fuse - 1) % 6
-                    # k_adj_2 -> (k_fuse + 1) % 6
-                    
                     for rot in range(num_points):
                         current_score = 0
                         rotated_template_order = orig_orders[(k_fuse + rot) % num_points]
 
-                        # 1. まず、フューズされた辺自体が次数を反転させられる位置にあるかチェック（必須ではないが、回転を絞る）
+                        # 1. 接合部の次数マッチング
+                        
+                        # パターンA: 交互配置（既存と逆）
                         if (exist_order == 1 and rotated_template_order == 2) or \
                            (exist_order == 2 and rotated_template_order == 1):
-                            current_score += 100 # 大幅ボーナス: 理想的な回転
+                            current_score += 100 
 
-                        # 2. 次に、両隣の辺の次数をチェック（交互配置維持の主目的）
-                        # 既存辺の両隣は、新規に作成されるため、テンプレートの次数でボンドが作成されます。
-                        # ここで、テンプレートの次数が既存辺の次数と逆になる回転を選ぶ必要があります。
-                        
-                        # テンプレートの辺は、回転後のk_fuseの両隣（m_adj1, m_adj2）
+                        # 【追加変更点2】二重結合の重ね合わせ（共役維持）
+                        # 既存が二重結合で、テンプレートも二重結合なら、ここで1つ消費される
+                        elif (exist_order == 2 and rotated_template_order == 2):
+                            current_score += 100
+
+                        # 2. 両隣の辺の次数チェック（交互配置の維持を確認）
                         m_adj1 = (k_fuse - 1 + rot) % num_points 
                         m_adj2 = (k_fuse + 1 + rot) % num_points
-                        
                         neighbor_order_1 = orig_orders[m_adj1]
                         neighbor_order_2 = orig_orders[m_adj2]
 
-                        # 既存が単結合(1)の場合、両隣は二重結合(2)であってほしい
                         if exist_order == 1:
+                            # 接合部が単なら、隣は二重であってほしい
                             if neighbor_order_1 == 2: current_score += 50
                             if neighbor_order_2 == 2: current_score += 50
                         
-                        # 既存が二重結合(2)の場合、両隣は単結合(1)であってほしい
                         elif exist_order == 2:
+                            # 接合部が二重なら、隣は単であってほしい
                             if neighbor_order_1 == 1: current_score += 50
                             if neighbor_order_2 == 1: current_score += 50
                             
-                        # 3. タイブレーク: その他の既存結合（フューズ辺ではない）との次数一致度も加味
+                        # 3. タイブレーク（他の接触しない辺との整合性など）
                         for k, e_order in existing_orders.items():
                              if k != k_fuse:
                                 r_t_order = orig_orders[(k + rot) % num_points]
-                                if r_t_order == e_order: current_score += 10 # 既存構造維持のボーナス
+                                if r_t_order == e_order: current_score += 10
                         
                         if current_score > max_score:
                             max_score = current_score

moleditpy/modules/settings_dialog.py

@@ -204,7 +204,7 @@ class SettingsDialog(QDialog):
 
         # 化学チェックスキップオプション（otherタブに移動）
         self.skip_chem_checks_checkbox = QCheckBox()
-        self.skip_chem_checks_checkbox.setToolTip("When enabled, file import will try to ignore chemical/sanitization errors and allow viewing malformed files.")
+        self.skip_chem_checks_checkbox.setToolTip("When enabled, XYZ file import will try to ignore chemical/sanitization errors and allow viewing malformed files.")
         # Immediately persist change to settings when user toggles the checkbox
         try:
             self.skip_chem_checks_checkbox.stateChanged.connect(lambda s: self._on_skip_chem_checks_changed(s))
@@ -213,7 +213,7 @@ class SettingsDialog(QDialog):
 
         # Add the checkbox to the other tab's form
         try:
-            self.other_form_layout.addRow("Skip chemistry checks on import xyz file:", self.skip_chem_checks_checkbox)
+            self.other_form_layout.addRow("Skip chemistry checks on import XYZ file:", self.skip_chem_checks_checkbox)
         except Exception:
             pass
 
@@ -227,7 +227,7 @@ class SettingsDialog(QDialog):
         self.always_ask_charge_checkbox = QCheckBox()
         self.always_ask_charge_checkbox.setToolTip("Prompt for overall molecular charge when importing XYZ files instead of silently trying charge=0 first.")
         try:
-            self.other_form_layout.addRow("Always ask molecular charge on import:", self.always_ask_charge_checkbox)
+            self.other_form_layout.addRow("Always ask molecular charge on import XYZ file:", self.always_ask_charge_checkbox)
         except Exception:
             pass
 

{moleditpy-1.16.2.dist-info → moleditpy-1.16.4.dist-info}/METADATA

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: MoleditPy
-Version: 1.16.2
+Version: 1.16.4
 Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
@@ -18,11 +18,11 @@ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.13
 Requires-Python: <3.14,>=3.9
 Description-Content-Type: text/markdown
 Requires-Dist: numpy
-Requires-Dist: openbabel-wheel<3.2
 Requires-Dist: pyqt6<6.10
 Requires-Dist: pyvista<0.47
 Requires-Dist: pyvistaqt<0.12
 Requires-Dist: rdkit<2025.10
+Requires-Dist: openbabel-wheel<3.2
 
 # MoleditPy — A Python Molecular Editor
 
@@ -32,7 +32,7 @@ Requires-Dist: rdkit<2025.10
 **MoleditPy** is a cross-platform, intuitive molecular editor built in Python. It provides a seamless workflow for drawing 2D molecular structures, visualizing them in 3D, and performing interactive geometric manipulations. Its powerful editing and export capabilities make it an ideal tool for preparing input files for DFT calculation software.
 
 **Author**: HiroYokoyama
-**License**: Apache-2.0
+**License**: GPL-v3
 **Repository**: [https://github.com/HiroYokoyama/python\_molecular\_editor](https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor)
 
 -----
@@ -108,8 +108,6 @@ For detailed instructions, please refer to the project [Wiki](https://github.com
     moleditpy-installer
     ```
 
------
-
 #### Running the Application
 
 ```bash
@@ -142,7 +140,7 @@ moleditpy
 
 ## License
 
-This project is licensed under the **Apache-2.0 License**. See the `LICENSE` file for details.
+This project is licensed under the **GNU General Public License v3.0 (GPL-v3)**. See the `LICENSE` file for details.
 
 -----
 
@@ -151,7 +149,7 @@ This project is licensed under the **Apache-2.0 License**. See the `LICENSE` fil
 **MoleditPy**は、Pythonで構築されたクロスプラットフォームかつ直感的な分子エディターです。2Dでの分子描画から3D構造の可視化・編集、さらにはインタラクティブな幾何学的操作まで、シームレスなワークフローを提供します。その強力な編集機能とエクスポート機能により、**DFT計算ソフトウェアのインプット作成に最適なツール**です。
 
 **作者**: HiroYokoyama
-**ライセンス**: Apache-2.0
+**ライセンス**: GPL-v3
 **リポジトリ**: [https://github.com/HiroYokoyama/python\_molecular\_editor](https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor)
 
 -----
@@ -256,4 +254,4 @@ moleditpy
 
 ## ライセンス
 
-このプロジェクトは **Apache-2.0 License** のもとで公開されています。詳細は `LICENSE` ファイルを参照してください。
+このプロジェクトは **GNU General Public License v3.0 (GPL-v3)** のもとで公開されています。詳細は `LICENSE` ファイルを参照してください。

{moleditpy-1.16.2.dist-info → moleditpy-1.16.4.dist-info}/RECORD

@@ -1,8 +1,8 @@
 moleditpy/__init__.py,sha256=QCzpw3P5V_CwDtN4itK4hT9J99JgsH4gmpTfvuus6p8,46
-moleditpy/__main__.py,sha256=az0UrbFsuprbQYycF_bSUXxb0F20DuLvYxrZl1-X5EU,831
-moleditpy/main.py,sha256=cEZJuCL0HrLPUYvuwPSxgUkaDykVb573A-3qVvjF9RM,1180
+moleditpy/__main__.py,sha256=P4BoaqZ-SgKGoErMZIWRKhzH6CbR8q34ipQ6RtQUEko,828
+moleditpy/main.py,sha256=fI7A2zxlhrtXsyDCLJ3iiGeAc28FSaAj4MPnqBoA8GU,1177
 moleditpy/modules/__init__.py,sha256=X2Z0R5XpAoOehXdOv_6VlRm4rjt4zb1KPNSoLYIZsqg,1456
-moleditpy/modules/about_dialog.py,sha256=ZztVzLIQgH5mfMMOD-eAhYUbecUn8JaBtbCUg8O12t4,3409
+moleditpy/modules/about_dialog.py,sha256=wIcfJe51TgyXQtR9TBUdT6f7xWd3JQOvRpU3pWiOr00,3414
 moleditpy/modules/align_plane_dialog.py,sha256=D6E0_rM75rKirDkvkJ-diRqNkf8IguqBBLQqDvZJHME,11665
 moleditpy/modules/alignment_dialog.py,sha256=tS2_5-wnJRDhLcWtPm9-HUm4_v4bAr53EjV82vydA-k,11140
 moleditpy/modules/analysis_window.py,sha256=asSCm7bgDW00tGaXSwEN17j-de_BN7ql6iwmxb3f54E,9134
@@ -12,13 +12,13 @@ moleditpy/modules/bond_item.py,sha256=zjQHa4vb8xhS9B7cYPRM0nak-f7lr5NQ1uAj_J78ah
 moleditpy/modules/bond_length_dialog.py,sha256=xlx-bU3tVeLfShdVRw6_Geo5Gl9mztlIfTdT9tJ6WMA,14579
 moleditpy/modules/calculation_worker.py,sha256=detE48BW08a2tvmKjMgz8zCShgARzsRH-ABmWrPcqZA,42055
 moleditpy/modules/color_settings_dialog.py,sha256=h4AOKU8dCTenecI8zOM9GfnmKDm7jfe5C4Fa23Budvs,15205
-moleditpy/modules/constants.py,sha256=VhLR-kW7vk-FVBIofus1gkhbr3rmoHe4ycjPIqC4org,4434
+moleditpy/modules/constants.py,sha256=A_fwyC7OzUuRVbVF5LQ7EQiJ75Wop2fdnwcdKxmXzW0,4434
 moleditpy/modules/constrained_optimization_dialog.py,sha256=MlWnPze0JJvnqmHx9n3qZWG_h-2kZymT0PQ6lALbCro,29861
 moleditpy/modules/custom_interactor_style.py,sha256=K_uGM6FezY0kZ3zPqoR6f0nowG40ytt-L4UCAbPlwGM,38184
 moleditpy/modules/custom_qt_interactor.py,sha256=6mzaVb3Mhp-4nryG5AraEvPPgBJpotrzVYwrpCAKmVo,2186
 moleditpy/modules/dialog3_d_picking_mixin.py,sha256=gaF1ATevvvF72aBfAjubRcagT2jnVG5RMpEKos_XdKg,4768
 moleditpy/modules/dihedral_dialog.py,sha256=H6WFvc7NvPHSd5QCMk0NUPhudOzpModXv-42dYL20KM,17809
-moleditpy/modules/main_window.py,sha256=Ii36JTPSkZNaqqEc8CXZ1bq9accIMg5yUs1U7_pHgYM,35791
+moleditpy/modules/main_window.py,sha256=mYxSk_KbiRNP0snhiJNN7plzzXNg3B7i-UJSW2q_Kk4,35788
 moleditpy/modules/main_window_app_state.py,sha256=f9f3JVuC46ijlea2DR8ADa0Jn5r2dgedPPdg8OkmNAU,33374
 moleditpy/modules/main_window_compute.py,sha256=fiIokVvjzXIwwR3FV3Ltet_K4oL_rT0Z27rPMbvlyyc,51346
 moleditpy/modules/main_window_dialog_manager.py,sha256=5WU6mFABB0aI4XCywP-cLFPkNQSb3bC0OK0I28SQG_w,19845
@@ -34,11 +34,11 @@ moleditpy/modules/main_window_view_3d.py,sha256=DgEnR4IlOVjMn45JdILEU7krUU6d5AcW
 moleditpy/modules/main_window_view_loaders.py,sha256=WuzLCYC22eaDFIvUvRtXgULZb-n4B04gcdgSKqTgWGA,14234
 moleditpy/modules/mirror_dialog.py,sha256=wYlnqrxAZfsADB5Gvabe-MoX3j0_NjfmWPyf3GCYj9U,4427
 moleditpy/modules/molecular_data.py,sha256=OCdiRIDXgnqYCKmf56x6XfbOJYTEQjY-MtBfnYZtTWY,12981
-moleditpy/modules/molecule_scene.py,sha256=F7W7HLctfqbtM0gI76fcyEar6Q5t_rWoy1cAPUTYrMg,90222
+moleditpy/modules/molecule_scene.py,sha256=ULUYAq4Hmz1e1V8E4xxplw00L_NTq5XmAxJn9NUoCoU,94612
 moleditpy/modules/move_group_dialog.py,sha256=MVVdy0R-HIHcsCWD2yBVDWoDN4NFXPkOc72dq9laBP4,26905
 moleditpy/modules/periodic_table_dialog.py,sha256=slh1X-6YidaQGzQamrKJ6aetIMKTQLRlBfaAH6B6qfw,3737
 moleditpy/modules/planarize_dialog.py,sha256=u8IZGUEIXnVrBOXBqJefQpFqz3wiU6oLXp4gBNcC7Iw,8402
-moleditpy/modules/settings_dialog.py,sha256=t2UbSsQSdcoZ5nKrayvSNoAoU1oR8lW1PGyvvIrBij0,60645
+moleditpy/modules/settings_dialog.py,sha256=7pVPc4zg6l4FXb1b_2gr0aYXufomFDJqa0yUtS54dgA,60658
 moleditpy/modules/template_preview_item.py,sha256=KDuLEZpPSMm9ZB0z5ms8LZyHbFKvszemG0XnR5vi0qg,6404
 moleditpy/modules/template_preview_view.py,sha256=AXUaFJR0E1yX9dBY9IDbxYNsBTcRFZWnDwpS_pRZXhs,3081
 moleditpy/modules/translation_dialog.py,sha256=gIG_mz4wc4y4ZNq02Ql33ek6B-DrOf1pdWF3FsViCT4,14394
@@ -47,8 +47,8 @@ moleditpy/modules/zoomable_view.py,sha256=ZgAmmWXIKtx7AhMjs6H6PCyvb_kpYuankf8Uxs
 moleditpy/modules/assets/icon.icns,sha256=wD5R6-Vw7K662tVKhu2E1ImN0oUuyAP4youesEQsn9c,139863
 moleditpy/modules/assets/icon.ico,sha256=RfgFcx7-dHY_2STdsOQCQziY5SNhDr3gPnjO6jzEDPI,147975
 moleditpy/modules/assets/icon.png,sha256=kCFN1WacYIdy0GN6SFEbNA00ef39pCczBnFdkkBI8Bs,147110
-moleditpy-1.16.2.dist-info/METADATA,sha256=xd9XxsFgYuJ5QljjIVMkGTOX4QlwXdmrqJKIib9RzOw,17356
-moleditpy-1.16.2.dist-info/WHEEL,sha256=_zCd3N1l69ArxyTb8rzEoP9TpbYXkqRFSNOD5OuxnTs,91
-moleditpy-1.16.2.dist-info/entry_points.txt,sha256=yH1h9JjALhok1foXT3-hYrC4ufoZt8b7oiBcsdnGNNM,54
-moleditpy-1.16.2.dist-info/top_level.txt,sha256=ARICrS4ihlPXqywlKl6o-oJa3Qz3gZRWu_VZsQ3_c44,10
-moleditpy-1.16.2.dist-info/RECORD,,
+moleditpy-1.16.4.dist-info/METADATA,sha256=D5Sit5Ban30beY8nsVHg9rBiImPsY5LmvXTK9dPH6Uw,17383
+moleditpy-1.16.4.dist-info/WHEEL,sha256=_zCd3N1l69ArxyTb8rzEoP9TpbYXkqRFSNOD5OuxnTs,91
+moleditpy-1.16.4.dist-info/entry_points.txt,sha256=yH1h9JjALhok1foXT3-hYrC4ufoZt8b7oiBcsdnGNNM,54
+moleditpy-1.16.4.dist-info/top_level.txt,sha256=ARICrS4ihlPXqywlKl6o-oJa3Qz3gZRWu_VZsQ3_c44,10
+moleditpy-1.16.4.dist-info/RECORD,,