spectra-cli 4.1.1 → 4.3.0

package/dist/knowledge-graph/persistence.d.ts

@@ -0,0 +1,310 @@
+import { z } from 'zod';
+import { type UnifiedGraph } from './unified-graph.js';
+/**
+ * SnapshotWrapper 自身版本（与内嵌 UnifiedGraph.metadata.schemaVersion 解耦）。
+ *
+ * Feature 193 决策 1b：'1.0' → '2.0' bump。
+ * 2.0 语义变更：fileHashes key + 内嵌 graph 全部相对化为 repo-relative POSIX 路径
+ * （持久化域）；旧 1.0 快照（绝对 key）加载时按 format-stale 退化 full reindex。
+ */
+export declare const SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION: "2.0";
+/**
+ * SnapshotWrapper schema — `.spectra/unified-graph.json` 的顶层结构。
+ *
+ * 字段定义参见 spec.md §4.2：
+ *   schemaVersion: SnapshotWrapper 自身版本（升版时本字段 bump）
+ *   generatedAt:   ISO 8601 datetime
+ *   graph:         完整 UnifiedGraph（不裁剪 symbol 节点）
+ *   fileHashes:    **repo-relative POSIX 路径** → 该文件内容的 SHA-256 hex
+ *                  （Feature 193 决策 1b：持久化域 = 相对；运行时 IO 域 = 绝对，
+ *                   转换集中在 computeAllFileHashes / detectStaleFiles / incremental 边界）
+ */
+export declare const SnapshotWrapperSchema: z.ZodObject<{
+    schemaVersion: z.ZodLiteral<"2.0">;
+    generatedAt: z.ZodString;
+    graph: z.ZodObject<{
+        nodes: z.ZodArray<z.ZodObject<{
+            id: z.ZodString;
+            label: z.ZodString;
+            kind: z.ZodEnum<["module", "package", "component", "service", "spec", "document", "api", "api-schema", "event", "diagram", "symbol"]>;
+            language: z.ZodOptional<z.ZodString>;
+            filePath: z.ZodOptional<z.ZodString>;
+            metadata: z.ZodOptional<z.ZodRecord<z.ZodString, z.ZodUnknown>>;
+        }, "strip", z.ZodTypeAny, {
+            kind: "symbol" | "module" | "package" | "component" | "service" | "spec" | "document" | "api" | "api-schema" | "event" | "diagram";
+            id: string;
+            label: string;
+            filePath?: string | undefined;
+            language?: string | undefined;
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+        }, {
+            kind: "symbol" | "module" | "package" | "component" | "service" | "spec" | "document" | "api" | "api-schema" | "event" | "diagram";
+            id: string;
+            label: string;
+            filePath?: string | undefined;
+            language?: string | undefined;
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+        }>, "many">;
+        edges: z.ZodArray<z.ZodEffects<z.ZodObject<{
+            source: z.ZodString;
+            target: z.ZodString;
+            relation: z.ZodEnum<["calls", "depends-on", "cross-module", "contains", "documents", "references", "conceptually_related_to", "rationale_for", "groups", "deploys"]>;
+            confidence: z.ZodEnum<["high", "medium", "low"]>;
+            directional: z.ZodOptional<z.ZodBoolean>;
+            evidence: z.ZodOptional<z.ZodString>;
+            weight: z.ZodOptional<z.ZodNumber>;
+            metadata: z.ZodOptional<z.ZodRecord<z.ZodString, z.ZodUnknown>>;
+        }, "strip", z.ZodTypeAny, {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }, {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }>, {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }, {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }>, "many">;
+        metadata: z.ZodObject<{
+            generatedAt: z.ZodString;
+            projectRoot: z.ZodString;
+            schemaVersion: z.ZodString;
+        }, "strip", z.ZodTypeAny, {
+            generatedAt: string;
+            projectRoot: string;
+            schemaVersion: string;
+        }, {
+            generatedAt: string;
+            projectRoot: string;
+            schemaVersion: string;
+        }>;
+    }, "strip", z.ZodTypeAny, {
+        metadata: {
+            generatedAt: string;
+            projectRoot: string;
+            schemaVersion: string;
+        };
+        nodes: {
+            kind: "symbol" | "module" | "package" | "component" | "service" | "spec" | "document" | "api" | "api-schema" | "event" | "diagram";
+            id: string;
+            label: string;
+            filePath?: string | undefined;
+            language?: string | undefined;
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+        }[];
+        edges: {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }[];
+    }, {
+        metadata: {
+            generatedAt: string;
+            projectRoot: string;
+            schemaVersion: string;
+        };
+        nodes: {
+            kind: "symbol" | "module" | "package" | "component" | "service" | "spec" | "document" | "api" | "api-schema" | "event" | "diagram";
+            id: string;
+            label: string;
+            filePath?: string | undefined;
+            language?: string | undefined;
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+        }[];
+        edges: {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }[];
+    }>;
+    fileHashes: z.ZodRecord<z.ZodString, z.ZodString>;
+}, "strip", z.ZodTypeAny, {
+    generatedAt: string;
+    schemaVersion: "2.0";
+    graph: {
+        metadata: {
+            generatedAt: string;
+            projectRoot: string;
+            schemaVersion: string;
+        };
+        nodes: {
+            kind: "symbol" | "module" | "package" | "component" | "service" | "spec" | "document" | "api" | "api-schema" | "event" | "diagram";
+            id: string;
+            label: string;
+            filePath?: string | undefined;
+            language?: string | undefined;
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+        }[];
+        edges: {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }[];
+    };
+    fileHashes: Record<string, string>;
+}, {
+    generatedAt: string;
+    schemaVersion: "2.0";
+    graph: {
+        metadata: {
+            generatedAt: string;
+            projectRoot: string;
+            schemaVersion: string;
+        };
+        nodes: {
+            kind: "symbol" | "module" | "package" | "component" | "service" | "spec" | "document" | "api" | "api-schema" | "event" | "diagram";
+            id: string;
+            label: string;
+            filePath?: string | undefined;
+            language?: string | undefined;
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+        }[];
+        edges: {
+            source: string;
+            target: string;
+            relation: "cross-module" | "calls" | "depends-on" | "contains" | "documents" | "references" | "conceptually_related_to" | "rationale_for" | "groups" | "deploys";
+            confidence: "high" | "medium" | "low";
+            metadata?: Record<string, unknown> | undefined;
+            directional?: boolean | undefined;
+            evidence?: string | undefined;
+            weight?: number | undefined;
+        }[];
+    };
+    fileHashes: Record<string, string>;
+}>;
+export type SnapshotWrapper = z.infer<typeof SnapshotWrapperSchema>;
+/** 给定项目根，计算 `.spectra/unified-graph.json` 的绝对路径 */
+export declare function snapshotPath(projectRoot: string): string;
+/**
+ * 计算单个文件内容的 SHA-256 hex digest。
+ * 文件不存在时返回 null（让 detectStaleFiles 决定如何处理 deleted 路径）。
+ */
+export declare function computeFileHash(absPath: string): Promise<string | null>;
+/**
+ * 批量计算文件 hash（串行执行，clarify Q-D4 决议；与 SHA-256 计算量比较，IO 是瓶颈，并行收益有限）。
+ *
+ * Feature 193 决策 1b：读文件用绝对路径（IO 域），但写入 record 的 key 相对化为
+ * repo-relative POSIX 路径（持久化域），使快照跨 worktree 可移植。projectRoot 外的
+ * 文件（罕见：跨仓引用）保留绝对 key（relativizePosix external 分支）。
+ *
+ * @param projectRoot 相对化基准
+ * @param files 绝对路径数组（IO 读取用）
+ * @returns repo-relative POSIX 路径 → hash 的 record；不存在的文件不出现在 record 中
+ */
+export declare function computeAllFileHashes(projectRoot: string, files: string[]): Promise<Record<string, string>>;
+/**
+ * 持久化 SnapshotWrapper 到 `.spectra/unified-graph.json`。
+ *
+ * 写入策略（FR-5 / spec NG-3 amendment / W1 v3 多进程 tradeoff）：
+ *   1. mkdir -p .spectra/
+ *   2. JSON.stringify(snapshot, null, 2) → 写入 unified-graph.<pid>.tmp
+ *   3. fs.rename(tmp, target) — POSIX rename 是原子操作
+ * 多进程并发场景：`<pid>` 区分各进程的 tmp，rename 后写者覆盖前者；
+ * 不会出现部分写入的损坏文件（worst case：丢失某次写入，可接受）。
+ *
+ * @param snapshot 要写入的 SnapshotWrapper（建议先经 schema 校验）
+ * @param projectRoot 项目根目录（绝对或相对路径均可，内部会 resolve）
+ */
+export declare function saveSnapshot(snapshot: SnapshotWrapper, projectRoot: string): Promise<void>;
+/**
+ * 快照加载的降级原因（Feature 193 决策 1c / plan-C4）。
+ *
+ * - ok：成功加载
+ * - not-found：文件不存在（静默 full re-index）
+ * - corrupt：读错误 / JSON 解析失败 / schema 校验失败（非版本原因）
+ * - format-stale：旧版本快照（如 1.0 绝对 key），需 full re-index 重建为 2.0
+ */
+export type SnapshotLoadReason = 'ok' | 'not-found' | 'corrupt' | 'format-stale';
+/** loadSnapshotDetailed 返回值（带原因，供调用方区分降级类型） */
+export interface SnapshotLoadResult {
+    snapshot: SnapshotWrapper | null;
+    reason: SnapshotLoadReason;
+}
+/**
+ * 读取并 safeParse `.spectra/unified-graph.json`，返回带降级原因的结果（plan-C4）。
+ *
+ * 降级原因区分（让调用方能区分 no-snapshot vs format-stale，决定 fallbackReason）：
+ *   - not-found：文件不存在
+ *   - corrupt：读错误 / JSON 解析失败 / （非版本原因的）schema 校验失败
+ *   - format-stale：解析出的 schemaVersion ≠ 当前 SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION（旧绝对 key 快照）
+ *
+ * 降级原因写入 stdout（machine-readable JSON line），方便上游脚本判断。
+ */
+export declare function loadSnapshotDetailed(projectRoot: string): Promise<SnapshotLoadResult>;
+/**
+ * 读取并 safeParse `.spectra/unified-graph.json`（薄壳，向后兼容旧调用方）。
+ *
+ * 不区分降级原因；需要 format-stale vs not-found 区分时改用 loadSnapshotDetailed。
+ * 返回 null 的情况：文件不存在 / JSON 解析失败 / schema 校验失败 / 版本过期。
+ */
+export declare function loadSnapshot(projectRoot: string): Promise<SnapshotWrapper | null>;
+/**
+ * 比对 snapshot 中的 fileHashes 与磁盘实际 hash，找出需要重索引的文件集合。
+ *
+ * stale 判定规则（覆盖 EC-9）：
+ *   - 当前文件存在 + hash 与 snapshot 记录不同 → stale（需重索引）
+ *   - 当前文件存在 + snapshot 中无记录 → stale（新增文件）
+ *   - 当前文件不存在 + snapshot 中有记录 → stale（被 rename / delete 的旧路径）
+ *   - 当前文件存在 + hash 与 snapshot 一致 → 不 stale（可复用）
+ *
+ * Feature 193 决策 1b 路径域合同：
+ *   - 入参 currentFiles = 绝对路径（运行时 IO 域）
+ *   - snapshot.fileHashes key = repo-relative POSIX（持久化域，2.0）
+ *   - 比对时把 currentFiles 相对化后查 key；deleted 检测把旧相对 key 转回绝对判存在性
+ *   - **返回值 = 绝对路径**（IO 域，供调用方 analyzeFile）；deleted 旧路径转绝对返回
+ *
+ * @param snapshot 已加载的 SnapshotWrapper
+ * @param currentFiles 当前项目扫描出的源文件绝对路径列表
+ * @param projectRoot 路径域转换基准
+ * @returns 需要重索引的绝对路径集合（含新增 / 修改 / 删除三类）
+ */
+export declare function detectStaleFiles(snapshot: SnapshotWrapper, currentFiles: string[], projectRoot: string): Promise<string[]>;
+/**
+ * 把一个 UnifiedGraph + 文件 hash 表打包成 SnapshotWrapper。
+ *
+ * @param graph 已构建的 UnifiedGraph
+ * @param fileHashes 路径 → SHA-256 hex
+ */
+export declare function buildSnapshotWrapper(graph: UnifiedGraph, fileHashes: Record<string, string>): SnapshotWrapper;
+//# sourceMappingURL=persistence.d.ts.map

package/dist/knowledge-graph/persistence.d.ts.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"persistence.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../../src/knowledge-graph/persistence.ts"],"names":[],"mappings":"AAsBA,OAAO,EAAE,CAAC,EAAE,MAAM,KAAK,CAAC;AACxB,OAAO,EAAsB,KAAK,YAAY,EAAE,MAAM,oBAAoB,CAAC;AAO3E;;;;;;GAMG;AACH,eAAO,MAAM,wBAAwB,EAAG,KAAc,CAAC;AAEvD;;;;;;;;;;GAUG;AACH,eAAO,MAAM,qBAAqB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;EAKhC,CAAC;AACH,MAAM,MAAM,eAAe,GAAG,CAAC,CAAC,KAAK,CAAC,OAAO,qBAAqB,CAAC,CAAC;AASpE,mDAAmD;AACnD,wBAAgB,YAAY,CAAC,WAAW,EAAE,MAAM,GAAG,MAAM,CAExD;AAMD;;;GAGG;AACH,wBAAsB,eAAe,CAAC,OAAO,EAAE,MAAM,GAAG,OAAO,CAAC,MAAM,GAAG,IAAI,CAAC,CAS7E;AAED;;;;;;;;;;GAUG;AACH,wBAAsB,oBAAoB,CACxC,WAAW,EAAE,MAAM,EACnB,KAAK,EAAE,MAAM,EAAE,GACd,OAAO,CAAC,MAAM,CAAC,MAAM,EAAE,MAAM,CAAC,CAAC,CASjC;AAMD;;;;;;;;;;;;GAYG;AACH,wBAAsB,YAAY,CAChC,QAAQ,EAAE,eAAe,EACzB,WAAW,EAAE,MAAM,GAClB,OAAO,CAAC,IAAI,CAAC,CAiBf;AAMD;;;;;;;GAOG;AACH,MAAM,MAAM,kBAAkB,GAAG,IAAI,GAAG,WAAW,GAAG,SAAS,GAAG,cAAc,CAAC;AAEjF,+CAA+C;AAC/C,MAAM,WAAW,kBAAkB;IACjC,QAAQ,EAAE,eAAe,GAAG,IAAI,CAAC;IACjC,MAAM,EAAE,kBAAkB,CAAC;CAC5B;AAED;;;;;;;;;GASG;AACH,wBAAsB,oBAAoB,CAAC,WAAW,EAAE,MAAM,GAAG,OAAO,CAAC,kBAAkB,CAAC,CAoE3F;AAED;;;;;GAKG;AACH,wBAAsB,YAAY,CAAC,WAAW,EAAE,MAAM,GAAG,OAAO,CAAC,eAAe,GAAG,IAAI,CAAC,CAGvF;AAMD;;;;;;;;;;;;;;;;;;;GAmBG;AACH,wBAAsB,gBAAgB,CACpC,QAAQ,EAAE,eAAe,EACzB,YAAY,EAAE,MAAM,EAAE,EACtB,WAAW,EAAE,MAAM,GAClB,OAAO,CAAC,MAAM,EAAE,CAAC,CAgCnB;AAMD;;;;;GAKG;AACH,wBAAgB,oBAAoB,CAClC,KAAK,EAAE,YAAY,EACnB,UAAU,EAAE,MAAM,CAAC,MAAM,EAAE,MAAM,CAAC,GACjC,eAAe,CAOjB"}

package/dist/knowledge-graph/persistence.js

@@ -0,0 +1,280 @@
+/**
+ * Feature 156 W2 — UnifiedGraph snapshot 持久化层。
+ *
+ * 提供 .spectra/unified-graph.json 的读写 + 文件 hash 索引能力，
+ * 让 `spectra index` 命令在多次运行之间复用图结构（FR-1 ~ FR-5、FR-30、AC-9）。
+ *
+ * 关键设计决策：
+ * - 写盘格式 = pretty JSON（clarify Q1 决议；调试友好，1 MB 量级 parse/stringify < 50 ms）
+ * - 不裁剪 symbol 节点（clarify Q2 决议；保留完整 UnifiedGraph 让 caller expansion 精确到 symbol 粒度）
+ * - 原子写入 = 临时文件 + rename（process.pid 区分多进程，"最后写者胜"语义）
+ * - SnapshotWrapperSchema 是独立的 Zod schema，**不修改** UnifiedGraphSchema（NG-3）
+ * - load 失败 / corruption / schemaVersion 不匹配 → 返回 null，由调用方触发 full re-index（EC-3 / EC-8）
+ * - 跨 worktree 隔离（EC-11）：每个 worktree 各自的 projectRoot/.spectra/，互不共享
+ *
+ * Spec v3.2 W1 → W2 handoff：SnapshotWrapper 必须**完整透传** UnifiedEdge.metadata 字段
+ * （含 `importType`），不允许像 panoramic graph-builder 序列化路径那样静默丢失结构化扩展数据。
+ * 本模块直接序列化 UnifiedGraph（走 Zod schema 派生 → JSON.stringify），天然保留所有字段。
+ */
+import * as fs from 'node:fs';
+import * as fsp from 'node:fs/promises';
+import * as path from 'node:path';
+import { createHash, randomBytes } from 'node:crypto';
+import { z } from 'zod';
+import { UnifiedGraphSchema } from './unified-graph.js';
+import { relativizePosix } from './relativize.js';
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+// Schema
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+/**
+ * SnapshotWrapper 自身版本（与内嵌 UnifiedGraph.metadata.schemaVersion 解耦）。
+ *
+ * Feature 193 决策 1b：'1.0' → '2.0' bump。
+ * 2.0 语义变更：fileHashes key + 内嵌 graph 全部相对化为 repo-relative POSIX 路径
+ * （持久化域）；旧 1.0 快照（绝对 key）加载时按 format-stale 退化 full reindex。
+ */
+export const SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION = '2.0';
+/**
+ * SnapshotWrapper schema — `.spectra/unified-graph.json` 的顶层结构。
+ *
+ * 字段定义参见 spec.md §4.2：
+ *   schemaVersion: SnapshotWrapper 自身版本（升版时本字段 bump）
+ *   generatedAt:   ISO 8601 datetime
+ *   graph:         完整 UnifiedGraph（不裁剪 symbol 节点）
+ *   fileHashes:    **repo-relative POSIX 路径** → 该文件内容的 SHA-256 hex
+ *                  （Feature 193 决策 1b：持久化域 = 相对；运行时 IO 域 = 绝对，
+ *                   转换集中在 computeAllFileHashes / detectStaleFiles / incremental 边界）
+ */
+export const SnapshotWrapperSchema = z.object({
+    schemaVersion: z.literal(SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION),
+    generatedAt: z.string().datetime(),
+    graph: UnifiedGraphSchema,
+    fileHashes: z.record(z.string(), z.string()),
+});
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+// 路径常量
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+const SNAPSHOT_DIR = '.spectra';
+const SNAPSHOT_FILENAME = 'unified-graph.json';
+/** 给定项目根，计算 `.spectra/unified-graph.json` 的绝对路径 */
+export function snapshotPath(projectRoot) {
+    return path.join(path.resolve(projectRoot), SNAPSHOT_DIR, SNAPSHOT_FILENAME);
+}
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+// Hash 工具（FR-2 SHA-256）
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+/**
+ * 计算单个文件内容的 SHA-256 hex digest。
+ * 文件不存在时返回 null（让 detectStaleFiles 决定如何处理 deleted 路径）。
+ */
+export async function computeFileHash(absPath) {
+    try {
+        const content = await fsp.readFile(absPath);
+        return createHash('sha256').update(content).digest('hex');
+    }
+    catch (err) {
+        // 文件不存在 / 权限错误等 → 返回 null
+        void err;
+        return null;
+    }
+}
+/**
+ * 批量计算文件 hash（串行执行，clarify Q-D4 决议；与 SHA-256 计算量比较，IO 是瓶颈，并行收益有限）。
+ *
+ * Feature 193 决策 1b：读文件用绝对路径（IO 域），但写入 record 的 key 相对化为
+ * repo-relative POSIX 路径（持久化域），使快照跨 worktree 可移植。projectRoot 外的
+ * 文件（罕见：跨仓引用）保留绝对 key（relativizePosix external 分支）。
+ *
+ * @param projectRoot 相对化基准
+ * @param files 绝对路径数组（IO 读取用）
+ * @returns repo-relative POSIX 路径 → hash 的 record；不存在的文件不出现在 record 中
+ */
+export async function computeAllFileHashes(projectRoot, files) {
+    const out = {};
+    for (const f of files) {
+        const h = await computeFileHash(f);
+        if (h !== null) {
+            out[relativizePosix(f, projectRoot).value] = h;
+        }
+    }
+    return out;
+}
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+// save（FR-1 / FR-5 原子写入）
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+/**
+ * 持久化 SnapshotWrapper 到 `.spectra/unified-graph.json`。
+ *
+ * 写入策略（FR-5 / spec NG-3 amendment / W1 v3 多进程 tradeoff）：
+ *   1. mkdir -p .spectra/
+ *   2. JSON.stringify(snapshot, null, 2) → 写入 unified-graph.<pid>.tmp
+ *   3. fs.rename(tmp, target) — POSIX rename 是原子操作
+ * 多进程并发场景：`<pid>` 区分各进程的 tmp，rename 后写者覆盖前者；
+ * 不会出现部分写入的损坏文件（worst case：丢失某次写入，可接受）。
+ *
+ * @param snapshot 要写入的 SnapshotWrapper（建议先经 schema 校验）
+ * @param projectRoot 项目根目录（绝对或相对路径均可，内部会 resolve）
+ */
+export async function saveSnapshot(snapshot, projectRoot) {
+    const targetPath = snapshotPath(projectRoot);
+    const dir = path.dirname(targetPath);
+    await fsp.mkdir(dir, { recursive: true });
+    // pretty JSON（clarify Q1）
+    const content = JSON.stringify(snapshot, null, 2);
+    // 含 pid + 随机后缀的唯一 tmp 名，多进程 / 同进程并发时都不互相覆盖 tmp
+    // （单进程同 pid 多次并发调用 saveSnapshot 时单纯用 pid 会导致 tmp 路径冲突）
+    const tmpPath = path.join(dir, `${SNAPSHOT_FILENAME}.${process.pid}.${randomBytes(4).toString('hex')}.tmp`);
+    await fsp.writeFile(tmpPath, content, 'utf-8');
+    // POSIX rename 原子覆盖目标文件
+    await fsp.rename(tmpPath, targetPath);
+}
+/**
+ * 读取并 safeParse `.spectra/unified-graph.json`，返回带降级原因的结果（plan-C4）。
+ *
+ * 降级原因区分（让调用方能区分 no-snapshot vs format-stale，决定 fallbackReason）：
+ *   - not-found：文件不存在
+ *   - corrupt：读错误 / JSON 解析失败 / （非版本原因的）schema 校验失败
+ *   - format-stale：解析出的 schemaVersion ≠ 当前 SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION（旧绝对 key 快照）
+ *
+ * 降级原因写入 stdout（machine-readable JSON line），方便上游脚本判断。
+ */
+export async function loadSnapshotDetailed(projectRoot) {
+    const targetPath = snapshotPath(projectRoot);
+    let raw;
+    try {
+        raw = await fsp.readFile(targetPath, 'utf-8');
+    }
+    catch (err) {
+        const code = err.code;
+        if (code === 'ENOENT') {
+            return { snapshot: null, reason: 'not-found' }; // 文件不存在 — 调用方触发 full re-index
+        }
+        // 其他读错误（权限等）记录后降级
+        process.stdout.write(`${JSON.stringify({ event: 'snapshot-load-fallback', fallbackReason: 'read-error', error: String(err) })}\n`);
+        return { snapshot: null, reason: 'corrupt' };
+    }
+    let parsed;
+    try {
+        parsed = JSON.parse(raw);
+    }
+    catch (err) {
+        process.stdout.write(`${JSON.stringify({ event: 'snapshot-load-fallback', fallbackReason: 'json-parse-error', error: String(err) })}\n`);
+        return { snapshot: null, reason: 'corrupt' };
+    }
+    // 版本前置嗅探：旧版本快照（如 1.0 绝对 key）→ format-stale（区别于 corrupt）。
+    // 必须在 strict schema parse 之前判断，否则 z.literal('2.0') 失败会被误归为 corrupt。
+    const sniffedVersion = typeof parsed === 'object' && parsed !== null
+        ? parsed['schemaVersion']
+        : undefined;
+    if (typeof sniffedVersion === 'string' && sniffedVersion !== SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION) {
+        process.stdout.write(`${JSON.stringify({
+            event: 'snapshot-load-fallback',
+            fallbackReason: 'snapshot-format-stale',
+            snapshotVersion: sniffedVersion,
+            expectedVersion: SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION,
+        })}\n`);
+        return { snapshot: null, reason: 'format-stale' };
+    }
+    const result = SnapshotWrapperSchema.safeParse(parsed);
+    if (!result.success) {
+        process.stdout.write(`${JSON.stringify({
+            event: 'snapshot-load-fallback',
+            fallbackReason: 'schema-validation-failed',
+            issues: result.error.issues.slice(0, 3).map((i) => ({ path: i.path, message: i.message })),
+        })}\n`);
+        return { snapshot: null, reason: 'corrupt' };
+    }
+    // Codex implement-W1（"2.0 但 fileHashes key 绝对" → 应判 stale）经评估**不在 loader 层加内容检查**：
+    //   1. 真实 F193 流程下 2.0 快照的 key 恒为相对（computeAllFileHashes/saveSnapshot 产出），
+    //      "2.0+绝对" 仅来自手改/旧代码 bug——非正常路径；
+    //   2. 真正的 bootstrap 威胁（旧版快照跨 worktree copy）由上方 version 嗅探（1.0→format-stale）全覆盖；
+    //   3. 即便畸形 2.0+绝对 快照漏入，detectStaleFiles 会因相对 currentFiles 查不到绝对 key 而把全部文件判 stale，
+    //      安全退化为等效 full re-analyze（结果正确，仅慢），不会产生错误增量；
+    //   4. 在 loader 里强制相对化策略会把"持久化域=相对"的写侧合同耦合进读侧（分层 smell），
+    //      且破坏 saveSnapshot/loadSnapshot 作为忠实序列化器的 round-trip 契约（P-1 测试显式依赖）。
+    // 写侧已有 portable 守卫 + 跨 worktree byte 测试强制相对化，故读侧保持忠实序列化器。
+    return { snapshot: result.data, reason: 'ok' };
+}
+/**
+ * 读取并 safeParse `.spectra/unified-graph.json`（薄壳，向后兼容旧调用方）。
+ *
+ * 不区分降级原因；需要 format-stale vs not-found 区分时改用 loadSnapshotDetailed。
+ * 返回 null 的情况：文件不存在 / JSON 解析失败 / schema 校验失败 / 版本过期。
+ */
+export async function loadSnapshot(projectRoot) {
+    const { snapshot } = await loadSnapshotDetailed(projectRoot);
+    return snapshot;
+}
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+// stale 检测（FR-3 / EC-9 rename-delete）
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+/**
+ * 比对 snapshot 中的 fileHashes 与磁盘实际 hash，找出需要重索引的文件集合。
+ *
+ * stale 判定规则（覆盖 EC-9）：
+ *   - 当前文件存在 + hash 与 snapshot 记录不同 → stale（需重索引）
+ *   - 当前文件存在 + snapshot 中无记录 → stale（新增文件）
+ *   - 当前文件不存在 + snapshot 中有记录 → stale（被 rename / delete 的旧路径）
+ *   - 当前文件存在 + hash 与 snapshot 一致 → 不 stale（可复用）
+ *
+ * Feature 193 决策 1b 路径域合同：
+ *   - 入参 currentFiles = 绝对路径（运行时 IO 域）
+ *   - snapshot.fileHashes key = repo-relative POSIX（持久化域，2.0）
+ *   - 比对时把 currentFiles 相对化后查 key；deleted 检测把旧相对 key 转回绝对判存在性
+ *   - **返回值 = 绝对路径**（IO 域，供调用方 analyzeFile）；deleted 旧路径转绝对返回
+ *
+ * @param snapshot 已加载的 SnapshotWrapper
+ * @param currentFiles 当前项目扫描出的源文件绝对路径列表
+ * @param projectRoot 路径域转换基准
+ * @returns 需要重索引的绝对路径集合（含新增 / 修改 / 删除三类）
+ */
+export async function detectStaleFiles(snapshot, currentFiles, projectRoot) {
+    const stale = new Set();
+    const root = path.resolve(projectRoot);
+    // currentFiles 的相对 key 集合（用于 (2) 判 deleted 时跳过仍存在的文件）
+    const currentRelSet = new Set(currentFiles.map((f) => relativizePosix(f, projectRoot).value));
+    // (1) 检查当前文件：新增或 hash 不一致 → stale（返回绝对路径）
+    for (const f of currentFiles) {
+        const relKey = relativizePosix(f, projectRoot).value;
+        const oldHash = snapshot.fileHashes[relKey];
+        const newHash = await computeFileHash(f);
+        if (newHash === null) {
+            // 文件读不到（罕见：扫描时存在但现在消失）→ 视为 deleted
+            if (oldHash !== undefined)
+                stale.add(f);
+            continue;
+        }
+        if (oldHash === undefined || oldHash !== newHash) {
+            stale.add(f);
+        }
+    }
+    // (2) 检查 snapshot 中存在但当前已不存在的路径 → deleted（也算 stale，调用方需移除节点）
+    for (const oldRelKey of Object.keys(snapshot.fileHashes)) {
+        if (currentRelSet.has(oldRelKey))
+            continue;
+        // 相对 key 转回绝对判存在性（external 绝对 key 原样）
+        const oldAbs = path.isAbsolute(oldRelKey) ? oldRelKey : path.join(root, oldRelKey);
+        if (!fs.existsSync(oldAbs)) {
+            stale.add(oldAbs);
+        }
+    }
+    return Array.from(stale).sort();
+}
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+// Helper：构建一个完整的 SnapshotWrapper（供 spectra index 命令使用）
+// ───────────────────────────────────────────────────────────
+/**
+ * 把一个 UnifiedGraph + 文件 hash 表打包成 SnapshotWrapper。
+ *
+ * @param graph 已构建的 UnifiedGraph
+ * @param fileHashes 路径 → SHA-256 hex
+ */
+export function buildSnapshotWrapper(graph, fileHashes) {
+    return {
+        schemaVersion: SNAPSHOT_WRAPPER_VERSION,
+        generatedAt: new Date().toISOString(),
+        graph,
+        fileHashes,
+    };
+}
+//# sourceMappingURL=persistence.js.map

package/dist/knowledge-graph/persistence.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"persistence.js","sourceRoot":"","sources":["../../src/knowledge-graph/persistence.ts"],"names":[],"mappings":"AAAA;;;;;;;;;;;;;;;;;GAiBG;AACH,OAAO,KAAK,EAAE,MAAM,SAAS,CAAC;AAC9B,OAAO,KAAK,GAAG,MAAM,kBAAkB,CAAC;AACxC,OAAO,KAAK,IAAI,MAAM,WAAW,CAAC;AAClC,OAAO,EAAE,UAAU,EAAE,WAAW,EAAE,MAAM,aAAa,CAAC;AACtD,OAAO,EAAE,CAAC,EAAE,MAAM,KAAK,CAAC;AACxB,OAAO,EAAE,kBAAkB,EAAqB,MAAM,oBAAoB,CAAC;AAC3E,OAAO,EAAE,eAAe,EAAE,MAAM,iBAAiB,CAAC;AAElD,8DAA8D;AAC9D,SAAS;AACT,8DAA8D;AAE9D;;;;;;GAMG;AACH,MAAM,CAAC,MAAM,wBAAwB,GAAG,KAAc,CAAC;AAEvD;;;;;;;;;;GAUG;AACH,MAAM,CAAC,MAAM,qBAAqB,GAAG,CAAC,CAAC,MAAM,CAAC;IAC5C,aAAa,EAAE,CAAC,CAAC,OAAO,CAAC,wBAAwB,CAAC;IAClD,WAAW,EAAE,CAAC,CAAC,MAAM,EAAE,CAAC,QAAQ,EAAE;IAClC,KAAK,EAAE,kBAAkB;IACzB,UAAU,EAAE,CAAC,CAAC,MAAM,CAAC,CAAC,CAAC,MAAM,EAAE,EAAE,CAAC,CAAC,MAAM,EAAE,CAAC;CAC7C,CAAC,CAAC;AAGH,8DAA8D;AAC9D,OAAO;AACP,8DAA8D;AAE9D,MAAM,YAAY,GAAG,UAAU,CAAC;AAChC,MAAM,iBAAiB,GAAG,oBAAoB,CAAC;AAE/C,mDAAmD;AACnD,MAAM,UAAU,YAAY,CAAC,WAAmB;IAC9C,OAAO,IAAI,CAAC,IAAI,CAAC,IAAI,CAAC,OAAO,CAAC,WAAW,CAAC,EAAE,YAAY,EAAE,iBAAiB,CAAC,CAAC;AAC/E,CAAC;AAED,8DAA8D;AAC9D,wBAAwB;AACxB,8DAA8D;AAE9D;;;GAGG;AACH,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,eAAe,CAAC,OAAe;IACnD,IAAI,CAAC;QACH,MAAM,OAAO,GAAG,MAAM,GAAG,CAAC,QAAQ,CAAC,OAAO,CAAC,CAAC;QAC5C,OAAO,UAAU,CAAC,QAAQ,CAAC,CAAC,MAAM,CAAC,OAAO,CAAC,CAAC,MAAM,CAAC,KAAK,CAAC,CAAC;IAC5D,CAAC;IAAC,OAAO,GAAG,EAAE,CAAC;QACb,0BAA0B;QAC1B,KAAK,GAAG,CAAC;QACT,OAAO,IAAI,CAAC;IACd,CAAC;AACH,CAAC;AAED;;;;;;;;;;GAUG;AACH,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,oBAAoB,CACxC,WAAmB,EACnB,KAAe;IAEf,MAAM,GAAG,GAA2B,EAAE,CAAC;IACvC,KAAK,MAAM,CAAC,IAAI,KAAK,EAAE,CAAC;QACtB,MAAM,CAAC,GAAG,MAAM,eAAe,CAAC,CAAC,CAAC,CAAC;QACnC,IAAI,CAAC,KAAK,IAAI,EAAE,CAAC;YACf,GAAG,CAAC,eAAe,CAAC,CAAC,EAAE,WAAW,CAAC,CAAC,KAAK,CAAC,GAAG,CAAC,CAAC;QACjD,CAAC;IACH,CAAC;IACD,OAAO,GAAG,CAAC;AACb,CAAC;AAED,8DAA8D;AAC9D,yBAAyB;AACzB,8DAA8D;AAE9D;;;;;;;;;;;;GAYG;AACH,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,YAAY,CAChC,QAAyB,EACzB,WAAmB;IAEnB,MAAM,UAAU,GAAG,YAAY,CAAC,WAAW,CAAC,CAAC;IAC7C,MAAM,GAAG,GAAG,IAAI,CAAC,OAAO,CAAC,UAAU,CAAC,CAAC;IACrC,MAAM,GAAG,CAAC,KAAK,CAAC,GAAG,EAAE,EAAE,SAAS,EAAE,IAAI,EAAE,CAAC,CAAC;IAE1C,0BAA0B;IAC1B,MAAM,OAAO,GAAG,IAAI,CAAC,SAAS,CAAC,QAAQ,EAAE,IAAI,EAAE,CAAC,CAAC,CAAC;IAElD,+CAA+C;IAC/C,uDAAuD;IACvD,MAAM,OAAO,GAAG,IAAI,CAAC,IAAI,CACvB,GAAG,EACH,GAAG,iBAAiB,IAAI,OAAO,CAAC,GAAG,IAAI,WAAW,CAAC,CAAC,CAAC,CAAC,QAAQ,CAAC,KAAK,CAAC,MAAM,CAC5E,CAAC;IACF,MAAM,GAAG,CAAC,SAAS,CAAC,OAAO,EAAE,OAAO,EAAE,OAAO,CAAC,CAAC;IAC/C,wBAAwB;IACxB,MAAM,GAAG,CAAC,MAAM,CAAC,OAAO,EAAE,UAAU,CAAC,CAAC;AACxC,CAAC;AAsBD;;;;;;;;;GASG;AACH,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,oBAAoB,CAAC,WAAmB;IAC5D,MAAM,UAAU,GAAG,YAAY,CAAC,WAAW,CAAC,CAAC;IAE7C,IAAI,GAAW,CAAC;IAChB,IAAI,CAAC;QACH,GAAG,GAAG,MAAM,GAAG,CAAC,QAAQ,CAAC,UAAU,EAAE,OAAO,CAAC,CAAC;IAChD,CAAC;IAAC,OAAO,GAAG,EAAE,CAAC;QACb,MAAM,IAAI,GAAI,GAA6B,CAAC,IAAI,CAAC;QACjD,IAAI,IAAI,KAAK,QAAQ,EAAE,CAAC;YACtB,OAAO,EAAE,QAAQ,EAAE,IAAI,EAAE,MAAM,EAAE,WAAW,EAAE,CAAC,CAAC,8BAA8B;QAChF,CAAC;QACD,kBAAkB;QAClB,OAAO,CAAC,MAAM,CAAC,KAAK,CAClB,GAAG,IAAI,CAAC,SAAS,CAAC,EAAE,KAAK,EAAE,wBAAwB,EAAE,cAAc,EAAE,YAAY,EAAE,KAAK,EAAE,MAAM,CAAC,GAAG,CAAC,EAAE,CAAC,IAAI,CAC7G,CAAC;QACF,OAAO,EAAE,QAAQ,EAAE,IAAI,EAAE,MAAM,EAAE,SAAS,EAAE,CAAC;IAC/C,CAAC;IAED,IAAI,MAAe,CAAC;IACpB,IAAI,CAAC;QACH,MAAM,GAAG,IAAI,CAAC,KAAK,CAAC,GAAG,CAAC,CAAC;IAC3B,CAAC;IAAC,OAAO,GAAG,EAAE,CAAC;QACb,OAAO,CAAC,MAAM,CAAC,KAAK,CAClB,GAAG,IAAI,CAAC,SAAS,CAAC,EAAE,KAAK,EAAE,wBAAwB,EAAE,cAAc,EAAE,kBAAkB,EAAE,KAAK,EAAE,MAAM,CAAC,GAAG,CAAC,EAAE,CAAC,IAAI,CACnH,CAAC;QACF,OAAO,EAAE,QAAQ,EAAE,IAAI,EAAE,MAAM,EAAE,SAAS,EAAE,CAAC;IAC/C,CAAC;IAED,yDAAyD;IACzD,oEAAoE;IACpE,MAAM,cAAc,GAClB,OAAO,MAAM,KAAK,QAAQ,IAAI,MAAM,KAAK,IAAI;QAC3C,CAAC,CAAE,MAAkC,CAAC,eAAe,CAAC;QACtD,CAAC,CAAC,SAAS,CAAC;IAChB,IAAI,OAAO,cAAc,KAAK,QAAQ,IAAI,cAAc,KAAK,wBAAwB,EAAE,CAAC;QACtF,OAAO,CAAC,MAAM,CAAC,KAAK,CAClB,GAAG,IAAI,CAAC,SAAS,CAAC;YAChB,KAAK,EAAE,wBAAwB;YAC/B,cAAc,EAAE,uBAAuB;YACvC,eAAe,EAAE,cAAc;YAC/B,eAAe,EAAE,wBAAwB;SAC1C,CAAC,IAAI,CACP,CAAC;QACF,OAAO,EAAE,QAAQ,EAAE,IAAI,EAAE,MAAM,EAAE,cAAc,EAAE,CAAC;IACpD,CAAC;IAED,MAAM,MAAM,GAAG,qBAAqB,CAAC,SAAS,CAAC,MAAM,CAAC,CAAC;IACvD,IAAI,CAAC,MAAM,CAAC,OAAO,EAAE,CAAC;QACpB,OAAO,CAAC,MAAM,CAAC,KAAK,CAClB,GAAG,IAAI,CAAC,SAAS,CAAC;YAChB,KAAK,EAAE,wBAAwB;YAC/B,cAAc,EAAE,0BAA0B;YAC1C,MAAM,EAAE,MAAM,CAAC,KAAK,CAAC,MAAM,CAAC,KAAK,CAAC,CAAC,EAAE,CAAC,CAAC,CAAC,GAAG,CAAC,CAAC,CAAC,EAAE,EAAE,CAAC,CAAC,EAAE,IAAI,EAAE,CAAC,CAAC,IAAI,EAAE,OAAO,EAAE,CAAC,CAAC,OAAO,EAAE,CAAC,CAAC;SAC3F,CAAC,IAAI,CACP,CAAC;QACF,OAAO,EAAE,QAAQ,EAAE,IAAI,EAAE,MAAM,EAAE,SAAS,EAAE,CAAC;IAC/C,CAAC;IAED,mFAAmF;IACnF,2EAA2E;IAC3E,sCAAsC;IACtC,iFAAiF;IACjF,oFAAoF;IACpF,kDAAkD;IAClD,yDAAyD;IACzD,0EAA0E;IAC1E,0DAA0D;IAC1D,OAAO,EAAE,QAAQ,EAAE,MAAM,CAAC,IAAI,EAAE,MAAM,EAAE,IAAI,EAAE,CAAC;AACjD,CAAC;AAED;;;;;GAKG;AACH,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,YAAY,CAAC,WAAmB;IACpD,MAAM,EAAE,QAAQ,EAAE,GAAG,MAAM,oBAAoB,CAAC,WAAW,CAAC,CAAC;IAC7D,OAAO,QAAQ,CAAC;AAClB,CAAC;AAED,8DAA8D;AAC9D,sCAAsC;AACtC,8DAA8D;AAE9D;;;;;;;;;;;;;;;;;;;GAmBG;AACH,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,gBAAgB,CACpC,QAAyB,EACzB,YAAsB,EACtB,WAAmB;IAEnB,MAAM,KAAK,GAAG,IAAI,GAA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