sillyspec 3.26.4 → 3.26.6

package/.claude/skills/sillyspec-brainstorm/SKILL.md

@@ -82,6 +82,7 @@ brainstorm 完成时按 design.md frontmatter 的 `scale` 分叉：
 brainstorm 在 `tier=independent` 规模下除 design.md 等四件套外，还需产出一个 stage 级 `review.json`，CLI `Stage Review Gate` 硬校验其 schema 与 `docHash` 真实性。
 
 - 路径：`.sillyspec/.runtime/stage-reviews/brainstorm-review-<stage-review-run-id>/review.json`（目录可能不存在需手建；run-id 由该步 `--done` prompt 输出指定）。marker 文件 `.runtime/current-stage-review-run-id-brainstorm-<变更名>`。
+- **run-id / marker 由 CLI 自动生成注入**（review step prompt 渲染时 echo 完整目录路径 + 写 marker；撞 gate 报缺 review.json 时 gate 也 echo 完整路径 + 写 marker）。直接用 CLI 给的路径写 review.json，**勿手算 run-id（必须 `review-` 前缀）、勿手写 marker**。卡住时用 `sillyspec register-stage-review --change <名> --stage brainstorm` 一步生成。
 - 字段（`schemaVersion:1`，`reviewType=design` —— 区别于 execute 的 `acceptance`）：
 
   ```json

package/.claude/skills/sillyspec-execute/SKILL.md

@@ -88,6 +88,7 @@ execute 完成时，每个 task 必须有 `review.json` 且 verdict 通过，否
 execute 还有**第二道**独立的 stage 级审查：除逐 task review.json 外，整个 execute 阶段完成还需一个 stage 级 `review.json`（在 "完成确认"/acceptance 步骤产出）。CLI `Stage Review Gate` 硬校验其 schema 与 `docHash` 真实性。
 
 - 路径：`.sillyspec/.runtime/stage-reviews/execute-review-<stage-review-run-id>/review.json`（目录可能不存在需手建；run-id 由该步 `--done` prompt 输出指定）。marker 文件 `.runtime/current-stage-review-run-id-execute-<变更名>`。
+- **run-id / marker 由 CLI 自动生成注入**（review step prompt 渲染时 echo 完整目录路径 + 写 marker；撞 gate 报缺 review.json 时 gate 也 echo 完整路径 + 写 marker）。直接用 CLI 给的路径写 review.json，**勿手算 run-id（必须 `review-` 前缀）、勿手写 marker**。卡住时用 `sillyspec register-stage-review --change <名> --stage execute` 一步生成。
 - 字段（`schemaVersion:1`，`reviewType=acceptance` —— 区别于 brainstorm/plan 的 `"design"`）：
 
   ```json

package/.claude/skills/sillyspec-plan/SKILL.md

@@ -51,6 +51,7 @@ plan 的步骤是动态的：`generate_plan`（生成分级计划）→ `review_
 `review_plan` 步骤在 `tier=independent` 时产出一个 stage 级 `review.json`，CLI `Stage Review Gate` 硬校验其 schema 与 `docHash` 真实性。
 
 - 路径：`.sillyspec/.runtime/stage-reviews/plan-review-<stage-review-run-id>/review.json`（目录可能不存在需手建；run-id 由该步 `--done` prompt 输出指定）。marker 文件 `.runtime/current-stage-review-run-id-plan-<变更名>`。
+- **run-id / marker 由 CLI 自动生成注入**（review step prompt 渲染时 echo 完整目录路径 + 写 marker；撞 gate 报缺 review.json 时 gate 也 echo 完整路径 + 写 marker）。直接用 CLI 给的路径写 review.json，**勿手算 run-id（必须 `review-` 前缀）、勿手写 marker**。卡住时用 `sillyspec register-stage-review --change <名> --stage plan` 一步生成。
 - 字段（`schemaVersion:1`，`reviewType=plan` —— plan 阶段主审查文档是 `plan.md`；execute 阶段才是 `acceptance`）：
 
   ```json

package/.claude/skills/sillyspec-quick/SKILL.md

@@ -61,10 +61,11 @@ sillyspec run quick --done --change quick-<hash> --output "…"  # 完成该会
 |---|---|
 | `--linked-changes none\|a,b` | **显式关联变更（取代 `--change`，推荐）**。none=不关联，a,b=关联列表 |
 | `--files a.js,b.js` | 显式声明本次允许修改的文件（边界保护） |
-| `--file-notes "p::注 \|\| p::注"` | quick `--done` 用：QUICKLOG「文件：」行落盘为多行带括注 bullet（省事后手改文件行）。格式 `path::括注`，`\|\|` 分隔多条 |
+| `--file-notes "p::注 \|\| p::注"` | quick `--done` 用：QUICKLOG「文件：」行落盘为多行带括注 bullet（省事后手改文件行）。格式 `path::括注`，`\|\|` 分隔多条；**只随 step3 --done 同命令传**（CLI 短进程，step1/step2 传无效，不带到 step3） |
 | `--allow-new` | 允许新增文件（默认禁止，防意外创建） |
+| `--allow-delete` | 允许删除文件（默认 fail-closed，删除是破坏性操作；确认删除带此 flag 显式解锁） |
 | `--force-baseline` | 允许覆盖 baseline 受保护文件 / 压制 `.sillyspec/` 危险判定（危险，慎用） |
-| `--confirm` | ⚠️ 仅打印变更概览，**不解锁 blocked**（blocked 仍 exit 1）。真正解锁用 `--force-baseline`/`--allow-new` |
+| `--confirm` | ⚠️ 仅打印变更概览，**不解锁 blocked**（blocked 仍 exit 1）。真正解锁用 `--force-baseline`/`--allow-new`/`--allow-delete` |
 
 ## 审计与并发变更（`--done` 边界审计）
 
@@ -73,7 +74,8 @@ sillyspec run quick --done --change quick-<hash> --output "…"  # 完成该会
 - **并发其他会话的 `.sillyspec/changes/<非关联变更>/` 不再被本 quick 拦截**。quick 自己没有 `changes/` 目录，该路径下非关联内容视为并发会话的工作，整体放行（确定性审计无法区分「并发工作」与「本 quick 偷建变更」，后者这类意图软判定留给 sillyhub）。
 - **关联变更的文件仍走审计**：reverse-sync 改自己关联变更的 `design.md` 会被拦，需 `--force-baseline` 显式确认。
 - **baseline 折叠目录前缀匹配**：step1 启动时整片 `changes/` 未跟踪会被 git 折叠成 `?? .sillyspec/changes/`（带尾斜杠 token）；审计时若该目录下文件被并发会话跟踪而展开成文件级路径，按尾斜杠 token 前缀放行其下所有文件，不误判。
-- **`--confirm` ≠ 解锁**：它只打印概览。blocked 时真正解锁的是 `--force-baseline`（压制 `.sillyspec/` 危险判定 + baseline 覆盖）/`--allow-new`（放行新增），两者在 step1 或 `--done` 传都生效。
+- **同文件并发 warn（advisory，不阻断）**：step1 启动时若你的某个 `allowedFile` 已在他者脏文件列表里（他者也改了这文件），--done 时 CLI 会比对当前内容 hash 与启动时录入的 hash——不一致（你也改了它）即判「同文件并发」并 warn：整文件 pathspec 提交会夹带他者 hunk。warn 给出分离指引（`git add -p <file>` 交互选你自己的 hunk，或 `git diff <file> > mine.patch` 编辑后 `git apply --cached mine.patch` 再 commit）。这**不阻断** --done（你可能有意整文件提交），看 warn 后自行决定是否分离。
+- **`--confirm` ≠ 解锁**：它只打印概览。blocked 时真正解锁的是 `--force-baseline`（压制 `.sillyspec/` 危险判定 + baseline 覆盖）/`--allow-new`（放行新增）/`--allow-delete`（放行删除，删除是破坏性操作默认 fail-closed，须显式 opt-in），三者可在 step1 或 `--done` 传，都生效。
 
 ## 典型用法
 

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "sillyspec",
-  "version": "3.26.4",
+  "version": "3.26.6",
   "description": "SillySpec CLI — 流程状态机，让 AI 严格按步骤来",
   "icon": "logo.jpg",
   "homepage": "https://sillyspec.ppdmq.top/",

package/src/db.js

@@ -93,8 +93,10 @@ export class DB {
    *  - 主库缺失/为空/损坏：尝试 .bak；成功则 warn 原因后 copy 回主库使用。
    *  - 都不可用：主库不存在→建全新空库；主库曾存在(空/损坏)→fail-loud 抛错(不静默建空库吞进度)。
    * node:sqlite 打开 0 字节文件不抛错：主库须 statSync 显式判空（截断信号→走回退，防静默吞进度）；
-   * .bak 作为恢复源只要存在且能打开即用（含 0 字节空库——node:sqlite 视其为合法空库，
-   * 生产环境 .bak 由原子写改名上一完整主库得来，永不为 0 字节，0 字节态仅出现在测试构造）。
+   * .bak 作为恢复源只要存在且能打开即用（含 0 字节空库——node:sqlite 视其为合法空库）。
+   * 注：node:sqlite 提交即持久化，不再写前备份主 .bak（sql.js 时代 _save/_atomicWriteSync 已随
+   * 2026-08-11 迁移移除）；此恢复分支是向后兼容兜底，仅对 sql.js 时代遗留的 .bak 生效，
+   * 全新 node:sqlite 项目不产生主 .bak）。
    */
   _openWithFallback() {
     const bakPath = `${this.dbPath}.bak`;

package/src/fs-atomic.js

@@ -4,8 +4,8 @@
  * 用于 .runtime/*.json、pointer、guard.json 等「会被其他进程 / hook 读取」的配置文件。
  * 保证读者要么看到旧完整内容、要么看到新完整内容，不会读到半截 JSON。
  *
- * 注意：db.js 有自己的 _atomicWriteSync（含 .bak 备份），那是 DB 专属持久化逻辑，
- * 已经过稳定性验证，此处不复用、不替换——保持 db.js 零改动。
+ * 注意：DB 持久化由 node:sqlite 引擎承担（提交即落盘 sillyspec.db + WAL 侧车），
+ * 不经此处的 writeAtomicSync；sillyspec.db 不走原子写改名。
  */
 import { writeFileSync, renameSync, unlinkSync } from 'fs';
 import { dirname, basename, join } from 'path';

package/src/git-helper.js

@@ -10,6 +10,7 @@
  * 三者统一带 `-c safe.directory=<cwd>` per-command（不污染全局 config）+ `-C cwd` 前缀；
  * 默认 timeout 5000ms（opts.timeout 可覆盖），默认 trim（opts.trim:false 保留原样输出）。
  * 数组形式天然规避 shell 拆词，路径含空格 / 元字符安全。
+ * safeGit 额外支持 opts.retryOnTimeout：ETIMEDOUT（机器忙瞬时抖动）时用 2× timeout 重试一次。
  */
 import { execFileSync } from 'node:child_process'
 
@@ -17,22 +18,34 @@ import { execFileSync } from 'node:child_process'
  * 安全执行 git：失败不抛，返回 { value, error } 结构。
  * @param {string} cwd
  * @param {string[]} args
- * @param {{ trim?: boolean, timeout?: number }} [opts]
+ * @param {{ trim?: boolean, timeout?: number, retryOnTimeout?: boolean }} [opts]
  *   - trim:false 保留原样输出（git status --porcelain 首行前导空格
  *     是状态码的一部分，trim 会削掉致 parsePorcelainPath 丢首字符，坑见 auditQuickCompletion 注释）
  *   - timeout 默认 5000ms，长操作（大 diff / worktree list）可传更大值
+ *   - retryOnTimeout:true 时，ETIMEDOUT 用 2× timeout 重试一次（默认 false 向后兼容）。
+ *     机器忙时 git 子进程启动慢易瞬时超时；审计锚点 git 调用失败即 blocked 中断 quick，
+ *     重试一次能消化绝大多数瞬时抖动，免去用户手工重跑。权限 / 损坏等非超时错误不重试（救不回）。
  * @returns {{ value: string|null, error: string|null }}
  */
 export function safeGit(cwd, args, opts = {}) {
-  const { trim = true, timeout = 5000 } = opts
+  const { trim = true, timeout = 5000, retryOnTimeout = false } = opts
   const fullArgs = ['-c', `safe.directory=${cwd}`, '-C', cwd, ...args]
-  try {
-    let value = execFileSync('git', fullArgs, { encoding: 'utf8', timeout })
-    if (trim) value = value.trim()
-    return { value, error: null }
-  } catch (e) {
-    return { value: null, error: e.message.split('\n')[0] }
+  // 单次尝试：返回 { value, errorObj }（errorObj 为原始 Error 或 null），不在内部格式化 message。
+  // 格式化（取首行）推迟到最终返回，避免重试分支重复格式化，并保留原始 code 供重试判定。
+  const attempt = (t) => {
+    try {
+      let value = execFileSync('git', fullArgs, { encoding: 'utf8', timeout: t })
+      if (trim) value = value.trim()
+      return { value, errorObj: null }
+    } catch (e) {
+      return { value: null, errorObj: e }
+    }
+  }
+  let { value, errorObj } = attempt(timeout)
+  if (errorObj && retryOnTimeout && errorObj.code === 'ETIMEDOUT') {
+    ({ value, errorObj } = attempt(timeout * 2))
   }
+  return { value, error: errorObj ? errorObj.message.split('\n')[0] : null }
 }
 
 /**

package/src/index.js

@@ -1015,6 +1015,8 @@ SillySpec worktree — git worktree 隔离管理
             } else if (result.result === 'skipped') {
               console.log(`⏭️  worktree 跳过清理: ${wtName} (mode: ${result.mode})`);
               console.log(`   原因: in-place 模式没有隔离目录需要清理`);
+            } else if (result.result === 'blocked') {
+              console.error(`🚫 拒绝清理：有未落主仓交付变更，请先 sillyspec worktree apply ${wtName} 或 --force`);
             } else {
               console.log(`ℹ️  worktree 未找到: ${wtName}`);
             }
@@ -1671,7 +1673,7 @@ SillySpec config — local.yaml 配置键速查
       // 已知产物 → 用途说明。agent 据此判断每份产物能否作为证据/该读哪个。
       const KNOWN = {
         'sillyspec.db': '进度库 SQLite（stages/steps/changes 表）',
-        'sillyspec.db.bak': '进度库备份（写前快照）',
+        'sillyspec.db.bak': '进度库备份（sql.js 时代写前快照遗留，node:sqlite 不再写入，仅 _openWithFallback 向后兼容恢复用）',
         'sillyspec.db.schema-version': '进度库 schema 版本标记',
         'doctor-diagnosis.json': 'doctor --json 结构化诊断快照',
         'doctor-dumps': 'doctor --dump-db 取证输出目录',

package/src/progress/stage-machine.js

@@ -3,7 +3,7 @@
 // 调 pm.read/_write/_ensureDB/_getSpecDir/readGlobal/_runtimePath/listChanges/_appendAuditLog/
 // _renderBatchProgress（persistence-core + 其他组 delegate）。组内方法互调保持 this.X（同 class）。
 // completeStage 五层（resolve/validate/force/tx/history/print）整体搬迁，不拆流水线（保行为、最低风险）。
-import { mkdirSync } from 'fs';
+import { mkdirSync, existsSync } from 'fs';
 import { join, resolve, basename } from 'path';
 import { writeAtomicSync } from '../fs-atomic.js';
 import { runValidators } from '../stage-contract.js';
@@ -140,21 +140,27 @@ export class StageMachine {
     console.log('');
     console.log('  ═══════════════════════════════════════');
     console.log(`  项目: ${(global?.project) || basename(cwd) || '(未命名)'}`);
-    console.log(`  活跃变更: ${changes.length} 个`);
+    // 当前操作目标与活跃列表区分（坑 status-change-pointer-ambiguous）：多活跃时不带
+    // --change 的 run/progress 不隐式选任何一个（index.js --change 解析多活跃报错），明确
+    // 说出来，防止把残留空壳（default/quick-xxx/目录缺失记录）误当操作目标跑错 change。
+    console.log(`  当前操作目标: （多活跃——不带 --change 时不隐式选定，run 须显式 --change <name>）`);
+    console.log(`  活跃变更记录: ${changes.length} 个（下列为 DB 中存在的活跃记录，非操作目标）`);
     console.log('  ═══════════════════════════════════════');
     console.log('');
 
+    const changesRoot = join(this.pm._getSpecDir(cwd), 'changes');
     for (const cn of changes) {
       const data = this.pm.read(cwd, cn);
+      const dirMissing = !existsSync(join(changesRoot, cn));
       if (!data) {
-        console.log(`  📂 ${cn} — (无法读取)`);
+        console.log(`  📂 ${cn} — (无法读取)${dirMissing ? ' ⚠️ 目录缺失（残留记录，可用 doctor 清理）' : ''}`);
         continue;
       }
       const currentStage = data.currentStage || '(无)';
       const stageLabel = STAGE_LABELS[data.currentStage] || currentStage;
       const lastActive = data.lastActive ? this._timeAgo(data.lastActive) : '未知';
 
-      console.log(`  📂 ${cn}`);
+      console.log(`  📂 ${cn}${dirMissing ? ' ⚠️ 目录缺失（残留记录，可用 doctor 清理）' : ''}`);
       console.log(`     当前阶段: ${stageLabel}  最近活跃: ${lastActive}`);
       console.log('');
     }

package/src/quicklog.js

@@ -243,6 +243,8 @@ async function rotateIfNeeded(userFile, gitUser) {
   } else {
     renameSync(userFile, archiveFile)
   }
+  // echo 轮转：归档文件是 git 跟踪的新文件，提交时带上（勿漏，否则旧 ql 条目只在本地）
+  console.log(`🔄 QUICKLOG 已轮转（>500 行）：${basename(userFile)} → ${basename(archiveFile)}（提交时带上归档文件，勿漏）`)
 }
 
 function tasksPath(specBase, change) {

package/src/review-tier.js

@@ -13,8 +13,9 @@
  *   - tier=self         → 当前 agent 自审，CLI 放行（不要求 review.json）
  *   - tier=independent  → 强制独立审查子代理 + review.json，CLI 硬校验
  *
- * CLI 侧（run.js done gate）与 prompt 注入侧用同一个函数，保证两边判定一致——
- * 不信 agent 自报 tier。
+ * CLI 侧（run.js done gate）与 prompt 注入侧用同一个函数，保证两边判定一致。
+ * 判定权归 agent 的 plan_level 自主判断（CLI 只做确定性映射，见 classifyReviewTier 注释）；
+ * 无 plan_level 的阶段才退文件数启发式。
  */
 
 import { parseFileChangeList } from './change-list.js'
@@ -28,14 +29,21 @@ export const SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD = 3
 /**
  * 审查分级
  *
+ * 判定权归 agent 的 plan_level 判定（2026-08-14 tier-plan-level 改造）：plan_level 是 agent
+ * 在 plan step1 按 prompt 分级规则做的自主判断，tier 直接映射它——CLI 不再用文件数启发式
+ * 推翻 agent 判定（此前 light + 4 文件会被文件数强制 independent，两套标准打架且不透明，
+ * 实证：agent 判 light 自审通过，完成时 CLI 按 7 文件强制 independent review.json）。
+ *
  * 判定顺序（短路）：
- *   1. plan_level === 'none'                          → self（极小变更）
- *   2. design.md 变更文件数 ≤ SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD → self
- *   3. 否则                                            → independent
+ *   1. plan_level === 'none'  → self（极小变更）
+ *   2. plan_level === 'light' → self（agent 自主判定轻量，自审）
+ *   3. plan_level === 'full'  → independent（full 语义即大变更需独立审查，CLI 确定性强制）
+ *   4. 无 plan_level（brainstorm 等阶段 plan.md 未生成）→ 退文件数启发式：
+ *      design.md 变更文件数 ≤ SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD → self，否则 independent
  *
- * fail-safe：designPath 传了但解析不到文件清单（fileCount=0）按字面 0 处理（真无文件
- * 变更 = 极小）；designPath 完全没传（fileCount=null，无法证明规模）→ independent
- * （宁严勿松）。
+ * fail-safe：无 plan_level 且 designPath 传了但解析不到文件清单（fileCount=0）按字面 0
+ * 处理（真无文件变更 = 极小）；designPath 完全没传（fileCount=null，无法证明规模）→
+ * independent（宁严勿松）。
  *
  * @param {object} [opts]
  * @param {string} [opts.planLevel] - plan_level 分类结果（none/light/full）。brainstorm/propose 在 plan 之前，可能拿不到。
@@ -44,7 +52,13 @@ export const SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD = 3
  */
 export function classifyReviewTier({ planLevel, designPath } = {}) {
   if (planLevel === 'none') {
-    return { tier: 'self', reason: `plan_level=none（极小变更，≤${SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD} 文件等价）`, fileCount: null }
+    return { tier: 'self', reason: 'plan_level=none（极小变更，agent 自主判定自审）', fileCount: null }
+  }
+  if (planLevel === 'light') {
+    return { tier: 'self', reason: 'plan_level=light（agent 自主判定轻量变更，自审）', fileCount: null }
+  }
+  if (planLevel === 'full') {
+    return { tier: 'independent', reason: 'plan_level=full（agent 自主判定大变更，独立审查防确认偏差）', fileCount: null }
   }
 
   let fileCount = null
@@ -53,13 +67,11 @@ export function classifyReviewTier({ planLevel, designPath } = {}) {
   }
 
   if (fileCount !== null && fileCount <= SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD) {
-    return { tier: 'self', reason: `变更文件 ${fileCount} ≤ ${SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD}`, fileCount }
+    return { tier: 'self', reason: `无 plan_level，变更文件 ${fileCount} ≤ ${SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD}（启发式）`, fileCount }
   }
 
   const reason = fileCount === null
-    ? (planLevel
-        ? `plan_level=${planLevel}，无法解析变更文件数，按正常规模处理`
-        : '无法解析 design.md 变更文件清单，按正常规模处理')
-    : `变更文件 ${fileCount} > ${SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD}`
+    ? '无法解析 design.md 变更文件清单，按正常规模处理（fail-safe）'
+    : `无 plan_level，变更文件 ${fileCount} > ${SELF_REVIEW_FILE_THRESHOLD}（启发式）`
   return { tier: 'independent', reason, fileCount }
 }

package/src/run/command.js

@@ -28,6 +28,7 @@ import { resolveQuickLinkedChanges } from './quick-audit.js'
 import { outputStep } from './prompt.js'
 import { completeStep, skipStep, waitStep, continueStep } from './complete.js'
 import { runStage } from './stage.js'
+import { sanitizeDesc } from '../quicklog.js'
 import { ProgressManager } from '../progress.js'
 import { validateChangeExists } from '../stage-contract.js'
 import { stageRegistry, auxiliaryStages } from '../stages/index.js'
@@ -44,6 +45,32 @@ const VALUE_FLAGS = new Set([
   '--files', '--file-notes', '--from-step', '--mode', '--dir', '--confirm-mode',
 ])
 
+/**
+ * 检测 `--files` 是否被空格分隔误用（坑 quick-files-space-separated-silently-drops）。
+ *
+ * --files 是单值 flag（VALUE_FLAGS：校验循环只跳一个 token、--k=v 只展开一个值），空格分隔的
+ * 多文件只有首个被当值，其余沦为位置参数被 `:482` 的 `startsWith('--')` 校验静默忽略 →
+ * guard.allowedFiles 只剩首个 → --done 边界审计误拦，边界保护形同虚设。
+ *
+ * 返回 --files 值及其后所有连续非 flag token（疑似被丢的多文件）；length > 1 即误用，调用方
+ * fail-loud（process.exit 2，同 run --json :109 显式拒绝静默吞风格）。贪婪收集多值会破坏
+ * VALUE_FLAGS 单值框架（校验循环/等号展开/getFlagValue 都假设单值），故仅检测不改语义。
+ *
+ * 纯函数：无副作用、不读 process、不 mutate 入参，供 command.js 解析 + 单测复用。
+ * @param {string[]} flags runCommand 规范化后的 flags 数组（--k=v 已展开）
+ * @returns {string[]} --files 值 + 其后连续非 flag token；无 --files / 值是 flag 名 / 含逗号 → []
+ */
+export function detectSpaceSeparatedFiles(flags) {
+  const idx = flags.indexOf('--files')
+  if (idx === -1) return []
+  const val = flags[idx + 1]
+  // 值缺失 / 值本身是 flag 名（--files --done 漏值）/ 逗号分隔（正确用法）→ 不检测
+  if (!val || val.startsWith('--') || val.includes(',')) return []
+  const suspects = [val]
+  for (let j = idx + 2; j < flags.length && !flags[j].startsWith('--'); j++) suspects.push(flags[j])
+  return suspects
+}
+
 /**
  * 从 progress 或变更目录推导变更名
  */
@@ -444,6 +471,16 @@ export async function runCommand(args, cwd, specDir = null, opts = {}) {
   }
 
   // 解析 --files a.js,b.js（quick 专用：显式声明 allowedFiles）
+  // --files 是单值 flag，空格分隔的多文件只取首个致其余静默丢失（坑 quick-files-space-separated-silently-drops）。
+  // detectSpaceSeparatedFiles 检测误用 → fail-loud 报错指明逗号用法（同 run --json :109 风格）。
+  const spaceSuspects = detectSpaceSeparatedFiles(flags)
+  if (spaceSuspects.length > 1) {
+    console.error('❌ --files 检测到空格分隔的多文件：CLI 只识别首个，其余会被静默丢弃（边界保护失效）。')
+    console.error(`   疑似多文件：${spaceSuspects.join(' ')}`)
+    console.error('   --files 是单值参数，多文件请用逗号分隔（无空格）：')
+    console.error(`     --files ${spaceSuspects.join(',')}`)
+    process.exit(2) // 用法错 → exit 2
+  }
   let quickFiles = []
   const filesIdx = flags.indexOf('--files')
   if (filesIdx !== -1 && flags[filesIdx + 1]) {
@@ -461,6 +498,7 @@ export async function runCommand(args, cwd, specDir = null, opts = {}) {
   setQuickFileNotes(quickFileNotes)
 
   const isAllowNew = flags.includes('--allow-new')
+  const isAllowDelete = flags.includes('--allow-delete')
   const isForceBaseline = flags.includes('--force-baseline')
   const isForceRescan = flags.includes('--force-rescan')
 
@@ -471,7 +509,7 @@ export async function runCommand(args, cwd, specDir = null, opts = {}) {
     '--reason', '--options', '--answer', '--confirm-mode',
     '--output', '--input', '--change', '--linked-changes',
     '--spec-dir', '--spec-root', '--runtime-root', '--workspace-id', '--scan-run-id',
-    '--files', '--file-notes', '--allow-new', '--force-baseline', '--force-rescan',
+    '--files', '--file-notes', '--allow-new', '--allow-delete', '--force-baseline', '--force-rescan',
     '--json', '--dir', '--help',
     '--reopen', '--from-step', '--mode',
     '--deep', '--quick', '--standard', // scan profile 三档显式选择（scan-profile.js 从 argv 读；互斥见下方 PROFILE_FLAGS 检测）
@@ -594,7 +632,10 @@ export async function runCommand(args, cwd, specDir = null, opts = {}) {
     // 如果指定了变更名或有变更目录，自动初始化变更的 progress
     const autoChange = changeName || resolveChangeNameAuto(cwd, specRoot)
     if (autoChange) {
-      progress = pm.initChange(cwd, autoChange)
+      // 创建时即写 title（与 name/KEY 同时落 db）：--input 需求描述 sanitizeDesc 优先，无则用 name 兜底。
+      // proposal 还没写、无权威标题来源，这是临时值；brainstorm/plan 完成 proposal/design 落盘后由
+      // complete.js 通用完成路径 deriveTitleFromLinkedChange 刷新为真实 # 标题（与 quick 启动 title 同源）。
+      progress = pm.initChange(cwd, autoChange, { title: inputText ? sanitizeDesc(inputText) : autoChange })
     } else if (isAuxiliary) {
       let autoName = changeName || resolveChangeNameAuto(cwd, specRoot) || 'default'
       // archive 特例：归档后变更从活跃列表排除（listChanges WHERE status='active'），
@@ -616,7 +657,8 @@ export async function runCommand(args, cwd, specDir = null, opts = {}) {
       }
       changeName = autoName
       if (!progress) {
-        progress = pm.initChange(cwd, autoName)
+        // auxiliary 创建也写 title（--input 优先 / name 兜底），同上完整流程语义。
+        progress = pm.initChange(cwd, autoName, { title: inputText ? sanitizeDesc(inputText) : autoName })
         // initChange 可能因 project 表为空返回 null
         if (!progress) {
           progress = { currentStage: stageName, stages: {}, lastActive: new Date().toLocaleString('zh-CN', { hour12: false }), project: '' }
@@ -636,7 +678,8 @@ export async function runCommand(args, cwd, specDir = null, opts = {}) {
         console.log(`🔄 自动创建变更：${autoName}`)
         console.log(`  提示：可以用 --change <名称> 指定自定义变更名`)
         console.log(`  或事后重命名：sillyspec change-rename ${autoName} <新名称>`)
-        progress = pm.initChange(cwd, autoName)
+        // brainstorm 自动创建变更也写 title（--input 需求描述优先 / 自动名兜底），proposal 落盘后刷新。
+        progress = pm.initChange(cwd, autoName, { title: inputText ? sanitizeDesc(inputText) : autoName })
         changeName = autoName
       } else {
         console.error('❌ 未找到进度数据，请先运行 sillyspec init 或指定 --change <变更名>')
@@ -811,11 +854,11 @@ export async function runCommand(args, cwd, specDir = null, opts = {}) {
   // --done
   if (isDone) {
     const doneAnswer = getFlagValue('--answer')
-    return await completeStep(pm, progress, stageName, cwd, outputText, inputText, { confirm: isConfirm, changeName: effectiveChange, nonInteractive: isNonInteractive && !isInteractive, platformOpts, doneAnswer, isForceBaseline, isAllowNew })
+    return await completeStep(pm, progress, stageName, cwd, outputText, inputText, { confirm: isConfirm, changeName: effectiveChange, nonInteractive: isNonInteractive && !isInteractive, platformOpts, doneAnswer, isForceBaseline, isAllowNew, isAllowDelete })
   }
 
   // 默认：输出当前步骤
-  return await runStage(pm, progress, stageName, cwd, effectiveChange, isSkipApproval, platformOpts, { quickFiles, isAllowNew, isForceBaseline, isForceRescan, linkedChanges, taskDescription: inputText })
+  return await runStage(pm, progress, stageName, cwd, effectiveChange, isSkipApproval, platformOpts, { quickFiles, isAllowNew, isAllowDelete, isForceBaseline, isForceRescan, linkedChanges, taskDescription: inputText })
 }
 
 /**
@@ -915,7 +958,7 @@ async function resetStage(pm, progress, stageName, cwd, changeName, platformOpts
       const wm = new WorktreeManager({ cwd })
       const meta = wm.getMeta(changeName)
       if (meta) {
-        const cleanResult = wm.cleanup(changeName)
+        const cleanResult = wm.cleanup(changeName, { force: true })
         if (cleanResult.residual?.length > 0) {
           console.warn(`⚠️  reset 清理 worktree 残留: ${cleanResult.residual.join('; ')}`)
           console.warn(`   手动处理: sillyspec worktree cleanup ${changeName} --force`)

package/src/run/complete-handlers.js

@@ -625,7 +625,7 @@ export async function handleWorkflowPostCheck({ stageName, steps, currentIdx, cw
  * isForceBaseline/isAllowNew/platformOpts。辅助函数直接 import（safeGit/auditQuickCompletion ← shared，
  * printQuickAuditReview ← quick-audit，4 个 quicklog fns ← quicklog，unlinkSync/rmSync ← fs 静态）。
  */
-export async function handleQuickStageCompletion({ stageName, steps, currentIdx, cwd, progress, changeName, specBase, outputText, confirm, isForceBaseline, isAllowNew, platformOpts, pm }) {
+export async function handleQuickStageCompletion({ stageName, steps, currentIdx, cwd, progress, changeName, specBase, outputText, confirm, isForceBaseline, isAllowNew, isAllowDelete, platformOpts, pm }) {
   // quick 收尾：强校验 QUICKLOG 条目 + 翻状态 + 勾 tasks.md（CLI 接管）
   if (stageName === 'quick') {
     // §4.6 从 session guard.json 读 guard（不依赖 progress.quickGuard）。
@@ -666,6 +666,7 @@ export async function handleQuickStageCompletion({ stageName, steps, currentIdx,
         ...guard,
         forceBaseline: guard.forceBaseline || isForceBaseline,
         allowNew: guard.allowNew || isAllowNew,
+        allowDelete: guard.allowDelete || isAllowDelete,
       }
       review = await auditQuickCompletion(cwd, mergedGuard, { isConfirm: confirm })
       printQuickAuditReview(review)
@@ -833,6 +834,96 @@ export async function handleExecuteWaveArtifact({ stageName, steps, currentIdx,
   return null
 }
 
+/**
+ * 聚合最新 execute run 各 task review.json 的 changedFiles（主仓 repo 过滤）。
+ *
+ * 复用 resolveLatestExecuteRunIdWithTasks（task-review.js:684，规避 marker 漂移）+ readReview。
+ * 仅主仓 repo（review.repo 缺省或 'main'）的 changedFiles 参与主仓核验；跨仓 repo 的 task 文件
+ * 由跨仓仓独立落地，不在主仓 worktree/分支，混入会误报 missing（Grill M11）。
+ *
+ * @param {{ runtimeRoot: string, changeName: string }} opts
+ * @returns {Promise<string[]>} 主仓 changedFiles 聚合（去重保序）；无 run / 无 tasks / 读取失败 → []
+ */
+export async function collectExecuteChangedFiles({ runtimeRoot, changeName }) {
+  if (!runtimeRoot || !changeName) return []
+  const { resolveLatestExecuteRunIdWithTasks, readReview, normalizeRepoKey } = await import('../task-review.js')
+  const runId = resolveLatestExecuteRunIdWithTasks({ runtimeRoot })
+  if (!runId) return []
+  const tasksDir = join(runtimeRoot, 'execute-runs', runId, 'tasks')
+  if (!existsSync(tasksDir)) return []
+  let taskIds
+  try {
+    taskIds = readdirSync(tasksDir)
+  } catch {
+    return []
+  }
+  const files = []
+  for (const taskId of taskIds) {
+    const r = readReview(join(tasksDir, taskId, 'review.json'))
+    if (!r.ok || !r.review) continue
+    // 跨仓 repo 过滤：仅主仓（repo 缺省视 'main'）参与主仓核验，避免误报
+    if (normalizeRepoKey(r.review.repo) !== 'main') continue
+    if (Array.isArray(r.review.changedFiles)) {
+      for (const f of r.review.changedFiles) {
+        // 交付物过滤（与 worktree.js hasUnappliedChanges isDeliverable 同口径）：.sillyspec/ 蓝图/
+        // runtime 产物与 meta.json 不参与落盘核验——它们随主仓/并行 session 维护，不在 worktree 分支，
+        // 混入会误报 missing
+        if (typeof f !== 'string' || f.trim() === '') continue
+        if (f.startsWith('.sillyspec/') || f === 'meta.json') continue
+        files.push(f)
+      }
+    }
+  }
+  return [...new Set(files)]
+}
+
+/**
+ * execute 阶段级核验（防空跑谎报，D-002@v1 / FR-04/05/06）：聚合最新 execute run 各 task review 声称的
+ * 交付文件，用 findMissingDeliverables 核验其存在于 worktree 分支 tree 或 worktree 工作区。
+ *
+ * - missing 文件 → console.warn 列清单，提示"apply 将无源可复制"（宽松非阻断，不 exit 不 throw）。
+ * - checked:false（worktree 目录 / 分支不存在）→ 保守提示"无法核验，请人工确认"。
+ * - 与 Task Review Gate 既有校验（零改动伪造 / 不相交伪造，task-review.js:590-623）互补不重复拦截：
+ *   本核验的真实增量窗口是「review 通过后文件被删且未 commit」+「无法核验时给人工确认提示」。
+ *
+ * 由 handleExecuteWorktreeCleanup 开头调用：核验发生在 worktree cleanup 之前，目录被清前先判定
+ * 交付文件是否落盘。整个钩子 try/catch 兜底——任何异常只 warn，绝不影响 execute 完成（FR-07）。
+ *
+ * ctx：stageName/changeName/cwd。WorktreeManager + findMissingDeliverables ← 动态 ../worktree.js；
+ * task-review 读取 ← 动态 ../task-review.js。runtimeRoot 用本地 specBase 解析（无 platformOpts 传入
+ * 时平台 runtimeRoot 不在本函数作用域，降级为本仓 .runtime，读不到 review 则跳过，零误报）。
+ */
+export async function handleExecuteDeliverableCheck({ stageName, changeName, cwd }) {
+  if (stageName !== 'execute' || !changeName) return null
+  try {
+    const { WorktreeManager, findMissingDeliverables } = await import('../worktree.js')
+    const wm = new WorktreeManager({ cwd })
+    const meta = wm.getMeta(changeName)
+    if (!meta) return null // 无 worktree meta（非 worktree execute / 已清），无需核验
+    const specBase = join(cwd, '.sillyspec')
+    const runtimeRoot = resolveRuntimeRoot({}, specBase)
+    const changedFiles = await collectExecuteChangedFiles({ runtimeRoot, changeName })
+    if (changedFiles.length === 0) return null
+    const { missing, checked } = findMissingDeliverables({
+      worktreePath: meta.worktreePath,
+      branch: meta.branch,
+      changedFiles,
+    })
+    if (!checked) {
+      console.warn('⚠️ execute 阶段级核验：无法核验（worktree 目录或分支不存在），请人工确认交付文件已落盘。')
+      return null
+    }
+    if (missing.length > 0) {
+      console.warn(`⚠️ execute 阶段级核验：以下 ${missing.length} 个声称实现的交付文件既不在分支也不在工作区，疑似空跑/从未落盘：`)
+      for (const f of missing) console.warn(`   ${f}`)
+      console.warn('   请检查子代理是否真实实现，或先 commit 到分支；apply 将无源可复制。')
+    }
+  } catch (e) {
+    console.warn(`⚠️ execute 阶段级核验跳过: ${e?.message || e}`)
+  }
+  return null
+}
+
 /**
  * execute 阶段完成时条件性清理 worktree（W6 Step6c 从 completeStep 完成路径内联块抽出）。
  * 不依赖 AI agent 的完成确认步骤：有未 apply 变更 → 保留 worktree；否则 cleanup（含 in-place 安全清理）。
@@ -841,6 +932,9 @@ export async function handleExecuteWaveArtifact({ stageName, steps, currentIdx,
  * ctx：stageName/changeName/cwd。WorktreeManager ← 动态 ../worktree.js。
  */
 export async function handleExecuteWorktreeCleanup({ stageName, changeName, cwd }) {
+  // 阶段级核验（D-002@v1，防空跑谎报）：cleanup 之前判定 review 声称实现的交付文件是否落盘。
+  // 宽松非阻断：缺失 warn / 无法核验保守提示 / 异常只 warn，均不影响下方 cleanup 与 execute 完成。
+  await handleExecuteDeliverableCheck({ stageName, changeName, cwd })
   if (stageName === 'execute' && changeName) {
     try {
       const { WorktreeManager } = await import('../worktree.js');