paperdepot 0.1.1 → 0.1.3

package/README.en.md

@@ -12,9 +12,12 @@ It handles ingestion and organization; Obsidian only stores and reads.
 
 - Import PDFs by drag-and-drop, file picker, or local path (deduplicated by fingerprint).
 - Parse with MinerU, resolve metadata via Crossref / arXiv.
-- Generate a structured Chinese summary and four controlled tag categories with an LLM.
+- Generate a structured Chinese summary and four controlled tag categories with an LLM;
+  re-run per paper, or **backfill in batch** (queued, stoppable, and resumable — finished
+  entries are skipped on the next run).
 - Write Obsidian-native frontmatter, `index.md`, `full.md`, `paper.pdf`, and `images/`.
-- Browse overview / papers / concepts in the DSH sidebar panel.
+- Browse overview / papers / concepts in the DSH sidebar panel, with a typeset reader
+  (headings, lists, tables, inline math and wikilinks instead of raw Markdown).
 - Generate taxonomy pages and paper navigation blocks; export a read-only mobile edition.
 
 ## Requirements
@@ -28,11 +31,17 @@ It handles ingestion and organization; Obsidian only stores and reads.
 ## Quick start
 
 1. Install DSH Desktop and create/open an Obsidian vault (keep the path short).
-2. Install the plugin (GitHub Release tarball, npm, or DSH plugin market when listed).
-   Prefer not to run commands yourself? Hand the
-   [one-prompt installer](https://github.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/blob/main/docs/install-prompt.md) to DSH.
+2. Install the plugin — published on npm as `paperdepot`:
+   ```powershell
+   cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
+   pnpm add paperdepot
+   ```
+   or pick the GitHub Release tarball / source link. Prefer not to run commands yourself?
+   Hand the [one-prompt installer](https://github.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/blob/main/docs/install-prompt.md) to DSH.
 3. Get a MinerU token at <https://mineru.net>.
 4. Open the **论文库** panel in DSH, paste the token, verify it, and choose your vault.
+   The token is stored in `~/.dsh/paperdepot/config/` and passed to the Python pipeline
+   (`MINERU_API_KEY` / `PAPERDEPOT_*`), so the panel and the pipeline read the same file.
 5. Drop a PDF into the panel and open the generated entry in Obsidian.
 
 Full instructions (in Chinese): [README.md](README.md).

package/README.md

@@ -20,9 +20,12 @@ PDF
 
 - **拖 PDF 入库**：拖拽、选择文件或粘贴本地路径；同一 PDF 按指纹自动跳过。
 - **自动元数据**：优先读 PDF 首页 DOI / arXiv 号，再走 Crossref / arXiv 精确查询。
-- **结构化摘要与标签**：LLM 生成中文摘要和四类受控标签（领域 / 方法 / 应用 / 仪器），可单篇补跑。
+- **结构化摘要与标签**：LLM 生成中文摘要和四类受控标签（领域 / 方法 / 应用 / 仪器），
+  支持单篇补跑与「批量补摘要」（排队跑完待生成条目，可随时停止，再点会跳过已完成的继续）。
 - **Obsidian 原生体验**：元数据写进 frontmatter，Properties / Dataview / 标签面板 / 双链 / Graph 直接可用。
 - **总览 / 论文 / 概念**：面板内看统计、搜索条目、浏览概念页与相关论文。
+- **阅读版式**：论文与概念详情按摘要排版（标题 / 列表 / 表格 / 行内公式 / 双链），
+  不再显示原始 Markdown；概念页带引用数、别名与相关论文列表。
 - **分类页与导航块**：自动生成 `3-Taxonomy/` 分类页和论文页导航块，幂等可重建。
 - **手机只读导出**：整库导出 EPUB / DOCX / PDF，放到同步盘用手机阅读器看。
 - **跨平台尽力而为**：Windows 一等支持；macOS / Linux 实验性（欢迎反馈）。
@@ -30,7 +33,8 @@ PDF
 ## 5 分钟快速开始
 
 1. **准备 DSH + Obsidian**：安装 DSH 桌面版，并在 Obsidian 里新建或打开一个库（路径尽量短）。
-2. **安装插件**：任选下面一种方式（初次使用推荐 GitHub Release tarball）；
+2. **安装插件**：任选下面一种方式（已发布到 npm，推荐 `pnpm add paperdepot`；也可用 tarball 或
+   DSH 的「添加插件」对话框）；
    不想手动敲命令，就把[一键安装提示词](https://github.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/blob/main/docs/install-prompt.md)整段发给 DSH。
 3. **申请 MinerU Token**：打开 <https://mineru.net> 注册 → 控制台 → API 管理 → 创建 Token。
 4. **首次配置**：打开左侧栏「论文库」→ 配置卡里粘贴 Token → 保存并验证 → 选择 Obsidian 库路径。
@@ -44,17 +48,15 @@ PDF
 > 完全不想手动操作？把[一键安装提示词](https://github.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/blob/main/docs/install-prompt.md)
 > 复制给 DSH，它会自己定位 profile、装包、写 `cordis.patch.yml`、装 Python 依赖并做安装后验证。
 
-### 方式 A：DSH 插件市场（收录后推荐）
-
-DSH → 设置 → 插件 → 插件市场 → 搜索「论文库」→ 安装 → 刷新页面。
-
-### 方式 B：npm 安装（进阶）
+### 方式 A：npm 安装（推荐）
 
 ```powershell
 cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
 pnpm add paperdepot
 ```
 
+也可以在 DSH「插件 → 添加插件」对话框里直接填包名 `paperdepot`，它会自动装进 profile。
+
 然后在 profile 的 `cordis.patch.yml` 末尾加上：
 
 ```yaml
@@ -67,15 +69,27 @@ pnpm add paperdepot
 
 刷新 DSH（必要时重启）。
 
+### 方式 B：DSH「发现」页 + 自建索引源
+
+DSH 目前**没有官方插件市场**：开箱的「发现」页默认没有任何索引源。本仓库自带一个自建索引
+（`market/index.json`，npm 源），启用后可在「发现」页搜索并一键安装：
+
+1. DSH 侧栏 → **插件** → **实验性插件**旁的**更多** → 启用**自定义插件市场**；
+2. 插件页 → **发现** → **添加索引源** → 粘贴：
+   `https://raw.githubusercontent.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/main/market/index.json`
+3. 搜索「论文库」或 `paperdepot` → 安装。
+
 ### 方式 C：GitHub Release tarball（国内网络更稳）
 
-从 Releases 下载 `paperdepot-0.1.0.tgz`，然后：
+从 Releases 下载 `paperdepot-<版本>.tgz`（如 `paperdepot-0.1.2.tgz`），然后：
 
 ```powershell
 cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
-pnpm add "D:\downloads\paperdepot-0.1.0.tgz"
+pnpm add "D:\downloads\paperdepot-0.1.2.tgz"
 ```
 
+也可以把 tgz 的绝对路径填进 DSH「添加插件」对话框的输入框。
+
 同样在 `cordis.patch.yml` 里加 `id: paperdepot / name: paperdepot` 的 insert。
 
 ### 方式 D：源码 link（开发 / 调试）
@@ -91,25 +105,14 @@ pnpm add "link:D:\path\to\paperdepot"
 > **重要**：profile 里的 `name:` 必须是包名 `paperdepot`，不能写 `paperdepot/host`。
 > 写子路径会出现「host 正常、左侧栏没有论文库」。
 
-### 方式 E：DSH「发现」页的自定义索引源（可选）
-
-DSH 目前**没有官方插件市场**：开箱的「发现」页默认没有任何索引源，直接搜不到任何第三方插件。
-本仓库自带一个自建索引（`market/index.json`），加上它就能在「发现」页搜到并一键安装：
-
-1. DSH 侧栏 → **插件** → **实验性插件**旁的**更多** → 启用**自定义插件市场**；
-2. 插件页 → **发现** → **添加索引源** → 粘贴：
-   `https://raw.githubusercontent.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/main/market/index.json`
-3. 在搜索框搜「论文库」或 `paperdepot` → 安装（索引里只有本插件，来源是 GitHub 提交）。
-
-> 这个索引只收录 PaperDepot 自己，属于自建源；别人要搜到，得先添加这个 URL。
-> 索引格式与校验器是 DSH 官方的 format 1（`@deepseek-ai/dsh-plugin-market-index`）。
-
 ## 首次配置
 
 打开左侧栏「论文库」面板，第一次会看到配置卡：
 
 1. **MinerU Token**：粘贴 → 「保存并验证」。插件会真的调一次 MinerU 接口验 key。
    Token 只写到本机配置文件，不会上传；也可以用环境变量 `MINERU_API_KEY`。
+   安装态文件在 `~/.dsh/paperdepot/config/secrets.local.json`，插件启动 Python 流水线时
+   会把同一份 key 与配置目录传进去（面板会显示「Python 流水线能读到同一个 key」）。
 2. **Obsidian 库路径**：选择一个已存在的文件夹；空库也可以，第一次导入会创建 `1-Papers/`。
 3. **Python 依赖**：需要 Python 3.10+ 和以下依赖：
 
@@ -135,6 +138,7 @@ DSH 目前**没有官方插件市场**：开箱的「发现」页默认没有任
 | 看统计 | 面板「总览」页 |
 | 搜索条目 | 面板「论文」页；点开可看 `index.md` 原文、在 Obsidian 打开 |
 | 补摘要 | 论文页里对「待生成」条目点「生成摘要与标签」 |
+| 批量补摘要 | 顶栏「批量补摘要（N）」：把待生成条目排队跑完，底部显示进度、可「停止」；中断后再点会跳过已完成的继续（断点续跑） |
 | 看概念 | 面板「概念」页；概念页是跨论文综合，由你或 LLM 维护 |
 | 看关系图 | 在 Obsidian 里用原生 Graph / Local Graph；论文页导航块提供概念/分类边 |
 | 重建分类页/导航 | 面板「重建导航」（幂等，可反复跑） |
@@ -169,6 +173,8 @@ DSH 目前**没有官方插件市场**：开箱的「发现」页默认没有任
 
 - `MINERU_API_KEY`：MinerU Token（优先于本地文件）。
 - `PAPERDEPOT_HOME`：安装态数据根。
+- `PAPERDEPOT_CONFIG_DIR`：配置目录覆盖（默认 `<PAPERDEPOT_HOME>/config`）。安装态由插件在启动 Python 时自动注入；
+  手动跑 `pipeline/tools/` 下的脚本时才需要自己设置。
 - `PAPERDEPOT_VAULT`：默认库路径。
 - `PAPERDEPOT_PYTHON`：Python 解释器。
 - `ZOTERO_STORAGE`：Zotero storage 目录（仅 `--from-storage` 用）。
@@ -185,8 +191,15 @@ DSH 目前**没有官方插件市场**：开箱的「发现」页默认没有任
 - 401/403：Token 无效或过期，重新申请并保存。
 - 429：免费额度或频率限制，等一会儿或换自己的额度。
 
+**面板显示「MinerU 已配置」，导入却报「未配置 MinerU key」**
+- 0.1.2 及更早的安装态已知问题：面板（Node）把 key 写到 `~/.dsh/paperdepot/config/`，
+  Python 流水线却去插件包的 `pipeline/config/` 找，两边路径不一致。
+- 升级到含本修复的版本即可；临时绕过：给 DSH 进程设置环境变量 `MINERU_API_KEY` 后重启。
+- 新版本配置卡会显示「Python 流水线能读到同一个 key」；如果显示读不到，按上面两条处理。
+
 **导入成功但没有摘要**
 - 没有配置可用模型，或模型调用失败。入库不受影响；之后在论文页补摘要即可。
+- 开源前的旧条目不会自动补：顶栏「批量补摘要（N）」可一次排队跑完，跑长任务时可随时停止，下次再点跳过已完成的。
 - 检查 profile 里的 `provider` / `model` 是否是宿主真实存在的路由。
 
 **图片打不开 / 路径太长**