paper-writing-hub 1.0.0 → 1.0.1

package/README.md

@@ -51,6 +51,8 @@ npm install -g paper-writing-hub
 paper-writing-hub            # 同 npx，参数一致
 ```
 
+> 说明：仓库与 npm 包的 `references/` 下，8 个技能目录是**占位链接页**（各含一个指向上游仓库的 README）。运行安装器后，这些目录会被替换为对应上游项目的全量副本。
+
 ### 方式三：git clone
 
 ```bash

package/SKILL.md

@@ -8,7 +8,7 @@ license: MIT
 
 一个 skill 聚合 **8 个开源学术技能项目**：统一安装（`npx paper-writing-hub`）、统一路由（按任务选技能集）、统一原生暴露（Claude Code 31 个 / Codex 27 个 junction 技能）。适合任何能读文件 + 跑 shell 的 coding agent（Claude Code、Codex、ZCode、Cursor、DSH 等）。
 
-路径约定：`<skill>` = 本 SKILL.md 所在目录（默认 `~/.agents/skills/paper-writing-hub`）；8 份上游副本在 `<skill>/references/<副本名>/`（由安装器克隆，全量工作树、不裁剪）。
+路径约定：`<skill>` = 本 SKILL.md 所在目录（默认 `~/.agents/skills/paper-writing-hub`）；8 份上游副本在 `<skill>/references/<副本名>/`（由安装器克隆，全量工作树、不裁剪；仓库/包内同位置是**占位链接页**——一个指向上游仓库的 README，安装器会自动替换为全量副本）。
 
 ## 安装 / 更新 / 卸载
 

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "paper-writing-hub",
-  "version": "1.0.0",
+  "version": "1.0.1",
   "description": "One command installs 8 open-source academic paper-writing skill collections and exposes selected skills natively to Claude Code & Codex (writing, polishing, peer review, rebuttal, literature review, citation verification, thesis PPT, scientific computing).",
   "type": "module",
   "bin": {

package/references/AI-Research-SKILLs/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# AI-Research-SKILLs
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/Orchestra-Research/AI-Research-SKILLs>**
+> 许可：MIT
+
+AI/ML 研究工程 30+ 技能：训练/推理/评测/MLOps，idea→paper 实验半边。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select airs   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../ai-research-skills.md`。

package/references/Academic-Research-Skills/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# Academic-Research-Skills
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/Imbad0202/academic-research-skills>**（v3.23.1）
+> 许可：CC BY-NC 4.0
+
+ARS 多 agent 学术流水线：5 技能 35 模式（全流程、引用核验、系统综述、模拟评审）。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select ars   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../academic-research-skills.md`。

package/references/Academic-Research-Skills-Codex/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# Academic-Research-Skills-Codex
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/Imbad0202/academic-research-skills-codex>**（v3.23.1）
+> 许可：CC BY-NC 4.0
+
+ARS 的 Codex 原生单体版 academic-research-suite（含 experiment-agent）。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select arsc   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../academic-research-skills-codex.md`。

package/references/Claude-Scholar/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# Claude-Scholar
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/Galaxy-Dawn/claude-scholar>**
+> 许可：MIT
+
+科研全流程 45 技能：ML 论文起草、引用核查、投稿自查、Obsidian 知识库。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select scholar   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../claude-scholar.md`。

package/references/Codex-Claude-Academic-Skills/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# Codex-Claude-Academic-Skills
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/zLanqing/codex-claude-academic-skills>**
+> 许可：MIT
+
+CCAS 中文优先三件套：论文写作、学术 Office（答辩 PPT / Word 报告）、MATLAB/Python 科研计算。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select ccas   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../codex-claude-academic-skills.md`。

package/references/Nature-Skills/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# Nature-Skills
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills>**
+> 许可：Apache-2.0
+
+Nature 标准 22 技能：中文→Nature 英文润色/写作/模拟审稿/rebuttal/精读/汇报PPT/绘图。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select nature   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../nature-skills.md`。

package/references/Scientific-Agent-Skills/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# Scientific-Agent-Skills
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills>**
+> 许可：MIT（个别技能另声明）
+
+177 个学科技能 + 100+ 科学数据库（生/化/医/药/材），全文论文虚拟文件系统。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select sas   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../scientific-agent-skills.md`。

package/references/Supervisor-Skills/README.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# Supervisor-Skills
+
+> 上游仓库：**<https://github.com/HKUSTDial/Supervisor-Skills>**（v2.1.0）
+> 许可：CC BY-NC-SA 4.0
+
+博导方法论：12 技能 + 六章手册（写作纪律、思考模板、Intro 六段式）。
+
+**本目录是占位链接页**：运行安装器后，此处会填充该项目的全量副本（`git clone --depth 1`，不裁剪）：
+
+```bash
+npx paper-writing-hub              # 全部安装
+npx paper-writing-hub --select ss   # 只装这一个
+```
+
+使用指南见同目录 `../supervisor-skills.md`。

package/scripts/install.mjs

@@ -181,6 +181,11 @@ function main() {
   if (!noUpstreams) {
     for (const key of sel) {
       const dest = path.join(refDst, key);
+      if (fs.existsSync(dest)) {
+        // a placeholder dir (only README.md) is replaced by the real clone
+        const real = fs.readdirSync(dest).filter((f) => f !== 'README.md');
+        if (real.length === 0) fs.rmSync(dest, { recursive: true, force: true });
+      }
       if (fs.existsSync(dest)) { log(`[skip] ${key} already present`); continue; }
       log(`[clone] ${key} from ${SOURCES[key]} (depth 1)...`);
       if (!gitClone(SOURCES[key], dest)) {

package/scripts/install.sh

@@ -24,6 +24,8 @@ cp "$HERE"/references/*.md "$TARGET/references/"
 
 for key in "${!SOURCES[@]}"; do
   dest="$TARGET/references/$key"
+  # a placeholder dir (only README.md) is replaced by the real clone
+  if [ -d "$dest" ] && [ -z "$(ls -A "$dest" | grep -v '^README.md$')" ]; then rm -rf "$dest"; fi
   if [ -d "$dest" ]; then echo "[skip] $key"; continue; fi
   echo "[clone] $key"
   git clone --depth 1 "${SOURCES[$key]}" "$dest"