only_ever_generator 5.0.0 → 5.0.2
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- package/dist/card_gen/generate_cards.d.ts.map +1 -1
- package/dist/card_gen/generate_cards.js +6 -0
- package/dist/card_gen/generate_cards.js.map +1 -1
- package/dist/helper/schema_helper/build_card_schema.d.ts +6 -27
- package/dist/helper/schema_helper/build_card_schema.d.ts.map +1 -1
- package/dist/helper/schema_helper/build_card_schema.js +14 -19
- package/dist/helper/schema_helper/build_card_schema.js.map +1 -1
- package/dist/index.d.ts.map +1 -1
- package/dist/index.js +9 -760
- package/dist/index.js.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_cloze_card.d.ts +1 -0
- package/dist/parse/parse_card/parse_cloze_card.d.ts.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_cloze_card.js +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_cloze_card.js.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_flash_cards.d.ts +2 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_flash_cards.d.ts.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_flash_cards.js +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_flash_cards.js.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_match_card.d.ts +1 -0
- package/dist/parse/parse_card/parse_match_card.d.ts.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_match_card.js +1 -0
- package/dist/parse/parse_card/parse_match_card.js.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_mcq_card.d.ts +2 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_mcq_card.d.ts.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_mcq_card.js +1 -1
- package/dist/parse/parse_card/parse_mcq_card.js.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card_response.d.ts.map +1 -1
- package/dist/parse/parse_card_response.js +5 -0
- package/dist/parse/parse_card_response.js.map +1 -1
- package/dist/services/get_prompts.d.ts +14 -0
- package/dist/services/get_prompts.d.ts.map +1 -0
- package/dist/services/get_prompts.js +143 -0
- package/dist/services/get_prompts.js.map +1 -0
- package/dist/types/raw_card_response_types/generated_card_response_type.d.ts +1 -3
- package/dist/types/raw_card_response_types/generated_card_response_type.d.ts.map +1 -1
- package/dist/types/raw_card_response_types/generated_card_response_type.js.map +1 -1
- package/package.json +1 -1
- package/src/card_gen/generate_cards.ts +6 -1
- package/src/helper/schema_helper/build_card_schema.ts +14 -19
- package/src/index.ts +9 -761
- package/src/parse/parse_card/parse_cloze_card.ts +2 -1
- package/src/parse/parse_card/parse_flash_cards.ts +2 -1
- package/src/parse/parse_card/parse_match_card.ts +2 -0
- package/src/parse/parse_card/parse_mcq_card.ts +2 -1
- package/src/parse/parse_card_response.ts +6 -0
- package/src/services/get_prompts.ts +144 -0
- package/src/types/raw_card_response_types/generated_card_response_type.ts +1 -3
package/src/index.ts
CHANGED
|
@@ -11,758 +11,11 @@
|
|
|
11
11
|
|
|
12
12
|
import { OnlyEverGenerator } from "./bootstrap/app";
|
|
13
13
|
import { database, ObjectId, setUp } from "./helper/mongo_helper";
|
|
14
|
+
import { getPrompts } from "./services/get_prompts";
|
|
14
15
|
import { BaseParamType } from "./types/base_param_type";
|
|
15
16
|
|
|
16
17
|
export { OnlyEverGenerator };
|
|
17
18
|
|
|
18
|
-
// // // (async () => {
|
|
19
|
-
// // // const openAIKey =
|
|
20
|
-
// // // "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";
|
|
21
|
-
// // // const openAIHelper = new OpenAIHelper(
|
|
22
|
-
// // // openAIKey,
|
|
23
|
-
// // // "o4-mini",
|
|
24
|
-
// // // "pmpt_687a8872d1c8819088a9cdc97dcb688b0893663621695594",
|
|
25
|
-
// // // "13"
|
|
26
|
-
// // // );
|
|
27
|
-
// // // const content = `{
|
|
28
|
-
// // // "title":"C19orf47",
|
|
29
|
-
// // // "headings": [
|
|
30
|
-
// // // "Gene",
|
|
31
|
-
// // // "mRNA",
|
|
32
|
-
// // // "Protein",
|
|
33
|
-
// // // "Homology",
|
|
34
|
-
// // // "Clinical Significance",
|
|
35
|
-
// // // "References"
|
|
36
|
-
// // // ],
|
|
37
|
-
// // // "content": "content": [
|
|
38
|
-
// // // {
|
|
39
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
40
|
-
// // // "content": "**[[Chromosome|Chromosome|0|wiki]] 19 open reading frame 47** is a [[Protein|protein|1|wiki]] that in humans is encoded by the C19orf47 [[Gene|gene|2|wiki]]. Aliases include Chromosome 19 Open Reading Frame 47, FLJ36888, DKZp686P05129, and LOCI26526."
|
|
41
|
-
// // // },
|
|
42
|
-
// // // {
|
|
43
|
-
// // // "block_type": "heading",
|
|
44
|
-
// // // "content": "Gene",
|
|
45
|
-
// // // "heading_level": 1,
|
|
46
|
-
// // // "children": [
|
|
47
|
-
// // // {
|
|
48
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
49
|
-
// // // "content": "*Homo sapiens* C19orf47 is located in cytogenetic band 19q13.2. It covers 28.98 kilobases from 40,854,420 to 40,825,543 on the minus strand. The gene has 8 exons in the isoform 1 precursor, the last of which is the longest and comprises over half of the mRNA transcript."
|
|
50
|
-
// // // }
|
|
51
|
-
// // // ]
|
|
52
|
-
// // // },
|
|
53
|
-
// // // {
|
|
54
|
-
// // // "block_type": "heading",
|
|
55
|
-
// // // "content": "mRNA",
|
|
56
|
-
// // // "heading_level": 1,
|
|
57
|
-
// // // "children": [
|
|
58
|
-
// // // {
|
|
59
|
-
// // // "block_type": "image",
|
|
60
|
-
// // // "img_src": "https://wikipedia.org/wiki/Special:Redirect/file/Conceptual_translation_of_C19orf47.png",
|
|
61
|
-
// // // "img_caption": "Conceptual translation of C19orf47 using SIXFRAME. Exon-exon boundaries are in blue, start codon is in green, and stop codon is red. PolyA signal sequence is shown in dark orange, polyA sites are shown in orange. Base pair and amino acid numbering is shown. Conserved amino acids in close orthologs are shown bolded."
|
|
62
|
-
// // // },
|
|
63
|
-
// // // {
|
|
64
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
65
|
-
// // // "content": "Transcription of *Homo sapiens* C19orf47 produces 13 different mRNAs, with 12 alternatively spliced variants and 1 unspliced form. Isoforms and the proteins encoded by them are shown in the table below. *Homo sapiens* C19orf47 has broad expression in heart, testes, and other tissues."
|
|
66
|
-
// // // },
|
|
67
|
-
// // // {
|
|
68
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
69
|
-
// // // "content": "*Isoforms of C19orf47.*"
|
|
70
|
-
// // // },
|
|
71
|
-
// // // {
|
|
72
|
-
// // // "block_type": "table",
|
|
73
|
-
// // // "rows": [
|
|
74
|
-
// // // {
|
|
75
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
76
|
-
// // // "values": [
|
|
77
|
-
// // // "Isoform number",
|
|
78
|
-
// // // "Nucleotide Accession",
|
|
79
|
-
// // // "mRNA length (bp)",
|
|
80
|
-
// // // "Protein Accession",
|
|
81
|
-
// // // "Protein Length (aa)"
|
|
82
|
-
// // // ],
|
|
83
|
-
// // // "is_heading": true
|
|
84
|
-
// // // },
|
|
85
|
-
// // // {
|
|
86
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
87
|
-
// // // "values": [
|
|
88
|
-
// // // "NM1",
|
|
89
|
-
// // // "NM_001256440.1",
|
|
90
|
-
// // // "2104",
|
|
91
|
-
// // // "NP_001243369.1",
|
|
92
|
-
// // // "422"
|
|
93
|
-
// // // ],
|
|
94
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
95
|
-
// // // },
|
|
96
|
-
// // // {
|
|
97
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
98
|
-
// // // "values": [
|
|
99
|
-
// // // "NM2",
|
|
100
|
-
// // // "NM_001256441.2",
|
|
101
|
-
// // // "3611",
|
|
102
|
-
// // // "NP_001243370.1",
|
|
103
|
-
// // // "385"
|
|
104
|
-
// // // ],
|
|
105
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
106
|
-
// // // },
|
|
107
|
-
// // // {
|
|
108
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
109
|
-
// // // "values": [
|
|
110
|
-
// // // "X1",
|
|
111
|
-
// // // "XM_017026291.2",
|
|
112
|
-
// // // "3608",
|
|
113
|
-
// // // "XP_016881780.1",
|
|
114
|
-
// // // "384"
|
|
115
|
-
// // // ],
|
|
116
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
117
|
-
// // // },
|
|
118
|
-
// // // {
|
|
119
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
120
|
-
// // // "values": [
|
|
121
|
-
// // // "X2",
|
|
122
|
-
// // // "XM_005258520.3",
|
|
123
|
-
// // // "3625",
|
|
124
|
-
// // // "XP_005258577.1",
|
|
125
|
-
// // // "421"
|
|
126
|
-
// // // ],
|
|
127
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
128
|
-
// // // },
|
|
129
|
-
// // // {
|
|
130
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
131
|
-
// // // "values": [
|
|
132
|
-
// // // "X3",
|
|
133
|
-
// // // "XM_017026292.3",
|
|
134
|
-
// // // "1407",
|
|
135
|
-
// // // "XP_016881781.1",
|
|
136
|
-
// // // "366"
|
|
137
|
-
// // // ],
|
|
138
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
139
|
-
// // // },
|
|
140
|
-
// // // {
|
|
141
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
142
|
-
// // // "values": [
|
|
143
|
-
// // // "X4",
|
|
144
|
-
// // // "XM_017026293.3",
|
|
145
|
-
// // // "1404",
|
|
146
|
-
// // // "XP_016881782.1",
|
|
147
|
-
// // // "365"
|
|
148
|
-
// // // ],
|
|
149
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
150
|
-
// // // },
|
|
151
|
-
// // // {
|
|
152
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
153
|
-
// // // "values": [
|
|
154
|
-
// // // "X5",
|
|
155
|
-
// // // "XM_047438175.1",
|
|
156
|
-
// // // "1421",
|
|
157
|
-
// // // "XP_047294131.1",
|
|
158
|
-
// // // "402"
|
|
159
|
-
// // // ],
|
|
160
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
161
|
-
// // // },
|
|
162
|
-
// // // {
|
|
163
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
164
|
-
// // // "values": [
|
|
165
|
-
// // // "X6",
|
|
166
|
-
// // // "XM_024451364.2",
|
|
167
|
-
// // // "3507",
|
|
168
|
-
// // // "XP_024307132.1",
|
|
169
|
-
// // // "344"
|
|
170
|
-
// // // ],
|
|
171
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
172
|
-
// // // },
|
|
173
|
-
// // // {
|
|
174
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
175
|
-
// // // "values": [
|
|
176
|
-
// // // "X7",
|
|
177
|
-
// // // "XM_047438176.1",
|
|
178
|
-
// // // "3504",
|
|
179
|
-
// // // "XP_047294132.1",
|
|
180
|
-
// // // "343"
|
|
181
|
-
// // // ],
|
|
182
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
183
|
-
// // // },
|
|
184
|
-
// // // {
|
|
185
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
186
|
-
// // // "values": [
|
|
187
|
-
// // // "X8",
|
|
188
|
-
// // // "XM_024451365.2",
|
|
189
|
-
// // // "4638",
|
|
190
|
-
// // // "XP_024307133.1",
|
|
191
|
-
// // // "385"
|
|
192
|
-
// // // ],
|
|
193
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
194
|
-
// // // },
|
|
195
|
-
// // // {
|
|
196
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
197
|
-
// // // "values": [
|
|
198
|
-
// // // "X8",
|
|
199
|
-
// // // "XM_047438177.1",
|
|
200
|
-
// // // "4671",
|
|
201
|
-
// // // "XP_047294133.1",
|
|
202
|
-
// // // "385"
|
|
203
|
-
// // // ],
|
|
204
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
205
|
-
// // // },
|
|
206
|
-
// // // {
|
|
207
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
208
|
-
// // // "values": [
|
|
209
|
-
// // // "X9",
|
|
210
|
-
// // // "XM_011526460.3",
|
|
211
|
-
// // // "3524",
|
|
212
|
-
// // // "XP_011524762.1",
|
|
213
|
-
// // // "381"
|
|
214
|
-
// // // ],
|
|
215
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
216
|
-
// // // },
|
|
217
|
-
// // // {
|
|
218
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
219
|
-
// // // "values": [
|
|
220
|
-
// // // "X10",
|
|
221
|
-
// // // "XM_047438178.1",
|
|
222
|
-
// // // "3668",
|
|
223
|
-
// // // "XP_047294134.1",
|
|
224
|
-
// // // "355"
|
|
225
|
-
// // // ],
|
|
226
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
227
|
-
// // // },
|
|
228
|
-
// // // {
|
|
229
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
230
|
-
// // // "values": [
|
|
231
|
-
// // // "X11",
|
|
232
|
-
// // // "XM_047438179.1",
|
|
233
|
-
// // // "3241",
|
|
234
|
-
// // // "XP_047294135.1",
|
|
235
|
-
// // // "281"
|
|
236
|
-
// // // ],
|
|
237
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
238
|
-
// // // }
|
|
239
|
-
// // // ]
|
|
240
|
-
// // // }
|
|
241
|
-
// // // ]
|
|
242
|
-
// // // },
|
|
243
|
-
// // // {
|
|
244
|
-
// // // "block_type": "heading",
|
|
245
|
-
// // // "content": "Protein",
|
|
246
|
-
// // // "heading_level": 1,
|
|
247
|
-
// // // "children": [
|
|
248
|
-
// // // {
|
|
249
|
-
// // // "block_type": "image",
|
|
250
|
-
// // // "img_src": "https://wikipedia.org/wiki/Special:Redirect/file/Protein_cartoon_of_human_C19orf47.png",
|
|
251
|
-
// // // "img_caption": "SAM domain is shown in red and nuclear localization site shown in yellow. Amidation site shown with yellow circle, N-glycosylation site shown with blue circle, cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation sites shown with purple rhombus, Casein kinase II phosphorylation is shown with light blue triangles, N-myristoylation sites shown with green squares, and protein kinase C phosphorylation sites shown with light purple diamonds."
|
|
252
|
-
// // // },
|
|
253
|
-
// // // {
|
|
254
|
-
// // // "block_type": "image",
|
|
255
|
-
// // // "img_src": "https://wikipedia.org/wiki/Special:Redirect/file/C19orf47_tertiary_structure_from_iCn3D.png",
|
|
256
|
-
// // // "img_caption": "C19orf47 tertiary structure from iCn3D"
|
|
257
|
-
// // // },
|
|
258
|
-
// // // {
|
|
259
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
260
|
-
// // // "content": "The C19orf47 gene isoform 1 precursor encodes for a 422 amino acid protein. The protein is located in the nucleoplasm and nucleus of the cell."
|
|
261
|
-
// // // },
|
|
262
|
-
// // // {
|
|
263
|
-
// // // "block_type": "heading",
|
|
264
|
-
// // // "content": "Interacting Proteins",
|
|
265
|
-
// // // "heading_level": 2,
|
|
266
|
-
// // // "children": [
|
|
267
|
-
// // // {
|
|
268
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
269
|
-
// // // "content": "The following proteins have predicted interactions with C19orf47. ''Interacting proteins with C19orf47 in humans. Notes with important information are shown.''"
|
|
270
|
-
// // // },
|
|
271
|
-
// // // {
|
|
272
|
-
// // // "block_type": "table",
|
|
273
|
-
// // // "rows": [
|
|
274
|
-
// // // {
|
|
275
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
276
|
-
// // // "values": [
|
|
277
|
-
// // // "Abbreviated Name",
|
|
278
|
-
// // // "Full Name",
|
|
279
|
-
// // // "Additional Notes"
|
|
280
|
-
// // // ],
|
|
281
|
-
// // // "is_heading": true
|
|
282
|
-
// // // },
|
|
283
|
-
// // // {
|
|
284
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
285
|
-
// // // "values": [
|
|
286
|
-
// // // "PARK2",
|
|
287
|
-
// // // "Parkin RBR E3 Ubiquitin Protein Ligase",
|
|
288
|
-
// // // "Component of multiprotein E3 ubiquitin ligase complex. Mutations are known to cause Parkinson’s disease."
|
|
289
|
-
// // // ],
|
|
290
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
291
|
-
// // // },
|
|
292
|
-
// // // {
|
|
293
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
294
|
-
// // // "values": [
|
|
295
|
-
// // // "NSP3",
|
|
296
|
-
// // // "Non-structural protein 3",
|
|
297
|
-
// // // "SARS-CoV-2 protein"
|
|
298
|
-
// // // ],
|
|
299
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
300
|
-
// // // },
|
|
301
|
-
// // // {
|
|
302
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
303
|
-
// // // "values": [
|
|
304
|
-
// // // "ORF14",
|
|
305
|
-
// // // "Open reading frame 14",
|
|
306
|
-
// // // "SARS-CoV-2 protein"
|
|
307
|
-
// // // ],
|
|
308
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
309
|
-
// // // },
|
|
310
|
-
// // // {
|
|
311
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
312
|
-
// // // "values": [
|
|
313
|
-
// // // "MYC",
|
|
314
|
-
// // // "V-Myc Avian Myelocytomatosis Viral Oncogene Homolog 2 3",
|
|
315
|
-
// // // "Proto-oncogene, forms a heterodimer with related transcription factor for MAX."
|
|
316
|
-
// // // ],
|
|
317
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
318
|
-
// // // },
|
|
319
|
-
// // // {
|
|
320
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
321
|
-
// // // "values": [
|
|
322
|
-
// // // "DDX39B",
|
|
323
|
-
// // // "DExD-Box Helicase 39B",
|
|
324
|
-
// // // "RNA-dependent ATPase that mediates ATP hydrolysis during mRNA splicing."
|
|
325
|
-
// // // ],
|
|
326
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
327
|
-
// // // },
|
|
328
|
-
// // // {
|
|
329
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
330
|
-
// // // "values": [
|
|
331
|
-
// // // "C17orf85",
|
|
332
|
-
// // // "Nuclear Cap-Binding Protein Subunit 3",
|
|
333
|
-
// // // "Associates with NCBP1/CBP80 to form an alternative cap-binding complex (CBC) which plays a key role in mRNA export."
|
|
334
|
-
// // // ],
|
|
335
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
336
|
-
// // // },
|
|
337
|
-
// // // {
|
|
338
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
339
|
-
// // // "values": [
|
|
340
|
-
// // // "NXF1",
|
|
341
|
-
// // // "Nuclear RNA Export Factor 1",
|
|
342
|
-
// // // "Member of a family of nuclear RNA export factor genes."
|
|
343
|
-
// // // ],
|
|
344
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
345
|
-
// // // },
|
|
346
|
-
// // // {
|
|
347
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
348
|
-
// // // "values": [
|
|
349
|
-
// // // "THOC2",
|
|
350
|
-
// // // "THO Complex 2",
|
|
351
|
-
// // // "Multiprotein complex binds specifically to spliced mRNAs to facilitate mRNA export."
|
|
352
|
-
// // // ],
|
|
353
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
354
|
-
// // // },
|
|
355
|
-
// // // {
|
|
356
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
357
|
-
// // // "values": [
|
|
358
|
-
// // // "YWHAQ",
|
|
359
|
-
// // // "Tyrosine 3-Monooxygenase/Tryptophan 5-Monooxygenase Activation Protein, Theta Polypeptide",
|
|
360
|
-
// // // "Mediates signal transduction by binding to phosphoserine-containing proteins."
|
|
361
|
-
// // // ],
|
|
362
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
363
|
-
// // // }
|
|
364
|
-
// // // ]
|
|
365
|
-
// // // }
|
|
366
|
-
// // // ]
|
|
367
|
-
// // // }
|
|
368
|
-
// // // ]
|
|
369
|
-
// // // },
|
|
370
|
-
// // // {
|
|
371
|
-
// // // "block_type": "heading",
|
|
372
|
-
// // // "content": "Homology",
|
|
373
|
-
// // // "heading_level": 1,
|
|
374
|
-
// // // "children": [
|
|
375
|
-
// // // {
|
|
376
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
377
|
-
// // // "content": "C19orf47 is found in organisms including mammals, reptiles, amphibian, fish, insects, and plant."
|
|
378
|
-
// // // },
|
|
379
|
-
// // // {
|
|
380
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
381
|
-
// // // "content": "''Current orthologs of human C19orf47. Sequence identity and similarity are shown.''"
|
|
382
|
-
// // // },
|
|
383
|
-
// // // {
|
|
384
|
-
// // // "block_type": "table",
|
|
385
|
-
// // // "rows": [
|
|
386
|
-
// // // {
|
|
387
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
388
|
-
// // // "values": [
|
|
389
|
-
// // // "col1",
|
|
390
|
-
// // // "col2",
|
|
391
|
-
// // // "col3",
|
|
392
|
-
// // // "col4",
|
|
393
|
-
// // // "col5",
|
|
394
|
-
// // // "col6",
|
|
395
|
-
// // // "col7",
|
|
396
|
-
// // // "col8",
|
|
397
|
-
// // // "col9"
|
|
398
|
-
// // // ],
|
|
399
|
-
// // // "is_heading": true
|
|
400
|
-
// // // },
|
|
401
|
-
// // // {
|
|
402
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
403
|
-
// // // "values": [
|
|
404
|
-
// // // "C19orf47",
|
|
405
|
-
// // // "Genus, Species",
|
|
406
|
-
// // // "Common Name",
|
|
407
|
-
// // // "Taxonomic Group",
|
|
408
|
-
// // // "Date of Divergence (MYA)",
|
|
409
|
-
// // // "Accession Number",
|
|
410
|
-
// // // "Sequence Length (aa)",
|
|
411
|
-
// // // "Identity",
|
|
412
|
-
// // // "Similarity"
|
|
413
|
-
// // // ],
|
|
414
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
415
|
-
// // // },
|
|
416
|
-
// // // {
|
|
417
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
418
|
-
// // // "values": [
|
|
419
|
-
// // // "Mammalia",
|
|
420
|
-
// // // "Homo sapiens",
|
|
421
|
-
// // // "Human",
|
|
422
|
-
// // // "Primates",
|
|
423
|
-
// // // "0",
|
|
424
|
-
// // // "NP_001243369.1",
|
|
425
|
-
// // // "422",
|
|
426
|
-
// // // "100.0%",
|
|
427
|
-
// // // "100.0%"
|
|
428
|
-
// // // ],
|
|
429
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
430
|
-
// // // },
|
|
431
|
-
// // // {
|
|
432
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
433
|
-
// // // "values": [
|
|
434
|
-
// // // "Mammalia",
|
|
435
|
-
// // // "Mus musculus",
|
|
436
|
-
// // // "Mouse",
|
|
437
|
-
// // // "Rodentia",
|
|
438
|
-
// // // "87",
|
|
439
|
-
// // // "XP_036009244.1",
|
|
440
|
-
// // // "397",
|
|
441
|
-
// // // "75.5%",
|
|
442
|
-
// // // "80.2%"
|
|
443
|
-
// // // ],
|
|
444
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
445
|
-
// // // },
|
|
446
|
-
// // // {
|
|
447
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
448
|
-
// // // "values": [
|
|
449
|
-
// // // "Mammalia",
|
|
450
|
-
// // // "Castor canadensis",
|
|
451
|
-
// // // "American Beaver",
|
|
452
|
-
// // // "Rodentia",
|
|
453
|
-
// // // "87",
|
|
454
|
-
// // // "XP_020022531.1",
|
|
455
|
-
// // // "382",
|
|
456
|
-
// // // "71.3%",
|
|
457
|
-
// // // "74.7%"
|
|
458
|
-
// // // ],
|
|
459
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
460
|
-
// // // },
|
|
461
|
-
// // // {
|
|
462
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
463
|
-
// // // "values": [
|
|
464
|
-
// // // "Reptilia",
|
|
465
|
-
// // // "Gopherus flavomarginatus",
|
|
466
|
-
// // // "Bolson Tortoise",
|
|
467
|
-
// // // "Testudines",
|
|
468
|
-
// // // "319",
|
|
469
|
-
// // // "XP_050784538.1",
|
|
470
|
-
// // // "386",
|
|
471
|
-
// // // "63.3%",
|
|
472
|
-
// // // "72.9%"
|
|
473
|
-
// // // ],
|
|
474
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
475
|
-
// // // },
|
|
476
|
-
// // // {
|
|
477
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
478
|
-
// // // "values": [
|
|
479
|
-
// // // "Reptilia",
|
|
480
|
-
// // // "Dermochelys coriacea",
|
|
481
|
-
// // // "Leatherback Sea Turtle",
|
|
482
|
-
// // // "Testudines",
|
|
483
|
-
// // // "319",
|
|
484
|
-
// // // "XP_038238045.2",
|
|
485
|
-
// // // "449",
|
|
486
|
-
// // // "62.3%",
|
|
487
|
-
// // // "72.0%"
|
|
488
|
-
// // // ],
|
|
489
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
490
|
-
// // // },
|
|
491
|
-
// // // {
|
|
492
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
493
|
-
// // // "values": [
|
|
494
|
-
// // // "Reptilia",
|
|
495
|
-
// // // "Varanus komodoensis",
|
|
496
|
-
// // // "Komodo Dragon",
|
|
497
|
-
// // // "Squamata",
|
|
498
|
-
// // // "319",
|
|
499
|
-
// // // "XP_044281356.1",
|
|
500
|
-
// // // "395",
|
|
501
|
-
// // // "60.2%",
|
|
502
|
-
// // // "69.2%"
|
|
503
|
-
// // // ],
|
|
504
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
505
|
-
// // // },
|
|
506
|
-
// // // {
|
|
507
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
508
|
-
// // // "values": [
|
|
509
|
-
// // // "Reptilia",
|
|
510
|
-
// // // "Alligator sinensis",
|
|
511
|
-
// // // "Chinese Alligator",
|
|
512
|
-
// // // "Crocodylia",
|
|
513
|
-
// // // "319",
|
|
514
|
-
// // // "XP_025068843.1",
|
|
515
|
-
// // // "388",
|
|
516
|
-
// // // "54.7%",
|
|
517
|
-
// // // "63.3%"
|
|
518
|
-
// // // ],
|
|
519
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
520
|
-
// // // },
|
|
521
|
-
// // // {
|
|
522
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
523
|
-
// // // "values": [
|
|
524
|
-
// // // "Aves",
|
|
525
|
-
// // // "Haliaeetus leucocephalus",
|
|
526
|
-
// // // "Bald Eagle",
|
|
527
|
-
// // // "Falconiformes",
|
|
528
|
-
// // // "319",
|
|
529
|
-
// // // "XP_010564700.1",
|
|
530
|
-
// // // "380",
|
|
531
|
-
// // // "60.2%",
|
|
532
|
-
// // // "69.1%"
|
|
533
|
-
// // // ],
|
|
534
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
535
|
-
// // // },
|
|
536
|
-
// // // {
|
|
537
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
538
|
-
// // // "values": [
|
|
539
|
-
// // // "Aves",
|
|
540
|
-
// // // "Phalacrocorax carbo",
|
|
541
|
-
// // // "Great Cormorant",
|
|
542
|
-
// // // "Suliformes",
|
|
543
|
-
// // // "319",
|
|
544
|
-
// // // "XP_009501755.1",
|
|
545
|
-
// // // "381",
|
|
546
|
-
// // // "58.5%",
|
|
547
|
-
// // // "67.3%"
|
|
548
|
-
// // // ],
|
|
549
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
550
|
-
// // // },
|
|
551
|
-
// // // {
|
|
552
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
553
|
-
// // // "values": [
|
|
554
|
-
// // // "Aves",
|
|
555
|
-
// // // "Gallus gallus",
|
|
556
|
-
// // // "Chicken",
|
|
557
|
-
// // // "Galliformes",
|
|
558
|
-
// // // "319",
|
|
559
|
-
// // // "XP_015129410.4",
|
|
560
|
-
// // // "374",
|
|
561
|
-
// // // "36.6%",
|
|
562
|
-
// // // "45.5%"
|
|
563
|
-
// // // ],
|
|
564
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
565
|
-
// // // },
|
|
566
|
-
// // // {
|
|
567
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
568
|
-
// // // "values": [
|
|
569
|
-
// // // "Amphibia",
|
|
570
|
-
// // // "Xenopus tropicalis",
|
|
571
|
-
// // // "Frog",
|
|
572
|
-
// // // "Anura",
|
|
573
|
-
// // // "352",
|
|
574
|
-
// // // "NP_001005016.1",
|
|
575
|
-
// // // "398",
|
|
576
|
-
// // // "54.2%",
|
|
577
|
-
// // // "64.5%"
|
|
578
|
-
// // // ],
|
|
579
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
580
|
-
// // // },
|
|
581
|
-
// // // {
|
|
582
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
583
|
-
// // // "values": [
|
|
584
|
-
// // // "Fish",
|
|
585
|
-
// // // "Protopterus annectens",
|
|
586
|
-
// // // "West African Lungfish",
|
|
587
|
-
// // // "Lepidosireniformes",
|
|
588
|
-
// // // "408",
|
|
589
|
-
// // // "XP_043937251.1",
|
|
590
|
-
// // // "393",
|
|
591
|
-
// // // "46.4%",
|
|
592
|
-
// // // "57.0%"
|
|
593
|
-
// // // ],
|
|
594
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
595
|
-
// // // },
|
|
596
|
-
// // // {
|
|
597
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
598
|
-
// // // "values": [
|
|
599
|
-
// // // "Fish",
|
|
600
|
-
// // // "Latimeria chalumnae",
|
|
601
|
-
// // // "West Indian Ocean Coelacanth",
|
|
602
|
-
// // // "Coelacanthiformes",
|
|
603
|
-
// // // "415",
|
|
604
|
-
// // // "XP_014348608.1",
|
|
605
|
-
// // // "381",
|
|
606
|
-
// // // "58.2%",
|
|
607
|
-
// // // "69.7%"
|
|
608
|
-
// // // ],
|
|
609
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
610
|
-
// // // },
|
|
611
|
-
// // // {
|
|
612
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
613
|
-
// // // "values": [
|
|
614
|
-
// // // "Fish",
|
|
615
|
-
// // // "Danio rerio",
|
|
616
|
-
// // // "Zebrafish",
|
|
617
|
-
// // // "Cypriniformes",
|
|
618
|
-
// // // "429",
|
|
619
|
-
// // // "NP_001038706.1",
|
|
620
|
-
// // // "392",
|
|
621
|
-
// // // "48.6%",
|
|
622
|
-
// // // "59.5%"
|
|
623
|
-
// // // ],
|
|
624
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
625
|
-
// // // },
|
|
626
|
-
// // // {
|
|
627
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
628
|
-
// // // "values": [
|
|
629
|
-
// // // "Fish",
|
|
630
|
-
// // // "Leucoraja erinacea",
|
|
631
|
-
// // // "Little Skate",
|
|
632
|
-
// // // "Rajiformes",
|
|
633
|
-
// // // "462",
|
|
634
|
-
// // // "XP_055519598.1",
|
|
635
|
-
// // // "395",
|
|
636
|
-
// // // "53.0%",
|
|
637
|
-
// // // "64.2%"
|
|
638
|
-
// // // ],
|
|
639
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
640
|
-
// // // },
|
|
641
|
-
// // // {
|
|
642
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
643
|
-
// // // "values": [
|
|
644
|
-
// // // "Fish",
|
|
645
|
-
// // // "Petromyzon marinus",
|
|
646
|
-
// // // "Sea Lamprey",
|
|
647
|
-
// // // "Petromyzontiformes",
|
|
648
|
-
// // // "563",
|
|
649
|
-
// // // "XP_032803651.1",
|
|
650
|
-
// // // "452",
|
|
651
|
-
// // // "41.6%",
|
|
652
|
-
// // // "52.4%"
|
|
653
|
-
// // // ],
|
|
654
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
655
|
-
// // // },
|
|
656
|
-
// // // {
|
|
657
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
658
|
-
// // // "values": [
|
|
659
|
-
// // // "Arthropods",
|
|
660
|
-
// // // "Rhipicephalus sanguineus",
|
|
661
|
-
// // // "Brown Dog Tick",
|
|
662
|
-
// // // "Ixodida",
|
|
663
|
-
// // // "686",
|
|
664
|
-
// // // "XP_037499932.1",
|
|
665
|
-
// // // "428",
|
|
666
|
-
// // // "29.3%",
|
|
667
|
-
// // // "39.9%"
|
|
668
|
-
// // // ],
|
|
669
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
670
|
-
// // // },
|
|
671
|
-
// // // {
|
|
672
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
673
|
-
// // // "values": [
|
|
674
|
-
// // // "Arthropods",
|
|
675
|
-
// // // "Biomphalaria glabrata",
|
|
676
|
-
// // // "Bloodfluke Planorb",
|
|
677
|
-
// // // "Planorbidae",
|
|
678
|
-
// // // "686",
|
|
679
|
-
// // // "XP_055879100.1",
|
|
680
|
-
// // // "370",
|
|
681
|
-
// // // "26.6%",
|
|
682
|
-
// // // "36.0%"
|
|
683
|
-
// // // ],
|
|
684
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
685
|
-
// // // },
|
|
686
|
-
// // // {
|
|
687
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
688
|
-
// // // "values": [
|
|
689
|
-
// // // "Arthropods",
|
|
690
|
-
// // // "Polistes fuscatus",
|
|
691
|
-
// // // "Northern Paper Wasp",
|
|
692
|
-
// // // "Hymenoptera",
|
|
693
|
-
// // // "686",
|
|
694
|
-
// // // "XP_043494673.1",
|
|
695
|
-
// // // "409",
|
|
696
|
-
// // // "24.1%",
|
|
697
|
-
// // // "39.3%"
|
|
698
|
-
// // // ],
|
|
699
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
700
|
-
// // // },
|
|
701
|
-
// // // {
|
|
702
|
-
// // // "block_type": "row",
|
|
703
|
-
// // // "values": [
|
|
704
|
-
// // // "Plants",
|
|
705
|
-
// // // "Gossypium anomalum",
|
|
706
|
-
// // // "Wild Cotton",
|
|
707
|
-
// // // "Malvales",
|
|
708
|
-
// // // "1530",
|
|
709
|
-
// // // "KAG8495680.1",
|
|
710
|
-
// // // "266",
|
|
711
|
-
// // // "11.5%",
|
|
712
|
-
// // // "20.6%"
|
|
713
|
-
// // // ],
|
|
714
|
-
// // // "is_heading": false
|
|
715
|
-
// // // }
|
|
716
|
-
// // // ]
|
|
717
|
-
// // // }
|
|
718
|
-
// // // ]
|
|
719
|
-
// // // },
|
|
720
|
-
// // // {
|
|
721
|
-
// // // "block_type": "heading",
|
|
722
|
-
// // // "content": "Clinical Significance",
|
|
723
|
-
// // // "heading_level": 1,
|
|
724
|
-
// // // "children": [
|
|
725
|
-
// // // {
|
|
726
|
-
// // // "block_type": "paragraph",
|
|
727
|
-
// // // "content": "One study discusses the identification of four novel mutations in the TUBB4A gene associated with [[Laryngeal_dystonia|laryngeal|3|wiki]] and [[Cervical_dystonia|cervical dystonia|4|wiki]], a rare neurological disorder. These mutations were found in several affected families, and the study highlights the complexity of this genetic condition, with evidence of [[Incomplete_penetrance|incomplete penetrance|5|wiki]] in some cases. [[Laryngeal_dystonia|Laryngeal dystonia|6|wiki]], often the initial symptom, is a prominent feature of the disease. Of note, there was presence of a variant in the C19orf47 gene in one family. It was shown that the variant in the gene TUBB4A was more likely to be the source of the phenotype, as C19orf47 has low expression in the brain."
|
|
728
|
-
// // // }
|
|
729
|
-
// // // ]
|
|
730
|
-
// // // },
|
|
731
|
-
// // // {
|
|
732
|
-
// // // "block_type": "heading",
|
|
733
|
-
// // // "content": "References",
|
|
734
|
-
// // // "heading_level": 1,
|
|
735
|
-
// // // "children": []
|
|
736
|
-
// // // }
|
|
737
|
-
// // // ],
|
|
738
|
-
|
|
739
|
-
// // // }`;
|
|
740
|
-
// // const fields = [
|
|
741
|
-
// // "Sciences",
|
|
742
|
-
// // "Technology & Engineering",
|
|
743
|
-
// // "Humanities & Cultural Studies",
|
|
744
|
-
// // "Social Sciences & Global Studies",
|
|
745
|
-
// // "Business & Management",
|
|
746
|
-
// // "Health & Medicine",
|
|
747
|
-
// // "Environmental Studies & Earth Sciences",
|
|
748
|
-
// // "Education, Learning & Personal Development",
|
|
749
|
-
// // "Creative & Performing Arts",
|
|
750
|
-
// // "Law, Governance & Ethics",
|
|
751
|
-
// // "Recreation, Lifestyle & Practical Skills",
|
|
752
|
-
// // "Technology & Media Literacy",
|
|
753
|
-
// // "Philosophy & Critical Thinking",
|
|
754
|
-
// // "Space & Astronomical Sciences",
|
|
755
|
-
// // "Agriculture & Food Sciences",
|
|
756
|
-
// // "Trades & Craftsmanship",
|
|
757
|
-
// // "Reference & Indexing",
|
|
758
|
-
// // "Other",
|
|
759
|
-
// // ];
|
|
760
|
-
// // const generateTypology = new GenerateConceptFacts(
|
|
761
|
-
// // new OpenAiService(openAIKey, "o4-mini"),
|
|
762
|
-
// // content
|
|
763
|
-
// // );
|
|
764
|
-
// // console.log(await generateTypology.generate());
|
|
765
|
-
// // })();
|
|
766
19
|
(async () => {
|
|
767
20
|
const openAIKey =
|
|
768
21
|
"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";
|
|
@@ -781,15 +34,6 @@ export { OnlyEverGenerator };
|
|
|
781
34
|
_id: new ObjectId("6753b1d77bb31d8ccf586c2c"),
|
|
782
35
|
});
|
|
783
36
|
|
|
784
|
-
const bloomInstructions = await database.collection("_prompts").findOne({
|
|
785
|
-
_id: new ObjectId("6895ab99aa1cad73b0018060"),
|
|
786
|
-
});
|
|
787
|
-
const cardInstructions = await database.collection("_prompts").findOne({
|
|
788
|
-
_id: new ObjectId("6895ab99aa1cad73b0018060"),
|
|
789
|
-
});
|
|
790
|
-
const cardExamples = await database.collection("_prompts").findOne({
|
|
791
|
-
_id: new ObjectId("6895ab99aa1cad73b0018060"),
|
|
792
|
-
});
|
|
793
37
|
const contentForGen = {
|
|
794
38
|
prompt: {
|
|
795
39
|
typology: "",
|
|
@@ -809,6 +53,10 @@ export { OnlyEverGenerator };
|
|
|
809
53
|
},
|
|
810
54
|
},
|
|
811
55
|
};
|
|
56
|
+
const prompts = await getPrompts("text");
|
|
57
|
+
const bloomInstructions = prompts.bloom_instructions;
|
|
58
|
+
const cardInstructions = prompts.card_instructions;
|
|
59
|
+
const cardExamples = prompts.card_examples;
|
|
812
60
|
|
|
813
61
|
console.log("Initializing OnlyEverGenerator");
|
|
814
62
|
const onlyEverGenerator = new OnlyEverGenerator(
|
|
@@ -817,11 +65,11 @@ export { OnlyEverGenerator };
|
|
|
817
65
|
contentForGen,
|
|
818
66
|
"pmpt_687a8872d1c8819088a9cdc97dcb688b0893663621695594",
|
|
819
67
|
"pmpt_687aa547f99c8193b99467ca53630c2607f5a8caf451e7e8",
|
|
820
|
-
"
|
|
68
|
+
"pmpt_688118a923e4819098176a13a2f401920d2ea17d881cc6c6",
|
|
821
69
|
{
|
|
822
|
-
bloom_instructions: bloomInstructions
|
|
823
|
-
card_instructions: cardInstructions
|
|
824
|
-
card_examples: cardExamples
|
|
70
|
+
bloom_instructions: bloomInstructions,
|
|
71
|
+
card_instructions: cardInstructions,
|
|
72
|
+
card_examples: cardExamples,
|
|
825
73
|
}
|
|
826
74
|
);
|
|
827
75
|
const response = await onlyEverGenerator.generate(true, true);
|