only_ever_generator 4.0.9 → 5.0.1

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (13) hide show
  1. package/dist/card_gen/generate_cards.js +8 -9
  2. package/dist/card_gen/generate_cards.js.map +1 -1
  3. package/dist/index.d.ts.map +1 -1
  4. package/dist/index.js +55 -809
  5. package/dist/index.js.map +1 -1
  6. package/dist/services/get_prompts.d.ts +14 -0
  7. package/dist/services/get_prompts.d.ts.map +1 -0
  8. package/dist/services/get_prompts.js +143 -0
  9. package/dist/services/get_prompts.js.map +1 -0
  10. package/package.json +1 -1
  11. package/src/card_gen/generate_cards.ts +8 -8
  12. package/src/index.ts +56 -808
  13. package/src/services/get_prompts.ts +144 -0
package/dist/index.js CHANGED
@@ -9,817 +9,63 @@
9
9
  // import { OpenAiService } from "./services/open_ai_service";
10
10
  // import { GenerateConceptFacts } from "./typology_gen/generate_concept_facts";
11
11
  // import { BaseParamType } from "./types/base_param_type";
12
- var __awaiter = (this && this.__awaiter) || function (thisArg, _arguments, P, generator) {
13
- function adopt(value) { return value instanceof P ? value : new P(function (resolve) { resolve(value); }); }
14
- return new (P || (P = Promise))(function (resolve, reject) {
15
- function fulfilled(value) { try { step(generator.next(value)); } catch (e) { reject(e); } }
16
- function rejected(value) { try { step(generator["throw"](value)); } catch (e) { reject(e); } }
17
- function step(result) { result.done ? resolve(result.value) : adopt(result.value).then(fulfilled, rejected); }
18
- step((generator = generator.apply(thisArg, _arguments || [])).next());
19
- });
20
- };
21
12
  Object.defineProperty(exports, "__esModule", { value: true });
22
13
  exports.OnlyEverGenerator = void 0;
23
14
  const app_1 = require("./bootstrap/app");
24
15
  Object.defineProperty(exports, "OnlyEverGenerator", { enumerable: true, get: function () { return app_1.OnlyEverGenerator; } });
25
- const mongo_helper_1 = require("./helper/mongo_helper");
26
- // // // (async () => {
27
- // // // const openAIKey =
28
- // // // "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";
29
- // // // const openAIHelper = new OpenAIHelper(
30
- // // // openAIKey,
31
- // // // "o4-mini",
32
- // // // "pmpt_687a8872d1c8819088a9cdc97dcb688b0893663621695594",
33
- // // // "13"
34
- // // // );
35
- // // // const content = `{
36
- // // // "title":"C19orf47",
37
- // // // "headings": [
38
- // // // "Gene",
39
- // // // "mRNA",
40
- // // // "Protein",
41
- // // // "Homology",
42
- // // // "Clinical Significance",
43
- // // // "References"
44
- // // // ],
45
- // // // "content": "content": [
46
- // // // {
47
- // // // "block_type": "paragraph",
48
- // // // "content": "**[[Chromosome|Chromosome|0|wiki]] 19 open reading frame 47** is a [[Protein|protein|1|wiki]] that in humans is encoded by the C19orf47 [[Gene|gene|2|wiki]]. Aliases include Chromosome 19 Open Reading Frame 47, FLJ36888, DKZp686P05129, and LOCI26526."
49
- // // // },
50
- // // // {
51
- // // // "block_type": "heading",
52
- // // // "content": "Gene",
53
- // // // "heading_level": 1,
54
- // // // "children": [
55
- // // // {
56
- // // // "block_type": "paragraph",
57
- // // // "content": "*Homo sapiens* C19orf47 is located in cytogenetic band 19q13.2. It covers 28.98 kilobases from 40,854,420 to 40,825,543 on the minus strand. The gene has 8 exons in the isoform 1 precursor, the last of which is the longest and comprises over half of the mRNA transcript."
58
- // // // }
59
- // // // ]
60
- // // // },
61
- // // // {
62
- // // // "block_type": "heading",
63
- // // // "content": "mRNA",
64
- // // // "heading_level": 1,
65
- // // // "children": [
66
- // // // {
67
- // // // "block_type": "image",
68
- // // // "img_src": "https://wikipedia.org/wiki/Special:Redirect/file/Conceptual_translation_of_C19orf47.png",
69
- // // // "img_caption": "Conceptual translation of C19orf47 using SIXFRAME. Exon-exon boundaries are in blue, start codon is in green, and stop codon is red. PolyA signal sequence is shown in dark orange, polyA sites are shown in orange. Base pair and amino acid numbering is shown. Conserved amino acids in close orthologs are shown bolded."
70
- // // // },
71
- // // // {
72
- // // // "block_type": "paragraph",
73
- // // // "content": "Transcription of *Homo sapiens* C19orf47 produces 13 different mRNAs, with 12 alternatively spliced variants and 1 unspliced form. Isoforms and the proteins encoded by them are shown in the table below. *Homo sapiens* C19orf47 has broad expression in heart, testes, and other tissues."
74
- // // // },
75
- // // // {
76
- // // // "block_type": "paragraph",
77
- // // // "content": "*Isoforms of C19orf47.*"
78
- // // // },
79
- // // // {
80
- // // // "block_type": "table",
81
- // // // "rows": [
82
- // // // {
83
- // // // "block_type": "row",
84
- // // // "values": [
85
- // // // "Isoform number",
86
- // // // "Nucleotide Accession",
87
- // // // "mRNA length (bp)",
88
- // // // "Protein Accession",
89
- // // // "Protein Length (aa)"
90
- // // // ],
91
- // // // "is_heading": true
92
- // // // },
93
- // // // {
94
- // // // "block_type": "row",
95
- // // // "values": [
96
- // // // "NM1",
97
- // // // "NM_001256440.1",
98
- // // // "2104",
99
- // // // "NP_001243369.1",
100
- // // // "422"
101
- // // // ],
102
- // // // "is_heading": false
103
- // // // },
104
- // // // {
105
- // // // "block_type": "row",
106
- // // // "values": [
107
- // // // "NM2",
108
- // // // "NM_001256441.2",
109
- // // // "3611",
110
- // // // "NP_001243370.1",
111
- // // // "385"
112
- // // // ],
113
- // // // "is_heading": false
114
- // // // },
115
- // // // {
116
- // // // "block_type": "row",
117
- // // // "values": [
118
- // // // "X1",
119
- // // // "XM_017026291.2",
120
- // // // "3608",
121
- // // // "XP_016881780.1",
122
- // // // "384"
123
- // // // ],
124
- // // // "is_heading": false
125
- // // // },
126
- // // // {
127
- // // // "block_type": "row",
128
- // // // "values": [
129
- // // // "X2",
130
- // // // "XM_005258520.3",
131
- // // // "3625",
132
- // // // "XP_005258577.1",
133
- // // // "421"
134
- // // // ],
135
- // // // "is_heading": false
136
- // // // },
137
- // // // {
138
- // // // "block_type": "row",
139
- // // // "values": [
140
- // // // "X3",
141
- // // // "XM_017026292.3",
142
- // // // "1407",
143
- // // // "XP_016881781.1",
144
- // // // "366"
145
- // // // ],
146
- // // // "is_heading": false
147
- // // // },
148
- // // // {
149
- // // // "block_type": "row",
150
- // // // "values": [
151
- // // // "X4",
152
- // // // "XM_017026293.3",
153
- // // // "1404",
154
- // // // "XP_016881782.1",
155
- // // // "365"
156
- // // // ],
157
- // // // "is_heading": false
158
- // // // },
159
- // // // {
160
- // // // "block_type": "row",
161
- // // // "values": [
162
- // // // "X5",
163
- // // // "XM_047438175.1",
164
- // // // "1421",
165
- // // // "XP_047294131.1",
166
- // // // "402"
167
- // // // ],
168
- // // // "is_heading": false
169
- // // // },
170
- // // // {
171
- // // // "block_type": "row",
172
- // // // "values": [
173
- // // // "X6",
174
- // // // "XM_024451364.2",
175
- // // // "3507",
176
- // // // "XP_024307132.1",
177
- // // // "344"
178
- // // // ],
179
- // // // "is_heading": false
180
- // // // },
181
- // // // {
182
- // // // "block_type": "row",
183
- // // // "values": [
184
- // // // "X7",
185
- // // // "XM_047438176.1",
186
- // // // "3504",
187
- // // // "XP_047294132.1",
188
- // // // "343"
189
- // // // ],
190
- // // // "is_heading": false
191
- // // // },
192
- // // // {
193
- // // // "block_type": "row",
194
- // // // "values": [
195
- // // // "X8",
196
- // // // "XM_024451365.2",
197
- // // // "4638",
198
- // // // "XP_024307133.1",
199
- // // // "385"
200
- // // // ],
201
- // // // "is_heading": false
202
- // // // },
203
- // // // {
204
- // // // "block_type": "row",
205
- // // // "values": [
206
- // // // "X8",
207
- // // // "XM_047438177.1",
208
- // // // "4671",
209
- // // // "XP_047294133.1",
210
- // // // "385"
211
- // // // ],
212
- // // // "is_heading": false
213
- // // // },
214
- // // // {
215
- // // // "block_type": "row",
216
- // // // "values": [
217
- // // // "X9",
218
- // // // "XM_011526460.3",
219
- // // // "3524",
220
- // // // "XP_011524762.1",
221
- // // // "381"
222
- // // // ],
223
- // // // "is_heading": false
224
- // // // },
225
- // // // {
226
- // // // "block_type": "row",
227
- // // // "values": [
228
- // // // "X10",
229
- // // // "XM_047438178.1",
230
- // // // "3668",
231
- // // // "XP_047294134.1",
232
- // // // "355"
233
- // // // ],
234
- // // // "is_heading": false
235
- // // // },
236
- // // // {
237
- // // // "block_type": "row",
238
- // // // "values": [
239
- // // // "X11",
240
- // // // "XM_047438179.1",
241
- // // // "3241",
242
- // // // "XP_047294135.1",
243
- // // // "281"
244
- // // // ],
245
- // // // "is_heading": false
246
- // // // }
247
- // // // ]
248
- // // // }
249
- // // // ]
250
- // // // },
251
- // // // {
252
- // // // "block_type": "heading",
253
- // // // "content": "Protein",
254
- // // // "heading_level": 1,
255
- // // // "children": [
256
- // // // {
257
- // // // "block_type": "image",
258
- // // // "img_src": "https://wikipedia.org/wiki/Special:Redirect/file/Protein_cartoon_of_human_C19orf47.png",
259
- // // // "img_caption": "SAM domain is shown in red and nuclear localization site shown in yellow. Amidation site shown with yellow circle, N-glycosylation site shown with blue circle, cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation sites shown with purple rhombus, Casein kinase II phosphorylation is shown with light blue triangles, N-myristoylation sites shown with green squares, and protein kinase C phosphorylation sites shown with light purple diamonds."
260
- // // // },
261
- // // // {
262
- // // // "block_type": "image",
263
- // // // "img_src": "https://wikipedia.org/wiki/Special:Redirect/file/C19orf47_tertiary_structure_from_iCn3D.png",
264
- // // // "img_caption": "C19orf47 tertiary structure from iCn3D"
265
- // // // },
266
- // // // {
267
- // // // "block_type": "paragraph",
268
- // // // "content": "The C19orf47 gene isoform 1 precursor encodes for a 422 amino acid protein. The protein is located in the nucleoplasm and nucleus of the cell."
269
- // // // },
270
- // // // {
271
- // // // "block_type": "heading",
272
- // // // "content": "Interacting Proteins",
273
- // // // "heading_level": 2,
274
- // // // "children": [
275
- // // // {
276
- // // // "block_type": "paragraph",
277
- // // // "content": "The following proteins have predicted interactions with C19orf47. ''Interacting proteins with C19orf47 in humans. Notes with important information are shown.''"
278
- // // // },
279
- // // // {
280
- // // // "block_type": "table",
281
- // // // "rows": [
282
- // // // {
283
- // // // "block_type": "row",
284
- // // // "values": [
285
- // // // "Abbreviated Name",
286
- // // // "Full Name",
287
- // // // "Additional Notes"
288
- // // // ],
289
- // // // "is_heading": true
290
- // // // },
291
- // // // {
292
- // // // "block_type": "row",
293
- // // // "values": [
294
- // // // "PARK2",
295
- // // // "Parkin RBR E3 Ubiquitin Protein Ligase",
296
- // // // "Component of multiprotein E3 ubiquitin ligase complex. Mutations are known to cause Parkinson’s disease."
297
- // // // ],
298
- // // // "is_heading": false
299
- // // // },
300
- // // // {
301
- // // // "block_type": "row",
302
- // // // "values": [
303
- // // // "NSP3",
304
- // // // "Non-structural protein 3",
305
- // // // "SARS-CoV-2 protein"
306
- // // // ],
307
- // // // "is_heading": false
308
- // // // },
309
- // // // {
310
- // // // "block_type": "row",
311
- // // // "values": [
312
- // // // "ORF14",
313
- // // // "Open reading frame 14",
314
- // // // "SARS-CoV-2 protein"
315
- // // // ],
316
- // // // "is_heading": false
317
- // // // },
318
- // // // {
319
- // // // "block_type": "row",
320
- // // // "values": [
321
- // // // "MYC",
322
- // // // "V-Myc Avian Myelocytomatosis Viral Oncogene Homolog 2 3",
323
- // // // "Proto-oncogene, forms a heterodimer with related transcription factor for MAX."
324
- // // // ],
325
- // // // "is_heading": false
326
- // // // },
327
- // // // {
328
- // // // "block_type": "row",
329
- // // // "values": [
330
- // // // "DDX39B",
331
- // // // "DExD-Box Helicase 39B",
332
- // // // "RNA-dependent ATPase that mediates ATP hydrolysis during mRNA splicing."
333
- // // // ],
334
- // // // "is_heading": false
335
- // // // },
336
- // // // {
337
- // // // "block_type": "row",
338
- // // // "values": [
339
- // // // "C17orf85",
340
- // // // "Nuclear Cap-Binding Protein Subunit 3",
341
- // // // "Associates with NCBP1/CBP80 to form an alternative cap-binding complex (CBC) which plays a key role in mRNA export."
342
- // // // ],
343
- // // // "is_heading": false
344
- // // // },
345
- // // // {
346
- // // // "block_type": "row",
347
- // // // "values": [
348
- // // // "NXF1",
349
- // // // "Nuclear RNA Export Factor 1",
350
- // // // "Member of a family of nuclear RNA export factor genes."
351
- // // // ],
352
- // // // "is_heading": false
353
- // // // },
354
- // // // {
355
- // // // "block_type": "row",
356
- // // // "values": [
357
- // // // "THOC2",
358
- // // // "THO Complex 2",
359
- // // // "Multiprotein complex binds specifically to spliced mRNAs to facilitate mRNA export."
360
- // // // ],
361
- // // // "is_heading": false
362
- // // // },
363
- // // // {
364
- // // // "block_type": "row",
365
- // // // "values": [
366
- // // // "YWHAQ",
367
- // // // "Tyrosine 3-Monooxygenase/Tryptophan 5-Monooxygenase Activation Protein, Theta Polypeptide",
368
- // // // "Mediates signal transduction by binding to phosphoserine-containing proteins."
369
- // // // ],
370
- // // // "is_heading": false
371
- // // // }
372
- // // // ]
373
- // // // }
374
- // // // ]
375
- // // // }
376
- // // // ]
377
- // // // },
378
- // // // {
379
- // // // "block_type": "heading",
380
- // // // "content": "Homology",
381
- // // // "heading_level": 1,
382
- // // // "children": [
383
- // // // {
384
- // // // "block_type": "paragraph",
385
- // // // "content": "C19orf47 is found in organisms including mammals, reptiles, amphibian, fish, insects, and plant."
386
- // // // },
387
- // // // {
388
- // // // "block_type": "paragraph",
389
- // // // "content": "''Current orthologs of human C19orf47. Sequence identity and similarity are shown.''"
390
- // // // },
391
- // // // {
392
- // // // "block_type": "table",
393
- // // // "rows": [
394
- // // // {
395
- // // // "block_type": "row",
396
- // // // "values": [
397
- // // // "col1",
398
- // // // "col2",
399
- // // // "col3",
400
- // // // "col4",
401
- // // // "col5",
402
- // // // "col6",
403
- // // // "col7",
404
- // // // "col8",
405
- // // // "col9"
406
- // // // ],
407
- // // // "is_heading": true
408
- // // // },
409
- // // // {
410
- // // // "block_type": "row",
411
- // // // "values": [
412
- // // // "C19orf47",
413
- // // // "Genus, Species",
414
- // // // "Common Name",
415
- // // // "Taxonomic Group",
416
- // // // "Date of Divergence (MYA)",
417
- // // // "Accession Number",
418
- // // // "Sequence Length (aa)",
419
- // // // "Identity",
420
- // // // "Similarity"
421
- // // // ],
422
- // // // "is_heading": false
423
- // // // },
424
- // // // {
425
- // // // "block_type": "row",
426
- // // // "values": [
427
- // // // "Mammalia",
428
- // // // "Homo sapiens",
429
- // // // "Human",
430
- // // // "Primates",
431
- // // // "0",
432
- // // // "NP_001243369.1",
433
- // // // "422",
434
- // // // "100.0%",
435
- // // // "100.0%"
436
- // // // ],
437
- // // // "is_heading": false
438
- // // // },
439
- // // // {
440
- // // // "block_type": "row",
441
- // // // "values": [
442
- // // // "Mammalia",
443
- // // // "Mus musculus",
444
- // // // "Mouse",
445
- // // // "Rodentia",
446
- // // // "87",
447
- // // // "XP_036009244.1",
448
- // // // "397",
449
- // // // "75.5%",
450
- // // // "80.2%"
451
- // // // ],
452
- // // // "is_heading": false
453
- // // // },
454
- // // // {
455
- // // // "block_type": "row",
456
- // // // "values": [
457
- // // // "Mammalia",
458
- // // // "Castor canadensis",
459
- // // // "American Beaver",
460
- // // // "Rodentia",
461
- // // // "87",
462
- // // // "XP_020022531.1",
463
- // // // "382",
464
- // // // "71.3%",
465
- // // // "74.7%"
466
- // // // ],
467
- // // // "is_heading": false
468
- // // // },
469
- // // // {
470
- // // // "block_type": "row",
471
- // // // "values": [
472
- // // // "Reptilia",
473
- // // // "Gopherus flavomarginatus",
474
- // // // "Bolson Tortoise",
475
- // // // "Testudines",
476
- // // // "319",
477
- // // // "XP_050784538.1",
478
- // // // "386",
479
- // // // "63.3%",
480
- // // // "72.9%"
481
- // // // ],
482
- // // // "is_heading": false
483
- // // // },
484
- // // // {
485
- // // // "block_type": "row",
486
- // // // "values": [
487
- // // // "Reptilia",
488
- // // // "Dermochelys coriacea",
489
- // // // "Leatherback Sea Turtle",
490
- // // // "Testudines",
491
- // // // "319",
492
- // // // "XP_038238045.2",
493
- // // // "449",
494
- // // // "62.3%",
495
- // // // "72.0%"
496
- // // // ],
497
- // // // "is_heading": false
498
- // // // },
499
- // // // {
500
- // // // "block_type": "row",
501
- // // // "values": [
502
- // // // "Reptilia",
503
- // // // "Varanus komodoensis",
504
- // // // "Komodo Dragon",
505
- // // // "Squamata",
506
- // // // "319",
507
- // // // "XP_044281356.1",
508
- // // // "395",
509
- // // // "60.2%",
510
- // // // "69.2%"
511
- // // // ],
512
- // // // "is_heading": false
513
- // // // },
514
- // // // {
515
- // // // "block_type": "row",
516
- // // // "values": [
517
- // // // "Reptilia",
518
- // // // "Alligator sinensis",
519
- // // // "Chinese Alligator",
520
- // // // "Crocodylia",
521
- // // // "319",
522
- // // // "XP_025068843.1",
523
- // // // "388",
524
- // // // "54.7%",
525
- // // // "63.3%"
526
- // // // ],
527
- // // // "is_heading": false
528
- // // // },
529
- // // // {
530
- // // // "block_type": "row",
531
- // // // "values": [
532
- // // // "Aves",
533
- // // // "Haliaeetus leucocephalus",
534
- // // // "Bald Eagle",
535
- // // // "Falconiformes",
536
- // // // "319",
537
- // // // "XP_010564700.1",
538
- // // // "380",
539
- // // // "60.2%",
540
- // // // "69.1%"
541
- // // // ],
542
- // // // "is_heading": false
543
- // // // },
544
- // // // {
545
- // // // "block_type": "row",
546
- // // // "values": [
547
- // // // "Aves",
548
- // // // "Phalacrocorax carbo",
549
- // // // "Great Cormorant",
550
- // // // "Suliformes",
551
- // // // "319",
552
- // // // "XP_009501755.1",
553
- // // // "381",
554
- // // // "58.5%",
555
- // // // "67.3%"
556
- // // // ],
557
- // // // "is_heading": false
558
- // // // },
559
- // // // {
560
- // // // "block_type": "row",
561
- // // // "values": [
562
- // // // "Aves",
563
- // // // "Gallus gallus",
564
- // // // "Chicken",
565
- // // // "Galliformes",
566
- // // // "319",
567
- // // // "XP_015129410.4",
568
- // // // "374",
569
- // // // "36.6%",
570
- // // // "45.5%"
571
- // // // ],
572
- // // // "is_heading": false
573
- // // // },
574
- // // // {
575
- // // // "block_type": "row",
576
- // // // "values": [
577
- // // // "Amphibia",
578
- // // // "Xenopus tropicalis",
579
- // // // "Frog",
580
- // // // "Anura",
581
- // // // "352",
582
- // // // "NP_001005016.1",
583
- // // // "398",
584
- // // // "54.2%",
585
- // // // "64.5%"
586
- // // // ],
587
- // // // "is_heading": false
588
- // // // },
589
- // // // {
590
- // // // "block_type": "row",
591
- // // // "values": [
592
- // // // "Fish",
593
- // // // "Protopterus annectens",
594
- // // // "West African Lungfish",
595
- // // // "Lepidosireniformes",
596
- // // // "408",
597
- // // // "XP_043937251.1",
598
- // // // "393",
599
- // // // "46.4%",
600
- // // // "57.0%"
601
- // // // ],
602
- // // // "is_heading": false
603
- // // // },
604
- // // // {
605
- // // // "block_type": "row",
606
- // // // "values": [
607
- // // // "Fish",
608
- // // // "Latimeria chalumnae",
609
- // // // "West Indian Ocean Coelacanth",
610
- // // // "Coelacanthiformes",
611
- // // // "415",
612
- // // // "XP_014348608.1",
613
- // // // "381",
614
- // // // "58.2%",
615
- // // // "69.7%"
616
- // // // ],
617
- // // // "is_heading": false
618
- // // // },
619
- // // // {
620
- // // // "block_type": "row",
621
- // // // "values": [
622
- // // // "Fish",
623
- // // // "Danio rerio",
624
- // // // "Zebrafish",
625
- // // // "Cypriniformes",
626
- // // // "429",
627
- // // // "NP_001038706.1",
628
- // // // "392",
629
- // // // "48.6%",
630
- // // // "59.5%"
631
- // // // ],
632
- // // // "is_heading": false
633
- // // // },
634
- // // // {
635
- // // // "block_type": "row",
636
- // // // "values": [
637
- // // // "Fish",
638
- // // // "Leucoraja erinacea",
639
- // // // "Little Skate",
640
- // // // "Rajiformes",
641
- // // // "462",
642
- // // // "XP_055519598.1",
643
- // // // "395",
644
- // // // "53.0%",
645
- // // // "64.2%"
646
- // // // ],
647
- // // // "is_heading": false
648
- // // // },
649
- // // // {
650
- // // // "block_type": "row",
651
- // // // "values": [
652
- // // // "Fish",
653
- // // // "Petromyzon marinus",
654
- // // // "Sea Lamprey",
655
- // // // "Petromyzontiformes",
656
- // // // "563",
657
- // // // "XP_032803651.1",
658
- // // // "452",
659
- // // // "41.6%",
660
- // // // "52.4%"
661
- // // // ],
662
- // // // "is_heading": false
663
- // // // },
664
- // // // {
665
- // // // "block_type": "row",
666
- // // // "values": [
667
- // // // "Arthropods",
668
- // // // "Rhipicephalus sanguineus",
669
- // // // "Brown Dog Tick",
670
- // // // "Ixodida",
671
- // // // "686",
672
- // // // "XP_037499932.1",
673
- // // // "428",
674
- // // // "29.3%",
675
- // // // "39.9%"
676
- // // // ],
677
- // // // "is_heading": false
678
- // // // },
679
- // // // {
680
- // // // "block_type": "row",
681
- // // // "values": [
682
- // // // "Arthropods",
683
- // // // "Biomphalaria glabrata",
684
- // // // "Bloodfluke Planorb",
685
- // // // "Planorbidae",
686
- // // // "686",
687
- // // // "XP_055879100.1",
688
- // // // "370",
689
- // // // "26.6%",
690
- // // // "36.0%"
691
- // // // ],
692
- // // // "is_heading": false
693
- // // // },
694
- // // // {
695
- // // // "block_type": "row",
696
- // // // "values": [
697
- // // // "Arthropods",
698
- // // // "Polistes fuscatus",
699
- // // // "Northern Paper Wasp",
700
- // // // "Hymenoptera",
701
- // // // "686",
702
- // // // "XP_043494673.1",
703
- // // // "409",
704
- // // // "24.1%",
705
- // // // "39.3%"
706
- // // // ],
707
- // // // "is_heading": false
708
- // // // },
709
- // // // {
710
- // // // "block_type": "row",
711
- // // // "values": [
712
- // // // "Plants",
713
- // // // "Gossypium anomalum",
714
- // // // "Wild Cotton",
715
- // // // "Malvales",
716
- // // // "1530",
717
- // // // "KAG8495680.1",
718
- // // // "266",
719
- // // // "11.5%",
720
- // // // "20.6%"
721
- // // // ],
722
- // // // "is_heading": false
723
- // // // }
724
- // // // ]
725
- // // // }
726
- // // // ]
727
- // // // },
728
- // // // {
729
- // // // "block_type": "heading",
730
- // // // "content": "Clinical Significance",
731
- // // // "heading_level": 1,
732
- // // // "children": [
733
- // // // {
734
- // // // "block_type": "paragraph",
735
- // // // "content": "One study discusses the identification of four novel mutations in the TUBB4A gene associated with [[Laryngeal_dystonia|laryngeal|3|wiki]] and [[Cervical_dystonia|cervical dystonia|4|wiki]], a rare neurological disorder. These mutations were found in several affected families, and the study highlights the complexity of this genetic condition, with evidence of [[Incomplete_penetrance|incomplete penetrance|5|wiki]] in some cases. [[Laryngeal_dystonia|Laryngeal dystonia|6|wiki]], often the initial symptom, is a prominent feature of the disease. Of note, there was presence of a variant in the C19orf47 gene in one family. It was shown that the variant in the gene TUBB4A was more likely to be the source of the phenotype, as C19orf47 has low expression in the brain."
736
- // // // }
737
- // // // ]
738
- // // // },
739
- // // // {
740
- // // // "block_type": "heading",
741
- // // // "content": "References",
742
- // // // "heading_level": 1,
743
- // // // "children": []
744
- // // // }
745
- // // // ],
746
- // // // }`;
747
- // // const fields = [
748
- // // "Sciences",
749
- // // "Technology & Engineering",
750
- // // "Humanities & Cultural Studies",
751
- // // "Social Sciences & Global Studies",
752
- // // "Business & Management",
753
- // // "Health & Medicine",
754
- // // "Environmental Studies & Earth Sciences",
755
- // // "Education, Learning & Personal Development",
756
- // // "Creative & Performing Arts",
757
- // // "Law, Governance & Ethics",
758
- // // "Recreation, Lifestyle & Practical Skills",
759
- // // "Technology & Media Literacy",
760
- // // "Philosophy & Critical Thinking",
761
- // // "Space & Astronomical Sciences",
762
- // // "Agriculture & Food Sciences",
763
- // // "Trades & Craftsmanship",
764
- // // "Reference & Indexing",
765
- // // "Other",
766
- // // ];
767
- // // const generateTypology = new GenerateConceptFacts(
768
- // // new OpenAiService(openAIKey, "o4-mini"),
769
- // // content
770
- // // );
771
- // // console.log(await generateTypology.generate());
772
- // // })();
773
- (() => __awaiter(void 0, void 0, void 0, function* () {
774
- var _a;
775
- const openAIKey = "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";
776
- const promptForSummary = {
777
- promptId: "pmpt_687a8872d1c8819088a9cdc97dcb688b0893663621695594",
778
- version: "13",
779
- };
780
- const promptForConceptFacts = {
781
- promptId: "pmpt_687aa547f99c8193b99467ca53630c2607f5a8caf451e7e8",
782
- version: "6",
783
- };
784
- (0, mongo_helper_1.setUp)();
785
- const source = yield mongo_helper_1.database.collection("_source").findOne({
786
- _id: new mongo_helper_1.ObjectId("6753b1d77bb31d8ccf586c2c"),
787
- });
788
- const bloomInstructions = yield mongo_helper_1.database.collection("_prompts").findOne({
789
- _id: new mongo_helper_1.ObjectId("6895ab99aa1cad73b0018060"),
790
- });
791
- const cardInstructions = yield mongo_helper_1.database.collection("_prompts").findOne({
792
- _id: new mongo_helper_1.ObjectId("6895ab99aa1cad73b0018060"),
793
- });
794
- const cardExamples = yield mongo_helper_1.database.collection("_prompts").findOne({
795
- _id: new mongo_helper_1.ObjectId("6895ab99aa1cad73b0018060"),
796
- });
797
- const contentForGen = {
798
- prompt: {
799
- typology: "",
800
- card_generation: "",
801
- },
802
- content: {
803
- source_id: ((_a = source === null || source === void 0 ? void 0 : source._id) === null || _a === void 0 ? void 0 : _a.toString()) || "",
804
- title: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.title) || "",
805
- type: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.type) || "",
806
- headings: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.headings) || [],
807
- content: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.content) || [],
808
- fields: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.fields) || [],
809
- taxonomy: {
810
- generate_cards: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.generate_cards) || { state: false, reason: "" },
811
- concepts_facts: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.concepts_facts) || [],
812
- fields: (source === null || source === void 0 ? void 0 : source.fields) || [],
813
- },
814
- },
815
- };
816
- console.log("Initializing OnlyEverGenerator");
817
- const onlyEverGenerator = new app_1.OnlyEverGenerator(process.env.OPEN_AI_KEY, "o4-mini", contentForGen, "pmpt_687a8872d1c8819088a9cdc97dcb688b0893663621695594", "pmpt_687aa547f99c8193b99467ca53630c2607f5a8caf451e7e8", "pmpt_687aa547f99c8193b99467ca53630c2607f5a8caf451e7e8", {
818
- bloom_instructions: (bloomInstructions === null || bloomInstructions === void 0 ? void 0 : bloomInstructions.instructions) || "",
819
- card_instructions: (cardInstructions === null || cardInstructions === void 0 ? void 0 : cardInstructions.instructions) || "",
820
- card_examples: (cardExamples === null || cardExamples === void 0 ? void 0 : cardExamples.instructions) || "",
821
- });
822
- const response = yield onlyEverGenerator.generate(true, true);
823
- console.log(response);
824
- }))();
16
+ // (async () => {
17
+ // const openAIKey =
18
+ // "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";
19
+ // const promptForSummary = {
20
+ // promptId: "pmpt_687a8872d1c8819088a9cdc97dcb688b0893663621695594",
21
+ // version: "13",
22
+ // };
23
+ // const promptForConceptFacts = {
24
+ // promptId: "pmpt_687aa547f99c8193b99467ca53630c2607f5a8caf451e7e8",
25
+ // version: "6",
26
+ // };
27
+ // setUp();
28
+ // const source = await database.collection("_source").findOne({
29
+ // _id: new ObjectId("6753b1d77bb31d8ccf586c2c"),
30
+ // });
31
+ // const contentForGen = {
32
+ // prompt: {
33
+ // typology: "",
34
+ // card_generation: "",
35
+ // },
36
+ // content: {
37
+ // source_id: source?._id?.toString() || "",
38
+ // title: source?.title || "",
39
+ // type: source?.type || "",
40
+ // headings: source?.headings || [],
41
+ // content: source?.content || [],
42
+ // fields: source?.fields || [],
43
+ // taxonomy: {
44
+ // generate_cards: source?.generate_cards || { state: false, reason: "" },
45
+ // concepts_facts: source?.concepts_facts || [],
46
+ // fields: source?.fields || [],
47
+ // },
48
+ // },
49
+ // };
50
+ // const prompts = await getPrompts("text");
51
+ // const bloomInstructions = prompts.bloom_instructions;
52
+ // const cardInstructions = prompts.card_instructions;
53
+ // const cardExamples = prompts.card_examples;
54
+ // console.log("Initializing OnlyEverGenerator");
55
+ // const onlyEverGenerator = new OnlyEverGenerator(
56
+ // process.env.OPEN_AI_KEY as string,
57
+ // "o4-mini",
58
+ // contentForGen,
59
+ // "pmpt_687a8872d1c8819088a9cdc97dcb688b0893663621695594",
60
+ // "pmpt_687aa547f99c8193b99467ca53630c2607f5a8caf451e7e8",
61
+ // "pmpt_688118a923e4819098176a13a2f401920d2ea17d881cc6c6",
62
+ // {
63
+ // bloom_instructions: bloomInstructions,
64
+ // card_instructions: cardInstructions,
65
+ // card_examples: cardExamples,
66
+ // }
67
+ // );
68
+ // const response = await onlyEverGenerator.generate(true, true);
69
+ // console.log(response);
70
+ // })();
825
71
  //# sourceMappingURL=index.js.map