npm - jbrowse-plugin-msaview - Versions diffs - 2.7.2 → 2.7.3 - Mend

jbrowse-plugin-msaview 2.7.2 → 2.7.3

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.

Files changed (44) hide show

package/dist/AddHighlightModel/MsaToGenomeHighlight.js +6 -5
package/dist/LaunchMsaView/components/NCBIBlastQuery/CachedBlastResults.js +1 -1
package/dist/LaunchMsaView/components/NCBIBlastQuery/useCachedBlastResults.d.ts +1 -1
package/dist/LaunchMsaView/components/NCBIBlastQuery/useCachedBlastResults.js +5 -2
package/dist/MsaViewPanel/doLaunchBlast.js +10 -22
package/dist/MsaViewPanel/genomeToMSA.js +13 -6
package/dist/MsaViewPanel/genomeToMSA.test.js +35 -6
package/dist/MsaViewPanel/model.d.ts +68 -66
package/dist/MsaViewPanel/model.js +14 -12
package/dist/MsaViewPanel/msaCoordToGenomeCoord.d.ts +32 -13
package/dist/MsaViewPanel/msaCoordToGenomeCoord.js +43 -14
package/dist/MsaViewPanel/msaCoordToGenomeCoord.test.js +108 -18
package/dist/MsaViewPanel/msaDataStore.js +8 -17
package/dist/MsaViewPanel/syncGenomeHoverToMsaColumn.test.js +8 -6
package/dist/jbrowse-plugin-msaview.umd.production.min.js +31 -31
package/dist/jbrowse-plugin-msaview.umd.production.min.js.map +4 -4
package/dist/utils/blastCache.d.ts +1 -2
package/dist/utils/blastCache.js +9 -22
package/dist/utils/domainCache.js +6 -15
package/dist/utils/idb.d.ts +12 -0
package/dist/utils/idb.js +21 -0
package/dist/utils/taxonomyNames.js +13 -18
package/dist/version.d.ts +1 -1
package/dist/version.js +1 -1
package/package.json +2 -2
package/src/AddHighlightModel/MsaToGenomeHighlight.tsx +6 -8
package/src/LaunchMsaView/components/NCBIBlastQuery/CachedBlastResults.tsx +1 -1
package/src/LaunchMsaView/components/NCBIBlastQuery/useCachedBlastResults.ts +4 -2
package/src/MsaViewPanel/doLaunchBlast.ts +20 -29
package/src/MsaViewPanel/genomeToMSA.test.ts +38 -6
package/src/MsaViewPanel/genomeToMSA.ts +14 -6
package/src/MsaViewPanel/model.ts +17 -12
package/src/MsaViewPanel/msaCoordToGenomeCoord.test.ts +117 -18
package/src/MsaViewPanel/msaCoordToGenomeCoord.ts +70 -26
package/src/MsaViewPanel/msaDataStore.ts +17 -17
package/src/MsaViewPanel/syncGenomeHoverToMsaColumn.test.ts +8 -6
package/src/utils/blastCache.ts +20 -23
package/src/utils/domainCache.ts +14 -18
package/src/utils/idb.ts +28 -0
package/src/utils/taxonomyNames.ts +22 -24
package/src/version.ts +1 -1
package/dist/MsaViewPanel/blosum62.d.ts +0 -2
package/dist/MsaViewPanel/blosum62.js +0 -627
package/src/MsaViewPanel/blosum62.ts +0 -628

package/dist/MsaViewPanel/blosum62.js DELETED Viewed

@@ -1,627 +0,0 @@
-const BLOSUM62 = {
-    A: {
-        A: 4,
-        R: -1,
-        N: -2,
-        D: -2,
-        C: 0,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: 0,
-        H: -2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 1,
-        T: 0,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: 0,
-        B: -2,
-        Z: -1,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    R: {
-        A: -1,
-        R: 5,
-        N: 0,
-        D: -2,
-        C: -3,
-        Q: 1,
-        E: 0,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 2,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -3,
-        B: -1,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    N: {
-        A: -2,
-        R: 0,
-        N: 6,
-        D: 1,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: 0,
-        H: 1,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 0,
-        M: -2,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 1,
-        T: 0,
-        W: -4,
-        Y: -2,
-        V: -3,
-        B: 3,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    D: {
-        A: -2,
-        R: -2,
-        N: 1,
-        D: 6,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 2,
-        G: -1,
-        H: -1,
-        I: -3,
-        L: -4,
-        K: -1,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: 4,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    C: {
-        A: 0,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: 9,
-        Q: -3,
-        E: -4,
-        G: -3,
-        H: -3,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -3,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -3,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -2,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    Q: {
-        A: -1,
-        R: 1,
-        N: 0,
-        D: 0,
-        C: -3,
-        Q: 5,
-        E: 2,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 1,
-        M: 0,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    E: {
-        A: -1,
-        R: 0,
-        N: 0,
-        D: 2,
-        C: -4,
-        Q: 2,
-        E: 5,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 1,
-        M: -2,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 1,
-        Z: 4,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    G: {
-        A: 0,
-        R: -2,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: -2,
-        E: -2,
-        G: 6,
-        H: -2,
-        I: -4,
-        L: -4,
-        K: -2,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: -2,
-        W: -2,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: -1,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    H: {
-        A: -2,
-        R: 0,
-        N: 1,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: -2,
-        H: 8,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: -1,
-        M: -2,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -2,
-        W: -2,
-        Y: 2,
-        V: -3,
-        B: 0,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    I: {
-        A: -1,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: -3,
-        E: -3,
-        G: -4,
-        H: -3,
-        I: 4,
-        L: 2,
-        K: -3,
-        M: 1,
-        F: 0,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -1,
-        V: 3,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    L: {
-        A: -1,
-        R: -2,
-        N: -3,
-        D: -4,
-        C: -1,
-        Q: -2,
-        E: -3,
-        G: -4,
-        H: -3,
-        I: 2,
-        L: 4,
-        K: -2,
-        M: 2,
-        F: 0,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: 1,
-        B: -4,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    K: {
-        A: -1,
-        R: 2,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: 1,
-        E: 1,
-        G: -2,
-        H: -1,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 5,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    M: {
-        A: -1,
-        R: -1,
-        N: -2,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: 0,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: -2,
-        I: 1,
-        L: 2,
-        K: -1,
-        M: 5,
-        F: 0,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -1,
-        Y: -1,
-        V: 1,
-        B: -3,
-        Z: -1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    F: {
-        A: -2,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -2,
-        Q: -3,
-        E: -3,
-        G: -3,
-        H: -1,
-        I: 0,
-        L: 0,
-        K: -3,
-        M: 0,
-        F: 6,
-        P: -4,
-        S: -2,
-        T: -2,
-        W: 1,
-        Y: 3,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    P: {
-        A: -1,
-        R: -2,
-        N: -2,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: -1,
-        M: -2,
-        F: -4,
-        P: 7,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -2,
-        B: -2,
-        Z: -1,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    S: {
-        A: 1,
-        R: -1,
-        N: 1,
-        D: 0,
-        C: -1,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: 0,
-        H: -1,
-        I: -2,
-        L: -2,
-        K: 0,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 4,
-        T: 1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 0,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    T: {
-        A: 0,
-        R: -1,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -1,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 1,
-        T: 5,
-        W: -2,
-        Y: -2,
-        V: 0,
-        B: -1,
-        Z: -1,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    W: {
-        A: -3,
-        R: -3,
-        N: -4,
-        D: -4,
-        C: -2,
-        Q: -2,
-        E: -3,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: -3,
-        M: -1,
-        F: 1,
-        P: -4,
-        S: -3,
-        T: -2,
-        W: 11,
-        Y: 2,
-        V: -3,
-        B: -4,
-        Z: -3,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    Y: {
-        A: -2,
-        R: -2,
-        N: -2,
-        D: -3,
-        C: -2,
-        Q: -1,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: 2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -2,
-        M: -1,
-        F: 3,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -2,
-        W: 2,
-        Y: 7,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    V: {
-        A: 0,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: -2,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: -3,
-        I: 3,
-        L: 1,
-        K: -2,
-        M: 1,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: -2,
-        T: 0,
-        W: -3,
-        Y: -1,
-        V: 4,
-        B: -3,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    B: {
-        A: -2,
-        R: -1,
-        N: 3,
-        D: 4,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 1,
-        G: -1,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -4,
-        K: 0,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: 4,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    Z: {
-        A: -1,
-        R: 0,
-        N: 0,
-        D: 1,
-        C: -3,
-        Q: 3,
-        E: 4,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 1,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 1,
-        Z: 4,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    X: {
-        A: 0,
-        R: -1,
-        N: -1,
-        D: -1,
-        C: -2,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -1,
-        H: -1,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: 0,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: -1,
-        B: -1,
-        Z: -1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    '*': {
-        A: -4,
-        R: -4,
-        N: -4,
-        D: -4,
-        C: -4,
-        Q: -4,
-        E: -4,
-        G: -4,
-        H: -4,
-        I: -4,
-        L: -4,
-        K: -4,
-        M: -4,
-        F: -4,
-        P: -4,
-        S: -4,
-        T: -4,
-        W: -4,
-        Y: -4,
-        V: -4,
-        B: -4,
-        Z: -4,
-        X: -4,
-        '*': 1,
-    },
-};
-export default BLOSUM62;