jbrowse-plugin-msaview 2.2.3 → 2.2.5

package/src/MsaViewPanel/pairwiseAlignment.ts

@@ -0,0 +1,818 @@
+// Pairwise alignment utilities for MSA-to-structure mapping
+// Based on code from jbrowse-plugin-protein3d
+
+// BLOSUM62 scoring matrix for protein sequence alignment
+const BLOSUM62: Record<string, Record<string, number>> = {
+  A: {
+    A: 4,
+    R: -1,
+    N: -2,
+    D: -2,
+    C: 0,
+    Q: -1,
+    E: -1,
+    G: 0,
+    H: -2,
+    I: -1,
+    L: -1,
+    K: -1,
+    M: -1,
+    F: -2,
+    P: -1,
+    S: 1,
+    T: 0,
+    W: -3,
+    Y: -2,
+    V: 0,
+    B: -2,
+    Z: -1,
+    X: 0,
+    '*': -4,
+  },
+  R: {
+    A: -1,
+    R: 5,
+    N: 0,
+    D: -2,
+    C: -3,
+    Q: 1,
+    E: 0,
+    G: -2,
+    H: 0,
+    I: -3,
+    L: -2,
+    K: 2,
+    M: -1,
+    F: -3,
+    P: -2,
+    S: -1,
+    T: -1,
+    W: -3,
+    Y: -2,
+    V: -3,
+    B: -1,
+    Z: 0,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  N: {
+    A: -2,
+    R: 0,
+    N: 6,
+    D: 1,
+    C: -3,
+    Q: 0,
+    E: 0,
+    G: 0,
+    H: 1,
+    I: -3,
+    L: -3,
+    K: 0,
+    M: -2,
+    F: -3,
+    P: -2,
+    S: 1,
+    T: 0,
+    W: -4,
+    Y: -2,
+    V: -3,
+    B: 3,
+    Z: 0,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  D: {
+    A: -2,
+    R: -2,
+    N: 1,
+    D: 6,
+    C: -3,
+    Q: 0,
+    E: 2,
+    G: -1,
+    H: -1,
+    I: -3,
+    L: -4,
+    K: -1,
+    M: -3,
+    F: -3,
+    P: -1,
+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -4,
+    Y: -3,
+    V: -3,
+    B: 4,
+    Z: 1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  C: {
+    A: 0,
+    R: -3,
+    N: -3,
+    D: -3,
+    C: 9,
+    Q: -3,
+    E: -4,
+    G: -3,
+    H: -3,
+    I: -1,
+    L: -1,
+    K: -3,
+    M: -1,
+    F: -2,
+    P: -3,
+    S: -1,
+    T: -1,
+    W: -2,
+    Y: -2,
+    V: -1,
+    B: -3,
+    Z: -3,
+    X: -2,
+    '*': -4,
+  },
+  Q: {
+    A: -1,
+    R: 1,
+    N: 0,
+    D: 0,
+    C: -3,
+    Q: 5,
+    E: 2,
+    G: -2,
+    H: 0,
+    I: -3,
+    L: -2,
+    K: 1,
+    M: 0,
+    F: -3,
+    P: -1,
+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -2,
+    Y: -1,
+    V: -2,
+    B: 0,
+    Z: 3,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  E: {
+    A: -1,
+    R: 0,
+    N: 0,
+    D: 2,
+    C: -4,
+    Q: 2,
+    E: 5,
+    G: -2,
+    H: 0,
+    I: -3,
+    L: -3,
+    K: 1,
+    M: -2,
+    F: -3,
+    P: -1,
+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -3,
+    Y: -2,
+    V: -2,
+    B: 1,
+    Z: 4,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  G: {
+    A: 0,
+    R: -2,
+    N: 0,
+    D: -1,
+    C: -3,
+    Q: -2,
+    E: -2,
+    G: 6,
+    H: -2,
+    I: -4,
+    L: -4,
+    K: -2,
+    M: -3,
+    F: -3,
+    P: -2,
+    S: 0,
+    T: -2,
+    W: -2,
+    Y: -3,
+    V: -3,
+    B: -1,
+    Z: -2,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  H: {
+    A: -2,
+    R: 0,
+    N: 1,
+    D: -1,
+    C: -3,
+    Q: 0,
+    E: 0,
+    G: -2,
+    H: 8,
+    I: -3,
+    L: -3,
+    K: -1,
+    M: -2,
+    F: -1,
+    P: -2,
+    S: -1,
+    T: -2,
+    W: -2,
+    Y: 2,
+    V: -3,
+    B: 0,
+    Z: 0,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  I: {
+    A: -1,
+    R: -3,
+    N: -3,
+    D: -3,
+    C: -1,
+    Q: -3,
+    E: -3,
+    G: -4,
+    H: -3,
+    I: 4,
+    L: 2,
+    K: -3,
+    M: 1,
+    F: 0,
+    P: -3,
+    S: -2,
+    T: -1,
+    W: -3,
+    Y: -1,
+    V: 3,
+    B: -3,
+    Z: -3,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  L: {
+    A: -1,
+    R: -2,
+    N: -3,
+    D: -4,
+    C: -1,
+    Q: -2,
+    E: -3,
+    G: -4,
+    H: -3,
+    I: 2,
+    L: 4,
+    K: -2,
+    M: 2,
+    F: 0,
+    P: -3,
+    S: -2,
+    T: -1,
+    W: -2,
+    Y: -1,
+    V: 1,
+    B: -4,
+    Z: -3,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  K: {
+    A: -1,
+    R: 2,
+    N: 0,
+    D: -1,
+    C: -3,
+    Q: 1,
+    E: 1,
+    G: -2,
+    H: -1,
+    I: -3,
+    L: -2,
+    K: 5,
+    M: -1,
+    F: -3,
+    P: -1,
+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -3,
+    Y: -2,
+    V: -2,
+    B: 0,
+    Z: 1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  M: {
+    A: -1,
+    R: -1,
+    N: -2,
+    D: -3,
+    C: -1,
+    Q: 0,
+    E: -2,
+    G: -3,
+    H: -2,
+    I: 1,
+    L: 2,
+    K: -1,
+    M: 5,
+    F: 0,
+    P: -2,
+    S: -1,
+    T: -1,
+    W: -1,
+    Y: -1,
+    V: 1,
+    B: -3,
+    Z: -1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  F: {
+    A: -2,
+    R: -3,
+    N: -3,
+    D: -3,
+    C: -2,
+    Q: -3,
+    E: -3,
+    G: -3,
+    H: -1,
+    I: 0,
+    L: 0,
+    K: -3,
+    M: 0,
+    F: 6,
+    P: -4,
+    S: -2,
+    T: -2,
+    W: 1,
+    Y: 3,
+    V: -1,
+    B: -3,
+    Z: -3,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  P: {
+    A: -1,
+    R: -2,
+    N: -2,
+    D: -1,
+    C: -3,
+    Q: -1,
+    E: -1,
+    G: -2,
+    H: -2,
+    I: -3,
+    L: -3,
+    K: -1,
+    M: -2,
+    F: -4,
+    P: 7,
+    S: -1,
+    T: -1,
+    W: -4,
+    Y: -3,
+    V: -2,
+    B: -2,
+    Z: -1,
+    X: -2,
+    '*': -4,
+  },
+  S: {
+    A: 1,
+    R: -1,
+    N: 1,
+    D: 0,
+    C: -1,
+    Q: 0,
+    E: 0,
+    G: 0,
+    H: -1,
+    I: -2,
+    L: -2,
+    K: 0,
+    M: -1,
+    F: -2,
+    P: -1,
+    S: 4,
+    T: 1,
+    W: -3,
+    Y: -2,
+    V: -2,
+    B: 0,
+    Z: 0,
+    X: 0,
+    '*': -4,
+  },
+  T: {
+    A: 0,
+    R: -1,
+    N: 0,
+    D: -1,
+    C: -1,
+    Q: -1,
+    E: -1,
+    G: -2,
+    H: -2,
+    I: -1,
+    L: -1,
+    K: -1,
+    M: -1,
+    F: -2,
+    P: -1,
+    S: 1,
+    T: 5,
+    W: -2,
+    Y: -2,
+    V: 0,
+    B: -1,
+    Z: -1,
+    X: 0,
+    '*': -4,
+  },
+  W: {
+    A: -3,
+    R: -3,
+    N: -4,
+    D: -4,
+    C: -2,
+    Q: -2,
+    E: -3,
+    G: -2,
+    H: -2,
+    I: -3,
+    L: -2,
+    K: -3,
+    M: -1,
+    F: 1,
+    P: -4,
+    S: -3,
+    T: -2,
+    W: 11,
+    Y: 2,
+    V: -3,
+    B: -4,
+    Z: -3,
+    X: -2,
+    '*': -4,
+  },
+  Y: {
+    A: -2,
+    R: -2,
+    N: -2,
+    D: -3,
+    C: -2,
+    Q: -1,
+    E: -2,
+    G: -3,
+    H: 2,
+    I: -1,
+    L: -1,
+    K: -2,
+    M: -1,
+    F: 3,
+    P: -3,
+    S: -2,
+    T: -2,
+    W: 2,
+    Y: 7,
+    V: -1,
+    B: -3,
+    Z: -2,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  V: {
+    A: 0,
+    R: -3,
+    N: -3,
+    D: -3,
+    C: -1,
+    Q: -2,
+    E: -2,
+    G: -3,
+    H: -3,
+    I: 3,
+    L: 1,
+    K: -2,
+    M: 1,
+    F: -1,
+    P: -2,
+    S: -2,
+    T: 0,
+    W: -3,
+    Y: -1,
+    V: 4,
+    B: -3,
+    Z: -2,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  B: {
+    A: -2,
+    R: -1,
+    N: 3,
+    D: 4,
+    C: -3,
+    Q: 0,
+    E: 1,
+    G: -1,
+    H: 0,
+    I: -3,
+    L: -4,
+    K: 0,
+    M: -3,
+    F: -3,
+    P: -2,
+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -4,
+    Y: -3,
+    V: -3,
+    B: 4,
+    Z: 1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  Z: {
+    A: -1,
+    R: 0,
+    N: 0,
+    D: 1,
+    C: -3,
+    Q: 3,
+    E: 4,
+    G: -2,
+    H: 0,
+    I: -3,
+    L: -3,
+    K: 1,
+    M: -1,
+    F: -3,
+    P: -1,
+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -3,
+    Y: -2,
+    V: -2,
+    B: 1,
+    Z: 4,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  X: {
+    A: 0,
+    R: -1,
+    N: -1,
+    D: -1,
+    C: -2,
+    Q: -1,
+    E: -1,
+    G: -1,
+    H: -1,
+    I: -1,
+    L: -1,
+    K: -1,
+    M: -1,
+    F: -1,
+    P: -2,
+    S: 0,
+    T: 0,
+    W: -2,
+    Y: -1,
+    V: -1,
+    B: -1,
+    Z: -1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  '*': {
+    A: -4,
+    R: -4,
+    N: -4,
+    D: -4,
+    C: -4,
+    Q: -4,
+    E: -4,
+    G: -4,
+    H: -4,
+    I: -4,
+    L: -4,
+    K: -4,
+    M: -4,
+    F: -4,
+    P: -4,
+    S: -4,
+    T: -4,
+    W: -4,
+    Y: -4,
+    V: -4,
+    B: -4,
+    Z: -4,
+    X: -4,
+    '*': 1,
+  },
+}
+
+function getScore(a: string, b: string) {
+  const upper_a = a.toUpperCase()
+  const upper_b = b.toUpperCase()
+  return BLOSUM62[upper_a]?.[upper_b] ?? -4
+}
+
+const GAP_OPEN = -10
+const GAP_EXTEND = -0.5
+
+interface AlignmentResult {
+  alignedSeq1: string
+  alignedSeq2: string
+  score: number
+}
+
+export interface AlignmentRow {
+  id: string
+  seq: string
+}
+
+export interface PairwiseAlignment {
+  consensus: string
+  alns: readonly [AlignmentRow, AlignmentRow]
+}
+
+/**
+ * Needleman-Wunsch global alignment algorithm
+ */
+export function needlemanWunsch(
+  seq1: string,
+  seq2: string,
+  gapOpen = GAP_OPEN,
+  gapExtend = GAP_EXTEND,
+): AlignmentResult {
+  const m = seq1.length
+  const n = seq2.length
+
+  const M: number[][] = []
+  const Ix: number[][] = []
+  const Iy: number[][] = []
+
+  for (let i = 0; i <= m; i++) {
+    M[i] = []
+    Ix[i] = []
+    Iy[i] = []
+    for (let j = 0; j <= n; j++) {
+      M[i]![j] = -Infinity
+      Ix[i]![j] = -Infinity
+      Iy[i]![j] = -Infinity
+    }
+  }
+
+  M[0]![0] = 0
+  for (let i = 1; i <= m; i++) {
+    Ix[i]![0] = gapOpen + (i - 1) * gapExtend
+  }
+  for (let j = 1; j <= n; j++) {
+    Iy[0]![j] = gapOpen + (j - 1) * gapExtend
+  }
+
+  for (let i = 1; i <= m; i++) {
+    for (let j = 1; j <= n; j++) {
+      const matchScore = getScore(seq1[i - 1]!, seq2[j - 1]!)
+
+      M[i]![j] =
+        Math.max(M[i - 1]![j - 1]!, Ix[i - 1]![j - 1]!, Iy[i - 1]![j - 1]!) +
+        matchScore
+
+      Ix[i]![j] = Math.max(M[i - 1]![j]! + gapOpen, Ix[i - 1]![j]! + gapExtend)
+      Iy[i]![j] = Math.max(M[i]![j - 1]! + gapOpen, Iy[i]![j - 1]! + gapExtend)
+    }
+  }
+
+  let alignedSeq1 = ''
+  let alignedSeq2 = ''
+  let i = m
+  let j = n
+
+  const finalScores = [M[m]![n]!, Ix[m]![n]!, Iy[m]![n]!]
+  const score = Math.max(...finalScores)
+  let currentMatrix: 'M' | 'Ix' | 'Iy' =
+    score === M[m]![n]! ? 'M' : score === Ix[m]![n]! ? 'Ix' : 'Iy'
+
+  while (i > 0 || j > 0) {
+    if (currentMatrix === 'M' && i > 0 && j > 0) {
+      alignedSeq1 = seq1[i - 1] + alignedSeq1
+      alignedSeq2 = seq2[j - 1] + alignedSeq2
+
+      const matchScore = getScore(seq1[i - 1]!, seq2[j - 1]!)
+      const prevM = M[i - 1]![j - 1]!
+      const prevIx = Ix[i - 1]![j - 1]!
+
+      if (M[i]![j]! === prevM + matchScore) {
+        currentMatrix = 'M'
+      } else if (M[i]![j]! === prevIx + matchScore) {
+        currentMatrix = 'Ix'
+      } else {
+        currentMatrix = 'Iy'
+      }
+      i--
+      j--
+    } else if (currentMatrix === 'Ix' && i > 0) {
+      alignedSeq1 = seq1[i - 1] + alignedSeq1
+      alignedSeq2 = '-' + alignedSeq2
+
+      currentMatrix = Ix[i]![j]! === M[i - 1]![j]! + gapOpen ? 'M' : 'Ix'
+      i--
+    } else if (j > 0) {
+      alignedSeq1 = '-' + alignedSeq1
+      alignedSeq2 = seq2[j - 1] + alignedSeq2
+
+      currentMatrix = Iy[i]![j]! === M[i]![j - 1]! + gapOpen ? 'M' : 'Iy'
+      j--
+    } else {
+      break
+    }
+  }
+
+  return { alignedSeq1, alignedSeq2, score }
+}
+
+function buildConsensus(alignedSeq1: string, alignedSeq2: string) {
+  let consensus = ''
+  for (let i = 0; i < alignedSeq1.length; i++) {
+    const a = alignedSeq1[i]!
+    const b = alignedSeq2[i]!
+    if (a === '-' || b === '-') {
+      consensus += ' '
+    } else if (a.toUpperCase() === b.toUpperCase()) {
+      consensus += '|'
+    } else {
+      consensus += ' '
+    }
+  }
+  return consensus
+}
+
+export function runPairwiseAlignment(
+  seq1: string,
+  seq2: string,
+): PairwiseAlignment {
+  const { alignedSeq1, alignedSeq2 } = needlemanWunsch(seq1, seq2)
+
+  return {
+    consensus: buildConsensus(alignedSeq1, alignedSeq2),
+    alns: [
+      { id: 'msa', seq: alignedSeq1 },
+      { id: 'structure', seq: alignedSeq2 },
+    ],
+  }
+}
+
+/**
+ * Build coordinate mappings from a pairwise alignment
+ * Maps between ungapped positions in seq1 and seq2
+ */
+export function buildAlignmentMaps(pairwiseAlignment: PairwiseAlignment) {
+  const seq1 = pairwiseAlignment.alns[0].seq
+  const seq2 = pairwiseAlignment.alns[1].seq
+
+  if (seq1.length !== seq2.length) {
+    throw new Error('Aligned sequences must have same length')
+  }
+
+  let pos1 = 0
+  let pos2 = 0
+  const seq1ToSeq2 = new Map<number, number>()
+  const seq2ToSeq1 = new Map<number, number>()
+
+  for (let i = 0; i < seq1.length; i++) {
+    const c1 = seq1[i]
+    const c2 = seq2[i]
+
+    if (c1 !== '-' && c2 !== '-') {
+      seq1ToSeq2.set(pos1, pos2)
+      seq2ToSeq1.set(pos2, pos1)
+      pos1++
+      pos2++
+    } else if (c1 === '-') {
+      pos2++
+    } else {
+      pos1++
+    }
+  }
+
+  return { seq1ToSeq2, seq2ToSeq1 }
+}