jbrowse-plugin-msaview 2.2.2 → 2.2.4

package/dist/MsaViewPanel/pairwiseAlignment.js

@@ -0,0 +1,776 @@
+// Pairwise alignment utilities for MSA-to-structure mapping
+// Based on code from jbrowse-plugin-protein3d
+// BLOSUM62 scoring matrix for protein sequence alignment
+const BLOSUM62 = {
+    A: {
+        A: 4,
+        R: -1,
+        N: -2,
+        D: -2,
+        C: 0,
+        Q: -1,
+        E: -1,
+        G: 0,
+        H: -2,
+        I: -1,
+        L: -1,
+        K: -1,
+        M: -1,
+        F: -2,
+        P: -1,
+        S: 1,
+        T: 0,
+        W: -3,
+        Y: -2,
+        V: 0,
+        B: -2,
+        Z: -1,
+        X: 0,
+        '*': -4,
+    },
+    R: {
+        A: -1,
+        R: 5,
+        N: 0,
+        D: -2,
+        C: -3,
+        Q: 1,
+        E: 0,
+        G: -2,
+        H: 0,
+        I: -3,
+        L: -2,
+        K: 2,
+        M: -1,
+        F: -3,
+        P: -2,
+        S: -1,
+        T: -1,
+        W: -3,
+        Y: -2,
+        V: -3,
+        B: -1,
+        Z: 0,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    N: {
+        A: -2,
+        R: 0,
+        N: 6,
+        D: 1,
+        C: -3,
+        Q: 0,
+        E: 0,
+        G: 0,
+        H: 1,
+        I: -3,
+        L: -3,
+        K: 0,
+        M: -2,
+        F: -3,
+        P: -2,
+        S: 1,
+        T: 0,
+        W: -4,
+        Y: -2,
+        V: -3,
+        B: 3,
+        Z: 0,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    D: {
+        A: -2,
+        R: -2,
+        N: 1,
+        D: 6,
+        C: -3,
+        Q: 0,
+        E: 2,
+        G: -1,
+        H: -1,
+        I: -3,
+        L: -4,
+        K: -1,
+        M: -3,
+        F: -3,
+        P: -1,
+        S: 0,
+        T: -1,
+        W: -4,
+        Y: -3,
+        V: -3,
+        B: 4,
+        Z: 1,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    C: {
+        A: 0,
+        R: -3,
+        N: -3,
+        D: -3,
+        C: 9,
+        Q: -3,
+        E: -4,
+        G: -3,
+        H: -3,
+        I: -1,
+        L: -1,
+        K: -3,
+        M: -1,
+        F: -2,
+        P: -3,
+        S: -1,
+        T: -1,
+        W: -2,
+        Y: -2,
+        V: -1,
+        B: -3,
+        Z: -3,
+        X: -2,
+        '*': -4,
+    },
+    Q: {
+        A: -1,
+        R: 1,
+        N: 0,
+        D: 0,
+        C: -3,
+        Q: 5,
+        E: 2,
+        G: -2,
+        H: 0,
+        I: -3,
+        L: -2,
+        K: 1,
+        M: 0,
+        F: -3,
+        P: -1,
+        S: 0,
+        T: -1,
+        W: -2,
+        Y: -1,
+        V: -2,
+        B: 0,
+        Z: 3,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    E: {
+        A: -1,
+        R: 0,
+        N: 0,
+        D: 2,
+        C: -4,
+        Q: 2,
+        E: 5,
+        G: -2,
+        H: 0,
+        I: -3,
+        L: -3,
+        K: 1,
+        M: -2,
+        F: -3,
+        P: -1,
+        S: 0,
+        T: -1,
+        W: -3,
+        Y: -2,
+        V: -2,
+        B: 1,
+        Z: 4,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    G: {
+        A: 0,
+        R: -2,
+        N: 0,
+        D: -1,
+        C: -3,
+        Q: -2,
+        E: -2,
+        G: 6,
+        H: -2,
+        I: -4,
+        L: -4,
+        K: -2,
+        M: -3,
+        F: -3,
+        P: -2,
+        S: 0,
+        T: -2,
+        W: -2,
+        Y: -3,
+        V: -3,
+        B: -1,
+        Z: -2,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    H: {
+        A: -2,
+        R: 0,
+        N: 1,
+        D: -1,
+        C: -3,
+        Q: 0,
+        E: 0,
+        G: -2,
+        H: 8,
+        I: -3,
+        L: -3,
+        K: -1,
+        M: -2,
+        F: -1,
+        P: -2,
+        S: -1,
+        T: -2,
+        W: -2,
+        Y: 2,
+        V: -3,
+        B: 0,
+        Z: 0,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    I: {
+        A: -1,
+        R: -3,
+        N: -3,
+        D: -3,
+        C: -1,
+        Q: -3,
+        E: -3,
+        G: -4,
+        H: -3,
+        I: 4,
+        L: 2,
+        K: -3,
+        M: 1,
+        F: 0,
+        P: -3,
+        S: -2,
+        T: -1,
+        W: -3,
+        Y: -1,
+        V: 3,
+        B: -3,
+        Z: -3,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    L: {
+        A: -1,
+        R: -2,
+        N: -3,
+        D: -4,
+        C: -1,
+        Q: -2,
+        E: -3,
+        G: -4,
+        H: -3,
+        I: 2,
+        L: 4,
+        K: -2,
+        M: 2,
+        F: 0,
+        P: -3,
+        S: -2,
+        T: -1,
+        W: -2,
+        Y: -1,
+        V: 1,
+        B: -4,
+        Z: -3,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    K: {
+        A: -1,
+        R: 2,
+        N: 0,
+        D: -1,
+        C: -3,
+        Q: 1,
+        E: 1,
+        G: -2,
+        H: -1,
+        I: -3,
+        L: -2,
+        K: 5,
+        M: -1,
+        F: -3,
+        P: -1,
+        S: 0,
+        T: -1,
+        W: -3,
+        Y: -2,
+        V: -2,
+        B: 0,
+        Z: 1,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    M: {
+        A: -1,
+        R: -1,
+        N: -2,
+        D: -3,
+        C: -1,
+        Q: 0,
+        E: -2,
+        G: -3,
+        H: -2,
+        I: 1,
+        L: 2,
+        K: -1,
+        M: 5,
+        F: 0,
+        P: -2,
+        S: -1,
+        T: -1,
+        W: -1,
+        Y: -1,
+        V: 1,
+        B: -3,
+        Z: -1,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    F: {
+        A: -2,
+        R: -3,
+        N: -3,
+        D: -3,
+        C: -2,
+        Q: -3,
+        E: -3,
+        G: -3,
+        H: -1,
+        I: 0,
+        L: 0,
+        K: -3,
+        M: 0,
+        F: 6,
+        P: -4,
+        S: -2,
+        T: -2,
+        W: 1,
+        Y: 3,
+        V: -1,
+        B: -3,
+        Z: -3,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    P: {
+        A: -1,
+        R: -2,
+        N: -2,
+        D: -1,
+        C: -3,
+        Q: -1,
+        E: -1,
+        G: -2,
+        H: -2,
+        I: -3,
+        L: -3,
+        K: -1,
+        M: -2,
+        F: -4,
+        P: 7,
+        S: -1,
+        T: -1,
+        W: -4,
+        Y: -3,
+        V: -2,
+        B: -2,
+        Z: -1,
+        X: -2,
+        '*': -4,
+    },
+    S: {
+        A: 1,
+        R: -1,
+        N: 1,
+        D: 0,
+        C: -1,
+        Q: 0,
+        E: 0,
+        G: 0,
+        H: -1,
+        I: -2,
+        L: -2,
+        K: 0,
+        M: -1,
+        F: -2,
+        P: -1,
+        S: 4,
+        T: 1,
+        W: -3,
+        Y: -2,
+        V: -2,
+        B: 0,
+        Z: 0,
+        X: 0,
+        '*': -4,
+    },
+    T: {
+        A: 0,
+        R: -1,
+        N: 0,
+        D: -1,
+        C: -1,
+        Q: -1,
+        E: -1,
+        G: -2,
+        H: -2,
+        I: -1,
+        L: -1,
+        K: -1,
+        M: -1,
+        F: -2,
+        P: -1,
+        S: 1,
+        T: 5,
+        W: -2,
+        Y: -2,
+        V: 0,
+        B: -1,
+        Z: -1,
+        X: 0,
+        '*': -4,
+    },
+    W: {
+        A: -3,
+        R: -3,
+        N: -4,
+        D: -4,
+        C: -2,
+        Q: -2,
+        E: -3,
+        G: -2,
+        H: -2,
+        I: -3,
+        L: -2,
+        K: -3,
+        M: -1,
+        F: 1,
+        P: -4,
+        S: -3,
+        T: -2,
+        W: 11,
+        Y: 2,
+        V: -3,
+        B: -4,
+        Z: -3,
+        X: -2,
+        '*': -4,
+    },
+    Y: {
+        A: -2,
+        R: -2,
+        N: -2,
+        D: -3,
+        C: -2,
+        Q: -1,
+        E: -2,
+        G: -3,
+        H: 2,
+        I: -1,
+        L: -1,
+        K: -2,
+        M: -1,
+        F: 3,
+        P: -3,
+        S: -2,
+        T: -2,
+        W: 2,
+        Y: 7,
+        V: -1,
+        B: -3,
+        Z: -2,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    V: {
+        A: 0,
+        R: -3,
+        N: -3,
+        D: -3,
+        C: -1,
+        Q: -2,
+        E: -2,
+        G: -3,
+        H: -3,
+        I: 3,
+        L: 1,
+        K: -2,
+        M: 1,
+        F: -1,
+        P: -2,
+        S: -2,
+        T: 0,
+        W: -3,
+        Y: -1,
+        V: 4,
+        B: -3,
+        Z: -2,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    B: {
+        A: -2,
+        R: -1,
+        N: 3,
+        D: 4,
+        C: -3,
+        Q: 0,
+        E: 1,
+        G: -1,
+        H: 0,
+        I: -3,
+        L: -4,
+        K: 0,
+        M: -3,
+        F: -3,
+        P: -2,
+        S: 0,
+        T: -1,
+        W: -4,
+        Y: -3,
+        V: -3,
+        B: 4,
+        Z: 1,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    Z: {
+        A: -1,
+        R: 0,
+        N: 0,
+        D: 1,
+        C: -3,
+        Q: 3,
+        E: 4,
+        G: -2,
+        H: 0,
+        I: -3,
+        L: -3,
+        K: 1,
+        M: -1,
+        F: -3,
+        P: -1,
+        S: 0,
+        T: -1,
+        W: -3,
+        Y: -2,
+        V: -2,
+        B: 1,
+        Z: 4,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    X: {
+        A: 0,
+        R: -1,
+        N: -1,
+        D: -1,
+        C: -2,
+        Q: -1,
+        E: -1,
+        G: -1,
+        H: -1,
+        I: -1,
+        L: -1,
+        K: -1,
+        M: -1,
+        F: -1,
+        P: -2,
+        S: 0,
+        T: 0,
+        W: -2,
+        Y: -1,
+        V: -1,
+        B: -1,
+        Z: -1,
+        X: -1,
+        '*': -4,
+    },
+    '*': {
+        A: -4,
+        R: -4,
+        N: -4,
+        D: -4,
+        C: -4,
+        Q: -4,
+        E: -4,
+        G: -4,
+        H: -4,
+        I: -4,
+        L: -4,
+        K: -4,
+        M: -4,
+        F: -4,
+        P: -4,
+        S: -4,
+        T: -4,
+        W: -4,
+        Y: -4,
+        V: -4,
+        B: -4,
+        Z: -4,
+        X: -4,
+        '*': 1,
+    },
+};
+function getScore(a, b) {
+    const upper_a = a.toUpperCase();
+    const upper_b = b.toUpperCase();
+    return BLOSUM62[upper_a]?.[upper_b] ?? -4;
+}
+const GAP_OPEN = -10;
+const GAP_EXTEND = -0.5;
+/**
+ * Needleman-Wunsch global alignment algorithm
+ */
+export function needlemanWunsch(seq1, seq2, gapOpen = GAP_OPEN, gapExtend = GAP_EXTEND) {
+    const m = seq1.length;
+    const n = seq2.length;
+    const M = [];
+    const Ix = [];
+    const Iy = [];
+    for (let i = 0; i <= m; i++) {
+        M[i] = [];
+        Ix[i] = [];
+        Iy[i] = [];
+        for (let j = 0; j <= n; j++) {
+            M[i][j] = -Infinity;
+            Ix[i][j] = -Infinity;
+            Iy[i][j] = -Infinity;
+        }
+    }
+    M[0][0] = 0;
+    for (let i = 1; i <= m; i++) {
+        Ix[i][0] = gapOpen + (i - 1) * gapExtend;
+    }
+    for (let j = 1; j <= n; j++) {
+        Iy[0][j] = gapOpen + (j - 1) * gapExtend;
+    }
+    for (let i = 1; i <= m; i++) {
+        for (let j = 1; j <= n; j++) {
+            const matchScore = getScore(seq1[i - 1], seq2[j - 1]);
+            M[i][j] =
+                Math.max(M[i - 1][j - 1], Ix[i - 1][j - 1], Iy[i - 1][j - 1]) +
+                    matchScore;
+            Ix[i][j] = Math.max(M[i - 1][j] + gapOpen, Ix[i - 1][j] + gapExtend);
+            Iy[i][j] = Math.max(M[i][j - 1] + gapOpen, Iy[i][j - 1] + gapExtend);
+        }
+    }
+    let alignedSeq1 = '';
+    let alignedSeq2 = '';
+    let i = m;
+    let j = n;
+    const finalScores = [M[m][n], Ix[m][n], Iy[m][n]];
+    const score = Math.max(...finalScores);
+    let currentMatrix = score === M[m][n] ? 'M' : score === Ix[m][n] ? 'Ix' : 'Iy';
+    while (i > 0 || j > 0) {
+        if (currentMatrix === 'M' && i > 0 && j > 0) {
+            alignedSeq1 = seq1[i - 1] + alignedSeq1;
+            alignedSeq2 = seq2[j - 1] + alignedSeq2;
+            const matchScore = getScore(seq1[i - 1], seq2[j - 1]);
+            const prevM = M[i - 1][j - 1];
+            const prevIx = Ix[i - 1][j - 1];
+            if (M[i][j] === prevM + matchScore) {
+                currentMatrix = 'M';
+            }
+            else if (M[i][j] === prevIx + matchScore) {
+                currentMatrix = 'Ix';
+            }
+            else {
+                currentMatrix = 'Iy';
+            }
+            i--;
+            j--;
+        }
+        else if (currentMatrix === 'Ix' && i > 0) {
+            alignedSeq1 = seq1[i - 1] + alignedSeq1;
+            alignedSeq2 = '-' + alignedSeq2;
+            currentMatrix = Ix[i][j] === M[i - 1][j] + gapOpen ? 'M' : 'Ix';
+            i--;
+        }
+        else if (j > 0) {
+            alignedSeq1 = '-' + alignedSeq1;
+            alignedSeq2 = seq2[j - 1] + alignedSeq2;
+            currentMatrix = Iy[i][j] === M[i][j - 1] + gapOpen ? 'M' : 'Iy';
+            j--;
+        }
+        else {
+            break;
+        }
+    }
+    return { alignedSeq1, alignedSeq2, score };
+}
+function buildConsensus(alignedSeq1, alignedSeq2) {
+    let consensus = '';
+    for (let i = 0; i < alignedSeq1.length; i++) {
+        const a = alignedSeq1[i];
+        const b = alignedSeq2[i];
+        if (a === '-' || b === '-') {
+            consensus += ' ';
+        }
+        else if (a.toUpperCase() === b.toUpperCase()) {
+            consensus += '|';
+        }
+        else {
+            consensus += ' ';
+        }
+    }
+    return consensus;
+}
+export function runPairwiseAlignment(seq1, seq2) {
+    const { alignedSeq1, alignedSeq2 } = needlemanWunsch(seq1, seq2);
+    return {
+        consensus: buildConsensus(alignedSeq1, alignedSeq2),
+        alns: [
+            { id: 'msa', seq: alignedSeq1 },
+            { id: 'structure', seq: alignedSeq2 },
+        ],
+    };
+}
+/**
+ * Build coordinate mappings from a pairwise alignment
+ * Maps between ungapped positions in seq1 and seq2
+ */
+export function buildAlignmentMaps(pairwiseAlignment) {
+    const seq1 = pairwiseAlignment.alns[0].seq;
+    const seq2 = pairwiseAlignment.alns[1].seq;
+    if (seq1.length !== seq2.length) {
+        throw new Error('Aligned sequences must have same length');
+    }
+    let pos1 = 0;
+    let pos2 = 0;
+    const seq1ToSeq2 = new Map();
+    const seq2ToSeq1 = new Map();
+    for (let i = 0; i < seq1.length; i++) {
+        const c1 = seq1[i];
+        const c2 = seq2[i];
+        if (c1 !== '-' && c2 !== '-') {
+            seq1ToSeq2.set(pos1, pos2);
+            seq2ToSeq1.set(pos2, pos1);
+            pos1++;
+            pos2++;
+        }
+        else if (c1 === '-') {
+            pos2++;
+        }
+        else {
+            pos1++;
+        }
+    }
+    return { seq1ToSeq2, seq2ToSeq1 };
+}
+//# sourceMappingURL=pairwiseAlignment.js.map