jbrowse-plugin-msaview 2.2.11 → 2.3.2

package/dist/MsaViewPanel/pairwiseAlignment.js

@@ -1,632 +1,4 @@
-// Pairwise alignment utilities for MSA-to-structure mapping
-// Based on code from jbrowse-plugin-protein3d
-// BLOSUM62 scoring matrix for protein sequence alignment
-const BLOSUM62 = {
-    A: {
-        A: 4,
-        R: -1,
-        N: -2,
-        D: -2,
-        C: 0,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: 0,
-        H: -2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 1,
-        T: 0,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: 0,
-        B: -2,
-        Z: -1,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    R: {
-        A: -1,
-        R: 5,
-        N: 0,
-        D: -2,
-        C: -3,
-        Q: 1,
-        E: 0,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 2,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -3,
-        B: -1,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    N: {
-        A: -2,
-        R: 0,
-        N: 6,
-        D: 1,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: 0,
-        H: 1,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 0,
-        M: -2,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 1,
-        T: 0,
-        W: -4,
-        Y: -2,
-        V: -3,
-        B: 3,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    D: {
-        A: -2,
-        R: -2,
-        N: 1,
-        D: 6,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 2,
-        G: -1,
-        H: -1,
-        I: -3,
-        L: -4,
-        K: -1,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: 4,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    C: {
-        A: 0,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: 9,
-        Q: -3,
-        E: -4,
-        G: -3,
-        H: -3,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -3,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -3,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -2,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    Q: {
-        A: -1,
-        R: 1,
-        N: 0,
-        D: 0,
-        C: -3,
-        Q: 5,
-        E: 2,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 1,
-        M: 0,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    E: {
-        A: -1,
-        R: 0,
-        N: 0,
-        D: 2,
-        C: -4,
-        Q: 2,
-        E: 5,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 1,
-        M: -2,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 1,
-        Z: 4,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    G: {
-        A: 0,
-        R: -2,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: -2,
-        E: -2,
-        G: 6,
-        H: -2,
-        I: -4,
-        L: -4,
-        K: -2,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: -2,
-        W: -2,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: -1,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    H: {
-        A: -2,
-        R: 0,
-        N: 1,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: -2,
-        H: 8,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: -1,
-        M: -2,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -2,
-        W: -2,
-        Y: 2,
-        V: -3,
-        B: 0,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    I: {
-        A: -1,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: -3,
-        E: -3,
-        G: -4,
-        H: -3,
-        I: 4,
-        L: 2,
-        K: -3,
-        M: 1,
-        F: 0,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -1,
-        V: 3,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    L: {
-        A: -1,
-        R: -2,
-        N: -3,
-        D: -4,
-        C: -1,
-        Q: -2,
-        E: -3,
-        G: -4,
-        H: -3,
-        I: 2,
-        L: 4,
-        K: -2,
-        M: 2,
-        F: 0,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: 1,
-        B: -4,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    K: {
-        A: -1,
-        R: 2,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: 1,
-        E: 1,
-        G: -2,
-        H: -1,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 5,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    M: {
-        A: -1,
-        R: -1,
-        N: -2,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: 0,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: -2,
-        I: 1,
-        L: 2,
-        K: -1,
-        M: 5,
-        F: 0,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -1,
-        Y: -1,
-        V: 1,
-        B: -3,
-        Z: -1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    F: {
-        A: -2,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -2,
-        Q: -3,
-        E: -3,
-        G: -3,
-        H: -1,
-        I: 0,
-        L: 0,
-        K: -3,
-        M: 0,
-        F: 6,
-        P: -4,
-        S: -2,
-        T: -2,
-        W: 1,
-        Y: 3,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    P: {
-        A: -1,
-        R: -2,
-        N: -2,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: -1,
-        M: -2,
-        F: -4,
-        P: 7,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -2,
-        B: -2,
-        Z: -1,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    S: {
-        A: 1,
-        R: -1,
-        N: 1,
-        D: 0,
-        C: -1,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: 0,
-        H: -1,
-        I: -2,
-        L: -2,
-        K: 0,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 4,
-        T: 1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 0,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    T: {
-        A: 0,
-        R: -1,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -1,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 1,
-        T: 5,
-        W: -2,
-        Y: -2,
-        V: 0,
-        B: -1,
-        Z: -1,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    W: {
-        A: -3,
-        R: -3,
-        N: -4,
-        D: -4,
-        C: -2,
-        Q: -2,
-        E: -3,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: -3,
-        M: -1,
-        F: 1,
-        P: -4,
-        S: -3,
-        T: -2,
-        W: 11,
-        Y: 2,
-        V: -3,
-        B: -4,
-        Z: -3,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    Y: {
-        A: -2,
-        R: -2,
-        N: -2,
-        D: -3,
-        C: -2,
-        Q: -1,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: 2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -2,
-        M: -1,
-        F: 3,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -2,
-        W: 2,
-        Y: 7,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    V: {
-        A: 0,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: -2,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: -3,
-        I: 3,
-        L: 1,
-        K: -2,
-        M: 1,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: -2,
-        T: 0,
-        W: -3,
-        Y: -1,
-        V: 4,
-        B: -3,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    B: {
-        A: -2,
-        R: -1,
-        N: 3,
-        D: 4,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 1,
-        G: -1,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -4,
-        K: 0,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: 4,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    Z: {
-        A: -1,
-        R: 0,
-        N: 0,
-        D: 1,
-        C: -3,
-        Q: 3,
-        E: 4,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 1,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 1,
-        Z: 4,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    X: {
-        A: 0,
-        R: -1,
-        N: -1,
-        D: -1,
-        C: -2,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -1,
-        H: -1,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: 0,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: -1,
-        B: -1,
-        Z: -1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    '*': {
-        A: -4,
-        R: -4,
-        N: -4,
-        D: -4,
-        C: -4,
-        Q: -4,
-        E: -4,
-        G: -4,
-        H: -4,
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-        L: -4,
-        K: -4,
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-        P: -4,
-        S: -4,
-        T: -4,
-        W: -4,
-        Y: -4,
-        V: -4,
-        B: -4,
-        Z: -4,
-        X: -4,
-        '*': 1,
-    },
-};
+import BLOSUM62 from './blosum62';
 function getScore(a, b) {
     const upper_a = a.toUpperCase();
     const upper_b = b.toUpperCase();
@@ -634,9 +6,6 @@ function getScore(a, b) {
 }
 const GAP_OPEN = -10;
 const GAP_EXTEND = -0.5;
-/**
- * Needleman-Wunsch global alignment algorithm
- */
 export function needlemanWunsch(seq1, seq2, gapOpen = GAP_OPEN, gapExtend = GAP_EXTEND) {
     const m = seq1.length;
     const n = seq2.length;
@@ -741,10 +110,6 @@ export function runPairwiseAlignment(seq1, seq2) {
         ],
     };
 }
-/**
- * Build coordinate mappings from a pairwise alignment
- * Maps between ungapped positions in seq1 and seq2
- */
 export function buildAlignmentMaps(pairwiseAlignment) {
     const seq1 = pairwiseAlignment.alns[0].seq;
     const seq2 = pairwiseAlignment.alns[1].seq;

package/dist/MsaViewPanel/pairwiseAlignment.js.map

@@ -1 +1 @@
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