flower-trellis 0.2.5-beta.2 → 0.3.0-beta.1

package/README.md

@@ -96,7 +96,7 @@ flower banner → 平台多选菜单 → Trellis 原生交互(模板 / monorepo
 ```
 
 - **统一品牌头部**:Trellis 子进程在伪终端(`node-pty`)中运行,其原生的模板 / monorepo / 冲突等交互完整保留,但重复打印的启动 banner 被过滤,全程只呈现一个 flower banner。
-- **按平台铺设技能**:Claude 铺到 `.claude/skills`,Codex / Gemini 等铺到 `.agents/skills`;并对 codex 做后处理(注释 `config.toml` 的 `[features.multi_agent_v2]`、补全 `hooks.json` 的 `SessionStart`)。
+- **按平台铺设技能**:Claude 铺到 `.claude/skills`,Codex / Gemini 等铺到 `.agents/skills`;并对 codex 做后处理(兼容清理旧 `config.toml` 的 `[features.multi_agent_v2]`,在保留上游 hooks 的基础上补全 `SessionStart`)。
 - **幂等执行**:`workflow.md` 注入前先按 `BEGIN/END` 标记清除旧块再重注入(块数恒定,不会翻倍,首次注入前备份 `.bak`);技能文件覆盖式铺设,并通过 `.trellis/.flower-manifest.json` 记录已铺路径,升级时删除已淘汰项。
 - **安全中止**:`Ctrl+C` 取消后不会继续叠加。
 

package/enhancements/0.6/.agents/skills/trellis-push/SKILL.md

@@ -44,7 +44,7 @@ Step 5  写入已确认的任务进度快照，并补齐运行后字段
 Step 6  输出结果
 ```
 
-除非出现“计划变化、执行失败重试、用户调整 snapshot、父仓出现额外 dirty 文件、merge 冲突”等情况，否则不要在执行中途追加新的确认问题。
+除非出现“计划变化、执行失败重试、用户调整 snapshot、父仓 staged/冲突/task 文件预脏等 bookkeeping 安全条件不满足、merge 冲突”等情况，否则不要在执行中途追加新的确认问题。
 
 ---
 
@@ -120,7 +120,12 @@ git log <base_branch>..HEAD --oneline
 - 有未合并状态、rebase 状态或 merge 冲突残留：立即停止，展示状态；不要继续生成执行计划。
 - 当前分支为空、detached HEAD、或无法确认分支：停止并说明原因。
 - dirty 文件必须按来源分组：**AI 本轮编辑** 与 **未识别 dirty 文件**。未识别 dirty 文件默认不纳入提交计划。
-- 如果父仓（含 `.trellis/` 的仓库）后续要写 snapshot，先记录父仓当前 `git status --short`，供 Step 5 判断是否有额外 dirty 文件。
+- 如果父仓（含 `.trellis/` 的仓库）后续要写 snapshot，先记录父仓当前 `git status --porcelain`，供 Step 5 判断：
+  - 是否存在未合并 / 冲突状态；
+  - 是否存在与本次 bookkeeping 无关的 staged 文件；
+  - `<task_dir>/task.json` 是否在写入前已经 dirty；
+  - reconfigure 场景下 `.trellis/config.yaml` 是否在写入前已经 dirty 且未在统一计划中确认。
+  父仓存在无关、未暂存 dirty 文件本身不阻塞 snapshot；这些文件只需要在计划或结果中提示会保留未提交。
 
 ---
 
@@ -225,6 +230,8 @@ commit-only 模式下，字段名仍保持 `pushed_commits` 以兼容恢复逻
 ### 父仓 bookkeeping
 
 - <跳过原因，或仅提交 `<task_dir>/task.json`>
+- 无关未暂存 dirty：<list 或 无>（保留未提交，不阻塞 snapshot commit）
+- 无关 staged / 冲突 / 目标文件预脏：<list 或 无>（有则停止，需处理后重新计划）
 
 确认后将按上述计划执行。回复 `ok` / `行` / `确认` 执行；回复 `skip snapshot` 跳过快照；回复修改意见则先更新计划；回复 `manual` / `我自己来` 则停止。
 ```
@@ -334,6 +341,15 @@ git checkout <current_branch>
 - `pushed_commits`：各 package 的短 hash
 - `notes`：保留已确认 notes；commit-only 模式追加“本地已提交，未推送”
 
+写入前先复核目标文件：
+
+```bash
+git status --porcelain -- <task_json_path> [".trellis/config.yaml"]
+```
+
+- `<task_json_path>` 如果在本次写入前已经 dirty，且该 dirty 未在统一计划中确认：立即停止并说明原因，避免覆盖或混入别人对同一任务文件的修改。
+- reconfigure 场景下，`.trellis/config.yaml` 如果在本次回写前已经 dirty，且未在统一计划中确认：立即停止并说明原因。
+
 写入方式：
 
 1. 读 `<task_dir>/task.json`
@@ -349,15 +365,21 @@ git checkout <current_branch>
 写完 snapshot 后，在父仓根目录执行：
 
 ```bash
-git status --short
+git status --porcelain
+git diff --name-only --cached
 ```
 
-只允许自动处理统一计划中确认过的文件：
+bookkeeping 的自动处理范围只允许统一计划中确认过的文件：
 
 - `<task_dir>/task.json`
 - 如果 Step 4 选择了 reconfigure：`.trellis/config.yaml`
 
-如果父仓 status 显示其它改动，立即停止并询问用户如何处理。不要静默打包。
+检查规则：
+
+- 如果存在未合并路径、rebase 状态或 merge 冲突残留：立即停止，展示状态。
+- 如果 `git diff --name-only --cached` 显示除上述允许文件之外的 staged 文件：立即停止，说明这些 staged 文件会被普通 commit 混入，必须先处理或重新确认。
+- 如果存在除上述允许文件之外的**未暂存** dirty 文件：不要阻塞；保留它们未暂存，并在结果中提示“未纳入 snapshot commit”。
+- 如果允许文件之外的 dirty 同时被 staged 和 unstaged 修改，按 staged 风险处理：立即停止。
 
 如果父仓也是本次业务仓库，snapshot / config bookkeeping 仍然使用单独 commit，不和业务 commit 混合。
 
@@ -365,9 +387,11 @@ git status --short
 
 ```bash
 git add <task_json_path> [".trellis/config.yaml"]
-git commit -m "chore(task): update <task_name> push snapshot"
+git commit --only -m "chore(task): update <task_name> push snapshot" -- <task_json_path> [".trellis/config.yaml"]
 ```
 
+`git commit --only ... -- <paths>` 的目的是把 bookkeeping commit 限定到当前任务的 `task.json`（以及已确认的 `config.yaml`），即使父仓还有无关未暂存 dirty 文件，也不会把它们带入本次提交。执行前仍必须确认 staged 区没有无关文件；如果本地 Git 对 `--only` 参数不兼容，只有在 staged 区确认仅包含上述允许文件时，才可退回普通 `git commit -m ...`。
+
 检查父仓是否配置 remote：
 
 ```bash
@@ -393,6 +417,7 @@ git remote -v | grep -E "^origin\s+"
 
 任务进度快照：已写入 `<task_dir>/task.json`，完成 Step 1-3，下一步 Step 5。
 父仓同步：已提交并推送 `chore(task): update <task_name> push snapshot`。
+父仓存在未暂存 dirty 时补充：这些文件已保留未暂存，未纳入 snapshot commit：<list>
 ```
 
 如果部分仓库已成功、后续失败，必须明确列出：
@@ -410,7 +435,7 @@ git remote -v | grep -E "^origin\s+"
 2. **未识别 dirty 文件隔离** — 默认不纳入提交，除非用户明确确认。
 3. **执行前复核** — git 状态与计划不一致时停止，不临时扩展范围。
 4. **snapshot 合并确认** — 语义字段执行前确认，运行后字段执行后补齐。
-5. **父仓 bookkeeping 隔离** — 只提交已确认的 `task.json` / `config.yaml`，其它 dirty 文件必须询问。
+5. **父仓 bookkeeping 隔离** — 只提交已确认的 `task.json` / `config.yaml`；无关未暂存 dirty 文件保留未提交并提示，不阻塞；无关 staged 文件、冲突状态、目标文件预脏必须停止。
 6. **merge 冲突处理** — 冲突时暂停，不静默跳过。
 7. **主分支保护** — 目标分支是 `master` / `main` 时必须在计划中额外警告确认。
 8. **不使用 force push** — 始终使用普通 push。
@@ -426,6 +451,8 @@ git remote -v | grep -E "^origin\s+"
 - ❌ push 后临时追问 merge，而不是在计划中提前确认
 - ❌ snapshot 语义内容未确认就写入 task.json
 - ❌ 父仓 snapshot commit 混入业务代码提交
+- ❌ 父仓存在无关未暂存 dirty 就跳过 snapshot，尽管可以只提交目标 `task.json`
+- ❌ 父仓已有无关 staged 文件时仍执行 snapshot commit
 - ❌ merge 冲突后静默 abort 或跳过
 - ❌ force push 到当前分支或目标分支
 - ❌ 在目标分支上直接开发（只 merge，不在目标分支上改代码）

package/enhancements/0.6/.agents/skills/trellis-route/SKILL.md

@@ -20,6 +20,8 @@ description: |
 
 个人 route 配置只决定“已获准执行后的模式”，不是开工授权。读取 `.trellis/.route-prefs.tmp` 前，必须确认当前 workflow 已允许进入对应 target：implement 需要任务已完成规划确认并处于 `in_progress`；check 需要已有本轮实现变更或用户明确要求检查。如果仍在 planning、等待用户确认，或用户表达“等一下 / 我再想想”，停止，不读取个人配置。
 
+Codex inline mode 只表示主会话默认直接执行，不是 route 选项过滤器。即使当前上下文出现 `<codex-mode>inline...do not dispatch...</codex-mode>` 或 `workflow-state:in_progress-inline`，也不能推断“只能 inline”或跳过 subagent 选项；仍必须读取 `.trellis/.route-prefs.tmp`，或在无有效配置时展示正常 inline/subagent 选项。若本 skill 的紧邻路由决定是 subagent，本步骤允许主 agent dispatch 对应 implement/check sub-agent；禁止的是绕过 `trellis-route` 直接 dispatch。
+
 先判断本次路由目标：
 
 - `target=implement`：决定 `inline` / `subagent`。
@@ -239,6 +241,7 @@ OLD_CHECK=$(awk -F= '$1=="check"{print $2}' "$PREF_FILE" 2>/dev/null | tail -n 1
 5. **轻量 check 是隐藏逃生口**：只有用户明确请求 `light check` / `轻量检查` 时才可走轻量 `trellis-check`。
 6. **决策与执行分离**：本 skill 只输出指令，下一轮由主 agent 调工具。
 7. **严格执行用户选择**：路由结论一旦输出，主 agent 必须按指令执行，不可“出于谨慎”再换路径。
+8. **Codex inline 不裁剪选项**：Codex inline 是默认执行模式，不是只能 inline 的强制模式；route 明确选中 subagent 时，本步骤可按 subagent 路径执行。
 
 ---
 
@@ -252,6 +255,7 @@ OLD_CHECK=$(awk -F= '$1=="check"{print $2}' "$PREF_FILE" 2>/dev/null | tail -n 1
 - `AskUserQuestion` / `request_user_input` 不可用时，记录为 inline 或 subagent 路径并继续。
 - 给 check 任何模式附加“跳过编译”指令。
 - 询问后忽视用户答案默认 subagent。
+- 因 `<codex-mode>` 或 `in_progress-inline` 提到 inline，就自行把无配置 route 结果改成 inline 或隐藏 subagent 选项。
 
 ---
 

package/enhancements/0.6/.claude/skills/trellis-push/SKILL.md

@@ -44,7 +44,7 @@ Step 5  写入已确认的任务进度快照，并补齐运行后字段
 Step 6  输出结果
 ```
 
-除非出现“计划变化、执行失败重试、用户调整 snapshot、父仓出现额外 dirty 文件、merge 冲突”等情况，否则不要在执行中途追加新的确认问题。
+除非出现“计划变化、执行失败重试、用户调整 snapshot、父仓 staged/冲突/task 文件预脏等 bookkeeping 安全条件不满足、merge 冲突”等情况，否则不要在执行中途追加新的确认问题。
 
 ---
 
@@ -120,7 +120,12 @@ git log <base_branch>..HEAD --oneline
 - 有未合并状态、rebase 状态或 merge 冲突残留：立即停止，展示状态；不要继续生成执行计划。
 - 当前分支为空、detached HEAD、或无法确认分支：停止并说明原因。
 - dirty 文件必须按来源分组：**AI 本轮编辑** 与 **未识别 dirty 文件**。未识别 dirty 文件默认不纳入提交计划。
-- 如果父仓（含 `.trellis/` 的仓库）后续要写 snapshot，先记录父仓当前 `git status --short`，供 Step 5 判断是否有额外 dirty 文件。
+- 如果父仓（含 `.trellis/` 的仓库）后续要写 snapshot，先记录父仓当前 `git status --porcelain`，供 Step 5 判断：
+  - 是否存在未合并 / 冲突状态；
+  - 是否存在与本次 bookkeeping 无关的 staged 文件；
+  - `<task_dir>/task.json` 是否在写入前已经 dirty；
+  - reconfigure 场景下 `.trellis/config.yaml` 是否在写入前已经 dirty 且未在统一计划中确认。
+  父仓存在无关、未暂存 dirty 文件本身不阻塞 snapshot；这些文件只需要在计划或结果中提示会保留未提交。
 
 ---
 
@@ -225,6 +230,8 @@ commit-only 模式下，字段名仍保持 `pushed_commits` 以兼容恢复逻
 ### 父仓 bookkeeping
 
 - <跳过原因，或仅提交 `<task_dir>/task.json`>
+- 无关未暂存 dirty：<list 或 无>（保留未提交，不阻塞 snapshot commit）
+- 无关 staged / 冲突 / 目标文件预脏：<list 或 无>（有则停止，需处理后重新计划）
 
 确认后将按上述计划执行。回复 `ok` / `行` / `确认` 执行；回复 `skip snapshot` 跳过快照；回复修改意见则先更新计划；回复 `manual` / `我自己来` 则停止。
 ```
@@ -334,6 +341,15 @@ git checkout <current_branch>
 - `pushed_commits`：各 package 的短 hash
 - `notes`：保留已确认 notes；commit-only 模式追加“本地已提交，未推送”
 
+写入前先复核目标文件：
+
+```bash
+git status --porcelain -- <task_json_path> [".trellis/config.yaml"]
+```
+
+- `<task_json_path>` 如果在本次写入前已经 dirty，且该 dirty 未在统一计划中确认：立即停止并说明原因，避免覆盖或混入别人对同一任务文件的修改。
+- reconfigure 场景下，`.trellis/config.yaml` 如果在本次回写前已经 dirty，且未在统一计划中确认：立即停止并说明原因。
+
 写入方式：
 
 1. 读 `<task_dir>/task.json`
@@ -349,15 +365,21 @@ git checkout <current_branch>
 写完 snapshot 后，在父仓根目录执行：
 
 ```bash
-git status --short
+git status --porcelain
+git diff --name-only --cached
 ```
 
-只允许自动处理统一计划中确认过的文件：
+bookkeeping 的自动处理范围只允许统一计划中确认过的文件：
 
 - `<task_dir>/task.json`
 - 如果 Step 4 选择了 reconfigure：`.trellis/config.yaml`
 
-如果父仓 status 显示其它改动，立即停止并询问用户如何处理。不要静默打包。
+检查规则：
+
+- 如果存在未合并路径、rebase 状态或 merge 冲突残留：立即停止，展示状态。
+- 如果 `git diff --name-only --cached` 显示除上述允许文件之外的 staged 文件：立即停止，说明这些 staged 文件会被普通 commit 混入，必须先处理或重新确认。
+- 如果存在除上述允许文件之外的**未暂存** dirty 文件：不要阻塞；保留它们未暂存，并在结果中提示“未纳入 snapshot commit”。
+- 如果允许文件之外的 dirty 同时被 staged 和 unstaged 修改，按 staged 风险处理：立即停止。
 
 如果父仓也是本次业务仓库，snapshot / config bookkeeping 仍然使用单独 commit，不和业务 commit 混合。
 
@@ -365,9 +387,11 @@ git status --short
 
 ```bash
 git add <task_json_path> [".trellis/config.yaml"]
-git commit -m "chore(task): update <task_name> push snapshot"
+git commit --only -m "chore(task): update <task_name> push snapshot" -- <task_json_path> [".trellis/config.yaml"]
 ```
 
+`git commit --only ... -- <paths>` 的目的是把 bookkeeping commit 限定到当前任务的 `task.json`（以及已确认的 `config.yaml`），即使父仓还有无关未暂存 dirty 文件，也不会把它们带入本次提交。执行前仍必须确认 staged 区没有无关文件；如果本地 Git 对 `--only` 参数不兼容，只有在 staged 区确认仅包含上述允许文件时，才可退回普通 `git commit -m ...`。
+
 检查父仓是否配置 remote：
 
 ```bash
@@ -393,6 +417,7 @@ git remote -v | grep -E "^origin\s+"
 
 任务进度快照：已写入 `<task_dir>/task.json`，完成 Step 1-3，下一步 Step 5。
 父仓同步：已提交并推送 `chore(task): update <task_name> push snapshot`。
+父仓存在未暂存 dirty 时补充：这些文件已保留未暂存，未纳入 snapshot commit：<list>
 ```
 
 如果部分仓库已成功、后续失败，必须明确列出：
@@ -410,7 +435,7 @@ git remote -v | grep -E "^origin\s+"
 2. **未识别 dirty 文件隔离** — 默认不纳入提交，除非用户明确确认。
 3. **执行前复核** — git 状态与计划不一致时停止，不临时扩展范围。
 4. **snapshot 合并确认** — 语义字段执行前确认，运行后字段执行后补齐。
-5. **父仓 bookkeeping 隔离** — 只提交已确认的 `task.json` / `config.yaml`，其它 dirty 文件必须询问。
+5. **父仓 bookkeeping 隔离** — 只提交已确认的 `task.json` / `config.yaml`；无关未暂存 dirty 文件保留未提交并提示，不阻塞；无关 staged 文件、冲突状态、目标文件预脏必须停止。
 6. **merge 冲突处理** — 冲突时暂停，不静默跳过。
 7. **主分支保护** — 目标分支是 `master` / `main` 时必须在计划中额外警告确认。
 8. **不使用 force push** — 始终使用普通 push。
@@ -426,6 +451,8 @@ git remote -v | grep -E "^origin\s+"
 - ❌ push 后临时追问 merge，而不是在计划中提前确认
 - ❌ snapshot 语义内容未确认就写入 task.json
 - ❌ 父仓 snapshot commit 混入业务代码提交
+- ❌ 父仓存在无关未暂存 dirty 就跳过 snapshot，尽管可以只提交目标 `task.json`
+- ❌ 父仓已有无关 staged 文件时仍执行 snapshot commit
 - ❌ merge 冲突后静默 abort 或跳过
 - ❌ force push 到当前分支或目标分支
 - ❌ 在目标分支上直接开发（只 merge，不在目标分支上改代码）

package/enhancements/0.6/.claude/skills/trellis-route/SKILL.md

@@ -20,6 +20,8 @@ description: |
 
 个人 route 配置只决定“已获准执行后的模式”，不是开工授权。读取 `.trellis/.route-prefs.tmp` 前，必须确认当前 workflow 已允许进入对应 target：implement 需要任务已完成规划确认并处于 `in_progress`；check 需要已有本轮实现变更或用户明确要求检查。如果仍在 planning、等待用户确认，或用户表达“等一下 / 我再想想”，停止，不读取个人配置。
 
+Codex inline mode 只表示主会话默认直接执行，不是 route 选项过滤器。即使当前上下文出现 `<codex-mode>inline...do not dispatch...</codex-mode>` 或 `workflow-state:in_progress-inline`，也不能推断“只能 inline”或跳过 subagent 选项；仍必须读取 `.trellis/.route-prefs.tmp`，或在无有效配置时展示正常 inline/subagent 选项。若本 skill 的紧邻路由决定是 subagent，本步骤允许主 agent dispatch 对应 implement/check sub-agent；禁止的是绕过 `trellis-route` 直接 dispatch。
+
 先判断本次路由目标：
 
 - `target=implement`：决定 `inline` / `subagent`。
@@ -239,6 +241,7 @@ OLD_CHECK=$(awk -F= '$1=="check"{print $2}' "$PREF_FILE" 2>/dev/null | tail -n 1
 5. **轻量 check 是隐藏逃生口**：只有用户明确请求 `light check` / `轻量检查` 时才可走轻量 `trellis-check`。
 6. **决策与执行分离**：本 skill 只输出指令，下一轮由主 agent 调工具。
 7. **严格执行用户选择**：路由结论一旦输出，主 agent 必须按指令执行，不可“出于谨慎”再换路径。
+8. **Codex inline 不裁剪选项**：Codex inline 是默认执行模式，不是只能 inline 的强制模式；route 明确选中 subagent 时，本步骤可按 subagent 路径执行。
 
 ---
 
@@ -252,6 +255,7 @@ OLD_CHECK=$(awk -F= '$1=="check"{print $2}' "$PREF_FILE" 2>/dev/null | tail -n 1
 - `AskUserQuestion` / `request_user_input` 不可用时，记录为 inline 或 subagent 路径并继续。
 - 给 check 任何模式附加“跳过编译”指令。
 - 询问后忽视用户答案默认 subagent。
+- 因 `<codex-mode>` 或 `in_progress-inline` 提到 inline，就自行把无配置 route 结果改成 inline 或隐藏 subagent 选项。
 
 ---
 

package/enhancements/0.6/overrides/workflow-states/in_progress-inline.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 <!-- BEGIN skill-garden workflow-state in_progress_inline v0.6 -->
 HIGHEST PRIORITY SKILL-GARDEN STATE GUARD (in_progress-inline):
-Inline mode does not skip `trellis-route`: before implementation, route `implement` first; before checking, route `check` first. Only after the route selects inline should the main session run `trellis-before-dev`, edit code, or run `trellis-check` / `trellis-check-all`.
+Inline mode does not skip or constrain `trellis-route`: before implementation, route `implement` first; before checking, route `check` first. The default inline flow is direct main-session work, but if the immediate route decision selects subagent, that decision permits dispatch for this step.
 After `trellis-check` / `trellis-check-all`, stop and report; do not run `/trellis:finish-work` unless the user explicitly asks after Phase 3.4 is complete.
 This guard overrides any lower `Flow: ... -> /trellis:finish-work` line in this state block.
 At Phase 3.4, code commit/push still goes through `trellis-push` (commit-only for commit-without-push); never bare `git commit`/`git push` on code (hub: Code Commit Confirmation Gate).

package/enhancements/MANIFEST.json

@@ -1,7 +1,7 @@
 {
-  "syncedAt": "2026-06-16T03:01:51.011Z",
+  "syncedAt": "2026-06-16T11:04:55.690Z",
   "syncedFrom": "vendor/skill-garden/.trellis",
-  "sourceCommit": "427b088bc8f07a93d366cb2128da0bdf7b2e35e1",
+  "sourceCommit": "987263bc8fce1e6057ba5624a9f8d1c8d4d40fe4",
   "variants": {
     "old": {
       "claudeSkills": [],

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "flower-trellis",
-  "version": "0.2.5-beta.2",
+  "version": "0.3.0-beta.1",
   "description": "一键安装/升级 Trellis 并自动融合 skill-garden 强化包(默认 Claude + agents)",
   "type": "module",
   "bin": {
@@ -13,7 +13,7 @@
   },
   "dependencies": {
     "@inquirer/prompts": "^8.5.2",
-    "@mindfoldhq/trellis": "0.6.0-beta.8",
+    "@mindfoldhq/trellis": "0.6.0",
     "chalk": "^5.6.2",
     "figlet": "^1.11.0",
     "node-pty": "^1.1.0"

package/src/lib/apply-enhancements.js

@@ -129,13 +129,16 @@ export function applyEnhancements(target, opts = {}) {
     }
   }
 
-  // codex 平台后处理:注释 config.toml 的 multi_agent_v2 + 挂上 SessionStart hook(仅当 .codex/ 存在)
+  // codex 平台后处理:旧 multi_agent_v2 兼容清理 + 合并 SessionStart hook + 强制 sub-agent 调度
   const codex = applyCodexTweaks(target);
   if (codex.applied) {
     const seg = codex.tomlChanged
-      ? "config.toml 已注释 multi_agent_v2"
-      : "config.toml(multi_agent_v2 已是注释态)";
-    console.log(`  ✓ codex 调整:${seg};hooks.json = SessionStart + UserPromptSubmit`);
+      ? "config.toml 已清理旧 multi_agent_v2"
+      : "config.toml 无需清理 multi_agent_v2";
+    const dispatch = codex.dispatchModeChanged
+      ? "dispatch_mode 已强制为 sub-agent"
+      : "dispatch_mode 已是 sub-agent";
+    console.log(`  ✓ codex 调整:${seg};hooks.json 已合并 SessionStart;${dispatch}`);
   }
 
   return { variant, installed };

package/src/lib/codex-tweaks.js

@@ -5,38 +5,153 @@ import path from "node:path";
  * flower-trellis 对 Trellis 生成的 codex 配置的定制后处理。
  *
  * 仅当目标项目已配置 codex 平台(存在 .codex/)时生效;在 init / update 叠加阶段调用,幂等。
- * 做两件事:
- *   1. 注释掉 .codex/config.toml 的 [features.multi_agent_v2] 段;
- *   2. 用指定内容覆盖 .codex/hooks.json —— 在 Trellis 默认(仅 UserPromptSubmit)基础上挂 SessionStart。
+ * 做三件事:
+ *   1. 兼容旧 Trellis:注释掉 .codex/config.toml 的 [features.multi_agent_v2] 段;
+ *   2. 合并 .codex/hooks.json —— 保留 Trellis 上游 hook 设置,只补 flower 需要的 SessionStart。
+ *   3. 强制 .trellis/config.yaml 的 codex.dispatch_mode 为 sub-agent。
  */
 
-// 期望的 .codex/hooks.json。两个脚本均由 Trellis codex configurator 写入 .codex/hooks/。
-const CODEX_HOOKS = {
-  hooks: {
-    SessionStart: [
-      {
-        hooks: [
-          {
-            type: "command",
-            command: "python3 .codex/hooks/session-start.py",
-            timeout: 5,
-          },
-        ],
-      },
-    ],
-    UserPromptSubmit: [
-      {
-        hooks: [
-          {
-            type: "command",
-            command: "python3 .codex/hooks/inject-workflow-state.py",
-            timeout: 5,
-          },
-        ],
-      },
-    ],
-  },
-};
+const WORKFLOW_HOOK_SCRIPT = ".codex/hooks/inject-workflow-state.py";
+const SESSION_START_SCRIPT = ".codex/hooks/session-start.py";
+const CODEX_DISPATCH_MODE = "sub-agent";
+
+/** 返回一行开头的空白缩进。 */
+function leadingWhitespace(line) {
+  return line.match(/^\s*/)?.[0] || "";
+}
+
+/** 判断一行是否是未注释的顶层 YAML key。 */
+function isTopLevelKey(line) {
+  const trimmed = line.trim();
+  return Boolean(trimmed && !trimmed.startsWith("#") && !leadingWhitespace(line) && /^[^:#]+:/.test(trimmed));
+}
+
+/** 找到未注释的顶层 `codex:` 块行号。 */
+function findCodexBlockStart(lines) {
+  return lines.findIndex((line) => {
+    const trimmed = line.trim();
+    return isTopLevelKey(line) && /^codex\s*:/.test(trimmed);
+  });
+}
+
+/** 找到 YAML 顶层块结束位置,注释和空行不结束当前块。 */
+function findTopLevelBlockEnd(lines, start) {
+  for (let i = start + 1; i < lines.length; i += 1) {
+    if (isTopLevelKey(lines[i])) return i;
+  }
+  return lines.length;
+}
+
+/** 按逗号拆分 YAML inline map 内容,保留引号内逗号。 */
+function splitInlineMapItems(content) {
+  const items = [];
+  let quote = "";
+  let token = "";
+  for (const ch of content) {
+    if (quote) {
+      token += ch;
+      if (ch === quote) quote = "";
+      continue;
+    }
+    if (ch === "\"" || ch === "'") {
+      quote = ch;
+      token += ch;
+      continue;
+    }
+    if (ch === ",") {
+      if (token.trim()) items.push(token.trim());
+      token = "";
+      continue;
+    }
+    token += ch;
+  }
+  if (token.trim()) items.push(token.trim());
+  return items;
+}
+
+/** 解析简单 YAML inline map,失败时返回 null。 */
+function parseInlineMapEntries(value) {
+  if (!value.startsWith("{") || !value.endsWith("}")) return null;
+  const body = value.slice(1, -1).trim();
+  if (!body) return [];
+  const entries = [];
+  for (const item of splitInlineMapItems(body)) {
+    const [key, ...rest] = item.split(":");
+    if (!key || rest.length === 0) return null;
+    entries.push({ key: key.trim(), value: rest.join(":").trim() });
+  }
+  return entries;
+}
+
+/**
+ * 强制目标项目 `.trellis/config.yaml` 使用 Codex sub-agent 调度。
+ *
+ * Trellis 默认缺失该字段时按 inline 注入 `<codex-mode>`,会让 route 误判 subagent
+ * 不可执行。flower 在 Codex 目标上直接写真实配置,避免依赖注释示例或模型推断。
+ *
+ * @param {string} configPath 目标项目 `.trellis/config.yaml` 路径
+ * @returns {boolean} 是否写入
+ */
+function forceCodexDispatchMode(configPath) {
+  const current = fs.existsSync(configPath) ? fs.readFileSync(configPath, "utf8") : "";
+  const normalized = current.replace(/\r\n/g, "\n");
+  const hadFinalNewline = normalized.endsWith("\n");
+  const lines = normalized.length === 0
+    ? []
+    : normalized.replace(/\n$/, "").split("\n");
+
+  const codexStart = findCodexBlockStart(lines);
+  if (codexStart === -1) {
+    if (lines.length > 0 && lines[lines.length - 1].trim()) lines.push("");
+    lines.push("codex:", `  dispatch_mode: ${CODEX_DISPATCH_MODE}`);
+  } else {
+    const blockEnd = findTopLevelBlockEnd(lines, codexStart);
+    const codexMatch = lines[codexStart].match(/^(\s*)codex\s*:\s*(.*)$/);
+    const codexIndent = codexMatch?.[1] || "";
+    const codexValue = (codexMatch?.[2] || "").trim();
+    const inlineEntries = parseInlineMapEntries(codexValue);
+    if (inlineEntries) {
+      const nextLines = [`${codexIndent}codex:`];
+      let hasDispatchMode = false;
+      for (const entry of inlineEntries) {
+        if (entry.key === "dispatch_mode") {
+          hasDispatchMode = true;
+          nextLines.push(`${codexIndent}  dispatch_mode: ${CODEX_DISPATCH_MODE}`);
+        } else {
+          nextLines.push(`${codexIndent}  ${entry.key}: ${entry.value}`);
+        }
+      }
+      if (!hasDispatchMode) {
+        nextLines.splice(1, 0, `${codexIndent}  dispatch_mode: ${CODEX_DISPATCH_MODE}`);
+      }
+      lines.splice(codexStart, 1, ...nextLines);
+    } else if (codexValue && !codexValue.startsWith("#")) {
+      lines[codexStart] = `${codexIndent}codex:`;
+    }
+
+    const nextBlockEnd = inlineEntries
+      ? findTopLevelBlockEnd(lines, codexStart)
+      : blockEnd;
+    const dispatchIndex = lines.findIndex((line, index) => {
+      if (index <= codexStart || index >= nextBlockEnd) return false;
+      const trimmed = line.trim();
+      return Boolean(trimmed && !trimmed.startsWith("#") && /^dispatch_mode\s*:/.test(trimmed));
+    });
+
+    if (dispatchIndex === -1) {
+      lines.splice(codexStart + 1, 0, `${codexIndent}  dispatch_mode: ${CODEX_DISPATCH_MODE}`);
+    } else {
+      const indent = leadingWhitespace(lines[dispatchIndex]);
+      lines[dispatchIndex] = `${indent}dispatch_mode: ${CODEX_DISPATCH_MODE}`;
+    }
+  }
+
+  const desired = lines.join("\n") + (hadFinalNewline || lines.length > 0 ? "\n" : "");
+  if (current === desired) return false;
+  fs.mkdirSync(path.dirname(configPath), { recursive: true });
+  fs.writeFileSync(configPath, desired);
+  return true;
+}
 
 /**
  * 注释掉 config.toml 里的 [features.multi_agent_v2] 段(段头 + 段内键,直到下一个 section)。
@@ -82,17 +197,82 @@ function commentMultiAgentV2(tomlPath) {
 }
 
 /**
- * 用 flower 指定内容覆盖 .codex/hooks.json。幂等:内容一致则不写。
- * @returns {boolean} 是否写入
+ * 容错读取 JSON 文件;缺失或格式异常时返回空 hooks 壳。
+ * @param {string} hooksPath .codex/hooks.json 路径
+ * @returns {{hooks: object}}
  */
-function rewriteHooks(hooksPath) {
-  const desired = JSON.stringify(CODEX_HOOKS, null, 2) + "\n";
-  let current = null;
+function readHooksConfig(hooksPath) {
   try {
-    current = fs.readFileSync(hooksPath, "utf8");
+    const parsed = JSON.parse(fs.readFileSync(hooksPath, "utf8"));
+    if (parsed && typeof parsed === "object") {
+      const hooks = parsed.hooks && typeof parsed.hooks === "object" ? parsed.hooks : {};
+      return { ...parsed, hooks };
+    }
   } catch {
-    // 文件不存在,视为需要写
+    // 缺失或损坏时用空壳重建,避免 init/update 后处理失败中断主流程
   }
+  return { hooks: {} };
+}
+
+/**
+ * 从上游 UserPromptSubmit hook 推导 SessionStart 命令。
+ *
+ * Trellis 会按平台写入 Python 命令前缀和 UTF-8 参数;复用该命令能避免 flower
+ * 在 Windows / Linux / 未来模板之间写死不同的 Python 调用方式。
+ *
+ * @param {{hooks: object}} config hooks.json 配置
+ * @returns {string} SessionStart command
+ */
+function sessionStartCommand(config) {
+  const groups = Array.isArray(config.hooks.UserPromptSubmit)
+    ? config.hooks.UserPromptSubmit
+    : [];
+  for (const group of groups) {
+    const hooks = Array.isArray(group?.hooks) ? group.hooks : [];
+    for (const hook of hooks) {
+      if (hook?.type !== "command" || typeof hook.command !== "string") continue;
+      if (hook.command.includes(WORKFLOW_HOOK_SCRIPT)) {
+        return hook.command.replace(WORKFLOW_HOOK_SCRIPT, SESSION_START_SCRIPT);
+      }
+    }
+  }
+  return `python3 -X utf8 ${SESSION_START_SCRIPT}`;
+}
+
+/**
+ * 构造 flower 额外需要的 SessionStart hook。UserPromptSubmit 由 Trellis 上游维护,这里不覆盖。
+ * @param {{hooks: object}} config hooks.json 配置
+ * @returns {Array<object>} SessionStart hook 数组
+ */
+function sessionStartHook(config) {
+  return [
+    {
+      hooks: [
+        {
+          type: "command",
+          command: sessionStartCommand(config),
+          timeout: 30,
+        },
+      ],
+    },
+  ];
+}
+
+/**
+ * 合并 flower 需要的 SessionStart hook,保留 Trellis 上游 UserPromptSubmit 设置。
+ *
+ * Trellis 0.6.0 已把 UserPromptSubmit 的 UTF-8 与 timeout 策略写进模板;flower 只负责
+ * 补上 SessionStart,否则整文件覆盖会让上游模板改进在 update 后丢失。
+ *
+ * @param {string} hooksPath .codex/hooks.json 路径
+ * @returns {boolean} 是否写入
+ */
+function mergeHooks(hooksPath) {
+  const config = readHooksConfig(hooksPath);
+  config.hooks.SessionStart = sessionStartHook(config);
+
+  const desired = JSON.stringify(config, null, 2) + "\n";
+  const current = fs.existsSync(hooksPath) ? fs.readFileSync(hooksPath, "utf8") : "";
   if (current === desired) return false;
   fs.writeFileSync(hooksPath, desired);
   return true;
@@ -101,12 +281,13 @@ function rewriteHooks(hooksPath) {
 /**
  * codex 平台后处理入口。仅当 .codex/ 存在时执行。
  * @param {string} target 目标项目根
- * @returns {{applied: boolean, tomlChanged?: boolean, hooksWritten?: boolean}}
+ * @returns {{applied: boolean, tomlChanged?: boolean, hooksWritten?: boolean, dispatchModeChanged?: boolean}}
  */
 export function applyCodexTweaks(target) {
   const codexDir = path.join(target, ".codex");
   if (!fs.existsSync(codexDir)) return { applied: false };
   const tomlChanged = commentMultiAgentV2(path.join(codexDir, "config.toml"));
-  const hooksWritten = rewriteHooks(path.join(codexDir, "hooks.json"));
-  return { applied: true, tomlChanged, hooksWritten };
+  const hooksWritten = mergeHooks(path.join(codexDir, "hooks.json"));
+  const dispatchModeChanged = forceCodexDispatchMode(path.join(target, ".trellis", "config.yaml"));
+  return { applied: true, tomlChanged, hooksWritten, dispatchModeChanged };
 }