dsh-molbio-tools 0.20.0 → 0.21.0

package/CHANGELOG.md

@@ -10,6 +10,117 @@
   改为按**包名**引用后模块缓存问题随之消失——没有拷贝，也就没有需要保持同步的版本目录。
   下文历史条目里出现的 `vN` 目录保持原样，作为当时的记录。
 
+## [0.21.0] — 2026-10-23（DSH 0.2.1-rc.2 适配；两条 benchmark 欠账清零）
+
+**工具数不变（60），插件行为零改动。** 这是一次"只跟上游走"的版本：0.20.1 之后本机 harness
+升到 0.2.1-rc.2，`npm test` 立刻红了三处——组合漂移、契约断言、以及一条依赖旧 fixture 的
+漂移探针。三处都不是插件退化，但每一处都属于**守卫在说谎**，所以按发布阻断处理。
+
+### 1. preset 行清单按 0.2.1-rc.2 逐行重抄（12 处结构差异）
+
+- 上游 `standard` **新增** `time-context`、`tool-schedule`、`tool-plugin-market`；
+- **删除** `tool-subagent-codex` / `tool-subagent-claude-code`（两个 `disabled: true` 的可选
+  provider）与 `tool-ralph`；
+- **去掉** persona 的 `suffix: Your working directory is {{cwd}}.`，以及 `tool-subagent` /
+  `tool-subagent-fork` 的 `backgroundMode: continuable`；
+- plan-mode 的段落文案改为 "until the user approves your plan through exit_plan_mode…"。
+
+`agent.cordis.yml` 现在是上游 `config.plugins:` 块的**整体去缩进** + 末尾一行 `tool-molbio`；
+0.2.1 的上游文件不带行内注释，因此行内注释随之消失，来源与升级规则集中写在文件头部。
+`preset.patch.yml` 由 `build/preset-patch.mjs` 重新生成。
+
+### 2. `test/contract.mjs`：两条断言不再锚在 minified 字面量上
+
+- **client 入口**：改为按包自己的 `exports["./client"]`（`browser` 条件）解析。
+  0.2.1-rc.2 把 `@deepseek-ai/dsh-client-connection` 移到 `lib/client.browser.js`，旧断言
+  硬编码 `lib/client.js`，会把一个加载正常的包判死；同时 Web shell 已是打包产物、不再出现
+  `require("包名")`，"seeded into the shell" 兜底只剩代码路径。新增两个对照：没有
+  `./client` 导出的包必须解析为 `undefined`，以及移动过的入口必须解析到真实文件。
+- **`presentationMeta`**：0.2.1 删除了 `exec.parent === void 0` 闸门（投影移进
+  `createSuccessResult`，对每次成功执行都做）。断言改挂到卡片真正消费的东西：投影被
+  `snapshotProjection` 记录、并以 `meta` 附到成功结果上。
+
+### 3. `drift-probe`：突变样本换成上游仍存在的行
+
+上游删掉 `tool-ralph` 后，那条"上游 `disabled: true` 被丢掉"的突变在**空转**（`withRow`
+找不到目标，什么也没改，守卫却"通过"）。改用上游仍以 `disabled: true` 发布的
+`tool-plugin-manager`；14 条突变全部仍能被抓住。
+
+### 4. benchmark：profile 重建、两条欠账清零
+
+- preset 新增的两行宿主可承载行（`time-context`、`tool-schedule`）进入 headless profile，
+  `benchmark/profile.mjs` 重建 `molbio-bench`：**12 行宿主行，仍注册 60 个工具**。
+- `methylation-block` 与 `qpcr-primers` 的冻结响应停在 0.16.0 之前，`benchmark-score` 每次
+  都点名。本版用一次完整真实模型跑重录，并用 `_freeze-trace.mjs --replace` **只替换这两条**，
+  其余 47 条保持原样；`run.amendments` 记录每条替换来自哪一次跑分。fixture 现为
+  **49 条记录、0 条 suspended**。
+- 完整跑分（2026-10-23，DSH 0.2.1-rc.2，61 题）：**58/61** 通过，tool selection **60/61**、
+  arguments **60/61**、final answer **59/61**；11.2M tokens / 2161 s。
+  - `protein-props` 的失败是**断言不认千分位逗号**（答案写 `1,490`，断言写 `/1490/`）——
+    与 0.20.0 修过的 `/3935/` 同一类，当时漏了这一条。已改为 `1[,.]?490`，`--replay` 后
+    **59/61**。
+  - 剩余两条是**真实的模型遗漏**，不是产品缺陷：`dilution-math` 答案正确（50 µL + 950 µL）
+    却从未调用 `molbio_lab_math`；`batch-analysis` 写出了 CSV，但最终回答只说"报告已生成"，
+    没有报出指令要求的长度/特征数。
+- `_freeze-trace.mjs` 新增 `--replace id[,id…]`：只重录被修复作废的条目，其余记录与顺序原样
+  保留，并在 `run.amendments` 里写明每条替换的来源跑分——**替换的是真实录制，不是手改**。
+
+### 5. 未做 / 边界
+
+- **`png_path` 仍然不做**：`contract` 的"工作区仍不能存二进制文件"断言在 0.2.1-rc.2 上**仍然
+  通过**，说明上游 fs 缝依旧是 text-only；触发条件未到。
+- **面板版本保持 0.1.3**：`lib/client.js` 逐字节未变，`release-preflight` 复核为
+  "already published with identical bytes"，因此不 bump。
+
+### 6. 版本与验证
+
+- 根包 `0.20.1 → 0.21.0`；DSH 基线钉 **0.2.1-rc.2**（`.github/workflows/{test,release}.yml`、
+  preset 头注、`docs/workflow.md`、`docs/roadmap.md`、`docs/maintainer.md`）。
+- `npm test` 全绿：contract 16/16、drift-probe 14 条突变、preset-health 30 行全过、release
+  13 项、benchmark profile/score/coverage/changed、`bench --offline` 61 题。
+- 文档：roadmap 状态、history 的 v0.21.0 段（三条教训）、workflow 的升级提示同步。
+
+## [0.20.1] — 2026-10-18（插件专属图标）
+
+**工具数不变（60），运行时零改动；包内只多一个 746 B 的 SVG。**
+
+### 1. 插件管理器为什么一直显示默认插画
+
+DSH 的插件管理器从包根的清单 `icon` 或导出的 `./icon` 读取展示图，读到的字节会转成
+base64 data URL 交给 `PackageArtwork`；两者都没有时保留面板默认插画。本包此前既没有
+`icon` 字段也没有 `./icon` 导出，因此卡片和插件行一直是默认图——不是缓存，也不是
+安装坏了，而是**展示元信息根本没声明**。
+
+### 2. 图标：透明底双螺旋，按 30/36 px 的展示尺寸设计
+
+`icon.svg`（64×64 viewBox，746 B）是原创的双螺旋：青绿 `#0D9488` 与蓝 `#2563EB`
+两条主链、四条琥珀 `#F59E0B` 碱基对，圆头描边、无渐变/字体/外部引用。透明底是刻意的：
+插件管理器把它放进 40×40（行）和 48×48（卡片）的圆角框里，图本身再加一层背景会变成
+“框中框”；不留背景也让同一张图在浅色和深色主题下都成立。主链可视范围约 28×58（64 单位
+画布），在 36 px 卡片和 30 px 行图标上仍能读出双螺旋，20 px 时退化为可辨的轮廓。
+
+### 3. 接入：导出、白名单，以及一个 gitignore 例外
+
+- `package.json` 的 `exports` 增加 `"./icon": "./icon.svg"`，`files` 白名单加入
+  `icon.svg`；本包 `files` 是白名单而不是默认全带，漏了它 `npm pack` 就会静默丢掉图标。
+- 根目录的 `/*.svg` 规则原本用来挡住工具生成的图（`logo.svg`、质粒图等），新增
+  `!/icon.svg` 例外，图标才能作为源文件提交；git 忽略与 npm `files` 是两套规则，不能只改
+  一处。
+- 不新增依赖、不改 `dsh.client`、不改 preset 行清单；已安装的 profile 是指向本目录的
+  junction，重新读取 manifest 即可看到，不需要重装。
+
+### 4. 验证
+
+- `createRequire(...).resolve('dsh-molbio-tools/icon')` 解析到包内 `icon.svg`；
+  `npm pack --dry-run --json` 的 118 个文件中包含它。
+- 用本包自己的 `svgpng.mjs` 光栅化：64×64，`unsupported: []`；另按 36/30/20 px
+  下采样检查过轮廓。
+- `test/contract.mjs` 16/16；`test/release.mjs` 13/13（本机沙箱下按该测试自带的
+  `npm_config_user_agent` 兜底跑通）。
+- 根包 `0.20.0 → 0.20.1`；面板 `0.1.3` 不动（`lib/client.js` 未变，发布前置检查不会
+  要求面板 bump）。标题/描述仍回退到 `package.json` 的包名与长描述；本次没有新增
+  `locale/*.json`，如果要本地化展示文案，应作为独立改动。
+
 ## [0.20.0] — 2026-10-17（Cas 家族几何、qPCR 订购/配平、批量分析与静默位点突变；并入 0.19.1 硬化）
 
 **工具数 58 → 60，benchmark 56 → 61 题（60/60 覆盖）。** 这一版把 0.19.1 计划的四项硬化直接并入，

package/README.md

@@ -44,21 +44,35 @@
 
 需要一台已装好 [DeepSeek Harness](https://deepseek-harness.github.io/deepseek-harness/) 的机器。
 
-### 推荐：专属模式 preset（2 步）
+### 推荐：在 DSH 插件页安装（3 步）
 
 装完后，预设选择器里会出现 **Molecular Biology Lab** 模式；**60 个工具只在这个模式里出现**，
-不会污染你其它会话（这点很重要：工具多了会占提示预算）。
+不会污染你其它会话（这点很重要：工具多了会占提示预算）。**右栏的 Molbio / Papers 两个面板也随这个包
+一起装好**，不需要再装 `dsh-molbio-panel`。
 
-```powershell
-# 1. 把包装进你的 profile（web 是默认 profile 名，按需替换）
-dsh plugin --profile web add D:\path\to\dsh-molbio-tools
+1. 打开 DSH Web GUI，点侧栏的 **插件**（Plugins）。
+2. 点 **添加插件**（Add plugin），在「包名或地址」里输入 `dsh-molbio-tools`，点 **安装**（Install）；
+   装完点 **立即启用**（Enable now）——关掉对话框只会装好、不会启用，之后也可以在插件页打开它的开关。
+3. 重启该 profile，然后在预设选择器里选 "Molecular Biology Lab" 新建会话。
+
+### 次选：命令行安装
 
-# 2. 重启该 profile，然后在预设选择器里选 "Molecular Biology Lab" 新建会话
+没有图形界面时（例如服务器上只用 CLI），用这条命令；它和插件页安装等价，都从 npm registry 取包：
+
+```bash
+# web 是默认 profile 名，按需替换；装完同样要重启该 profile
+dsh plugin --profile web add dsh-molbio-tools
 ```
 
-**升级**同样只有一条命令，不用重新复制、也不用改配置：
+> 只有在改本仓库源码、还没发布到 npm 时，才需要从本地目录安装
+> （路径按实际情况替换，Windows 示例）：
+> ```powershell
+> dsh plugin --profile web add D:\path\to\dsh-molbio-tools
+> ```
 
-```powershell
+**升级**（图形界面装的也适用）同样只有一条命令，不用重新复制、也不用改配置：
+
+```bash
 dsh plugin --profile web update dsh-molbio-tools
 ```
 
@@ -102,15 +116,20 @@ dsh plugin --profile web update dsh-molbio-tools
 > 如果你确实想要"工具对所有会话全局可见"，那需要把工具行加到宿主层——但那不是本包的设计，
 > 且会让专属模式里的同一行变成死行（0.1.7 上表现为选择器显示"加载失败"）。
 
-### 只要浏览器面板（可选）
+### 只要浏览器面板
 
 如果只想要图形面板、不想让该 profile 装 60 个工具（连模式都不装），装面板专用包即可
-（见[浏览器面板](#浏览器面板)）：
+（见[浏览器面板](#浏览器面板可选)）。**它和 `dsh-molbio-tools` 二选一**：两者注册同一组右栏 tab
+（`dsh-molbio-tools` / `dsh-molbio-tools/papers`），同时装会重复注册并报
+`tab type id ... is already registered`。同样在 **插件 → 添加插件** 里输入 `dsh-molbio-panel`，
+**安装** → **立即启用**。命令行等价于：
 
-```powershell
-dsh plugin --profile <profile> add D:\path\to\dsh-molbio-tools\packages\molbio-panel
+```bash
+dsh plugin --profile <profile> add dsh-molbio-panel
 ```
 
+> 从本地源码目录安装时，把包名换成 `<包目录>/packages/molbio-panel`。
+
 ---
 
 ## 它会做什么

package/benchmark/README.md

@@ -159,6 +159,7 @@ benchmark/
 ├── _probe.mjs         record ground truth (original suite)
 ├── _probe-all.mjs     record ground truth (the rest of the catalog)
 └── _freeze-trace.mjs  freeze a run's responses into the scorer's regression fixture
+                     (`--replace id[,id]` re-records only the named entries and keeps the rest)
 ```
 
 A task's expected text lives in `tasks/`; the input that produces it lives in

package/benchmark/_freeze-trace.mjs

@@ -12,6 +12,20 @@
  * Run this only when you WANT to move the golden fixture forward (for example
  * after deliberately changing a task). Test failures point here when a recorded
  * response stops satisfying its task.
+ *
+ * ── amending a subset (`--replace`) ─────────────────────────────────────────
+ *
+ * Re-recording the one or two entries a fix invalidated used to mean freezing a
+ * whole new run and discarding every other recording. `--replace` takes just
+ * those responses from the new report and keeps the rest, and records where each
+ * amended response came from in `run.amendments` — explicit provenance beats a
+ * fixture that pretends to be a single run:
+ *
+ *     node benchmark/_freeze-trace.mjs benchmark/reports/<stamp>-suite.json \
+ *       --replace methylation-block,qpcr-primers
+ *
+ * The replacement is a REAL recording from the named run, never a hand edit: the
+ * original ids, order and every untouched response survive.
  */
 
 import { readFile, writeFile } from 'node:fs/promises';
@@ -19,7 +33,16 @@ import { resolve } from 'node:path';
 
 const source = process.argv[2];
 if (source === undefined) {
-  console.error('usage: node benchmark/_freeze-trace.mjs <report.json>');
+  console.error('usage: node benchmark/_freeze-trace.mjs <report.json> [--replace id[,id…]]');
+  process.exit(2);
+}
+
+const replaceAt = process.argv.indexOf('--replace');
+const replaceIds = replaceAt === -1
+  ? undefined
+  : (process.argv[replaceAt + 1] ?? '').split(',').map((id) => id.trim()).filter((id) => id !== '');
+if (replaceAt !== -1 && (replaceIds === undefined || replaceIds.length === 0)) {
+  console.error('--replace needs a comma-separated list of task ids');
   process.exit(2);
 }
 
@@ -29,23 +52,74 @@ if (!Array.isArray(report.results) || report.results.length === 0) {
   process.exit(1);
 }
 
-const out = {
-  $comment:
-    'Real responses from one benchmark run, frozen so the scorer can be regression-tested without spending API budget. See test/benchmark-score.mjs for why each defect these cover was invisible to synthetic traces.',
-  run: {
-    recorded_at: report.startedAt,
-    harness_version: report.harnessVersion,
-    profile: report.profile,
-    model: report.model,
-    summary: { total: report.summary.total, passed: report.summary.passed },
-    responses: report.results.map((result) => ({
-      id: result.id,
-      tool_calls: result.toolCalls,
-      answer: result.answer,
-    })),
-  },
-};
+const responses = report.results.map((result) => ({
+  id: result.id,
+  tool_calls: result.toolCalls,
+  answer: result.answer,
+}));
 
 const target = resolve(import.meta.dirname, '..', 'test', 'fixtures', 'benchmark-traces.json');
+
+/** The whole-fixture shape: one run, every response from it. */
+function wholeRun() {
+  return {
+    $comment:
+      'Real responses from one benchmark run, frozen so the scorer can be regression-tested without spending API budget. See test/benchmark-score.mjs for why each defect these cover was invisible to synthetic traces.',
+    run: {
+      recorded_at: report.startedAt,
+      harness_version: report.harnessVersion,
+      profile: report.profile,
+      model: report.model,
+      summary: { total: report.summary.total, passed: report.summary.passed },
+      responses,
+    },
+  };
+}
+
+/** The amended shape: keep the fixture, swap the named entries, say so. */
+async function amendedRun() {
+  const existing = JSON.parse(await readFile(target, 'utf8'));
+  const byId = new Map(existing.run.responses.map((response) => [response.id, response]));
+  // Replacing the same id twice must not pile up amendment entries or repeat
+  // the provenance sentence: this command is re-run whenever a report is rebuilt.
+  const amendments = (existing.run.amendments ?? []).filter((entry) => !replaceIds.includes(entry.id));
+  for (const id of replaceIds) {
+    const fresh = responses.find((response) => response.id === id);
+    if (fresh === undefined) {
+      console.error(`--replace: the report has no result for "${id}" — nothing was written`);
+      process.exit(1);
+    }
+    if (!byId.has(id)) console.log(`  note: "${id}" was not in the fixture; appending it`);
+    byId.set(id, fresh);
+    amendments.push({
+      id,
+      recorded_at: report.startedAt,
+      harness_version: report.harnessVersion,
+      model: report.model,
+    });
+  }
+
+  const ordered = existing.run.responses.map((response) => byId.get(response.id));
+  for (const id of replaceIds) {
+    if (!existing.run.responses.some((response) => response.id === id)) ordered.push(byId.get(id));
+  }
+
+  return {
+    $comment: existing.$comment.includes('run.amendments names each one')
+      ? existing.$comment
+      : `${existing.$comment} Some responses were re-recorded later; run.amendments names each one and the run it came from, and every other response is unchanged. A replaced entry loses any suspension marker it carried, because the replacement is a fresh recording.`,
+    run: {
+      ...existing.run,
+      amendments,
+      responses: ordered,
+    },
+  };
+}
+
+const out = replaceIds === undefined ? wholeRun() : await amendedRun();
 await writeFile(target, `${JSON.stringify(out, null, 2)}\n`, 'utf8');
-console.log(`froze ${out.run.responses.length} response(s) into ${target}`);
+console.log(
+  replaceIds === undefined
+    ? `froze ${out.run.responses.length} response(s) into ${target}`
+    : `amended ${replaceIds.length} response(s) (${replaceIds.join(', ')}) in ${target}; ${out.run.responses.length} total`,
+);

package/benchmark/tasks/06-analysis.json

@@ -44,7 +44,8 @@
         },
         {
           "where": "answer",
-          "pattern": "1490"
+          "pattern": "1[,.]?490",
+          "note": "the extinction coefficient; the same thousands-separator tolerance the MW assertion already carries (0.20.0 fixed /3935/, not this one)"
         }
       ]
     },

package/build/release-preflight.mjs

@@ -201,7 +201,7 @@ export function tagVersion(tag) {
  * `rc.10 < rc.2`, so a release of `rc.2` after `rc.10` would look like a
  * DOWNGRADE and the gate would refuse a legitimate publish (or, in the other
  * direction, wave through a stale one). This repository does cut prereleases
- * (the harness baseline itself is `0.2.0-rc.2`), so the rule is implemented
+ * (the harness baseline itself is `0.2.1-rc.2`), so the rule is implemented
  * rather than approximated.
  *
  * Semver's rule: split on dots; numeric identifiers compare numerically and rank

package/docs/history.md

@@ -16,6 +16,8 @@
 
 | 包版本 | preset 版本 | 内容 | 工具数 |
 | --- | --- | --- | --- |
+| 0.21.0 | — | **DSH 0.2.1-rc.2 适配**：preset 行清单逐行重抄；contract 两条断言重锚到行为；两条 suspended 记录用真实模型重录 | 60 |
+| 0.20.1 | — | 插件专属图标（透明底双螺旋 SVG），运行时零改动 | 60 |
 | 0.20.0 | — | **Cas 家族几何**（SpCas9/SaCas9/Cas12a/Cas13a/b/d）+ 反向链脱靶定位修复；TaqMan MGB/订购 CSV；multiplex 退火温度/浓度；批量分析 CSV；静默位点突变；并入 0.19.1 硬化 | 60 |
 | 0.19.0 | — | 环形/扇形的**旋转多行标签**（画面正确性）；新增 `molbio_alignment_postprocess`（共识/修剪/同一性矩阵/覆盖度） | 58 |
 | 0.16.0 | — | **修掉 benchmark 交出的前两条缺陷**：引物朝向、甲基化参考表（各带串联/来源回归） | 57 |
@@ -41,6 +43,36 @@
 
 ---
 
+## v0.21.0（2026-10-23，包 0.21.0）
+
+纯适配版：DSH 0.2.0-rc.2 → 0.2.1-rc.2。工具行为零变化，但上游动了三样本仓库**以为不会动**的东西，
+每条教训对应一道守卫。
+
+**(1) 上游可以在 patch 级版本里重写 preset 行清单。**
+0.2.1-rc.2 的 `standard` 比 0.2.0-rc.2 少了 `tool-subagent-codex` / `tool-subagent-claude-code` /
+`tool-ralph`，少了 persona 的 `suffix` 与两处 `backgroundMode`，多了 `time-context` /
+`tool-schedule` / `tool-plugin-market`，还改了 plan-mode 的文案——12 处结构差异。`preset-health`
+把这些当**发布阻断**，所以第一分钟就红了；但 `drift-probe` 里那条"上游 `disabled` 被丢掉"的
+突变仍拿 `tool-ralph` 当样本，**守卫自己**先失效（上游已经没有这一行）。教训：**fixture 也要
+跟着上游走**——突变样本必须取自当前上游仍然存在、且仍为 `disabled` 的行，否则"证明了守卫会失败"
+会变成空话。
+
+**(2) 把 contract 断言锚在 minified 字面量上，会把"上游改了写法"报成"产品坏了"。**
+`dsh-tools` 的 `exec.parent === void 0` 在 0.2.1 消失：`presentationMeta` 的投影移进
+`createSuccessResult`，不再按父调用过滤。面板依赖的东西（`meta` 落到成功结果上）没变，变的
+是我们测量它的方式。同源的第二条：`@deepseek-ai/dsh-client-connection` 的 client 入口从
+`lib/client.js` 改成条件导出 `lib/client.browser.js`，而 Web shell 变成打包产物、不再有
+`require("包名")` 字样——"seeded into the shell"这条兜底判据因此整体失效。教训：断言要问**行为**
+（入口文件存在、`meta` 附在结果上），不要问上游当前的拼写；文件名与导出形状应当**读包清单**，
+而不是猜。
+
+**(3) 两条欠账不是"记着"，是"花一次 token 消掉"。**
+`methylation-block` 与 `qpcr-primers` 的冻结响应停在 0.16.0 之前，`benchmark-score` 每次运行
+都点名它们。这一版用一次完整真实模型跑（61 题）重录，并以 `_freeze-trace --replace` 只替换这两条
+（其余 47 条不动，`run.amendments` 记下来源），悬挂条目归零；这次跑分同时作为 0.21.0 的发布证据。
+**fs 侧仍然不能写二进制**，所以 `png_path` 依旧不做——`contract` 里那条断言仍然是绿的，
+这就是"触发条件没到"的证据。
+
 ## v0.20.0（2026-10-17，包 0.20.0）
 
 这一版把 0.19.1 的四项硬化并入 0.20.0，并落地 2.3 / 2.5 / 2.7 / 2.8 与 survey #8。**最重要的教训是

package/docs/maintainer.md

@@ -32,7 +32,7 @@
 
 - **包**：`dsh-molbio-tools`，零依赖 DSH 插件包，**60 个 `molbio_*` 工具**（其中
   `molbio_plot` 一个工具承载 8 种图表）。
-- **基线**：DSH **0.2.0-rc.2**；`package.json` 版本 0.20.0。
+- **基线**：DSH **0.2.1-rc.2**；`package.json` 版本 0.21.0。
 - **两条分发渠道**：根包（工具 + 面板）与 `packages/molbio-panel`（只面板），
   **两个独立的 npm 条目、两条独立的版本线**，必须分别发布。
 - **工具只在专属模式里出现**（设计如此）：bundle 的 `cordis.patch.yml` 是**空列表**，

package/docs/roadmap.md

@@ -10,12 +10,12 @@ L = 需要新机制或外部资源）。
 
 ---
 
-## 1. 当前状态（0.20.0）
+## 1. 当前状态（0.21.0）
 
 - 60 个 `molbio_*` 工具，零依赖，随 preset 分发（见 [README](../README.md)）。
 - 离线测试金字塔 + 组合漂移守卫全绿；`benchmark/` 提供**模型使用**维度的评估
   （见 [benchmark/README.md](../benchmark/README.md)）。
-- 基线：DSH **0.2.0-rc.2**。
+- 基线：DSH **0.2.1-rc.2**。
 - **CI 已在位**（`.github/workflows/test.yml`，0.18.2 起）：push / PR / 手动都跑全套；harness 装
   **钉死版本**，并用 `npm prefix -g` 显式导出 `DSH_HARNESS_ROOT`。0.18.4 起**同时跑
   `ubuntu-latest` 与 `windows-latest`**——3.6 已修，套件不再依赖宿主分隔符。
@@ -27,6 +27,11 @@ L = 需要新机制或外部资源）。
   `molbio_alignment_postprocess`（共识/修剪/同一性矩阵/覆盖度）。
 - **2.3 / 2.5 / 2.7 / 2.8 与 survey #8 已在 0.20.0 交付**：批量分析 CSV、Cas12a/Cas13 家族几何
   （含反向链脱靶定位修复）、multiplex 退火温度/浓度建议、TaqMan MGB/订购 CSV、静默位点突变。
+- **0.21.0 是纯适配版**：基线 0.2.0-rc.2 → 0.2.1-rc.2。preset 行清单按上游**逐行重抄**
+  （+`time-context` / `tool-schedule` / `tool-plugin-market`；−两个可选 subagent provider 与
+  `tool-ralph`；去掉 persona `suffix` 与两处 `backgroundMode`），`contract` 两条断言从上游
+  minified 字面量改挂到**行为**，两条 suspended 的 benchmark 记录用真实模型重录。
+  工具数与插件行为零变化。
 
 ---
 

package/docs/workflow.md

@@ -425,7 +425,7 @@ git status --short           # lib/client.js 与 packages/molbio-panel/lib/clien
 `standard`** 逐行对比——0.1.7-alpha.1 起上游基线是
 `<harness>/node_modules/@deepseek-ai/dsh-web-app/presets/standard.patch.yml`
 （旧的 `@deepseek-ai/dsh-agent-presets/presets/standard/agent.cordis.yml` 已随该包一并消失）。
-只应剩 `skill-filesystem`、`tool-skill`、`tool-molbio` 这三行差异。
+只应剩 `tool-molbio` 这一行差异（0.2.1-rc.2 起上游自己也带 `skill-filesystem` 与 `tool-skill`）。
 
 客户端半的改动还有两条**专门针对"会弄坏 GUI"**的确认：
 
@@ -456,15 +456,17 @@ git status --short           # lib/client.js 与 packages/molbio-panel/lib/clien
 ### DSH 升级后：preset 组合的维护（必做）
 
 `preset/molbio-lab/agent.cordis.yml` 是官方 `standard` 预设的**行清单**副本 + 末尾一行
-`tool-molbio`（当前基线：**dsh 0.2.0-rc.2**）。它不会自动跟随 DSH 升级，因此每次升级
+`tool-molbio`（当前基线：**dsh 0.2.1-rc.2**）。它不会自动跟随 DSH 升级，因此每次升级
 DSH 后：
 
 1. 取新版的 shipped `standard`：
    `<harness>/node_modules/@deepseek-ai/dsh-web-app/presets/standard.patch.yml`；
 2. 与 `preset/molbio-lab/agent.cordis.yml` 对比（把上游的 `config.plugins:` 块与我们的行清单
    对齐看），**逐行吸收上游改动**（新增/删除的行、注释、key 顺序、配置契约变化），只保留
-   `skill-filesystem` / `tool-skill` / `tool-molbio` 这几处有意差异与头部注释。**照抄上游文本，
-   不要手写"看起来等价"的行**——上游在 0.1.6-alpha.1 用 `workflow-worker-thread` 教过一次；
+   `tool-molbio` 这一处有意差异与头部注释。**照抄上游文本，不要手写"看起来等价"的行**——
+   上游在 0.1.6-alpha.1 用 `workflow-worker-thread` 教过一次。上游这份文件**不一定带行内
+   注释**（0.2.1-rc.2 就是纯行清单）：照抄即可，别把我们自己的解释混进去；`preset-health`
+   只比结构，注释漂移抓不住，但下一次人工 diff 会；
 3. 跑 `node build/preset-patch.mjs` 重新生成 `preset/molbio-lab/preset.patch.yml`；
 4. 跑 `node test/preset-health.mjs` 直到 `OK`（它把任何结构差异当**发布阻断**，不只是打印
    note），再跑 `node test/drift-probe.mjs` 确认守卫仍能抓到漂移；

package/icon.svg

@@ -0,0 +1,8 @@
+<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" viewBox="0 0 64 64">
+  <line x1="24.26" y1="15" x2="39.74" y2="15" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <line x1="24.81" y1="24" x2="39.19" y2="24" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <line x1="24.81" y1="40" x2="39.19" y2="40" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <line x1="24.26" y1="49" x2="39.74" y2="49" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <path d="M32 6C16 13 16 25 32 32C48 39 48 51 32 58" fill="none" stroke="#2563EB" stroke-width="6" stroke-linecap="round"/>
+  <path d="M32 6C48 13 48 25 32 32C16 39 16 51 32 58" fill="none" stroke="#0D9488" stroke-width="6" stroke-linecap="round"/>
+</svg>

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "dsh-molbio-tools",
-  "version": "0.20.0",
+  "version": "0.21.0",
   "description": "Zero-dependency molecular-biology plugin bundle for the DeepSeek Harness: sequence analysis, primer design (incl. cross-intron qPCR primers, TaqMan hydrolysis/MGB probes with ordering CSV and multiplex compatibility), in-silico PCR, cloning simulation, SnapGene .dna parsing and plasmid maps, Sanger verification, protein tools (incl. helical wheel and hydropathy plots), methylation-aware restriction analysis with double-digest buffer checks, qPCR analysis and plotting, multiple sequence alignment that conserves every input residue, conservation analysis, sequence logos, codon-usage analysis, phylogenetic trees with bootstrap support, Newick I/O and long-name label wrapping, CpG-island/GC-skew composition analysis, read-level FASTQ QC, batch file analysis with CSV export, silent restriction-site mutagenesis, family-aware CRISPR gRNA design (SpCas9/SaCas9/Cas12a/Cas13) with off-target search, an opt-in hand-off that shows a generated plot to the model as an attached image, plus a browser-side right-sidebar panel (plasmid maps and sequence logos drawn in the Web GUI) and a literature/protocol/experiment record system.",
   "type": "module",
   "main": "index.mjs",
@@ -11,7 +11,8 @@
     ".": "./index.mjs",
     "./client": {
       "default": "./lib/client.js"
-    }
+    },
+    "./icon": "./icon.svg"
   },
   "scripts": {
     "build:client": "node build/client-bundle.mjs",
@@ -76,6 +77,7 @@
     "batch.mjs",
     "silent-site.mjs",
     "host.mjs",
+    "icon.svg",
     "build",
     "lib",
     "packages",