dsh-molbio-tools 0.20.0 → 0.20.1

package/CHANGELOG.md

@@ -10,6 +10,47 @@
   改为按**包名**引用后模块缓存问题随之消失——没有拷贝，也就没有需要保持同步的版本目录。
   下文历史条目里出现的 `vN` 目录保持原样，作为当时的记录。
 
+## [0.20.1] — 2026-10-18（插件专属图标）
+
+**工具数不变（60），运行时零改动；包内只多一个 746 B 的 SVG。**
+
+### 1. 插件管理器为什么一直显示默认插画
+
+DSH 的插件管理器从包根的清单 `icon` 或导出的 `./icon` 读取展示图，读到的字节会转成
+base64 data URL 交给 `PackageArtwork`；两者都没有时保留面板默认插画。本包此前既没有
+`icon` 字段也没有 `./icon` 导出，因此卡片和插件行一直是默认图——不是缓存，也不是
+安装坏了，而是**展示元信息根本没声明**。
+
+### 2. 图标：透明底双螺旋，按 30/36 px 的展示尺寸设计
+
+`icon.svg`（64×64 viewBox，746 B）是原创的双螺旋：青绿 `#0D9488` 与蓝 `#2563EB`
+两条主链、四条琥珀 `#F59E0B` 碱基对，圆头描边、无渐变/字体/外部引用。透明底是刻意的：
+插件管理器把它放进 40×40（行）和 48×48（卡片）的圆角框里，图本身再加一层背景会变成
+“框中框”；不留背景也让同一张图在浅色和深色主题下都成立。主链可视范围约 28×58（64 单位
+画布），在 36 px 卡片和 30 px 行图标上仍能读出双螺旋，20 px 时退化为可辨的轮廓。
+
+### 3. 接入：导出、白名单，以及一个 gitignore 例外
+
+- `package.json` 的 `exports` 增加 `"./icon": "./icon.svg"`，`files` 白名单加入
+  `icon.svg`；本包 `files` 是白名单而不是默认全带，漏了它 `npm pack` 就会静默丢掉图标。
+- 根目录的 `/*.svg` 规则原本用来挡住工具生成的图（`logo.svg`、质粒图等），新增
+  `!/icon.svg` 例外，图标才能作为源文件提交；git 忽略与 npm `files` 是两套规则，不能只改
+  一处。
+- 不新增依赖、不改 `dsh.client`、不改 preset 行清单；已安装的 profile 是指向本目录的
+  junction，重新读取 manifest 即可看到，不需要重装。
+
+### 4. 验证
+
+- `createRequire(...).resolve('dsh-molbio-tools/icon')` 解析到包内 `icon.svg`；
+  `npm pack --dry-run --json` 的 118 个文件中包含它。
+- 用本包自己的 `svgpng.mjs` 光栅化：64×64，`unsupported: []`；另按 36/30/20 px
+  下采样检查过轮廓。
+- `test/contract.mjs` 16/16；`test/release.mjs` 13/13（本机沙箱下按该测试自带的
+  `npm_config_user_agent` 兜底跑通）。
+- 根包 `0.20.0 → 0.20.1`；面板 `0.1.3` 不动（`lib/client.js` 未变，发布前置检查不会
+  要求面板 bump）。标题/描述仍回退到 `package.json` 的包名与长描述；本次没有新增
+  `locale/*.json`，如果要本地化展示文案，应作为独立改动。
+
 ## [0.20.0] — 2026-10-17（Cas 家族几何、qPCR 订购/配平、批量分析与静默位点突变；并入 0.19.1 硬化）
 
 **工具数 58 → 60，benchmark 56 → 61 题（60/60 覆盖）。** 这一版把 0.19.1 计划的四项硬化直接并入，

package/README.md

@@ -44,21 +44,35 @@
 
 需要一台已装好 [DeepSeek Harness](https://deepseek-harness.github.io/deepseek-harness/) 的机器。
 
-### 推荐：专属模式 preset（2 步）
+### 推荐：在 DSH 插件页安装（3 步）
 
 装完后，预设选择器里会出现 **Molecular Biology Lab** 模式；**60 个工具只在这个模式里出现**，
-不会污染你其它会话（这点很重要：工具多了会占提示预算）。
+不会污染你其它会话（这点很重要：工具多了会占提示预算）。**右栏的 Molbio / Papers 两个面板也随这个包
+一起装好**，不需要再装 `dsh-molbio-panel`。
 
-```powershell
-# 1. 把包装进你的 profile（web 是默认 profile 名，按需替换）
-dsh plugin --profile web add D:\path\to\dsh-molbio-tools
+1. 打开 DSH Web GUI，点侧栏的 **插件**（Plugins）。
+2. 点 **添加插件**（Add plugin），在「包名或地址」里输入 `dsh-molbio-tools`，点 **安装**（Install）；
+   装完点 **立即启用**（Enable now）——关掉对话框只会装好、不会启用，之后也可以在插件页打开它的开关。
+3. 重启该 profile，然后在预设选择器里选 "Molecular Biology Lab" 新建会话。
+
+### 次选：命令行安装
 
-# 2. 重启该 profile，然后在预设选择器里选 "Molecular Biology Lab" 新建会话
+没有图形界面时（例如服务器上只用 CLI），用这条命令；它和插件页安装等价，都从 npm registry 取包：
+
+```bash
+# web 是默认 profile 名，按需替换；装完同样要重启该 profile
+dsh plugin --profile web add dsh-molbio-tools
 ```
 
-**升级**同样只有一条命令，不用重新复制、也不用改配置：
+> 只有在改本仓库源码、还没发布到 npm 时，才需要从本地目录安装
+> （路径按实际情况替换，Windows 示例）：
+> ```powershell
+> dsh plugin --profile web add D:\path\to\dsh-molbio-tools
+> ```
 
-```powershell
+**升级**（图形界面装的也适用）同样只有一条命令，不用重新复制、也不用改配置：
+
+```bash
 dsh plugin --profile web update dsh-molbio-tools
 ```
 
@@ -102,15 +116,20 @@ dsh plugin --profile web update dsh-molbio-tools
 > 如果你确实想要"工具对所有会话全局可见"，那需要把工具行加到宿主层——但那不是本包的设计，
 > 且会让专属模式里的同一行变成死行（0.1.7 上表现为选择器显示"加载失败"）。
 
-### 只要浏览器面板（可选）
+### 只要浏览器面板
 
 如果只想要图形面板、不想让该 profile 装 60 个工具（连模式都不装），装面板专用包即可
-（见[浏览器面板](#浏览器面板)）：
+（见[浏览器面板](#浏览器面板可选)）。**它和 `dsh-molbio-tools` 二选一**：两者注册同一组右栏 tab
+（`dsh-molbio-tools` / `dsh-molbio-tools/papers`），同时装会重复注册并报
+`tab type id ... is already registered`。同样在 **插件 → 添加插件** 里输入 `dsh-molbio-panel`，
+**安装** → **立即启用**。命令行等价于：
 
-```powershell
-dsh plugin --profile <profile> add D:\path\to\dsh-molbio-tools\packages\molbio-panel
+```bash
+dsh plugin --profile <profile> add dsh-molbio-panel
 ```
 
+> 从本地源码目录安装时，把包名换成 `<包目录>/packages/molbio-panel`。
+
 ---
 
 ## 它会做什么

package/docs/maintainer.md

@@ -32,7 +32,7 @@
 
 - **包**：`dsh-molbio-tools`，零依赖 DSH 插件包，**60 个 `molbio_*` 工具**（其中
   `molbio_plot` 一个工具承载 8 种图表）。
-- **基线**：DSH **0.2.0-rc.2**；`package.json` 版本 0.20.0。
+- **基线**：DSH **0.2.0-rc.2**；`package.json` 版本 0.20.1。
 - **两条分发渠道**：根包（工具 + 面板）与 `packages/molbio-panel`（只面板），
   **两个独立的 npm 条目、两条独立的版本线**，必须分别发布。
 - **工具只在专属模式里出现**（设计如此）：bundle 的 `cordis.patch.yml` 是**空列表**，

package/icon.svg

@@ -0,0 +1,8 @@
+<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" viewBox="0 0 64 64">
+  <line x1="24.26" y1="15" x2="39.74" y2="15" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <line x1="24.81" y1="24" x2="39.19" y2="24" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <line x1="24.81" y1="40" x2="39.19" y2="40" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <line x1="24.26" y1="49" x2="39.74" y2="49" stroke="#F59E0B" stroke-width="2.6" stroke-linecap="round"/>
+  <path d="M32 6C16 13 16 25 32 32C48 39 48 51 32 58" fill="none" stroke="#2563EB" stroke-width="6" stroke-linecap="round"/>
+  <path d="M32 6C48 13 48 25 32 32C16 39 16 51 32 58" fill="none" stroke="#0D9488" stroke-width="6" stroke-linecap="round"/>
+</svg>

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "dsh-molbio-tools",
-  "version": "0.20.0",
+  "version": "0.20.1",
   "description": "Zero-dependency molecular-biology plugin bundle for the DeepSeek Harness: sequence analysis, primer design (incl. cross-intron qPCR primers, TaqMan hydrolysis/MGB probes with ordering CSV and multiplex compatibility), in-silico PCR, cloning simulation, SnapGene .dna parsing and plasmid maps, Sanger verification, protein tools (incl. helical wheel and hydropathy plots), methylation-aware restriction analysis with double-digest buffer checks, qPCR analysis and plotting, multiple sequence alignment that conserves every input residue, conservation analysis, sequence logos, codon-usage analysis, phylogenetic trees with bootstrap support, Newick I/O and long-name label wrapping, CpG-island/GC-skew composition analysis, read-level FASTQ QC, batch file analysis with CSV export, silent restriction-site mutagenesis, family-aware CRISPR gRNA design (SpCas9/SaCas9/Cas12a/Cas13) with off-target search, an opt-in hand-off that shows a generated plot to the model as an attached image, plus a browser-side right-sidebar panel (plasmid maps and sequence logos drawn in the Web GUI) and a literature/protocol/experiment record system.",
   "type": "module",
   "main": "index.mjs",
@@ -11,7 +11,8 @@
     ".": "./index.mjs",
     "./client": {
       "default": "./lib/client.js"
-    }
+    },
+    "./icon": "./icon.svg"
   },
   "scripts": {
     "build:client": "node build/client-bundle.mjs",
@@ -76,6 +77,7 @@
     "batch.mjs",
     "silent-site.mjs",
     "host.mjs",
+    "icon.svg",
     "build",
     "lib",
     "packages",