c0de-agent 1.9.0 → 1.10.0

package/README.md

@@ -8,7 +8,7 @@
 - **本地优先**：会话与索引存储在 PGLite（浏览器/进程内 PostgreSQL），数据随用随取。
 - **多项目**：工作区隔离的多项目管理，每个项目独立会话历史与配置。
 - **工具系统**：内置文件读写、bash、grep、glob、编辑等工具，可按需启用/禁用。
-- **权限模式**：`default` / `yolo` 等授权模式，控制工具执行前是否需用户确认。
+- **权限模式**：`default` / `auto` 等授权模式，控制工具执行前是否需用户确认。
 - **会话可恢复**：会话快照序列化/反序列化，支持进程重启后无缝恢复。
 - **无感知热更新**：后台定期检查新版本，序列化当前会话 → npm 自更新 → 端口 handoff 接管，用户无感升级。
 - **Web 搜索**：内置 websearch 工具，支持多搜索引擎。
@@ -27,6 +27,15 @@ pnpm add -g c0de-agent
 
 要求 Node.js >= 22.0.0。
 
+## 安全
+
+- **认证**：`security.authEnabled` 默认开启。首次启动自动生成认证 token（持久化于数据目录 `auth-token` 文件），浏览器访问时经启动打印的 URL `?token=` 参数自动保存到 localStorage 并从地址栏移除；后续 API 请求与终端 WebSocket 均携带该 token，服务端校验不通过返回 401。
+  - token 解析优先级：`security.token` 配置 > 环境变量 `C0DE_AUTH_TOKEN` > 数据目录 token 文件 > 自动生成并持久化。
+  - 显式关闭：`security.authEnabled: false`（本机单用户且端口仅本机可达时）。
+- **CORS/Origin 校验**：仅放行本机回环 origin 与 `security.allowedOrigins` 中显式配置的 origin；WebSocket 升级在服务端独立校验 Origin（浏览器 WS 不受 CORS 约束）。
+- **监听地址**：默认绑定 `0.0.0.0`（便于容器/远程访问），安全性由 token + allowedOrigins 保证；需要时可用 `security.allowedOrigins` 收紧或自行反向代理限制。
+- **热更新交接**：新实例经环境变量继承 token，请求旧实例 `/handoff` 时须携带匹配的 Bearer token，防止任意本地进程借 handoff 杀掉服务。
+
 ## 使用
 
 ```bash
@@ -77,14 +86,19 @@ pnpm format
 
 ```
 src/
-├── cli/           # CLI 入口与命令（serve / chat / update）
-├── core/          # 配置、agent 注册、权限、工具注册
-├── llm/           # LLM provider 抽象与调用
-├── server/        # Hono HTTP 服务、SSE 流、路由、handoff
-├── session/       # 会话上下文与消息转换
+├── cli/           # CLI 入口与命令（serve / chat / acp / update / config / init / plugin）
+├── core/          # 配置、agent 注册与主循环（loop/ 子模块）、权限、prompt、工作流、斜杠命令
+├── llm/           # LLM provider 抽象、registry 与重试策略
+├── server/        # Hono HTTP 服务、SSE 流、路由、鉴权/CORS、交互式权限、终端（node-pty）
+├── session/       # 会话上下文、消息、compaction、branch/squash、快照
+├── project/       # 多项目解析与检测（.git、package.json 等）
+├── db/            # Drizzle schema 与迁移（PGLite）
+├── tools/         # 内置工具实现（read/write/edit/bash/grep/glob/todo/kanban/dap/websearch…）
+├── plugins/       # 插件系统（12 个生命周期钩子）
+├── dap/           # Debug Adapter Protocol 会话与协议编解码
 ├── shared/        # 前后端共享类型
-├── tools/         # 内置工具实现
 ├── update/        # 版本检查、热更新调度器、会话快照
+├── kanban/        # 看板状态存储
 └── web/           # React 前端（组件、视图、服务、hooks）
 ```
 

package/dist/cli/commands/acp.js

@@ -18,7 +18,9 @@ function createAcpHandlers(config, deps, opts) {
             const message = params.message;
             if (!message)
                 throw new Error('chat: message is required');
+            const sessionId = params.sessionId;
             const text = await runPrintMode(config, message, deps, {
+                ...(sessionId ? { sessionId } : {}),
                 onEvent: (e) => opts.onEvent('event', e),
             });
             return { text };

package/dist/cli/commands/chat.js

@@ -7,8 +7,10 @@ async function runChatCommand(ctx) {
     const err = ctx.stderr ?? process.stderr.write.bind(process.stderr);
     const format = ctx.args.options.format ?? 'text';
     const model = ctx.args.options.model;
+    const continueId = ctx.args.options.continue;
     const text = await runPrintMode(ctx.config, message, ctx.deps, {
         ...(model ? { model } : {}),
+        ...(continueId ? { sessionId: continueId } : {}),
         onEvent: (e) => {
             if (e._tag === 'tool_call_start')
                 err(`[tool] ${e.tool}\n`);

package/dist/cli/commands/config.js

@@ -1,4 +1,4 @@
-import { loadConfig, mergeConfig, saveConfig } from '../../core/config.js';
+import { loadConfigScopes, mergeConfig, mergeRaw, saveConfigScoped, } from '../../core/config.js';
 /** 按 a.b.c 点路径从对象取值；找不到抛错。 */
 function getByPath(obj, path) {
     const parts = path.split('.');
@@ -48,7 +48,9 @@ function setPathPatch(path, value) {
 async function runConfigCommand(ctx) {
     const write = ctx.write ?? process.stdout.write.bind(process.stdout);
     const sub = ctx.args.positionals[0];
-    const config = await loadConfig(ctx.cwd);
+    const scopes = loadConfigScopes(ctx.cwd);
+    // get 展示用合并视图（global ← project，含默认值），与 loadConfig 语义一致。
+    const config = mergeConfig(scopes.global, scopes.project);
     if (sub === 'get') {
         const key = ctx.args.positionals[1];
         if (!key) {
@@ -67,8 +69,10 @@ async function runConfigCommand(ctx) {
         if (rawValue === undefined)
             throw new Error('config set: a value is required');
         const scope = ctx.args.options.global ? 'global' : 'project';
-        const merged = mergeConfig(config, setPathPatch(key, coerce(rawValue)));
-        await saveConfig(merged, scope, ctx.cwd);
+        // 只把 patch 合并进目标作用域的原始文件，不写入默认值与其他作用域的配置（P2-3）。
+        const scopeCfg = scope === 'global' ? scopes.global : scopes.project;
+        const next = mergeRaw(scopeCfg ?? {}, setPathPatch(key, coerce(rawValue)));
+        await saveConfigScoped(scope, ctx.cwd, next);
         write(`Set ${key} (scope: ${scope})\n`);
         return;
     }

package/dist/cli/commands/serve.d.ts

@@ -2,6 +2,7 @@ import type { StartServerOptions } from '../../server/index.js';
 import type { CommandArgs } from '../parser.js';
 type RunningHandle = {
     port: number;
+    authToken?: string;
     close(): Promise<void>;
 };
 type ServeCommandContext = {

package/dist/cli/commands/serve.js

@@ -12,7 +12,10 @@ async function runServeCommand(ctx) {
         ...(restore ? { restoreFrom: restore } : {}),
         ...(handoffPort ? { handoffPort } : {}),
     });
-    const url = `http://localhost:${handle.port}`;
+    // P0-3：认证 token（authEnabled 显式关闭时为 undefined）挂到 URL，
+    // 浏览器首访存入 localStorage 并从地址栏移除。
+    const tokenQuery = handle.authToken ? `?token=${encodeURIComponent(handle.authToken)}` : '';
+    const url = `http://localhost:${handle.port}${tokenQuery}`;
     (ctx.banner ?? printStartupBanner)(url);
     if (shouldOpen) {
         const opener = ctx.opener ?? ((u) => openBrowser(u));

package/dist/cli/deps.d.ts

@@ -9,10 +9,12 @@ import type { PermissionChecker } from '../tools/types.js';
 type PermissionStrategy = 'full-auto' | 'safe';
 /** 真正非交互模式（print/acp）：所有工具无条件放行（命令由用户显式触发）。 */
 declare const fullyAutoApproveChecker: PermissionChecker;
-/** 安全策略：只读工具（permission: 'auto'，如 read/grep/glob/websearch）自动放行；
- * 写/执行工具（permission: 'ask'，如 bash/write/edit）返回 ask 需确认；
- * permission: 'deny' 拒绝。复用 tools 层 autoAllowChecker（按工具自身声明的权限分级）。 */
-declare const readOnlySafeChecker: PermissionChecker;
+/**
+ * 非交互模式（print）安全策略（P1-6）：ask 工具**直接拒绝**并给出可操作提示
+ * （-y 或 serve），而非返回 permission_required 让 LLM 在无确认通道下无限重试。
+ * 拒绝原因作为 tool result 交给模型，模型会向用户转述。
+ */
+declare const nonInteractiveSafeChecker: PermissionChecker;
 /** 把 config.providers 注册到新建的 LLM registry。 */
 declare function buildLLMRegistry(config: Config): Registry;
 type BuildDepsOptions = {
@@ -27,4 +29,4 @@ type BuildDepsOptions = {
 /** 组装完整 LoopDeps（默认 safe 放行 + 默认工具注册表）。 */
 declare function buildAgentDeps(config: Config, opts: BuildDepsOptions): Promise<LoopDeps>;
 export type { BuildDepsOptions, PermissionStrategy };
-export { buildAgentDeps, buildLLMRegistry, fullyAutoApproveChecker, readOnlySafeChecker };
+export { buildAgentDeps, buildLLMRegistry, fullyAutoApproveChecker, nonInteractiveSafeChecker };

package/dist/cli/deps.js

@@ -10,10 +10,24 @@ const fullyAutoApproveChecker = {
     },
     confirm: (_toolCallId, _approved) => { },
 };
-/** 安全策略：只读工具（permission: 'auto'，如 read/grep/glob/websearch）自动放行；
- * 写/执行工具（permission: 'ask'，如 bash/write/edit）返回 ask 需确认；
- * permission: 'deny' 拒绝。复用 tools 层 autoAllowChecker（按工具自身声明的权限分级）。 */
-const readOnlySafeChecker = autoAllowChecker;
+/**
+ * 非交互模式（print）安全策略（P1-6）：ask 工具**直接拒绝**并给出可操作提示
+ * （-y 或 serve），而非返回 permission_required 让 LLM 在无确认通道下无限重试。
+ * 拒绝原因作为 tool result 交给模型，模型会向用户转述。
+ */
+const nonInteractiveSafeChecker = {
+    check: async (tool, _input, _ctx) => {
+        const result = await autoAllowChecker.check(tool, _input, _ctx);
+        if (result._tag === 'ask') {
+            return {
+                _tag: 'deny',
+                reason: `非交互模式：工具 "${tool.name}" 需要确认。请加 -y 放行写操作，或使用 c0de serve 交互确认`,
+            };
+        }
+        return result;
+    },
+    confirm: autoAllowChecker.confirm,
+};
 /** 把 config.providers 注册到新建的 LLM registry。 */
 function buildLLMRegistry(config) {
     const registry = createRegistry();
@@ -44,8 +58,10 @@ function resolvePermissionChecker(config, strategy) {
     if (strategy === 'full-auto')
         return fullyAutoApproveChecker;
     if (strategy === 'safe')
-        return readOnlySafeChecker;
-    return config.permission.defaultMode === 'auto' ? fullyAutoApproveChecker : readOnlySafeChecker;
+        return nonInteractiveSafeChecker;
+    return config.permission.defaultMode === 'auto'
+        ? fullyAutoApproveChecker
+        : nonInteractiveSafeChecker;
 }
 /** 组装完整 LoopDeps（默认 safe 放行 + 默认工具注册表）。 */
 async function buildAgentDeps(config, opts) {
@@ -70,4 +86,4 @@ async function buildAgentDeps(config, opts) {
     };
     return deps;
 }
-export { buildAgentDeps, buildLLMRegistry, fullyAutoApproveChecker, readOnlySafeChecker };
+export { buildAgentDeps, buildLLMRegistry, fullyAutoApproveChecker, nonInteractiveSafeChecker };

package/dist/cli/index.d.ts

@@ -1,5 +1,5 @@
 #!/usr/bin/env node
-import type { CommandSpec } from './parser.js';
+import { type CommandSpec } from './parser.js';
 declare const COMMANDS: CommandSpec[];
 type DispatchOverrides = {
     runServe?: () => Promise<void>;

package/dist/cli/index.js

@@ -1,9 +1,10 @@
 #!/usr/bin/env node
 // src/cli/index.ts — c0de CLI bin entry.
+import { mkdirSync } from 'node:fs';
 import { fileURLToPath } from 'node:url';
-import { parseArgs } from 'node:util';
 import { loadConfig } from '../core/config.js';
 import { createDB, migrateDB } from '../db/index.js';
+import { acquireDevDbLock, releaseDevDbLock, resolveDbDir } from '../server/server.js';
 import { runAcpCommand } from './commands/acp.js';
 import { runChatCommand } from './commands/chat.js';
 import { runConfigCommand } from './commands/config.js';
@@ -12,6 +13,7 @@ import { runPluginCommand } from './commands/plugin.js';
 import { runServeCommand } from './commands/serve.js';
 import { runUpdateCommand } from './commands/update.js';
 import { buildAgentDeps } from './deps.js';
+import { parseCommand } from './parser.js';
 const COMMANDS = [
     {
         name: 'chat',
@@ -20,6 +22,7 @@ const COMMANDS = [
             { name: 'model', type: 'string' },
             { name: 'format', type: 'string' },
             { name: 'yes', type: 'boolean', short: 'y' },
+            { name: 'continue', type: 'string' },
         ],
     },
     {
@@ -58,6 +61,63 @@ const COMMANDS = [
         options: [{ name: 'apply', type: 'boolean' }],
     },
 ];
+/** 判别持久库错误是否为「库被其它 c0de 进程占用」的锁冲突特征（读 server.ts 确认）：
+ *  - acquireDevDbLock 对 live lock 抛出的 "Database is locked by another c0de process (PID …)"；
+ *  - PGLite 单写者 WASM 崩溃 RuntimeError "Aborted()"（serve 未持锁但占用 dataDir 时的兜底特征）。
+ *  其余错误（磁盘故障、迁移失败等）不属于锁冲突，不得误报 serve。 */
+function isDbLockConflict(err) {
+    if (!(err instanceof Error))
+        return false;
+    if (err.message.includes('Database is locked by another c0de process'))
+        return true;
+    return err.name === 'RuntimeError' && /abort/i.test(err.message);
+}
+/** 封装 agent 依赖生命周期：加载配置 → 建库迁移 → 组装 deps → 使用后关库。
+ *  chat / acp 两个命令复用同一套逻辑（此前在 dispatch 中各写一份）。
+ *  数据库优先用全局 dataDir 持久库（会话可恢复，--continue 可用）；
+ *  仅当错误是锁冲突特征（dataDir 被 serve 实例占用）时退化为内存库并 stderr 提示，
+ *  其它持久库错误如实上抛（main 统一打印 + 非零退出）；
+ *  带 --continue 时内存库不含历史会话，直接报错退出而非误导性的 session not found。 */
+async function withAgentDeps(cwd, opts, fn) {
+    const config = await loadConfig(cwd);
+    const dataDir = resolveDbDir();
+    let db;
+    let holdLock = false;
+    try {
+        mkdirSync(dataDir, { recursive: true });
+        acquireDevDbLock(dataDir);
+        holdLock = true;
+        db = await createDB({ driver: 'pglite', dataDir });
+        await migrateDB(db);
+    }
+    catch (err) {
+        if (holdLock)
+            releaseDevDbLock(dataDir);
+        holdLock = false;
+        if (!isDbLockConflict(err))
+            throw err;
+        if (opts.continueSessionId) {
+            throw new Error(`无法续聊会话 ${opts.continueSessionId}：持久库被 c0de serve 占用，内存模式无法续聊。\n` +
+                `请停止 serve 后重试，或去掉 --continue 开启新会话。`);
+        }
+        process.stderr.write('[c0de] c0de serve 正在运行，本次会话不持久化（内存模式）\n');
+        db = await createDB({ driver: 'pglite' });
+        await migrateDB(db);
+    }
+    try {
+        const deps = await buildAgentDeps(config, {
+            db,
+            cwd,
+            ...(opts.strategy ? { permissionStrategy: opts.strategy } : {}),
+        });
+        await fn(config, deps);
+    }
+    finally {
+        await db.close();
+        if (holdLock)
+            releaseDevDbLock(dataDir);
+    }
+}
 async function dispatch(argv, overrides = {}) {
     const [command, ...rest] = argv;
     const name = command ?? 'serve';
@@ -68,16 +128,7 @@ async function dispatch(argv, overrides = {}) {
     const spec = COMMANDS.find((c) => c.name === name);
     if (!spec)
         throw new Error(`cli: unknown command "${name}"`);
-    const { values, positionals } = parseArgs({
-        options: Object.fromEntries((spec.options ?? []).map((o) => [
-            o.name,
-            { type: o.type, ...(o.short ? { short: o.short } : {}) },
-        ])),
-        args: rest,
-        allowPositionals: true,
-        strict: true,
-    });
-    const args = { options: values, positionals };
+    const args = parseCommand(spec, rest);
     const cwd = process.cwd();
     switch (name) {
         case 'serve': {
@@ -85,21 +136,10 @@ async function dispatch(argv, overrides = {}) {
             return;
         }
         case 'chat': {
-            const config = await loadConfig(cwd);
-            const db = await createDB({ driver: 'pglite' });
-            await migrateDB(db);
-            try {
-                // --yes / -y 显式放行写操作；否则按 config.permission.defaultMode 决定（默认 safe）。
-                const deps = await buildAgentDeps(config, {
-                    db,
-                    cwd,
-                    ...(args.options.yes ? { permissionStrategy: 'full-auto' } : {}),
-                });
-                await runChatCommand({ args, config, deps });
-            }
-            finally {
-                await db.close();
-            }
+            // --yes / -y 显式放行写操作；否则按 config.permission.defaultMode 决定（默认 safe）。
+            const strategy = args.options.yes ? 'full-auto' : undefined;
+            const continueId = args.options.continue;
+            await withAgentDeps(cwd, { ...(strategy ? { strategy } : {}), ...(continueId ? { continueSessionId: continueId } : {}) }, (config, deps) => runChatCommand({ args, config, deps }));
             return;
         }
         case 'init': {
@@ -115,17 +155,8 @@ async function dispatch(argv, overrides = {}) {
             return;
         }
         case 'acp': {
-            const config = await loadConfig(cwd);
-            const db = await createDB({ driver: 'pglite' });
-            await migrateDB(db);
-            try {
-                // ACP 非交互：所有工具放行（编辑器侧自行控制执行授权）。
-                const deps = await buildAgentDeps(config, { db, cwd, permissionStrategy: 'full-auto' });
-                await runAcpCommand({ config, deps });
-            }
-            finally {
-                await db.close();
-            }
+            // ACP 非交互：所有工具放行（编辑器侧自行控制执行授权）。
+            await withAgentDeps(cwd, { strategy: 'full-auto' }, (config, deps) => runAcpCommand({ config, deps }));
             return;
         }
         case 'update': {

package/dist/cli/modes/print.d.ts

@@ -5,12 +5,14 @@ type PrintOptions = {
     model?: string;
     format?: 'text' | 'json';
     maxTokens?: number;
+    /** 续接已有会话（--continue）：加载该会话历史作为上下文。 */
+    sessionId?: string;
     /** 事件观察回调（CLI 用于把 tool/thinking 写到 stderr）。 */
     onEvent?: (event: AgentEvent) => void;
 };
 /** 从事件流累积 assistant 文本。纯函数。 */
 declare function collectAssistantText(events: AgentEvent[]): string;
-/** Print 模式：临时会话 → agent → 收集文本 → 返回。 */
+/** Print 模式：临时会话（或 --continue 指定会话）→ agent → 收集文本 → 返回。 */
 declare function runPrintMode(config: Config, message: string, deps: LoopDeps, opts?: PrintOptions): Promise<string>;
 export type { PrintOptions };
 export { collectAssistantText, runPrintMode };

package/dist/cli/modes/print.js

@@ -1,5 +1,6 @@
 import { createAgent, runAgent } from '../../core/agent.js';
-import { createSession } from '../../session/session.js';
+import { createSession, getSession } from '../../session/session.js';
+import { resolveEnabledToolNames } from '../../tools/index.js';
 /** 从事件流累积 assistant 文本。纯函数。 */
 function collectAssistantText(events) {
     let text = '';
@@ -9,13 +10,29 @@ function collectAssistantText(events) {
     }
     return text;
 }
-/** Print 模式：临时会话 → agent → 收集文本 → 返回。 */
+/** sessions.id 为 uuid 列：非 uuid 的 --continue 输入会让 PG 直接抛原始
+ *  "invalid input syntax for type uuid" SQL 错误。前置校验统一转译为
+ *  「session not found」（与不存在的会话同语义），不泄漏 SQL 原文。 */
+const UUID_PATTERN = /^[0-9a-f]{8}-[0-9a-f]{4}-[0-9a-f]{4}-[0-9a-f]{4}-[0-9a-f]{12}$/i;
+/** Print 模式：临时会话（或 --continue 指定会话）→ agent → 收集文本 → 返回。 */
 async function runPrintMode(config, message, deps, opts = {}) {
-    const session = await createSession(deps.db, 'cli-print');
+    let session;
+    if (opts.sessionId) {
+        if (!UUID_PATTERN.test(opts.sessionId))
+            throw new Error(`session not found: ${opts.sessionId}`);
+        const existing = await getSession(deps.db, opts.sessionId);
+        if (!existing)
+            throw new Error(`session not found: ${opts.sessionId}`);
+        session = existing;
+    }
+    else {
+        session = await createSession(deps.db, 'cli-print');
+    }
     const agentConfig = {
         provider: config.defaultProvider,
         model: opts.model ?? config.defaultModel,
-        tools: config.tools.enabled,
+        // 工具集：enabled 非空 → enabled ∩ registered；空 → 全部 registered（disabled 已在 registry 层过滤）。
+        tools: resolveEnabledToolNames(deps.toolRegistry, config),
         plugins: config.plugins.enabled,
         ...(opts.maxTokens !== undefined ? { maxTokens: opts.maxTokens } : {}),
     };

package/dist/core/agent.js

@@ -1,12 +1,11 @@
+import { resolveRoute } from '../llm/registry.js';
 import { appendMessage, getMessages } from '../session/message.js';
 import { getLLMSegments } from '../session/session.js';
 import { generateId } from '../shared/index.js';
-import { listTools } from '../tools/registry.js';
 import { getLatestTodoPhasesFromMessages } from '../tools/builtin/todo.js';
-import { estimateBudget } from './context.js';
-import { createTokenBudget } from './context.js';
+import { listTools } from '../tools/registry.js';
+import { createTokenBudget, estimateBudget } from './context.js';
 import { agentLoop } from './loop.js';
-import { resolveRoute } from '../llm/registry.js';
 import { DEFAULT_SESSION_TITLE, generateSessionTitle } from './title.js';
 async function createAgent(session, config, deps) {
     const messages = await getMessages(deps.db, session.id);

package/dist/core/config.d.ts

@@ -1,7 +1,24 @@
 import type { AgentsConfig, CompactionConfig, Config, MCPServerConfig, PermissionConfig, SecurityConfig, ToolMetricsConfig, UpdateConfig, WebSearchConfig } from '../shared/types/config.js';
 declare const DEFAULT_CONFIG: Config;
 declare function mergeConfig(...configs: (Partial<Config> | undefined)[]): Config;
+/**
+ * 读取 global/project 两个作用域的**原始文件内容**（不经 DEFAULT 合并）。
+ * 供配置持久化使用：写回某个作用域时只落该作用域应有的键，
+ * 避免把合并结果（含默认值与另一作用域的配置）整体序列化进文件。
+ */
+declare function loadConfigScopes(projectDir?: string): {
+    global: Partial<Config> | undefined;
+    project: Partial<Config> | undefined;
+};
+/**
+ * 不注入默认值的深合并：仅合并传入对象的自有键。
+ * 数组整体替换（providers 等列表语义）；嵌套普通对象递归合并。
+ * 用于「patch 合并进某个作用域的原始文件」后再写盘。
+ */
+declare function mergeRaw(...cfgs: (Record<string, unknown> | undefined)[]): Record<string, unknown>;
+/** 把 raw JSON 写回指定作用域配置文件（不含默认值）。 */
+declare function saveConfigScoped(scope: 'global' | 'project', projectDir: string | undefined, data: Record<string, unknown>): Promise<void>;
 declare function loadConfig(projectDir?: string): Promise<Config>;
 declare function saveConfig(config: Config, scope: 'global' | 'project', projectDir?: string): Promise<void>;
 export type { AgentsConfig, CompactionConfig, Config, MCPServerConfig, PermissionConfig, SecurityConfig, ToolMetricsConfig, UpdateConfig, WebSearchConfig, };
-export { DEFAULT_CONFIG, loadConfig, mergeConfig, saveConfig };
+export { DEFAULT_CONFIG, loadConfig, loadConfigScopes, mergeConfig, mergeRaw, saveConfig, saveConfigScoped, };

package/dist/core/config.js

@@ -16,19 +16,18 @@ const DEFAULT_CONFIG = {
         keepRecentTokens: 4000,
         midTurnEnabled: false,
     },
-    tools: {
-        enabled: ['read', 'write', 'edit', 'glob', 'grep', 'bash', 'todo', 'websearch'],
-        disabled: [],
-    },
+    // enabled 为空 = 启用全部注册工具（registry 层过滤 disabled）。
+    // 非空 = 默认工具集。CLI print 与 Web chat 统一经 resolveEnabledToolNames 解析。
+    tools: { enabled: [], disabled: [] },
     plugins: { enabled: [] },
     mcpServers: [],
     slashCommands: { enabled: ['/compact', '/model', '/clear', '/help', '/fork', '/config'] },
     toolMetrics: { enabled: true, threshold: 0.8, minSamples: 5 },
-    security: { authEnabled: false, allowedOrigins: [] },
+    security: { authEnabled: true, allowedOrigins: [] },
     websearch: { provider: 'auto' },
     agents: { dir: '.c0de/agents', subagentConcurrency: 3 },
     permission: { defaultMode: 'default' },
-    update: { enabled: true, intervalMs: 60 * 60 * 1000, initialDelayMs: 10_000, autoApply: false },
+    update: { enabled: true, intervalMs: 60 * 60 * 1000, initialDelayMs: 10_000 },
     theme: 'system',
     locale: 'en',
 };
@@ -69,6 +68,55 @@ function readJsonIfExists(path) {
         return undefined;
     }
 }
+/**
+ * 读取 global/project 两个作用域的**原始文件内容**（不经 DEFAULT 合并）。
+ * 供配置持久化使用：写回某个作用域时只落该作用域应有的键，
+ * 避免把合并结果（含默认值与另一作用域的配置）整体序列化进文件。
+ */
+function loadConfigScopes(projectDir) {
+    const globalPath = join(homedir(), GLOBAL_CONFIG_DIR, CONFIG_FILENAME);
+    const projectPath = join(projectDir ?? process.cwd(), '.c0de', CONFIG_FILENAME);
+    return { global: readJsonIfExists(globalPath), project: readJsonIfExists(projectPath) };
+}
+/**
+ * 不注入默认值的深合并：仅合并传入对象的自有键。
+ * 数组整体替换（providers 等列表语义）；嵌套普通对象递归合并。
+ * 用于「patch 合并进某个作用域的原始文件」后再写盘。
+ */
+function mergeRaw(...cfgs) {
+    const result = {};
+    for (const cfg of cfgs) {
+        if (!cfg)
+            continue;
+        for (const [key, val] of Object.entries(cfg)) {
+            if (val === undefined)
+                continue;
+            const current = result[key];
+            if (val !== null &&
+                typeof val === 'object' &&
+                !Array.isArray(val) &&
+                current !== null &&
+                typeof current === 'object' &&
+                !Array.isArray(current)) {
+                result[key] = mergeRaw(current, val);
+            }
+            else {
+                result[key] = val;
+            }
+        }
+    }
+    return result;
+}
+/** 把 raw JSON 写回指定作用域配置文件（不含默认值）。 */
+async function saveConfigScoped(scope, projectDir, data) {
+    const dir = scope === 'global'
+        ? join(homedir(), GLOBAL_CONFIG_DIR)
+        : join(projectDir ?? process.cwd(), '.c0de');
+    if (!existsSync(dir))
+        mkdirSync(dir, { recursive: true });
+    const path = join(dir, CONFIG_FILENAME);
+    writeFileSync(path, JSON.stringify(data, null, 2), 'utf-8');
+}
 async function loadConfig(projectDir) {
     const globalPath = join(homedir(), GLOBAL_CONFIG_DIR, CONFIG_FILENAME);
     const projectPath = join(projectDir ?? process.cwd(), '.c0de', CONFIG_FILENAME);
@@ -85,4 +133,4 @@ async function saveConfig(config, scope, projectDir) {
     const path = join(dir, CONFIG_FILENAME);
     writeFileSync(path, JSON.stringify(config, null, 2), 'utf-8');
 }
-export { DEFAULT_CONFIG, loadConfig, mergeConfig, saveConfig };
+export { DEFAULT_CONFIG, loadConfig, loadConfigScopes, mergeConfig, mergeRaw, saveConfig, saveConfigScoped, };

package/dist/core/loop.js

@@ -77,7 +77,7 @@ export async function* agentLoop(state, deps) {
         }
         state.status = { _tag: 'running', turnCount: turn };
         const steering = drainSteering(state);
-        const { entries, snapshots } = await getSessionContext(deps.db, state.session.id);
+        const { entries, snapshots } = await getSessionContext(deps.db, state.session.id, deps.cwd);
         let chatMessages = entriesToChatMessages(entries, snapshots);
         // steering 消息必须插入到最后一条 user 消息之前（而非末尾 push），
         // 使 notice 在相关 user 消息的同一 turn 生效。

package/dist/core/workflows/discovery.d.ts

@@ -28,5 +28,5 @@ type SaveResult = {
  * - 返回 { ok, filePath, meta } 或 { ok: false, error }
  */
 declare function saveWorkflow(name: string, source: string, target?: SaveTarget, projectDir?: string): Promise<SaveResult>;
-export { discoverGlobalWorkflows, discoverWorkflows, saveWorkflow };
 export type { SaveResult, SaveTarget };
+export { discoverGlobalWorkflows, discoverWorkflows, saveWorkflow };

package/dist/core/workflows/index.d.ts

@@ -1,7 +1,7 @@
 export { BUILTIN_WORKFLOWS, createBuiltinWorkflows } from './builtins.js';
 export { buildWorkflowContext } from './context.js';
-export { discoverGlobalWorkflows, discoverWorkflows, saveWorkflow } from './discovery.js';
 export type { SaveResult, SaveTarget } from './discovery.js';
+export { discoverGlobalWorkflows, discoverWorkflows, saveWorkflow } from './discovery.js';
 export type { WorkflowRegistry } from './registry.js';
 export { createAndPopulateRegistry, createWorkflowRegistry, reloadRegistry } from './registry.js';
 export { executeWorkflow } from './runtime.js';

package/dist/db/schema.d.ts

@@ -783,6 +783,23 @@ export declare const fileSnapshots: import("drizzle-orm/pg-core").PgTableWithCol
             identity: undefined;
             generated: undefined;
         }, {}, {}>;
+        mtimeMs: import("drizzle-orm/pg-core").PgColumn<{
+            name: "mtime_ms";
+            tableName: "file_snapshots";
+            dataType: "number";
+            columnType: "PgBigInt53";
+            data: number;
+            driverParam: string | number;
+            notNull: false;
+            hasDefault: false;
+            isPrimaryKey: false;
+            isAutoincrement: false;
+            hasRuntimeDefault: false;
+            enumValues: undefined;
+            baseColumn: never;
+            identity: undefined;
+            generated: undefined;
+        }, {}, {}>;
         createdAt: import("drizzle-orm/pg-core").PgColumn<{
             name: "created_at";
             tableName: "file_snapshots";

package/dist/db/schema.js

@@ -1,5 +1,5 @@
 import { sql } from 'drizzle-orm';
-import { index, integer, jsonb, pgTable, real, text, timestamp, uniqueIndex, uuid, } from 'drizzle-orm/pg-core';
+import { bigint, index, integer, jsonb, pgTable, real, text, timestamp, uniqueIndex, uuid, } from 'drizzle-orm/pg-core';
 /**
  * Projects table — git repos or plain directories tracked for agent workspaces.
  * Identity: sha256(worktree)[:16]（git 仓库用仓库根，普通目录用绝对路径）。gitRemote 仅作
@@ -89,6 +89,8 @@ export const fileSnapshots = pgTable('file_snapshots', {
     contentHash: text('content_hash').notNull(),
     tokenCount: integer('token_count').default(0),
     version: integer('version').default(1),
+    /** 快照创建时文件磁盘 mtime（毫秒）。注入前比对，过期自动重读（P1-5）。 */
+    mtimeMs: bigint('mtime_ms', { mode: 'number' }),
     createdAt: timestamp('created_at', { withTimezone: true }).notNull().defaultNow(),
 }, (table) => [
     index('idx_snapshots_session_path').on(table.sessionId, table.filePath),