agent-enderun 1.1.0 → 1.1.2

package/docs/project_analysis_report.md

@@ -0,0 +1,69 @@
+# Agent Enderun — Framework Analizi ve Proje Raporu
+
+Bu rapor, **Agent Enderun Enterprise v1 (v1.1.2)** altyapısının genel mimari yapısını, orkestrasyon mekanizmasını, MCP araçlarını ve kurumsal proje geliştirme standartlarını incelemek amacıyla hazırlanmıştır. 
+
+Projenin `apps/` dizini kasıtlı olarak boş bırakılmıştır. Bu yapı, geliştiricilerin kendi yeteneklerini, hafıza haritalarını ve kurumsal iş mantıklarını sıfırdan ve temiz bir alanda inşa edebilmesi için tasarlanmış bir **"kurumsal proje geliştirme motoru" (development engine)** niteliğindedir.
+
+---
+
+## 🏛️ Mimari Yapı ve Temel Bileşenler
+
+Agent Enderun, AI ajanlarının otonom olarak çalışabileceği ancak insan yapımı kurallarla (Anayasa) sıkı bir şekilde sınırlandırıldığı bir **AI Yönetişim Altyapısıdır (AI Governance Framework)**.
+
+```mermaid
+graph TD
+    CLI[CLI: agent-enderun] -->|Komutlar & NL İstekleri| Manager[@manager - Commander]
+    Manager -->|Hermes Protokolü| MsgQueue[Mesaj Kuyruğu: .enderun/messages/]
+    MsgQueue -->|Durum Makinesi / AL| Agents[Ajan Ordusu: 12 Uzman Ajan]
+    Agents -->|MCP Araçları| Workspace[Proje Çalışma Alanı: apps/]
+    Agents -->|Loglama & Hafıza| Mem[Proje Hafızası: PROJECT_MEMORY.md]
+```
+
+### 1. Supreme Constitution (Üstün Yasa)
+Tüm sistemin ve ajanların uymak zorunda olduğu kurallar bütününü içerir:
+*   **Ana Anayasa (`.enderun/ENDERUN.md`):** Ajanların operasyonel sınırlarını çizer. `replace_text` kullanımı zorunluluğu, `any` tipinin ve `console.log` kullanımının yasak olması, Zero Mock (Sahte Veri Yasağı) ve branded types standartları burada mühürlenmiştir.
+*   **Güvenlik Protokolleri (`docs/architecture/approval-flows.md`):** Yüksek riskli işlemler (toplu veri silme, veritabanı şema değişimi, credential rotasyonu) için `@manager` onayını ve insan-in-the-loop (`approve` komutu) imzasını zorunlu kılar.
+
+### 2. Ajan Ordusu (Agent Army - AL Compliant)
+`.enderun/agents/` altında JSON şemalarıyla tanımlanmış 12 adet uzman ajan bulunur. Ajanların durumları **Agent Lifecycle (AL)** durum makinesine (`IDLE` ➔ `BRIEFED` ➔ `EXECUTING` ➔ `DONE`/`BLOCKED`) göre yönetilir:
+*   `@manager`: Supreme Orchestrator ve Team-Lead rolündedir. Her talebi analiz eder ve iş paketlerini delege eder.
+*   `@backend` & `@frontend`: Sunucu mantığı, Panda CSS tabanlı sıfır-kütüphane arayüz standartlarını yönetir.
+*   `@database` & `@devops`: Kysely tabanlı veri katmanını ve CI/CD süreçlerini yürütür.
+*   `@quality`: Kod standartlarını (ESLint) ve test kapsamını (%80 üzeri) denetleyen son onay kapısıdır.
+*   `@explorer`, `@git`, `@mobile`, `@native`, `@security`, `@analyst`: Diğer uzmanlık alanlarındaki görevleri icra eder.
+
+### 3. Hermes Mesajlaşma Kanalı
+Ajanlar arası ve kullanıcı ile ajanlar arasındaki iletişim asenkron ve JSON formatında Hermes protokolü ile sağlanır:
+*   **İletişim Kanalı:** `.enderun/messages/` klasöründe yer alan JSON dosyalarıdır.
+*   **Kilit Mekanizması:** Çakışmaları önlemek için `.lock` dosyası ile Hermes kilit protokolü uygulanır (LLM zaman aşımları için 5 saniyelik stale lock kontrolü mevcuttur).
+*   **Trace ID:** Her işlem zinciri `trace:new` ile oluşturulan benzersiz bir Trace ID'yi miras alır ve tüm loglarda taşınır.
+
+---
+
+## 🛠️ CLI ve Geliştirici Komutları
+
+Çalışma alanı kök dizinindeki `bin/cli.js` üzerinden `src/cli/` altındaki komutlar tetiklenir:
+1.  `init [adapter]`: Altyapıyı hedef ortama (`gemini`, `claude`, `grok` vb.) göre uyarlar, kurallar ve yetenek şablonlarını oluşturur.
+2.  `check`: Sistem sağlık taramasını gerçekleştirir ve ajan ordusunun şema uyumluluğunu doğrular.
+3.  `status`: Aktif fazı, güncel Trace ID'yi ve ajanların anlık durumlarını gösterir.
+4.  `trace:new`: Yeni bir iş zinciri başlatır.
+5.  `orchestrate`: Bekleyen Hermes görevlerini sırasıyla ajanlara delege eder ve durumlarını günceller.
+6.  `verify-contract` & `update-contract`: API veri tiplerinin ve kontratların frontend-backend arasında uyumlu olmasını güvence altına alır.
+
+---
+
+## 📡 Model Context Protocol (MCP) Server
+
+`framework-mcp/` dizini altında bağımsız bir paket olarak geliştirilmiştir:
+*   **SDK Entegrasyonu:** `@modelcontextprotocol/sdk` kullanılarak tasarlanmıştır.
+*   **Dosya Yönetim Araçları:** Ajanların kod üzerinde cerrahi operasyon yapmasını sağlayan `replace_text`, `patch_file`, `write_file` ve `read_file` araçları sunulur.
+*   **Yönetim ve Mesajlaşma Araçları:** Proje hafızasını güncellemek için `update_project_memory`, mesaj göndermek için `send_agent_message` ve eylemleri kaydetmek için `log_agent_action` araçlarını içerir.
+
+---
+
+## 📈 Sonuç ve Öneriler
+
+Proje, kurumsal seviyede çoklu ajan yönetimi ve kod kalitesi yönetişimi için mükemmel bir temel hazırlamıştır. `apps/` dizininin boş bırakılmış olması, geliştirilmek istenen özel kurumsal projeler için temiz bir sayfa sunar. Geliştirme sürecinde şunlara dikkat edilmelidir:
+1.  **Hafıza Senkronizasyonu:** Her aşamada `.enderun/memory/PROJECT_MEMORY.md` ve `.enderun/logs/` güncellenmelidir.
+2.  **Surgical Kodlama:** Dosyaları komple değiştirmek yerine MCP araçları ile nokta atışı (`replace_text`) düzenleme alışkanlığı sürdürülmelidir.
+3.  **AL Uyumluluğu:** Ajan tanımlarında yapılan değişikliklerden sonra mutlaka `agent-enderun validate` komutu ile doğrulama yapılmalıdır.

package/eslint.config.js

@@ -16,7 +16,7 @@ export default tseslint.config(
             "**/node_modules/**",
             "**/dist/**",
             "framework-mcp/dist/**",
-            "apps/*/dist/**",
+
             ".agent/**",
             ".gemini/**",
             ".claude/**",
@@ -37,7 +37,7 @@ export default tseslint.config(
                 ...globals.es2021,
             },
             parserOptions: {
-                project: ["./tsconfig.json", "./apps/*/tsconfig.json", "./framework-mcp/tsconfig.json"],
+                project: ["./tsconfig.json", "./framework-mcp/tsconfig.json"],
                 tsconfigRootDir: import.meta.dirname,
             },
 

package/framework-mcp/dist/src/index.js

@@ -5,7 +5,7 @@ import { TOOLS, toolHandlers } from "./tools/index.js";
 // ─── Server Setup ─────────────────────────────────────────────────
 const server = new Server({
     name: "@agent-enderun/mcp",
-    version: "1.0.9",
+    version: "1.1.2",
 }, {
     capabilities: {
         tools: {},

package/framework-mcp/dist/src/tools/definitions.js

@@ -1,11 +1,13 @@
 export const TOOLS = [
     {
         name: "read_file",
-        description: "Read the content of a file within the project.",
+        description: "Read the content of a file within the project. Supports optional line range reading to prevent stream overload.",
         inputSchema: {
             type: "object",
             properties: {
                 path: { type: "string", description: "Path to the file relative to project root" },
+                startLine: { type: "number", description: "Optional starting line number (1-indexed)" },
+                endLine: { type: "number", description: "Optional ending line number (inclusive)" },
             },
             required: ["path"],
         },

package/framework-mcp/dist/src/tools/file_system/read_file.js

@@ -2,6 +2,26 @@ import fs from "fs";
 import { safePath } from "../../utils/security.js";
 export function handleReadFile(projectRoot, args) {
     const filePath = safePath(projectRoot, args.path);
+    const startLine = args.startLine !== undefined ? Number(args.startLine) : undefined;
+    const endLine = args.endLine !== undefined ? Number(args.endLine) : undefined;
     const content = fs.readFileSync(filePath, "utf8");
+    const lines = content.split(/\r?\n/);
+    if (startLine !== undefined || endLine !== undefined) {
+        const start = startLine !== undefined ? Math.max(1, startLine) - 1 : 0;
+        const end = endLine !== undefined ? Math.min(lines.length, endLine) : lines.length;
+        const sliced = lines.slice(start, end).join("\n");
+        return { content: [{ type: "text", text: sliced }] };
+    }
+    // Default protection limit: 1000 lines
+    const DEFAULT_MAX_LINES = 1000;
+    if (lines.length > DEFAULT_MAX_LINES) {
+        const sliced = lines.slice(0, DEFAULT_MAX_LINES).join("\n");
+        return {
+            content: [{
+                    type: "text",
+                    text: `${sliced}\n\n... [TRUNCATED - File is too long (${lines.length} lines). Only the first ${DEFAULT_MAX_LINES} lines are shown. Use startLine and endLine parameters to read other parts of the file.]`
+                }]
+        };
+    }
     return { content: [{ type: "text", text: content }] };
 }

package/framework-mcp/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@agent-enderun/mcp",
-  "version": "1.0.9",
+  "version": "1.1.2",
   "description": "Agent Enderun Model Context Protocol (MCP) Server",
   "type": "module",
   "scripts": {
@@ -16,4 +16,4 @@
     "@types/node": "^25.9.1",
     "typescript": "^6.0.3"
   }
-}
+}

package/framework-mcp/src/index.ts

@@ -14,7 +14,7 @@ import { TOOLS, toolHandlers } from "./tools/index.js";
 const server = new Server(
     {
         name: "@agent-enderun/mcp",
-        version: "1.0.9",
+        version: "1.1.2",
     },
     {
         capabilities: {

package/framework-mcp/src/tools/definitions.ts

@@ -3,11 +3,13 @@ import { ToolDefinition } from "../tools/types.js";
 export const TOOLS: ToolDefinition[] = [
     {
         name: "read_file",
-        description: "Read the content of a file within the project.",
+        description: "Read the content of a file within the project. Supports optional line range reading to prevent stream overload.",
         inputSchema: {
             type: "object",
             properties: {
                 path: { type: "string", description: "Path to the file relative to project root" },
+                startLine: { type: "number", description: "Optional starting line number (1-indexed)" },
+                endLine: { type: "number", description: "Optional ending line number (inclusive)" },
             },
             required: ["path"],
         },

package/framework-mcp/src/tools/file_system/read_file.ts

@@ -4,6 +4,30 @@ import { ToolArgs, ToolResult } from "../types.js";
 
 export function handleReadFile(projectRoot: string, args: ToolArgs): ToolResult {
     const filePath = safePath(projectRoot, args.path as string);
+    const startLine = args.startLine !== undefined ? Number(args.startLine) : undefined;
+    const endLine = args.endLine !== undefined ? Number(args.endLine) : undefined;
+
     const content = fs.readFileSync(filePath, "utf8");
+    const lines = content.split(/\r?\n/);
+
+    if (startLine !== undefined || endLine !== undefined) {
+        const start = startLine !== undefined ? Math.max(1, startLine) - 1 : 0;
+        const end = endLine !== undefined ? Math.min(lines.length, endLine) : lines.length;
+        const sliced = lines.slice(start, end).join("\n");
+        return { content: [{ type: "text", text: sliced }] };
+    }
+
+    // Default protection limit: 1000 lines
+    const DEFAULT_MAX_LINES = 1000;
+    if (lines.length > DEFAULT_MAX_LINES) {
+        const sliced = lines.slice(0, DEFAULT_MAX_LINES).join("\n");
+        return {
+            content: [{
+                type: "text",
+                text: `${sliced}\n\n... [TRUNCATED - File is too long (${lines.length} lines). Only the first ${DEFAULT_MAX_LINES} lines are shown. Use startLine and endLine parameters to read other parts of the file.]`
+            }]
+        };
+    }
+
     return { content: [{ type: "text", text: content }] };
 }

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "agent-enderun",
-  "version": "1.1.0",
+  "version": "1.1.2",
   "description": "The Supreme AI Governance & Orchestration Framework for Enterprise Development",
   "author": "Yusuf BEKAR",
   "license": "MIT",
@@ -24,7 +24,6 @@
     "framework"
   ],
   "workspaces": [
-    "apps/*",
     "framework-mcp"
   ],
   "bin": {
@@ -50,6 +49,7 @@
     "docs"
   ],
   "scripts": {
+    "build": "tsc && npm run build --prefix framework-mcp",
     "enderun:build": "npm run build --prefix framework-mcp",
     "enderun:test": "vitest run",
     "enderun:test:watch": "vitest",
@@ -58,10 +58,12 @@
     "enderun:verify": "agent-enderun verify-contract",
     "enderun:update-contract": "agent-enderun update-contract",
     "enderun:check": "agent-enderun check",
+    "test:init": "node dist/src/cli/index.js init",
+    "test:init:run": "node bin/test-init-run.js",
     "enderun:lint": "eslint .",
     "lint": "eslint .",
-    "prepublishOnly": "npm run enderun:build",
-    "clean": "rm -rf node_modules apps/*/node_modules framework-mcp/node_modules apps/*/dist framework-mcp/dist"
+    "prepublishOnly": "npm run build",
+    "clean": "rm -rf dist node_modules framework-mcp/node_modules framework-mcp/dist"
   },
   "publishConfig": {
     "access": "public"
@@ -79,12 +81,12 @@
     "typescript": "^6.0.3",
     "typescript-eslint": "^8.60.0",
     "vitest": "^4.1.7",
-    "zod": "^3.24.2"
+    "zod": "^3.24.2",
+    "agent-enderun": "^1.1.2"
   },
   "enderun": {
-    "version": "1.1.0",
-    "initializedAt": "2026-05-31T09:58:25.773Z",
-    "frameworkDir": ".enderun"
+    "version": "1.1.2",
+    "initializedAt": "2026-06-03T19:49:46.747Z"
   },
   "dependencies": {}
 }

package/src/cli/adapters.ts

@@ -22,14 +22,14 @@ export interface AdapterConfig {
 export const ADAPTERS: Record<AdapterId, AdapterConfig> = {
     gemini: {
         id: "gemini",
-        frameworkDir: ".gemini",
-        shimFile: "gemini.md",
+        frameworkDir: ".enderun",
+        shimFile: "GEMINI.md",
         templateDir: ".enderun",
         nestedDirs: ["agents", "skills", "knowledge"],
     },
     claude: {
         id: "claude",
-        frameworkDir: ".claude",
+        frameworkDir: ".enderun",
         shimFile: "CLAUDE.md",
         templateDir: ".enderun",
         nestedDirs: ["agents", "skills", "knowledge"],
@@ -50,24 +50,24 @@ export const ADAPTERS: Record<AdapterId, AdapterConfig> = {
     },
     grok: {
         id: "grok",
-        frameworkDir: ".grok",
-        shimFile: "grok.md",
+        frameworkDir: ".enderun",
+        shimFile: "GROK.md",
         templateDir: ".enderun",
-        nestedDirs: ["plugins", "agents", "knowledge"],
+        nestedDirs: ["agents", "skills", "knowledge"],
     },
     antigravity: {
         id: "antigravity",
-        frameworkDir: ".agent",
+        frameworkDir: ".enderun",
         shimFile: "agent.md",
         templateDir: ".enderun",
-        nestedDirs: ["skills", "workflows", "rules", "knowledge"],
+        nestedDirs: ["agents", "skills", "knowledge"],
     },
     "antigravity-cli": {
         id: "antigravity-cli",
-        frameworkDir: ".gemini/antigravity-cli",
+        frameworkDir: ".enderun",
         shimFile: "agent.md",
         templateDir: ".enderun",
-        nestedDirs: ["agents", "skills"],
+        nestedDirs: ["agents", "skills", "knowledge"],
     },
 };
 
@@ -209,7 +209,9 @@ export function buildMcpServerEntry(projectRoot: string) {
     return {
         command: "node",
         args: [path.join(projectRoot, "framework-mcp/dist/index.js")],
-        env: {},
+        env: {
+            ENDERUN_PROJECT_ROOT: projectRoot,
+        },
     };
 }
 

package/src/cli/commands/check.ts

@@ -41,7 +41,6 @@ export function checkCommand() {
         { name: "MCP Config (mcp.json)", path: "mcp.json" },
         { name: "ESLint Config (eslint.config.js)", path: "eslint.config.js" },
         { name: "ESLint Standards", path: path.join(frameworkDir, `${knowledgeDir}/eslint-standards.md`) },
-        { name: "Backend Contract", path: path.join(pathsMap.backend, "contract.version.json") },
         { name: "MCP Server", path: "framework-mcp/package.json" },
         { name: "Panda CSS Config", path: "panda.config.ts" },
         { name: "Brain Dashboard", path: path.join(frameworkDir, "BRAIN_DASHBOARD.md") },
@@ -52,6 +51,11 @@ export function checkCommand() {
         { name: "Atomic Component Standards", path: path.join(pathsMap.docs, "frontend/component-patterns.md") },
     ];
 
+    // Optional app-level checks (only when apps/ has content)
+    const optionalChecks = [
+        { name: "Backend Contract", path: path.join(pathsMap.backend, "contract.version.json") },
+    ];
+
     for (const check of checks) {
         if (fs.existsSync(path.join(process.cwd(), check.path))) {
             console.warn(`✅ ${check.name} found.`);
@@ -61,6 +65,14 @@ export function checkCommand() {
         }
     }
 
+    for (const check of optionalChecks) {
+        if (fs.existsSync(path.join(process.cwd(), check.path))) {
+            console.warn(`✅ ${check.name} found.`);
+        } else {
+            console.warn(`ℹ️  ${check.name} not found (${check.path}) — created with 'create-app'.`);
+        }
+    }
+
     // Dependency Check
     const mcpNodeModules = path.join(process.cwd(), "framework-mcp/node_modules");
     const rootNodeModules = path.join(process.cwd(), "node_modules");

package/src/cli/commands/init.ts

@@ -10,15 +10,14 @@ import {
     runAdapterPostInit,
     type AdapterConfig,
 } from "../adapters.js";
-import { mergePackageJson, deepCleanProtocols, sanitizeJson, getPackageVersion, getValidatorPath } from "../utils/pkg.js";
+import { mergePackageJson, deepCleanProtocols, sanitizeJson, getPackageVersion, getValidatorPath, getPackageRoot } from "../utils/pkg.js";
 import { updateGitIgnore, ensureDir, writeJsonFile, copyDir, writeTextFile } from "../utils/fs.js";
 import { initializeMemory } from "../utils/memory.js";
 import { checkCommand } from "./check.js";
 
 const __filename = fileURLToPath(import.meta.url);
 const __dirname = path.dirname(__filename);
-const sourceDir = path.join(__dirname, "../../..");
-const targetDir = process.cwd();
+const sourceDir = getPackageRoot();
 
 const FRAMEWORK_VERSION = getPackageVersion();
 
@@ -130,7 +129,7 @@ const allAgents = [
     }
 ];
 
-function scaffoldCoreAgents(agentsBaseDir: string, dryRun: boolean) {
+function scaffoldCoreAgents(targetDir: string, agentsBaseDir: string, dryRun: boolean) {
     ensureDir(agentsBaseDir, dryRun);
     const agentSchemaDir = path.join(agentsBaseDir, "schema");
     ensureDir(agentSchemaDir, dryRun);
@@ -230,8 +229,11 @@ function buildDirsToCreate(adapter: AdapterConfig): string[] {
     const dirs = [
         adapter.frameworkDir,
         ...FRAMEWORK_SUBDIRS.map((d) => `${adapter.frameworkDir}/${d}`),
-        "apps/web", "apps/backend", "docs", "framework-mcp", "tests",
+        "docs", "framework-mcp",
     ];
+    if (process.env.ENDERUN_SKIP_INSTALL !== "1") {
+        dirs.push("tests");
+    }
     if (adapter.nestedDirs) {
         for (const nested of adapter.nestedDirs) dirs.push(`${adapter.frameworkDir}/${nested}`);
     }
@@ -240,6 +242,7 @@ function buildDirsToCreate(adapter: AdapterConfig): string[] {
 }
 
 export async function initCommand(adapterInput?: string, dryRun = false) {
+    const targetDir = process.cwd();
     const adapter = resolveAdapter(adapterInput);
     const { frameworkDir, shimFile, templateDir } = adapter;
     const targetFrameworkDir = path.join(targetDir, frameworkDir);
@@ -252,11 +255,9 @@ export async function initCommand(adapterInput?: string, dryRun = false) {
 
     const filesToProcess = [...CORE_FILES, shimFile].filter(f => CORE_FILES.includes(f) || f === shimFile || fs.existsSync(path.join(sourceDir, f)));
 
-    ensureDir(path.join(targetDir, "apps/backend"), dryRun);
-    const initContractPath = path.join(targetDir, "apps/backend/contract.version.json");
-    if (!fs.existsSync(initContractPath)) {
-        writeJsonFile(initContractPath, { contract_hash: "initial_hash_placeholder", last_updated: new Date().toISOString() }, dryRun);
-    }
+    // apps/ directory is intentionally left empty during init.
+    // Users create apps via `agent-enderun create-app` command.
+    // Contract file is created during app scaffolding, not init.
 
     let targetPkg: Record<string, unknown> = {};
     try {
@@ -324,7 +325,15 @@ export async function initCommand(adapterInput?: string, dryRun = false) {
     if (!dryRun) deepCleanProtocols(targetDir, targetScope);
 
     // Scaffold core agents under the central framework directory
-    scaffoldCoreAgents(path.join(targetFrameworkDir, "agents"), dryRun);
+    let agentFolder = "agents";
+    if (frameworkDir !== ".enderun") {
+        if (adapter.id === "antigravity") {
+            agentFolder = "skills";
+        } else if (adapter.id === "grok") {
+            agentFolder = "plugins";
+        }
+    }
+    scaffoldCoreAgents(targetDir, path.join(targetFrameworkDir, agentFolder), dryRun);
 
     if (!fs.existsSync(path.join(targetDir, ".git")) && !dryRun) {
         try { execSync("git init", { cwd: targetDir, stdio: "ignore" }); } catch { /* ignore */ }

package/src/cli/commands/orchestrate.ts

@@ -82,7 +82,7 @@ export async function orchestrateCommand() {
         }
 
         console.log("\n🤖 Görev Devredildi!");
-        console.log(`👉 Lütfen ${to} agent talimatlarını (${frameworkDir}/${agentFolder}/${to.replace("@", "")}.md) okuyun ve görevi yerine getirin.`);
+        console.log(`👉 Lütfen ${to} agent talimatlarını (${frameworkDir}/${agentFolder}/${to.replace("@", "")}.json) okuyun ve görevi yerine getirin.`);
         console.log("\n💡 İpucu: İş bittiğinde, mesajı PROCESSED olarak işaretlemek ve ajanı boşa çıkarmak için:");
         console.log("   npx agent-enderun status komutuyla kontrol edin.");
     }

package/src/cli/utils/memory.ts

@@ -167,6 +167,10 @@ This file is the Single Source of Truth (SSOT) and the persistent memory of the
     if (dryRun) {
         console.warn(`[DRY RUN] Would initialize PROJECT_MEMORY.md at ${memoryPath}`);
     } else {
+        const parentDir = path.dirname(memoryPath);
+        if (!fs.existsSync(parentDir)) {
+            fs.mkdirSync(parentDir, { recursive: true });
+        }
         fs.writeFileSync(memoryPath, finalTemplate);
         console.warn(`✅ PROJECT_MEMORY.md initialized in ${targetBase}`);
     }

package/src/cli/utils/pkg.ts

@@ -35,6 +35,10 @@ function findAgentEnderunPackageRoot(): string {
     let current = path.dirname(new URL(import.meta.url).pathname);
     const root = path.parse(current).root;
     while (current !== root) {
+        // Sandbox boundary guard: do not access parent paths outside the project workspace
+        if (!current.includes("agent-enderun")) {
+            break;
+        }
         const pkgPath = path.join(current, "package.json");
         if (fs.existsSync(pkgPath)) {
             try {
@@ -191,7 +195,7 @@ export function mergePackageJson(targetPath: string, sourcePath: string): void {
   if (!targetPkg.name) targetPkg.name = path.basename(process.cwd());
   if (!targetPkg.version) targetPkg.version = "0.1.0";
   if (!targetPkg.type) targetPkg.type = "module";
-  if (!targetPkg.workspaces) targetPkg.workspaces = ["apps/*", "framework-mcp"];
+  if (!targetPkg.workspaces) targetPkg.workspaces = ["framework-mcp"];
 
   // Add metadata
   targetPkg.enderun = {

package/tsconfig.json

@@ -15,8 +15,6 @@
   "include": [
     "src/**/*.ts",
     "tests/**/*.ts",
-    "apps/**/*.ts",
-    "apps/**/*.tsx",
     "framework-mcp/src/**/*.ts",
     "vitest.config.ts",
     "eslint.config.js"

package/.enderun/ARCHITECTURE.md

@@ -1 +0,0 @@
-# Agent Enderun Architecture Rules

package/.enderun/SECURITY.md

@@ -1 +0,0 @@
-# Agent Enderun Security Rules

package/bin/init-check.js

@@ -1,86 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env node
-
-/**
- * Agent Enderun — Init Validation Helper
- *
- * 📌 Low-usage dev/reference script.
- * Not wired into main `agent-enderun` CLI commands.
- * Use for manual post-init validation during development or testing.
- * See `src/cli/commands/check.ts` and `bin/validate-agent-army.js` for primary paths.
- */
-
-import fs from "fs";
-import path from "path";
-
-const targetDir = process.cwd();
-
-const candidates = [
-    ".gemini/antigravity",
-    ".gemini/antigravity-cli",
-    ".gemini",
-    ".claude",
-    ".grok",
-    ".agent",
-    ".enderun",
-];
-let frameworkDir = ".enderun";
-for (const dir of candidates) {
-    if (fs.existsSync(path.join(targetDir, dir))) {
-        frameworkDir = dir;
-        break;
-    }
-}
-
-let backend = "apps/backend";
-let docs = "docs";
-
-try {
-    const configPath = path.join(targetDir, frameworkDir, "config.json");
-    if (fs.existsSync(configPath)) {
-        const config = JSON.parse(fs.readFileSync(configPath, "utf8"));
-        if (config.paths) {
-            if (config.paths.backend) backend = config.paths.backend;
-            if (config.paths.docs) docs = config.paths.docs;
-        }
-    }
-} catch {
-    // ignore
-}
-
-const CRITICAL_STRUCTURE = [
-    `${frameworkDir}/agents`,
-    `${frameworkDir}/knowledge`,
-    `${frameworkDir}/memory-graph/agent-contexts`,
-    `${frameworkDir}/logs`,
-    `${frameworkDir}/queue`,
-    `${frameworkDir}/PROJECT_MEMORY.md`,
-    `${docs}/architecture/standards`,
-    `${backend}/src/database`,
-    `${backend}/src/seeds`,
-    `${backend}/migrations`
-];
-
-function checkIntegrity() {
-    console.warn("🔍 Running Agent Enderun Framework Integrity Check...");
-    let isHealthy = true;
-
-    for (const item of CRITICAL_STRUCTURE) {
-        const fullPath = path.join(targetDir, item);
-        if (!fs.existsSync(fullPath)) {
-            console.error(`❌ Missing critical component: ${item}`);
-            isHealthy = false;
-        } else {
-            console.warn(`✅ Verified: ${item}`);
-        }
-    }
-
-    if (isHealthy) {
-        console.warn("\n✨ Framework integrity verified. System is healthy.");
-        process.exit(0);
-    } else {
-        console.error("\n❌ Framework integrity check FAILED. Some components are missing.");
-        process.exit(1);
-    }
-}
-
-checkIntegrity();