@zerowall/dsh-plugin-skills 0.1.0-preview.5 → 0.1.0-preview.6

package/resources/skills/sc-tenifold-knockout/SKILL.md

@@ -38,7 +38,7 @@ Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skil
 
 远程精确操作、输入 schema 和任务映射见 [操作目录](references/operations.md)，路径以本 Skill 返回的 resourceBase 为根解析。远程提交使用 the native tool：`{"name":"research_workflow","arguments":{"action":"describe","workflow_id":"sc.knockout","operation":"r.submit.sc.tenifold.knockout"}}`。run 使用 `parameters={operation,arguments,request_id}`；返回的本地 run_id 用于 status/cancel。远端 scTenifold 状态接口真实参数是 job_id，不是 run_id。保留本地 intake/QC/解释流程。
 
-先通过 the native tool registry 发现 sc_tenifold_knockout_*，通过 the native tool 调用，保留现有 intake/QC/解释流程。程序化远程敲除入口为 research_workflow，workflow_id=sc.knockout；describe 查询 r.submit.sc.tenifold.knockout 的实际参数。下述旧 r_* 名字表示能力名称，线上调用使用 rmcp 聚合工具及目录返回的 action；本地上传使用 r_files action=upload_workspace。首次上传用户数据需确认。
+先通过 the native tool registry 发现 sc_tenifold_knockout_*，通过 the native tool 调用，保留现有 intake/QC/解释流程。程序化远程敲除入口为 research_workflow，workflow_id=sc.knockout；describe 查询 r.submit.sc.tenifold.knockout 的实际参数。下述旧 r_* 名字表示能力名称，线上调用使用 zerowallrmcp 聚合工具及目录返回的 action；本地上传使用 r_files action=upload_workspace。首次上传用户数据需确认。
 
 ## 标准流程
 

package/resources/skills/sc-tenifold-knockout/references/examples.json

@@ -4,7 +4,7 @@
   "steps": [
     {"name":"research_workflow","arguments":{"action":"query","workflow_id":"sc.knockout","parameters":{"operation":"r.validate.sc.tenifold.runtime","arguments":{}}}},
     {"name":"research_workflow","arguments":{"action":"describe","workflow_id":"sc.knockout","operation":"r.submit.sc.tenifold.knockout"}},
-    {"name":"research_workflow","arguments":{"action":"run","workflow_id":"sc.knockout","parameters":{"operation":"r.submit.sc.tenifold.knockout","arguments":{"project_id":"rmcp-demo","input_path":"inputs/counts.rds","output_path":"sc-tenifold/demo","target":"CD3D","parameters":{"seed":123,"nc_nNet":2,"nc_nCells":100,"td_K":3},"confirm":true},"request_id":"sc-knockout-demo-1"}}}
+    {"name":"research_workflow","arguments":{"action":"run","workflow_id":"sc.knockout","parameters":{"operation":"r.submit.sc.tenifold.knockout","arguments":{"project_id":"zerowallrmcp-demo","input_path":"inputs/counts.rds","output_path":"sc-tenifold/demo","target":"CD3D","parameters":{"seed":123,"nc_nNet":2,"nc_nCells":100,"td_K":3},"confirm":true},"request_id":"sc-knockout-demo-1"}}}
   ],
   "expected":{"run":"local run_id; remote_key=job_id; status uses r.get.sc.tenifold.run; final manifest lists result tables"},
   "failure":{"condition":"target absent, non-integer counts or unavailable runtime","recovery":"validate input and runtime before a new request; never describe normalized data as raw counts"}

package/resources/skills/zerowall-faerskit/SKILL.md

@@ -9,7 +9,7 @@ Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skil
 
 # FAERS 分析与本地交付
 
-使用 Host `research_workflow`，工作流 ID 为 `r.faerskit`，并按实时 `describe` 的 schema 执行。提示组装前，Host 会自动连接已启用 MCP 并动态发现工具；完整传入所有可用服务的实时 schema，不设工具数量上限；可用 `mcp_search` 按能力检索和刷新。无需预先调用 `mcp_connect`，也不要要求用户管理连接。若 RMCP 未公布通用 `r_runtime`，Host 会使用版本化操作契约完成目录/说明发现，并将 FAERS 查询和作业直接路由到实时 `r_faerskit` / `r_jobs` 工具；仍以工具在线状态和返回结果判断可用性。Host 自动创建或绑定当前对话所需的远端项目，遇到明确的项目不存在错误会修复绑定并重试一次。不要直接调用原始 `mcp__rmcp__*` 工具，也不要调用 FigureYa 的旧 catalog 工具；文件下载统一使用 Host `r_files`，由 Host 自动处理远端工具版本差异。不要要求用户创建项目或提供项目 ID。若自动连接或修复后仍失败，再报告实际服务错误，不静默切换数据源。FAERS 是去标识自发报告的群体信号筛查，不用于个体诊断或治疗建议。
+使用 Host `research_workflow`，工作流 ID 为 `r.faerskit`，并按实时 `describe` 的 schema 执行。提示组装前，Host 会自动连接已启用 MCP 并动态发现工具；完整传入所有可用服务的实时 schema，不设工具数量上限；可用 `mcp_search` 按能力检索和刷新。无需预先调用 `mcp_connect`，也不要要求用户管理连接。若 zerowallrmcp 未公布通用 `r_runtime`，Host 会使用版本化操作契约完成目录/说明发现，并将 FAERS 查询和作业直接路由到实时 `r_faerskit` / `r_jobs` 工具；仍以工具在线状态和返回结果判断可用性。Host 自动创建或绑定当前对话所需的远端项目，遇到明确的项目不存在错误会修复绑定并重试一次。不要直接调用原始 `mcp__zerowallrmcp__*` 工具，也不要调用 FigureYa 的旧 catalog 工具；文件下载统一使用 Host `r_files`，由 Host 自动处理远端工具版本差异。不要要求用户创建项目或提供项目 ID。若自动连接或修复后仍失败，再报告实际服务错误，不静默切换数据源。FAERS 是去标识自发报告的群体信号筛查，不用于个体诊断或治疗建议。
 
 远程作业和文件由 Host 自动绑定到当前对话的 R 项目；不要让用户查找或填写项目 ID。
 

package/resources/skills/zerowall-faerskit/references/examples.json

@@ -28,7 +28,7 @@
         "parameters": {
           "operation": "r.faerskit.resolve",
           "arguments": {
-            "project_id": "rmcp-demo",
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo",
             "action": "discover",
             "drug": "METFORMIN",
             "role": [
@@ -52,7 +52,7 @@
         "parameters": {
           "operation": "r.faerskit.resolve",
           "arguments": {
-            "project_id": "rmcp-demo",
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo",
             "action": "page",
             "resolution_id": "scope_00000000000000000000000000000000",
             "offset": 0,
@@ -70,7 +70,7 @@
         "parameters": {
           "operation": "r.faerskit.resolve",
           "arguments": {
-            "project_id": "rmcp-demo",
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo",
             "action": "finalize",
             "resolution_id": "scope_00000000000000000000000000000000",
             "offset": 0,
@@ -96,7 +96,7 @@
         "parameters": {
           "operation": "r.faerskit.analyze",
           "arguments": {
-            "project_id": "rmcp-demo",
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo",
             "fun": "faers_analyze_drug",
             "drug": "METFORMIN",
             "drugEffect": "PS",

package/resources/skills/zerowall-geo/SKILL.md

@@ -1,108 +1,108 @@
----
-name: zerowall-geo
-description: GEO 公共数据检索、下载、bulk 与单细胞分析。
----
-
-## ZeroWall runtime
-
-Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
-
-# GEO 公共数据检索、下载、bulk 与单细胞分析。
-
-公共表达数据发现和现有 R 分析优先本模块。需要 OmicVerse 方法时先确认完整下载，再传共享数据引用。
-
-## 功能地图
-
-accession 与文件检索；缓存、下载和日志；表达矩阵检查；bulk QC/归一化/批次/差异；富集与 GSEA；单细胞 QC 到注释；图表、计划和报告。
-
-## 入口与准备
-
-GEO 查询、数据检索、下载或分析时主动加载 zerowall-rmcp 与本 Skill，通过唯一物理连接 `rmcp` 使用 Host `research_workflow` 的实时 schema。连接状态未知时先调用 `mcp_connect`；不要把工作流 ID 当工具名。公共数据发现和授权范围内下载可先继续，`confirm_large` 等现有大文件确认及数据范围授权保持有效。
-
-查询 schema：`action=describe`，精确 ID 放顶层 `operation`。业务调用：`action=query/run`，精确 ID 放 `parameters.operation`，业务参数放 `parameters.arguments`。只读 query 不创建 Run、不需要 request_id；run 必须有唯一 request_id，同一提交重试复用，参数变化换新 ID。`offline=true` 的 describe 仅浏览本地快照，不能证明在线能力可用。
-
-工作流 ID：`r.geo`。真实计算前核对物种、基因 ID、raw counts、样本分组、生物学重复与批次。排除 .partial/.aria2。dry_run 只估算下载，不能当成数据已就绪。
-
-## 首次调用
-
-```json
-{
-  "action": "describe",
-  "workflow_id": "r.geo",
-  "operation": "r.geo.catalog"
-}
-```
-```json
-{
-  "action": "query",
-  "workflow_id": "r.geo",
-  "parameters": {
-    "operation": "r.geo.catalog",
-    "arguments": {}
-  }
-}
-```
-
-确认实际输入和范围后，以下执行示例可提交至专用演示项目。这里 dry_run=true 只展示下载估算；需要下载时描述实际文件选择并按 confirm_large 契约另行提交。
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "r.geo",
-  "parameters": {
-    "operation": "r.geo.download",
-    "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
-      "accession": "GSE1000",
-      "dry_run": true
-    },
-    "request_id": "demo-r-geo-1"
-  }
-}
-```
-
-返回本地 `run_id` 后替换下面的 `<run_id>`：
-
-```json
-{
-  "action": "status",
-  "run_id": "<run_id>"
-}
-```
-
-## 返回与恢复
-
-下载使用 confirm_large 而非 confirm；GEO 返回 job_id，但状态接口参数名是 download_job_id。工作流按目录映射，不能调用普通 R job 查询。
-
-估算范围确认后，真实下载表达矩阵使用新的提交标识：
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "r.geo",
-  "parameters": {
-    "operation": "r.geo.download",
-    "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
-      "accession": "GSE1000",
-      "profile": "expression",
-      "include_suppl": false,
-      "dry_run": false
-    },
-    "request_id": "demo-geo-expression-download-1"
-  }
-}
-```
-
-对返回的本地 `run_id` 查询 `status`，直到终态；再用 `r.geo.get.status` 和 `r.geo.list.files` 核对 accession 的完整文件。若超出大文件阈值，按返回的大小和范围填写 `confirm_large`；若下载失败，查看 `r.geo.get.download.log`，保留下载 ID，不能拿 `.partial` 开始分析。需要 OmicVerse 时使用返回的完整共享路径，格式与 counts 类型必须再次核对。
-
-异步任务的 queued/running 不是成功。只有终态 succeeded 且所需产物存在才报告完成；使用结果内 Manifest 的 project_id/path/bytes/sha256 下载。连接中断先查 status/历史，不换 request_id 重算。参数错回 describe；数据错核对路径、物种和矩阵；缺依赖查环境；权限错返回明确原因；计算错查看日志。
-
-## 按需参考
-
-Skill 加载结果的 `resourceBase` 是资源根目录；以它解析下列相对路径，兼容安装包，不能硬编码源码路径。
-
-- [操作目录](references/operations.md)：按功能族查看全部精确操作、schema 和生命周期。
-- [可执行示例](references/examples.json)：结构化调用与预期结果，用于验证和复用。
-- [场景与失败恢复](references/scenarios.md)：提交后如何跟踪、取回产物及处理模块特有错误。
-- [数据约定](references/data-formats.md)：输入/输出、ID 和路径边界。
+---
+name: zerowall-geo
+description: GEO 公共数据检索、下载、bulk 与单细胞分析。
+---
+
+## ZeroWall runtime
+
+Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
+
+# GEO 公共数据检索、下载、bulk 与单细胞分析。
+
+公共表达数据发现和现有 R 分析优先本模块。需要 OmicVerse 方法时先确认完整下载，再传共享数据引用。
+
+## 功能地图
+
+accession 与文件检索；缓存、下载和日志；表达矩阵检查；bulk QC/归一化/批次/差异；富集与 GSEA；单细胞 QC 到注释；图表、计划和报告。
+
+## 入口与准备
+
+GEO 查询、数据检索、下载或分析时主动加载本 Skill，通过唯一物理连接 `zerowallrmcp` 使用 Host `research_workflow` 的实时 schema。连接状态未知时先调用 `mcp_connect`；不要把工作流 ID 当工具名。公共数据发现和授权范围内下载可先继续，`confirm_large` 等现有大文件确认及数据范围授权保持有效。
+
+查询 schema：`action=describe`，精确 ID 放顶层 `operation`。业务调用：`action=query/run`，精确 ID 放 `parameters.operation`，业务参数放 `parameters.arguments`。只读 query 不创建 Run、不需要 request_id；run 必须有唯一 request_id，同一提交重试复用，参数变化换新 ID。`offline=true` 的 describe 仅浏览本地快照，不能证明在线能力可用。
+
+工作流 ID：`r.geo`。真实计算前核对物种、基因 ID、raw counts、样本分组、生物学重复与批次。排除 .partial/.aria2。dry_run 只估算下载，不能当成数据已就绪。
+
+## 首次调用
+
+```json
+{
+  "action": "describe",
+  "workflow_id": "r.geo",
+  "operation": "r.geo.catalog"
+}
+```
+```json
+{
+  "action": "query",
+  "workflow_id": "r.geo",
+  "parameters": {
+    "operation": "r.geo.catalog",
+    "arguments": {}
+  }
+}
+```
+
+确认实际输入和范围后，以下执行示例可提交至专用演示项目。这里 dry_run=true 只展示下载估算；需要下载时描述实际文件选择并按 confirm_large 契约另行提交。
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "r.geo",
+  "parameters": {
+    "operation": "r.geo.download",
+    "arguments": {
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+      "accession": "GSE1000",
+      "dry_run": true
+    },
+    "request_id": "demo-r-geo-1"
+  }
+}
+```
+
+返回本地 `run_id` 后替换下面的 `<run_id>`：
+
+```json
+{
+  "action": "status",
+  "run_id": "<run_id>"
+}
+```
+
+## 返回与恢复
+
+下载使用 confirm_large 而非 confirm；GEO 返回 job_id，但状态接口参数名是 download_job_id。工作流按目录映射，不能调用普通 R job 查询。
+
+估算范围确认后，真实下载表达矩阵使用新的提交标识：
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "r.geo",
+  "parameters": {
+    "operation": "r.geo.download",
+    "arguments": {
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+      "accession": "GSE1000",
+      "profile": "expression",
+      "include_suppl": false,
+      "dry_run": false
+    },
+    "request_id": "demo-geo-expression-download-1"
+  }
+}
+```
+
+对返回的本地 `run_id` 查询 `status`，直到终态；再用 `r.geo.get.status` 和 `r.geo.list.files` 核对 accession 的完整文件。若超出大文件阈值，按返回的大小和范围填写 `confirm_large`；若下载失败，查看 `r.geo.get.download.log`，保留下载 ID，不能拿 `.partial` 开始分析。需要 OmicVerse 时使用返回的完整共享路径，格式与 counts 类型必须再次核对。
+
+异步任务的 queued/running 不是成功。只有终态 succeeded 且所需产物存在才报告完成；使用结果内 Manifest 的 project_id/path/bytes/sha256 下载。连接中断先查 status/历史，不换 request_id 重算。参数错回 describe；数据错核对路径、物种和矩阵；缺依赖查环境；权限错返回明确原因；计算错查看日志。
+
+## 按需参考
+
+Skill 加载结果的 `resourceBase` 是资源根目录；以它解析下列相对路径，兼容安装包，不能硬编码源码路径。
+
+- [操作目录](references/operations.md)：按功能族查看全部精确操作、schema 和生命周期。
+- [可执行示例](references/examples.json)：结构化调用与预期结果，用于验证和复用。
+- [场景与失败恢复](references/scenarios.md)：提交后如何跟踪、取回产物及处理模块特有错误。
+- [数据约定](references/data-formats.md)：输入/输出、ID 和路径边界。

package/resources/skills/zerowall-geo/references/examples.json

@@ -32,7 +32,7 @@
             "dry_run": false,
             "profile": "expression",
             "include_suppl": false,
-            "project_id": "rmcp-demo"
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo"
           },
           "request_id": "demo-r-geo-1"
         }

package/resources/skills/zerowall-nhanes/SKILL.md

@@ -1,92 +1,92 @@
----
-name: zerowall-nhanes
-description: NHANES 变量、周期、复杂抽样统计及可复现报告。
----
-
-## ZeroWall runtime
-
-Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
-
-# NHANES 变量、周期、复杂抽样统计及可复现报告。
-
-调查统计保留 R survey 链路。跨模块共享结果表，不把普通无权回归当成 NHANES 复杂抽样结果。
-
-## 功能地图
-
-周期/数据集/变量/codebook；数据补齐与缓存；SEQN 合并与跨周期；调查加权描述和回归；生存、混合模型、多重插补、倾向评分和 meta 分析；图表报告。
-
-## 入口与准备
-
-NHANES 周期、变量、复杂抽样或回归请求时主动加载 zerowall-rmcp 与本 Skill，通过唯一物理连接 `rmcp` 使用 Host `research_workflow` 的实时 schema；R 统计默认远程执行。连接状态未知时先调用 `mcp_connect`。Gate 1/2 只返回 warnings，不要求先审计、冻结或补交研究材料。收到明确运行请求即在本轮直接调用 Runner；仍须满足真实调查设计、数据契约、变量、参数、权限和运行时校验。
-
-查询 schema：`action=describe`，精确 ID 放顶层 `operation`。业务调用：`action=query/run`，精确 ID 放 `parameters.operation`，业务参数放 `parameters.arguments`。只读 query 不创建 Run、不需要 request_id；run 必须有唯一 request_id，同一提交重试复用，参数变化换新 ID。`offline=true` 的 describe 仅浏览本地快照，不能证明在线能力可用。
-
-工作流 ID：`r.nhanes`。必须选择与研究指标匹配的权重，并记录 PSU=SDMVPSU、strata=SDMVSTRA；多周期权重调整、缺失值与纳排条件需写入分析计划。
-
-## 首次调用
-
-```json
-{
-  "action": "describe",
-  "workflow_id": "r.nhanes",
-  "operation": "r.nhanes.catalog"
-}
-```
-```json
-{
-  "action": "query",
-  "workflow_id": "r.nhanes",
-  "parameters": {
-    "operation": "r.nhanes.catalog",
-    "arguments": {}
-  }
-}
-```
-
-确认实际输入和范围后，按在线 schema 运行。若操作要求 `project_id`，只能使用现有远程项目 ID；在当前 ZeroWall 项目设置中填写“R 平台已有项目 ID”后，Host 会为当前工作目录匹配的项目自动传入该 ID。未配置时停止并提示用户补充；Host 不会创建或注册项目。
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "r.nhanes",
-  "parameters": {
-    "operation": "r.nhanes.ensure.available",
-    "arguments": {
-      "cycle": "2017-2018",
-      "domain": "Demographics",
-      "dataset": "DEMO_J"
-    },
-    "request_id": "demo-r-nhanes-1"
-  }
-}
-```
-
-返回本地 `run_id` 后替换下面的 `<run_id>`：
-
-```json
-{
-  "action": "status",
-  "run_id": "<run_id>"
-}
-```
-
-## 返回与恢复
-
-ensure.available 可启动下载，虽无 confirm 也不是 query。datasets.ensure_available=true 同样可能写缓存；此类分析使用 run。
-
-正式分析继续使用实时 `r.nhanes` 工作流 schema，通过 `research_workflow` 提交实际存在的分析操作。记录真实数据来源、周期、component、dataset、权重、codebook、特殊缺失码、PSU/strata、纳排、变量定义、domain 设计及多周期合并规则；把这些内容保存在本次分析脚本/工作记录中，不创建 Study、任务或 AnalysisPlan。若操作 schema 缺少必需字段或远端未提供该分析能力，停止并说明缺口，不回退到已退役接口。
-
-访谈变量使用访谈权重；MEC 指标和子样本实验指标使用对应权重。若列缺失，先用在线 describe/query 核对周期和变量；若出现孤立 PSU 或非正权重，检查纳排和设计设置，不自动改成无权分析。同步成功不等于科学批准，结论限定为实际设计支持的加权描述或观察性关联。
-
-异步任务的 queued/running 不是成功。只有终态 succeeded 且所需产物存在才报告完成；使用结果内 Manifest 的 project_id/path/bytes/sha256 下载。连接中断先查 status/历史，不换 request_id 重算。参数错回 describe；数据错核对路径、物种和矩阵；缺依赖查环境；权限错返回明确原因；计算错查看日志。
-
-## 按需参考
-
-Skill 加载结果的 `resourceBase` 是资源根目录；以它解析下列相对路径，兼容安装包，不能硬编码源码路径。
-
-- [操作目录](references/operations.md)：按功能族查看全部精确操作、schema 和生命周期。
-- [可执行示例](references/examples.json)：结构化调用与预期结果，用于验证和复用。
-- [场景与失败恢复](references/scenarios.md)：提交后如何跟踪、取回产物及处理模块特有错误。
-- [数据约定](references/data-formats.md)：输入/输出、ID 和路径边界。
-
-Related workflow: [zerowall-obesity-alopecia](references/merged/zerowall-obesity-alopecia/workflow.md). Read its resources only when needed.
+---
+name: zerowall-nhanes
+description: NHANES 变量、周期、复杂抽样统计及可复现报告。
+---
+
+## ZeroWall runtime
+
+Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
+
+# NHANES 变量、周期、复杂抽样统计及可复现报告。
+
+调查统计保留 R survey 链路。跨模块共享结果表，不把普通无权回归当成 NHANES 复杂抽样结果。
+
+## 功能地图
+
+周期/数据集/变量/codebook；数据补齐与缓存；SEQN 合并与跨周期；调查加权描述和回归；生存、混合模型、多重插补、倾向评分和 meta 分析；图表报告。
+
+## 入口与准备
+
+NHANES 周期、变量、复杂抽样或回归请求时主动加载本 Skill，通过唯一物理连接 `zerowallrmcp` 使用 Host `research_workflow` 的实时 schema；R 统计默认远程执行。连接状态未知时先调用 `mcp_connect`。Gate 1/2 只返回 warnings，不要求先审计、冻结或补交研究材料。收到明确运行请求即在本轮直接调用 Runner；仍须满足真实调查设计、数据契约、变量、参数、权限和运行时校验。
+
+查询 schema：`action=describe`，精确 ID 放顶层 `operation`。业务调用：`action=query/run`，精确 ID 放 `parameters.operation`，业务参数放 `parameters.arguments`。只读 query 不创建 Run、不需要 request_id；run 必须有唯一 request_id，同一提交重试复用，参数变化换新 ID。`offline=true` 的 describe 仅浏览本地快照，不能证明在线能力可用。
+
+工作流 ID：`r.nhanes`。必须选择与研究指标匹配的权重，并记录 PSU=SDMVPSU、strata=SDMVSTRA；多周期权重调整、缺失值与纳排条件需写入分析计划。
+
+## 首次调用
+
+```json
+{
+  "action": "describe",
+  "workflow_id": "r.nhanes",
+  "operation": "r.nhanes.catalog"
+}
+```
+```json
+{
+  "action": "query",
+  "workflow_id": "r.nhanes",
+  "parameters": {
+    "operation": "r.nhanes.catalog",
+    "arguments": {}
+  }
+}
+```
+
+确认实际输入和范围后，按在线 schema 运行。若操作要求 `project_id`，只能使用现有远程项目 ID；在当前 ZeroWall 项目设置中填写“R 平台已有项目 ID”后，Host 会为当前工作目录匹配的项目自动传入该 ID。未配置时停止并提示用户补充；Host 不会创建或注册项目。
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "r.nhanes",
+  "parameters": {
+    "operation": "r.nhanes.ensure.available",
+    "arguments": {
+      "cycle": "2017-2018",
+      "domain": "Demographics",
+      "dataset": "DEMO_J"
+    },
+    "request_id": "demo-r-nhanes-1"
+  }
+}
+```
+
+返回本地 `run_id` 后替换下面的 `<run_id>`：
+
+```json
+{
+  "action": "status",
+  "run_id": "<run_id>"
+}
+```
+
+## 返回与恢复
+
+ensure.available 可启动下载，虽无 confirm 也不是 query。datasets.ensure_available=true 同样可能写缓存；此类分析使用 run。
+
+正式分析继续使用实时 `r.nhanes` 工作流 schema，通过 `research_workflow` 提交实际存在的分析操作。记录真实数据来源、周期、component、dataset、权重、codebook、特殊缺失码、PSU/strata、纳排、变量定义、domain 设计及多周期合并规则；把这些内容保存在本次分析脚本/工作记录中，不创建 Study、任务或 AnalysisPlan。若操作 schema 缺少必需字段或远端未提供该分析能力，停止并说明缺口，不回退到已退役接口。
+
+访谈变量使用访谈权重；MEC 指标和子样本实验指标使用对应权重。若列缺失，先用在线 describe/query 核对周期和变量；若出现孤立 PSU 或非正权重，检查纳排和设计设置，不自动改成无权分析。同步成功不等于科学批准，结论限定为实际设计支持的加权描述或观察性关联。
+
+异步任务的 queued/running 不是成功。只有终态 succeeded 且所需产物存在才报告完成；使用结果内 Manifest 的 project_id/path/bytes/sha256 下载。连接中断先查 status/历史，不换 request_id 重算。参数错回 describe；数据错核对路径、物种和矩阵；缺依赖查环境；权限错返回明确原因；计算错查看日志。
+
+## 按需参考
+
+Skill 加载结果的 `resourceBase` 是资源根目录；以它解析下列相对路径，兼容安装包，不能硬编码源码路径。
+
+- [操作目录](references/operations.md)：按功能族查看全部精确操作、schema 和生命周期。
+- [可执行示例](references/examples.json)：结构化调用与预期结果，用于验证和复用。
+- [场景与失败恢复](references/scenarios.md)：提交后如何跟踪、取回产物及处理模块特有错误。
+- [数据约定](references/data-formats.md)：输入/输出、ID 和路径边界。
+
+Related workflow: [zerowall-obesity-alopecia](references/merged/zerowall-obesity-alopecia/workflow.md). Read its resources only when needed.

package/resources/skills/zerowall-nhanes/references/examples.json

@@ -31,7 +31,7 @@
             "cycle": "2017-2018",
             "domain": "Demographics",
             "dataset": "DEMO_J",
-            "project_id": "rmcp-demo"
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo"
           },
           "request_id": "demo-r-nhanes-1"
         }

package/resources/skills/zerowall-omicverse/SKILL.md

@@ -1,15 +1,15 @@
----
-name: zerowall-omicverse
-description: 远程 OmicVerse 单细胞、bulk、空间、多组学和可选 Agent。
----
-
-## ZeroWall runtime
-
-Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
-
+---
+name: zerowall-omicverse
+description: 远程 OmicVerse 单细胞、bulk、空间、多组学和可选 Agent。
+---
+
+## ZeroWall runtime
+
+Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
+
 # 远程 OmicVerse 单细胞、bulk、空间、多组学和可选 Agent。
 
-AnnData、单细胞、空间和多组学请求时主动加载 zerowall-rmcp、本 Skill 及匹配的专项 Skill，并默认通过 `rmcp` 远程执行。NHANES 调查统计仍使用远程 R；通用生物数据库工具优先 Biomni；绘图模板优先 FigureYa。连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，远程失败不得静默转为本地 R/Python 分析。
+AnnData、单细胞、空间和多组学请求时主动加载本 Skill 及匹配的专项 Skill，并默认通过 `zerowallrmcp` 远程执行。NHANES 调查统计仍使用远程 R；通用生物数据库工具优先 Biomni；绘图模板优先 FigureYa。连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，远程失败不得静默转为本地 R/Python 分析。
 
 ## 功能地图
 
@@ -52,7 +52,7 @@ AnnData、单细胞、空间和多组学请求时主动加载 zerowall-rmcp、
   "parameters": {
     "operation": "omicverse.run.singlecell",
     "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
       "request_id": "singlecell-demo",
       "input_path": "data:OmicVerse/pbmc3k_raw.h5ad",
       "confirm": true
@@ -87,14 +87,14 @@ Skill 加载结果的 `resourceBase` 是资源根目录；以它解析下列相
 - [数据约定](references/data-formats.md)：输入/输出、ID 和路径边界。
 - [R 与 H5AD 转换](references/conversion.md)：复用 R Worker 导入 Seurat/SCE，检查矩阵与字段保留情况。
 
-科学资源发现、文献、基因蛋白、药物化学及临床数据库的精确查询可转交 `zerowall-tooluniverse`，`workflow_id=tooluniverse`。既有专项分析继续使用本模块；先发现、describe 实时 schema，再提交并跟踪任务与 Manifest。
-
-Related workflow: [zerowall-omicverse-agent](references/merged/zerowall-omicverse-agent/workflow.md). Read its resources only when needed.
-
-Related workflow: [zerowall-omicverse-bulk](references/merged/zerowall-omicverse-bulk/workflow.md). Read its resources only when needed.
-
-Related workflow: [zerowall-omicverse-multiomics](references/merged/zerowall-omicverse-multiomics/workflow.md). Read its resources only when needed.
-
-Related workflow: [zerowall-omicverse-singlecell](references/merged/zerowall-omicverse-singlecell/workflow.md). Read its resources only when needed.
-
-Related workflow: [zerowall-omicverse-spatial](references/merged/zerowall-omicverse-spatial/workflow.md). Read its resources only when needed.
+科学资源发现、文献、基因蛋白、药物化学及临床数据库的精确查询可转交 `zerowall-tooluniverse`，`workflow_id=tooluniverse`。既有专项分析继续使用本模块；先发现、describe 实时 schema，再提交并跟踪任务与 Manifest。
+
+Related workflow: [zerowall-omicverse-agent](references/merged/zerowall-omicverse-agent/workflow.md). Read its resources only when needed.
+
+Related workflow: [zerowall-omicverse-bulk](references/merged/zerowall-omicverse-bulk/workflow.md). Read its resources only when needed.
+
+Related workflow: [zerowall-omicverse-multiomics](references/merged/zerowall-omicverse-multiomics/workflow.md). Read its resources only when needed.
+
+Related workflow: [zerowall-omicverse-singlecell](references/merged/zerowall-omicverse-singlecell/workflow.md). Read its resources only when needed.
+
+Related workflow: [zerowall-omicverse-spatial](references/merged/zerowall-omicverse-spatial/workflow.md). Read its resources only when needed.

package/resources/skills/zerowall-omicverse/references/conversion.md

@@ -17,7 +17,7 @@
   "parameters": {
     "operation": "r.convert.anndata",
     "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
       "input_path": "inputs/cells.rds",
       "direction": "rds_to_h5ad",
       "assay": "RNA",

package/resources/skills/zerowall-omicverse/references/examples.json

@@ -28,7 +28,7 @@
         "parameters": {
           "operation": "omicverse.run.singlecell",
           "arguments": {
-            "project_id": "rmcp-demo",
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo",
             "request_id": "singlecell-demo",
             "input_path": "data:OmicVerse/pbmc3k_raw.h5ad",
             "confirm": true