@vitessce/all 3.3.12 → 3.4.0

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  1. package/dist/{deflate-a6707a9d.js → deflate-7bb8f143.js} +1 -1
  2. package/dist/{hglib-9dacf5bc.js → hglib-17711da5.js} +1 -1
  3. package/dist/index-023ed0ea.js +28786 -0
  4. package/dist/{index-ac567918.js → index-140dc037.js} +131965 -95579
  5. package/dist/index.js +7 -7
  6. package/dist/{jpeg-94fc740e.js → jpeg-893c69ce.js} +1 -1
  7. package/dist/{lerc-1fa73516.js → lerc-4e4e101a.js} +1 -1
  8. package/dist/{lzw-fbdbcd71.js → lzw-c1df9f89.js} +1 -1
  9. package/dist/{packbits-440a0758.js → packbits-8783b2ea.js} +1 -1
  10. package/dist/{raw-306e279c.js → raw-a53d8fa1.js} +1 -1
  11. package/dist/troika-three-text.esm-85a44c26.js +5926 -0
  12. package/dist/{webimage-6f012708.js → webimage-ec142aa2.js} +1 -1
  13. package/dist-tsc/base-plugins.d.ts.map +1 -1
  14. package/dist-tsc/base-plugins.js +5 -2
  15. package/package.json +24 -22
  16. package/src/base-plugins.ts +9 -0
package/dist/{webimage-6f012708.js → webimage-ec142aa2.js} RENAMED
@@ -1,4 +1,4 @@
1
- import { B as BaseDecoder } from "./index-ac567918.js";
1
+ import { aP as BaseDecoder } from "./index-140dc037.js";
2
2
  import "react";
3
3
  import "@vitessce/vit-s";
4
4
  import "react-dom";
package/dist-tsc/base-plugins.d.ts.map CHANGED
@@ -1 +1 @@
1
- {"version":3,"file":"base-plugins.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/base-plugins.ts"],"names":[],"mappings":"AAUA,OAAO,EACL,cAAc,EACd,mBAAmB,EACnB,cAAc,EACd,sBAAsB,EACvB,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,KAAK,EACV,UAAU,EACV,UAAU,EACX,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,EACL,CAAC,EA2CF,MAAM,mBAAmB,CAAC;AA8H3B,eAAO,MAAM,aAAa,kBAiBzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,aAAa,wDAmEzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,kBAAkB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;OAgB9B,CAAC;AAIF,eAAO,MAAM,qBAAqB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4WAqLjC,CAAC"}
1
+ {"version":3,"file":"base-plugins.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/base-plugins.ts"],"names":[],"mappings":"AAUA,OAAO,EACL,cAAc,EACd,mBAAmB,EACnB,cAAc,EACd,sBAAsB,EACvB,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,KAAK,EACV,UAAU,EACV,UAAU,EACX,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,EACL,CAAC,EA4CF,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAmI3B,eAAO,MAAM,aAAa,kBAkBzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,aAAa,wDAqEzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,kBAAkB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;OAgB9B,CAAC;AAIF,eAAO,MAAM,qBAAqB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4WAqLjC,CAAC"}
package/dist-tsc/base-plugins.js CHANGED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  import { FileType, DataType, ViewType, CoordinationType, COMPONENT_COORDINATION_TYPES, ALT_ZARR_STORE_TYPES, } from '@vitessce/constants-internal';
2
2
  import { PluginFileType, PluginJointFileType, PluginViewType, PluginCoordinationType, } from '@vitessce/plugins';
3
- import { z, obsEmbeddingCsvSchema, obsSetsCsvSchema, obsSpotsCsvSchema, obsPointsCsvSchema, obsLocationsCsvSchema, obsLabelsCsvSchema, featureLabelsCsvSchema, sampleSetsCsvSchema, obsSetsAnndataSchema, obsEmbeddingAnndataSchema, obsSpotsAnndataSchema, obsPointsAnndataSchema, obsLocationsAnndataSchema, obsLabelsAnndataSchema, obsFeatureMatrixAnndataSchema, obsFeatureColumnsAnndataSchema, obsSegmentationsAnndataSchema, featureLabelsAnndataSchema, sampleEdgesAnndataSchema, rasterJsonSchema, anndataZarrSchema, spatialdataZarrSchema, anndataCellsZarrSchema, anndataCellSetsZarrSchema, anndataExpressionMatrixZarrSchema, cellsJsonSchema, imageOmeZarrSchema, imageOmeTiffSchema, imageSpatialdataSchema, obsSegmentationsOmeTiffSchema, obsSegmentationsOmeZarrSchema, obsSegmentationsSpatialdataSchema, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema, obsSpotsSpatialdataSchema, obsSetsSpatialdataSchema, obsSetPath, rgbArray, obsSetsSchema, imageLayerObj, cellsLayerObj, neighborhoodsLayerObj, moleculesLayerObj, } from '@vitessce/schemas';
3
+ import { z, obsEmbeddingCsvSchema, obsSetsCsvSchema, obsSpotsCsvSchema, obsPointsCsvSchema, obsLocationsCsvSchema, obsLabelsCsvSchema, featureLabelsCsvSchema, sampleSetsCsvSchema, obsSetsAnndataSchema, obsEmbeddingAnndataSchema, obsSpotsAnndataSchema, obsPointsAnndataSchema, obsLocationsAnndataSchema, obsLabelsAnndataSchema, obsFeatureMatrixAnndataSchema, obsFeatureColumnsAnndataSchema, obsSegmentationsAnndataSchema, featureLabelsAnndataSchema, sampleEdgesAnndataSchema, rasterJsonSchema, anndataZarrSchema, spatialdataZarrSchema, anndataCellsZarrSchema, anndataCellSetsZarrSchema, anndataExpressionMatrixZarrSchema, cellsJsonSchema, imageOmeZarrSchema, imageOmeTiffSchema, imageSpatialdataSchema, obsSegmentationsOmeTiffSchema, obsSegmentationsOmeZarrSchema, obsSegmentationsSpatialdataSchema, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema, obsSpotsSpatialdataSchema, obsSetsSpatialdataSchema, obsSetPath, rgbArray, obsSetsSchema, imageLayerObj, cellsLayerObj, neighborhoodsLayerObj, moleculesLayerObj, meshGlbSchema, } from '@vitessce/schemas';
4
4
  // Register view type plugins
5
5
  import { DescriptionSubscriber } from '@vitessce/description';
6
6
  import { ObsSetsManagerSubscriber } from '@vitessce/obs-sets-manager';
@@ -14,7 +14,7 @@ import { LayerControllerSubscriber } from '@vitessce/layer-controller';
14
14
  import { LayerControllerBetaSubscriber } from '@vitessce/layer-controller-beta';
15
15
  import { StatusSubscriber } from '@vitessce/status';
16
16
  import { HiGlassSubscriber, GenomicProfilesSubscriber } from '@vitessce/genomic-profiles';
17
- import { CellSetExpressionPlotSubscriber, CellSetSizesPlotSubscriber, ExpressionHistogramSubscriber, } from '@vitessce/statistical-plots';
17
+ import { CellSetExpressionPlotSubscriber, CellSetSizesPlotSubscriber, ExpressionHistogramSubscriber, FeatureBarPlotSubscriber, } from '@vitessce/statistical-plots';
18
18
  // Register file type plugins
19
19
  import {
20
20
  // CSV
@@ -36,6 +36,7 @@ SpatialDataTableSource, SpatialDataShapesSource, SpatialDataImageLoader, Spatial
36
36
  // Legacy
37
37
  ZarrDataSource, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, GenomicProfilesZarrLoader, } from '@vitessce/zarr';
38
38
  import { OmeTiffAsObsSegmentationsLoader, OmeTiffLoader, OmeTiffSource, } from '@vitessce/ome-tiff';
39
+ import { GlbSource, GlbLoader, } from '@vitessce/glb';
39
40
  // Joint file types
40
41
  import { expandAnndataZarr, expandSpatialdataZarr, } from './joint-file-types.js';
41
42
  import { expandAnndataCellSetsZarr, expandAnndataCellsZarr, expandAnndataExpressionMatrixZarr, expandCellSetsJson, expandCellsJson, expandClustersJson, expandExpressionMatrixZarr, expandGenesJson, expandMoleculesJson, expandRasterJson, expandRasterOmeZarr, } from './joint-file-types-legacy.js';
@@ -69,6 +70,7 @@ export const baseViewTypes = [
69
70
  makeViewType(ViewType.OBS_SET_FEATURE_VALUE_DISTRIBUTION, CellSetExpressionPlotSubscriber),
70
71
  makeViewType(ViewType.OBS_SET_SIZES, CellSetSizesPlotSubscriber),
71
72
  makeViewType(ViewType.FEATURE_VALUE_HISTOGRAM, ExpressionHistogramSubscriber),
73
+ makeViewType(ViewType.FEATURE_BAR_PLOT, FeatureBarPlotSubscriber),
72
74
  makeViewType('higlass', HiGlassSubscriber),
73
75
  makeViewType(ViewType.GENOMIC_PROFILES, GenomicProfilesSubscriber),
74
76
  ];
@@ -123,6 +125,7 @@ export const baseFileTypes = [
123
125
  makeFileType(FileType.OBS_SPOTS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SPOTS, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataShapesSource, obsSpotsSpatialdataSchema),
124
126
  makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, SpatialDataTableSource, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema),
125
127
  makeFileType(FileType.OBS_SETS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SETS, SpatialDataObsSetsLoader, SpatialDataTableSource, obsSetsSpatialdataSchema),
128
+ makeFileType(FileType.OBS_SEGMENTATIONS_GLB, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, GlbLoader, GlbSource, meshGlbSchema),
126
129
  makeFileType(FileType.FEATURE_LABELS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.FEATURE_LABELS, FeatureLabelsAnndataLoader, SpatialDataTableSource, featureLabelsAnndataSchema),
127
130
  // All legacy file types
128
131
  makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_EXPRESSION_MATRIX_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, ZarrDataSource, z.null()),
package/package.json CHANGED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  {
2
2
  "name": "@vitessce/all",
3
- "version": "3.3.12",
3
+ "version": "3.4.0",
4
4
  "author": "Gehlenborg Lab",
5
5
  "homepage": "http://vitessce.io",
6
6
  "repository": {
@@ -18,27 +18,29 @@
18
18
  "dependencies": {
19
19
  "@material-ui/core": "~4.12.3",
20
20
  "zod": "^3.21.4",
21
- "@vitessce/constants-internal": "3.3.12",
22
- "@vitessce/csv": "3.3.12",
23
- "@vitessce/feature-list": "3.3.12",
24
- "@vitessce/genomic-profiles": "3.3.12",
25
- "@vitessce/description": "3.3.12",
26
- "@vitessce/heatmap": "3.3.12",
27
- "@vitessce/layer-controller": "3.3.12",
28
- "@vitessce/layer-controller-beta": "3.3.12",
29
- "@vitessce/json": "3.3.12",
30
- "@vitessce/obs-sets-manager": "3.3.12",
31
- "@vitessce/plugins": "3.3.12",
32
- "@vitessce/scatterplot-embedding": "3.3.12",
33
- "@vitessce/ome-tiff": "3.3.12",
34
- "@vitessce/schemas": "3.3.12",
35
- "@vitessce/scatterplot-gating": "3.3.12",
36
- "@vitessce/spatial": "3.3.12",
37
- "@vitessce/spatial-beta": "3.3.12",
38
- "@vitessce/statistical-plots": "3.3.12",
39
- "@vitessce/status": "3.3.12",
40
- "@vitessce/zarr": "3.3.12",
41
- "@vitessce/vit-s": "3.3.12"
21
+ "@vitessce/constants-internal": "3.4.0",
22
+ "@vitessce/csv": "3.4.0",
23
+ "@vitessce/feature-list": "3.4.0",
24
+ "@vitessce/glb": "3.4.0",
25
+ "@vitessce/description": "3.4.0",
26
+ "@vitessce/genomic-profiles": "3.4.0",
27
+ "@vitessce/heatmap": "3.4.0",
28
+ "@vitessce/json": "3.4.0",
29
+ "@vitessce/layer-controller": "3.4.0",
30
+ "@vitessce/layer-controller-beta": "3.4.0",
31
+ "@vitessce/obs-sets-manager": "3.4.0",
32
+ "@vitessce/ome-tiff": "3.4.0",
33
+ "@vitessce/plugins": "3.4.0",
34
+ "@vitessce/scatterplot-embedding": "3.4.0",
35
+ "@vitessce/schemas": "3.4.0",
36
+ "@vitessce/spatial": "3.4.0",
37
+ "@vitessce/scatterplot-gating": "3.4.0",
38
+ "@vitessce/spatial-beta": "3.4.0",
39
+ "@vitessce/statistical-plots": "3.4.0",
40
+ "@vitessce/status": "3.4.0",
41
+ "@vitessce/zarr": "3.4.0",
42
+ "@vitessce/spatial-three": "3.4.0",
43
+ "@vitessce/vit-s": "3.4.0"
42
44
  },
43
45
  "devDependencies": {
44
46
  "@types/react": "^18.0.28",
package/src/base-plugins.ts CHANGED
@@ -62,6 +62,7 @@ import {
62
62
  cellsLayerObj,
63
63
  neighborhoodsLayerObj,
64
64
  moleculesLayerObj,
65
+ meshGlbSchema,
65
66
  } from '@vitessce/schemas';
66
67
 
67
68
  // Register view type plugins
@@ -81,6 +82,7 @@ import {
81
82
  CellSetExpressionPlotSubscriber,
82
83
  CellSetSizesPlotSubscriber,
83
84
  ExpressionHistogramSubscriber,
85
+ FeatureBarPlotSubscriber,
84
86
  } from '@vitessce/statistical-plots';
85
87
 
86
88
  // Register file type plugins
@@ -151,6 +153,10 @@ import {
151
153
  OmeTiffLoader,
152
154
  OmeTiffSource,
153
155
  } from '@vitessce/ome-tiff';
156
+ import {
157
+ GlbSource,
158
+ GlbLoader,
159
+ } from '@vitessce/glb';
154
160
 
155
161
  // Joint file types
156
162
  import {
@@ -203,6 +209,7 @@ export const baseViewTypes = [
203
209
  makeViewType(ViewType.OBS_SET_FEATURE_VALUE_DISTRIBUTION, CellSetExpressionPlotSubscriber),
204
210
  makeViewType(ViewType.OBS_SET_SIZES, CellSetSizesPlotSubscriber),
205
211
  makeViewType(ViewType.FEATURE_VALUE_HISTOGRAM, ExpressionHistogramSubscriber),
212
+ makeViewType(ViewType.FEATURE_BAR_PLOT, FeatureBarPlotSubscriber),
206
213
  makeViewType('higlass', HiGlassSubscriber),
207
214
  makeViewType(ViewType.GENOMIC_PROFILES, GenomicProfilesSubscriber),
208
215
  ];
@@ -258,6 +265,8 @@ export const baseFileTypes = [
258
265
  makeFileType(FileType.OBS_SPOTS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SPOTS, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataShapesSource, obsSpotsSpatialdataSchema),
259
266
  makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, SpatialDataTableSource, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema),
260
267
  makeFileType(FileType.OBS_SETS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SETS, SpatialDataObsSetsLoader, SpatialDataTableSource, obsSetsSpatialdataSchema),
268
+
269
+ makeFileType(FileType.OBS_SEGMENTATIONS_GLB, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, GlbLoader, GlbSource, meshGlbSchema),
261
270
  makeFileType(FileType.FEATURE_LABELS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.FEATURE_LABELS, FeatureLabelsAnndataLoader, SpatialDataTableSource, featureLabelsAnndataSchema),
262
271
  // All legacy file types
263
272
  makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_EXPRESSION_MATRIX_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, ZarrDataSource, z.null()),