@vitessce/all 3.2.2 → 3.3.0

package/dist-tsc/Vitessce.d.ts.map

@@ -1 +1 @@
-{"version":3,"file":"Vitessce.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/Vitessce.tsx"],"names":[],"mappings":"AAgBA,wBAAgB,QAAQ,CAAC,KAAK,EAAE,GAAG,8CA8DlC"}
+{"version":3,"file":"Vitessce.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/Vitessce.tsx"],"names":[],"mappings":"AAgBA,wBAAgB,QAAQ,CAAC,KAAK,EAAE,GAAG,8CA+DlC"}

package/dist-tsc/Vitessce.js

@@ -5,7 +5,7 @@ import { VitS, logConfig, } from '@vitessce/vit-s';
 import { upgradeAndParse, } from '@vitessce/schemas';
 import { baseViewTypes, baseFileTypes, baseJointFileTypes, baseCoordinationTypes, } from './base-plugins.js';
 export function Vitessce(props) {
-    const { config, onConfigUpgrade, pluginViewTypes: pluginViewTypesProp, pluginFileTypes: pluginFileTypesProp, pluginCoordinationTypes: pluginCoordinationTypesProp, pluginJointFileTypes: pluginJointFileTypesProp, } = props;
+    const { config, onConfigUpgrade, pluginViewTypes: pluginViewTypesProp, pluginFileTypes: pluginFileTypesProp, pluginCoordinationTypes: pluginCoordinationTypesProp, pluginJointFileTypes: pluginJointFileTypesProp, stores, } = props;
     // If config.uid exists, then use it for hook dependencies to detect changes
     // (controlled component case). If not, then use the config object itself
     // and assume the un-controlled component case.

package/dist-tsc/base-plugins.d.ts.map

@@ -1 +1 @@
-{"version":3,"file":"base-plugins.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/base-plugins.ts"],"names":[],"mappings":"AASA,OAAO,EACL,cAAc,EACd,mBAAmB,EACnB,cAAc,EACd,sBAAsB,EACvB,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,KAAK,EACV,UAAU,EACV,UAAU,EACX,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,EACL,CAAC,EAgCF,MAAM,mBAAmB,CAAC;AA0G3B,eAAO,MAAM,aAAa,kBAiBzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,aAAa,wDAoDzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,kBAAkB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;OAc9B,CAAC;AAIF,eAAO,MAAM,qBAAqB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4WAmLjC,CAAC"}
+{"version":3,"file":"base-plugins.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/base-plugins.ts"],"names":[],"mappings":"AASA,OAAO,EACL,cAAc,EACd,mBAAmB,EACnB,cAAc,EACd,sBAAsB,EACvB,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,KAAK,EACV,UAAU,EACV,UAAU,EACX,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,EACL,CAAC,EAqCF,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAiH3B,eAAO,MAAM,aAAa,kBAiBzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,aAAa,wDA8DzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,kBAAkB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;OAe9B,CAAC;AAIF,eAAO,MAAM,qBAAqB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4WAmLjC,CAAC"}

package/dist-tsc/base-plugins.js

@@ -1,6 +1,6 @@
 import { FileType, DataType, ViewType, CoordinationType, COMPONENT_COORDINATION_TYPES, } from '@vitessce/constants-internal';
 import { PluginFileType, PluginJointFileType, PluginViewType, PluginCoordinationType, } from '@vitessce/plugins';
-import { z, obsEmbeddingCsvSchema, obsSetsCsvSchema, obsSpotsCsvSchema, obsPointsCsvSchema, obsLocationsCsvSchema, obsLabelsCsvSchema, featureLabelsCsvSchema, obsSetsAnndataSchema, obsEmbeddingAnndataSchema, obsSpotsAnndataSchema, obsPointsAnndataSchema, obsLocationsAnndataSchema, obsLabelsAnndataSchema, obsFeatureMatrixAnndataSchema, obsSegmentationsAnndataSchema, featureLabelsAnndataSchema, rasterJsonSchema, anndataZarrSchema, anndataCellsZarrSchema, anndataCellSetsZarrSchema, anndataExpressionMatrixZarrSchema, cellsJsonSchema, imageOmeZarrSchema, imageOmeTiffSchema, obsSetPath, rgbArray, obsSetsSchema, imageLayerObj, cellsLayerObj, neighborhoodsLayerObj, moleculesLayerObj, } from '@vitessce/schemas';
+import { z, obsEmbeddingCsvSchema, obsSetsCsvSchema, obsSpotsCsvSchema, obsPointsCsvSchema, obsLocationsCsvSchema, obsLabelsCsvSchema, featureLabelsCsvSchema, obsSetsAnndataSchema, obsEmbeddingAnndataSchema, obsSpotsAnndataSchema, obsPointsAnndataSchema, obsLocationsAnndataSchema, obsLabelsAnndataSchema, obsFeatureMatrixAnndataSchema, obsSegmentationsAnndataSchema, featureLabelsAnndataSchema, rasterJsonSchema, anndataZarrSchema, anndataCellsZarrSchema, anndataCellSetsZarrSchema, anndataExpressionMatrixZarrSchema, cellsJsonSchema, imageOmeZarrSchema, imageOmeTiffSchema, imageSpatialdataSchema, obsSegmentationsSpatialdataSchema, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema, obsSpotsSpatialdataSchema, obsSetsSpatialdataSchema, obsSetPath, rgbArray, obsSetsSchema, imageLayerObj, cellsLayerObj, neighborhoodsLayerObj, moleculesLayerObj, } from '@vitessce/schemas';
 // Register view type plugins
 import { DescriptionSubscriber } from '@vitessce/description';
 import { ObsSetsManagerSubscriber } from '@vitessce/obs-sets-manager';
@@ -31,6 +31,8 @@ AnnDataSource, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, ObsEmbeddingAnndataLoader, ObsSpot
 MuDataSource, 
 // OME
 OmeZarrLoader, 
+// SpatialData
+SpatialDataTableSource, SpatialDataShapesSource, SpatialDataImageLoader, SpatialDataLabelsLoader, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataObsSetsLoader, 
 // Legacy
 ZarrDataSource, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, GenomicProfilesZarrLoader, } from '@vitessce/zarr';
 import { OmeTiffAsObsSegmentationsLoader, OmeTiffLoader, OmeTiffSource, } from '@vitessce/ome-tiff';
@@ -99,6 +101,16 @@ export const baseFileTypes = [
     makeFileType(FileType.IMAGE_OME_ZARR, DataType.IMAGE, OmeZarrLoader, ZarrDataSource, imageOmeZarrSchema),
     makeFileType(FileType.IMAGE_OME_TIFF, DataType.IMAGE, OmeTiffLoader, OmeTiffSource, imageOmeTiffSchema),
     makeFileType(FileType.OBS_SEGMENTATIONS_OME_TIFF, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, OmeTiffAsObsSegmentationsLoader, OmeTiffSource, imageOmeZarrSchema),
+    // SpatialData file types
+    makeFileType(FileType.IMAGE_SPATIALDATA_ZARR, DataType.IMAGE, SpatialDataImageLoader, ZarrDataSource, imageSpatialdataSchema),
+    // TODO: create a new loader for labels that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'bitmask'
+    makeFileType(FileType.LABELS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, SpatialDataLabelsLoader, ZarrDataSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
+    // TODO: create a new loader for shapes that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'polygon' (or switch this to 'shape' everywhere?)
+    // TODO: create a new source for GeoPandas tables?
+    makeFileType(FileType.SHAPES_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, ObsSegmentationsAnndataLoader, SpatialDataShapesSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
+    makeFileType(FileType.OBS_SPOTS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SPOTS, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataShapesSource, obsSpotsSpatialdataSchema),
+    makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, SpatialDataTableSource, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema),
+    makeFileType(FileType.OBS_SETS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SETS, SpatialDataObsSetsLoader, SpatialDataTableSource, obsSetsSpatialdataSchema),
     // All legacy file types
     makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_EXPRESSION_MATRIX_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, ZarrDataSource, z.null()),
     makeFileType(FileType.IMAGE_RASTER_JSON, DataType.IMAGE, RasterJsonAsImageLoader, JsonSource, rasterJsonSchema),
@@ -117,6 +129,7 @@ export const baseFileTypes = [
 ];
 export const baseJointFileTypes = [
     new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_ZARR, expandAnndataZarr, anndataZarrSchema),
+    // new PluginJointFileType(FileType.SPATIALDATA_ZARR, expandSpatialdataZarr, spatialdataZarrSchema),
     // For legacy file types:
     new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELLS_ZARR, expandAnndataCellsZarr, anndataCellsZarrSchema),
     new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELL_SETS_ZARR, expandAnndataCellSetsZarr, anndataCellSetsZarrSchema),

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@vitessce/all",
-  "version": "3.2.2",
+  "version": "3.3.0",
   "author": "Gehlenborg Lab",
   "homepage": "http://vitessce.io",
   "repository": {
@@ -18,27 +18,27 @@
   "dependencies": {
     "@material-ui/core": "~4.12.3",
     "zod": "^3.21.4",
-    "@vitessce/constants-internal": "3.2.2",
-    "@vitessce/description": "3.2.2",
-    "@vitessce/csv": "3.2.2",
-    "@vitessce/genomic-profiles": "3.2.2",
-    "@vitessce/feature-list": "3.2.2",
-    "@vitessce/json": "3.2.2",
-    "@vitessce/heatmap": "3.2.2",
-    "@vitessce/layer-controller": "3.2.2",
-    "@vitessce/layer-controller-beta": "3.2.2",
-    "@vitessce/obs-sets-manager": "3.2.2",
-    "@vitessce/ome-tiff": "3.2.2",
-    "@vitessce/plugins": "3.2.2",
-    "@vitessce/scatterplot-embedding": "3.2.2",
-    "@vitessce/scatterplot-gating": "3.2.2",
-    "@vitessce/schemas": "3.2.2",
-    "@vitessce/spatial": "3.2.2",
-    "@vitessce/statistical-plots": "3.2.2",
-    "@vitessce/spatial-beta": "3.2.2",
-    "@vitessce/vit-s": "3.2.2",
-    "@vitessce/status": "3.2.2",
-    "@vitessce/zarr": "3.2.2"
+    "@vitessce/constants-internal": "3.3.0",
+    "@vitessce/description": "3.3.0",
+    "@vitessce/csv": "3.3.0",
+    "@vitessce/feature-list": "3.3.0",
+    "@vitessce/heatmap": "3.3.0",
+    "@vitessce/genomic-profiles": "3.3.0",
+    "@vitessce/json": "3.3.0",
+    "@vitessce/layer-controller": "3.3.0",
+    "@vitessce/layer-controller-beta": "3.3.0",
+    "@vitessce/ome-tiff": "3.3.0",
+    "@vitessce/obs-sets-manager": "3.3.0",
+    "@vitessce/plugins": "3.3.0",
+    "@vitessce/scatterplot-embedding": "3.3.0",
+    "@vitessce/scatterplot-gating": "3.3.0",
+    "@vitessce/schemas": "3.3.0",
+    "@vitessce/spatial": "3.3.0",
+    "@vitessce/spatial-beta": "3.3.0",
+    "@vitessce/statistical-plots": "3.3.0",
+    "@vitessce/vit-s": "3.3.0",
+    "@vitessce/status": "3.3.0",
+    "@vitessce/zarr": "3.3.0"
   },
   "devDependencies": {
     "@types/react": "^18.0.28",

package/src/Vitessce.tsx

@@ -22,6 +22,7 @@ export function Vitessce(props: any) {
     pluginFileTypes: pluginFileTypesProp,
     pluginCoordinationTypes: pluginCoordinationTypesProp,
     pluginJointFileTypes: pluginJointFileTypesProp,
+    stores,
   } = props;
 
   // If config.uid exists, then use it for hook dependencies to detect changes

package/src/base-plugins.ts

@@ -43,6 +43,11 @@ import {
   cellsJsonSchema,
   imageOmeZarrSchema,
   imageOmeTiffSchema,
+  imageSpatialdataSchema,
+  obsSegmentationsSpatialdataSchema,
+  obsFeatureMatrixSpatialdataSchema,
+  obsSpotsSpatialdataSchema,
+  obsSetsSpatialdataSchema,
   obsSetPath,
   rgbArray,
   obsSetsSchema,
@@ -118,6 +123,13 @@ import {
   MuDataSource,
   // OME
   OmeZarrLoader,
+  // SpatialData
+  SpatialDataTableSource,
+  SpatialDataShapesSource,
+  SpatialDataImageLoader,
+  SpatialDataLabelsLoader,
+  SpatialDataObsSpotsLoader,
+  SpatialDataObsSetsLoader,
   // Legacy
   ZarrDataSource,
   MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader,
@@ -212,6 +224,16 @@ export const baseFileTypes = [
   makeFileType(FileType.IMAGE_OME_ZARR, DataType.IMAGE, OmeZarrLoader, ZarrDataSource, imageOmeZarrSchema),
   makeFileType(FileType.IMAGE_OME_TIFF, DataType.IMAGE, OmeTiffLoader, OmeTiffSource, imageOmeTiffSchema),
   makeFileType(FileType.OBS_SEGMENTATIONS_OME_TIFF, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, OmeTiffAsObsSegmentationsLoader, OmeTiffSource, imageOmeZarrSchema),
+  // SpatialData file types
+  makeFileType(FileType.IMAGE_SPATIALDATA_ZARR, DataType.IMAGE, SpatialDataImageLoader, ZarrDataSource, imageSpatialdataSchema),
+  // TODO: create a new loader for labels that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'bitmask'
+  makeFileType(FileType.LABELS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, SpatialDataLabelsLoader, ZarrDataSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
+  // TODO: create a new loader for shapes that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'polygon' (or switch this to 'shape' everywhere?)
+  // TODO: create a new source for GeoPandas tables?
+  makeFileType(FileType.SHAPES_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, ObsSegmentationsAnndataLoader, SpatialDataShapesSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
+  makeFileType(FileType.OBS_SPOTS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SPOTS, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataShapesSource, obsSpotsSpatialdataSchema),
+  makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, SpatialDataTableSource, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema),
+  makeFileType(FileType.OBS_SETS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SETS, SpatialDataObsSetsLoader, SpatialDataTableSource, obsSetsSpatialdataSchema),
   // All legacy file types
   makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_EXPRESSION_MATRIX_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, ZarrDataSource, z.null()),
   makeFileType(FileType.IMAGE_RASTER_JSON, DataType.IMAGE, RasterJsonAsImageLoader, JsonSource, rasterJsonSchema),
@@ -231,6 +253,7 @@ export const baseFileTypes = [
 
 export const baseJointFileTypes = [
   new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_ZARR, expandAnndataZarr, anndataZarrSchema),
+  // new PluginJointFileType(FileType.SPATIALDATA_ZARR, expandSpatialdataZarr, spatialdataZarrSchema),
   // For legacy file types:
   new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELLS_ZARR, expandAnndataCellsZarr, anndataCellsZarrSchema),
   new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELL_SETS_ZARR, expandAnndataCellSetsZarr, anndataCellSetsZarrSchema),