@vitessce/all 3.2.2 → 3.3.0

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@@ -1 +1 @@
1
- {"version":3,"file":"Vitessce.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/Vitessce.tsx"],"names":[],"mappings":"AAgBA,wBAAgB,QAAQ,CAAC,KAAK,EAAE,GAAG,8CA8DlC"}
1
+ {"version":3,"file":"Vitessce.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/Vitessce.tsx"],"names":[],"mappings":"AAgBA,wBAAgB,QAAQ,CAAC,KAAK,EAAE,GAAG,8CA+DlC"}
@@ -5,7 +5,7 @@ import { VitS, logConfig, } from '@vitessce/vit-s';
5
5
  import { upgradeAndParse, } from '@vitessce/schemas';
6
6
  import { baseViewTypes, baseFileTypes, baseJointFileTypes, baseCoordinationTypes, } from './base-plugins.js';
7
7
  export function Vitessce(props) {
8
- const { config, onConfigUpgrade, pluginViewTypes: pluginViewTypesProp, pluginFileTypes: pluginFileTypesProp, pluginCoordinationTypes: pluginCoordinationTypesProp, pluginJointFileTypes: pluginJointFileTypesProp, } = props;
8
+ const { config, onConfigUpgrade, pluginViewTypes: pluginViewTypesProp, pluginFileTypes: pluginFileTypesProp, pluginCoordinationTypes: pluginCoordinationTypesProp, pluginJointFileTypes: pluginJointFileTypesProp, stores, } = props;
9
9
  // If config.uid exists, then use it for hook dependencies to detect changes
10
10
  // (controlled component case). If not, then use the config object itself
11
11
  // and assume the un-controlled component case.
@@ -1 +1 @@
1
- {"version":3,"file":"base-plugins.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/base-plugins.ts"],"names":[],"mappings":"AASA,OAAO,EACL,cAAc,EACd,mBAAmB,EACnB,cAAc,EACd,sBAAsB,EACvB,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,KAAK,EACV,UAAU,EACV,UAAU,EACX,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,EACL,CAAC,EAgCF,MAAM,mBAAmB,CAAC;AA0G3B,eAAO,MAAM,aAAa,kBAiBzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,aAAa,wDAoDzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,kBAAkB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;OAc9B,CAAC;AAIF,eAAO,MAAM,qBAAqB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4WAmLjC,CAAC"}
1
+ {"version":3,"file":"base-plugins.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../src/base-plugins.ts"],"names":[],"mappings":"AASA,OAAO,EACL,cAAc,EACd,mBAAmB,EACnB,cAAc,EACd,sBAAsB,EACvB,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,KAAK,EACV,UAAU,EACV,UAAU,EACX,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAC3B,OAAO,EACL,CAAC,EAqCF,MAAM,mBAAmB,CAAC;AAiH3B,eAAO,MAAM,aAAa,kBAiBzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,aAAa,wDA8DzB,CAAC;AAEF,eAAO,MAAM,kBAAkB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;OAe9B,CAAC;AAIF,eAAO,MAAM,qBAAqB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4WAmLjC,CAAC"}
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  import { FileType, DataType, ViewType, CoordinationType, COMPONENT_COORDINATION_TYPES, } from '@vitessce/constants-internal';
2
2
  import { PluginFileType, PluginJointFileType, PluginViewType, PluginCoordinationType, } from '@vitessce/plugins';
3
- import { z, obsEmbeddingCsvSchema, obsSetsCsvSchema, obsSpotsCsvSchema, obsPointsCsvSchema, obsLocationsCsvSchema, obsLabelsCsvSchema, featureLabelsCsvSchema, obsSetsAnndataSchema, obsEmbeddingAnndataSchema, obsSpotsAnndataSchema, obsPointsAnndataSchema, obsLocationsAnndataSchema, obsLabelsAnndataSchema, obsFeatureMatrixAnndataSchema, obsSegmentationsAnndataSchema, featureLabelsAnndataSchema, rasterJsonSchema, anndataZarrSchema, anndataCellsZarrSchema, anndataCellSetsZarrSchema, anndataExpressionMatrixZarrSchema, cellsJsonSchema, imageOmeZarrSchema, imageOmeTiffSchema, obsSetPath, rgbArray, obsSetsSchema, imageLayerObj, cellsLayerObj, neighborhoodsLayerObj, moleculesLayerObj, } from '@vitessce/schemas';
3
+ import { z, obsEmbeddingCsvSchema, obsSetsCsvSchema, obsSpotsCsvSchema, obsPointsCsvSchema, obsLocationsCsvSchema, obsLabelsCsvSchema, featureLabelsCsvSchema, obsSetsAnndataSchema, obsEmbeddingAnndataSchema, obsSpotsAnndataSchema, obsPointsAnndataSchema, obsLocationsAnndataSchema, obsLabelsAnndataSchema, obsFeatureMatrixAnndataSchema, obsSegmentationsAnndataSchema, featureLabelsAnndataSchema, rasterJsonSchema, anndataZarrSchema, anndataCellsZarrSchema, anndataCellSetsZarrSchema, anndataExpressionMatrixZarrSchema, cellsJsonSchema, imageOmeZarrSchema, imageOmeTiffSchema, imageSpatialdataSchema, obsSegmentationsSpatialdataSchema, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema, obsSpotsSpatialdataSchema, obsSetsSpatialdataSchema, obsSetPath, rgbArray, obsSetsSchema, imageLayerObj, cellsLayerObj, neighborhoodsLayerObj, moleculesLayerObj, } from '@vitessce/schemas';
4
4
  // Register view type plugins
5
5
  import { DescriptionSubscriber } from '@vitessce/description';
6
6
  import { ObsSetsManagerSubscriber } from '@vitessce/obs-sets-manager';
@@ -31,6 +31,8 @@ AnnDataSource, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, ObsEmbeddingAnndataLoader, ObsSpot
31
31
  MuDataSource,
32
32
  // OME
33
33
  OmeZarrLoader,
34
+ // SpatialData
35
+ SpatialDataTableSource, SpatialDataShapesSource, SpatialDataImageLoader, SpatialDataLabelsLoader, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataObsSetsLoader,
34
36
  // Legacy
35
37
  ZarrDataSource, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, GenomicProfilesZarrLoader, } from '@vitessce/zarr';
36
38
  import { OmeTiffAsObsSegmentationsLoader, OmeTiffLoader, OmeTiffSource, } from '@vitessce/ome-tiff';
@@ -99,6 +101,16 @@ export const baseFileTypes = [
99
101
  makeFileType(FileType.IMAGE_OME_ZARR, DataType.IMAGE, OmeZarrLoader, ZarrDataSource, imageOmeZarrSchema),
100
102
  makeFileType(FileType.IMAGE_OME_TIFF, DataType.IMAGE, OmeTiffLoader, OmeTiffSource, imageOmeTiffSchema),
101
103
  makeFileType(FileType.OBS_SEGMENTATIONS_OME_TIFF, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, OmeTiffAsObsSegmentationsLoader, OmeTiffSource, imageOmeZarrSchema),
104
+ // SpatialData file types
105
+ makeFileType(FileType.IMAGE_SPATIALDATA_ZARR, DataType.IMAGE, SpatialDataImageLoader, ZarrDataSource, imageSpatialdataSchema),
106
+ // TODO: create a new loader for labels that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'bitmask'
107
+ makeFileType(FileType.LABELS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, SpatialDataLabelsLoader, ZarrDataSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
108
+ // TODO: create a new loader for shapes that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'polygon' (or switch this to 'shape' everywhere?)
109
+ // TODO: create a new source for GeoPandas tables?
110
+ makeFileType(FileType.SHAPES_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, ObsSegmentationsAnndataLoader, SpatialDataShapesSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
111
+ makeFileType(FileType.OBS_SPOTS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SPOTS, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataShapesSource, obsSpotsSpatialdataSchema),
112
+ makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, SpatialDataTableSource, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema),
113
+ makeFileType(FileType.OBS_SETS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SETS, SpatialDataObsSetsLoader, SpatialDataTableSource, obsSetsSpatialdataSchema),
102
114
  // All legacy file types
103
115
  makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_EXPRESSION_MATRIX_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, ZarrDataSource, z.null()),
104
116
  makeFileType(FileType.IMAGE_RASTER_JSON, DataType.IMAGE, RasterJsonAsImageLoader, JsonSource, rasterJsonSchema),
@@ -117,6 +129,7 @@ export const baseFileTypes = [
117
129
  ];
118
130
  export const baseJointFileTypes = [
119
131
  new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_ZARR, expandAnndataZarr, anndataZarrSchema),
132
+ // new PluginJointFileType(FileType.SPATIALDATA_ZARR, expandSpatialdataZarr, spatialdataZarrSchema),
120
133
  // For legacy file types:
121
134
  new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELLS_ZARR, expandAnndataCellsZarr, anndataCellsZarrSchema),
122
135
  new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELL_SETS_ZARR, expandAnndataCellSetsZarr, anndataCellSetsZarrSchema),
package/package.json CHANGED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  {
2
2
  "name": "@vitessce/all",
3
- "version": "3.2.2",
3
+ "version": "3.3.0",
4
4
  "author": "Gehlenborg Lab",
5
5
  "homepage": "http://vitessce.io",
6
6
  "repository": {
@@ -18,27 +18,27 @@
18
18
  "dependencies": {
19
19
  "@material-ui/core": "~4.12.3",
20
20
  "zod": "^3.21.4",
21
- "@vitessce/constants-internal": "3.2.2",
22
- "@vitessce/description": "3.2.2",
23
- "@vitessce/csv": "3.2.2",
24
- "@vitessce/genomic-profiles": "3.2.2",
25
- "@vitessce/feature-list": "3.2.2",
26
- "@vitessce/json": "3.2.2",
27
- "@vitessce/heatmap": "3.2.2",
28
- "@vitessce/layer-controller": "3.2.2",
29
- "@vitessce/layer-controller-beta": "3.2.2",
30
- "@vitessce/obs-sets-manager": "3.2.2",
31
- "@vitessce/ome-tiff": "3.2.2",
32
- "@vitessce/plugins": "3.2.2",
33
- "@vitessce/scatterplot-embedding": "3.2.2",
34
- "@vitessce/scatterplot-gating": "3.2.2",
35
- "@vitessce/schemas": "3.2.2",
36
- "@vitessce/spatial": "3.2.2",
37
- "@vitessce/statistical-plots": "3.2.2",
38
- "@vitessce/spatial-beta": "3.2.2",
39
- "@vitessce/vit-s": "3.2.2",
40
- "@vitessce/status": "3.2.2",
41
- "@vitessce/zarr": "3.2.2"
21
+ "@vitessce/constants-internal": "3.3.0",
22
+ "@vitessce/description": "3.3.0",
23
+ "@vitessce/csv": "3.3.0",
24
+ "@vitessce/feature-list": "3.3.0",
25
+ "@vitessce/heatmap": "3.3.0",
26
+ "@vitessce/genomic-profiles": "3.3.0",
27
+ "@vitessce/json": "3.3.0",
28
+ "@vitessce/layer-controller": "3.3.0",
29
+ "@vitessce/layer-controller-beta": "3.3.0",
30
+ "@vitessce/ome-tiff": "3.3.0",
31
+ "@vitessce/obs-sets-manager": "3.3.0",
32
+ "@vitessce/plugins": "3.3.0",
33
+ "@vitessce/scatterplot-embedding": "3.3.0",
34
+ "@vitessce/scatterplot-gating": "3.3.0",
35
+ "@vitessce/schemas": "3.3.0",
36
+ "@vitessce/spatial": "3.3.0",
37
+ "@vitessce/spatial-beta": "3.3.0",
38
+ "@vitessce/statistical-plots": "3.3.0",
39
+ "@vitessce/vit-s": "3.3.0",
40
+ "@vitessce/status": "3.3.0",
41
+ "@vitessce/zarr": "3.3.0"
42
42
  },
43
43
  "devDependencies": {
44
44
  "@types/react": "^18.0.28",
package/src/Vitessce.tsx CHANGED
@@ -22,6 +22,7 @@ export function Vitessce(props: any) {
22
22
  pluginFileTypes: pluginFileTypesProp,
23
23
  pluginCoordinationTypes: pluginCoordinationTypesProp,
24
24
  pluginJointFileTypes: pluginJointFileTypesProp,
25
+ stores,
25
26
  } = props;
26
27
 
27
28
  // If config.uid exists, then use it for hook dependencies to detect changes
@@ -43,6 +43,11 @@ import {
43
43
  cellsJsonSchema,
44
44
  imageOmeZarrSchema,
45
45
  imageOmeTiffSchema,
46
+ imageSpatialdataSchema,
47
+ obsSegmentationsSpatialdataSchema,
48
+ obsFeatureMatrixSpatialdataSchema,
49
+ obsSpotsSpatialdataSchema,
50
+ obsSetsSpatialdataSchema,
46
51
  obsSetPath,
47
52
  rgbArray,
48
53
  obsSetsSchema,
@@ -118,6 +123,13 @@ import {
118
123
  MuDataSource,
119
124
  // OME
120
125
  OmeZarrLoader,
126
+ // SpatialData
127
+ SpatialDataTableSource,
128
+ SpatialDataShapesSource,
129
+ SpatialDataImageLoader,
130
+ SpatialDataLabelsLoader,
131
+ SpatialDataObsSpotsLoader,
132
+ SpatialDataObsSetsLoader,
121
133
  // Legacy
122
134
  ZarrDataSource,
123
135
  MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader,
@@ -212,6 +224,16 @@ export const baseFileTypes = [
212
224
  makeFileType(FileType.IMAGE_OME_ZARR, DataType.IMAGE, OmeZarrLoader, ZarrDataSource, imageOmeZarrSchema),
213
225
  makeFileType(FileType.IMAGE_OME_TIFF, DataType.IMAGE, OmeTiffLoader, OmeTiffSource, imageOmeTiffSchema),
214
226
  makeFileType(FileType.OBS_SEGMENTATIONS_OME_TIFF, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, OmeTiffAsObsSegmentationsLoader, OmeTiffSource, imageOmeZarrSchema),
227
+ // SpatialData file types
228
+ makeFileType(FileType.IMAGE_SPATIALDATA_ZARR, DataType.IMAGE, SpatialDataImageLoader, ZarrDataSource, imageSpatialdataSchema),
229
+ // TODO: create a new loader for labels that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'bitmask'
230
+ makeFileType(FileType.LABELS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, SpatialDataLabelsLoader, ZarrDataSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
231
+ // TODO: create a new loader for shapes that returns obsSegmentations with obsSegmentationsType: 'polygon' (or switch this to 'shape' everywhere?)
232
+ // TODO: create a new source for GeoPandas tables?
233
+ makeFileType(FileType.SHAPES_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SEGMENTATIONS, ObsSegmentationsAnndataLoader, SpatialDataShapesSource, obsSegmentationsSpatialdataSchema),
234
+ makeFileType(FileType.OBS_SPOTS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SPOTS, SpatialDataObsSpotsLoader, SpatialDataShapesSource, obsSpotsSpatialdataSchema),
235
+ makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, ObsFeatureMatrixAnndataLoader, SpatialDataTableSource, obsFeatureMatrixSpatialdataSchema),
236
+ makeFileType(FileType.OBS_SETS_SPATIALDATA_ZARR, DataType.OBS_SETS, SpatialDataObsSetsLoader, SpatialDataTableSource, obsSetsSpatialdataSchema),
215
237
  // All legacy file types
216
238
  makeFileType(FileType.OBS_FEATURE_MATRIX_EXPRESSION_MATRIX_ZARR, DataType.OBS_FEATURE_MATRIX, MatrixZarrAsObsFeatureMatrixLoader, ZarrDataSource, z.null()),
217
239
  makeFileType(FileType.IMAGE_RASTER_JSON, DataType.IMAGE, RasterJsonAsImageLoader, JsonSource, rasterJsonSchema),
@@ -231,6 +253,7 @@ export const baseFileTypes = [
231
253
 
232
254
  export const baseJointFileTypes = [
233
255
  new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_ZARR, expandAnndataZarr, anndataZarrSchema),
256
+ // new PluginJointFileType(FileType.SPATIALDATA_ZARR, expandSpatialdataZarr, spatialdataZarrSchema),
234
257
  // For legacy file types:
235
258
  new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELLS_ZARR, expandAnndataCellsZarr, anndataCellsZarrSchema),
236
259
  new PluginJointFileType(FileType.ANNDATA_CELL_SETS_ZARR, expandAnndataCellSetsZarr, anndataCellSetsZarrSchema),