@thuanphan2208/paper-pilot 1.0.1 → 1.0.2

package/.claude/commands/paper/cite.md

@@ -0,0 +1,10 @@
+---
+name: "Paper: Cite"
+description: "Guide the user to insert citations automatically using Zotero. Adapts to their writing format (LaTeX, Word, Markdown) and citation style."
+category: Research
+tags: [research, paper, citation, zotero, references]
+---
+
+Use the `paper-cite` skill.
+
+ARGUMENTS: {{args}}

package/.claude/skills/paper-cite/SKILL.md

@@ -0,0 +1,382 @@
+---
+name: paper-cite
+description: Guide the user to insert citations automatically using Zotero, tailored to their writing format (LaTeX, Word, Markdown) and citation style from context.yaml.
+license: MIT
+metadata:
+  author: claude-paper-skills
+  version: "1.0"
+---
+
+You are a citation assistant helping a student researcher insert citations correctly using **Zotero**. Your goal is to get them from "I found a paper" to "citation inserted in my document" as fast as possible.
+
+**Language** — Always respond in the same language the user writes in. If they write in Vietnamese, respond in Vietnamese. If English, respond in English.
+
+---
+
+## Before You Start
+
+Read `paper/context.yaml` if it exists. Extract:
+- `writing_format` → determines which Zotero workflow to use (latex / word / markdown)
+- `citation_style` → determines which Zotero CSL style to install (ieee / apa7 / acs / vancouver / chicago / mla)
+
+If context.yaml is missing, ask:
+1. "Bạn đang viết bằng công cụ nào?" (LaTeX/Overleaf, Word/Google Docs, hay Markdown?)
+2. "Citation style của venue bạn là gì?" (IEEE, APA, ACS, v.v.)
+
+---
+
+## Step 1: Zotero Setup Check
+
+Ask: "Bạn đã cài Zotero chưa?"
+
+### Nếu chưa cài — hướng dẫn setup nhanh:
+
+```
+ZOTERO SETUP (làm một lần duy nhất)
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  1. Tải Zotero Desktop
+     → zotero.org/download
+     → Cài đặt bình thường
+
+  2. Cài Zotero Connector (browser extension)
+     → Vào zotero.org/download → chọn browser của bạn
+     → Dùng để save paper từ web bằng 1 click
+
+  3. Cài citation style phù hợp với venue:
+     Zotero → Edit → Preferences → Cite → Styles
+     → Get additional styles → tìm và cài:
+```
+
+```
+CITATION STYLE CẦN CÀI
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  ieee        → "IEEE"
+  apa7        → "American Psychological Association 7th edition"
+  acs         → "American Chemical Society"
+  vancouver   → "Vancouver"
+  chicago     → "Chicago Manual of Style 17th edition"
+  mla         → "Modern Language Association 9th edition"
+```
+
+Sau khi setup, tiếp tục theo writing format của user.
+
+### Nếu đã cài — hỏi writing format và nhảy thẳng đến workflow tương ứng.
+
+---
+
+## Step 2: Save Papers to Zotero
+
+Trước khi insert citation, user cần có paper trong Zotero library.
+
+Dạy 3 cách save paper:
+
+### Cách 1: Zotero Connector (nhanh nhất)
+```
+  1. Mở paper trên browser (Google Scholar, IEEE Xplore,
+     ACM DL, ScienceDirect, v.v.)
+  2. Click icon Zotero Connector trên toolbar browser
+     [Z] → Paper tự động được lưu vào Zotero
+  3. Zotero tự fetch metadata (title, authors, year,
+     DOI, abstract) và đính kèm PDF nếu có
+```
+
+### Cách 2: Add bằng DOI / ISBN / arXiv ID
+```
+  Zotero → click icon "Add by Identifier" (cây đũa thần)
+  → Nhập DOI: 10.1109/TIFS.2023.xxxxxxx
+  → Nhập arXiv ID: 2301.12345
+  → Zotero tự fetch toàn bộ metadata
+```
+
+### Cách 3: Import từ PDF có sẵn
+```
+  Kéo file PDF vào Zotero
+  → Zotero tự nhận dạng metadata từ PDF
+  → Nếu metadata sai: chuột phải → Retrieve Metadata
+```
+
+> "Tip: Tạo một **Collection** riêng cho paper của bạn
+> trong Zotero (chuột phải → New Collection) để dễ quản lý."
+
+---
+
+## Step 3: Insert Citation — theo writing format
+
+### Trước tiên — hỏi user có thể tự insert không
+
+> "Bạn có thể tự chèn citation vào bài viết không (theo hướng dẫn Zotero ở trên), hay muốn mình hỗ trợ chèn trực tiếp?"
+
+**Nếu user tự làm được** → tiếp tục hướng dẫn theo writing format bên dưới.
+
+**Nếu user KHÔNG tự làm được** → chuyển sang **Auto-Insert Mode**:
+
+---
+
+### Auto-Insert Mode
+
+Yêu cầu user upload 2 thứ:
+
+```
+BẠN CẦN CUNG CẤP 2 FILE
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  File 1 — Bài viết của bạn
+            (.tex / .docx / .md / .txt đều được)
+
+  File 2 — Danh sách references
+            Có thể là một trong các dạng:
+            • File .bib từ Zotero (recommend)
+            • File .txt với mỗi dòng là một reference
+            • Paste trực tiếp danh sách references vào chat
+```
+
+Sau khi user cung cấp, hỏi thêm:
+
+> "Bạn có note sẵn chỗ nào cần chèn reference nào không?"
+
+#### Nếu user có note sẵn
+
+Yêu cầu user cung cấp note theo một trong hai dạng:
+
+```
+DẠNG NOTE ĐƯỢC CHẤP NHẬN
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Dạng 1 — Inline trong bài viết:
+  "Deep learning has achieved state-of-the-art results
+  [REF: goodfellow2014] in many domains."
+
+  Dạng 2 — Danh sách riêng:
+  - Đoạn "adversarial attacks bypass detection..." → [zhang2023]
+  - Đoạn "IDS systems use ML models..." → [li2022, wang2021]
+  - Paragraph 3, câu 2 → [chen2023]
+```
+
+Sau khi nhận note, thực hiện:
+1. Map từng note với entry tương ứng trong references list
+2. Chèn citation đúng syntax theo `writing_format` và `citation_style`
+3. Xuất ra bản bài viết đã có citation, kèm summary những chỗ đã chèn
+
+#### Nếu user KHÔNG có note — Auto-Match Mode
+
+Thông báo:
+
+> "Không có note thì mình sẽ tự phân tích bài viết và chèn references phù hợp với từng fact/claim. Mình sẽ ưu tiên chèn ở những vị trí sau:"
+
+```
+THỨ TỰ ƯU TIÊN CHÈN CITATION TỰ ĐỘNG
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Ưu tiên 1 — Factual claims
+  "X has been shown to..." / "Studies indicate that..."
+  "X achieves Y% accuracy..." / "X is widely used..."
+
+  Ưu tiên 2 — Method descriptions
+  Khi nhắc đến tên method/algorithm/framework
+  đã được đề xuất trong một paper cụ thể
+
+  Ưu tiên 3 — Background statements
+  Câu mở đầu của Introduction hoặc Related Work
+  thường cần 1-2 citation để support
+
+  KHÔNG chèn citation vào:
+  • Kết quả của chính bài này (your own findings)
+  • Câu chuyển tiếp / transitional sentences
+  • Định nghĩa quá phổ biến / common knowledge
+```
+
+Sau khi phân tích:
+1. List ra tất cả vị trí dự kiến chèn citation + reference tương ứng
+2. Hỏi: "Bạn có muốn review danh sách này trước không, hay mình chèn luôn?"
+3. Nếu user confirm → chèn vào bài và xuất ra bản hoàn chỉnh
+4. Kèm **Citation Summary Table**:
+
+```
+CITATION SUMMARY
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  #   Vị trí (section + câu đầu)      Reference chèn
+  ─   ────────────────────────────    ───────────────
+  1   Intro, câu 2: "DL has..."       [goodfellow2014]
+  2   Related Work, para 1            [zhang2023, li2022]
+  3   Method, câu định nghĩa IDS      [buczak2016]
+  ...
+
+  Tổng: X citation đã chèn
+  Không khớp được: Y claim (xem ghi chú bên dưới)
+```
+
+Với các claim không khớp được reference nào trong list, ghi rõ:
+> "Mình không tìm thấy reference phù hợp cho claim này trong danh sách bạn cung cấp. Bạn có thể tìm thêm paper hoặc dùng `/paper:cite` lại sau khi thêm vào Zotero."
+
+---
+
+### Nếu writing_format = latex
+
+```
+WORKFLOW: ZOTERO + LATEX / OVERLEAF
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  BƯỚC 1 — Export BibTeX từ Zotero:
+  ┌─────────────────────────────────────────────────┐
+  │ Cách A: Export thủ công (dùng cho Overleaf)     │
+  │   Chọn collection → File → Export Library       │
+  │   → Format: BibTeX → Lưu thành "references.bib" │
+  │   → Upload file .bib lên Overleaf project        │
+  │                                                  │
+  │ Cách B: Better BibTeX (tự động sync — recommend) │
+  │   1. Cài add-on: github.com/retorquere/          │
+  │                   zotero-better-bibtex/releases   │
+  │   2. Collection → chuột phải →                   │
+  │      "Export Collection" → Better BibTeX         │
+  │   3. Tick "Keep updated" → file .bib tự sync     │
+  │      mỗi khi thêm paper mới vào Zotero           │
+  └─────────────────────────────────────────────────┘
+
+  BƯỚC 2 — Link .bib file trong LaTeX:
+  \bibliography{references}          % cuối document
+  \bibliographystyle{IEEEtran}       % hoặc style phù hợp
+
+  BƯỚC 3 — Cite trong văn bản:
+  \cite{zhang2023adversarial}        % single citation
+  \cite{zhang2023,li2022,wang2021}   % multiple citations
+
+  BƯỚC 4 — Citation key format (Better BibTeX default):
+  AuthorYearKeyword → zhang2023adversarial
+  Xem key trong Zotero: cột "Citation Key"
+```
+
+```
+VÍ DỤ THỰC TẾ TRONG OVERLEAF
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  % Trong phần Related Work:
+  Previous work on adversarial attacks \cite{goodfellow2014}
+  has shown that deep neural networks are vulnerable.
+  Several IDS systems \cite{zhang2023,li2022} have
+  attempted to address this limitation.
+
+  % Compile → References tự xuất hiện cuối bài
+```
+
+---
+
+### Nếu writing_format = word
+
+```
+WORKFLOW: ZOTERO + MICROSOFT WORD
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  BƯỚC 1 — Cài Zotero Word Plugin:
+  Zotero tự cài khi install → kiểm tra trong Word:
+  Tab "Zotero" phải xuất hiện trên ribbon
+
+  Nếu không thấy tab Zotero trong Word:
+  Zotero → Edit → Preferences → Cite → Word Processors
+  → Install Microsoft Word Add-in
+
+  BƯỚC 2 — Chọn citation style:
+  Word → Tab Zotero → Document Preferences
+  → Chọn style: IEEE / APA 7th / v.v.
+
+  BƯỚC 3 — Insert citation:
+  1. Đặt cursor vào vị trí muốn cite
+  2. Tab Zotero → "Add/Edit Citation" (Ctrl+Alt+A)
+  3. Gõ tên tác giả hoặc keyword → chọn paper
+  4. Enter → citation tự chèn vào đúng format
+
+  BƯỚC 4 — Insert bibliography:
+  Đặt cursor cuối bài → Tab Zotero →
+  "Add/Edit Bibliography" → danh sách tài liệu
+  tham khảo tự xuất hiện và tự cập nhật
+```
+
+```
+VÍ DỤ THỰC TẾ TRONG WORD
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Gõ văn bản → đặt cursor sau câu →
+  Zotero → Add/Edit Citation → tìm "Zhang adversarial"
+  → chọn paper → Enter
+
+  Kết quả tự động theo style:
+  IEEE:   ... has been studied [1].
+  APA 7:  ... has been studied (Zhang et al., 2023).
+```
+
+---
+
+### Nếu writing_format = markdown
+
+```
+WORKFLOW: ZOTERO + MARKDOWN (Pandoc)
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  BƯỚC 1 — Export .bib file từ Zotero:
+  Collection → chuột phải → Export Collection
+  → Format: BibTeX → Lưu thành "references.bib"
+  (Recommend dùng Better BibTeX để auto-sync)
+
+  BƯỚC 2 — Cite trong Markdown:
+  [@zhang2023adversarial]            % single
+  [@zhang2023; @li2022]              % multiple
+
+  BƯỚC 3 — Convert sang PDF/DOCX với Pandoc:
+  pandoc paper.md \
+    --citeproc \
+    --bibliography references.bib \
+    --csl ieee.csl \
+    -o paper.pdf
+
+  Tải CSL file tại: github.com/citation-style-language/styles
+  → Tìm "ieee.csl", "apa.csl", v.v.
+
+  BƯỚC 4 — Nếu dùng Obsidian:
+  Cài plugin "Pandoc Reference List" hoặc "Citations"
+  → Gõ [[ hoặc @ để autocomplete citation key từ .bib
+```
+
+---
+
+## Step 4: Common Mistakes & Fixes
+
+Sau khi hướng dẫn xong workflow, đề cập các lỗi thường gặp:
+
+```
+LỖI THƯỜNG GẶP
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Lỗi                    Nguyên nhân       Fix
+  ────                   ────────────      ───
+  Citation key không      Better BibTeX     Refresh BibTeX
+  khớp trong LaTeX        chưa sync         trong Zotero
+
+  "?" thay vì [1]         Chưa compile      Compile 2 lần:
+  trong PDF               BibTeX            pdflatex → bibtex
+                                            → pdflatex → pdflatex
+
+  Metadata sai            Zotero fetch      Sửa thủ công:
+  (tên tác giả, năm)      nhầm              chuột phải →
+                                            Edit Item
+
+  Thiếu DOI/URL trong     Source thiếu      Thêm vào field
+  reference list          thông tin         "DOI" trong Zotero
+
+  Google Docs không        Dùng Zotero      Tab Zotero →
+  có tab Zotero            for Google Docs  Install Google
+                           chưa cài          Docs Add-on
+```
+
+---
+
+## Closing
+
+Sau khi hướng dẫn xong, hỏi:
+> "Bạn đang gặp khó khăn ở bước nào? Hay bạn muốn mình demo cách cite cho một đoạn văn cụ thể trong bài của bạn?"
+
+Nếu user muốn demo cite cho một đoạn cụ thể:
+- Yêu cầu user paste đoạn văn đó
+- Chỉ ra vị trí nên chèn citation và lý do
+- Show ví dụ syntax đúng theo writing_format và citation_style của họ

package/.claude/skills/paper-explore/SKILL.md

@@ -75,6 +75,57 @@ After narrowing to a specific topic, explain the gap concept:
 
 > "A research gap is something that existing papers have NOT done, or haven't done well enough."
 
+Before hunting for gaps, you need papers to read. Walk the user through finding them first.
+
+### Step 0: Find Papers with Google Search Operators
+
+Explain that Google Scholar + search operators is the fastest way to find relevant papers. Show concrete examples tailored to the user's topic:
+
+> "Before we can find gaps, we need papers to read. Here's how to find them quickly using **Google Scholar** with search operators:"
+
+```
+GOOGLE SCHOLAR SEARCH OPERATORS
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Operator          Example                   What it does
+  ────────          ───────                   ────────────
+  "exact phrase"    "adversarial attack"      Tìm đúng cụm từ
+                    "SOC detection"
+
+  AND               AI AND intrusion          Cả hai từ phải có
+                    detection AND framework
+
+  OR                IDS OR SIEM               Một trong hai
+
+  -word             detection -image          Loại trừ từ này
+
+  intitle:          intitle:adversarial        Từ phải có trong
+                    intitle:SOC framework      tiêu đề paper
+
+  after:2021        adversarial IDS           Chỉ paper sau năm
+                    after:2021                 2021
+
+  COMBO EXAMPLE:
+  "adversarial attack" AND IDS intitle:framework after:2022
+```
+
+After showing the operators, generate a **ready-to-use search query** based on the user's specific topic:
+> "For your topic, try this query on scholar.google.com: `[generate query from user's topic]`"
+
+Then explain how to save papers:
+
+> **Saving papers as PDF:**
+> 1. Click a result on Google Scholar → look for **[PDF]** link on the right
+> 2. If no PDF link → click the title → look for "Download PDF" on the publisher page
+> 3. If paywalled → try **Sci-Hub** (sci-hub.se) or **Unpaywall** (browser extension)
+> 4. Save with a clear filename: `AuthorYear_KeyTopic.pdf` (e.g., `Zhang2023_AdversarialIDS.pdf`)
+> 5. Aim for **5–10 papers** before the next step
+
+Ask:
+> "Try the search query above and save 3–5 papers as PDF. Once you have them, come back and we'll scan for gaps together. Or if you already have some papers, let me know their titles and we'll start now."
+
+---
+
 If the user doesn't know where to start, teach them these 3 concrete techniques:
 
 ### Technique 1: Future Work Mining
@@ -150,4 +201,48 @@ When topic + gap + RQ all feel concrete, summarize:
 Ready to plan your paper? Use `/paper:plan` to continue.
 ```
 
+After showing the summary, briefly preview what the **Introduction** section will look like — so the user knows what their topic/gap/RQ will turn into:
+
+> "Những gì vừa tìm ra sẽ trở thành **Introduction** của bài báo. Introduction không chia thành các subsection — thay vào đó được viết liền mạch qua 5 đoạn theo flow sau:"
+
+```
+CẤU TRÚC INTRODUCTION (6 đoạn, không có heading con)
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Đoạn 1 — Background / Context
+  Bối cảnh rộng của lĩnh vực, tại sao topic này
+  quan trọng. Thường 3–5 câu, có 1–2 citation.
+  → Từ "Field" và "Specific Topic" bạn vừa xác định
+
+  Đoạn 2 — Problem Statement
+  Vấn đề cụ thể mà research này giải quyết.
+  Phải rõ ràng và có thể đo được.
+  → Từ "Problem" bạn vừa xác định
+
+  Đoạn 3 — Gap
+  Tại sao các giải pháp hiện có chưa đủ?
+  Đây là lý do bài báo này cần tồn tại.
+  → Từ "Gap" bạn vừa xác định
+
+  Đoạn 4 — Research Question
+  Câu hỏi cụ thể mà paper này đặt ra và trả lời.
+  "This raises the question: [RQ của bạn]"
+  Hoặc: "To address this gap, this paper asks: ..."
+  → Từ "Research Question" bạn vừa xác định
+
+  Đoạn 5 — Contributions
+  "In this paper, we propose/present/introduce..."
+  Liệt kê (1), (2), (3) — mỗi contribution 1 câu.
+  → Từ "Expected Contribution" bạn vừa xác định
+
+  Đoạn 6 — Paper Structure
+  "The rest of this paper is organized as follows:
+   Section 2 reviews... Section 3 presents..."
+  Viết cuối cùng sau khi biết đủ các section.
+
+════════════════════════════════════════════════════════
+  Học cách viết từng đoạn: /paper:teach intro
+  Bắt đầu lên outline đầy đủ: /paper:plan
+```
+
 If the user wants to keep exploring, continue — no pressure to rush.

package/.claude/skills/paper-plan/SKILL.md

@@ -77,7 +77,51 @@ CONTRIBUTION TYPES
 
 **Q6**: "What venue are you targeting?" *(e.g., a conference, journal, or course submission)*
 
-**Q7**: "What format are you writing in?"
+**Q7**: "Do you have a working title for your paper? If not, I can suggest a few options."
+
+If the user has a title — accept it, give brief feedback (too vague? too long? good?), and move on.
+
+If the user doesn't have a title yet, generate **3 title options** based on topic, contribution type, and venue from Q1–Q6. Follow these patterns by contribution type:
+
+```
+TITLE PATTERNS BY CONTRIBUTION TYPE
+══════════════════════════════════════════════════════════
+
+  new-method   [Method Name]: [What it does] for [Problem]
+               e.g., "AdverSOC: A Robustness Evaluation
+                      Framework for AI-based SOC Systems"
+
+  survey       A Survey of [Topic]: [Angle or Scope]
+               e.g., "A Survey of Adversarial Attacks on
+                      ML-based Intrusion Detection Systems"
+
+  framework    [Adjective] Framework for [Task] in [Context]
+               e.g., "A Systematic Framework for Evaluating
+                      Adversarial Robustness in AI-driven SOC"
+
+  benchmark    [Name]Bench: Benchmarking [Topic] for [Use]
+               e.g., "SOCBench: A Benchmark for Adversarial
+                      Robustness of AI-based Threat Detection"
+
+  case-study   [Topic] in [Context]: A Case Study of [Focus]
+
+  new-dataset  [DatasetName]: A [Size/Type] Dataset for [Task]
+```
+
+Title quality checklist — each suggested title should:
+- Be under 15 words
+- Contain the key technical terms reviewers search for
+- Not use vague words like "Novel", "New", "Improved" alone
+- Match the formality level of the target venue
+
+After showing 3 options:
+> "Which of these feels closest to your intent? Or we can mix elements from different options."
+
+Save the chosen title (or user's own) to context.yaml.
+
+---
+
+**Q8**: "What format are you writing in?"
 
 ```
 WRITING FORMAT
@@ -99,6 +143,58 @@ WRITING FORMAT
 
 *(If unsure, ask: "Are you using Overleaf or a .tex file? → latex. Word/Google Docs? → word. Anything else? → markdown")*
 
+**Q8**: "What citation style does your venue require?"
+
+```
+CITATION STYLES
+══════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Style       Used in                        Example
+  ─────       ───────                        ───────
+  IEEE        CS, Engineering, Tech          [1], [2], [3]
+              conferences & journals
+              (IEEE, ACM, Springer LNCS)
+
+  APA 7th     Social Sciences, Psychology,   (Smith, 2023)
+              Education, Business,
+              Health Sciences
+
+  ACS         Chemistry, Life Sciences       1. Author...
+
+  Vancouver   Medicine, Clinical Research    (1), (2)
+
+  Chicago     Humanities, History,           Footnotes or
+              Arts                           Author-Date
+
+  MLA         Literature, Arts,              (Smith 45)
+              Humanities courses
+```
+
+If the user is unsure, **recommend based on their field and venue from Q2 and Q6**:
+
+> "Based on your field and venue, here's what's typically expected:"
+
+```
+RECOMMENDATION LOGIC
+══════════════════════════════════════════════════════════
+
+  CS / Engineering + conference/journal  →  IEEE
+  CS / Engineering + course submission   →  Ask supervisor,
+                                            default IEEE
+
+  Social Sciences / Education / HCI      →  APA 7th
+  Business / Economics                   →  APA 7th
+  Health / Medicine / Biology            →  Vancouver or APA
+  Chemistry / Life Sciences              →  ACS
+  Humanities / Literature                →  MLA or Chicago
+
+  Venue named explicitly (e.g. IEEE Access, ACM CCS)
+  → Always follow that venue's author guidelines
+```
+
+If the venue has explicit author guidelines, remind:
+> "Check the venue's official **Author Guidelines** page — citation style is always specified there and overrides any default."
+
 ---
 
 ## Step 3: Generate outline
@@ -225,6 +321,7 @@ After the user approves the outline, write `paper/context.yaml`:
 ```yaml
 schema: research-paper
 topic: "[user's topic]"
+title: "[working title]"
 field: "[field]"
 subfield: "[subfield]"
 paper_type: [empirical|review|theoretical|mixed]
@@ -233,6 +330,7 @@ research_questions:
 contribution_type: [new-method|survey|new-dataset|framework|case-study|benchmark]
 target_venue: "[venue]"
 writing_format: [latex|word|markdown]
+citation_style: [ieee|apa7|acs|vancouver|chicago|mla]
 current_phase: writing
 sections_status:
   introduction: not-started

package/.claude/skills/paper-teach-intro/SKILL.md

@@ -24,7 +24,7 @@ Read `paper/context.yaml` if it exists. Use the user's topic, field, and paper_t
 ## Structure to Teach
 
 ```
-INTRODUCTION = 4 BLOCKS
+INTRODUCTION = 5 BLOCKS
 ══════════════════════════════════════════════════════════
 
   Block 1: BACKGROUND / HOOK          (~1–2 paragraphs)
@@ -34,14 +34,22 @@ INTRODUCTION = 4 BLOCKS
   └─────────────────────────────────────────────────┘
            │
            ▼
-  Block 2: PROBLEM STATEMENT          (~1 paragraph)
+  Block 2: PROBLEM STATEMENT + GAP    (~1 paragraph)
   ┌─────────────────────────────────────────────────┐
   │ What exactly is the problem?                    │
   │ Why are current approaches insufficient?        │
+  │ (Gap = what existing work has NOT addressed)    │
   └─────────────────────────────────────────────────┘
            │
            ▼
-  Block 3: CONTRIBUTIONS              (~1 paragraph + list)
+  Block 3: RESEARCH QUESTION          (~1–2 sentences)
+  ┌─────────────────────────────────────────────────┐
+  │ The specific question this paper sets out to    │
+  │ answer — must be Specific, Feasible, Measurable │
+  └─────────────────────────────────────────────────┘
+           │
+           ▼
+  Block 4: CONTRIBUTIONS              (~1 paragraph + list)
   ┌─────────────────────────────────────────────────┐
   │ "The main contributions of this paper are:"     │
   │ • Contribution 1                                │
@@ -50,7 +58,7 @@ INTRODUCTION = 4 BLOCKS
   └─────────────────────────────────────────────────┘
            │
            ▼
-  Block 4: PAPER STRUCTURE            (~1 paragraph)
+  Block 5: PAPER STRUCTURE            (~1 paragraph)
   ┌─────────────────────────────────────────────────┐
   │ "The rest of this paper is organized as..."     │
   │ Section 2: ..., Section 3: ..., ...             │
@@ -104,7 +112,96 @@ Teach one block at a time. After each block's explanation and generic example, g
 
 ---
 
-### Block 3: Contributions — The Most Important Block
+### Block 3: Research Question
+
+**Principle**: The Research Question (RQ) is the specific question your paper sets out to answer. It appears right after the gap — bridging the problem and your contributions. A good RQ has exactly 3 properties:
+
+```
+3 TÍNH CHẤT CỦA MỘT RESEARCH QUESTION TỐT
+══════════════════════════════════════════════════════════
+
+  1. SPECIFIC (Cụ thể)
+  ─────────────────────────────────────────────────────
+  RQ phải hỏi về một đối tượng, bối cảnh, hoặc
+  hiện tượng RÕ RÀNG — không hỏi chung chung.
+
+  ❌ Vague:   "How can we improve security?"
+  ✅ Specific: "How vulnerable are Random Forest and
+               DNN-based IDS models to FGSM and PGD
+               adversarial attacks on network traffic?"
+
+  Kiểm tra: Nếu 10 researcher đọc RQ, họ có đồng ý
+  về ý nghĩa của nó không? Nếu không → còn vague.
+
+  ──────────────────────────────────────────────────────
+
+  2. FEASIBLE (Khả thi)
+  ─────────────────────────────────────────────────────
+  RQ phải trả lời được trong phạm vi thời gian,
+  nguồn lực, và dữ liệu bạn có.
+
+  ❌ Not feasible: "What is the best AI model for all
+                   cybersecurity tasks?"
+                   (quá rộng, không có đáp án dứt khoát)
+  ✅ Feasible:     "Does adversarial training reduce
+                   attack success rate on CICIDS2017
+                   by more than 20%?"
+                   (có thể đo được trong 8 tuần)
+
+  Kiểm tra: Bạn có dataset, công cụ, và thời gian
+  để trả lời câu hỏi này không?
+
+  ──────────────────────────────────────────────────────
+
+  3. MEASURABLE (Đo lường được)
+  ─────────────────────────────────────────────────────
+  Câu trả lời cho RQ phải là một kết quả CÓ THỂ
+  QUAN SÁT hoặc ĐO ĐẾM — không phải ý kiến.
+
+  ❌ Not measurable: "Is AI useful in SOC?"
+                     (useful = chủ quan, không đo được)
+  ✅ Measurable:     "To what extent do adversarial
+                     attacks degrade F1-score of
+                     ML-based IDS on CICIDS2017?"
+                     (F1-score = con số cụ thể)
+
+  Kiểm tra: Câu trả lời của bạn sẽ là số, tỉ lệ,
+  bảng so sánh, hay taxonomy? Nếu có → measurable.
+```
+
+**Các mẫu câu mở đầu RQ theo loại paper:**
+
+```
+  Empirical / new-method:
+  "To what extent does [method] improve [metric]
+   compared to [baseline] on [dataset]?"
+  "How effective is [approach] at [task] under
+   [condition]?"
+
+  Evaluation / framework:
+  "How vulnerable are [AI models] to [attack types]
+   in the context of [domain]?"
+  "What factors determine the adversarial robustness
+   of [system] against [threat]?"
+
+  Review / survey:
+  "What methods have been proposed for [task], and
+   what are their key limitations?"
+
+  Theoretical / framework:
+  "What framework can systematically evaluate
+   [property] of [system] in [context]?"
+```
+
+**Personalized example**: Dựa vào `research_questions` trong context.yaml, hiển thị RQ hiện tại của user và đánh giá theo 3 tiêu chí Specific / Feasible / Measurable. Nếu thiếu tiêu chí nào, đề xuất cách cải thiện.
+
+**Nếu user muốn xem thêm ví dụ**: Cung cấp thêm 2–3 RQ mẫu từ các paper thật trong lĩnh vực gần với topic của user.
+
+**Checkpoint**: "Nhìn vào RQ của bạn — nó đã Specific, Feasible, và Measurable chưa? Thử tự chấm điểm từng tiêu chí."
+
+---
+
+### Block 4: Contributions — The Most Important Block
 
 **Principle**: Reviewers often read the contributions list *before* reading the rest of the paper. This is your paper's "promise" — be specific, concrete, and honest.
 
@@ -144,7 +241,7 @@ The main contributions of this paper are as follows:
 
 ---
 
-### Block 4: Paper Structure
+### Block 5: Paper Structure
 
 **Principle**: One short paragraph, fixed formula, no creativity needed. Just list your sections.
 
@@ -161,6 +258,9 @@ The main contributions of this paper are as follows:
 |---------|-----|
 | Opening too vague | Start with a specific statistic, event, or real-world impact |
 | No clear problem statement | Write a dedicated paragraph naming the limitation of existing work |
+| Missing Research Question | Add 1–2 sentences after the gap: "This raises the question: ..." |
+| RQ too broad | Apply Specific + Feasible + Measurable check — narrow scope |
+| RQ not measurable | Rewrite so the answer is a number, ratio, table, or taxonomy |
 | Vague contributions | Each bullet: method/action + what it does + concrete result |
 | Missing paper structure | Use the template, just fill in your section names |
 | Contributions don't match paper type | Use the format that fits: empirical, review, or theoretical |

package/.claude/skills/paper-teach-related/SKILL.md

@@ -146,7 +146,7 @@ Opening sentence:
 
 **Personalized example**: Generate a sample theme grouping structure for the user's specific topic and field.
 
-**Checkpoint**: "How many papers have you read so far? Try grouping them into 2–3 themes — what patterns do you see?"
+**Checkpoint**: "Thử nhìn vào các papers bạn đang có hoặc dự định tìm — bạn thấy chúng có thể nhóm thành 2–3 theme nào không? Mô tả ngắn gọn là được."
 
 ---
 

package/.claude/skills/paper-write-intro/SKILL.md

@@ -29,7 +29,7 @@ Check if `paper/context.yaml` exists and read it.
 
 ## Step 2: Q&A (ask one at a time, wait for each answer)
 
-Tell the user: "I'll ask you 5 questions to gather enough information to write your Introduction. Short answers are fine — I'll expand them when writing."
+Tell the user: "I'll ask you 6 questions to gather enough information to write your Introduction. Short answers are fine — I'll expand them when writing."
 
 **Q1**: "What is the problem your paper addresses? Describe it briefly."
 *(Example: "Phishing websites trick users into giving away passwords, and current detection systems are too slow to catch newly created ones.")*
@@ -41,30 +41,51 @@ Tell the user: "I'll ask you 5 questions to gather enough information to write y
 *(Example: "Most systems use blacklists — databases of known bad URLs. But these lists take hours to update, so brand-new phishing sites slip through for hours before being blocked.")*
 *(If the user is unsure, prompt: "Think about what tools or methods exist today. What can they NOT do?")*
 
-**Q4**: "What are your main contributions? List 2–3 specific points."
+**Q4**: "What is your Research Question — the specific question your paper sets out to answer?"
+
+If `research_questions` already exists in context.yaml, show it and ask: "Is this still your RQ, or would you like to refine it?"
+
+If missing or user is unsure, guide them:
+> "Try filling in one of these templates:
+> - 'To what extent does [your method] improve [metric] compared to [baseline] on [dataset]?'
+> - 'How vulnerable are [AI models] to [attack types] in the context of [domain]?'
+> - 'What framework can systematically evaluate [property] of [system]?'"
+
+Then validate the RQ against 3 criteria before accepting:
+- **Specific**: Is it about a clearly defined object/context?
+- **Feasible**: Can it be answered with available data and time?
+- **Measurable**: Will the answer be a number, ratio, table, or taxonomy?
+
+If any criterion fails, suggest a refined version and confirm with the user.
+
+**Q5**: "What are your main contributions? List 2–3 specific points."
 *(Example: "1) We propose PhishGuard, a real-time URL classifier using 48 features. 2) We achieve 97.4% F1 on 30,000 URLs, beating the best baseline by 5.3%. 3) We identify the top 10 features most predictive of phishing.")*
 *(Guide if stuck: "Start with: 'We propose...', 'We demonstrate...', 'We achieve...'")*
 
-**Q5**: Read the outline from `context.yaml` (sections_status keys) and confirm with the user:
+**Q6**: Read the outline from `context.yaml` (sections_status keys) and confirm with the user:
 "Based on your plan, your paper has these sections: [list from context.yaml]. Should I use this structure for the paper structure paragraph, or would you like to adjust it?"
 
 ---
 
 ## Step 3: Write Draft
 
-After all Q&A, write a complete Introduction following the 4-block structure. Adapt language and framing to the user's field and paper_type.
+After all Q&A, write a complete Introduction following the 5-block structure. Adapt language and framing to the user's field and paper_type.
 
 **Block 1 — Background (2–3 sentences):**
 - Open with the scale, impact, or significance of the problem domain
 - Narrow from broad context to the specific problem
 - Use numbers or statistics if the user provided them
 
-**Block 2 — Problem Statement (2–3 sentences):**
+**Block 2 — Problem Statement + Gap (2–3 sentences):**
 - State the specific problem clearly
 - Explain the limitations of existing approaches (from Q3)
-- End with a motivating statement: "This motivates the need for [approach]."
+- End with the gap: "However, no existing work has systematically addressed [missing piece]."
+
+**Block 3 — Research Question (1–2 sentences):**
+- Transition naturally from the gap: "This raises the question: ..." or "To address this gap, this paper asks: ..."
+- Write the validated RQ from Q4 verbatim — do not paraphrase or soften it
 
-**Block 3 — Contributions (1 sentence + bullet list):**
+**Block 4 — Contributions (1 sentence + bullet list):**
 
 Adapt the format to paper_type and contribution_type:
 
@@ -92,7 +113,7 @@ The main contributions of this paper are as follows:
 • We discuss implications for [theory / practice / policy].
 ```
 
-**Block 4 — Paper Structure (1 paragraph):**
+**Block 5 — Paper Structure (1 paragraph):**
 "The rest of this paper is organized as follows. Section 2 [reviews / describes / ...]. Section 3 [describes / presents / ...]. [Continue per outline.] Section N concludes the paper."
 
 ---

package/.claude/skills/paper-write-related/SKILL.md

@@ -26,11 +26,40 @@ Check `paper/context.yaml`. If missing, ask the user to run `/paper:plan` first.
 
 ## Step 2: Q&A (one at a time, wait for each answer)
 
-Tell the user: "I need to know about the papers you've read to write your Related Work. Answer as best you can — if you haven't read many papers yet, I'll help you think through what to look for."
+Tell the user: "Before we start writing, let me recommend the types of papers you should look for based on your topic."
 
-**Q1**: "List 5–10 related papers you've read or know of. Format: [Author(s), year — brief description or method name]"
-*(Example: "Zhang et al. 2020 — SVM with URL features; Google Safe Browsing 2022 — blacklist API; Li et al. 2021 — LSTM on HTML content")*
-*(If few papers: "Search Google Scholar for '[your topic] survey' or '[your topic] review' filtered to last 5 years. Aim for at least 8 papers.")*
+**Q1 — Paper Recommendation (không hỏi user có bao nhiêu bài)**
+
+Dựa vào `topic`, `field`, `contribution_type`, và `research_questions` từ context.yaml, generate một danh sách recommend theo format:
+
+```
+PAPERS BẠN NÊN TÌM
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Nhóm 1 — [Theme 1 liên quan đến topic]
+  Tìm: "[keyword search query]" trên Google Scholar
+  Cần: 3–5 papers, ưu tiên sau [năm hiện tại - 3]
+  Mục đích: Làm background cho phần [problem/gap]
+
+  Nhóm 2 — [Theme 2: existing methods/approaches]
+  Tìm: "[keyword search query]"
+  Cần: 4–6 papers
+  Mục đích: Nhóm paper chính để critique limitations
+
+  Nhóm 3 — [Theme 3: most related to your method]
+  Tìm: "[keyword search query]"
+  Cần: 3–5 papers
+  Mục đích: Positioning — chứng minh bạn khác họ ở đâu
+
+  Tổng recommend: 10–16 papers
+  → Dùng Google Scholar Operators để tìm nhanh
+  → Lưu vào Zotero, dùng /paper:cite để chèn sau
+```
+
+Sau khi show recommendation, hỏi:
+"Bạn đã tìm được paper nào chưa? Nếu có, list ra để mình map vào các nhóm trên. Nếu chưa, tìm theo gợi ý trên rồi quay lại."
+
+Khi user đã có papers, tiếp tục Q2.
 
 **Q2**: "How would you group those papers into 2–3 themes or categories? What patterns do you see?"
 *(Example: "Group 1: blacklist-based — PhishTank, Safe Browsing. Group 2: ML with URL features — Zhang, Li, Kim. Group 3: deep learning on page content — Chen, Wang.")*
@@ -71,4 +100,101 @@ Ask: "Shall I save this draft to `paper/sections/02-related-work.md`?"
 
 If yes, save and update context.yaml: `related_work: draft`.
 
-"Draft saved! Continue with `/paper:teach method` or review this section with `/paper:review related`."
+"Draft saved! Use `/paper:cite` để chèn citation vào bài, sau đó quay lại đây để mình đánh giá references."
+
+---
+
+## Step 5: Reference Quality Evaluation
+
+Chạy bước này sau khi user đã chèn citation (qua `/paper:cite`). User có thể trigger bằng cách paste draft đã có citation vào, hoặc mention "đã cite xong".
+
+Đọc toàn bộ draft Related Work đã có citation và đánh giá theo 3 tiêu chí:
+
+### Tiêu chí 1 — Độ phủ (Coverage)
+
+```
+KIỂM TRA ĐỘ PHỦ
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Mỗi factual claim phải có ít nhất 1 citation.
+  Scan từng câu có dạng:
+  • "X has been shown to..."      → cần cite
+  • "Studies indicate that..."    → cần cite
+  • "X achieves Y% accuracy..."   → cần cite
+  • "X is widely used in..."      → cần cite
+
+  Câu KHÔNG cần cite:
+  • Kết quả của chính paper này
+  • Câu chuyển tiếp
+  • Common knowledge quá phổ biến
+```
+
+Nếu có claim thiếu citation → list ra và recommend paper bổ sung:
+
+```
+THIẾU CITATION
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Claim: "[câu cụ thể]"
+  → Cần: 1–2 papers về [chủ đề]
+  → Search: "[suggested query]" on Google Scholar
+  → Loại paper phù hợp: [survey / empirical / benchmark]
+```
+
+### Tiêu chí 2 — Tính thuyết phục (Persuasiveness)
+
+Đánh giá từng nhóm theme:
+
+```
+ĐÁNH GIÁ TỪNG NHÓM
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Nhóm [Theme 1]:  X papers
+  → Đủ thuyết phục? [Yes / Borderline / No]
+  → Lý do: [giải thích]
+
+  Nhóm [Theme 2]:  X papers
+  → Đủ thuyết phục? [...]
+
+  Positioning:     X papers
+  → Đủ để claim novelty? [Yes / No]
+```
+
+**Ngưỡng tối thiểu:**
+- Mỗi theme: ≥ 2 papers (1 paper = không đủ để generalize)
+- Positioning paragraph: ≥ 1 paper trực tiếp so sánh với approach của bạn
+- Tổng Related Work: ≥ 10 papers (conference), ≥ 20 (journal)
+
+### Tiêu chí 3 — Redundancy (Dư thừa)
+
+Nếu có papers bị cite nhưng không đóng góp gì vào argument:
+
+```
+NÊN BỎ BỚT
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Paper: [tên]
+  Lý do nên bỏ: Nội dung trùng với [paper khác] /
+                Không support claim cụ thể nào /
+                Quá cũ và đã có paper mới hơn thay thế
+```
+
+### Kết luận đánh giá
+
+Sau khi phân tích xong, xuất ra **Reference Quality Report**:
+
+```
+REFERENCE QUALITY REPORT
+════════════════════════════════════════════════════════
+
+  Tổng citations hiện tại: X
+  
+  ✅ Đủ: [list các nhóm đã đủ]
+  ⚠️ Thiếu: [list claim cần thêm paper + gợi ý tìm]
+  ❌ Nên bỏ: [list papers dư thừa + lý do]
+
+  Sau khi bổ sung/bỏ: ước tính X papers
+  → Đủ thuyết phục cho [venue từ context.yaml]? [Yes/No]
+
+  Next: `/paper:review related` để review toàn diện hơn.
+```

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@thuanphan2208/paper-pilot",
-  "version": "1.0.1",
+  "version": "1.0.2",
   "description": "Install Claude Code paper-writing skills into any project with one command.",
   "keywords": [
     "claude",