@precisa-saude/fhir 0.33.0 → 0.35.0
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Um Bundle com `subject.reference` valendo\n * `Patient/abc` só resolve se alguma entrada tiver `fullUrl` terminando em\n * `/Patient/abc`: a referência relativa é lida contra a base do `fullUrl` da\n * entrada, que é como os exemplos da própria HL7 montam Bundle de coleção.\n *\n * Antes o `fullUrl` era `urn:uuid:observation-<laudo>-<código>`, que erra duas\n * vezes. `urn:uuid:` exige a sintaxe de UUID e aquilo não era um UUID, e num\n * Bundle de entradas `urn:uuid:` a referência precisa repetir a URN inteira,\n * então nenhuma das relativas resolvia. Um laudo de 22 marcadores saía com 24\n * erros de URN e 22 referências perdidas.\n */\n/**\n * Recurso que já tem id, e por isso pode ser endereçado numa entrada.\n *\n * No FHIR o `id` é opcional, porque um recurso pode viajar sem identidade\n * própria. Numa entrada de Bundle ele não pode: sem id não há `fullUrl`, e sem\n * `fullUrl` nenhuma referência chega ao recurso. Os conversores daqui sempre\n * atribuem um, e o tipo passa a dizer isso em vez de deixar `undefined` chegar\n * até a montagem da URL.\n */\nexport type Addressable<T> = T & { id: string };\n\n/**\n * Base dos `fullUrl`.\n *\n * Não precisa responder a uma requisição: no FHIR o `fullUrl` é identidade, não\n * endereço de download. Fica sob um domínio nosso para não colidir com a\n * identidade de recurso de outra instituição, que é o risco real de usar\n * `example.org` em dado que sai da máquina.\n */\nexport const BUNDLE_BASE_URL = 'https://precisa-saude.com.br/fhir';\n\n/**\n * Monta o `fullUrl` a partir do próprio recurso.\n *\n * Recebe o recurso em vez do tipo e do id soltos de propósito. O defeito que\n * isto substitui nasceu de montar os dois lados em separado: o `fullUrl` dizia\n * `observation-demo-Hgb` enquanto o recurso tinha id `demo-Hgb`, e ninguém\n * percebeu porque nada obrigava os dois a concordarem.\n *\n * O parâmetro pede o mínimo que a URL consome, e não a união de recursos que\n * este pacote converte. Um Bundle pode carregar qualquer recurso do R4, e quem\n * acrescenta uma entrada de um tipo que não está nessa união (um `Specimen`,\n * por exemplo) precisa do mesmo endereço, senão monta o dele e as duas formas\n * divergem outra vez.\n */\nexport const entryFullUrl = (resource: Addressable<{ resourceType: string }>): string =>\n `${BUNDLE_BASE_URL}/${resource.resourceType}/${resource.id}`;\n","/**\n * FHIR Converter\n *\n * Converts lab results to FHIR R4 DiagnosticReport and Observation resources.\n * See: https://hl7.org/fhir/diagnosticreport.html\n */\n\nimport { codeToLoinc, methodVariantOf } from './biomarkers';\nimport { type Addressable, entryFullUrl } from './bundle-urls';\nimport { BIOMARKER_CODE_SYSTEM, LOINC_SYSTEM } from './code-systems';\nimport type {\n FHIRBundle,\n FHIRDiagnosticReport,\n FHIRObservation,\n FHIRPatient,\n FHIRQuantity,\n FHIRReferenceRange,\n} from './fhir-types';\nimport { referenceRangeMeaning } from './reference-ranges';\nimport type { Flag, LabObservationData, LabReportData, UserProfileData } from './types';\nimport { getDefaultUnit, resolveUcum } from './units';\n\n// Re-export all types and functions\nexport * from './fhir-types';\n\n/**\n * Convert Flag to FHIR interpretation code\n */\nfunction interpretationCode(flag: Flag): string {\n switch (flag) {\n case 'H':\n return 'H'; // High\n case 'L':\n return 'L'; // Low\n default:\n return 'N'; // Normal\n }\n}\n\n/**\n * Convert Flag to FHIR interpretation display\n */\nfunction interpretationDisplay(flag: Flag): string {\n switch (flag) {\n case 'H':\n return 'High';\n case 'L':\n return 'Low';\n default:\n return 'Normal';\n }\n}\n\n/**\n * O `coding` do sexo, que vai **dentro** do CodeableConcept do `appliesTo`.\n *\n * O nome diz `CODING` e não `APPLIES_TO` de propósito: isto não é o valor do\n * campo, é uma entrada da lista de codificações dele. O embrulho acontece no\n * uso, em `{ coding: [SEX_CODING[sex]] }`.\n *\n * É o `AdministrativeGender`, e não o v3-ObservationInterpretation nem um\n * sistema nosso: um consumidor que já lê `Patient.gender` compara os dois sem\n * tabela de tradução no meio.\n */\nconst SEX_CODING = {\n female: {\n code: 'female',\n display: 'Female',\n system: 'http://hl7.org/fhir/administrative-gender',\n },\n male: { code: 'male', display: 'Male', system: 'http://hl7.org/fhir/administrative-gender' },\n} as const;\n\n/**\n * Monta as faixas de referência do `Observation`.\n *\n * Duas mudanças em relação ao que existia, e as duas são sobre não perder o que\n * o laudo imprimiu.\n *\n * **Um limite só já basta.** Antes a faixa só saía com os dois, e um laudo que\n * publica \"inferior a 190 mg/dL\" ou \"superior a 60 mL/min/1,73m²\" perdia o\n * campo inteiro. O R4 trata `low` e `high` como opcionais independentes e\n * documenta o caso de um lado só, e o importador deste mesmo pacote já lia\n * `low?.value` e `high?.value` com acesso opcional: a assimetria era só do\n * escritor. Ver PRE-430.\n *\n * **Mais de uma faixa, anotada.** Laudo com uma coluna de referência por sexo\n * passa a sair com as duas, cada uma com o seu `appliesTo`, em vez de o\n * pipeline escolher uma sem saber de quem é o exame. Ver PRE-424 e PRE-425.\n */\nconst buildReferenceRanges = (\n observation: LabObservationData,\n quantity: (value: number) => FHIRQuantity,\n): FHIRReferenceRange[] => {\n // Devolve lista, e não uma faixa: o caso sem limite nenhum vira lista vazia\n // em vez de `undefined`, e aí os dois caminhos abaixo se compõem com\n // `flatMap` sem ninguém precisar filtrar nada depois.\n const toRanges = (low?: number, high?: number, sex?: 'female' | 'male'): FHIRReferenceRange[] => {\n if (low === undefined && high === undefined) return [];\n\n return [\n {\n ...(sex === undefined ? {} : { appliesTo: [{ coding: [SEX_CODING[sex]] }] }),\n ...(high === undefined ? {} : { high: quantity(high) }),\n ...(low === undefined ? {} : { low: quantity(low) }),\n },\n ];\n };\n\n // A lista anotada tem precedência: quando ela existe, o par simples é o\n // resumo de uma das colunas e repeti-lo publicaria a mesma faixa duas vezes,\n // uma delas sem dizer a quem se aplica.\n //\n // Lista vazia cai no par simples, igual a ausente, e isso é escolha: as duas\n // dizem \"não tenho faixa anotada\", e tratá-las diferente faria um `[]` vindo\n // de um `.filter()` apagar em silêncio a faixa que o chamador também mandou\n // em `referenceMin` e `referenceMax`.\n if (observation.referenceRanges && observation.referenceRanges.length > 0) {\n return observation.referenceRanges.flatMap((r) => toRanges(r.low, r.high, r.appliesTo));\n }\n\n const meaning = observation.referenceKind && referenceRangeMeaning(observation.referenceKind);\n return toRanges(observation.referenceMin, observation.referenceMax).map((range) =>\n meaning ? { ...range, type: { coding: [meaning] } } : range,\n );\n};\n\n/**\n * Convert generic lab observation to FHIR Observation\n */\nexport function labObservationToFHIR(\n observation: LabObservationData,\n patientId: string,\n laboratoryName?: string,\n): Addressable<FHIRObservation> {\n // O código por método só sai quando é variante declarada do biomarcador. Um\n // `methodLoinc` qualquer viraria afirmação sob `http://loinc.org` que o\n // catálogo não conferiu.\n const methodLoinc =\n observation.methodLoinc && methodVariantOf(observation.biomarkerCode, observation.methodLoinc)\n ? observation.methodLoinc\n : undefined;\n const loincCode = methodLoinc ?? codeToLoinc(observation.biomarkerCode);\n // Use default unit if source unit is empty\n const sourceUnit =\n observation.unit || getDefaultUnit(observation.biomarkerCode) || observation.unit;\n // `system` + `code` só saem quando a unidade resolve em UCUM. Unidade que o\n // pacote não sabe traduzir fica só em `unit`, como texto: afirmar\n // `http://unitsofmeasure.org` sobre `x10^3/mm3` era publicar um código\n // falso, e quem consome o Bundle confiando no system trataria aquilo como\n // UCUM de verdade.\n const ucumUnit = resolveUcum(sourceUnit, observation.biomarkerCode);\n const quantity = (value: number): FHIRQuantity => ({\n ...(ucumUnit ? { code: ucumUnit, system: 'http://unitsofmeasure.org' } : {}),\n ...(sourceUnit ? { unit: sourceUnit } : {}),\n value,\n });\n const isQualitative = observation.isQualitative || typeof observation.value === 'string';\n\n // Base observation structure\n const fhirObs: Addressable<FHIRObservation> = {\n category: [\n {\n coding: [\n {\n code: 'laboratory',\n display: 'Laboratory',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category',\n },\n ],\n },\n ],\n code: {\n // Sem LOINC, o coding LOINC simplesmente não sai. Antes ia `99999-9`,\n // que não é código LOINC nenhum: publicava sob `http://loinc.org` uma\n // afirmação falsa, e quem consumisse o bundle confiando no system\n // trataria aquilo como código de verdade. Composição corporal, densidade\n // óssea e escore de cálcio não têm LOINC, e o certo é a lacuna explícita.\n coding: [\n ...(loincCode\n ? [\n {\n code: loincCode,\n display: observation.biomarkerName,\n system: LOINC_SYSTEM,\n },\n ]\n : []),\n {\n code: observation.biomarkerCode,\n display: observation.biomarkerName,\n system: BIOMARKER_CODE_SYSTEM,\n },\n ],\n text: observation.biomarkerName,\n },\n effectiveDateTime: observation.collectionDate,\n id: `${observation.reportId}-${observation.biomarkerCode}`,\n interpretation: [\n {\n coding: [\n {\n code: interpretationCode(observation.flag),\n display: interpretationDisplay(observation.flag),\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-ObservationInterpretation',\n },\n ],\n },\n ],\n performer: laboratoryName ? [{ display: laboratoryName }] : undefined,\n resourceType: 'Observation',\n status: 'final',\n subject: {\n reference: `Patient/${patientId}`,\n },\n };\n\n // Add value based on type (qualitative = string, quantitative = number)\n if (isQualitative) {\n fhirObs.valueString = String(observation.value);\n } else {\n fhirObs.valueQuantity = quantity(observation.value as number);\n\n // Reference range only applies to quantitative values\n const referenceRange = buildReferenceRanges(observation, quantity);\n if (referenceRange.length > 0) fhirObs.referenceRange = referenceRange;\n }\n\n return fhirObs;\n}\n\n/**\n * Convert generic lab report to FHIR DiagnosticReport\n */\nexport function labReportToFHIR(\n report: LabReportData,\n patientId: string,\n observationIds: string[],\n): Addressable<FHIRDiagnosticReport> {\n // Map processing status to FHIR status\n let status: FHIRDiagnosticReport['status'];\n switch (report.processingStatus) {\n case 'complete':\n status = 'final';\n break;\n case 'partial':\n status = 'partial';\n break;\n case 'pending_review':\n status = 'preliminary';\n break;\n default:\n status = 'final';\n }\n\n return {\n category: [\n {\n coding: [\n {\n code: 'LAB',\n display: 'Laboratory',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v2-0074',\n },\n ],\n },\n ],\n code: {\n coding: [\n {\n code: '11502-2', // Laboratory report\n display: 'Laboratory report',\n system: 'http://loinc.org',\n },\n ],\n text: 'Laboratory Results',\n },\n conclusion:\n report.overallStatus === 'NORMAL'\n ? 'All results within normal limits'\n : 'One or more abnormal results detected',\n conclusionCode:\n report.overallStatus === 'ANORMAL'\n ? [\n {\n coding: [\n {\n code: 'A',\n display: 'Abnormal',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-ObservationInterpretation',\n },\n ],\n },\n ]\n : undefined,\n effectiveDateTime: report.collectionDate,\n id: report.reportId,\n issued: report.createdAt,\n performer: report.laboratoryName ? [{ display: report.laboratoryName }] : undefined,\n resourceType: 'DiagnosticReport',\n result: observationIds.map((id) => ({ reference: `Observation/${id}` })),\n status,\n subject: {\n reference: `Patient/${patientId}`,\n },\n };\n}\n\n/**\n * Convert user profile to FHIR Patient\n * NOTE: CPF is intentionally excluded for privacy (LGPD compliance)\n */\nexport function userProfileToFHIR(profile: UserProfileData): Addressable<FHIRPatient> {\n const nameParts = profile.name.split(' ');\n const given = nameParts.slice(0, -1);\n const family = nameParts[nameParts.length - 1] || '';\n\n return {\n address: profile.address\n ? [\n {\n city: profile.address.city,\n country: profile.address.country || 'BR',\n line: [\n profile.address.street && profile.address.number\n ? `${profile.address.street}, ${profile.address.number}`\n : profile.address.street,\n profile.address.complement,\n ].filter(Boolean) as string[],\n postalCode: profile.address.postalCode,\n state: profile.address.state,\n },\n ]\n : undefined,\n birthDate: profile.birthDate,\n gender: profile.gender,\n id: profile.userId,\n name: [\n {\n family,\n given: given.length > 0 ? given : undefined,\n text: profile.name,\n },\n ],\n resourceType: 'Patient',\n telecom:\n [\n ...(profile.email ? [{ system: 'email' as const, value: profile.email }] : []),\n ...(profile.phone ? [{ system: 'phone' as const, value: profile.phone }] : []),\n ].length > 0\n ? [\n ...(profile.email ? [{ system: 'email' as const, value: profile.email }] : []),\n ...(profile.phone ? [{ system: 'phone' as const, value: profile.phone }] : []),\n ]\n : undefined,\n };\n}\n\n/**\n * Convert complete lab result to FHIR Bundle\n * This is the main function for exporting lab results to FHIR R4 format\n */\nexport function labResultToFHIRBundle(\n report: LabReportData,\n observations: LabObservationData[],\n userProfile: UserProfileData,\n): FHIRBundle {\n const patientId = userProfile.userId;\n\n // Convert observations\n const fhirObservations = observations.map((obs) => {\n const resource = labObservationToFHIR(\n { ...obs, collectionDate: report.collectionDate },\n patientId,\n report.laboratoryName,\n );\n\n return { fullUrl: entryFullUrl(resource), resource };\n });\n\n // Os ids vêm dos recursos já montados, e não de uma segunda montagem da mesma\n // regra. O `DiagnosticReport.result` aponta para eles, e era aqui que a\n // referência se separava do recurso.\n const observationIds = fhirObservations.map((entry) => entry.resource.id);\n\n // Convert report\n const diagnosticReport = labReportToFHIR(report, patientId, observationIds);\n\n // Convert patient\n const fhirPatient = userProfileToFHIR(userProfile);\n\n return {\n entry: [\n { fullUrl: entryFullUrl(fhirPatient), resource: fhirPatient },\n { fullUrl: entryFullUrl(diagnosticReport), resource: diagnosticReport },\n ...fhirObservations,\n ],\n resourceType: 'Bundle',\n type: 'collection',\n };\n}\n"]}
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import {
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isUcumCode
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-
} from "./chunk-
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+
} from "./chunk-U2XW6DY4.js";
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5
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// src/validators.ts
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6
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var UCUM_SYSTEM = "http://unitsofmeasure.org";
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@@ -78,4 +78,4 @@ export {
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78
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validateFHIRObservation,
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79
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validateFHIRImportBundle
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80
80
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};
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-
//# sourceMappingURL=chunk-
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81
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+
//# sourceMappingURL=chunk-XT635TWP.js.map
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@@ -47,6 +47,32 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
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category: "coracao",
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48
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code: "LDL",
|
|
49
49
|
loinc: "2089-1",
|
|
50
|
+
// Os três irmãos de 2089-1 no eixo Method, conferidos ativos em out/2026.
|
|
51
|
+
// Medido em três dezenas de laudos reais, a única pista escrita foi a
|
|
52
|
+
// nota de rodapé de um laboratório norte-americano que declara o cálculo de
|
|
53
|
+
// Martin-Hopkins. Nenhum laudo brasileiro do corpus imprimiu "calculado",
|
|
54
|
+
// "direto" ou "Método:" perto do LDL, e por isso as outras duas variantes
|
|
55
|
+
// ficam sem pista até aparecer laudo que as afirme.
|
|
56
|
+
methodVariants: [
|
|
57
|
+
{
|
|
58
|
+
cues: { en: ["calculated using the Martin-Hopkins"], pt: [] },
|
|
59
|
+
loinc: "96259-7",
|
|
60
|
+
method: "Calculated.Martin-Hopkins",
|
|
61
|
+
note: 'Rodap\xE9 "LDL-C is now calculated using the Martin-Hopkins calculation", que menciona Friedewald s\xF3 para comparar. Por isso a pista \xE9 a frase afirmativa, e n\xE3o o nome do m\xE9todo.'
|
|
62
|
+
},
|
|
63
|
+
{
|
|
64
|
+
cues: { en: [], pt: [] },
|
|
65
|
+
loinc: "13457-7",
|
|
66
|
+
method: "Calculated",
|
|
67
|
+
note: "Friedewald. Sem pista: nenhum laudo do corpus afirmou o c\xE1lculo por escrito."
|
|
68
|
+
},
|
|
69
|
+
{
|
|
70
|
+
cues: { en: [], pt: [] },
|
|
71
|
+
loinc: "18262-6",
|
|
72
|
+
method: "Direct assay",
|
|
73
|
+
note: "Dosagem direta. Sem pista: nenhum laudo do corpus afirmou o m\xE9todo por escrito."
|
|
74
|
+
}
|
|
75
|
+
],
|
|
50
76
|
names: {
|
|
51
77
|
en: ["LDL Cholesterol", "LDL", "Low-Density Lipoprotein"],
|
|
52
78
|
pt: ["Colesterol LDL", "LDL", "LDL-Colesterol"]
|
|
@@ -3245,6 +3271,10 @@ for (const def of BIOMARKER_DEFINITIONS) {
|
|
|
3245
3271
|
validLoincSet.add(alias);
|
|
3246
3272
|
}
|
|
3247
3273
|
}
|
|
3274
|
+
for (const variant of _nullishCoalesce(def.methodVariants, () => ( []))) {
|
|
3275
|
+
loincToCodeMap.set(variant.loinc, def.code);
|
|
3276
|
+
validLoincSet.add(variant.loinc);
|
|
3277
|
+
}
|
|
3248
3278
|
if (def.codeAliases) {
|
|
3249
3279
|
for (const alias of def.codeAliases) {
|
|
3250
3280
|
codeAliasToCanonicalMap.set(alias, def.code);
|
|
@@ -3256,6 +3286,9 @@ for (const def of BIOMARKER_DEFINITIONS) {
|
|
|
3256
3286
|
function loincToCode(loinc) {
|
|
3257
3287
|
return loincToCodeMap.get(loinc);
|
|
3258
3288
|
}
|
|
3289
|
+
function methodVariantOf(code, loinc) {
|
|
3290
|
+
return _optionalChain([codeToDefinitionMap, 'access', _ => _.get, 'call', _2 => _2(code), 'optionalAccess', _3 => _3.methodVariants, 'optionalAccess', _4 => _4.find, 'call', _5 => _5((v) => v.loinc === loinc)]);
|
|
3291
|
+
}
|
|
3259
3292
|
function codeToLoinc(code) {
|
|
3260
3293
|
return codeToLoincMap.get(code);
|
|
3261
3294
|
}
|
|
@@ -3270,7 +3303,7 @@ function normalizeCode(code) {
|
|
|
3270
3303
|
}
|
|
3271
3304
|
function getSexForCode(code) {
|
|
3272
3305
|
const def = codeToDefinitionMap.get(code);
|
|
3273
|
-
return _nullishCoalesce(_optionalChain([def, 'optionalAccess',
|
|
3306
|
+
return _nullishCoalesce(_optionalChain([def, 'optionalAccess', _6 => _6.sex]), () => ( "both"));
|
|
3274
3307
|
}
|
|
3275
3308
|
function getDefinitionsBySex(sex) {
|
|
3276
3309
|
if (sex === "both") {
|
|
@@ -3492,7 +3525,7 @@ function isBiomarkerVisible(code) {
|
|
|
3492
3525
|
return false;
|
|
3493
3526
|
}
|
|
3494
3527
|
const definition = codeToDefinitionMap.get(code);
|
|
3495
|
-
if (_optionalChain([definition, 'optionalAccess',
|
|
3528
|
+
if (_optionalChain([definition, 'optionalAccess', _7 => _7.hidden])) {
|
|
3496
3529
|
return false;
|
|
3497
3530
|
}
|
|
3498
3531
|
return true;
|
|
@@ -3555,5 +3588,6 @@ function getBiomarkersForCategories(categories, options) {
|
|
|
3555
3588
|
|
|
3556
3589
|
|
|
3557
3590
|
|
|
3558
|
-
|
|
3559
|
-
|
|
3591
|
+
|
|
3592
|
+
exports.BIOMARKER_DEFINITIONS = BIOMARKER_DEFINITIONS; exports.loincToCode = loincToCode; exports.methodVariantOf = methodVariantOf; exports.codeToLoinc = codeToLoinc; exports.isValidLoinc = isValidLoinc; exports.isValidCode = isValidCode; exports.normalizeCode = normalizeCode; exports.getSexForCode = getSexForCode; exports.getDefinitionsBySex = getDefinitionsBySex; exports.getDefinitionByCode = getDefinitionByCode; exports.getDefinitionByLoinc = getDefinitionByLoinc; exports.getAllDefinitions = getAllDefinitions; exports.getVisibleDefinitions = getVisibleDefinitions; exports.getAllCodes = getAllCodes; exports.getAllLoincCodes = getAllLoincCodes; exports.generateLLMReference = generateLLMReference; exports.toBiomarkerTests = toBiomarkerTests; exports.getAllSearchPatterns = getAllSearchPatterns; exports.generateFilteredLLMReference = generateFilteredLLMReference; exports.DEXA_INDICATOR_CODES = DEXA_INDICATOR_CODES; exports.DEXA_CATEGORIES = DEXA_CATEGORIES; exports.generateDexaFullReference = generateDexaFullReference; exports.isDexaDocument = isDexaDocument; exports.CAC_INDICATOR_CODES = CAC_INDICATOR_CODES; exports.generateCacFullReference = generateCacFullReference; exports.isCacDocument = isCacDocument; exports.findCodeByName = findCodeByName; exports.validateLoincNameMatch = validateLoincNameMatch; exports.isBiomarkerVisible = isBiomarkerVisible; exports.filterVisibleBiomarkers = filterVisibleBiomarkers; exports.getBiomarkersByCategory = getBiomarkersByCategory; exports.getBiomarkersForCategories = getBiomarkersForCategories;
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|
3593
|
+
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