@precisa-saude/fhir 0.32.0 → 0.33.0

package/README.md

@@ -82,15 +82,15 @@ import { validateFHIRObservation } from '@precisa-saude/fhir/validators';
 
 ## Módulos
 
-| Sub-path            | Descrição                                                              |
-| ------------------- | ---------------------------------------------------------------------- |
-| `/biomarkers`       | Definições com códigos LOINC, nomes pt/en, sub-categorias              |
-| `/category-groups`  | Agrupamento de 10 categorias clínicas top-level sobre 20 subcategorias |
-| `/reference-ranges` | Faixas de referência por sexo/idade/gestação (SBPC/ML, SBC, SBD, OMS)  |
-| `/converter`        | Converte dados laboratoriais para FHIR R4 Bundle                       |
-| `/importer`         | Importa FHIR Bundle de volta para estruturas internas                  |
-| `/units`            | Mapeamento de unidades, conversão para UCUM                            |
-| `/validators`       | Validação de recursos FHIR (DiagnosticReport, Observation, Bundle)     |
+| Sub-path            | Descrição                                                                 |
+| ------------------- | ------------------------------------------------------------------------- |
+| `/biomarkers`       | Definições com códigos LOINC, nomes pt/en, sub-categorias                 |
+| `/category-groups`  | Agrupamento de 10 categorias clínicas top-level sobre 20 subcategorias    |
+| `/reference-ranges` | Faixas de referência por sexo/idade/gestação (SBPC/ML, SBC, SBD, OMS)     |
+| `/converter`        | Converte dados laboratoriais para FHIR R4 Bundle                          |
+| `/importer`         | Importa FHIR Bundle de volta para estruturas internas                     |
+| `/units`            | Mapeamento de unidades, conversão para UCUM (`resolveUcum`, `isUcumCode`) |
+| `/validators`       | Validação de recursos FHIR (DiagnosticReport, Observation, Bundle)        |
 
 ## Escopo das faixas de referência
 

package/dist/biomarkers.cjs

@@ -30,7 +30,7 @@
 
 
 
-var _chunkMKH4Q735cjs = require('./chunk-MKH4Q735.cjs');
+var _chunkT75NZM56cjs = require('./chunk-T75NZM56.cjs');
 
 
 
@@ -63,5 +63,5 @@ var _chunkMKH4Q735cjs = require('./chunk-MKH4Q735.cjs');
 
 
 
-exports.BIOMARKER_DEFINITIONS = _chunkMKH4Q735cjs.BIOMARKER_DEFINITIONS; exports.CAC_INDICATOR_CODES = _chunkMKH4Q735cjs.CAC_INDICATOR_CODES; exports.DEXA_CATEGORIES = _chunkMKH4Q735cjs.DEXA_CATEGORIES; exports.DEXA_INDICATOR_CODES = _chunkMKH4Q735cjs.DEXA_INDICATOR_CODES; exports.codeToLoinc = _chunkMKH4Q735cjs.codeToLoinc; exports.filterVisibleBiomarkers = _chunkMKH4Q735cjs.filterVisibleBiomarkers; exports.findCodeByName = _chunkMKH4Q735cjs.findCodeByName; exports.generateCacFullReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateCacFullReference; exports.generateDexaFullReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateDexaFullReference; exports.generateFilteredLLMReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateFilteredLLMReference; exports.generateLLMReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateLLMReference; exports.getAllCodes = _chunkMKH4Q735cjs.getAllCodes; exports.getAllDefinitions = _chunkMKH4Q735cjs.getAllDefinitions; exports.getAllLoincCodes = _chunkMKH4Q735cjs.getAllLoincCodes; exports.getAllSearchPatterns = _chunkMKH4Q735cjs.getAllSearchPatterns; exports.getBiomarkersByCategory = _chunkMKH4Q735cjs.getBiomarkersByCategory; exports.getBiomarkersForCategories = _chunkMKH4Q735cjs.getBiomarkersForCategories; exports.getDefinitionByCode = _chunkMKH4Q735cjs.getDefinitionByCode; exports.getDefinitionByLoinc = _chunkMKH4Q735cjs.getDefinitionByLoinc; exports.getDefinitionsBySex = _chunkMKH4Q735cjs.getDefinitionsBySex; exports.getSexForCode = _chunkMKH4Q735cjs.getSexForCode; exports.getVisibleDefinitions = _chunkMKH4Q735cjs.getVisibleDefinitions; exports.isBiomarkerVisible = _chunkMKH4Q735cjs.isBiomarkerVisible; exports.isCacDocument = _chunkMKH4Q735cjs.isCacDocument; exports.isDexaDocument = _chunkMKH4Q735cjs.isDexaDocument; exports.isValidCode = _chunkMKH4Q735cjs.isValidCode; exports.isValidLoinc = _chunkMKH4Q735cjs.isValidLoinc; exports.loincToCode = _chunkMKH4Q735cjs.loincToCode; exports.normalizeCode = _chunkMKH4Q735cjs.normalizeCode; exports.toBiomarkerTests = _chunkMKH4Q735cjs.toBiomarkerTests; exports.validateLoincNameMatch = _chunkMKH4Q735cjs.validateLoincNameMatch;
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 //# sourceMappingURL=biomarkers.cjs.map

package/dist/biomarkers.js

@@ -30,7 +30,7 @@ import {
   normalizeCode,
   toBiomarkerTests,
   validateLoincNameMatch
-} from "./chunk-WDDW2WCY.js";
+} from "./chunk-4FKZG5GZ.js";
 export {
   BIOMARKER_DEFINITIONS,
   CAC_INDICATOR_CODES,

package/dist/{chunk-WDDW2WCY.js → chunk-4FKZG5GZ.js}

@@ -56,6 +56,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "coracao",
     code: "LDL_Medium",
+    // 96735-6 é "in Serum" só, enquanto as vizinhas LDL_Small (43727-7),
+    // LDL_ParticleNumber (54434-6) e HDL_Large (43729-3) são Ser/Plas. É o
+    // único código para a subfração média, e o perfil por RMN roda em soro.
+    // Material registrado de propósito.
     loinc: "96735-6",
     names: {
       en: ["LDL Medium", "Medium LDL Particles"],
@@ -1023,14 +1027,16 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   },
   {
     // LOINC 99620-7 = "Omega 3 fatty acids (w3) [Moles/volume] in RBC.lysate".
-    // Alinha à matriz das entradas irmãs Omega3_EPA (75097-6) e Omega3_DHA
-    // (75095-0), ambas em hemácias. Anteriormente 35178-3 (mesmo analito em
-    // Ser/Plas), incompatível com o uso clínico do Índice Ômega-3 (Harris &
-    // von Schacky 2004), que é definido em membranas de hemácias.
-    // Ressalva: LOINC declara moles/volume; o biomarcador armazena %.
-    // Não há LOINC vigente para "Omega 3 total em % em RBC" — o `Omega3_Index`
-    // (88998-0) cobre apenas EPA+DHA. Mantemos `unit: '%'` por consistência
-    // com EPA/DHA (75095-0/75097-6 são [Entitic substance], também não-%).
+    // Anteriormente 35178-3 (mesmo analito em Ser/Plas), incompatível com o
+    // uso clínico do Índice Ômega-3 (Harris & von Schacky 2004), que é
+    // definido em membranas de hemácias.
+    //
+    // Compromisso declarado, e não erro: o LOINC 2.82 não tem código de fração
+    // ("ômega-3 total / ácidos graxos totais") para o total, só para os ácidos
+    // individuais e para EPA+DPA+DHA (90911-9). O componente confere; a
+    // propriedade é moles/volume enquanto o laudo imprime %. O teste de eixos
+    // (`loinc-axes.test.ts`) lista esta entrada como exceção com este motivo.
+    // Mesmo compromisso em `Omega6_Total` (99621-5).
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_Total",
     loinc: "99620-7",
@@ -1044,7 +1050,18 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_DHA",
     codeAliases: ["DHA"],
-    loinc: "75095-0",
+    // Ácidos graxos individuais: fração do total (% dos ácidos graxos C14-C22),
+    // que é o que o perfil de ácidos graxos e o Índice Ômega-3 imprimem. Os
+    // códigos vêm do painel 90918-4 ("Fatty acid omega-3 and omega-6 panel -
+    // Blood"), o mesmo de onde já saem as razões AA/EPA (90909-3) e ω6/ω3
+    // (90910-1). Até out/2026 apontavam para os códigos [Entitic substance]
+    // em hemácias (75095-0, 75097-6, 75110-7, 75117-2), que são quantidade por
+    // célula, e para 48371-9, que é moles/volume em soro: componente certo,
+    // propriedade errada nos cinco, desde mar/2026. Ficam como alias porque o
+    // analito é o mesmo. Material: o painel em soro/plasma (88884-2, C14-C24)
+    // existe, e é a troca a fazer se um laboratório imprimir o perfil em soro.
+    loinc: "90914-3",
+    loincAliases: ["75095-0"],
     names: {
       en: ["Omega-3 DHA", "DHA", "Docosahexaenoic Acid"],
       pt: ["\xD4mega-3: DHA", "DHA", "\xC1cido Docosahexaenoico"]
@@ -1055,7 +1072,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_DPA",
     codeAliases: ["DPA"],
-    loinc: "48371-9",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90913-5",
+    loincAliases: ["48371-9"],
     names: {
       en: ["Omega-3 DPA", "DPA", "Docosapentaenoic Acid"],
       pt: ["\xD4mega-3: DPA", "DPA", "\xC1cido Docosapentaenoico"]
@@ -1066,7 +1085,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_EPA",
     codeAliases: ["EPA"],
-    loinc: "75097-6",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90912-7",
+    loincAliases: ["75097-6"],
     names: {
       en: ["Omega-3 EPA", "EPA", "Eicosapentaenoic Acid"],
       pt: ["\xD4mega-3: EPA", "EPA", "\xC1cido Eicosapentaenoico"]
@@ -1076,7 +1097,12 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "nutrientes",
     code: "EPADPADHA",
-    loinc: "90908-5",
+    // 90911-9 é a fração EPA+DPA+DHA / ácidos graxos C14-C22 em sangue, o
+    // valor em %. Até out/2026 apontava para 90908-5, que é a *interpretação*
+    // desse mesmo valor (ordinal: risco alto, moderado, baixo), e não o
+    // número. Sem alias: código ordinal carregando valor numérico é o erro
+    // que se quer parar de aceitar.
+    loinc: "90911-9",
     names: {
       en: ["Omega-3 EPA+DPA+DHA", "EPA+DPA+DHA"],
       pt: ["\xD4mega-3: EPA+DPA+DHA"]
@@ -1097,7 +1123,12 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "nutrientes",
     code: "Omega6_Total",
-    loinc: "35177-5",
+    // 99621-5 é "Omega 6 fatty acids (w6) [Moles/volume] in RBC.lysate", o
+    // par exato do 99620-7 de `Omega3_Total`, com o mesmo compromisso de
+    // propriedade documentado lá. Até out/2026 apontava para 35177-5, que é
+    // ácidos graxos poli-insaturados totais em soro: ômega-3 e ômega-6
+    // somados, outro componente. Sem alias.
+    loinc: "99621-5",
     names: {
       en: ["Omega-6 Total", "Total Omega-6"],
       pt: ["\xD4mega-6 Total"]
@@ -1108,7 +1139,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega6_AA",
     codeAliases: ["Arachidonic_Acid"],
-    loinc: "75110-7",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90916-8",
+    loincAliases: ["75110-7"],
     names: {
       en: ["Omega-6 Arachidonic Acid", "Arachidonic Acid", "AA"],
       pt: ["\xD4mega-6: \xC1cido Araquid\xF4nico", "\xC1cido Araquid\xF4nico", "AA"]
@@ -1119,7 +1152,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega6_LA",
     codeAliases: ["Linoleic_Acid"],
-    loinc: "75117-2",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90917-6",
+    loincAliases: ["75117-2"],
     names: {
       en: ["Omega-6 Linoleic Acid", "Linoleic Acid", "LA"],
       pt: ["\xD4mega-6: \xC1cido Linoleico", "\xC1cido Linoleico", "LA"]
@@ -1200,7 +1235,11 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "nutrientes",
     code: "Zinc",
-    loinc: "8245-3",
+    // 5763-8 é "Zinc [Mass/volume] in Serum or Plasma", o zinco sérico da
+    // rotina brasileira (o nome em inglês já dizia "Serum Zinc"). Até out/2026
+    // apontava para 8245-3, o mesmo analito em sangue total, que tem faixa de
+    // referência própria. Sem alias: sangue total é outro material.
+    loinc: "5763-8",
     names: {
       en: ["Zinc", "Serum Zinc"],
       pt: ["Zinco"]
@@ -1301,6 +1340,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "figado",
     code: "Globulin",
+    // 2336-6 é "Globulin [Mass/volume] in Serum", soro só: o LOINC 2.82 não
+    // tem a versão Ser/Plas da globulina total (as frações alfa, beta e gama
+    // têm). Material registrado de propósito.
     loinc: "2336-6",
     names: {
       en: ["Globulin", "Serum Globulin"],
@@ -1580,6 +1622,13 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "rins",
     code: "BUN_Creatinine_Ratio",
+    // 3097-3 é "Urea nitrogen/Creatinine [Mass Ratio]", a razão BUN/creatinina,
+    // e a faixa de referência (10-20, Tietz) é a dessa convenção. O laudo
+    // brasileiro imprime "Relação Ureia/Creatinina", cuja faixa é outra (cerca
+    // de 21-43) e cujo código é 56997-0 ("Urea/Creatinine [Mass Ratio] in
+    // Serum or Plasma"). Trocar só o código deixaria a faixa errada do outro
+    // lado; a separação em duas grandezas, como em `Glucose_Fasting`, é
+    // decisão à parte, registrada em `reference-ranges.ts`.
     loinc: "3097-3",
     names: {
       en: ["BUN/Creatinine Ratio", "Urea/Creatinine Ratio"],
@@ -1747,7 +1796,12 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "urina",
     code: "Bacteria_Urine",
     codeAliases: ["UrineBacteria"],
-    loinc: "630-4",
+    // 5769-5 é "Bacteria [#/area] in Urine sediment by Microscopy high power
+    // field", a contagem do sedimento que a unidade /HPF declara. Até out/2026
+    // apontava para 630-4, "Bacteria identified in Urine by Culture": outro
+    // exame, nominal, que identifica a espécie em cultura. Sem alias:
+    // urocultura não é sedimento.
+    loinc: "5769-5",
     names: {
       en: ["Urine Bacteria", "Bacteria Urine", "Bacteria, Urine", "Bacteria"],
       pt: ["Bact\xE9rias na Urina", "Bact\xE9rias"]
@@ -1866,7 +1920,14 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "urina",
     code: "RBC_Urine",
-    loinc: "5808-1",
+    // 13945-1 é "Erythrocytes [#/area] in Urine sediment by Microscopy high
+    // power field", o /HPF que o laudo imprime e que `Leukocytes_Urine` já usa
+    // em 5821-4. Até out/2026 apontava para 5808-1, o mesmo exame em #/volume
+    // (por mL): analito e material certos, propriedade errada. Fica como alias
+    // porque o analito é o mesmo, e laudo de analisador automático que conte
+    // por mL continua resolvendo em RBC_Urine.
+    loinc: "13945-1",
+    loincAliases: ["5808-1"],
     names: {
       en: ["Urine RBC", "Red Blood Cells in Urine", "RBC Urine", "RBC, Urine"],
       pt: ["Hem\xE1cias na Urina"]
@@ -1961,6 +2022,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "autoimunidade",
     code: "Gliadin_Deamidated_IgA",
+    // 63453-5 e 63459-2 (IgG) afirmam método, "by Immunoassay", e material,
+    // "Serum". É o que os kits de DGP usam. A propriedade é unidades
+    // arbitrárias por volume, e o laudo imprime U/mL; até out/2026 a unidade
+    // declarada era "U", sem o volume.
     loinc: "63453-5",
     names: {
       en: [
@@ -1974,7 +2039,7 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
       ],
       pt: ["Anticorpos Anti-Gliadina Deamidada IgA", "DGP IgA"]
     },
-    unit: "U"
+    unit: "U/mL"
   },
   {
     category: "autoimunidade",
@@ -1992,7 +2057,7 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
       ],
       pt: ["Anticorpos Anti-Gliadina Deamidada IgG", "DGP IgG"]
     },
-    unit: "U"
+    unit: "U/mL"
   },
   {
     category: "autoimunidade",
@@ -2383,6 +2448,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "composicao-corporal",
     code: "TotalBodyWater",
+    // 101683-1 é "Body water mass", em kg; o aparelho de bioimpedância imprime
+    // litros. É o único código de água corporal total no LOINC 2.82 (o outro,
+    // 101684-9, é o percentual), e para água 1 L pesa 1 kg, então o número não
+    // muda. O teste de eixos lista a entrada como exceção com este motivo.
     loinc: "101683-1",
     names: {
       en: ["Total Body Water", "Body Water", "TBW", "Total Water"],
@@ -2448,6 +2517,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "composicao-corporal",
     code: "PhaseAngle",
+    // 107160-4 é "Phase angle Xc/R [Ratio] Bioelectrical impedance analysis",
+    // único código de ângulo de fase. O aparelho imprime graus (arctan Xc/R)
+    // e o LOINC declara razão com unidade-exemplo %. Fica em graus, que é o
+    // que o laudo traz, e o teste de eixos lista a entrada como exceção.
     loinc: "107160-4",
     names: {
       en: ["Phase Angle", "Whole Body Phase Angle", "PhA", "AnglePhase"],
@@ -2538,9 +2611,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "composicao-corporal",
     code: "WaistCircumference",
-    // 8280-0 é a medida em si. 56086-2, que parecia o óbvio pela busca, é
-    // "Adult Waist Circumference Protocol", um protocolo PhenX e não um
-    // resultado.
+    // 8280-0 é a medida em si, e afirma sítio e método: "at umbilicus by Tape
+    // measure". 56086-2, que parecia o óbvio pela busca, é "Adult Waist
+    // Circumference Protocol", um protocolo PhenX e não um resultado.
     loinc: "8280-0",
     names: {
       en: ["Waist Circumference", "Abdominal Circumference", "Waist"],
@@ -2950,6 +3023,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "coracao",
     code: "TroponinI",
+    // 49563-0 afirma método: limite de detecção ≤ 0,01 ng/mL, o ensaio de alta
+    // sensibilidade. Um resultado de troponina I convencional pede o código
+    // sem método, 10839-9. Assimétrico com `TroponinT`, que fica no 6598-7 sem
+    // método de propósito: a hs-cTnT em ng/L é a convenção dos laudos.
     loinc: "49563-0",
     names: {
       en: ["Troponin I", "cTnI", "Cardiac Troponin I", "hs-TnI", "High-Sensitivity Troponin I"],
@@ -2960,6 +3037,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "coracao",
     code: "TroponinT",
+    // 6598-7 não afirma método. A unidade ng/L é a convenção do ensaio de alta
+    // sensibilidade (hs-cTnT), e o ensaio convencional em ng/mL converte por
+    // fator exato (ver `units.ts`). Ver `TroponinI` para a assimetria.
     loinc: "6598-7",
     names: {
       en: ["Troponin T", "cTnT", "Cardiac Troponin T", "hs-TnT", "High-Sensitivity Troponin T"],
@@ -2996,6 +3076,11 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "figado",
     code: "LDH",
+    // 14804-9 afirma método: reação lactato → piruvato (L→P). O código sem
+    // método, 2532-0, está DISCOURAGED, então um método tem que ser escolhido,
+    // e L→P é o do procedimento de referência IFCC que os laboratórios
+    // brasileiros usam, ainda que o laudo raramente imprima a direção. Se um
+    // laudo declarar P→L, o código é outro (14805-6).
     loinc: "14804-9",
     // 2532-0 é o código genérico anterior, que o LOINC marca como DISCOURAGED.
     // Fica como alias para que laudo antigo e dado já armazenado continuem
@@ -3126,7 +3211,13 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "pancreas",
     code: "BetaHydroxybutyrate",
-    loinc: "53060-0",
+    // 6873-4 é "Beta hydroxybutyrate [Moles/volume] in Serum or Plasma", o
+    // que o laudo dosa em mmol/L. Até out/2026 apontava para 53060-0, que é
+    // butirilcarnitina (C4) em líquido amniótico: analito e material errados
+    // desde abr/2026, e nenhum check pegou porque o código existe e está
+    // ACTIVE. Sem alias para o código antigo: ele nunca significou BHB, e
+    // aceitá-lo na importação faria um laudo de carnitina virar cetona.
+    loinc: "6873-4",
     names: {
       en: ["Beta-Hydroxybutyrate", "\u03B2-Hydroxybutyrate", "BHB", "Ketone Bodies"],
       pt: ["Beta-Hidroxibutirato", "\u03B2-Hidroxibutirato", "BHB", "Corpos Cet\xF4nicos"]
@@ -3465,4 +3556,4 @@ export {
   getBiomarkersByCategory,
   getBiomarkersForCategories
 };
-//# sourceMappingURL=chunk-WDDW2WCY.js.map
+//# sourceMappingURL=chunk-4FKZG5GZ.js.map