@precisa-saude/fhir 0.31.0 → 0.31.2
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Um Bundle com `subject.reference` valendo\n * `Patient/abc` só resolve se alguma entrada tiver `fullUrl` terminando em\n * `/Patient/abc`: a referência relativa é lida contra a base do `fullUrl` da\n * entrada, que é como os exemplos da própria HL7 montam Bundle de coleção.\n *\n * Antes o `fullUrl` era `urn:uuid:observation-<laudo>-<código>`, que erra duas\n * vezes. `urn:uuid:` exige a sintaxe de UUID e aquilo não era um UUID, e num\n * Bundle de entradas `urn:uuid:` a referência precisa repetir a URN inteira,\n * então nenhuma das relativas resolvia. Um laudo de 22 marcadores saía com 24\n * erros de URN e 22 referências perdidas.\n */\n/**\n * Recurso que já tem id, e por isso pode ser endereçado numa entrada.\n *\n * No FHIR o `id` é opcional, porque um recurso pode viajar sem identidade\n * própria. Numa entrada de Bundle ele não pode: sem id não há `fullUrl`, e sem\n * `fullUrl` nenhuma referência chega ao recurso. Os conversores daqui sempre\n * atribuem um, e o tipo passa a dizer isso em vez de deixar `undefined` chegar\n * até a montagem da URL.\n */\nexport type Addressable<T> = T & { id: string };\n\n/**\n * Base dos `fullUrl`.\n *\n * Não precisa responder a uma requisição: no FHIR o `fullUrl` é identidade, não\n * endereço de download. Fica sob um domínio nosso para não colidir com a\n * identidade de recurso de outra instituição, que é o risco real de usar\n * `example.org` em dado que sai da máquina.\n */\nexport const BUNDLE_BASE_URL = 'https://precisa-saude.com.br/fhir';\n\n/**\n * Monta o `fullUrl` a partir do próprio recurso.\n *\n * Recebe o recurso em vez do tipo e do id soltos de propósito. O defeito que\n * isto substitui nasceu de montar os dois lados em separado: o `fullUrl` dizia\n * `observation-demo-Hgb` enquanto o recurso tinha id `demo-Hgb`, e ninguém\n * percebeu porque nada obrigava os dois a concordarem.\n *\n * O parâmetro pede o mínimo que a URL consome, e não a união de recursos que\n * este pacote converte. Um Bundle pode carregar qualquer recurso do R4, e quem\n * acrescenta uma entrada de um tipo que não está nessa união (um `Specimen`,\n * por exemplo) precisa do mesmo endereço, senão monta o dele e as duas formas\n * divergem outra vez.\n */\nexport const entryFullUrl = (resource: Addressable<{ resourceType: string }>): string =>\n `${BUNDLE_BASE_URL}/${resource.resourceType}/${resource.id}`;\n","/**\n * FHIR Converter\n *\n * Converts lab results to FHIR R4 DiagnosticReport and Observation resources.\n * See: https://hl7.org/fhir/diagnosticreport.html\n */\n\nimport { codeToLoinc } from './biomarkers';\nimport { type Addressable, entryFullUrl } from './bundle-urls';\nimport { BIOMARKER_CODE_SYSTEM, LOINC_SYSTEM } from './code-systems';\nimport type {\n FHIRBundle,\n FHIRDiagnosticReport,\n FHIRObservation,\n FHIRPatient,\n FHIRQuantity,\n FHIRReferenceRange,\n} from './fhir-types';\nimport type { Flag, LabObservationData, LabReportData, UserProfileData } from './types';\nimport { getDefaultUnit, unitToUCUM } from './units';\n\n// Re-export all types and functions\nexport * from './fhir-types';\n\n/**\n * Convert Flag to FHIR interpretation code\n */\nfunction interpretationCode(flag: Flag): string {\n switch (flag) {\n case 'H':\n return 'H'; // High\n case 'L':\n return 'L'; // Low\n default:\n return 'N'; // Normal\n }\n}\n\n/**\n * Convert Flag to FHIR interpretation display\n */\nfunction interpretationDisplay(flag: Flag): string {\n switch (flag) {\n case 'H':\n return 'High';\n case 'L':\n return 'Low';\n default:\n return 'Normal';\n }\n}\n\n/**\n * O `coding` do sexo, que vai **dentro** do CodeableConcept do `appliesTo`.\n *\n * O nome diz `CODING` e não `APPLIES_TO` de propósito: isto não é o valor do\n * campo, é uma entrada da lista de codificações dele. O embrulho acontece no\n * uso, em `{ coding: [SEX_CODING[sex]] }`.\n *\n * É o `AdministrativeGender`, e não o v3-ObservationInterpretation nem um\n * sistema nosso: um consumidor que já lê `Patient.gender` compara os dois sem\n * tabela de tradução no meio.\n */\nconst SEX_CODING = {\n female: {\n code: 'female',\n display: 'Female',\n system: 'http://hl7.org/fhir/administrative-gender',\n },\n male: { code: 'male', display: 'Male', system: 'http://hl7.org/fhir/administrative-gender' },\n} as const;\n\n/**\n * Monta as faixas de referência do `Observation`.\n *\n * Duas mudanças em relação ao que existia, e as duas são sobre não perder o que\n * o laudo imprimiu.\n *\n * **Um limite só já basta.** Antes a faixa só saía com os dois, e um laudo que\n * publica \"inferior a 190 mg/dL\" ou \"superior a 60 mL/min/1,73m²\" perdia o\n * campo inteiro. O R4 trata `low` e `high` como opcionais independentes e\n * documenta o caso de um lado só, e o importador deste mesmo pacote já lia\n * `low?.value` e `high?.value` com acesso opcional: a assimetria era só do\n * escritor. Ver PRE-430.\n *\n * **Mais de uma faixa, anotada.** Laudo com uma coluna de referência por sexo\n * passa a sair com as duas, cada uma com o seu `appliesTo`, em vez de o\n * pipeline escolher uma sem saber de quem é o exame. Ver PRE-424 e PRE-425.\n */\nconst buildReferenceRanges = (\n observation: LabObservationData,\n sourceUnit: string,\n ucumUnit: string,\n): FHIRReferenceRange[] => {\n const quantity = (value: number): FHIRQuantity => ({\n code: ucumUnit,\n system: 'http://unitsofmeasure.org',\n unit: sourceUnit,\n value,\n });\n\n // Devolve lista, e não uma faixa: o caso sem limite nenhum vira lista vazia\n // em vez de `undefined`, e aí os dois caminhos abaixo se compõem com\n // `flatMap` sem ninguém precisar filtrar nada depois.\n const toRanges = (low?: number, high?: number, sex?: 'female' | 'male'): FHIRReferenceRange[] => {\n if (low === undefined && high === undefined) return [];\n\n return [\n {\n ...(sex === undefined ? {} : { appliesTo: [{ coding: [SEX_CODING[sex]] }] }),\n ...(high === undefined ? {} : { high: quantity(high) }),\n ...(low === undefined ? {} : { low: quantity(low) }),\n },\n ];\n };\n\n // A lista anotada tem precedência: quando ela existe, o par simples é o\n // resumo de uma das colunas e repeti-lo publicaria a mesma faixa duas vezes,\n // uma delas sem dizer a quem se aplica.\n //\n // Lista vazia cai no par simples, igual a ausente, e isso é escolha: as duas\n // dizem \"não tenho faixa anotada\", e tratá-las diferente faria um `[]` vindo\n // de um `.filter()` apagar em silêncio a faixa que o chamador também mandou\n // em `referenceMin` e `referenceMax`.\n if (observation.referenceRanges && observation.referenceRanges.length > 0) {\n return observation.referenceRanges.flatMap((r) => toRanges(r.low, r.high, r.appliesTo));\n }\n\n return toRanges(observation.referenceMin, observation.referenceMax);\n};\n\n/**\n * Convert generic lab observation to FHIR Observation\n */\nexport function labObservationToFHIR(\n observation: LabObservationData,\n patientId: string,\n laboratoryName?: string,\n): Addressable<FHIRObservation> {\n const loincCode = codeToLoinc(observation.biomarkerCode);\n // Use default unit if source unit is empty\n const sourceUnit =\n observation.unit || getDefaultUnit(observation.biomarkerCode) || observation.unit;\n const ucumUnit = unitToUCUM(sourceUnit);\n const isQualitative = observation.isQualitative || typeof observation.value === 'string';\n\n // Base observation structure\n const fhirObs: Addressable<FHIRObservation> = {\n category: [\n {\n coding: [\n {\n code: 'laboratory',\n display: 'Laboratory',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category',\n },\n ],\n },\n ],\n code: {\n // Sem LOINC, o coding LOINC simplesmente não sai. Antes ia `99999-9`,\n // que não é código LOINC nenhum: publicava sob `http://loinc.org` uma\n // afirmação falsa, e quem consumisse o bundle confiando no system\n // trataria aquilo como código de verdade. Composição corporal, densidade\n // óssea e escore de cálcio não têm LOINC, e o certo é a lacuna explícita.\n coding: [\n ...(loincCode\n ? [\n {\n code: loincCode,\n display: observation.biomarkerName,\n system: LOINC_SYSTEM,\n },\n ]\n : []),\n {\n code: observation.biomarkerCode,\n display: observation.biomarkerName,\n system: BIOMARKER_CODE_SYSTEM,\n },\n ],\n text: observation.biomarkerName,\n },\n effectiveDateTime: observation.collectionDate,\n id: `${observation.reportId}-${observation.biomarkerCode}`,\n interpretation: [\n {\n coding: [\n {\n code: interpretationCode(observation.flag),\n display: interpretationDisplay(observation.flag),\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-ObservationInterpretation',\n },\n ],\n },\n ],\n performer: laboratoryName ? [{ display: laboratoryName }] : undefined,\n resourceType: 'Observation',\n status: 'final',\n subject: {\n reference: `Patient/${patientId}`,\n },\n };\n\n // Add value based on type (qualitative = string, quantitative = number)\n if (isQualitative) {\n fhirObs.valueString = String(observation.value);\n } else {\n fhirObs.valueQuantity = {\n code: ucumUnit,\n system: 'http://unitsofmeasure.org',\n unit: sourceUnit,\n value: observation.value as number,\n };\n\n // Reference range only applies to quantitative values\n const referenceRange = buildReferenceRanges(observation, sourceUnit, ucumUnit);\n if (referenceRange.length > 0) fhirObs.referenceRange = referenceRange;\n }\n\n return fhirObs;\n}\n\n/**\n * Convert generic lab report to FHIR DiagnosticReport\n */\nexport function labReportToFHIR(\n report: LabReportData,\n patientId: string,\n observationIds: string[],\n): Addressable<FHIRDiagnosticReport> {\n // Map processing status to FHIR status\n let status: FHIRDiagnosticReport['status'];\n switch (report.processingStatus) {\n case 'complete':\n status = 'final';\n break;\n case 'partial':\n status = 'partial';\n break;\n case 'pending_review':\n status = 'preliminary';\n break;\n default:\n status = 'final';\n }\n\n return {\n category: [\n {\n coding: [\n {\n code: 'LAB',\n display: 'Laboratory',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v2-0074',\n },\n ],\n },\n ],\n code: {\n coding: [\n {\n code: '11502-2', // Laboratory report\n display: 'Laboratory report',\n system: 'http://loinc.org',\n },\n ],\n text: 'Laboratory Results',\n },\n conclusion:\n report.overallStatus === 'NORMAL'\n ? 'All results within normal limits'\n : 'One or more abnormal results detected',\n conclusionCode:\n report.overallStatus === 'ANORMAL'\n ? [\n {\n coding: [\n {\n code: 'A',\n display: 'Abnormal',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-ObservationInterpretation',\n },\n ],\n },\n ]\n : undefined,\n effectiveDateTime: report.collectionDate,\n id: report.reportId,\n issued: report.createdAt,\n performer: report.laboratoryName ? [{ display: report.laboratoryName }] : undefined,\n resourceType: 'DiagnosticReport',\n result: observationIds.map((id) => ({ reference: `Observation/${id}` })),\n status,\n subject: {\n reference: `Patient/${patientId}`,\n },\n };\n}\n\n/**\n * Convert user profile to FHIR Patient\n * NOTE: CPF is intentionally excluded for privacy (LGPD compliance)\n */\nexport function userProfileToFHIR(profile: UserProfileData): Addressable<FHIRPatient> {\n const nameParts = profile.name.split(' ');\n const given = nameParts.slice(0, -1);\n const family = nameParts[nameParts.length - 1] || '';\n\n return {\n address: profile.address\n ? [\n {\n city: profile.address.city,\n country: profile.address.country || 'BR',\n line: [\n profile.address.street && profile.address.number\n ? `${profile.address.street}, ${profile.address.number}`\n : profile.address.street,\n profile.address.complement,\n ].filter(Boolean) as string[],\n postalCode: profile.address.postalCode,\n state: profile.address.state,\n },\n ]\n : undefined,\n birthDate: profile.birthDate,\n gender: profile.gender,\n id: profile.userId,\n name: [\n {\n family,\n given: given.length > 0 ? given : undefined,\n text: profile.name,\n },\n ],\n resourceType: 'Patient',\n telecom:\n [\n ...(profile.email ? [{ system: 'email' as const, value: profile.email }] : []),\n ...(profile.phone ? [{ system: 'phone' as const, value: profile.phone }] : []),\n ].length > 0\n ? [\n ...(profile.email ? [{ system: 'email' as const, value: profile.email }] : []),\n ...(profile.phone ? [{ system: 'phone' as const, value: profile.phone }] : []),\n ]\n : undefined,\n };\n}\n\n/**\n * Convert complete lab result to FHIR Bundle\n * This is the main function for exporting lab results to FHIR R4 format\n */\nexport function labResultToFHIRBundle(\n report: LabReportData,\n observations: LabObservationData[],\n userProfile: UserProfileData,\n): FHIRBundle {\n const patientId = userProfile.userId;\n\n // Convert observations\n const fhirObservations = observations.map((obs) => {\n const resource = labObservationToFHIR(\n { ...obs, collectionDate: report.collectionDate },\n patientId,\n report.laboratoryName,\n );\n\n return { fullUrl: entryFullUrl(resource), resource };\n });\n\n // Os ids vêm dos recursos já montados, e não de uma segunda montagem da mesma\n // regra. O `DiagnosticReport.result` aponta para eles, e era aqui que a\n // referência se separava do recurso.\n const observationIds = fhirObservations.map((entry) => entry.resource.id);\n\n // Convert report\n const diagnosticReport = labReportToFHIR(report, patientId, observationIds);\n\n // Convert patient\n const fhirPatient = userProfileToFHIR(userProfile);\n\n return {\n entry: [\n { fullUrl: entryFullUrl(fhirPatient), resource: fhirPatient },\n { fullUrl: entryFullUrl(diagnosticReport), resource: diagnosticReport },\n ...fhirObservations,\n ],\n resourceType: 'Bundle',\n type: 'collection',\n };\n}\n"]}
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{"version":3,"sources":["/home/runner/work/fhir-brasil/fhir-brasil/packages/core/dist/chunk-YX6B5YFJ.cjs","../src/bundle-urls.ts","../src/converter.ts"],"names":[],"mappings":"AAAA;AACE;AACA;AACF,wDAA6B;AAC7B;AACE;AACF,wDAA6B;AAC7B;AACE;AACA;AACF,wDAA6B;AAC7B;AACA;ACsBO,IAAM,gBAAA,EAAkB,mCAAA;AAgBxB,IAAM,aAAA,EAAe,CAAC,QAAA,EAAA,GAC3B,CAAA,EAAA;ADpCgC;AACA;AEWc;AAChC,EAAA;AACP,IAAA;AACI,MAAA;AAAA;AACJ,IAAA;AACI,MAAA;AAAA;AACT,IAAA;AACS,MAAA;AACX,EAAA;AACF;AAK+B;AACf,EAAA;AACP,IAAA;AACI,MAAA;AACJ,IAAA;AACI,MAAA;AACT,IAAA;AACS,MAAA;AACX,EAAA;AACF;AAamB;AACT,EAAA;AACA,IAAA;AACG,IAAA;AACD,IAAA;AACV,EAAA;AAC+B,EAAA;AACjC;AAoBE;AAImD,EAAA;AAC3C,IAAA;AACE,IAAA;AACF,IAAA;AACN,IAAA;AACF,EAAA;AAK+C,EAAA;AACpB,IAAA;AAElB,IAAA;AACL,MAAA;AAC+B,QAAA;AACC,QAAA;AACD,QAAA;AAC/B,MAAA;AACF,IAAA;AACF,EAAA;AAUgB,EAAA;AACK,IAAA;AACrB,EAAA;AAE4B,EAAA;AAC9B;AAME;AAI8B,EAAA;AAGhB,EAAA;AACc,EAAA;AACN,EAAA;AAGwB,EAAA;AAClC,IAAA;AACR,MAAA;AACU,QAAA;AACN,UAAA;AACQ,YAAA;AACG,YAAA;AACD,YAAA;AACV,UAAA;AACF,QAAA;AACF,MAAA;AACF,IAAA;AACM,IAAA;AAAA;AAAA;AAAA;AAAA;AAAA;AAMI,MAAA;AAEF,QAAA;AACE,UAAA;AACQ,YAAA;AACe,YAAA;AACb,YAAA;AACV,UAAA;AAED,QAAA;AACL,QAAA;AACoB,UAAA;AACG,UAAA;AACb,UAAA;AACV,QAAA;AACF,MAAA;AACkB,MAAA;AACpB,IAAA;AACmB,IAAA;AACQ,IAAA;AACX,IAAA;AACd,MAAA;AACU,QAAA;AACN,UAAA;AACQ,YAAA;AACG,YAAA;AACD,YAAA;AACV,UAAA;AACF,QAAA;AACF,MAAA;AACF,IAAA;AAC6B,IAAA;AACf,IAAA;AACN,IAAA;AACC,IAAA;AACe,MAAA;AACxB,IAAA;AACF,EAAA;AAGmB,EAAA;AACY,IAAA;AACxB,EAAA;AACmB,IAAA;AAChB,MAAA;AACE,MAAA;AACF,MAAA;AACa,MAAA;AACrB,IAAA;AAGuB,IAAA;AACQ,IAAA;AACjC,EAAA;AAEO,EAAA;AACT;AAOE;AAII,EAAA;AACW,EAAA;AACR,IAAA;AACM,MAAA;AACT,MAAA;AACG,IAAA;AACM,MAAA;AACT,MAAA;AACG,IAAA;AACM,MAAA;AACT,MAAA;AACF,IAAA;AACW,MAAA;AACb,EAAA;AAEO,EAAA;AACK,IAAA;AACR,MAAA;AACU,QAAA;AACN,UAAA;AACQ,YAAA;AACG,YAAA;AACD,YAAA;AACV,UAAA;AACF,QAAA;AACF,MAAA;AACF,IAAA;AACM,IAAA;AACI,MAAA;AACN,QAAA;AACQ,UAAA;AAAA;AACG,UAAA;AACD,UAAA;AACV,QAAA;AACF,MAAA;AACM,MAAA;AACR,IAAA;AAES,IAAA;AAIA,IAAA;AAED,MAAA;AACU,QAAA;AACN,UAAA;AACQ,YAAA;AACG,YAAA;AACD,YAAA;AACV,UAAA;AACF,QAAA;AACF,MAAA;AAEF,IAAA;AACoB,IAAA;AACf,IAAA;AACI,IAAA;AACG,IAAA;AACJ,IAAA;AACc,IAAA;AAC5B,IAAA;AACS,IAAA;AACe,MAAA;AACxB,IAAA;AACF,EAAA;AACF;AAMkC;AACD,EAAA;AACD,EAAA;AACL,EAAA;AAElB,EAAA;AAED,IAAA;AACE,MAAA;AACwB,QAAA;AACG,QAAA;AACnB,QAAA;AACY,UAAA;AAGA,UAAA;AACF,QAAA;AACI,QAAA;AACG,QAAA;AACzB,MAAA;AAEF,IAAA;AACe,IAAA;AACH,IAAA;AACJ,IAAA;AACN,IAAA;AACJ,MAAA;AACE,QAAA;AAC0B,QAAA;AACZ,QAAA;AAChB,MAAA;AACF,IAAA;AACc,IAAA;AAEZ,IAAA;AACyB,MAAA;AACA,MAAA;AAErB,IAAA;AACyB,MAAA;AACA,MAAA;AAEzB,IAAA;AACR,EAAA;AACF;AAOE;AAI8B,EAAA;AAGL,EAAA;AACN,IAAA;AACW,MAAA;AAC1B,MAAA;AACO,MAAA;AACT,IAAA;AAEkB,IAAA;AACnB,EAAA;AAKsB,EAAA;AAGE,EAAA;AAGL,EAAA;AAEb,EAAA;AACE,IAAA;AACmB,MAAA;AACA,MAAA;AACrB,MAAA;AACL,IAAA;AACc,IAAA;AACR,IAAA;AACR,EAAA;AACF;AFhIkC;AACA;AACA;AACA;AACA;AACA;AACA;AACA;AACA","file":"/home/runner/work/fhir-brasil/fhir-brasil/packages/core/dist/chunk-YX6B5YFJ.cjs","sourcesContent":[null,"/**\n * Endereço das entradas de um Bundle.\n *\n * O `fullUrl` identifica a entrada, e é contra ele que o validador resolve as\n * referências entre os recursos. Um Bundle com `subject.reference` valendo\n * `Patient/abc` só resolve se alguma entrada tiver `fullUrl` terminando em\n * `/Patient/abc`: a referência relativa é lida contra a base do `fullUrl` da\n * entrada, que é como os exemplos da própria HL7 montam Bundle de coleção.\n *\n * Antes o `fullUrl` era `urn:uuid:observation-<laudo>-<código>`, que erra duas\n * vezes. `urn:uuid:` exige a sintaxe de UUID e aquilo não era um UUID, e num\n * Bundle de entradas `urn:uuid:` a referência precisa repetir a URN inteira,\n * então nenhuma das relativas resolvia. Um laudo de 22 marcadores saía com 24\n * erros de URN e 22 referências perdidas.\n */\n/**\n * Recurso que já tem id, e por isso pode ser endereçado numa entrada.\n *\n * No FHIR o `id` é opcional, porque um recurso pode viajar sem identidade\n * própria. Numa entrada de Bundle ele não pode: sem id não há `fullUrl`, e sem\n * `fullUrl` nenhuma referência chega ao recurso. Os conversores daqui sempre\n * atribuem um, e o tipo passa a dizer isso em vez de deixar `undefined` chegar\n * até a montagem da URL.\n */\nexport type Addressable<T> = T & { id: string };\n\n/**\n * Base dos `fullUrl`.\n *\n * Não precisa responder a uma requisição: no FHIR o `fullUrl` é identidade, não\n * endereço de download. Fica sob um domínio nosso para não colidir com a\n * identidade de recurso de outra instituição, que é o risco real de usar\n * `example.org` em dado que sai da máquina.\n */\nexport const BUNDLE_BASE_URL = 'https://precisa-saude.com.br/fhir';\n\n/**\n * Monta o `fullUrl` a partir do próprio recurso.\n *\n * Recebe o recurso em vez do tipo e do id soltos de propósito. O defeito que\n * isto substitui nasceu de montar os dois lados em separado: o `fullUrl` dizia\n * `observation-demo-Hgb` enquanto o recurso tinha id `demo-Hgb`, e ninguém\n * percebeu porque nada obrigava os dois a concordarem.\n *\n * O parâmetro pede o mínimo que a URL consome, e não a união de recursos que\n * este pacote converte. Um Bundle pode carregar qualquer recurso do R4, e quem\n * acrescenta uma entrada de um tipo que não está nessa união (um `Specimen`,\n * por exemplo) precisa do mesmo endereço, senão monta o dele e as duas formas\n * divergem outra vez.\n */\nexport const entryFullUrl = (resource: Addressable<{ resourceType: string }>): string =>\n `${BUNDLE_BASE_URL}/${resource.resourceType}/${resource.id}`;\n","/**\n * FHIR Converter\n *\n * Converts lab results to FHIR R4 DiagnosticReport and Observation resources.\n * See: https://hl7.org/fhir/diagnosticreport.html\n */\n\nimport { codeToLoinc } from './biomarkers';\nimport { type Addressable, entryFullUrl } from './bundle-urls';\nimport { BIOMARKER_CODE_SYSTEM, LOINC_SYSTEM } from './code-systems';\nimport type {\n FHIRBundle,\n FHIRDiagnosticReport,\n FHIRObservation,\n FHIRPatient,\n FHIRQuantity,\n FHIRReferenceRange,\n} from './fhir-types';\nimport type { Flag, LabObservationData, LabReportData, UserProfileData } from './types';\nimport { getDefaultUnit, unitToUCUM } from './units';\n\n// Re-export all types and functions\nexport * from './fhir-types';\n\n/**\n * Convert Flag to FHIR interpretation code\n */\nfunction interpretationCode(flag: Flag): string {\n switch (flag) {\n case 'H':\n return 'H'; // High\n case 'L':\n return 'L'; // Low\n default:\n return 'N'; // Normal\n }\n}\n\n/**\n * Convert Flag to FHIR interpretation display\n */\nfunction interpretationDisplay(flag: Flag): string {\n switch (flag) {\n case 'H':\n return 'High';\n case 'L':\n return 'Low';\n default:\n return 'Normal';\n }\n}\n\n/**\n * O `coding` do sexo, que vai **dentro** do CodeableConcept do `appliesTo`.\n *\n * O nome diz `CODING` e não `APPLIES_TO` de propósito: isto não é o valor do\n * campo, é uma entrada da lista de codificações dele. O embrulho acontece no\n * uso, em `{ coding: [SEX_CODING[sex]] }`.\n *\n * É o `AdministrativeGender`, e não o v3-ObservationInterpretation nem um\n * sistema nosso: um consumidor que já lê `Patient.gender` compara os dois sem\n * tabela de tradução no meio.\n */\nconst SEX_CODING = {\n female: {\n code: 'female',\n display: 'Female',\n system: 'http://hl7.org/fhir/administrative-gender',\n },\n male: { code: 'male', display: 'Male', system: 'http://hl7.org/fhir/administrative-gender' },\n} as const;\n\n/**\n * Monta as faixas de referência do `Observation`.\n *\n * Duas mudanças em relação ao que existia, e as duas são sobre não perder o que\n * o laudo imprimiu.\n *\n * **Um limite só já basta.** Antes a faixa só saía com os dois, e um laudo que\n * publica \"inferior a 190 mg/dL\" ou \"superior a 60 mL/min/1,73m²\" perdia o\n * campo inteiro. O R4 trata `low` e `high` como opcionais independentes e\n * documenta o caso de um lado só, e o importador deste mesmo pacote já lia\n * `low?.value` e `high?.value` com acesso opcional: a assimetria era só do\n * escritor. Ver PRE-430.\n *\n * **Mais de uma faixa, anotada.** Laudo com uma coluna de referência por sexo\n * passa a sair com as duas, cada uma com o seu `appliesTo`, em vez de o\n * pipeline escolher uma sem saber de quem é o exame. Ver PRE-424 e PRE-425.\n */\nconst buildReferenceRanges = (\n observation: LabObservationData,\n sourceUnit: string,\n ucumUnit: string,\n): FHIRReferenceRange[] => {\n const quantity = (value: number): FHIRQuantity => ({\n code: ucumUnit,\n system: 'http://unitsofmeasure.org',\n unit: sourceUnit,\n value,\n });\n\n // Devolve lista, e não uma faixa: o caso sem limite nenhum vira lista vazia\n // em vez de `undefined`, e aí os dois caminhos abaixo se compõem com\n // `flatMap` sem ninguém precisar filtrar nada depois.\n const toRanges = (low?: number, high?: number, sex?: 'female' | 'male'): FHIRReferenceRange[] => {\n if (low === undefined && high === undefined) return [];\n\n return [\n {\n ...(sex === undefined ? {} : { appliesTo: [{ coding: [SEX_CODING[sex]] }] }),\n ...(high === undefined ? {} : { high: quantity(high) }),\n ...(low === undefined ? {} : { low: quantity(low) }),\n },\n ];\n };\n\n // A lista anotada tem precedência: quando ela existe, o par simples é o\n // resumo de uma das colunas e repeti-lo publicaria a mesma faixa duas vezes,\n // uma delas sem dizer a quem se aplica.\n //\n // Lista vazia cai no par simples, igual a ausente, e isso é escolha: as duas\n // dizem \"não tenho faixa anotada\", e tratá-las diferente faria um `[]` vindo\n // de um `.filter()` apagar em silêncio a faixa que o chamador também mandou\n // em `referenceMin` e `referenceMax`.\n if (observation.referenceRanges && observation.referenceRanges.length > 0) {\n return observation.referenceRanges.flatMap((r) => toRanges(r.low, r.high, r.appliesTo));\n }\n\n return toRanges(observation.referenceMin, observation.referenceMax);\n};\n\n/**\n * Convert generic lab observation to FHIR Observation\n */\nexport function labObservationToFHIR(\n observation: LabObservationData,\n patientId: string,\n laboratoryName?: string,\n): Addressable<FHIRObservation> {\n const loincCode = codeToLoinc(observation.biomarkerCode);\n // Use default unit if source unit is empty\n const sourceUnit =\n observation.unit || getDefaultUnit(observation.biomarkerCode) || observation.unit;\n const ucumUnit = unitToUCUM(sourceUnit);\n const isQualitative = observation.isQualitative || typeof observation.value === 'string';\n\n // Base observation structure\n const fhirObs: Addressable<FHIRObservation> = {\n category: [\n {\n coding: [\n {\n code: 'laboratory',\n display: 'Laboratory',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category',\n },\n ],\n },\n ],\n code: {\n // Sem LOINC, o coding LOINC simplesmente não sai. Antes ia `99999-9`,\n // que não é código LOINC nenhum: publicava sob `http://loinc.org` uma\n // afirmação falsa, e quem consumisse o bundle confiando no system\n // trataria aquilo como código de verdade. Composição corporal, densidade\n // óssea e escore de cálcio não têm LOINC, e o certo é a lacuna explícita.\n coding: [\n ...(loincCode\n ? [\n {\n code: loincCode,\n display: observation.biomarkerName,\n system: LOINC_SYSTEM,\n },\n ]\n : []),\n {\n code: observation.biomarkerCode,\n display: observation.biomarkerName,\n system: BIOMARKER_CODE_SYSTEM,\n },\n ],\n text: observation.biomarkerName,\n },\n effectiveDateTime: observation.collectionDate,\n id: `${observation.reportId}-${observation.biomarkerCode}`,\n interpretation: [\n {\n coding: [\n {\n code: interpretationCode(observation.flag),\n display: interpretationDisplay(observation.flag),\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-ObservationInterpretation',\n },\n ],\n },\n ],\n performer: laboratoryName ? [{ display: laboratoryName }] : undefined,\n resourceType: 'Observation',\n status: 'final',\n subject: {\n reference: `Patient/${patientId}`,\n },\n };\n\n // Add value based on type (qualitative = string, quantitative = number)\n if (isQualitative) {\n fhirObs.valueString = String(observation.value);\n } else {\n fhirObs.valueQuantity = {\n code: ucumUnit,\n system: 'http://unitsofmeasure.org',\n unit: sourceUnit,\n value: observation.value as number,\n };\n\n // Reference range only applies to quantitative values\n const referenceRange = buildReferenceRanges(observation, sourceUnit, ucumUnit);\n if (referenceRange.length > 0) fhirObs.referenceRange = referenceRange;\n }\n\n return fhirObs;\n}\n\n/**\n * Convert generic lab report to FHIR DiagnosticReport\n */\nexport function labReportToFHIR(\n report: LabReportData,\n patientId: string,\n observationIds: string[],\n): Addressable<FHIRDiagnosticReport> {\n // Map processing status to FHIR status\n let status: FHIRDiagnosticReport['status'];\n switch (report.processingStatus) {\n case 'complete':\n status = 'final';\n break;\n case 'partial':\n status = 'partial';\n break;\n case 'pending_review':\n status = 'preliminary';\n break;\n default:\n status = 'final';\n }\n\n return {\n category: [\n {\n coding: [\n {\n code: 'LAB',\n display: 'Laboratory',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v2-0074',\n },\n ],\n },\n ],\n code: {\n coding: [\n {\n code: '11502-2', // Laboratory report\n display: 'Laboratory report',\n system: 'http://loinc.org',\n },\n ],\n text: 'Laboratory Results',\n },\n conclusion:\n report.overallStatus === 'NORMAL'\n ? 'All results within normal limits'\n : 'One or more abnormal results detected',\n conclusionCode:\n report.overallStatus === 'ANORMAL'\n ? [\n {\n coding: [\n {\n code: 'A',\n display: 'Abnormal',\n system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-ObservationInterpretation',\n },\n ],\n },\n ]\n : undefined,\n effectiveDateTime: report.collectionDate,\n id: report.reportId,\n issued: report.createdAt,\n performer: report.laboratoryName ? [{ display: report.laboratoryName }] : undefined,\n resourceType: 'DiagnosticReport',\n result: observationIds.map((id) => ({ reference: `Observation/${id}` })),\n status,\n subject: {\n reference: `Patient/${patientId}`,\n },\n };\n}\n\n/**\n * Convert user profile to FHIR Patient\n * NOTE: CPF is intentionally excluded for privacy (LGPD compliance)\n */\nexport function userProfileToFHIR(profile: UserProfileData): Addressable<FHIRPatient> {\n const nameParts = profile.name.split(' ');\n const given = nameParts.slice(0, -1);\n const family = nameParts[nameParts.length - 1] || '';\n\n return {\n address: profile.address\n ? [\n {\n city: profile.address.city,\n country: profile.address.country || 'BR',\n line: [\n profile.address.street && profile.address.number\n ? `${profile.address.street}, ${profile.address.number}`\n : profile.address.street,\n profile.address.complement,\n ].filter(Boolean) as string[],\n postalCode: profile.address.postalCode,\n state: profile.address.state,\n },\n ]\n : undefined,\n birthDate: profile.birthDate,\n gender: profile.gender,\n id: profile.userId,\n name: [\n {\n family,\n given: given.length > 0 ? given : undefined,\n text: profile.name,\n },\n ],\n resourceType: 'Patient',\n telecom:\n [\n ...(profile.email ? [{ system: 'email' as const, value: profile.email }] : []),\n ...(profile.phone ? [{ system: 'phone' as const, value: profile.phone }] : []),\n ].length > 0\n ? [\n ...(profile.email ? [{ system: 'email' as const, value: profile.email }] : []),\n ...(profile.phone ? [{ system: 'phone' as const, value: profile.phone }] : []),\n ]\n : undefined,\n };\n}\n\n/**\n * Convert complete lab result to FHIR Bundle\n * This is the main function for exporting lab results to FHIR R4 format\n */\nexport function labResultToFHIRBundle(\n report: LabReportData,\n observations: LabObservationData[],\n userProfile: UserProfileData,\n): FHIRBundle {\n const patientId = userProfile.userId;\n\n // Convert observations\n const fhirObservations = observations.map((obs) => {\n const resource = labObservationToFHIR(\n { ...obs, collectionDate: report.collectionDate },\n patientId,\n report.laboratoryName,\n );\n\n return { fullUrl: entryFullUrl(resource), resource };\n });\n\n // Os ids vêm dos recursos já montados, e não de uma segunda montagem da mesma\n // regra. O `DiagnosticReport.result` aponta para eles, e era aqui que a\n // referência se separava do recurso.\n const observationIds = fhirObservations.map((entry) => entry.resource.id);\n\n // Convert report\n const diagnosticReport = labReportToFHIR(report, patientId, observationIds);\n\n // Convert patient\n const fhirPatient = userProfileToFHIR(userProfile);\n\n return {\n entry: [\n { fullUrl: entryFullUrl(fhirPatient), resource: fhirPatient },\n { fullUrl: entryFullUrl(diagnosticReport), resource: diagnosticReport },\n ...fhirObservations,\n ],\n resourceType: 'Bundle',\n type: 'collection',\n };\n}\n"]}
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package/dist/cli.js
CHANGED
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@@ -2222,6 +2222,12 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
|
|
|
2222
2222
|
{
|
|
2223
2223
|
category: "composicao-corporal",
|
|
2224
2224
|
code: "VATVolume",
|
|
2225
|
+
// A tabela de tendência do DEXA traz a seção "Visceral Adipose Tissue (VAT)"
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2226
|
+
// com as colunas "Fat Mass" e "Volume", e o modelo nomeia a linha com o
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2227
|
+
// prefixo da seção. Antes do nome abaixo, o valor era gravado com o código
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2228
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+
// `UNKNOWN_` que fica aqui como alias, e o `normalizeCode` na leitura
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2229
|
+
// devolve as observações já gravadas para este código.
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2230
|
+
codeAliases: ["UNKNOWN_Visceral_Adipose_Tissue_VAT_Volume"],
|
|
2225
2231
|
// No official LOINC code exists for visceral adipose tissue volume
|
|
2226
2232
|
names: {
|
|
2227
2233
|
en: [
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|
@@ -2229,6 +2235,7 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
|
|
|
2229
2235
|
"VAT Volume",
|
|
2230
2236
|
"VATVolume",
|
|
2231
2237
|
"Visceral Adipose Tissue Volume",
|
|
2238
|
+
"Visceral Adipose Tissue (VAT) Volume",
|
|
2232
2239
|
"VAT",
|
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2233
2240
|
// "Visceral Fat" e "Gordura Visceral" nus não dizem qual das duas
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2234
2241
|
// medidas o laudo traz, então também estão no `VisceralFatLevel`. O
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@@ -2250,6 +2257,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
|
|
|
2250
2257
|
{
|
|
2251
2258
|
category: "composicao-corporal",
|
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2252
2259
|
code: "VATMass",
|
|
2260
|
+
// Mesmo caso do `VATVolume`: a coluna da tendência do DEXA é "Fat Mass", e
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2261
|
+
// o nome chega como "Visceral Adipose Tissue (VAT) Fat Mass".
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2262
|
+
codeAliases: ["UNKNOWN_Visceral_Adipose_Tissue_VAT_Fat_Mass"],
|
|
2253
2263
|
// No official LOINC code exists for visceral adipose tissue mass
|
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2254
2264
|
names: {
|
|
2255
2265
|
en: [
|
|
@@ -2257,6 +2267,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
|
|
|
2257
2267
|
"VAT Mass",
|
|
2258
2268
|
"VATMass",
|
|
2259
2269
|
"Visceral Adipose Tissue Mass",
|
|
2270
|
+
"Visceral Adipose Tissue (VAT) Fat Mass",
|
|
2271
|
+
"Visceral Adipose Tissue Fat Mass",
|
|
2272
|
+
"VAT Fat Mass",
|
|
2260
2273
|
"Visceral Adipose Tissue",
|
|
2261
2274
|
"Visceral Mass"
|
|
2262
2275
|
],
|
|
@@ -4812,13 +4825,15 @@ var biomarkerRangeDefinitions = {
|
|
|
4812
4825
|
}
|
|
4813
4826
|
]
|
|
4814
4827
|
},
|
|
4815
|
-
Basophils
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4816
|
-
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4817
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
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4818
|
-
},
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4828
|
+
// `Basophils` (%) fica sem faixa de propósito e `Basophils_Abs` usa os limites da
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4829
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+
// Tabela 2 da PNS 2019. Ver o comentário em `Neutrophils_Abs`.
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4819
4830
|
Basophils_Abs: {
|
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4820
|
-
default: { max: 0.
|
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4821
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
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4831
|
+
default: { max: 0.072, min: 0, unit: "K/uL" },
|
|
4832
|
+
source: "pns-hemograma-2019",
|
|
4833
|
+
variants: [
|
|
4834
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 0.062, min: 0, unit: "K/uL" }, sex: "M" },
|
|
4835
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 0.072, min: 0, unit: "K/uL" }, sex: "F" }
|
|
4836
|
+
]
|
|
4822
4837
|
},
|
|
4823
4838
|
Bicarbonate: {
|
|
4824
4839
|
default: { max: 29, min: 23, optimalMax: 28, optimalMin: 24, unit: "mEq/L" },
|
|
@@ -5112,14 +5127,15 @@ var biomarkerRangeDefinitions = {
|
|
|
5112
5127
|
// alterado qualquer idoso com função preservada.
|
|
5113
5128
|
source: "kdigo-ckd-2024"
|
|
5114
5129
|
},
|
|
5115
|
-
Eosinophils
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5116
|
-
|
|
5117
|
-
direction: "lower-better",
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5118
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
|
5119
|
-
},
|
|
5130
|
+
// `Eosinophils` (%) fica sem faixa de propósito e `Eosinophils_Abs` usa os limites da
|
|
5131
|
+
// Tabela 2 da PNS 2019. Ver o comentário em `Neutrophils_Abs`.
|
|
5120
5132
|
Eosinophils_Abs: {
|
|
5121
|
-
default: { max: 0.
|
|
5122
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
|
5133
|
+
default: { max: 0.66, min: 0, unit: "K/uL" },
|
|
5134
|
+
source: "pns-hemograma-2019",
|
|
5135
|
+
variants: [
|
|
5136
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 0.66, min: 0, unit: "K/uL" }, sex: "M" },
|
|
5137
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 0.55, min: 0, unit: "K/uL" }, sex: "F" }
|
|
5138
|
+
]
|
|
5123
5139
|
},
|
|
5124
5140
|
Omega3_EPA: {
|
|
5125
5141
|
default: { max: 3.5, min: 0.5, optimalMax: 2.5, optimalMin: 1, unit: "%" },
|
|
@@ -5571,13 +5587,15 @@ var biomarkerRangeDefinitions = {
|
|
|
5571
5587
|
direction: "lower-better",
|
|
5572
5588
|
source: "sbc-lipids-2025"
|
|
5573
5589
|
},
|
|
5574
|
-
Lymphocytes
|
|
5575
|
-
|
|
5576
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
|
5577
|
-
},
|
|
5590
|
+
// `Lymphocytes` (%) fica sem faixa de propósito e `Lymphocytes_Abs` usa os limites da
|
|
5591
|
+
// Tabela 2 da PNS 2019. Ver o comentário em `Neutrophils_Abs`.
|
|
5578
5592
|
Lymphocytes_Abs: {
|
|
5579
|
-
default: { max:
|
|
5580
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
|
5593
|
+
default: { max: 3.414, min: 0.72, unit: "K/uL" },
|
|
5594
|
+
source: "pns-hemograma-2019",
|
|
5595
|
+
variants: [
|
|
5596
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 3.37, min: 0.72, unit: "K/uL" }, sex: "M" },
|
|
5597
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 3.414, min: 0.796, unit: "K/uL" }, sex: "F" }
|
|
5598
|
+
]
|
|
5581
5599
|
},
|
|
5582
5600
|
Magnesium: {
|
|
5583
5601
|
default: { max: 2.2, min: 1.7, optimalMax: 2.1, optimalMin: 1.9, unit: "mg/dL" },
|
|
@@ -5611,13 +5629,15 @@ var biomarkerRangeDefinitions = {
|
|
|
5611
5629
|
default: { max: 378, min: 0, optimalMax: 270, optimalMin: 0, unit: "nmol/L" },
|
|
5612
5630
|
source: "tietz-7ed-2015"
|
|
5613
5631
|
},
|
|
5614
|
-
Monocytes
|
|
5615
|
-
|
|
5616
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
|
5617
|
-
},
|
|
5632
|
+
// `Monocytes` (%) fica sem faixa de propósito e `Monocytes_Abs` usa os limites da
|
|
5633
|
+
// Tabela 2 da PNS 2019. Ver o comentário em `Neutrophils_Abs`.
|
|
5618
5634
|
Monocytes_Abs: {
|
|
5619
|
-
default: { max: 0.
|
|
5620
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
|
5635
|
+
default: { max: 0.812, min: 0.011, unit: "K/uL" },
|
|
5636
|
+
source: "pns-hemograma-2019",
|
|
5637
|
+
variants: [
|
|
5638
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 0.812, min: 0.011, unit: "K/uL" }, sex: "M" },
|
|
5639
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 0.692, min: 0.022, unit: "K/uL" }, sex: "F" }
|
|
5640
|
+
]
|
|
5621
5641
|
},
|
|
5622
5642
|
MPV: {
|
|
5623
5643
|
default: { max: 11.5, min: 7.5, optimalMax: 10.5, optimalMin: 8, unit: "fL" },
|
|
@@ -5628,15 +5648,32 @@ var biomarkerRangeDefinitions = {
|
|
|
5628
5648
|
default: { max: 470, min: 0, optimalMax: 322, optimalMin: 0, unit: "pmol/L" },
|
|
5629
5649
|
source: "meuwese-mpo-2007"
|
|
5630
5650
|
},
|
|
5631
|
-
//
|
|
5632
|
-
|
|
5633
|
-
|
|
5634
|
-
|
|
5635
|
-
|
|
5636
|
-
//
|
|
5651
|
+
// Leucograma diferencial em percentual (`Neutrophils`, `Lymphocytes`,
|
|
5652
|
+
// `Monocytes`, `Eosinophils`, `Basophils`) fica sem faixa de propósito.
|
|
5653
|
+
// As faixas em % que existiam aqui citavam `pns-hemograma-2019`, mas o
|
|
5654
|
+
// artigo (ROSENFELD et al., Rev. Bras. Epidemiol., v. 22, supl. 2, 2019,
|
|
5655
|
+
// DOI 10.1590/1980-549720190003.supl.2) publica o diferencial só em
|
|
5656
|
+
// contagem absoluta por mm³, separado por sexo (Tabela 2: basófilos 0–62
|
|
5657
|
+
// em homens e 0–72 em mulheres, eosinófilos 0–660 e 0–550, e assim por
|
|
5658
|
+
// diante). Não há intervalo percentual em nenhuma tabela. Sem fonte, a
|
|
5659
|
+
// lacuna é melhor que um intervalo inventado: o consumidor usa a faixa
|
|
5660
|
+
// impressa no laudo, como já acontece com `Glucose`.
|
|
5661
|
+
//
|
|
5662
|
+
// Diferencial absoluto (`*_Abs`): limites inferior e superior da Tabela 2
|
|
5663
|
+
// do mesmo artigo, por sexo, exatamente como publicados. São limites da
|
|
5664
|
+
// distribuição amostral de adultos (18 anos ou mais), não cortes clínicos.
|
|
5665
|
+
// O artigo informa células/mm³ (= células/µL); aqui a unidade é K/uL, então
|
|
5666
|
+
// cada limite foi dividido por 1.000 sem arredondar (62/mm³ = 0,062 K/uL).
|
|
5667
|
+
// O artigo não publica faixa ótima, por isso não há optimalMin/optimalMax.
|
|
5668
|
+
// Quando o sexo não é informado, o default é a união das duas faixas
|
|
5669
|
+
// (menor mínimo e maior máximo entre homens e mulheres).
|
|
5637
5670
|
Neutrophils_Abs: {
|
|
5638
|
-
default: { max:
|
|
5639
|
-
source: "pns-hemograma-2019"
|
|
5671
|
+
default: { max: 6.474, min: 0.576, unit: "K/uL" },
|
|
5672
|
+
source: "pns-hemograma-2019",
|
|
5673
|
+
variants: [
|
|
5674
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 5.971, min: 0.576, unit: "K/uL" }, sex: "M" },
|
|
5675
|
+
{ ageMin: 18, range: { max: 6.474, min: 0.612, unit: "K/uL" }, sex: "F" }
|
|
5676
|
+
]
|
|
5640
5677
|
},
|
|
5641
5678
|
NonHDL_Cholesterol: {
|
|
5642
5679
|
default: { max: 130, min: 0, optimalMax: 100, optimalMin: 0, unit: "mg/dL" },
|
|
@@ -6755,7 +6792,7 @@ async function main() {
|
|
|
6755
6792
|
strict: false
|
|
6756
6793
|
});
|
|
6757
6794
|
if (values.version) {
|
|
6758
|
-
process.stdout.write(`${"0.31.
|
|
6795
|
+
process.stdout.write(`${"0.31.2"}
|
|
6759
6796
|
`);
|
|
6760
6797
|
return;
|
|
6761
6798
|
}
|
package/dist/converter.cjs
CHANGED
|
@@ -3,14 +3,14 @@
|
|
|
3
3
|
|
|
4
4
|
|
|
5
5
|
|
|
6
|
-
var
|
|
6
|
+
var _chunkYX6B5YFJcjs = require('./chunk-YX6B5YFJ.cjs');
|
|
7
7
|
require('./chunk-OR67NJDZ.cjs');
|
|
8
|
-
require('./chunk-
|
|
8
|
+
require('./chunk-3GN33H37.cjs');
|
|
9
9
|
require('./chunk-MJ254F5K.cjs');
|
|
10
10
|
|
|
11
11
|
|
|
12
12
|
|
|
13
13
|
|
|
14
14
|
|
|
15
|
-
exports.labObservationToFHIR =
|
|
15
|
+
exports.labObservationToFHIR = _chunkYX6B5YFJcjs.labObservationToFHIR; exports.labReportToFHIR = _chunkYX6B5YFJcjs.labReportToFHIR; exports.labResultToFHIRBundle = _chunkYX6B5YFJcjs.labResultToFHIRBundle; exports.userProfileToFHIR = _chunkYX6B5YFJcjs.userProfileToFHIR;
|
|
16
16
|
//# sourceMappingURL=converter.cjs.map
|
package/dist/converter.js
CHANGED
|
@@ -3,9 +3,9 @@ import {
|
|
|
3
3
|
labReportToFHIR,
|
|
4
4
|
labResultToFHIRBundle,
|
|
5
5
|
userProfileToFHIR
|
|
6
|
-
} from "./chunk-
|
|
6
|
+
} from "./chunk-WRDWLWU2.js";
|
|
7
7
|
import "./chunk-A6HR4XDK.js";
|
|
8
|
-
import "./chunk-
|
|
8
|
+
import "./chunk-FSAQ3USO.js";
|
|
9
9
|
import "./chunk-R4MUCMO3.js";
|
|
10
10
|
export {
|
|
11
11
|
labObservationToFHIR,
|
package/dist/importer.cjs
CHANGED
|
@@ -4,9 +4,9 @@
|
|
|
4
4
|
|
|
5
5
|
|
|
6
6
|
|
|
7
|
-
var
|
|
7
|
+
var _chunkKL5SYSYZcjs = require('./chunk-KL5SYSYZ.cjs');
|
|
8
8
|
require('./chunk-OR67NJDZ.cjs');
|
|
9
|
-
require('./chunk-
|
|
9
|
+
require('./chunk-3GN33H37.cjs');
|
|
10
10
|
require('./chunk-3ILBFLVQ.cjs');
|
|
11
11
|
|
|
12
12
|
|
|
@@ -14,5 +14,5 @@ require('./chunk-3ILBFLVQ.cjs');
|
|
|
14
14
|
|
|
15
15
|
|
|
16
16
|
|
|
17
|
-
exports.MAX_FILE_SIZE =
|
|
17
|
+
exports.MAX_FILE_SIZE = _chunkKL5SYSYZcjs.MAX_FILE_SIZE; exports.MAX_OBSERVATIONS = _chunkKL5SYSYZcjs.MAX_OBSERVATIONS; exports.extractObservationsFromBundle = _chunkKL5SYSYZcjs.extractObservationsFromBundle; exports.mapFHIRObservationToInternal = _chunkKL5SYSYZcjs.mapFHIRObservationToInternal; exports.processImportBundle = _chunkKL5SYSYZcjs.processImportBundle;
|
|
18
18
|
//# sourceMappingURL=importer.cjs.map
|
package/dist/importer.js
CHANGED
|
@@ -4,9 +4,9 @@ import {
|
|
|
4
4
|
extractObservationsFromBundle,
|
|
5
5
|
mapFHIRObservationToInternal,
|
|
6
6
|
processImportBundle
|
|
7
|
-
} from "./chunk-
|
|
7
|
+
} from "./chunk-XX7KTBUX.js";
|
|
8
8
|
import "./chunk-A6HR4XDK.js";
|
|
9
|
-
import "./chunk-
|
|
9
|
+
import "./chunk-FSAQ3USO.js";
|
|
10
10
|
import "./chunk-N3ZCOLG2.js";
|
|
11
11
|
export {
|
|
12
12
|
MAX_FILE_SIZE,
|
package/dist/index.cjs
CHANGED
|
@@ -5,14 +5,14 @@
|
|
|
5
5
|
|
|
6
6
|
|
|
7
7
|
|
|
8
|
-
var
|
|
8
|
+
var _chunkYX6B5YFJcjs = require('./chunk-YX6B5YFJ.cjs');
|
|
9
9
|
|
|
10
10
|
|
|
11
11
|
|
|
12
12
|
|
|
13
13
|
|
|
14
14
|
|
|
15
|
-
var
|
|
15
|
+
var _chunkKL5SYSYZcjs = require('./chunk-KL5SYSYZ.cjs');
|
|
16
16
|
|
|
17
17
|
|
|
18
18
|
|
|
@@ -49,7 +49,7 @@ var _chunkOR67NJDZcjs = require('./chunk-OR67NJDZ.cjs');
|
|
|
49
49
|
|
|
50
50
|
|
|
51
51
|
|
|
52
|
-
var
|
|
52
|
+
var _chunk3GN33H37cjs = require('./chunk-3GN33H37.cjs');
|
|
53
53
|
|
|
54
54
|
|
|
55
55
|
|
|
@@ -57,7 +57,7 @@ var _chunkM6TGECTKcjs = require('./chunk-M6TGECTK.cjs');
|
|
|
57
57
|
|
|
58
58
|
|
|
59
59
|
|
|
60
|
-
var
|
|
60
|
+
var _chunkEWX7VXN3cjs = require('./chunk-EWX7VXN3.cjs');
|
|
61
61
|
|
|
62
62
|
|
|
63
63
|
|
|
@@ -234,14 +234,14 @@ function interventionToFHIRObservation(intervention, patientId) {
|
|
|
234
234
|
}
|
|
235
235
|
function interventionsToFHIRBundle(interventions, userProfile) {
|
|
236
236
|
const patientId = userProfile.userId;
|
|
237
|
-
const fhirPatient =
|
|
237
|
+
const fhirPatient = _chunkYX6B5YFJcjs.userProfileToFHIR.call(void 0, userProfile);
|
|
238
238
|
const entries = interventions.map((intervention) => {
|
|
239
239
|
const isMedication = intervention.type === "medication" || intervention.type === "supplement";
|
|
240
240
|
const resource = isMedication ? interventionToFHIRMedicationStatement(intervention, patientId) : interventionToFHIRObservation(intervention, patientId);
|
|
241
|
-
return { fullUrl:
|
|
241
|
+
return { fullUrl: _chunkYX6B5YFJcjs.entryFullUrl.call(void 0, resource), resource };
|
|
242
242
|
});
|
|
243
243
|
return {
|
|
244
|
-
entry: [{ fullUrl:
|
|
244
|
+
entry: [{ fullUrl: _chunkYX6B5YFJcjs.entryFullUrl.call(void 0, fhirPatient), resource: fhirPatient }, ...entries],
|
|
245
245
|
resourceType: "Bundle",
|
|
246
246
|
type: "collection"
|
|
247
247
|
};
|
|
@@ -738,5 +738,5 @@ var specimenTypeCoding = (text) => BY_NORMALIZED_TEXT.get(normalize(text));
|
|
|
738
738
|
|
|
739
739
|
|
|
740
740
|
|
|
741
|
-
exports.AGE_BRACKETS = AGE_BRACKETS; exports.BIOMARKER_CODE_SYSTEM = _chunkOR67NJDZcjs.BIOMARKER_CODE_SYSTEM; exports.BIOMARKER_DEFAULT_UNIT = _chunkMJ254F5Kcjs.BIOMARKER_DEFAULT_UNIT; exports.BIOMARKER_DEFINITIONS =
|
|
741
|
+
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742
742
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CHANGED
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@@ -5,14 +5,14 @@ import {
|
|
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5
5
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labReportToFHIR,
|
|
6
6
|
labResultToFHIRBundle,
|
|
7
7
|
userProfileToFHIR
|
|
8
|
-
} from "./chunk-
|
|
8
|
+
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|
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9
9
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import {
|
|
10
10
|
MAX_FILE_SIZE,
|
|
11
11
|
MAX_OBSERVATIONS,
|
|
12
12
|
extractObservationsFromBundle,
|
|
13
13
|
mapFHIRObservationToInternal,
|
|
14
14
|
processImportBundle
|
|
15
|
-
} from "./chunk-
|
|
15
|
+
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|
|
16
16
|
import {
|
|
17
17
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BIOMARKER_CODE_SYSTEM,
|
|
18
18
|
LOINC_SYSTEM
|
|
@@ -49,7 +49,7 @@ import {
|
|
|
49
49
|
normalizeCode,
|
|
50
50
|
toBiomarkerTests,
|
|
51
51
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validateLoincNameMatch
|
|
52
|
-
} from "./chunk-
|
|
52
|
+
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|
|
53
53
|
import {
|
|
54
54
|
applyFallbackReferenceRanges,
|
|
55
55
|
biomarkerRangeDefinitions,
|
|
@@ -57,7 +57,7 @@ import {
|
|
|
57
57
|
getFallbackReferenceRange,
|
|
58
58
|
getRangeDirection,
|
|
59
59
|
getReferenceRange
|
|
60
|
-
} from "./chunk-
|
|
60
|
+
} from "./chunk-CL2HNUGG.js";
|
|
61
61
|
import {
|
|
62
62
|
BIOMARKER_DEFAULT_UNIT,
|
|
63
63
|
BIOMARKER_UNITS,
|
|
@@ -5,7 +5,7 @@
|
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5
5
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6
6
|
|
|
7
7
|
|
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8
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-
var
|
|
8
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+
var _chunkEWX7VXN3cjs = require('./chunk-EWX7VXN3.cjs');
|
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9
9
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require('./chunk-MJ254F5K.cjs');
|
|
10
10
|
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11
11
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@@ -14,5 +14,5 @@ require('./chunk-MJ254F5K.cjs');
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14
14
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15
15
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|
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16
16
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17
|
-
exports.applyFallbackReferenceRanges =
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17
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+
exports.applyFallbackReferenceRanges = _chunkEWX7VXN3cjs.applyFallbackReferenceRanges; exports.biomarkerRangeDefinitions = _chunkEWX7VXN3cjs.biomarkerRangeDefinitions; exports.defaultReferenceRanges = _chunkEWX7VXN3cjs.defaultReferenceRanges; exports.getFallbackReferenceRange = _chunkEWX7VXN3cjs.getFallbackReferenceRange; exports.getRangeDirection = _chunkEWX7VXN3cjs.getRangeDirection; exports.getReferenceRange = _chunkEWX7VXN3cjs.getReferenceRange;
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18
18
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//# sourceMappingURL=reference-ranges.cjs.map
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CHANGED
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CHANGED