@noyrax/5d-database-plugin 0.1.6 → 0.1.8-beta.1

package/MCP_SERVER_SETUP.md

@@ -92,6 +92,12 @@ noyrax-5d-database-tool <workspace-root> learning_path <topic>
 
 # Cross Analysis
 noyrax-5d-database-tool <workspace-root> cross_analysis <filePath>
+
+# Gap Analysis (ab Version 0.1.8)
+noyrax-5d-database-tool <workspace-root> gap_analysis [--min-deps N] [--limit N]
+
+# Architecture Mining (ab Version 0.1.8)
+noyrax-5d-database-tool <workspace-root> architecture_mining [filePath]
 ```
 
 ### Semantic-Search-CLI (V-Dimension)
@@ -189,6 +195,10 @@ Der MCP-Server stellt folgende Tools bereit:
 | `query_symbols` | Query Symbols nach path oder symbolId | `path?`, `symbolId?`, `pluginId` |
 | `query_dependencies` | Query Dependencies nach fromModule oder toModule | `fromModule?`, `toModule?`, `pluginId` |
 | `cross_analysis` | Cross-Dimension-Analyse für filePath | `filePath`, `pluginId` |
+| `gap_analysis` | Findet Dokumentationslücken (Module mit vielen Dependencies aber wenigen ADRs) | `pluginId`, `minDependencies?` (default: 5), `limit?` (default: 50) |
+| `architecture_mining` | Leitet Architektur-Entscheidungen aus Code-Struktur ab | `pluginId`, `filePath?` (optional, für spezifische Datei) |
+| `generate_documentation` | Generiert Dokumentation mit Noyrax (scan → validate → generate) | `pluginId` |
+| `check_docs_status` | Prüft ob docs/ existiert und aktuell ist | `pluginId` |
 
 ## Verfügbare Resources
 
@@ -356,4 +366,8 @@ chmod +x out/cli/mcp-server-cli.js
 - Siehe ADR-007 für MCP-Server-Architektur-Details
 - Siehe ADR-028 für Semantic Brain MCP-Tools
 - Siehe ADR-033 für MCP-Server CLI-Integration und System-Kopplung
+- Siehe ADR-034 für Gap Analysis Tool
+- Siehe ADR-035 für Architecture Mining Tool
+
+**Hinweis:** Die Tools `gap_analysis` und `architecture_mining` sind ab Version 0.1.8 verfügbar.
 

package/README.md

@@ -16,6 +16,13 @@ Noyrax (Documentation System) → generiert docs/ → 5D Database Plugin → SQL
 - **5D Database Plugin** liest `docs/` und speichert die Daten in SQLite-Datenbanken
 - **MCP-Server** ermöglicht LLM-Agenten-Zugriff auf die Datenbanken
 
+### Monorepo-Integration
+
+In diesem Workspace sind beide Plugins als Monorepo integriert:
+- `documentation-system-plugin/` - Noyrax Documentation System Plugin
+- `5d-database-plugin/` - 5D Database Plugin
+- `docs/` - Gemeinsam genutzte Dokumentation
+
 Siehe `SETUP_NEW_PROJECT.md` für vollständigen Setup-Workflow.
 
 ## Übersicht
@@ -35,14 +42,39 @@ Das 5D Database Plugin speichert die 5 Dimensionen des Documentation System Plug
 - **Cross-Dimension-Queries** - Verknüpfungen zwischen Dimensionen
 - **MCP-Server Integration** - Systemweiter Zugriff via Model Context Protocol
 - **VS Code UI** - Database Explorer und Status Bar Integration
+- **Monorepo-Integration** - Noyrax und 5D Database Plugin im gleichen Workspace
+- **Workflow-Orchestrierung** - Vollständiger Workflow (Generate Docs → Ingest → Embeddings)
 
 ## Installation
 
-⚠️ **Voraussetzung: Documentation System Plugin (Noyrax) muss installiert sein und `docs/` generiert haben!**
+### Via npm (Recommended for CLI Tools)
 
-Siehe `SETUP_NEW_PROJECT.md` für vollständige Anleitung mit beiden Plugins.
+```bash
+npm install -g @noyrax/5d-database-plugin
+```
+
+**Available CLI Tools:**
+- `noyrax-5d-database` - Ingest documentation
+- `noyrax-5d-database-query` - Query database
+- `noyrax-5d-database-tool` - Use MCP tools directly
+- `noyrax-5d-database-search` - Semantic search
+- `noyrax-5d-database-embedding` - Generate embeddings
+
+**Example:**
+```bash
+# Ingest documentation
+noyrax-5d-database ingest /path/to/workspace
 
-### Schnellstart
+# Query modules
+noyrax-5d-database-query /path/to/workspace modules src/api/user-service.ts
+
+# Semantic search
+noyrax-5d-database-tool /path/to/workspace semantic_discovery "How does authentication work?" 5
+```
+
+### Via VS Code Extension
+
+⚠️ **Voraussetzung: Documentation System Plugin (Noyrax) muss installiert sein und `docs/` generiert haben!**
 
 1. **Documentation System Plugin (Noyrax) installieren** und `docs/` generieren
 2. **5D Database Plugin installieren:**
@@ -53,6 +85,8 @@ Siehe `SETUP_NEW_PROJECT.md` für vollständige Anleitung mit beiden Plugins.
 4. **Extension aktiviert sich automatisch** beim Start
 5. **Ingestion ausführen:** `Ctrl+Shift+P` → "Ingest Documentation"
 
+Siehe `SETUP_NEW_PROJECT.md` für vollständige Anleitung mit beiden Plugins.
+
 ## Verwendung
 
 ### Ingestion
@@ -125,6 +159,8 @@ Der MCP-Server bietet Zugriff auf alle Dimensionen via Model Context Protocol:
   - `query_modules`, `query_symbols`, `query_dependencies`, `cross_analysis`
   - `gap_analysis` - Systematische Dokumentationslücken-Identifikation
   - `architecture_mining` - Rückwirkende Architektur-Entscheidungs-Erkennung aus Code
+  - `generate_documentation` - Dokumentation generieren (Noyrax-Integration)
+  - `check_docs_status` - Prüft ob docs/ existiert und aktuell ist
 
 Siehe `MCP_SERVER_SETUP.md` für detaillierte Setup-Anleitung für LLM-Agenten.
 
@@ -234,6 +270,16 @@ Siehe `CHROMADB_SETUP.md` für ChromaDB-Konfiguration.
 - **`CHROMADB_SETUP.md`** - ChromaDB-Installation und -Konfiguration (Windows)
 - **`docs/adr/`** - Architecture Decision Records (32 ADRs dokumentieren alle Entscheidungen)
 
+## Strategische Vision
+
+- **[`../../VISION.md`](../../VISION.md)** - Vision: Autonome KI-gesteuerte Softwareentwicklung
+- **[`../../INNOVATION_ANALYSIS.md`](../../INNOVATION_ANALYSIS.md)** - Innovations-Analyse: Was macht das System besonders?
+- **[`../../PROBLEM_SOLUTION_MAPPING.md`](../../PROBLEM_SOLUTION_MAPPING.md)** - Problem-Lösung-Mapping
+- **[`../../AI_CODING_IMPLICATIONS.md`](../../AI_CODING_IMPLICATIONS.md)** - AI-Coding Implications
+- **[`../../BUSINESS_IMPACT.md`](../../BUSINESS_IMPACT.md)** - Business Impact: Kosteneinsparungen
+- **[`../../QUALITY_IMPROVEMENT.md`](../../QUALITY_IMPROVEMENT.md)** - Qualitätsverbesserung
+- **[`../../DOMAIN_TRANSFERABILITY.md`](../../DOMAIN_TRANSFERABILITY.md)** - Domänen-Transferfähigkeit
+
 ## License
 
 MIT

package/SETUP_NEW_PROJECT.md

@@ -13,12 +13,42 @@ Die beiden Plugins sind eng gekoppelt:
 - **5D Database Plugin** liest `docs/` und speichert die Daten in SQLite-Datenbanken
 - **MCP-Server** ermöglicht LLM-Agenten-Zugriff auf die Datenbanken
 
+### Monorepo-Integration
+
+In diesem Workspace sind beide Plugins als Monorepo integriert:
+- `documentation-system-plugin/` - Noyrax Documentation System Plugin
+- `5d-database-plugin/` - 5D Database Plugin
+- `docs/` - Gemeinsam genutzte Dokumentation
+
+**Vorteile der Monorepo-Integration:**
+- Beide Plugins im gleichen Workspace
+- Einfache Workflow-Koordination
+- MCP-Server kann auf beide Plugins zugreifen
+- Gemeinsame `docs/` Ordnerstruktur
+
 ## Voraussetzungen
 
 1. **Node.js installiert** (Version 16.x oder höher)
 2. **(Optional) VS Code** für UI-Integration
 3. **Beide Plugins müssen installiert werden** (Noyrax + 5D Database)
 
+### Monorepo-Setup (Dieser Workspace)
+
+Wenn beide Plugins im gleichen Workspace sind (Monorepo):
+
+```bash
+# Workspace-Root: Alle Dependencies installieren
+npm install
+
+# Alle Plugins kompilieren
+npm run compile:all
+
+# Vollständiger Workflow (Generate Docs → Ingest → Embeddings)
+npm run workflow:full
+```
+
+Siehe `README.md` (Workspace-Root) für vollständige Workspace-Dokumentation.
+
 ## Schritt 1: Documentation System Plugin (Noyrax) installieren
 
 ### Option A: VS Code Extension
@@ -69,7 +99,22 @@ noyrax-documentation generate /path/to/your-project
 
 Jetzt installieren wir das 5D Database Plugin, das die generierte Dokumentation in Datenbanken speichert.
 
-### Option A: VS Code Extension
+### Monorepo (Dieser Workspace)
+
+Das 5D Database Plugin ist bereits im Workspace integriert. Ingestion kann via Workspace-Scripts ausgeführt werden:
+
+```bash
+# Dokumentation ingestieren
+npm run db:ingest
+
+# Embeddings generieren
+npm run db:embedding
+
+# Vollständiger Workflow (Generate Docs → Ingest → Embeddings)
+npm run workflow:full
+```
+
+### Option A: VS Code Extension (Separate Plugins)
 
 ```bash
 code --install-extension 5d-database-plugin-0.1.0.vsix
@@ -140,19 +185,148 @@ noyrax-5d-database ingest /path/to/your-project --full
 [Ingest CLI] Ingestion completed successfully
 ```
 
-## Schritt 6: (Optional) MCP-Server für LLM-Agenten konfigurieren
+## Schritt 6: Unified MCP Server Setup
+
+Der Unified MCP Server orchestriert beide Plugins und bietet einen zentralen Zugriff für AI-Agenten (Cursor, VS Code, Claude Desktop).
+
+### Schritt 6.1: MCP Server kompilieren
+
+```bash
+# MCP Server kompilieren
+npm run mcp:build
+
+# Oder direkt
+cd mcp-server
+npm run compile
+```
 
-Wenn du LLM-Agenten (Claude, GPT, Cursor AI) nutzen möchtest, konfiguriere den MCP-Server.
+**Verifikation:**
+```bash
+# Prüfen ob MCP Server kompiliert wurde
+Test-Path mcp-server/out/cli/server-cli.js
+```
 
-Siehe `MCP_SERVER_SETUP.md` für detaillierte Anleitung.
+### Schritt 6.2: MCP Server testen
 
-**Kurzfassung:**
 ```bash
-# MCP-Server starten
-noyrax-5d-database-mcp /path/to/your-project
+# MCP Server starten (für Testing)
+npm run mcp:start .
+
+# Oder direkt
+node mcp-server/out/cli/server-cli.js .
+```
+
+**Erwartete Ausgabe:**
+```
+[UnifiedMcpServer] Initializing...
+[UnifiedMcpServer] Database Plugin available: true
+[UnifiedMcpServer] Documentation Plugin available: true
+[UnifiedMcpServer] Registered 20 tools
+[UnifiedMcpServer] Server ready
+```
+
+### Schritt 6.3: Cursor Konfiguration
+
+Erstellen Sie `.cursor/mcp-config.json` im Workspace-Root:
+
+```json
+{
+  "mcpServers": {
+    "noyrax": {
+      "command": "node",
+      "args": [
+        "${workspaceFolder}/mcp-server/out/cli/server-cli.js",
+        "${workspaceFolder}"
+      ],
+      "env": {
+        "NODE_ENV": "production"
+      }
+    }
+  }
+}
+```
+
+**Nach Konfiguration:**
+1. Cursor vollständig schließen
+2. Cursor neu öffnen
+3. MCP Server sollte automatisch verbinden
+
+**Verifikation:**
+- Öffnen Sie Cursor Chat
+- Fragen Sie: "Was ist das System?" oder "System-Status prüfen"
+- Der AI-Agent sollte über MCP Server Tools zugreifen können
+
+Siehe [mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md](../mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md) für detaillierte Cursor-Konfiguration.
+
+### Schritt 6.4: VS Code Konfiguration
+
+Erstellen Sie `.vscode/settings.json` im Workspace-Root:
+
+```json
+{
+  "mcp.servers": {
+    "noyrax": {
+      "command": "node",
+      "args": [
+        "${workspaceFolder}/mcp-server/out/cli/server-cli.js",
+        "${workspaceFolder}"
+      ],
+      "env": {
+        "NODE_ENV": "production"
+      }
+    }
+  }
+}
 ```
 
-Oder konfiguriere Claude Desktop (siehe `MCP_SERVER_SETUP.md`).
+**Nach Konfiguration:**
+1. `Ctrl+Shift+P` → "Developer: Reload Window"
+2. MCP Server sollte automatisch verbinden
+
+**Verifikation:**
+- Öffnen Sie GitHub Copilot Chat
+- Fragen Sie: "Was ist das System?" oder "System-Status prüfen"
+- Der AI-Agent sollte über MCP Server Tools zugreifen können
+
+Siehe [mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md](../mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md) für detaillierte VS Code-Konfiguration.
+
+### Schritt 6.5: Claude Desktop Konfiguration (Optional)
+
+Falls Sie Claude Desktop nutzen möchten:
+
+**Windows:**
+```
+%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
+```
+
+**macOS:**
+```
+~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
+```
+
+**Linux:**
+```
+~/.config/Claude/claude_desktop_config.json
+```
+
+**Konfiguration:**
+```json
+{
+  "mcpServers": {
+    "noyrax": {
+      "command": "node",
+      "args": [
+        "D:/path/to/workspace/mcp-server/out/cli/server-cli.js",
+        "${workspaceFolder}"
+      ]
+    }
+  }
+}
+```
+
+**Hinweis:** Verwenden Sie absolute Pfade für Claude Desktop.
+
+Siehe [mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md](../mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md) für detaillierte Claude Desktop-Konfiguration.
 
 ## Workflow für Updates
 
@@ -191,7 +365,55 @@ Nach dem Setup solltest du haben:
    - `dependencies.db` (Z-Dimension)
    - `adrs.db` (W-Dimension)
    - `changes.db` (T-Dimension)
-3. ✅ (Optional) `.semantic-brain/` Ordner mit Vektordatenbank (wenn Embeddings generiert wurden)
+   - `vectors.db` (V-Dimension: Embeddings)
+3. ✅ MCP Server kompiliert (`mcp-server/out/cli/server-cli.js` existiert)
+4. ✅ Cursor/VS Code konfiguriert (`.cursor/mcp-config.json` oder `.vscode/settings.json` existiert)
+
+### System-Status prüfen
+
+**Via MCP Server (wenn konfiguriert):**
+
+In Cursor/VS Code Chat:
+```
+System-Status prüfen
+```
+
+Oder nutzen Sie das Tool direkt:
+```
+workflow/check_status
+```
+
+**Via CLI (Fallback):**
+
+```bash
+# System-Übersicht
+node 5d-database-plugin/out/cli/tool-cli.js . system_explanation
+
+# System-Status (falls verfügbar)
+node mcp-server/out/cli/server-cli.js .  # MCP Server starten
+```
+
+### Erste Nutzung
+
+Nach erfolgreicher Installation können Sie die Tools nutzen:
+
+**In Cursor/VS Code Chat:**
+- "Was ist das System?" → Nutzt `system_explanation` Tool
+- "Wie funktioniert X?" → Nutzt `semantic_discovery` Tool
+- "Welche ADRs gibt es?" → Nutzt `query_adrs` Tool
+- "System-Status prüfen" → Nutzt `workflow/check_status` Tool
+
+**Via CLI (Fallback):**
+```bash
+# System-Übersicht
+node 5d-database-plugin/out/cli/tool-cli.js . bootstrap
+
+# Semantic Search
+node 5d-database-plugin/out/cli/tool-cli.js . semantic_discovery "Wie funktioniert X?" 5
+
+# ADR abfragen (korrekte Syntax)
+node 5d-database-plugin/out/cli/query-cli.js . adrs --number 040
+```
 
 ## Troubleshooting
 
@@ -242,19 +464,28 @@ Nach dem Setup solltest du haben:
 
 ## Nächste Schritte
 
-- **MCP-Server Setup:** Siehe `MCP_SERVER_SETUP.md`
+- **MCP-Server Setup:** Siehe [mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md](../mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md) für vollständige Anleitung
 - **Semantic Search:** Siehe `README.md` - Semantic Brain Features
 - **Architektur:** Siehe `docs/adr/` für Architecture Decision Records
+- **Cursor Rules:** Siehe `.cursor/rules/` für AI-Agent Workflows
 
 ## Zusammenfassung
 
 Der Setup-Workflow ist immer derselbe:
 
 ```
-1. Noyrax installieren → docs/ generieren
-2. 5D Database Plugin installieren → docs/ ingestieren
-3. (Optional) MCP-Server konfigurieren → LLM-Agenten nutzen
+1. Dependencies installieren → npm install
+2. Alle Plugins kompilieren → npm run compile:all
+3. Dokumentation generieren → npm run docs:full .
+4. Datenbanken ingestieren → npm run db:ingest .
+5. Embeddings generieren → npm run db:embedding .
+6. MCP Server kompilieren → npm run mcp:build
+7. Cursor/VS Code konfigurieren → .cursor/mcp-config.json oder .vscode/settings.json
+8. System testen → "System-Status prüfen" in Chat
 ```
 
-**Wichtig:** Beide Plugins sind gekoppelt und müssen zusammen verwendet werden!
+**Wichtig:** 
+- Beide Plugins sind gekoppelt und müssen zusammen verwendet werden!
+- Unified MCP Server orchestriert beide Plugins und bietet zentralen Zugriff
+- Siehe [mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md](../mcp-server/INSTALLATION_GUIDE.md) für vollständige Anleitung
 

package/out/cli/merge-workspaces-cli.d.ts

@@ -0,0 +1,3 @@
+#!/usr/bin/env node
+export {};
+//# sourceMappingURL=merge-workspaces-cli.d.ts.map

package/out/cli/merge-workspaces-cli.d.ts.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"merge-workspaces-cli.d.ts","sourceRoot":"","sources":["../../src/cli/merge-workspaces-cli.ts"],"names":[],"mappings":""}

package/out/cli/merge-workspaces-cli.js

@@ -0,0 +1,199 @@
+#!/usr/bin/env node
+"use strict";
+var __createBinding = (this && this.__createBinding) || (Object.create ? (function(o, m, k, k2) {
+    if (k2 === undefined) k2 = k;
+    var desc = Object.getOwnPropertyDescriptor(m, k);
+    if (!desc || ("get" in desc ? !m.__esModule : desc.writable || desc.configurable)) {
+      desc = { enumerable: true, get: function() { return m[k]; } };
+    }
+    Object.defineProperty(o, k2, desc);
+}) : (function(o, m, k, k2) {
+    if (k2 === undefined) k2 = k;
+    o[k2] = m[k];
+}));
+var __setModuleDefault = (this && this.__setModuleDefault) || (Object.create ? (function(o, v) {
+    Object.defineProperty(o, "default", { enumerable: true, value: v });
+}) : function(o, v) {
+    o["default"] = v;
+});
+var __importStar = (this && this.__importStar) || (function () {
+    var ownKeys = function(o) {
+        ownKeys = Object.getOwnPropertyNames || function (o) {
+            var ar = [];
+            for (var k in o) if (Object.prototype.hasOwnProperty.call(o, k)) ar[ar.length] = k;
+            return ar;
+        };
+        return ownKeys(o);
+    };
+    return function (mod) {
+        if (mod && mod.__esModule) return mod;
+        var result = {};
+        if (mod != null) for (var k = ownKeys(mod), i = 0; i < k.length; i++) if (k[i] !== "default") __createBinding(result, mod, k[i]);
+        __setModuleDefault(result, mod);
+        return result;
+    };
+})();
+Object.defineProperty(exports, "__esModule", { value: true });
+const path = __importStar(require("path"));
+const fs = __importStar(require("fs"));
+const dotenv_1 = require("dotenv");
+const multi_db_manager_1 = require("../core/multi-db-manager");
+const migration_manager_1 = require("../core/migration-manager");
+const ingestion_orchestrator_1 = require("../services/ingestion-orchestrator");
+const docs_path_resolver_1 = require("../core/docs-path-resolver");
+const crypto = __importStar(require("crypto"));
+/**
+ * Loads .env file from workspace root or parent directories.
+ */
+function loadEnvFile(workspaceRoot) {
+    let currentPath = workspaceRoot;
+    const maxDepth = 5;
+    for (let depth = 0; depth < maxDepth; depth++) {
+        const envPath = path.join(currentPath, '.env');
+        if (fs.existsSync(envPath)) {
+            (0, dotenv_1.config)({ path: envPath });
+            console.log(`[Merge Workspaces CLI] Loaded .env file from: ${envPath}`);
+            return;
+        }
+        const parentPath = path.dirname(currentPath);
+        if (parentPath === currentPath) {
+            break;
+        }
+        currentPath = parentPath;
+    }
+    console.warn('[Merge Workspaces CLI] No .env file found. Using environment variables only.');
+}
+/**
+ * Computes a stable plugin_id from a workspace root path.
+ */
+function computePluginId(workspaceRoot) {
+    const normalizedPath = path.resolve(workspaceRoot).replace(/\\/g, '/').toLowerCase();
+    const hash = crypto.createHash('sha256').update(normalizedPath).digest('hex');
+    return hash.substring(0, 16);
+}
+/**
+ * CLI tool for merging multiple workspace documentations into a single database.
+ * Usage: node merge-workspaces-cli.js <target-workspace-root> [--source <source-workspace-root>] [--full]
+ */
+async function main() {
+    const args = process.argv.slice(2);
+    let targetWorkspaceRoot = process.cwd();
+    let sourceWorkspaceRoot = null;
+    let isFull = false;
+    // Parse arguments
+    for (let i = 0; i < args.length; i++) {
+        if (args[i] === '--source' && i + 1 < args.length) {
+            sourceWorkspaceRoot = path.resolve(args[i + 1]);
+            i++;
+        }
+        else if (args[i] === '--full') {
+            isFull = true;
+        }
+        else if (targetWorkspaceRoot === process.cwd()) {
+            // First non-flag argument becomes target workspace root
+            targetWorkspaceRoot = path.resolve(args[i]);
+        }
+    }
+    // Load .env file
+    loadEnvFile(targetWorkspaceRoot);
+    if (process.env.OPENAI_API_KEY) {
+        console.log('[Merge Workspaces CLI] OpenAI API key loaded from .env file');
+    }
+    else {
+        console.warn('[Merge Workspaces CLI] WARNING: OPENAI_API_KEY not found in .env file or environment variables');
+    }
+    console.log(`Target workspace root: ${targetWorkspaceRoot}`);
+    console.log(`Mode: ${isFull ? 'full' : 'incremental'}`);
+    // Initialize target database manager (this will be the main database)
+    const targetDbManager = new multi_db_manager_1.MultiDbManager(targetWorkspaceRoot);
+    const pluginRoot = path.resolve(__dirname, '..', '..');
+    const migrationManager = new migration_manager_1.MigrationManager(targetDbManager, pluginRoot);
+    const targetPluginId = targetDbManager.getPluginId();
+    console.log(`Target plugin ID: ${targetPluginId}`);
+    // Run migrations
+    await migrationManager.migrateAll();
+    console.log('Database migrations completed');
+    // List of workspaces to merge
+    const workspacesToMerge = [];
+    // 1. Target workspace (always included)
+    const targetDocsPath = docs_path_resolver_1.DocsPathResolver.findDocsDirectoryFromPath(targetWorkspaceRoot);
+    if (targetDocsPath) {
+        workspacesToMerge.push({
+            root: targetWorkspaceRoot,
+            docsPath: targetDocsPath,
+            name: 'Target Workspace'
+        });
+        console.log(`Found target docs directory: ${targetDocsPath}`);
+    }
+    else {
+        console.warn('WARNING: Target workspace docs/ directory not found. Skipping target workspace.');
+    }
+    // 2. Source workspace (if specified)
+    if (sourceWorkspaceRoot) {
+        const sourceDocsPath = docs_path_resolver_1.DocsPathResolver.findDocsDirectoryFromPath(sourceWorkspaceRoot);
+        if (sourceDocsPath) {
+            workspacesToMerge.push({
+                root: sourceWorkspaceRoot,
+                docsPath: sourceDocsPath,
+                name: 'Source Workspace'
+            });
+            console.log(`Found source docs directory: ${sourceDocsPath}`);
+        }
+        else {
+            console.warn(`WARNING: Source workspace docs/ directory not found: ${sourceWorkspaceRoot}`);
+        }
+    }
+    // 3. Auto-detect documentation-system-plugin if it exists
+    const documentationSystemPluginPath = path.join(targetWorkspaceRoot, 'documentation-system-plugin');
+    if (fs.existsSync(documentationSystemPluginPath)) {
+        const noyraxDocsPath = docs_path_resolver_1.DocsPathResolver.findDocsDirectoryFromPath(documentationSystemPluginPath);
+        if (noyraxDocsPath) {
+            // Check if not already added as source
+            const alreadyAdded = workspacesToMerge.some(w => w.docsPath === noyraxDocsPath);
+            if (!alreadyAdded) {
+                workspacesToMerge.push({
+                    root: documentationSystemPluginPath,
+                    docsPath: noyraxDocsPath,
+                    name: 'Documentation System Plugin (Noyrax)'
+                });
+                console.log(`Found Documentation System Plugin docs directory: ${noyraxDocsPath}`);
+            }
+        }
+    }
+    if (workspacesToMerge.length === 0) {
+        console.error('ERROR: No docs/ directories found to merge.');
+        console.error('Please ensure at least one workspace has a docs/ directory.');
+        process.exit(1);
+    }
+    console.log(`\nMerging ${workspacesToMerge.length} workspace(s) into target database (plugin_id: ${targetPluginId})...`);
+    // Create ingestion orchestrator
+    const ingestionOrchestrator = new ingestion_orchestrator_1.IngestionOrchestrator(targetDbManager, migrationManager);
+    // Ingest each workspace into the target database
+    for (const workspace of workspacesToMerge) {
+        console.log(`\n--- Ingesting ${workspace.name} ---`);
+        console.log(`  Workspace root: ${workspace.root}`);
+        console.log(`  Docs path: ${workspace.docsPath}`);
+        try {
+            if (isFull) {
+                await ingestionOrchestrator.ingestFull(targetWorkspaceRoot, targetPluginId, workspace.docsPath);
+            }
+            else {
+                await ingestionOrchestrator.ingestIncremental(targetWorkspaceRoot, targetPluginId, workspace.docsPath);
+            }
+            console.log(`✓ Successfully ingested ${workspace.name}`);
+        }
+        catch (error) {
+            console.error(`✗ Failed to ingest ${workspace.name}: ${error.message}`);
+            console.error(error);
+        }
+    }
+    console.log('\n=== Merge completed successfully ===');
+    console.log(`All workspaces merged into database at: ${targetDbManager.getDbDirectory()}`);
+    console.log(`Plugin ID: ${targetPluginId}`);
+    process.exit(0);
+}
+main().catch((error) => {
+    console.error('Merge failed:', error);
+    process.exit(1);
+});
+//# sourceMappingURL=merge-workspaces-cli.js.map

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