@nahisaho/satori 0.8.0 → 0.9.0

package/README.md

@@ -7,7 +7,7 @@
 
 ## Overview
 
-このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **56 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。
+このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **56 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。22 のスキルは [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールとも連携可能です。
 
 ### パイプラインフロー
 
@@ -87,6 +87,23 @@ quantum-computing → bayesian-statistics → graph-neural-networks
 | 深層学習 | `results/dl_training_log.json`, `models/model.onnx` | → GNN, medical-imaging |
 | 医用イメージング | `results/imaging_report.{md,json}`, `results/radiomics_features.json` | → precision-oncology |
 
+### ToolUniverse MCP ツール連携
+
+22 のスキル（HIGH 13 + MEDIUM 9）は、[ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP サーバー経由で 1,200 以上の外部科学ツールを利用可能です。各 SKILL.md 内の `### 利用可能ツール` セクションに対応ツールが記載されています。
+
+```
+SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・計算)
+┌──────────────────────┐        ┌─────────────────────────────┐
+│ pharmacovigilance    │───MCP──│ FAERS, FDA Labels, DailyMed │
+│ precision-oncology   │───MCP──│ OncoKB, CIViC, COSMIC, GDC  │
+│ disease-research     │───MCP──│ OpenTargets, HPO, Monarch    │
+│ drug-target-profiling│───MCP──│ UniProt, ChEMBL, DGIdb       │
+│ variant-interpretation│──MCP──│ ClinVar, gnomAD, ClinGen     │
+│ admet-pharmacokinetics│──MCP──│ ADMET-AI, PubChem, ChEMBL    │
+│ ... (22 skills total) │       │ ... (1,200+ tools)           │
+└──────────────────────┘        └─────────────────────────────┘
+```
+
 スキルは **19 の中区分**に分類されています。
 
 | 中区分 | スキル数 | 概要 |

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.8.0",
+  "version": "0.9.0",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {

package/src/.github/skills/scientific-admet-pharmacokinetics/SKILL.md

@@ -350,6 +350,20 @@ def one_compartment_pk(dose, ka, ke, vd, time_points):
 | `results/admet_report.md` | ADMET 評価レポート（Markdown） | 全解析完了時 |
 | `results/pk_model.json` | PK モデルパラメータ（JSON） | PK モデリング完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| ADMET-AI | `ADMETAI_predict_BBB_penetrance` | BBB 透過性予測 |
+| ADMET-AI | `ADMETAI_predict_CYP_interactions` | CYP 相互作用予測 |
+| ADMET-AI | `ADMETAI_predict_toxicity` | 毒性予測 |
+| ADMET-AI | `ADMETAI_predict_bioavailability` | バイオアベイラビリティ予測 |
+| PubChem | `PubChem_get_compound_properties_by_CID` | 化合物物性取得 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_molecule` | 分子情報取得 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_activity` | バイオアッセイデータ |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-bioinformatics/SKILL.md

@@ -212,6 +212,19 @@ def metabolomics_preprocessing(df, metabolite_cols, group_col=None):
 | `figures/umap_clusters.png` | PNG |
 | `figures/network_visualization.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| MyGene | `MyGene_get_gene_annotation` | 遺伝子アノテーション |
+| UniProt | `UniProt_search` | タンパク質検索 |
+| KEGG | `kegg_get_pathway_info` | パスウェイ情報取得 |
+| Reactome | `Reactome_map_uniprot_to_pathways` | UniProt→パスウェイマッピング |
+| GO | `GO_get_annotations_for_gene` | GO アノテーション |
+| GEO | `geo_search_datasets` | 発現データセット検索 |
+
 #### 参照実験
 
 - **Exp-01**: scRNA-seq（Scanpy + PyDESeq2 + KEGG）

package/src/.github/skills/scientific-cheminformatics/SKILL.md

@@ -190,6 +190,19 @@ def scaffold_analysis(smiles_list, names=None):
 | `figures/chemical_space_pca.png` | PNG |
 | `figures/similarity_heatmap.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| PubChem | `PubChem_get_CID_by_compound_name` | 化合物名→CID 変換 |
+| PubChem | `PubChem_get_compound_properties_by_CID` | 化合物物性取得 |
+| PubChem | `PubChem_search_compounds_by_similarity` | 類似化合物検索 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_search_molecules` | 分子検索 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_molecule` | 分子情報取得 |
+| ZINC | `ZINC_search_by_smiles` | SMILES ベース検索 |
+
 #### 参照実験
 
 - **Exp-02**: EGFR 阻害剤 SAR 解析（記述子、Tanimoto、MCS、Scaffold）

package/src/.github/skills/scientific-citation-checker/SKILL.md

@@ -418,6 +418,18 @@ def run_citation_check(manuscript_path, citation_style="numeric", filepath=None)
 |---|---|---|
 | `manuscript/citation_report.json` | JSON レポート | チェック完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| PubMed | `PubMed_search_articles` | 引用元論文の実在確認 |
+| PubMed | `PubMed_get_article` | 論文メタデータ取得 |
+| Crossref | `Crossref_get_work` | DOI バリデーション |
+| Crossref | `Crossref_search_works` | 出版情報検索 |
+| EuropePMC | `EuropePMC_search_articles` | ヨーロッパ文献確認 |
+
 ### 検出項目一覧
 
 | チェック項目 | 説明 | 重要度 |

package/src/.github/skills/scientific-clinical-decision-support/SKILL.md

@@ -275,6 +275,20 @@ Clinical decisions must be made by qualified healthcare professionals.
 | `results/clinical_recommendation.json` | 推奨事項データ（JSON） | GRADE 評価完了時 |
 | `results/trial_matches.json` | 臨床試験マッチング結果（JSON） | 試験検索完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| ClinicalTrials | `search_clinical_trials` | 臨床試験検索 |
+| ClinicalTrials | `clinical_trials_get_details` | 試験詳細取得 |
+| PharmGKB | `PharmGKB_get_dosing_guidelines` | PGx 用量ガイドライン |
+| PharmGKB | `PharmGKB_get_clinical_annotations` | 臨床アノテーション |
+| CPIC | `CPIC_get_guidelines` | CPIC ガイドライン |
+| DGIdb | `DGIdb_get_drug_gene_interactions` | 薬物-遺伝子相互作用 |
+| PubMed | `PubMed_search_articles` | エビデンス検索 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-deep-research/SKILL.md

@@ -677,3 +677,18 @@ confidence_score: XX%
   ]
 }
 ```
+
+## References
+
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| PubMed | `PubMed_search_articles` | 文献検索 |
+| PubMed | `PubMed_get_cited_by` | 被引用構造分析 |
+| EuropePMC | `EuropePMC_search_articles` | ヨーロッパ文献検索 |
+| Crossref | `Crossref_search_works` | 出版情報検索 |
+| OpenAlex | `OpenAlex_Guidelines_Search` | オープンアクセス文献 |
+| ArXiv | `ArXiv_search_papers` | プレプリント検索 |

package/src/.github/skills/scientific-disease-research/SKILL.md

@@ -367,6 +367,20 @@ def generate_disease_report(disease_name, gwas_df, gda_df, hpo_df,
 | `results/disease_research_report.md` | 疾患研究レポート（Markdown） | レポート生成時 |
 | `results/gwas_significant_loci.json` | GWAS 有意 loci（JSON） | GWAS 検索完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| OpenTargets | `OpenTargets_get_disease_id_description_by_name` | 疾患 ID・記述取得 |
+| OpenTargets | `OpenTargets_get_associated_targets_by_disease_efoId` | 疾患関連ターゲット |
+| EFO/OLS | `OSL_get_efo_id_by_disease_name` | EFO ID 解決 |
+| HPO | `get_HPO_ID_by_phenotype` | 表現型→HPO マッピング |
+| Monarch | `Monarch_get_gene_diseases` | 遺伝子-疾患関連 |
+| ClinVar | `clinvar_search_variants` | 病原性バリアント検索 |
+| ClinicalTrials | `search_clinical_trials` | 疾患関連臨床試験 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-drug-repurposing/SKILL.md

@@ -238,6 +238,20 @@ def network_proximity(drug_targets, disease_genes, ppi_network):
 | `results/repurposing_report.md` | リポジショニング評価レポート（Markdown） | 全解析完了時 |
 | `results/network_proximity.json` | ネットワーク近接スコア（JSON） | ネットワーク解析完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| ChEMBL | `ChEMBL_search_drugs` | 薬物検索 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_drug_mechanisms` | 薬物作用機序 |
+| OpenTargets | `OpenTargets_get_associated_drugs_by_disease_efoId` | 疾患関連薬物 |
+| DGIdb | `DGIdb_get_drug_gene_interactions` | 薬物-遺伝子相互作用 |
+| ClinicalTrials | `search_clinical_trials` | 臨床試験マッチング |
+| FAERS | `FAERS_count_reactions_by_drug_event` | 有害事象データ |
+| PubMed | `PubMed_search_articles` | リポジショニング文献 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-drug-target-profiling/SKILL.md

@@ -313,6 +313,20 @@ def grade_disease_association(target_id, disease_id, evidence_sources):
 | `results/target_profile.json` | 構造化プロファイルデータ（JSON） | 全解析完了時 |
 | `results/druggability_matrix.json` | ドラッガビリティマトリクス（JSON） | Druggability 評価完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| UniProt | `UniProt_get_entry_by_accession` | タンパク質エントリ取得 |
+| UniProt | `UniProt_get_function_by_accession` | タンパク質機能情報 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_target` | ターゲット情報取得 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_target_activities` | ターゲット活性データ |
+| OpenTargets | `OpenTargets_get_associated_targets_by_disease_efoId` | 疾患-ターゲット関連 |
+| DGIdb | `DGIdb_get_gene_druggability` | ドラッガビリティ評価 |
+| DGIdb | `DGIdb_get_drug_gene_interactions` | 薬物-遺伝子相互作用 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-grant-writing/SKILL.md

@@ -293,6 +293,18 @@ BUDGET_JUSTIFICATION_TEMPLATE = """
 | `grants/research_strategy.md` | Research Strategy（Markdown） | 全セクション完了時 |
 | `grants/budget.json` | 予算計画（JSON） | 予算見積完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| PubMed | `PubMed_search_articles` | 先行研究検索 |
+| PubMed | `PubMed_get_cited_by` | 被引用構造分析 |
+| EuropePMC | `EuropePMC_search_articles` | ヨーロッパ文献検索 |
+| Crossref | `Crossref_search_works` | DOI・出版情報検索 |
+| OpenAlex | `OpenAlex_Guidelines_Search` | オープンアクセス文献検索 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-graph-neural-networks/SKILL.md

@@ -370,6 +370,18 @@ def scaffold_split(dataset, train_ratio=0.8, val_ratio=0.1):
 | `figures/gnn_training_curve.png` | 学習曲線プロット | トレーニング完了時 |
 | `figures/gnn_explanation.png` | GNNExplainer 可視化 | 解釈性分析時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| PubChem | `PubChem_get_compound_properties_by_CID` | 分子物性取得 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_molecule` | 分子情報取得 |
+| ChEMBL | `ChEMBL_get_activity` | バイオアッセイデータ |
+| UniProt | `UniProt_get_entry_by_accession` | タンパク質グラフ構築用 |
+| BindingDB | `BindingDB_get_ligands_by_uniprot` | リガンド-ターゲットデータ |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-meta-analysis/SKILL.md

@@ -344,6 +344,17 @@ def cumulative_meta_analysis(studies_df, sort_by="year", model="random"):
 | `figures/funnel_plot.png` | PNG |
 | `figures/cumulative_meta.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| PubMed | `PubMed_search_articles` | メタアナリシス対象文献検索 |
+| PubMed | `PubMed_get_article` | 論文メタデータ取得 |
+| EuropePMC | `EuropePMC_search_articles` | ヨーロッパ文献検索 |
+| Crossref | `Crossref_search_works` | 出版情報検索 |
+
 #### 依存パッケージ
 
 ```

package/src/.github/skills/scientific-metabolomics/SKILL.md

@@ -321,6 +321,19 @@ def metabolite_correlation_network(df, metabolite_cols, method="spearman",
 | `figures/vip_barplot.png` | PNG |
 | `figures/metabolite_network.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| HMDB | `HMDB_search` | 代謝物検索 |
+| HMDB | `HMDB_get_metabolite` | 代謝物詳細取得 |
+| HMDB | `HMDB_get_diseases` | 代謝物-疾患関連 |
+| KEGG | `kegg_get_pathway_info` | 代謝パスウェイ情報 |
+| MetaCyc | `MetaCyc_search_pathways` | 代謝経路検索 |
+| MetabolomicsWB | `MetabolomicsWorkbench_search_compound_by_name` | 代謝物データベース検索 |
+
 #### 参照実験
 
 - **Exp-07**: PLS-DA + VIP、Pareto スケーリング、パスウェイ濃縮、相関ネットワーク

package/src/.github/skills/scientific-multi-omics/SKILL.md

@@ -295,6 +295,19 @@ def multiomics_clustering(fused_similarity, n_clusters, labels_true=None):
 | `figures/snf_heatmap.png` | PNG |
 | `figures/multiomics_umap.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| HPA | `HPA_get_rna_expression_by_source` | 組織別 RNA 発現 |
+| GEO | `geo_search_datasets` | オミクスデータセット検索 |
+| CELLxGENE | `CELLxGENE_get_expression_data` | 単一細胞発現データ |
+| Reactome | `Reactome_map_uniprot_to_pathways` | パスウェイマッピング |
+| KEGG | `kegg_get_pathway_info` | パスウェイ情報 |
+| UniProt | `UniProt_search` | タンパク質検索 |
+
 #### 依存パッケージ
 
 ```

package/src/.github/skills/scientific-network-analysis/SKILL.md

@@ -250,6 +250,19 @@ def psp_path_diagram(ps_corr, sp_corr, pp_corr,
 | `figures/network_visualization.png` | PNG |
 | `figures/psp_path_diagram.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| STRING | `STRING_get_protein_interactions` | タンパク質相互作用ネットワーク |
+| IntAct | `intact_search_interactions` | 分子相互作用検索 |
+| IntAct | `intact_get_interaction_network` | PPI ネットワーク取得 |
+| Reactome | `Reactome_map_uniprot_to_pathways` | パスウェイマッピング |
+| KEGG | `kegg_get_pathway_info` | パスウェイ情報 |
+| GO | `GO_get_annotations_for_gene` | GO アノテーション |
+
 #### 参照実験
 
 - **Exp-04**: PPI ネットワーク（71 タンパク質、4 種中心性、Louvain コミュニティ）

package/src/.github/skills/scientific-pharmacovigilance/SKILL.md

@@ -489,6 +489,21 @@ def generate_pv_report(target_drug, signals_df, ebgm_df, output_dir="results"):
 | `figures/pv_temporal_trend.png` | 時系列トレンド図 | トレンド分析時 |
 | `figures/pv_demographics.png` | 人口統計分布図 | 層別化分析時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| FAERS | `FAERS_count_reactions_by_drug_event` | 有害事象カウント |
+| FAERS | `FAERS_calculate_disproportionality` | PRR/ROR/IC 不均衡分析 |
+| FAERS | `FAERS_stratify_by_demographics` | 年齢・性別・国別層別化 |
+| FDA | `FDA_get_adverse_reactions_by_drug_name` | 添付文書副作用情報 |
+| DailyMed | `DailyMed_search_spls` | 添付文書検索 |
+| DailyMed | `DailyMed_parse_adverse_reactions` | 副作用テーブル抽出 |
+| PharmGKB | `PharmGKB_get_dosing_guidelines` | PGx 用量ガイドライン |
+| CPIC | `CPIC_get_guidelines` | CPIC ガイドライン取得 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-precision-oncology/SKILL.md

@@ -397,6 +397,20 @@ def generate_mtb_report(patient_id, variants, civic_data, oncokb_data,
 | `results/mtb_report.md` | MTB レポート（Markdown） | レポート生成時 |
 | `results/variant_actionability.json` | バリアント臨床的意義（JSON） | アノテーション完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| OncoKB | `OncoKB_annotate_variant` | 体細胞変異の臨床的アノテーション |
+| OncoKB | `OncoKB_get_cancer_genes` | がん遺伝子リスト取得 |
+| CIViC | `civic_search_evidence_items` | 臨床エビデンス検索 |
+| CIViC | `civic_get_variant` | バリアント臨床解釈 |
+| COSMIC | `COSMIC_get_mutations_by_gene` | 体細胞変異頻度データ |
+| GDC | `GDC_get_mutation_frequency` | TCGA 変異頻度 |
+| ClinicalTrials | `search_clinical_trials` | 腫瘍学臨床試験マッチング |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-protein-design/SKILL.md

@@ -291,6 +291,19 @@ EXPRESSION_SYSTEMS = {
 | `results/design_candidates.json` | 設計候補データ（JSON） | スクリーニング完了時 |
 | `results/esm_scores.json` | ESM スコアデータ（JSON） | 変異スキャン完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| UniProt | `UniProt_get_entry_by_accession` | タンパク質エントリ取得 |
+| UniProt | `UniProt_get_sequence_by_accession` | アミノ酸配列取得 |
+| InterPro | `InterPro_get_protein_domains` | ドメインアノテーション |
+| Proteins API | `proteins_api_get_features` | タンパク質特徴情報 |
+| Proteins API | `proteins_api_get_variants` | 既知変異体情報 |
+| AlphaMissense | `AlphaMissense_get_residue_scores` | 残基レベル耐性予測 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-protein-structure-analysis/SKILL.md

@@ -309,6 +309,19 @@ def detect_binding_sites(pdb_id):
 | `results/structure_analysis.json` | 構造データ（JSON） | 品質評価完了時 |
 | `results/binding_sites.json` | 結合部位データ（JSON） | ポケット解析完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| UniProt | `UniProt_get_entry_by_accession` | タンパク質エントリ取得 |
+| InterPro | `InterPro_get_protein_domains` | ドメインアノテーション |
+| InterPro | `InterProScan_scan_sequence` | 配列ドメインスキャン |
+| BindingDB | `BindingDB_get_ligands_by_uniprot` | リガンド結合データ |
+| Proteins API | `proteins_api_get_features` | タンパク質特徴情報 |
+| AlphaMissense | `AlphaMissense_get_protein_scores` | 残基レベル病原性予測 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-sequence-analysis/SKILL.md

@@ -384,6 +384,19 @@ def protein_properties(protein_seq):
 | `figures/phylogenetic_tree.png` | PNG |
 | `figures/hydrophobicity_profile.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| BLAST | `BLAST_protein_search` | タンパク質相同性検索 |
+| BLAST | `BLAST_nucleotide_search` | 核酸相同性検索 |
+| UniProt | `UniProt_get_sequence_by_accession` | アミノ酸配列取得 |
+| NCBI | `NCBI_get_sequence` | ヌクレオチド配列取得 |
+| InterPro | `InterProScan_scan_sequence` | 配列ドメインスキャン |
+| InterPro | `InterPro_get_protein_domains` | ドメインアノテーション |
+
 #### 参照実験
 
 - **Exp-09**: コドン使用頻度、ペアワイズアラインメント、系統解析、ORF 探索、CpG 島検出

package/src/.github/skills/scientific-survival-clinical/SKILL.md

@@ -233,6 +233,18 @@ def bayesian_sequential_update(successes_list, trials_list,
 | `figures/cox_ph_forest.png` | PNG |
 | `figures/bayesian_update.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| ClinicalTrials | `search_clinical_trials` | 臨床試験検索 |
+| ClinicalTrials | `clinical_trials_get_details` | 試験詳細取得 |
+| FAERS | `FAERS_count_reactions_by_drug_event` | 有害事象データ |
+| GDC | `GDC_search_cases` | TCGA 臨床データ |
+| PubMed | `PubMed_search_articles` | 臨床文献検索 |
+
 #### 参照実験
 
 - **Exp-03**: Kaplan-Meier + Cox PH（がん生存解析）

package/src/.github/skills/scientific-variant-interpretation/SKILL.md

@@ -301,6 +301,20 @@ def pgx_recommendation(gene, phenotype, drug):
 | `results/variant_classification.json` | ACMG/AMP 分類データ（JSON） | 分類完了時 |
 | `results/pgx_report.json` | 薬理ゲノミクスレポート（JSON） | PGx 評価完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| ClinVar | `clinvar_search_variants` | バリアントの病原性分類検索 |
+| gnomAD | `gnomad_get_gene_constraints` | 遺伝子制約メトリクス（pLI / LOEUF） |
+| ClinGen | `ClinGen_get_gene_validity` | 遺伝子-疾患の妥当性評価 |
+| AlphaMissense | `AlphaMissense_get_variant_score` | ミスセンス病原性予測スコア |
+| PharmGKB | `PharmGKB_search_variants` | 薬理ゲノミクスバリアント検索 |
+| CADD | `CADD_get_variant_score` | バリアント有害性スコア |
+| MyVariant | `MyVariant_get_variant_annotation` | 統合バリアントアノテーション |
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 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |