@nahisaho/satori 0.8.0 → 0.10.0

package/src/.github/skills/scientific-population-genetics/SKILL.md

@@ -0,0 +1,336 @@
+---
+name: scientific-population-genetics
+description: |
+  集団遺伝学解析スキル。アレル頻度解析・Hardy-Weinberg 平衡検定・
+  集団構造解析（PCA / ADMIXTURE）・Fst 分化指標・選択圧検出（iHS / XP-EHH）・
+  連鎖不平衡（LD）解析・GWAS Catalog / gnomAD データ統合パイプライン。
+---
+
+# Scientific Population Genetics
+
+集団遺伝学に特化した解析パイプラインを提供する。
+アレル頻度、集団構造、遺伝的分化、自然選択シグナル、
+連鎖不平衡の解析を体系的に扱い、GWAS Catalog・gnomAD との統合を支援する。
+
+## When to Use
+
+- アレル頻度分布や Hardy-Weinberg 平衡を検定するとき
+- 集団構造（PCA / ADMIXTURE / STRUCTURE）を解析するとき
+- 集団間の遺伝的分化（Fst）を評価するとき
+- 自然選択シグナル（iHS / Tajima's D / XP-EHH）を検出するとき
+- GWAS 関連バリアントの集団遺伝学的解釈を行うとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. QC・アレル頻度解析
+
+```python
+import numpy as np
+import pandas as pd
+
+def genotype_qc(plink_prefix, mind=0.02, geno=0.02, maf=0.01,
+                  hwe_p=1e-6):
+    """
+    ジェノタイプ QC パイプライン（PLINK 2）。
+
+    フィルタリング基準:
+      - --mind: 個体ミッシング率 ≤ mind
+      - --geno: SNP ミッシング率 ≤ geno
+      - --maf: Minor Allele Frequency ≥ maf
+      - --hwe: Hardy-Weinberg p ≥ hwe_p（コントロールのみ）
+
+    追加 QC:
+      - 性別不一致チェック
+      - IBD 推定（近親者除外: π̂ > 0.25）
+      - PCA アウトライアー除外
+    """
+    import subprocess
+
+    # Step 1: ミッシング率フィルタ
+    cmd = (f"plink2 --bfile {plink_prefix} "
+           f"--mind {mind} --geno {geno} --maf {maf} "
+           f"--hwe {hwe_p} "
+           f"--make-bed --out {plink_prefix}_qc")
+    subprocess.run(cmd, shell=True, check=True)
+
+    # Step 2: IBD 推定（近親者検出）
+    cmd = (f"plink2 --bfile {plink_prefix}_qc "
+           f"--indep-pairwise 50 5 0.2 --out {plink_prefix}_prune")
+    subprocess.run(cmd, shell=True, check=True)
+
+    cmd = (f"plink2 --bfile {plink_prefix}_qc "
+           f"--extract {plink_prefix}_prune.prune.in "
+           f"--genome --out {plink_prefix}_ibd")
+    subprocess.run(cmd, shell=True, check=True)
+
+    return f"{plink_prefix}_qc"
+
+
+def allele_frequency_stats(genotype_matrix, populations):
+    """
+    集団別アレル頻度統計。
+
+    算出指標:
+      - MAF: Minor Allele Frequency
+      - Het: Observed heterozygosity = n_het / n_total
+      - Expected Het (He): 2pq
+      - HWE: Hardy-Weinberg 平衡検定 (χ² test)
+        H₀: f(AA) = p², f(Aa) = 2pq, f(aa) = q²
+    """
+    from scipy.stats import chi2
+
+    results = []
+    for pop in populations["population"].unique():
+        pop_idx = populations[populations["population"] == pop].index
+        geno_pop = genotype_matrix.loc[pop_idx]
+
+        for snp in geno_pop.columns:
+            counts = geno_pop[snp].value_counts()
+            n = counts.sum()
+            n_0 = counts.get(0, 0)  # AA
+            n_1 = counts.get(1, 0)  # Aa
+            n_2 = counts.get(2, 0)  # aa
+
+            p = (2 * n_0 + n_1) / (2 * n)
+            q = 1 - p
+            maf = min(p, q)
+
+            # HWE test
+            exp_0 = n * p**2
+            exp_1 = n * 2*p*q
+            exp_2 = n * q**2
+            if exp_0 > 0 and exp_1 > 0 and exp_2 > 0:
+                chi2_stat = ((n_0-exp_0)**2/exp_0 + (n_1-exp_1)**2/exp_1 +
+                              (n_2-exp_2)**2/exp_2)
+                hwe_p = 1 - chi2.cdf(chi2_stat, df=1)
+            else:
+                hwe_p = 1.0
+
+            het_obs = n_1 / n
+            het_exp = 2 * p * q
+
+            results.append({
+                "snp": snp, "population": pop,
+                "MAF": round(maf, 4), "p": round(p, 4),
+                "Het_obs": round(het_obs, 4), "Het_exp": round(het_exp, 4),
+                "HWE_p": round(hwe_p, 6),
+            })
+
+    return pd.DataFrame(results)
+```
+
+## 2. 集団構造解析
+
+```python
+def population_structure(plink_prefix, n_components=10, method="pca"):
+    """
+    集団構造解析。
+
+    method:
+      - "pca": 主成分分析 — 集団間の遺伝的差異を 2D/3D で可視化
+      - "admixture": ADMIXTURE — 各個体の祖先集団比率を推定
+        K=2〜10 を試行し、CV error 最小の K を選択
+
+    PCA on genotypes:
+      X を (n_samples × n_snps) ジェノタイプ行列として
+      共分散行列 C = XᵀX / n_snps の固有値分解
+    """
+    import subprocess
+
+    if method == "pca":
+        cmd = (f"plink2 --bfile {plink_prefix} "
+               f"--pca {n_components} --out {plink_prefix}_pca")
+        subprocess.run(cmd, shell=True, check=True)
+
+        eigenvec = pd.read_csv(f"{plink_prefix}_pca.eigenvec", sep="\t")
+        eigenval = pd.read_csv(f"{plink_prefix}_pca.eigenval", header=None)
+        var_explained = eigenval[0] / eigenval[0].sum()
+
+        print(f"  PCA: PC1={var_explained[0]:.3f}, PC2={var_explained[1]:.3f}")
+        return eigenvec, var_explained
+
+    elif method == "admixture":
+        cv_errors = {}
+        for K in range(2, 11):
+            cmd = f"admixture --cv {plink_prefix}.bed {K}"
+            result = subprocess.run(cmd, shell=True, capture_output=True, text=True)
+            # CV error 抽出
+            for line in result.stdout.split("\n"):
+                if "CV error" in line:
+                    cv_errors[K] = float(line.split(": ")[1])
+
+        best_K = min(cv_errors, key=cv_errors.get)
+        Q = pd.read_csv(f"{plink_prefix}.{best_K}.Q", sep=" ", header=None)
+
+        print(f"  ADMIXTURE: best K={best_K} (CV error={cv_errors[best_K]:.4f})")
+        return Q, cv_errors, best_K
+```
+
+## 3. 遺伝的分化（Fst）
+
+```python
+def calculate_fst(genotype_matrix, populations, method="weir_cockerham"):
+    """
+    集団間遺伝的分化指標 Fst 算出。
+
+    Weir-Cockerham (1984) 推定量:
+      F_ST = σ²_a / (σ²_a + σ²_b + σ²_w)
+      σ²_a: 集団間分散
+      σ²_b: 集団内個体間分散
+      σ²_w: 個体内（アレル間）分散
+
+    解釈:
+      Fst = 0: 分化なし（パンミクシア）
+      0 < Fst < 0.05: 低分化
+      0.05 ≤ Fst < 0.15: 中程度の分化
+      0.15 ≤ Fst < 0.25: 大きな分化
+      Fst ≥ 0.25: 非常に大きな分化
+
+    genome-wide Fst: 全 SNP の加重平均
+    per-SNP Fst: 局所的適応シグナルの検出
+    """
+    pop_labels = populations["population"]
+    unique_pops = pop_labels.unique()
+
+    fst_per_snp = []
+    for snp in genotype_matrix.columns:
+        # 集団別アレル頻度
+        pop_freqs = {}
+        pop_sizes = {}
+        for pop in unique_pops:
+            idx = pop_labels[pop_labels == pop].index
+            geno = genotype_matrix.loc[idx, snp].dropna()
+            p = (2 * (geno == 0).sum() + (geno == 1).sum()) / (2 * len(geno))
+            pop_freqs[pop] = p
+            pop_sizes[pop] = len(geno)
+
+        # Weir-Cockerham Fst
+        n_pops = len(unique_pops)
+        n_total = sum(pop_sizes.values())
+        p_bar = sum(pop_freqs[p] * pop_sizes[p] for p in unique_pops) / n_total
+        n_bar = n_total / n_pops
+
+        MSP = sum(pop_sizes[p] * (pop_freqs[p] - p_bar)**2
+                   for p in unique_pops) / (n_pops - 1)
+        MSG = sum(pop_sizes[p] * pop_freqs[p] * (1 - pop_freqs[p])
+                   for p in unique_pops) / (n_total - n_pops)
+
+        nc = (n_total - sum(n**2 for n in pop_sizes.values()) / n_total) / (n_pops - 1)
+
+        if (MSP + (nc - 1) * MSG) > 0:
+            fst = (MSP - MSG) / (MSP + (nc - 1) * MSG)
+        else:
+            fst = 0
+
+        fst_per_snp.append({"snp": snp, "Fst": max(fst, 0), "p_bar": p_bar})
+
+    fst_df = pd.DataFrame(fst_per_snp)
+    genome_fst = fst_df["Fst"].mean()
+
+    print(f"  Fst: genome-wide={genome_fst:.4f}, "
+          f"max per-SNP={fst_df['Fst'].max():.4f}")
+    return fst_df, genome_fst
+```
+
+## 4. 自然選択シグナル検出
+
+```python
+def selection_scan(haplotype_matrix, positions, method="ihs"):
+    """
+    自然選択シグナルの検出。
+
+    method:
+      - "ihs": Integrated Haplotype Score — ローカル正の選択
+        |iHS| > 2: 選択シグナル候補
+      - "tajima_d": Tajima's D — 中立性検定
+        D > 0: バランス選択 or 集団縮小
+        D < 0: 正の選択 or 集団拡大  
+        D ≈ 0: 中立進化
+      - "xpehh": Cross-Population EHH — 集団間正の選択
+
+    iHS:
+      各 SNP について、派生アレル (derived) と祖先アレル (ancestral) の
+      Extended Haplotype Homozygosity (EHH) を比較。
+      iHS = ln(iHH_A / iHH_D)  → 標準化
+    """
+    if method == "tajima_d":
+        # スライディングウィンドウ Tajima's D
+        from allel import tajima_d
+        import allel
+
+        D_values = []
+        window_size = 50000
+        step = 10000
+
+        for start in range(0, positions[-1], step):
+            end = start + window_size
+            mask = (positions >= start) & (positions < end)
+            if mask.sum() > 5:
+                ac = allel.AlleleCountsArray(
+                    haplotype_matrix[:, mask].sum(axis=0).reshape(-1, 1))
+                D = tajima_d(ac)
+                D_values.append({"start": start, "end": end, "D": D,
+                                  "n_snps": mask.sum()})
+
+        df = pd.DataFrame(D_values)
+        print(f"  Tajima's D: mean={df['D'].mean():.3f}, "
+              f"range=[{df['D'].min():.3f}, {df['D'].max():.3f}]")
+        return df
+
+    elif method == "ihs":
+        import allel
+        ihs = allel.ihs(haplotype_matrix, positions)
+        # 標準化
+        ihs_std = (ihs - np.nanmean(ihs)) / np.nanstd(ihs)
+
+        n_sig = np.sum(np.abs(ihs_std) > 2)
+        print(f"  iHS: {n_sig} candidate regions (|iHS|>2)")
+        return ihs_std
+```
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 |
+|---|---|
+| `results/allele_frequencies.csv` | CSV |
+| `results/pca_eigenvec.csv` | CSV |
+| `results/admixture_Q.csv` | CSV |
+| `results/fst_per_snp.csv` | CSV |
+| `results/selection_scan.csv` | CSV |
+| `figures/pca_populations.png` | PNG |
+| `figures/admixture_barplot.png` | PNG |
+| `figures/manhattan_fst.png` | PNG |
+
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| gnomAD | `gnomad_get_variant` | バリアント集団頻度 |
+| gnomAD | `gnomad_get_gene_constraints` | 遺伝子制約指標 |
+| gnomAD | `gnomad_get_region` | 領域別バリアント |
+| gnomAD | `gnomad_search_variants` | バリアント検索 |
+| GWAS | `GWAS_search_associations_by_gene` | 遺伝子別 GWAS 関連 |
+| GWAS | `gwas_search_studies` | GWAS 研究検索 |
+| GWAS | `gwas_get_variants_for_trait` | 形質別バリアント |
+| GWAS | `gwas_get_associations_for_snp` | SNP 別関連 |
+| GWAS | `gwas_get_snps_for_gene` | 遺伝子近傍 SNP |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携内容 |
+|---|---|
+| [scientific-variant-interpretation](../scientific-variant-interpretation/SKILL.md) | バリアント臨床解釈 |
+| [scientific-bioinformatics](../scientific-bioinformatics/SKILL.md) | ゲノムアノテーション |
+| [scientific-disease-research](../scientific-disease-research/SKILL.md) | 疾患-遺伝子関連 |
+| [scientific-statistical-testing](../scientific-statistical-testing/SKILL.md) | 統計検定 |
+| [scientific-pca-tsne](../scientific-pca-tsne/SKILL.md) | 次元削減 |
+
+#### 依存パッケージ
+
+- scikit-allel, plink2, admixture, pandas, numpy, scipy

package/src/.github/skills/scientific-precision-oncology/SKILL.md

@@ -397,6 +397,20 @@ def generate_mtb_report(patient_id, variants, civic_data, oncokb_data,
 | `results/mtb_report.md` | MTB レポート（Markdown） | レポート生成時 |
 | `results/variant_actionability.json` | バリアント臨床的意義（JSON） | アノテーション完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| OncoKB | `OncoKB_annotate_variant` | 体細胞変異の臨床的アノテーション |
+| OncoKB | `OncoKB_get_cancer_genes` | がん遺伝子リスト取得 |
+| CIViC | `civic_search_evidence_items` | 臨床エビデンス検索 |
+| CIViC | `civic_get_variant` | バリアント臨床解釈 |
+| COSMIC | `COSMIC_get_mutations_by_gene` | 体細胞変異頻度データ |
+| GDC | `GDC_get_mutation_frequency` | TCGA 変異頻度 |
+| ClinicalTrials | `search_clinical_trials` | 腫瘍学臨床試験マッチング |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-protein-design/SKILL.md

@@ -291,6 +291,19 @@ EXPRESSION_SYSTEMS = {
 | `results/design_candidates.json` | 設計候補データ（JSON） | スクリーニング完了時 |
 | `results/esm_scores.json` | ESM スコアデータ（JSON） | 変異スキャン完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| UniProt | `UniProt_get_entry_by_accession` | タンパク質エントリ取得 |
+| UniProt | `UniProt_get_sequence_by_accession` | アミノ酸配列取得 |
+| InterPro | `InterPro_get_protein_domains` | ドメインアノテーション |
+| Proteins API | `proteins_api_get_features` | タンパク質特徴情報 |
+| Proteins API | `proteins_api_get_variants` | 既知変異体情報 |
+| AlphaMissense | `AlphaMissense_get_residue_scores` | 残基レベル耐性予測 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-protein-structure-analysis/SKILL.md

@@ -309,6 +309,19 @@ def detect_binding_sites(pdb_id):
 | `results/structure_analysis.json` | 構造データ（JSON） | 品質評価完了時 |
 | `results/binding_sites.json` | 結合部位データ（JSON） | ポケット解析完了時 |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| UniProt | `UniProt_get_entry_by_accession` | タンパク質エントリ取得 |
+| InterPro | `InterPro_get_protein_domains` | ドメインアノテーション |
+| InterPro | `InterProScan_scan_sequence` | 配列ドメインスキャン |
+| BindingDB | `BindingDB_get_ligands_by_uniprot` | リガンド結合データ |
+| Proteins API | `proteins_api_get_features` | タンパク質特徴情報 |
+| AlphaMissense | `AlphaMissense_get_protein_scores` | 残基レベル病原性予測 |
+
 ### 参照スキル
 
 | スキル | 連携 |

package/src/.github/skills/scientific-sequence-analysis/SKILL.md

@@ -384,6 +384,19 @@ def protein_properties(protein_seq):
 | `figures/phylogenetic_tree.png` | PNG |
 | `figures/hydrophobicity_profile.png` | PNG |
 
+### 利用可能ツール
+
+> [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で利用可能な外部ツール。
+
+| カテゴリ | 主要ツール | 用途 |
+|---|---|---|
+| BLAST | `BLAST_protein_search` | タンパク質相同性検索 |
+| BLAST | `BLAST_nucleotide_search` | 核酸相同性検索 |
+| UniProt | `UniProt_get_sequence_by_accession` | アミノ酸配列取得 |
+| NCBI | `NCBI_get_sequence` | ヌクレオチド配列取得 |
+| InterPro | `InterProScan_scan_sequence` | 配列ドメインスキャン |
+| InterPro | `InterPro_get_protein_domains` | ドメインアノテーション |
+
 #### 参照実験
 
 - **Exp-09**: コドン使用頻度、ペアワイズアラインメント、系統解析、ORF 探索、CpG 島検出