@nahisaho/satori 0.7.0 → 0.7.1

package/README.md

@@ -19,6 +19,21 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
   (品質評価)    (改訂追跡)       (査読対応)         (ジャーナル)
 ```
 
+**ドメイン特化パイプライン（J-O）**
+
+```
+research-methodology → grant-writing → hypothesis-pipeline    ← [O→A 研究計画]
+                                              ↓
+drug-target-profiling → admet-pharmacokinetics ─→ drug-repurposing
+  (標的同定)           (ADMET/PK 評価)        (リポジショニング)
+        ↓                                            ↓
+protein-structure-analysis → protein-design → lab-automation
+  (構造解析)               (de novo 設計)   (実験自動化)
+                                                     ↓
+variant-interpretation → clinical-decision-support → presentation-design
+  (バリアント解釈)       (臨床意思決定)            (学会発表)
+```
+
 各ステップで生成されるファイルが次のステップに自動的に引き継がれます：
 
 | フェーズ | 生成ファイル | 参照先 |
@@ -33,6 +48,17 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
 | 改訂追跡 | `manuscript/manuscript_tracked.md`, `manuscript/revision_summary.json` | → paper-quality |
 | 品質評価 | `manuscript/quality_report.json` | → latex-formatter |
 | LaTeX 変換 | `manuscript/manuscript.tex`, `manuscript/references.bib` | — |
+| 標的プロファイリング | `results/target_profile_report.md`, `results/target_profile.json` | → admet-pk, protein-structure, drug-repurposing |
+| ADMET/PK 評価 | `results/admet_profile.json`, `results/pk_model.json` | → drug-repurposing, clinical-decision |
+| ドラッグリポジショニング | `results/repurposing_candidates.json`, `results/network_proximity.json` | → clinical-decision |
+| 構造解析 | `results/structure_analysis.json`, `results/binding_sites.json` | → protein-design, cheminformatics |
+| タンパク質設計 | `results/design_candidates.json`, `results/esm_scores.json` | → lab-automation, admet-pk |
+| バリアント解釈 | `results/variant_classification.json`, `results/pgx_report.json` | → clinical-decision |
+| 臨床意思決定 | `results/clinical_recommendation.json`, `results/trial_matches.json` | → presentation, writing |
+| 実験室自動化 | `protocols/protocol.py`, `results/qc_report.json` | → data-preprocessing |
+| プレゼンテーション | `presentation/slides.md`, `presentation/poster.tex` | — |
+| 研究方法論 | `docs/methodology_design.md`, `docs/study_design.json` | → grant-writing, doe |
+| グラント | `grants/specific_aims.md`, `grants/research_strategy.md` | → hypothesis-pipeline |
 
 スキルは **15 の中区分**に分類されています。
 

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.7.0",
+  "version": "0.7.1",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {

package/src/.github/skills/scientific-admet-pharmacokinetics/SKILL.md

@@ -339,3 +339,23 @@ def one_compartment_pk(dose, ka, ke, vd, time_points):
 3. **既知化合物で Benchmark**: 同クラスの承認薬と比較して判断
 4. **構造アラートは参考情報**: PAINS ヒットでも偽陽性の可能性を考慮
 5. **PK パラメータは in vivo 補正**: allometric scaling で動物種間換算
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `results/admet_profile.json` | ADMET プロファイル（JSON） | 全 5 段階評価完了時 |
+| `results/admet_report.md` | ADMET 評価レポート（Markdown） | 全解析完了時 |
+| `results/pk_model.json` | PK モデルパラメータ（JSON） | PK モデリング完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-drug-target-profiling` | ← ターゲットに結合する化合物の ADMET 評価 |
+| `scientific-cheminformatics` | ← 分子記述子・構造情報の提供 |
+| `scientific-drug-repurposing` | → ADMET 通過化合物のリポジショニング候補評価 |
+| `scientific-clinical-decision-support` | → PK パラメータの臨床応用 |
+| `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |

package/src/.github/skills/scientific-clinical-decision-support/SKILL.md

@@ -264,3 +264,25 @@ Clinical decisions must be made by qualified healthcare professionals.
 3. **患者個別因子を考慮**: 年齢、腎機能、薬物相互作用
 4. **臨床試験を常に検索**: 標準治療不適の場合の選択肢
 5. **免責事項を記載**: AI ツールは臨床判断の代替ではない
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `results/clinical_decision_report.md` | 臨床意思決定レポート（Markdown） | 全解析完了時 |
+| `results/clinical_recommendation.json` | 推奨事項データ（JSON） | GRADE 評価完了時 |
+| `results/trial_matches.json` | 臨床試験マッチング結果（JSON） | 試験検索完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-variant-interpretation` | ← バリアント解釈結果の臨床応用 |
+| `scientific-drug-repurposing` | ← リポジショニング候補の臨床評価 |
+| `scientific-survival-clinical` | ← 生存解析・臨床試験データ |
+| `scientific-meta-analysis` | ← メタアナリシスのエビデンス統合 |
+| `scientific-deep-research` | ← 最新エビデンスの収集 |
+| `scientific-presentation-design` | → 臨床結果のプレゼンテーション |
+| `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |

package/src/.github/skills/scientific-drug-repurposing/SKILL.md

@@ -227,3 +227,24 @@ def network_proximity(drug_targets, disease_genes, ppi_network):
 3. **ネガティブエビデンスも記載**: 過去の失敗臨床試験を確認
 4. **用量を検討**: リポジショニングでは用量が異なる場合がある
 5. **ランダム化比較で検証**: 最終的な有効性は RCT で確認
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `results/repurposing_candidates.json` | リポジショニング候補リスト（JSON） | 多基準スコアリング完了時 |
+| `results/repurposing_report.md` | リポジショニング評価レポート（Markdown） | 全解析完了時 |
+| `results/network_proximity.json` | ネットワーク近接スコア（JSON） | ネットワーク解析完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-drug-target-profiling` | ← ターゲット情報の利用 |
+| `scientific-admet-pharmacokinetics` | ← ADMET フィルタリング済み化合物 |
+| `scientific-network-analysis` | ← 疾患-薬物ネットワーク構築 |
+| `scientific-deep-research` | ← 文献エビデンス収集 |
+| `scientific-clinical-decision-support` | → 候補薬の臨床意思決定 |
+| `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |

package/src/.github/skills/scientific-drug-target-profiling/SKILL.md

@@ -302,3 +302,26 @@ def grade_disease_association(target_id, disease_id, evidence_sources):
 3. **Evidence Tier を明記**: すべての疾患アソシエーションに T1-T4 を付与
 4. **安全性を最初に確認**: Essential gene の場合は早期に Go/No-Go 判断
 5. **構造情報を優先**: PDB 実験構造 > AlphaFold 予測 > Homology model
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `results/target_profile_report.md` | ターゲットプロファイルレポート（Markdown） | 全解析完了時 |
+| `results/target_profile.json` | 構造化プロファイルデータ（JSON） | 全解析完了時 |
+| `results/druggability_matrix.json` | ドラッガビリティマトリクス（JSON） | Druggability 評価完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-hypothesis-pipeline` | ← 仮説定義からターゲット同定への入力 |
+| `scientific-deep-research` | ← 文献深層調査で標的エビデンス収集 |
+| `scientific-bioinformatics` | ← ゲノム・プロテオームデータ提供 |
+| `scientific-network-analysis` | ← PPI ネットワーク・パスウェイ情報 |
+| `scientific-admet-pharmacokinetics` | → ターゲットに対する化合物の ADMET 評価 |
+| `scientific-protein-structure-analysis` | → ターゲットタンパク質の構造解析 |
+| `scientific-drug-repurposing` | → ターゲットベースのリポジショニング |
+| `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |

package/src/.github/skills/scientific-grant-writing/SKILL.md

@@ -282,3 +282,22 @@ BUDGET_JUSTIFICATION_TEMPLATE = """
 3. **Preliminary Data を重視**: Feasibility の証拠が採択率を大きく左右
 4. **ページ制限の 95% を使う**: 短すぎるのも減点対象
 5. **Broader Impacts を忘れない**: 社会的インパクトの記述（NSF）
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `grants/specific_aims.md` | Specific Aims ページ（Markdown） | Aims 策定完了時 |
+| `grants/research_strategy.md` | Research Strategy（Markdown） | 全セクション完了時 |
+| `grants/budget.json` | 予算計画（JSON） | 予算見積完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-research-methodology` | ← 研究デザイン・方法論の提供 |
+| `scientific-hypothesis-pipeline` | ← 仮説定義・課題設定 |
+| `scientific-deep-research` | ← 文献レビュー・先行研究調査 |
+| `scientific-academic-writing` | ← アカデミックライティングスキル |

package/src/.github/skills/scientific-lab-automation/SKILL.md

@@ -251,3 +251,23 @@ def create_protocol_io_entry(protocol_data):
 3. **Dead volume を計算**: リザーバの dead volume を考慮した余裕量
 4. **ピペッティング精度を検証**: 蛍光色素/重量法で実測値を確認
 5. **バージョン管理**: プロトコルの変更を Git で追跡
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `protocols/protocol.py` | 自動化プロトコル（Python） | プロトコル設計完了時 |
+| `protocols/sop.md` | SOP テンプレート（Markdown） | SOP 作成完了時 |
+| `results/qc_report.json` | QC レポート（JSON） | バリデーション完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-protein-design` | ← 設計タンパク質の発現・精製プロトコル |
+| `scientific-doe` | ← 実験計画に基づく自動化プロトコル設計 |
+| `scientific-process-optimization` | ← 最適化パラメータの実装 |
+| `scientific-data-preprocessing` | → 自動取得データの前処理 |
+| `scientific-academic-writing` | → 自動化手法の Methods 記載 |

package/src/.github/skills/scientific-presentation-design/SKILL.md

@@ -316,3 +316,22 @@ def create_workflow_schematic(steps, title="Workflow"):
 3. **カラーバリアフリー**: viridis/cividis 系パレットを推奨
 4. **3 メートルルール**: ポスターは遠距離から読めること
 5. **10-20-30 ルール**: 10 slides, 20 min, 30pt font (Kawasaki)
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `presentation/slides.md` | プレゼンテーション原稿（Markdown） | スライド構成完了時 |
+| `presentation/poster.tex` | ポスターテンプレート（LaTeX） | ポスター設計完了時 |
+| `figures/workflow_schematic.png` | ワークフロー模式図（PNG） | 図表生成完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-publication-figures` | ← Figure 生成・カラーパレット |
+| `scientific-academic-writing` | ← 研究テキスト・要旨 |
+| `scientific-clinical-decision-support` | ← 臨床結果の発表素材 |
+| `scientific-latex-formatter` | ← LaTeX フォーマット支援 |

package/src/.github/skills/scientific-protein-design/SKILL.md

@@ -280,3 +280,23 @@ EXPRESSION_SYSTEMS = {
 3. **保守的な変異から始める**: Consensus mutations を優先
 4. **実験フィードバック**: 設計-テスト-学習サイクルを計画
 5. **スケール意識**: 計算コストと精度のトレードオフを明示
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `results/design_report.md` | 設計レポート（Markdown） | 全設計完了時 |
+| `results/design_candidates.json` | 設計候補データ（JSON） | スクリーニング完了時 |
+| `results/esm_scores.json` | ESM スコアデータ（JSON） | 変異スキャン完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-protein-structure-analysis` | ← ターゲット構造データの提供 |
+| `scientific-sequence-analysis` | ← 配列・進化情報 |
+| `scientific-lab-automation` | → 設計タンパク質の発現・精製プロトコル |
+| `scientific-admet-pharmacokinetics` | → タンパク質治療薬の PK 評価 |
+| `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |

package/src/.github/skills/scientific-protein-structure-analysis/SKILL.md

@@ -298,3 +298,24 @@ def detect_binding_sites(pdb_id):
 3. **pLDDT < 50 領域は信用しない**: ディスオーダー領域の可能性大
 4. **複数構造の比較**: 異なるコンフォメーションをキャプチャ
 5. **リガンド情報を活用**: 共結晶リガンドから pharmacophore を推定
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `results/structure_report.md` | 構造解析レポート（Markdown） | 全解析完了時 |
+| `results/structure_analysis.json` | 構造データ（JSON） | 品質評価完了時 |
+| `results/binding_sites.json` | 結合部位データ（JSON） | ポケット解析完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-drug-target-profiling` | ← ターゲットタンパク質の構造解析依頼 |
+| `scientific-bioinformatics` | ← 配列・ドメイン情報 |
+| `scientific-sequence-analysis` | ← アミノ酸配列解析結果 |
+| `scientific-protein-design` | → 構造に基づく de novo タンパク質設計 |
+| `scientific-cheminformatics` | → 結合部位情報を分子ドッキングに利用 |
+| `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |

package/src/.github/skills/scientific-research-methodology/SKILL.md

@@ -313,3 +313,23 @@ BIAS_TYPES = {
 3. **Pilot study**: 本研究前にパイロットで feasibility 確認
 4. **バイアスを列挙**: 排除できないバイアスは limitation に明記
 5. **再現性を設計**: プロトコル・データ・コードの公開計画を含める
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `docs/methodology_design.md` | 方法論設計ドキュメント（Markdown） | デザイン完了時 |
+| `docs/study_design.json` | 研究デザイン構造化データ（JSON） | デザイン完了時 |
+| `docs/ethics_checklist.md` | 倫理チェックリスト（Markdown） | チェック完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-hypothesis-pipeline` | ← 仮説に基づく方法論設計 |
+| `scientific-deep-research` | ← 先行研究の方法論調査 |
+| `scientific-grant-writing` | → 方法論を研究計画書に組み込み |
+| `scientific-doe` | → 研究デザインに基づく実験計画 |
+| `scientific-academic-writing` | → Methods セクション執筆 |

package/src/.github/skills/scientific-variant-interpretation/SKILL.md

@@ -290,3 +290,23 @@ def pgx_recommendation(gene, phenotype, drug):
 3. **機能研究を重視**: 計算予測よりも実験的エビデンスが優先
 4. **ClinVar は星評価を確認**: 3-4 星のエントリが最も信頼性が高い
 5. **PGx は CPIC レベルを確認**: Level A/B のみ臨床実装
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
+|---|---|---|
+| `results/variant_report.md` | バリアント解釈レポート（Markdown） | 全解析完了時 |
+| `results/variant_classification.json` | ACMG/AMP 分類データ（JSON） | 分類完了時 |
+| `results/pgx_report.json` | 薬理ゲノミクスレポート（JSON） | PGx 評価完了時 |
+
+### 参照スキル
+
+| スキル | 連携 |
+|---|---|
+| `scientific-bioinformatics` | ← ゲノムデータ・バリアントコール |
+| `scientific-sequence-analysis` | ← 配列コンテキスト・保存度情報 |
+| `scientific-data-preprocessing` | ← バリアントデータの前処理・正規化 |
+| `scientific-clinical-decision-support` | → バリアント解釈結果の臨床意思決定 |
+| `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |