@nahisaho/satori 0.4.0 → 0.5.1
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package/README.md
CHANGED
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@@ -7,13 +7,16 @@
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7
7
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8
8
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## Overview
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9
9
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10
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-
このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **
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10
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+
このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **35 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。
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11
11
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12
12
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### パイプラインフロー
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13
13
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14
14
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```
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15
15
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hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-review
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16
16
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(仮説定義) (解析実行) (草稿作成) (レビュー・修正)
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17
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+
↓
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18
|
+
paper-quality ← revision-tracker ← peer-review-response ← [査読結果受領]
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19
|
+
(品質評価) (改訂追跡) (査読対応) (ジャーナル)
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17
20
|
```
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18
21
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19
22
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各ステップで生成されるファイルが次のステップに自動的に引き継がれます：
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@@ -26,13 +29,16 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
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26
29
|
| レビュー | `manuscript/review_report.{md,json}`, `manuscript/manuscript_revised.md` | → latex-formatter |
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27
30
|
| 引用検証 | `manuscript/citation_report.json` | → latex-formatter |
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28
31
|
| SI 生成 | `manuscript/supplementary.md`, `manuscript/si_crossref_report.json` | → latex-formatter |
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|
32
|
+
| 査読対応 | `manuscript/response_to_reviewers.md`, `manuscript/response_mapping.json` | → revision-tracker |
|
|
33
|
+
| 改訂追跡 | `manuscript/manuscript_tracked.md`, `manuscript/revision_summary.json` | → paper-quality |
|
|
34
|
+
| 品質評価 | `manuscript/quality_report.json` | → latex-formatter |
|
|
29
35
|
| LaTeX 変換 | `manuscript/manuscript.tex`, `manuscript/references.bib` | — |
|
|
30
36
|
|
|
31
37
|
スキルは **8 つの中区分**に分類されています。
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32
38
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33
39
|
| 中区分 | スキル数 | 概要 |
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34
40
|
|---|:---:|---|
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35
|
-
| A. 基盤・ワークフロー |
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41
|
+
| A. 基盤・ワークフロー | 13 | パイプライン構築・前処理・データ生成・図表・執筆・仮説立案・批判的レビュー・SI 生成・LaTeX 変換・引用検証・査読対応・改訂追跡・論文品質 |
|
|
36
42
|
| B. 統計・探索的解析 | 3 | EDA・仮説検定・次元削減 |
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|
37
43
|
| C. 機械学習・モデリング | 3 | 回帰・分類・特徴量重要度 |
|
|
38
44
|
| D. 実験計画・プロセス最適化 | 2 | DOE・応答曲面法・ベイズ最適化 |
|
|
@@ -45,7 +51,7 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
45
51
|
|
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46
52
|
## Skills 一覧
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47
53
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48
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-
### A. 基盤・ワークフロー（
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54
|
+
### A. 基盤・ワークフロー（13 種）
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49
55
|
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50
56
|
全 Exp に共通する横断的な基盤スキル。
|
|
51
57
|
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|
@@ -61,6 +67,9 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
61
67
|
| 8 | [scientific-supplementary-generator](scientific-supplementary-generator/SKILL.md) | Supplementary Information 自動生成・SI 図表整理・本文-SI 相互参照検証 | 汎用 |
|
|
62
68
|
| 9 | [scientific-latex-formatter](scientific-latex-formatter/SKILL.md) | Markdown→LaTeX 変換・ジャーナルテンプレート適用・BibTeX 生成 | 汎用 |
|
|
63
69
|
| 10 | [scientific-citation-checker](scientific-citation-checker/SKILL.md) | 引用文献の自動検索・網羅性チェック・整合性検証・重複検出 | 汎用 |
|
|
70
|
+
| 11 | [scientific-peer-review-response](scientific-peer-review-response/SKILL.md) | 査読コメント構造化・ポイントバイポイント回答・リバッタルレター生成 | 汎用 |
|
|
71
|
+
| 12 | [scientific-revision-tracker](scientific-revision-tracker/SKILL.md) | 改訂履歴追跡・差分管理・変更マークアップ・トレーサビリティ検証 | 汎用 |
|
|
72
|
+
| 13 | [scientific-paper-quality](scientific-paper-quality/SKILL.md) | 可読性スコア・構造バランス・語彙品質・ジャーナル適合性・再現性チェック | 汎用 |
|
|
64
73
|
|
|
65
74
|
### B. 統計・探索的解析（3 種）
|
|
66
75
|
|
|
@@ -68,9 +77,9 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
68
77
|
|
|
69
78
|
| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|
|
70
79
|
|---|---|---|---|
|
|
71
|
-
|
|
|
72
|
-
|
|
|
73
|
-
|
|
|
80
|
+
| 14 | [scientific-eda-correlation](scientific-eda-correlation/SKILL.md) | 探索的データ解析・相関ヒートマップ・分布可視化 | 02, 12, 13 |
|
|
81
|
+
| 15 | [scientific-statistical-testing](scientific-statistical-testing/SKILL.md) | 仮説検定・多重比較・エンリッチメント・ベイズ推論 | 03, 04, 06, 07 |
|
|
82
|
+
| 16 | [scientific-pca-tsne](scientific-pca-tsne/SKILL.md) | PCA / t-SNE / UMAP 次元削減・クラスタリング | 02, 03, 07, 11, 13 |
|
|
74
83
|
|
|
75
84
|
### C. 機械学習・モデリング（3 種）
|
|
76
85
|
|
|
@@ -78,9 +87,9 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
78
87
|
|
|
79
88
|
| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|
|
80
89
|
|---|---|---|---|
|
|
81
|
-
|
|
|
82
|
-
|
|
|
83
|
-
|
|
|
90
|
+
| 17 | [scientific-ml-regression](scientific-ml-regression/SKILL.md) | マルチターゲット回帰・モデル比較・レーダーチャート | 05, 12, 13 |
|
|
91
|
+
| 18 | [scientific-ml-classification](scientific-ml-classification/SKILL.md) | 分類 ML・ROC・PR 曲線・混同行列・PDP・Volcano | 03, 05 |
|
|
92
|
+
| 19 | [scientific-feature-importance](scientific-feature-importance/SKILL.md) | Tree-based & Permutation 特徴量重要度・PDP | 05, 12, 13 |
|
|
84
93
|
|
|
85
94
|
### D. 実験計画・プロセス最適化（2 種）
|
|
86
95
|
|
|
@@ -88,8 +97,8 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
88
97
|
|
|
89
98
|
| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|
|
90
99
|
|---|---|---|---|
|
|
91
|
-
|
|
|
92
|
-
|
|
|
100
|
+
| 20 | [scientific-doe](scientific-doe/SKILL.md) | 田口直交表・CCD/Box-Behnken・ANOVA 因子効果・ベイズ最適化 | 汎用 |
|
|
101
|
+
| 21 | [scientific-process-optimization](scientific-process-optimization/SKILL.md) | 応答曲面法 (ML-RSM)・パレート最適化・プロセスウィンドウ | 12, 13 |
|
|
93
102
|
|
|
94
103
|
### E. 信号・スペクトル・時系列（3 種）
|
|
95
104
|
|
|
@@ -97,9 +106,9 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
97
106
|
|
|
98
107
|
| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|
|
99
108
|
|---|---|---|---|
|
|
100
|
-
|
|
|
101
|
-
|
|
|
102
|
-
|
|
|
109
|
+
| 22 | [scientific-spectral-signal](scientific-spectral-signal/SKILL.md) | スペクトル前処理・フィルタリング・ピーク検出 | 11 |
|
|
110
|
+
| 23 | [scientific-biosignal-processing](scientific-biosignal-processing/SKILL.md) | ECG R波/HRV・EEG バンドパワー/ERP・EMG バースト・Poincaré | 08 |
|
|
111
|
+
| 24 | [scientific-time-series](scientific-time-series/SKILL.md) | STL 分解・SARIMA 予測・変化点検出・FFT 周期解析・Granger 因果 | 汎用 |
|
|
103
112
|
|
|
104
113
|
### F. 生命科学・オミクス（5 種）
|
|
105
114
|
|
|
@@ -107,11 +116,11 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
107
116
|
|
|
108
117
|
| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|
|
109
118
|
|---|---|---|---|
|
|
110
|
-
|
|
|
111
|
-
|
|
|
112
|
-
|
|
|
113
|
-
|
|
|
114
|
-
|
|
|
119
|
+
| 25 | [scientific-bioinformatics](scientific-bioinformatics/SKILL.md) | scRNA-seq・PPI ネットワーク・バルク RNA-seq | 01, 04 |
|
|
120
|
+
| 26 | [scientific-metabolomics](scientific-metabolomics/SKILL.md) | PLS-DA/VIP スコア・Pareto スケーリング・パスウェイ濃縮 | 07 |
|
|
121
|
+
| 27 | [scientific-sequence-analysis](scientific-sequence-analysis/SKILL.md) | RSCU/CAI コドン解析・アラインメント・系統樹・ORF/CpG 島 | 09 |
|
|
122
|
+
| 28 | [scientific-multi-omics](scientific-multi-omics/SKILL.md) | CCA 正準相関・SNF ネットワーク融合・パスウェイ統合・マルチオミクスクラスタ | 汎用 |
|
|
123
|
+
| 29 | [scientific-network-analysis](scientific-network-analysis/SKILL.md) | ネットワーク構築・中心性・コミュニティ・PSP パス図 | 04, 07, 13 |
|
|
115
124
|
|
|
116
125
|
### G. 化学・材料・イメージング（3 種）
|
|
117
126
|
|
|
@@ -119,9 +128,9 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
119
128
|
|
|
120
129
|
| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|
|
121
130
|
|---|---|---|---|
|
|
122
|
-
|
|
|
123
|
-
|
|
|
124
|
-
|
|
|
131
|
+
| 30 | [scientific-cheminformatics](scientific-cheminformatics/SKILL.md) | RDKit 分子記述子・Tanimoto・構造アラート・Lipinski | 02, 05 |
|
|
132
|
+
| 31 | [scientific-materials-characterization](scientific-materials-characterization/SKILL.md) | Thornton-Anders SZM・XRD Scherrer・Tauc プロット | 11, 12, 13 |
|
|
133
|
+
| 32 | [scientific-image-analysis](scientific-image-analysis/SKILL.md) | Otsu/Watershed セグメンテーション・粒径分布・GLCM テクスチャ・蛍光合成 | 汎用 |
|
|
125
134
|
|
|
126
135
|
### H. 臨床・疫学・メタ科学（3 種）
|
|
127
136
|
|
|
@@ -129,9 +138,9 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
|
|
|
129
138
|
|
|
130
139
|
| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|
|
131
140
|
|---|---|---|---|
|
|
132
|
-
|
|
|
133
|
-
|
|
|
134
|
-
|
|
|
141
|
+
| 33 | [scientific-survival-clinical](scientific-survival-clinical/SKILL.md) | Kaplan-Meier・Cox PH・検出力分析・安全性解析 | 03, 06 |
|
|
142
|
+
| 34 | [scientific-causal-inference](scientific-causal-inference/SKILL.md) | PSM 傾向スコア・IPW・DID・RDD・DAG 共変量選択・Rosenbaum 感度分析 | 汎用 |
|
|
143
|
+
| 35 | [scientific-meta-analysis](scientific-meta-analysis/SKILL.md) | 固定/ランダム効果モデル・Forest/Funnel プロット・Egger 検定・サブグループ | 汎用 |
|
|
135
144
|
|
|
136
145
|
---
|
|
137
146
|
|
|
@@ -188,7 +197,10 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
|
|
|
188
197
|
│ ├── scientific-critical-review/
|
|
189
198
|
│ ├── scientific-supplementary-generator/
|
|
190
199
|
│ ├── scientific-latex-formatter/
|
|
191
|
-
│
|
|
200
|
+
│ ├── scientific-citation-checker/
|
|
201
|
+
│ ├── scientific-peer-review-response/
|
|
202
|
+
│ ├── scientific-revision-tracker/
|
|
203
|
+
│ └── scientific-paper-quality/
|
|
192
204
|
│
|
|
193
205
|
│── [B] 統計・探索的解析
|
|
194
206
|
│ ├── scientific-eda-correlation/
|
package/bin/satori.js
CHANGED
|
@@ -71,6 +71,7 @@ SATORI — Agent Skills for Science
|
|
|
71
71
|
Usage:
|
|
72
72
|
satori init [--force] [--dry-run] Install .github/ skills into current directory
|
|
73
73
|
satori help Show this help message
|
|
74
|
+
satori --version, -v Show version number
|
|
74
75
|
|
|
75
76
|
Options:
|
|
76
77
|
--force Overwrite existing .github/ directory
|
|
@@ -78,6 +79,11 @@ Options:
|
|
|
78
79
|
`);
|
|
79
80
|
}
|
|
80
81
|
|
|
82
|
+
function showVersion() {
|
|
83
|
+
const pkg = require(path.join(PACKAGE_ROOT, 'package.json'));
|
|
84
|
+
console.log(pkg.version);
|
|
85
|
+
}
|
|
86
|
+
|
|
81
87
|
switch (COMMAND) {
|
|
82
88
|
case 'init':
|
|
83
89
|
init();
|
|
@@ -88,6 +94,11 @@ switch (COMMAND) {
|
|
|
88
94
|
case undefined:
|
|
89
95
|
showHelp();
|
|
90
96
|
break;
|
|
97
|
+
case '--version':
|
|
98
|
+
case '-v':
|
|
99
|
+
case 'version':
|
|
100
|
+
showVersion();
|
|
101
|
+
break;
|
|
91
102
|
default:
|
|
92
103
|
console.error(`Unknown command: ${COMMAND}`);
|
|
93
104
|
showHelp();
|
package/package.json
CHANGED
|
@@ -1,6 +1,6 @@
|
|
|
1
1
|
{
|
|
2
2
|
"name": "@nahisaho/satori",
|
|
3
|
-
"version": "0.
|
|
3
|
+
"version": "0.5.1",
|
|
4
4
|
"description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
|
|
5
5
|
"main": "index.js",
|
|
6
6
|
"bin": {
|
|
@@ -26,4 +26,4 @@
|
|
|
26
26
|
"type": "git",
|
|
27
27
|
"url": "https://github.com/nahisaho/satori.git"
|
|
28
28
|
}
|
|
29
|
-
}
|
|
29
|
+
}
|