@nahisaho/satori 0.28.1 → 0.29.0

package/README.md

@@ -1037,6 +1037,5 @@ GitHub Actions で以下の 4 ジョブが `main` ブランチへの push / PR
 
 ## 参考
 
-- [SATORI 使い方ガイド](../../docs/qiita-satori-guide.md)
 - [GitHub Copilot Agent Skills ドキュメント](https://docs.github.com/en/copilot/concepts/agents/about-agent-skills)
 - [Agent Skills オープン標準](https://github.com/agentskills/agentskills)

package/bin/satori.js

@@ -265,7 +265,8 @@ const PIPELINES = [
     name: '実験計画・統計',
     domain: 'general',
     keywords: ['実験計画', 'DOE', '検出力', 'サンプルサイズ'],
-    skills: 'experimental-design → statistical-testing → reproducibility-assessment → publication-figures',
+    skills:
+      'experimental-design → experiment-fork → statistical-testing → experiment-template → reproducibility-assessment → publication-figures',
   },
   {
     id: 24,
@@ -279,7 +280,7 @@ const PIPELINES = [
     name: '学術出版',
     domain: 'literature',
     keywords: ['論文投稿', 'journal', 'グラント', 'grant'],
-    skills: 'academic-writing → critical-review → citation-network',
+    skills: 'academic-writing → peer-review → latex-export → critical-review → citation-network',
   },
   {
     id: 26,
@@ -310,7 +311,7 @@ const PIPELINES = [
     domain: 'cross-domain',
     keywords: ['研究自動化', '論文化', '仮説', 'research automation'],
     skills:
-      'deep-research → hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → data-preprocessing → statistical-testing → publication-figures → academic-writing → systematic-review',
+      'deep-research → hypothesis-pipeline → experiment-template → pipeline-scaffold → data-preprocessing → statistical-testing → publication-figures → academic-writing → systematic-review',
   },
   {
     id: 'D',
@@ -374,7 +375,7 @@ const PIPELINES = [
     domain: 'cross-domain',
     keywords: ['研究ライフサイクル', 'ラボ自動化', 'LIMS', 'ダッシュボード', 'グラント'],
     skills:
-      'lab-automation → lab-data-management → streaming-analytics → model-monitoring → data-profiling → advanced-visualization → interactive-dashboard → scientific-schematics → reproducible-reporting → paper-quality → latex-formatter → peer-review-response → grant-writing → preprint-archive',
+      'lab-automation → lab-data-management → streaming-analytics → model-monitoring → data-profiling → advanced-visualization → interactive-dashboard → scientific-schematics → reproducible-reporting → audit-report → paper-quality → peer-review → latex-formatter → latex-export → peer-review-response → grant-writing → preprint-archive',
   },
   {
     id: 'L',
@@ -398,7 +399,7 @@ const PIPELINES = [
     domain: 'cross-domain',
     keywords: ['バリューチェーン', 'EHR', '規制報告', '学術出版', 'HL7'],
     skills:
-      'clinical-standards → clinical-nlp → clinical-reporting → healthcare-ai → pharmacovigilance → regulatory-science → reproducible-reporting → paper-quality → latex-formatter → peer-review-response',
+      'clinical-standards → clinical-nlp → clinical-reporting → healthcare-ai → pharmacovigilance → regulatory-science → audit-report → reproducible-reporting → paper-quality → latex-formatter → peer-review-response',
   },
   {
     id: 'O',

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.28.1",
+  "version": "0.29.0",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {

package/src/.github/skills/scientific-audit-report/SKILL.md

@@ -0,0 +1,91 @@
+---
+name: scientific-audit-report
+description: |
+  実験の監査レポート・データ来歴（プロベナンス）生成スキル。
+  データ変換履歴・使用ツールのバージョン・データ整合性チェックを
+  含むトレーサビリティレポートを自動生成する。
+  「監査レポート作成」「データ来歴を記録」「トレーサビリティ」で発火。
+---
+
+# Scientific Audit Report
+
+実験のデータ来歴（プロベナンス）と変更履歴を追跡し、
+規制対応・再現性確保のための監査レポートを生成するスキル。
+
+## When to Use
+
+- 規制当局への提出用監査証跡が必要なとき
+- GLP / GMP / GCP 準拠のドキュメントを作成するとき
+- データの来歴・変換履歴を記録するとき
+- 実験の再現性を第三者に証明するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: 実験ログのスキャン
+- `messages.jsonl` の全エントリを読解
+- `conversation.md` のタイムラインを構築
+- 成果物の作成時刻・変更時刻を記録
+
+### Step 2: データ変換の追跡
+- 入力データ → 中間データ → 最終出力のフロー図
+- 各変換ステップで使用したツール・コマンド
+- データ形式の変換記録（CSV → DataFrame → 統計結果）
+
+### Step 3: 環境・バージョン情報
+- Python / R / Node.js バージョン
+- 使用ライブラリとバージョン（pip freeze / npm list）
+- OS・コンテナイメージ情報
+- AI モデル・バージョン
+
+### Step 4: データ整合性チェック
+- ファイルのチェックサム（SHA-256）
+- 行数・カラム数の検証
+- 欠損値・異常値の記録
+- 入力データと出力データの整合性
+
+### Step 5: コンプライアンス確認
+- データ保護（個人情報のマスキング）
+- 倫理審査の承認状況
+- ライセンス・利用規約の準拠
+
+## Output Format
+
+`audit_report.md`:
+
+```markdown
+# 監査レポート
+
+## 実験概要
+- 実験ID, 名称, 作成者, 期間
+
+## データ来歴（プロベナンス）
+### 入力データ
+### 変換フロー
+### 出力データ
+
+## 使用ツール・バージョン
+| ツール | バージョン | 用途 |
+|--------|-----------|------|
+
+## データ整合性チェック
+| ファイル | SHA-256 | サイズ | 検証結果 |
+|---------|---------|--------|---------|
+
+## タイムライン
+| 時刻 | 操作 | ユーザー |
+|------|------|---------|
+
+## コンプライアンス状況
+```
+
+## Examples
+
+- 「この実験の監査レポートを作成して」
+- 「データ来歴を記録して」
+- 「GLP準拠のトレーサビリティレポートを生成して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | データ来歴追跡・再現性確保ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-experiment-fork/SKILL.md

@@ -0,0 +1,69 @@
+---
+name: scientific-experiment-fork
+description: |
+  派生実験設計スキル。既存の実験をベースに条件を変更した派生実験を
+  設計する。実験計画法（DOE）に基づくパラメータ探索を支援。
+  「派生実験を設計して」「条件を変えて実験」「パラメータ探索」で発火。
+---
+
+# Scientific Experiment Fork
+
+既存の実験をベースに、パラメータを変更した派生実験を体系的に設計するスキル。
+実験計画法（DOE: Design of Experiments）に基づく効率的なパラメータ探索を支援。
+
+## When to Use
+
+- 成功した実験の条件を最適化するとき
+- パラメータ空間を体系的に探索するとき
+- 他のユーザーの実験をベースに発展させるとき
+- 直交表・応答曲面法を適用するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: ベース実験の分析
+- 元の実験条件・結果の要約
+- 主要パラメータの特定
+- 成功/失敗の要因分析
+
+### Step 2: 変更パラメータの選定
+- 感度分析による重要パラメータの抽出
+- 各パラメータの変動範囲の決定
+- 固定パラメータと変動パラメータの分離
+
+### Step 3: 実験計画の設計
+- 完全因子実験 / 部分因子実験
+- 直交表（L8, L16, L27）
+- 応答曲面法（Box-Behnken, CCD）
+- ラテン超方格サンプリング
+
+### Step 4: 実験条件マトリクスの生成
+
+### Step 5: 期待される結果の予測
+
+## Output Format
+
+`forked_experiment.md`:
+
+```markdown
+# 派生実験計画
+
+## ベース実験の要約
+## 変更パラメータ
+## 実験条件マトリクス
+| Run | Param A | Param B | Param C | Expected |
+|-----|---------|---------|---------|----------|
+## 期待される結果
+## 比較・評価計画
+```
+
+## Examples
+
+- 「ZnO薄膜の基板温度を200-500°Cで振って派生実験を設計して」
+- 「このPCR条件をベースにアニーリング温度を最適化して」
+- 「薬剤濃度の用量反応曲線実験を設計して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 実験計画法・パラメータ探索ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-experiment-template/SKILL.md

@@ -0,0 +1,85 @@
+---
+name: scientific-experiment-template
+description: |
+  実験テンプレート生成スキル。研究目的・仮説・手法・実験条件・評価基準・
+  スケジュールを構造化した実験計画書を自動作成する。
+  「実験テンプレート作成して」「実験計画を立てて」「実験プロトコルを作成」で発火。
+---
+
+# Scientific Experiment Template
+
+標準化された実験計画書を自動生成するスキル。IMRaD形式に準拠した
+構造化テンプレートにより、再現性の高い実験設計を支援する。
+
+## When to Use
+
+- 新しい実験の計画を立案するとき
+- 既存の実験を標準化フォーマットに整理するとき
+- チームメンバーと実験プロトコルを共有するとき
+- 研究倫理審査用の実験計画書を作成するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: 研究課題の明確化
+ユーザーの研究テーマから以下を抽出:
+- 研究背景（先行研究の要約）
+- 研究目的（具体的な問い）
+- 帰無仮説 / 対立仮説
+
+### Step 2: 実験デザインの設計
+- 実験タイプ（対照実験 / 因子実験 / 観察研究）
+- 独立変数・従属変数・制御変数
+- サンプルサイズの根拠（検出力分析）
+
+### Step 3: 材料・装置リスト
+- 試薬・サンプル（型番・ロット番号のプレースホルダー）
+- 装置（メーカー・モデル・校正情報）
+- ソフトウェア・バージョン
+
+### Step 4: 実験手順の詳細化
+番号付きステップで記述:
+1. 前処理・準備
+2. 測定・データ取得
+3. 後処理・クリーンアップ
+
+### Step 5: 評価指標の定義
+- 主要評価指標（Primary endpoint）
+- 副次評価指標（Secondary endpoints）
+- 統計解析手法（t検定 / ANOVA / 回帰分析）
+- 有意水準（α = 0.05）
+
+### Step 6: スケジュール・リスク管理
+- ガントチャート形式のタイムライン
+- リスク要因と対策
+- 倫理的配慮
+
+## Output Format
+
+`experiment_template.md` を以下の構造で生成:
+
+```markdown
+# 実験計画書: [タイトル]
+
+## 1. 研究背景・目的
+## 2. 仮説
+## 3. 実験デザイン
+## 4. 材料・装置
+## 5. 実験手順
+## 6. 評価指標・統計解析
+## 7. スケジュール
+## 8. リスク・注意事項
+## 9. 参考文献
+```
+
+## Examples
+
+**プロンプト例:**
+- 「ZnO薄膜のスパッタリング条件最適化の実験テンプレートを作成して」
+- 「CRISPR-Cas9によるノックアウト実験の計画を立てて」
+- 「薬物動態試験のプロトコルを作成して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 実験プロトコル標準化ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-latex-export/SKILL.md

@@ -0,0 +1,88 @@
+---
+name: scientific-latex-export
+description: |
+  実験結果を論文形式（LaTeX / IMRaD）にエクスポートするスキル。
+  Introduction・Materials & Methods・Results・Discussion の構造で
+  出版準備用の原稿を自動生成する。
+  「論文にして」「LaTeX出力」「出版準備」で発火。
+---
+
+# Scientific LaTeX Export
+
+実験結果を学術論文形式（IMRaD: Introduction, Materials & Methods,
+Results, Discussion）に構造化し、LaTeX ソースを生成するスキル。
+
+## When to Use
+
+- 実験結果を論文形式にまとめるとき
+- 学会発表用のアブストラクトを作成するとき
+- 共同研究者と出版用原稿を共有するとき
+- arXiv / bioRxiv へのプレプリント投稿を準備するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: 実験データの収集
+- 実験のメッセージ履歴を読解
+- 生成された成果物（CSV, 画像, レポート）を収集
+- 使用したスキル・ツールの記録
+
+### Step 2: IMRaD 構造への変換
+1. **Title & Abstract** — 研究の要約（250語以内）
+2. **Introduction** — 背景・目的・仮説
+3. **Materials & Methods** — 実験条件・手法・解析手法
+4. **Results** — データ・図表の記述
+5. **Discussion** — 結果の解釈・先行研究との比較・限界
+6. **References** — 引用文献（BibTeX形式）
+
+### Step 3: 図表の整形
+- matplotlib / R の図を publication-quality に調整
+- 表を LaTeX tabular 形式に変換
+- キャプションの作成
+
+### Step 4: LaTeX ソース生成
+
+## Output Format
+
+```markdown
+paper.tex       # LaTeX メインファイル
+paper.bib       # BibTeX 参考文献
+figures/        # 図ファイル
+```
+
+### LaTeX テンプレート構造:
+```latex
+\documentclass[12pt]{article}
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+\usepackage{graphicx, amsmath, booktabs, hyperref}
+\usepackage[japanese]{babel}  % 日本語対応
+
+\title{...}
+\author{...}
+\date{\today}
+
+\begin{document}
+\maketitle
+\begin{abstract} ... \end{abstract}
+
+\section{Introduction}
+\section{Materials and Methods}
+\section{Results}
+\section{Discussion}
+\section*{Acknowledgments}
+
+\bibliographystyle{unsrt}
+\bibliography{paper}
+\end{document}
+```
+
+## Examples
+
+- 「この実験結果を論文にして」
+- 「IMRaD形式でLaTeX出力して」
+- 「bioRxiv投稿用のプレプリントを準備して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 参考文献メタデータ・DOI 解決 |

package/src/.github/skills/scientific-peer-review/SKILL.md

@@ -0,0 +1,87 @@
+---
+name: scientific-peer-review
+description: |
+  実験結果の査読・レビュースキル。再現性・統計的妥当性・方法論の
+  健全性を体系的に評価し、構造化されたレビューレポートを生成する。
+  「レビューして」「査読して」「実験結果を評価して」で発火。
+---
+
+# Scientific Peer Review
+
+実験結果を体系的に評価し、再現性・統計的妥当性・方法論の
+健全性についてフィードバックを提供するスキル。
+
+## When to Use
+
+- 実験結果の品質を評価するとき
+- 論文投稿前のセルフレビューを行うとき
+- チームメンバーの実験結果をレビューするとき
+- 統計解析の妥当性を確認するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: データ・レポートの読解
+- 実験データファイルの確認（CSV, JSON, 画像）
+- 実験レポート / conversation.md の読解
+- 使用手法・パラメータの把握
+
+### Step 2: 方法論の評価
+- 実験デザインの適切性（対照群の有無、ブラインド）
+- サンプルサイズの十分性
+- 測定方法の妥当性
+- バイアスの可能性
+
+### Step 3: 統計解析の検証
+- 使用された統計手法の適切性
+- 多重比較補正の有無
+- 効果量の報告
+- 信頼区間の記載
+- p値の解釈の妥当性
+
+### Step 4: 再現性の評価
+- 手順の詳細度（第三者が再現可能か）
+- データ・コードの公開状況
+- 環境条件の記録
+
+### Step 5: レビューレポート生成
+
+## Output Format
+
+`peer_review.md` を以下の構造で生成:
+
+```markdown
+# 査読レポート
+
+## 総合評価
+[A: 優秀 / B: 良好 / C: 要修正 / D: 大幅修正]
+
+## 1. 方法論の評価
+## 2. 統計解析の妥当性
+## 3. 再現性の評価
+## 4. データの品質
+## 5. 結論の妥当性
+## 6. 改善提案
+## 7. 推奨事項
+```
+
+## Scoring Criteria
+
+| 項目 | 評価基準 |
+|------|---------|
+| 方法論 | 実験デザインの適切性、対照群、ブラインド |
+| 統計 | 手法の適切性、多重比較、効果量 |
+| 再現性 | 手順の詳細度、データ公開 |
+| 結論 | データに基づいた論理的結論か |
+
+## Examples
+
+**プロンプト例:**
+- 「この実験結果をレビューして」
+- 「統計解析の妥当性を査読して」
+- 「再現性の観点から評価して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 査読指摘の文献裏付け検索 |