@nahisaho/satori 0.28.0 → 0.29.0

package/src/.github/skills/scientific-experiment-template/SKILL.md

@@ -0,0 +1,85 @@
+---
+name: scientific-experiment-template
+description: |
+  実験テンプレート生成スキル。研究目的・仮説・手法・実験条件・評価基準・
+  スケジュールを構造化した実験計画書を自動作成する。
+  「実験テンプレート作成して」「実験計画を立てて」「実験プロトコルを作成」で発火。
+---
+
+# Scientific Experiment Template
+
+標準化された実験計画書を自動生成するスキル。IMRaD形式に準拠した
+構造化テンプレートにより、再現性の高い実験設計を支援する。
+
+## When to Use
+
+- 新しい実験の計画を立案するとき
+- 既存の実験を標準化フォーマットに整理するとき
+- チームメンバーと実験プロトコルを共有するとき
+- 研究倫理審査用の実験計画書を作成するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: 研究課題の明確化
+ユーザーの研究テーマから以下を抽出:
+- 研究背景（先行研究の要約）
+- 研究目的（具体的な問い）
+- 帰無仮説 / 対立仮説
+
+### Step 2: 実験デザインの設計
+- 実験タイプ（対照実験 / 因子実験 / 観察研究）
+- 独立変数・従属変数・制御変数
+- サンプルサイズの根拠（検出力分析）
+
+### Step 3: 材料・装置リスト
+- 試薬・サンプル（型番・ロット番号のプレースホルダー）
+- 装置（メーカー・モデル・校正情報）
+- ソフトウェア・バージョン
+
+### Step 4: 実験手順の詳細化
+番号付きステップで記述:
+1. 前処理・準備
+2. 測定・データ取得
+3. 後処理・クリーンアップ
+
+### Step 5: 評価指標の定義
+- 主要評価指標（Primary endpoint）
+- 副次評価指標（Secondary endpoints）
+- 統計解析手法（t検定 / ANOVA / 回帰分析）
+- 有意水準（α = 0.05）
+
+### Step 6: スケジュール・リスク管理
+- ガントチャート形式のタイムライン
+- リスク要因と対策
+- 倫理的配慮
+
+## Output Format
+
+`experiment_template.md` を以下の構造で生成:
+
+```markdown
+# 実験計画書: [タイトル]
+
+## 1. 研究背景・目的
+## 2. 仮説
+## 3. 実験デザイン
+## 4. 材料・装置
+## 5. 実験手順
+## 6. 評価指標・統計解析
+## 7. スケジュール
+## 8. リスク・注意事項
+## 9. 参考文献
+```
+
+## Examples
+
+**プロンプト例:**
+- 「ZnO薄膜のスパッタリング条件最適化の実験テンプレートを作成して」
+- 「CRISPR-Cas9によるノックアウト実験の計画を立てて」
+- 「薬物動態試験のプロトコルを作成して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 実験プロトコル標準化ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-latex-export/SKILL.md

@@ -0,0 +1,88 @@
+---
+name: scientific-latex-export
+description: |
+  実験結果を論文形式（LaTeX / IMRaD）にエクスポートするスキル。
+  Introduction・Materials & Methods・Results・Discussion の構造で
+  出版準備用の原稿を自動生成する。
+  「論文にして」「LaTeX出力」「出版準備」で発火。
+---
+
+# Scientific LaTeX Export
+
+実験結果を学術論文形式（IMRaD: Introduction, Materials & Methods,
+Results, Discussion）に構造化し、LaTeX ソースを生成するスキル。
+
+## When to Use
+
+- 実験結果を論文形式にまとめるとき
+- 学会発表用のアブストラクトを作成するとき
+- 共同研究者と出版用原稿を共有するとき
+- arXiv / bioRxiv へのプレプリント投稿を準備するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: 実験データの収集
+- 実験のメッセージ履歴を読解
+- 生成された成果物（CSV, 画像, レポート）を収集
+- 使用したスキル・ツールの記録
+
+### Step 2: IMRaD 構造への変換
+1. **Title & Abstract** — 研究の要約（250語以内）
+2. **Introduction** — 背景・目的・仮説
+3. **Materials & Methods** — 実験条件・手法・解析手法
+4. **Results** — データ・図表の記述
+5. **Discussion** — 結果の解釈・先行研究との比較・限界
+6. **References** — 引用文献（BibTeX形式）
+
+### Step 3: 図表の整形
+- matplotlib / R の図を publication-quality に調整
+- 表を LaTeX tabular 形式に変換
+- キャプションの作成
+
+### Step 4: LaTeX ソース生成
+
+## Output Format
+
+```markdown
+paper.tex       # LaTeX メインファイル
+paper.bib       # BibTeX 参考文献
+figures/        # 図ファイル
+```
+
+### LaTeX テンプレート構造:
+```latex
+\documentclass[12pt]{article}
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+\usepackage{graphicx, amsmath, booktabs, hyperref}
+\usepackage[japanese]{babel}  % 日本語対応
+
+\title{...}
+\author{...}
+\date{\today}
+
+\begin{document}
+\maketitle
+\begin{abstract} ... \end{abstract}
+
+\section{Introduction}
+\section{Materials and Methods}
+\section{Results}
+\section{Discussion}
+\section*{Acknowledgments}
+
+\bibliographystyle{unsrt}
+\bibliography{paper}
+\end{document}
+```
+
+## Examples
+
+- 「この実験結果を論文にして」
+- 「IMRaD形式でLaTeX出力して」
+- 「bioRxiv投稿用のプレプリントを準備して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 参考文献メタデータ・DOI 解決 |

package/src/.github/skills/scientific-peer-review/SKILL.md

@@ -0,0 +1,87 @@
+---
+name: scientific-peer-review
+description: |
+  実験結果の査読・レビュースキル。再現性・統計的妥当性・方法論の
+  健全性を体系的に評価し、構造化されたレビューレポートを生成する。
+  「レビューして」「査読して」「実験結果を評価して」で発火。
+---
+
+# Scientific Peer Review
+
+実験結果を体系的に評価し、再現性・統計的妥当性・方法論の
+健全性についてフィードバックを提供するスキル。
+
+## When to Use
+
+- 実験結果の品質を評価するとき
+- 論文投稿前のセルフレビューを行うとき
+- チームメンバーの実験結果をレビューするとき
+- 統計解析の妥当性を確認するとき
+
+## Quick Start
+
+### Step 1: データ・レポートの読解
+- 実験データファイルの確認（CSV, JSON, 画像）
+- 実験レポート / conversation.md の読解
+- 使用手法・パラメータの把握
+
+### Step 2: 方法論の評価
+- 実験デザインの適切性（対照群の有無、ブラインド）
+- サンプルサイズの十分性
+- 測定方法の妥当性
+- バイアスの可能性
+
+### Step 3: 統計解析の検証
+- 使用された統計手法の適切性
+- 多重比較補正の有無
+- 効果量の報告
+- 信頼区間の記載
+- p値の解釈の妥当性
+
+### Step 4: 再現性の評価
+- 手順の詳細度（第三者が再現可能か）
+- データ・コードの公開状況
+- 環境条件の記録
+
+### Step 5: レビューレポート生成
+
+## Output Format
+
+`peer_review.md` を以下の構造で生成:
+
+```markdown
+# 査読レポート
+
+## 総合評価
+[A: 優秀 / B: 良好 / C: 要修正 / D: 大幅修正]
+
+## 1. 方法論の評価
+## 2. 統計解析の妥当性
+## 3. 再現性の評価
+## 4. データの品質
+## 5. 結論の妥当性
+## 6. 改善提案
+## 7. 推奨事項
+```
+
+## Scoring Criteria
+
+| 項目 | 評価基準 |
+|------|---------|
+| 方法論 | 実験デザインの適切性、対照群、ブラインド |
+| 統計 | 手法の適切性、多重比較、効果量 |
+| 再現性 | 手順の詳細度、データ公開 |
+| 結論 | データに基づいた論理的結論か |
+
+## Examples
+
+**プロンプト例:**
+- 「この実験結果をレビューして」
+- 「統計解析の妥当性を査読して」
+- 「再現性の観点から評価して」
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 査読指摘の文献裏付け検索 |