@nahisaho/satori 0.17.0 → 0.19.0

package/src/.github/skills/scientific-drugbank-resources/SKILL.md

@@ -0,0 +1,269 @@
+---
+name: scientific-drugbank-resources
+description: |
+  DrugBank リソーススキル。DrugBank API を用いた薬剤記述・
+  薬理情報・標的タンパク質・薬物相互作用検索。
+  ToolUniverse 連携: drugbank。
+tu_tools:
+  - key: drugbank
+    name: DrugBank
+    description: 薬剤データベース API
+---
+
+# Scientific DrugBank Resources
+
+DrugBank API を活用した薬剤記述・薬理情報 (MOA)・標的タンパク質
+検索・薬物相互作用 (DDI) パイプラインを提供する。
+
+## When to Use
+
+- 薬剤の基本情報 (名前・分類・構造) を検索するとき
+- 薬理メカニズム (MOA) を調べるとき
+- 標的タンパク質から薬剤を逆引き検索するとき
+- 薬物相互作用 (DDI) を確認するとき
+- 薬剤の ADMET プロパティを取得するとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. 薬剤検索・基本情報
+
+```python
+import requests
+import pandas as pd
+
+DRUGBANK_API = "https://api.drugbank.com/v1"
+
+
+def drugbank_search(query, limit=25, api_key=None):
+    """
+    DrugBank — 薬剤テキスト検索。
+
+    Parameters:
+        query: str — 検索クエリ (例: "imatinib")
+        limit: int — 最大結果数
+        api_key: str — DrugBank API キー
+    """
+    headers = {}
+    if api_key:
+        headers["Authorization"] = f"Bearer {api_key}"
+
+    url = f"{DRUGBANK_API}/drugs"
+    params = {"q": query, "per_page": limit}
+    resp = requests.get(url, params=params,
+                        headers=headers, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    rows = []
+    for d in data:
+        rows.append({
+            "drugbank_id": d.get("drugbank_id", ""),
+            "name": d.get("name", ""),
+            "cas_number": d.get("cas_number", ""),
+            "drug_type": d.get("type", ""),
+            "state": d.get("state", ""),
+            "description": (d.get("description", "")
+                            [:200]),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(rows)
+    print(f"DrugBank search: '{query}' → {len(df)} drugs")
+    return df
+
+
+def drugbank_drug_detail(drugbank_id, api_key=None):
+    """
+    DrugBank — 薬剤詳細取得。
+
+    Parameters:
+        drugbank_id: str — DrugBank ID (例: "DB01254")
+        api_key: str — DrugBank API キー
+    """
+    headers = {}
+    if api_key:
+        headers["Authorization"] = f"Bearer {api_key}"
+
+    url = f"{DRUGBANK_API}/drugs/{drugbank_id}"
+    resp = requests.get(url, headers=headers, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    result = {
+        "drugbank_id": data.get("drugbank_id", ""),
+        "name": data.get("name", ""),
+        "description": data.get("description", ""),
+        "indication": data.get("indication", ""),
+        "pharmacodynamics": data.get(
+            "pharmacodynamics", ""),
+        "mechanism_of_action": data.get(
+            "mechanism_of_action", ""),
+        "absorption": data.get("absorption", ""),
+        "half_life": data.get("half_life", ""),
+        "protein_binding": data.get(
+            "protein_binding", ""),
+        "molecular_weight": data.get(
+            "average_molecular_weight", ""),
+    }
+    return result
+```
+
+## 2. 標的タンパク質検索
+
+```python
+def drugbank_targets(drugbank_id, api_key=None):
+    """
+    DrugBank — 薬剤の標的タンパク質取得。
+
+    Parameters:
+        drugbank_id: str — DrugBank ID
+        api_key: str — DrugBank API キー
+    """
+    headers = {}
+    if api_key:
+        headers["Authorization"] = f"Bearer {api_key}"
+
+    url = f"{DRUGBANK_API}/drugs/{drugbank_id}/targets"
+    resp = requests.get(url, headers=headers, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    rows = []
+    for t in data:
+        polypeptide = t.get("polypeptide", {}) or {}
+        rows.append({
+            "drugbank_id": drugbank_id,
+            "target_name": t.get("name", ""),
+            "organism": t.get("organism", ""),
+            "known_action": t.get("known_action", ""),
+            "gene_name": polypeptide.get(
+                "gene_name", ""),
+            "uniprot_id": polypeptide.get(
+                "external_identifiers", {}).get(
+                "UniProtKB", ""),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(rows)
+    print(f"DrugBank targets: {drugbank_id} "
+          f"→ {len(df)} targets")
+    return df
+```
+
+## 3. 薬物相互作用 (DDI)
+
+```python
+def drugbank_interactions(drugbank_id, api_key=None):
+    """
+    DrugBank — 薬物相互作用取得。
+
+    Parameters:
+        drugbank_id: str — DrugBank ID
+        api_key: str — DrugBank API キー
+    """
+    headers = {}
+    if api_key:
+        headers["Authorization"] = f"Bearer {api_key}"
+
+    url = (f"{DRUGBANK_API}/drugs/"
+           f"{drugbank_id}/drug_interactions")
+    resp = requests.get(url, headers=headers, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    rows = []
+    for inter in data:
+        rows.append({
+            "drug_a": drugbank_id,
+            "drug_b_id": inter.get(
+                "drugbank_id", ""),
+            "drug_b_name": inter.get("name", ""),
+            "description": inter.get(
+                "description", "")[:300],
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(rows)
+    print(f"DrugBank DDI: {drugbank_id} "
+          f"→ {len(df)} interactions")
+    return df
+```
+
+## 4. DrugBank 統合パイプライン
+
+```python
+def drugbank_pipeline(drug_name, api_key=None,
+                         output_dir="results"):
+    """
+    DrugBank 統合パイプライン。
+
+    Parameters:
+        drug_name: str — 薬剤名 (例: "imatinib")
+        api_key: str — DrugBank API キー
+        output_dir: str — 出力ディレクトリ
+    """
+    from pathlib import Path
+    output_dir = Path(output_dir)
+    output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    # 1) 検索
+    results = drugbank_search(drug_name,
+                              api_key=api_key)
+    results.to_csv(output_dir / "drugbank_search.csv",
+                   index=False)
+
+    if results.empty:
+        print(f"DrugBank: '{drug_name}' not found")
+        return {"search": results}
+
+    db_id = results.iloc[0]["drugbank_id"]
+
+    # 2) 詳細
+    detail = drugbank_drug_detail(db_id,
+                                  api_key=api_key)
+    pd.DataFrame([detail]).to_csv(
+        output_dir / "drugbank_detail.csv",
+        index=False)
+
+    # 3) 標的
+    targets = drugbank_targets(db_id,
+                               api_key=api_key)
+    targets.to_csv(output_dir / "drugbank_targets.csv",
+                   index=False)
+
+    # 4) DDI
+    ddi = drugbank_interactions(db_id,
+                                api_key=api_key)
+    ddi.to_csv(output_dir / "drugbank_ddi.csv",
+               index=False)
+
+    print(f"DrugBank pipeline: {drug_name} → {output_dir}")
+    return {"detail": detail, "targets": targets,
+            "ddi": ddi}
+```
+
+---
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|---------|
+| `drugbank` | DrugBank | 薬剤データベース API |
+
+## パイプライン統合
+
+```
+drug-target-profiling → drugbank-resources → admet-pharmacokinetics
+  (標的プロファイリング)   (DrugBank API)     (ADMET 予測)
+          │                     │                  ↓
+opentargets-genetics ──────────┘       compound-screening
+  (OT 薬剤エビデンス)                  (ZINC 化合物検索)
+```
+
+## パイプライン出力
+
+| ファイル | 説明 | 次スキル |
+|---------|------|---------|
+| `results/drugbank_search.csv` | 薬剤検索結果 | → drug-target-profiling |
+| `results/drugbank_detail.csv` | 薬剤詳細 | → admet-pharmacokinetics |
+| `results/drugbank_targets.csv` | 標的タンパク質 | → protein-interaction-network |
+| `results/drugbank_ddi.csv` | 薬物相互作用 | → pharmacogenomics |

package/src/.github/skills/scientific-gnomad-variants/SKILL.md

@@ -0,0 +1,356 @@
+---
+name: scientific-gnomad-variants
+description: |
+  gnomAD バリアントスキル。gnomAD (Genome Aggregation Database)
+  GraphQL API を用いた集団アレル頻度・遺伝子制約スコア
+  (pLI/LOEUF)・リージョンクエリ・トランスクリプトレベル
+  データ取得。ToolUniverse 連携: gnomad。
+tu_tools:
+  - key: gnomad
+    name: gnomAD
+    description: ゲノム集約データベース GraphQL API
+---
+
+# Scientific gnomAD Variants
+
+gnomAD (Genome Aggregation Database) GraphQL API を活用した
+集団アレル頻度取得・遺伝子制約スコア (pLI/LOEUF/Z-scores)・
+リージョンクエリ・トランスクリプトレベルデータパイプラインを
+提供する。
+
+## When to Use
+
+- バリアントの集団アレル頻度 (AF) を確認するとき
+- 遺伝子の LoF 不耐性 (pLI/LOEUF) を評価するとき
+- ゲノムリージョン内のバリアントを列挙するとき
+- 集団別 (gnomAD v4 exome/genome) 頻度を比較するとき
+- ClinVar/VEP アノテーションと頻度を統合するとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. バリアント集団頻度
+
+```python
+import requests
+import pandas as pd
+
+GNOMAD_API = "https://gnomad.broadinstitute.org/api"
+
+
+def gnomad_variant(variant_id, dataset="gnomad_r4"):
+    """
+    gnomAD — バリアント集団頻度取得。
+
+    Parameters:
+        variant_id: str — バリアント ID
+            (例: "1-55516888-G-A", chr-pos-ref-alt)
+        dataset: str — データセット
+            (例: "gnomad_r4", "gnomad_r3")
+    """
+    query = """
+    query gnomadVariant($variantId: String!,
+                        $dataset: DatasetId!) {
+      variant(variantId: $variantId,
+              dataset: $dataset) {
+        variant_id
+        chrom
+        pos
+        ref
+        alt
+        exome {
+          ac
+          an
+          af
+          ac_hom
+          populations {
+            id
+            ac
+            an
+            af
+          }
+        }
+        genome {
+          ac
+          an
+          af
+          ac_hom
+          populations {
+            id
+            ac
+            an
+            af
+          }
+        }
+        rsids
+        transcript_consequences {
+          gene_symbol
+          transcript_id
+          consequence
+          hgvsc
+          hgvsp
+          lof
+          lof_filter
+          polyphen_prediction
+          sift_prediction
+        }
+      }
+    }
+    """
+    variables = {"variantId": variant_id,
+                 "dataset": dataset}
+    resp = requests.post(GNOMAD_API,
+                         json={"query": query,
+                               "variables": variables},
+                         timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json().get("data", {}).get("variant")
+
+    if not data:
+        print(f"gnomAD: {variant_id} not found")
+        return {}
+
+    exome = data.get("exome") or {}
+    genome = data.get("genome") or {}
+
+    result = {
+        "variant_id": data["variant_id"],
+        "chrom": data["chrom"],
+        "pos": data["pos"],
+        "ref": data["ref"],
+        "alt": data["alt"],
+        "rsids": "; ".join(data.get("rsids", [])),
+        "exome_af": exome.get("af", 0),
+        "exome_ac": exome.get("ac", 0),
+        "exome_an": exome.get("an", 0),
+        "exome_hom": exome.get("ac_hom", 0),
+        "genome_af": genome.get("af", 0),
+        "genome_ac": genome.get("ac", 0),
+        "genome_an": genome.get("an", 0),
+        "genome_hom": genome.get("ac_hom", 0),
+    }
+
+    # 集団別頻度 (exome)
+    for pop in exome.get("populations", []):
+        result[f"exome_{pop['id']}_af"] = pop.get("af", 0)
+
+    print(f"gnomAD variant: {variant_id} "
+          f"(exome AF={result['exome_af']:.6f})")
+    return result
+```
+
+## 2. 遺伝子制約スコア (pLI/LOEUF)
+
+```python
+def gnomad_gene_constraint(gene_symbol,
+                              dataset="gnomad_r4"):
+    """
+    gnomAD — 遺伝子制約スコア取得。
+
+    Parameters:
+        gene_symbol: str — 遺伝子シンボル (例: "BRCA1")
+        dataset: str — データセット
+    """
+    query = """
+    query geneConstraint($gene: String!,
+                         $dataset: DatasetId!) {
+      gene(gene_symbol: $gene,
+           reference_genome: GRCh38) {
+        gene_id
+        symbol
+        gnomad_constraint {
+          exp_lof
+          exp_mis
+          exp_syn
+          obs_lof
+          obs_mis
+          obs_syn
+          oe_lof
+          oe_lof_lower
+          oe_lof_upper
+          oe_mis
+          oe_syn
+          lof_z
+          mis_z
+          syn_z
+          pLI
+        }
+      }
+    }
+    """
+    variables = {"gene": gene_symbol,
+                 "dataset": dataset}
+    resp = requests.post(GNOMAD_API,
+                         json={"query": query,
+                               "variables": variables},
+                         timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    gene = resp.json().get("data", {}).get("gene")
+
+    if not gene:
+        print(f"gnomAD gene: {gene_symbol} not found")
+        return {}
+
+    c = gene.get("gnomad_constraint") or {}
+    result = {
+        "gene_id": gene["gene_id"],
+        "symbol": gene["symbol"],
+        "pLI": c.get("pLI", None),
+        "LOEUF": c.get("oe_lof_upper", None),
+        "oe_lof": c.get("oe_lof", None),
+        "oe_mis": c.get("oe_mis", None),
+        "oe_syn": c.get("oe_syn", None),
+        "lof_z": c.get("lof_z", None),
+        "mis_z": c.get("mis_z", None),
+        "syn_z": c.get("syn_z", None),
+        "exp_lof": c.get("exp_lof", None),
+        "obs_lof": c.get("obs_lof", None),
+    }
+    pli = result.get("pLI") or 0
+    loeuf = result.get("LOEUF") or 0
+    print(f"gnomAD constraint: {gene_symbol} "
+          f"(pLI={pli:.3f}, LOEUF={loeuf:.3f})")
+    return result
+```
+
+## 3. リージョンクエリ
+
+```python
+def gnomad_region(chrom, start, stop,
+                     dataset="gnomad_r4", limit=500):
+    """
+    gnomAD — リージョンバリアント取得。
+
+    Parameters:
+        chrom: str — 染色体 (例: "1")
+        start: int — 開始位置 (GRCh38)
+        stop: int — 終了位置
+        dataset: str — データセット
+        limit: int — 最大結果数
+    """
+    query = """
+    query regionVariants($chrom: String!,
+                         $start: Int!,
+                         $stop: Int!,
+                         $dataset: DatasetId!) {
+      region(chrom: $chrom, start: $start,
+             stop: $stop,
+             reference_genome: GRCh38) {
+        variants(dataset: $dataset) {
+          variant_id
+          pos
+          ref
+          alt
+          exome { af ac an }
+          genome { af ac an }
+          rsids
+        }
+      }
+    }
+    """
+    variables = {"chrom": chrom, "start": start,
+                 "stop": stop, "dataset": dataset}
+    resp = requests.post(GNOMAD_API,
+                         json={"query": query,
+                               "variables": variables},
+                         timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json().get("data", {}).get("region", {})
+
+    rows = []
+    for v in data.get("variants", [])[:limit]:
+        exome = v.get("exome") or {}
+        genome = v.get("genome") or {}
+        rows.append({
+            "variant_id": v["variant_id"],
+            "pos": v["pos"],
+            "ref": v["ref"],
+            "alt": v["alt"],
+            "rsids": "; ".join(v.get("rsids", [])),
+            "exome_af": exome.get("af", 0),
+            "genome_af": genome.get("af", 0),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(rows)
+    print(f"gnomAD region: {chrom}:{start}-{stop} "
+          f"→ {len(df)} variants")
+    return df
+```
+
+## 4. gnomAD 統合パイプライン
+
+```python
+def gnomad_pipeline(gene_symbol, chrom, start, stop,
+                       output_dir="results"):
+    """
+    gnomAD 統合パイプライン。
+
+    Parameters:
+        gene_symbol: str — 遺伝子シンボル
+        chrom: str — 染色体
+        start: int — 開始位置
+        stop: int — 終了位置
+        output_dir: str — 出力ディレクトリ
+    """
+    from pathlib import Path
+    output_dir = Path(output_dir)
+    output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    # 1) 遺伝子制約スコア
+    constraint = gnomad_gene_constraint(gene_symbol)
+    pd.DataFrame([constraint]).to_csv(
+        output_dir / "gnomad_constraint.csv",
+        index=False)
+
+    # 2) リージョンバリアント
+    variants = gnomad_region(chrom, start, stop)
+    variants.to_csv(
+        output_dir / "gnomad_region.csv",
+        index=False)
+
+    # 3) レアバリアント抽出 (AF < 0.01)
+    if not variants.empty:
+        rare = variants[
+            (variants["exome_af"] < 0.01) |
+            (variants["genome_af"] < 0.01)
+        ]
+        rare.to_csv(
+            output_dir / "gnomad_rare.csv",
+            index=False)
+        print(f"  Rare variants: {len(rare)}")
+
+    print(f"gnomAD pipeline: {gene_symbol} "
+          f"→ {output_dir}")
+    return {"constraint": constraint,
+            "variants": variants}
+```
+
+---
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|---------|
+| `gnomad` | gnomAD | ゲノム集約データベース GraphQL (~7 tools) |
+
+## パイプライン統合
+
+```
+variant-interpretation → gnomad-variants → variant-effect-prediction
+  (ClinVar バリアント)     (gnomAD API)     (VEP/CADD/REVEL)
+          │                     │                   ↓
+  civic-evidence ──────────────┘         rare-disease-genetics
+  (CIViC 臨床)           │             (希少疾患遺伝学)
+                          ↓
+              opentargets-genetics
+              (OT 遺伝的関連)
+```
+
+## パイプライン出力
+
+| ファイル | 説明 | 次スキル |
+|---------|------|---------|
+| `results/gnomad_constraint.csv` | 遺伝子制約 | → rare-disease-genetics |
+| `results/gnomad_region.csv` | リージョンバリアント | → variant-interpretation |
+| `results/gnomad_rare.csv` | レアバリアント | → variant-effect-prediction |