@nahisaho/satori 0.16.0 → 0.18.0

package/src/.github/skills/scientific-paleobiology/SKILL.md

@@ -0,0 +1,265 @@
+---
+name: scientific-paleobiology
+description: |
+  古生物学データベーススキル。Paleobiology Database (PBDB) REST
+  API による化石産出記録・分類群・コレクション検索、地質年代
+  多様性曲線・古地理解析。ToolUniverse 連携: paleobiology。
+tu_tools:
+  - key: paleobiology
+    name: Paleobiology Database
+    description: PBDB 化石産出記録・分類群・コレクション検索
+---
+
+# Scientific Paleobiology
+
+Paleobiology Database (PBDB) REST API を活用した古生物学的
+多様性解析パイプラインを提供する。
+
+## When to Use
+
+- 化石産出記録 (occurrence) を検索するとき
+- 分類群 (taxa) の地質年代分布を調べるとき
+- 化石コレクション/産地情報を検索するとき
+- 地質年代を通じた多様性曲線を作成するとき
+- 大量絶滅イベントのパターンを分析するとき
+- 古地理的分布を解析するとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. PBDB 化石産出記録検索
+
+```python
+import requests
+import pandas as pd
+import numpy as np
+
+PBDB_BASE = "https://paleobiodb.org/data1.2"
+
+
+def pbdb_search_occurrences(taxon=None, interval=None,
+                              lngmin=None, lngmax=None,
+                              latmin=None, latmax=None, limit=1000):
+    """
+    PBDB — 化石産出記録検索。
+
+    Parameters:
+        taxon: str — 分類群名 (例: "Dinosauria", "Trilobita")
+        interval: str — 地質年代区間 (例: "Cretaceous", "Permian")
+        lngmin: float — 経度最小値
+        lngmax: float — 経度最大値
+        latmin: float — 緯度最小値
+        latmax: float — 緯度最大値
+        limit: int — 最大結果数
+    """
+    url = f"{PBDB_BASE}/occs/list.json"
+    params = {
+        "show": "coords,phylo,time",
+        "limit": limit,
+    }
+    if taxon:
+        params["base_name"] = taxon
+    if interval:
+        params["interval"] = interval
+    if all(v is not None for v in [lngmin, lngmax, latmin, latmax]):
+        params.update({
+            "lngmin": lngmin, "lngmax": lngmax,
+            "latmin": latmin, "latmax": latmax,
+        })
+
+    resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    records = resp.json().get("records", [])
+
+    results = []
+    for r in records:
+        results.append({
+            "occurrence_no": r.get("oid", ""),
+            "taxon_name": r.get("tna", ""),
+            "taxon_rank": r.get("rnk", ""),
+            "phylum": r.get("phl", ""),
+            "class": r.get("cll", ""),
+            "order": r.get("odl", ""),
+            "family": r.get("fml", ""),
+            "early_interval": r.get("oei", ""),
+            "late_interval": r.get("oli", ""),
+            "max_ma": r.get("eag", None),
+            "min_ma": r.get("lag", None),
+            "lng": r.get("lng", None),
+            "lat": r.get("lat", None),
+            "collection_no": r.get("cid", ""),
+            "reference_no": r.get("rid", ""),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(results)
+    print(f"PBDB occurrences: {len(df)} records "
+          f"(taxon={taxon}, interval={interval})")
+    return df
+```
+
+## 2. PBDB 分類群情報検索
+
+```python
+def pbdb_search_taxa(name=None, rank=None, interval=None, limit=500):
+    """
+    PBDB — 分類群検索。
+
+    Parameters:
+        name: str — 分類群名 (例: "Dinosauria")
+        rank: str — ランク (例: "genus", "family", "order")
+        interval: str — 地質年代区間
+        limit: int — 最大結果数
+    """
+    url = f"{PBDB_BASE}/taxa/list.json"
+    params = {
+        "show": "attr,app,size",
+        "limit": limit,
+    }
+    if name:
+        params["base_name"] = name
+    if rank:
+        params["rank"] = rank
+    if interval:
+        params["interval"] = interval
+
+    resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    records = resp.json().get("records", [])
+
+    results = []
+    for r in records:
+        results.append({
+            "taxon_no": r.get("oid", ""),
+            "taxon_name": r.get("nam", ""),
+            "rank": r.get("rnk", ""),
+            "parent_name": r.get("prl", ""),
+            "n_occs": r.get("noc", 0),
+            "first_appearance": r.get("fea", ""),
+            "last_appearance": r.get("lla", ""),
+            "extant": r.get("ext", ""),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(results)
+    print(f"PBDB taxa: {len(df)} records (name={name})")
+    return df
+```
+
+## 3. 地質年代多様性曲線
+
+```python
+def pbdb_diversity_curve(taxon, time_resolution="stage",
+                           rank="genus"):
+    """
+    PBDB — 地質年代多様性曲線生成。
+
+    Parameters:
+        taxon: str — 分類群名
+        time_resolution: str — "stage" or "epoch" or "period"
+        rank: str — カウントするランク ("genus", "family")
+    """
+    url = f"{PBDB_BASE}/occs/diversity.json"
+    params = {
+        "base_name": taxon,
+        "count": rank,
+        "time_reso": time_resolution,
+    }
+    resp = requests.get(url, params=params, timeout=60)
+    resp.raise_for_status()
+    records = resp.json().get("records", [])
+
+    results = []
+    for r in records:
+        results.append({
+            "interval_name": r.get("idn", ""),
+            "max_ma": r.get("eag", None),
+            "min_ma": r.get("lag", None),
+            "mid_ma": (float(r.get("eag", 0)) +
+                       float(r.get("lag", 0))) / 2,
+            "sampled_in_bin": r.get("dsb", 0),
+            "n_originations": r.get("dor", 0),
+            "n_extinctions": r.get("dex", 0),
+            "range_through": r.get("drt", 0),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(results)
+    print(f"PBDB diversity: {len(df)} intervals, "
+          f"max diversity={df['sampled_in_bin'].max()} {rank}")
+    return df
+```
+
+## 4. 古生物学統合パイプライン
+
+```python
+def paleobiology_pipeline(taxon, interval=None,
+                            output_dir="results"):
+    """
+    古生物学統合パイプライン。
+
+    Parameters:
+        taxon: str — 分類群名 (例: "Dinosauria")
+        interval: str — 地質年代区間 (オプション)
+        output_dir: str — 出力ディレクトリ
+    """
+    from pathlib import Path
+    output_dir = Path(output_dir)
+    output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    # 1) 産出記録
+    occ = pbdb_search_occurrences(taxon=taxon, interval=interval)
+    occ.to_csv(output_dir / "occurrences.csv", index=False)
+
+    # 2) 分類群情報
+    taxa = pbdb_search_taxa(name=taxon)
+    taxa.to_csv(output_dir / "taxa.csv", index=False)
+
+    # 3) 多様性曲線
+    diversity = pbdb_diversity_curve(taxon)
+    diversity.to_csv(output_dir / "diversity.csv", index=False)
+
+    # 4) 地理的サマリ
+    if "lat" in occ.columns and "lng" in occ.columns:
+        geo_summary = occ.groupby("early_interval").agg(
+            n_records=("occurrence_no", "count"),
+            mean_lat=("lat", "mean"),
+            mean_lng=("lng", "mean"),
+        ).reset_index()
+        geo_summary.to_csv(output_dir / "geo_summary.csv", index=False)
+
+    print(f"Paleobiology pipeline: {output_dir}")
+    return {
+        "occurrences": occ,
+        "taxa": taxa,
+        "diversity": diversity,
+    }
+```
+
+---
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|---------|
+| `paleobiology` | Paleobiology Database | 化石産出・分類群・コレクション検索 |
+
+## パイプライン統合
+
+```
+phylogenetics → paleobiology → environmental-ecology
+  (系統解析)   (化石記録)      (GBIF/生態)
+      │              │                ↓
+  taxonomy ─────────┘         environmental-geodata
+  (分類体系)    │              (環境モデリング)
+                ↓
+         macroevolution
+         (大進化パターン)
+```
+
+## パイプライン出力
+
+| ファイル | 説明 | 次スキル |
+|---------|------|---------|
+| `results/occurrences.csv` | 化石産出記録 | → environmental-ecology |
+| `results/taxa.csv` | 分類群情報 | → phylogenetics |
+| `results/diversity.csv` | 多様性曲線 | → macroevolution |
+| `results/geo_summary.csv` | 古地理サマリ | → environmental-geodata |

package/src/.github/skills/scientific-parasite-genomics/SKILL.md

@@ -0,0 +1,280 @@
+---
+name: scientific-parasite-genomics
+description: |
+  寄生虫ゲノミクススキル。PlasmoDB/VectorBase/ToxoDB REST API
+  による寄生虫ゲノム検索・遺伝子情報・薬剤標的同定・比較
+  ゲノミクス。直接 REST API 連携 (TU 外)。
+tu_tools: []
+---
+
+# Scientific Parasite Genomics
+
+VEuPathDB ファミリー (PlasmoDB, VectorBase, ToxoDB, TriTrypDB)
+の REST API を活用した寄生虫ゲノミクス解析パイプラインを提供
+する。
+
+## When to Use
+
+- マラリア原虫ゲノム (PlasmoDB) を検索するとき
+- 蚊・ダニ等の媒介生物ゲノム (VectorBase) を検索するとき
+- トキソプラズマゲノム (ToxoDB) を検索するとき
+- トリパノソーマ/リーシュマニアゲノム (TriTrypDB) を検索するとき
+- 寄生虫の薬剤標的候補を同定するとき
+- 寄生虫間の比較ゲノミクスを実施するとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. VEuPathDB 遺伝子検索
+
+```python
+import requests
+import pandas as pd
+import numpy as np
+
+VEUPATHDB_SITES = {
+    "plasmo": "https://plasmodb.org/plasmo/service",
+    "vector": "https://vectorbase.org/vectorbase/service",
+    "toxo": "https://toxodb.org/toxo/service",
+    "tritryp": "https://tritrypdb.org/tritrypdb/service",
+}
+
+
+def veupathdb_search_genes(organism, query, db="plasmo",
+                             limit=100):
+    """
+    VEuPathDB — 遺伝子検索。
+
+    Parameters:
+        organism: str — 生物種名 (例: "Plasmodium falciparum 3D7")
+        query: str — 検索キーワード (例: "kinase", "transporter")
+        db: str — データベース ("plasmo", "vector", "toxo", "tritryp")
+        limit: int — 最大結果数
+    """
+    base = VEUPATHDB_SITES.get(db, VEUPATHDB_SITES["plasmo"])
+    url = f"{base}/record-types/gene/searches/GenesByTextSearch"
+
+    payload = {
+        "searchConfig": {
+            "parameters": {
+                "text_expression": query,
+                "text_fields": "Gene ID,Gene Name or Symbol,"
+                                "Gene product",
+                "organism": [organism],
+            }
+        },
+        "reportConfig": {
+            "attributes": ["primary_key", "gene_name",
+                           "gene_product", "gene_type",
+                           "chromosome", "start_min",
+                           "end_max", "strand"],
+            "pagination": {"offset": 0, "numRecords": limit},
+        },
+    }
+    headers = {"Content-Type": "application/json"}
+    resp = requests.post(url, json=payload, headers=headers,
+                          timeout=60)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    results = []
+    for rec in data.get("records", []):
+        attrs = rec.get("attributes", {})
+        results.append({
+            "gene_id": attrs.get("primary_key", ""),
+            "gene_name": attrs.get("gene_name", ""),
+            "product": attrs.get("gene_product", ""),
+            "gene_type": attrs.get("gene_type", ""),
+            "chromosome": attrs.get("chromosome", ""),
+            "start": attrs.get("start_min", None),
+            "end": attrs.get("end_max", None),
+            "strand": attrs.get("strand", ""),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(results)
+    print(f"VEuPathDB ({db}) genes: {len(df)} results "
+          f"(organism={organism}, query={query})")
+    return df
+```
+
+## 2. 遺伝子機能アノテーション
+
+```python
+def veupathdb_gene_annotation(gene_id, db="plasmo"):
+    """
+    VEuPathDB — 遺伝子機能アノテーション取得。
+
+    Parameters:
+        gene_id: str — 遺伝子 ID (例: "PF3D7_1133400")
+        db: str — データベース
+    """
+    base = VEUPATHDB_SITES.get(db, VEUPATHDB_SITES["plasmo"])
+    url = f"{base}/record-types/gene/records/{gene_id}"
+
+    params = {
+        "attributes": "all",
+        "tables": "GoTerms,InterPro,MetabolicPathways,"
+                  "PubMed,EcNumber",
+    }
+    resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    attrs = data.get("attributes", {})
+    tables = data.get("tables", {})
+
+    annotation = {
+        "gene_id": gene_id,
+        "gene_name": attrs.get("gene_name", ""),
+        "product": attrs.get("gene_product", ""),
+        "molecular_weight": attrs.get("molecular_weight", ""),
+        "isoelectric_point": attrs.get("isoelectric_point", ""),
+        "signal_peptide": attrs.get("signal_peptide", ""),
+        "transmembrane_domains": attrs.get("transmembrane_domains", ""),
+    }
+
+    # GO Term 取得
+    go_terms = []
+    for go_rec in tables.get("GoTerms", []):
+        go_terms.append({
+            "go_id": go_rec.get("go_id", ""),
+            "go_term": go_rec.get("go_term_name", ""),
+            "ontology": go_rec.get("ontology", ""),
+            "evidence": go_rec.get("evidence_code", ""),
+        })
+    annotation["go_terms"] = go_terms
+
+    # InterPro ドメイン
+    domains = []
+    for d in tables.get("InterPro", []):
+        domains.append({
+            "interpro_id": d.get("interpro_primary_id", ""),
+            "name": d.get("interpro_name", ""),
+            "description": d.get("interpro_description", ""),
+        })
+    annotation["domains"] = domains
+
+    print(f"VEuPathDB annotation: {gene_id}, "
+          f"{len(go_terms)} GO terms, {len(domains)} domains")
+    return annotation
+```
+
+## 3. 薬剤標的候補スクリーニング
+
+```python
+def parasite_drug_target_screen(organism, db="plasmo",
+                                  essentiality_threshold=0.5):
+    """
+    寄生虫ゲノム — 薬剤標的候補スクリーニング。
+
+    Parameters:
+        organism: str — 生物種
+        db: str — データベース
+        essentiality_threshold: float — 必須性スコア閾値
+    """
+    # キナーゼ検索
+    kinases = veupathdb_search_genes(organism, "kinase", db=db)
+    # プロテアーゼ検索
+    proteases = veupathdb_search_genes(organism, "protease", db=db)
+    # トランスポーター検索
+    transporters = veupathdb_search_genes(
+        organism, "transporter", db=db)
+
+    all_targets = pd.concat([kinases, proteases, transporters],
+                              ignore_index=True)
+    all_targets = all_targets.drop_duplicates(subset=["gene_id"])
+
+    # 薬剤標的性スコア (ヒューリスティック)
+    all_targets["target_class"] = "unknown"
+    all_targets.loc[
+        all_targets["gene_id"].isin(kinases["gene_id"]),
+        "target_class"] = "kinase"
+    all_targets.loc[
+        all_targets["gene_id"].isin(proteases["gene_id"]),
+        "target_class"] = "protease"
+    all_targets.loc[
+        all_targets["gene_id"].isin(transporters["gene_id"]),
+        "target_class"] = "transporter"
+
+    print(f"Drug target screen: {len(all_targets)} candidates "
+          f"(kinases={len(kinases)}, proteases={len(proteases)}, "
+          f"transporters={len(transporters)})")
+    return all_targets
+```
+
+## 4. 寄生虫ゲノミクス統合パイプライン
+
+```python
+def parasite_genomics_pipeline(organism, query,
+                                  db="plasmo",
+                                  output_dir="results"):
+    """
+    寄生虫ゲノミクス統合パイプライン。
+
+    Parameters:
+        organism: str — 生物種 (例: "Plasmodium falciparum 3D7")
+        query: str — 検索クエリ
+        db: str — データベース
+        output_dir: str — 出力ディレクトリ
+    """
+    from pathlib import Path
+    output_dir = Path(output_dir)
+    output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    # 1) 遺伝子検索
+    genes = veupathdb_search_genes(organism, query, db=db)
+    genes.to_csv(output_dir / "genes.csv", index=False)
+
+    # 2) トップ遺伝子のアノテーション
+    annotations = []
+    for gene_id in genes["gene_id"].head(10):
+        try:
+            ann = veupathdb_gene_annotation(gene_id, db=db)
+            annotations.append(ann)
+        except Exception:
+            continue
+    ann_df = pd.DataFrame([{
+        k: v for k, v in a.items()
+        if not isinstance(v, list)
+    } for a in annotations])
+    ann_df.to_csv(output_dir / "annotations.csv", index=False)
+
+    # 3) 薬剤標的スクリーニング
+    targets = parasite_drug_target_screen(organism, db=db)
+    targets.to_csv(output_dir / "drug_targets.csv", index=False)
+
+    print(f"Parasite genomics pipeline: {output_dir}")
+    return {
+        "genes": genes,
+        "annotations": annotations,
+        "drug_targets": targets,
+    }
+```
+
+---
+
+## ToolUniverse 連携
+
+直接 REST API 使用 (VEuPathDB は ToolUniverse 外)。
+
+## パイプライン統合
+
+```
+infectious-disease → parasite-genomics → phylogenetics
+  (病原体情報)      (寄生虫ゲノム)       (系統解析)
+       │                   │                  ↓
+  drug-discovery ─────────┘           comparative-genomics
+  (薬剤探索)           │              (比較ゲノミクス)
+                        ↓
+                  pathway-enrichment
+                  (パスウェイ解析)
+```
+
+## パイプライン出力
+
+| ファイル | 説明 | 次スキル |
+|---------|------|---------|
+| `results/genes.csv` | 遺伝子一覧 | → phylogenetics |
+| `results/annotations.csv` | 機能アノテーション | → pathway-enrichment |
+| `results/drug_targets.csv` | 薬剤標的候補 | → drug-discovery |