@nahisaho/satori 0.10.0 → 0.11.1

package/README.md

@@ -7,7 +7,7 @@
 
 ## Overview
 
-このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **66 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。32 のスキルは [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールとも連携可能です。
+このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **76 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。42 のスキルは [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールとも連携可能です。
 
 ### パイプラインフロー
 
@@ -23,15 +23,24 @@ hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-revi
 
 ```
 research-methodology → grant-writing → hypothesis-pipeline    ← [O→A 研究計画]
+        │                    ↑                   ↓
+regulatory-science ───┘    scientific-schematics
+  (FDA/ISO/特許)         (研究計画図)
                                               ↓
 drug-target-profiling → admet-pharmacokinetics ─→ drug-repurposing
   (標的同定)           (ADMET/PK 評価)        (リポジショニング)
-        ↓                                            ↓
+        ↓                        │                    ↓
 protein-structure-analysis → protein-design → lab-automation
   (構造解析)               (de novo 設計)   (実験自動化)
+                                                     │
+                                              lab-data-management
+                                              (Benchling/DNAnexus/OMERO)
                                                      ↓
 variant-interpretation → clinical-decision-support → presentation-design
   (バリアント解釈)       (臨床意思決定)            (学会発表)
+        ↑
+pharmacogenomics
+  (PGx 代謝型)
 ```
 
 各ステップで生成されるファイルが次のステップに自動的に引き継がれます：
@@ -41,17 +50,23 @@ variant-interpretation → clinical-decision-support → presentation-design
 ```
 pharmacovigilance ← admet-pharmacokinetics       ← [P 安全性監視]
   (市販後安全性)     (前臨床 ADMET)                   ↓
+        │                                   regulatory-science
+        │                                   (FDA/ISO/特許)
+        ↓                                          ↓
 precision-oncology → clinical-decision-support → medical-imaging
   (腫瘍プロファイル)  (臨床意思決定)            (画像診断)
-        ↓                                           ↓
+        ↓              ↑                          ↓
 disease-research → variant-interpretation      → deep-learning
   (疾患-遺伝子)    (バリアント解釈)            (DL フレームワーク)
+                        ↑                          ↓
+              pharmacogenomics              neuroscience-electrophysiology
+              (PGx 代謝型)                (スパイクソート/EEG/HRV)
                                                      ↓
 quantum-computing → bayesian-statistics → graph-neural-networks
   (量子計算)       (ベイズ推論)          (GNN 分子予測)
-                                               ↓
-                  explainable-ai ← deep-learning ← [R 先端計算]
-                  (XAI 説明可能性)  (DL パイプライン)
+        │                                     ↓
+computational-materials  explainable-ai ← deep-learning ← [R 先端計算]
+  (pymatgen/VASP)        (XAI 説明可能性)  (DL パイプライン)
 ```
 
 **次世代オミクス・疫学パイプライン（T-Z）**
@@ -60,7 +75,15 @@ quantum-computing → bayesian-statistics → graph-neural-networks
 single-cell-genomics → spatial-transcriptomics     ← [T シングルセル・空間]
   (scRNA-seq QC)       (Visium/MERFISH)
         ↓                     ↓
-immunoinformatics → infectious-disease             ← [U 免疫・感染症]
+epigenomics-chromatin → gene-expression-transcriptomics
+  (ChIP-seq/ATAC/WGBS)   (GEO/GTEx/DESeq2)
+        │                     │
+        └─────────────┬─────┘
+                          ↓
+proteomics-mass-spectrometry → multi-omics      ← [F オミクス統合]
+  (LC-MS/MS/PTM/GNPS)         (統合解析)
+                                    ↓
+immuninformatics → infectious-disease             ← [U 免疫・感染症]
   (エピトープ予測)    (AMR・系統解析)
         ↓                     ↓
 microbiome-metagenomics → environmental-ecology    ← [V マイクロバイオーム・環境]
@@ -69,8 +92,11 @@ microbiome-metagenomics → environmental-ecology    ← [V マイクロバイ
 systems-biology           population-genetics       ← [W+Y モデル・集団]
   (SBML/FBA/GRN)           (Fst/ADMIXTURE)
         ↓                     ↓
-epidemiology-public-health → text-mining-nlp       ← [X+Z 疫学・NLP]
+epidemiolog-public-health → text-mining-nlp        ← [X+Z 疫学・NLP]
   (RR/OR/空間クラスタ)       (NER/KG/BERTopic)
+        ↑
+clinical-trials-analytics
+  (ClinicalTrials.gov)
 ```
 
 | フェーズ | 生成ファイル | 参照先 |
@@ -115,10 +141,20 @@ epidemiology-public-health → text-mining-nlp       ← [X+Z 疫学・NLP]
 | 疫学・公衆衛生 | `results/epi_risk_measures.json`, `results/spatial_clusters.json`, `results/dag_analysis.json` | → survival-clinical, causal-inference |
 | 集団遺伝学 | `results/pop_structure.json`, `results/fst_matrix.json`, `results/selection_scan.json` | → disease-research, variant-interpretation |
 | テキストマイニング | `results/ner_entities.json`, `results/knowledge_graph.json`, `results/topic_model.json` | → deep-research, meta-analysis |
+| 神経電気生理学 | `results/spike_sorting.json`, `results/eeg_erp.json`, `results/connectivity.json` | → biosignal, deep-learning |
+| プロテオミクス | `results/protein_quant.csv`, `results/ptm_sites.json`, `results/molecular_network.json` | → multi-omics, network-analysis |
+| トランスクリプトミクス | `results/deseq2_results.csv`, `results/gsea/`, `figures/volcano_rnaseq.png` | → bioinformatics, multi-omics |
+| 計算材料科学 | `results/structure.cif`, `figures/phase_diagram.png`, `figures/band_structure.png` | → quantum-computing |
+| 臨床試験解析 | `results/clinical_trials.csv`, `results/competitive_landscape.json` | → survival-clinical, meta-analysis |
+| ラボデータ管理 | `results/benchling_sequences.json`, `results/dnanexus_workflow_output.json` | → bioinformatics, lab-automation |
+| 科学図式 | `figures/consort_flow.svg`, `figures/nn_architecture.svg`, `figures/pathway.md` | → presentation, writing |
+| 規制科学 | `results/fda_orange_book.json`, `results/510k_clearances.csv`, `results/patent_search.csv` | → pharmacovigilance, clinical-trials |
+| 薬理ゲノミクス | `results/pgx_report.json`, `results/cpic_recommendations.json` | → variant-interpretation, clinical-decision |
+| エピゲノミクス | `results/peak_calls.bed`, `results/dmr_results.csv`, `results/chromatin_states.bed` | → single-cell, multi-omics |
 
 ### ToolUniverse MCP ツール連携
 
-32 のスキル（HIGH 13 + MEDIUM 9 + 新規 10）は、[ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP サーバー経由で 1,200 以上の外部科学ツールを利用可能です。各 SKILL.md 内の `### 利用可能ツール` セクションに対応ツールが記載されています。
+42 のスキル（HIGH 13 + MEDIUM 9 + 新規 20）は、[ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP サーバー経由で 1,200 以上の外部科学ツールを利用可能です。各 SKILL.md 内の `### 利用可能ツール` セクションに対応ツールが記載されています。
 
 ```
 SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・計算)
@@ -129,7 +165,7 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 │ drug-target-profiling│───MCP──│ UniProt, ChEMBL, DGIdb       │
 │ variant-interpretation│──MCP──│ ClinVar, gnomAD, ClinGen     │
 │ admet-pharmacokinetics│──MCP──│ ADMET-AI, PubChem, ChEMBL    │
-│ ... (32 skills total) │       │ ... (1,200+ tools)           │
+│ ... (42 skills total) │       │ ... (1,200+ tools)           │
 └──────────────────────┘        └─────────────────────────────┘
 ```
 
@@ -141,22 +177,22 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | B. 統計・探索的解析 | 3 | EDA・仮説検定・次元削減 |
 | C. 機械学習・モデリング | 3 | 回帰・分類・特徴量重要度 |
 | D. 実験計画・プロセス最適化 | 2 | DOE・応答曲面法・ベイズ最適化 |
-| E. 信号・スペクトル・時系列 | 3 | スペクトル解析・生体信号・時系列分解 |
-| F. 生命科学・オミクス | 5 | バイオインフォ・メタボロ・ゲノム配列・マルチオミクス・ネットワーク |
-| G. 化学・材料・イメージング | 3 | ケモインフォ・材料特性評価・画像解析 |
-| H. 臨床・疫学・メタ科学 | 3 | 生存解析・因果推論・メタアナリシス |
+| E. 信号・スペクトル・時系列 | 4 | スペクトル解析・生体信号・時系列分解・神経電気生理学 |
+| F. 生命科学・オミクス | 7 | バイオインフォ・メタボロ・ゲノム配列・マルチオミクス・ネットワーク・プロテオミクス・トランスクリプトミクス |
+| G. 化学・材料・イメージング | 4 | ケモインフォ・材料特性評価・画像形態解析・計算材料科学 |
+| H. 臨床・疫学・メタ科学 | 4 | 生存解析・因果推論・メタアナリシス・臨床試験解析 |
 | I. Deep Research | 1 | 科学文献深層リサーチ・エビデンス階層評価・ソース追跡・交差検証 |
 | J. 創薬・ファーマコロジー | 3 | 標的プロファイリング・ADMET/PK・ドラッグリポジショニング |
 | K. 構造生物学・タンパク質工学 | 2 | PDB/AlphaFold 構造解析・de novo タンパク質設計 |
 | L. 精密医療・臨床意思決定 | 2 | 変異解釈 (ACMG/AMP)・エビデンスベース臨床意思決定 |
-| M. 実験室自動化 | 1 | 液体ハンドリング・プロトコル管理・ELN/LIMS 連携 |
-| N. 科学プレゼンテーション | 1 | 科学スライド・ポスター・ワークフロー図 |
-| O. 研究計画・グラント | 2 | 助成金申請書・研究方法論・倫理審査 |
-| P. ファーマコビジランス | 1 | FAERS 不均衡分析・MedDRA 階層・安全性シグナル検出 |
+| M. 実験室自動化・データ管理 | 2 | 液体ハンドリング・プロトコル管理・ELN/LIMS 連携・ラボデータ管理 |
+| N. 科学プレゼンテーション・図式 | 2 | 科学スライド・ポスター・ワークフロー図・科学図式 |
+| O. 研究計画・グラント・規制 | 3 | 助成金申請書・研究方法論・倫理審査・規制科学 |
+| P. ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス | 2 | FAERS 不均衡分析・MedDRA 階層・安全性シグナル検出・PGx 代謝型 |
 | Q. 腫瘍学・疾患研究 | 2 | 精密腫瘍学 (CIViC/OncoKB)・疾患-遺伝子関連 (GWAS/Orphanet) |
 | R. 量子・先端計算 | 5 | 量子計算・GNN・ベイズ統計・説明可能 AI・深層学習 |
 | S. 医用イメージング | 1 | DICOM/NIfTI・WSI 病理画像・Radiomics・MONAI |
-| T. シングルセル・空間オミクス | 2 | scRNA-seq・Visium・MERFISH・CELLxGENE・RNA velocity |
+| T. シングルセル・空間・エピゲノミクス | 3 | scRNA-seq・Visium・MERFISH・CELLxGENE・RNA velocity・エピゲノミクス |
 | U. 免疫・感染症 | 2 | 免疫情報学・MHC 結合予測・病原体ゲノミクス・AMR・IEDB |
 | V. マイクロバイオーム・環境 | 2 | 16S/メタゲノム・α/β 多様性・SDM・OBIS・GBIF |
 | W. システム生物学 | 1 | SBML シミュレーション・FBA・GRN 推定・BioModels |
@@ -217,17 +253,18 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | 20 | [scientific-doe](scientific-doe/SKILL.md) | 田口直交表・CCD/Box-Behnken・ANOVA 因子効果・ベイズ最適化 | 汎用 |
 | 21 | [scientific-process-optimization](scientific-process-optimization/SKILL.md) | 応答曲面法 (ML-RSM)・パレート最適化・プロセスウィンドウ | 12, 13 |
 
-### E. 信号・スペクトル・時系列（3 種）
+### E. 信号・スペクトル・時系列（4 種）
 
-波形・周波数領域の解析を担うスキル群。
+波形・周波数領域・神経電気生理学の解析を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 22 | [scientific-spectral-signal](scientific-spectral-signal/SKILL.md) | スペクトル前処理・フィルタリング・ピーク検出 | 11 |
 | 23 | [scientific-biosignal-processing](scientific-biosignal-processing/SKILL.md) | ECG R波/HRV・EEG バンドパワー/ERP・EMG バースト・Poincaré | 08 |
 | 24 | [scientific-time-series](scientific-time-series/SKILL.md) | STL 分解・SARIMA 予測・変化点検出・FFT 周期解析・Granger 因果 | 汎用 |
+| 67 | [scientific-neuroscience-electrophysiology](scientific-neuroscience-electrophysiology/SKILL.md) | SpikeInterface/Kilosort4 スパイクソート・MNE EEG/ERP・NeuroKit2 HRV/EDA・脳機能結合 | 汎用 |
 
-### F. 生命科学・オミクス（5 種）
+### F. 生命科学・オミクス（7 種）
 
 バイオ・オミクス・ネットワーク解析を担うスキル群。
 
@@ -238,26 +275,30 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | 27 | [scientific-sequence-analysis](scientific-sequence-analysis/SKILL.md) | RSCU/CAI コドン解析・アラインメント・系統樹・ORF/CpG 島 | 09 |
 | 28 | [scientific-multi-omics](scientific-multi-omics/SKILL.md) | CCA 正準相関・SNF ネットワーク融合・パスウェイ統合・マルチオミクスクラスタ | 汎用 |
 | 29 | [scientific-network-analysis](scientific-network-analysis/SKILL.md) | ネットワーク構築・中心性・コミュニティ・PSP パス図 | 04, 07, 13 |
+| 68 | [scientific-proteomics-mass-spectrometry](scientific-proteomics-mass-spectrometry/SKILL.md) | pyOpenMS LC-MS/MS・ペプチド ID・タンパク質定量・PTM・GNPS 分子ネットワーク | 汎用 |
+| 69 | [scientific-gene-expression-transcriptomics](scientific-gene-expression-transcriptomics/SKILL.md) | GEO データ取得・PyDESeq2 差次発現・GTEx 組織発現/eQTL・GSEA | 汎用 |
 
-### G. 化学・材料・イメージング（3 種）
+### G. 化学・材料・イメージング（4 種）
 
-化学構造・材料特性評価・画像形態解析を担うスキル群。
+化学構造・材料特性評価・画像形態解析・計算材料科学を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 30 | [scientific-cheminformatics](scientific-cheminformatics/SKILL.md) | RDKit 分子記述子・Tanimoto・構造アラート・Lipinski | 02, 05 |
 | 31 | [scientific-materials-characterization](scientific-materials-characterization/SKILL.md) | Thornton-Anders SZM・XRD Scherrer・Tauc プロット | 11, 12, 13 |
 | 32 | [scientific-image-analysis](scientific-image-analysis/SKILL.md) | Otsu/Watershed セグメンテーション・粒径分布・GLCM テクスチャ・蛍光合成 | 汎用 |
+| 70 | [scientific-computational-materials](scientific-computational-materials/SKILL.md) | pymatgen 結晶構造・Materials Project・相図・バンド構造/DOS・VASP/QE I/O | 汎用 |
 
-### H. 臨床・疫学・メタ科学（3 種）
+### H. 臨床・疫学・メタ科学（4 種）
 
-臨床試験・因果推論・メタアナリシスを担うスキル群。
+臨床試験・因果推論・メタアナリシス・臨床試験解析を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 33 | [scientific-survival-clinical](scientific-survival-clinical/SKILL.md) | Kaplan-Meier・Cox PH・検出力分析・安全性解析 | 03, 06 |
 | 34 | [scientific-causal-inference](scientific-causal-inference/SKILL.md) | PSM 傾向スコア・IPW・DID・RDD・DAG 共変量選択・Rosenbaum 感度分析 | 汎用 |
 | 35 | [scientific-meta-analysis](scientific-meta-analysis/SKILL.md) | 固定/ランダム効果モデル・Forest/Funnel プロット・Egger 検定・サブグループ | 汎用 |
+| 71 | [scientific-clinical-trials-analytics](scientific-clinical-trials-analytics/SKILL.md) | ClinicalTrials.gov API v2 検索・競合ランドスケープ・AE/アウトカム抽出 | 汎用 |
 
 ### I. Deep Research（1 種）
 
@@ -295,38 +336,42 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | 42 | [scientific-variant-interpretation](scientific-variant-interpretation/SKILL.md) | ACMG/AMP 28 基準・薬理ゲノミクス (CPIC)・OncoKB 体細胞変異レベル | 汎用 |
 | 43 | [scientific-clinical-decision-support](scientific-clinical-decision-support/SKILL.md) | GRADE エビデンス枠組・精密腫瘍学ワークフロー・臨床試験マッチング | 汎用 |
 
-### M. 実験室自動化（1 種）
+### M. 実験室自動化・データ管理（2 種）
 
-ラボ実験の自動化とプロトコル管理を担うスキル。
+ラボ実験の自動化とデータ管理を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 44 | [scientific-lab-automation](scientific-lab-automation/SKILL.md) | PyLabRobot/Opentrons プロトコル・SOP テンプレート・ELN/LIMS 連携・QC 検証 | 汎用 |
+| 72 | [scientific-lab-data-management](scientific-lab-data-management/SKILL.md) | Benchling ELN/DNA 設計・DNAnexus PaaS・OMERO バイオイメージング・Protocols.io | 汎用 |
 
-### N. 科学プレゼンテーション（1 種）
+### N. 科学プレゼンテーション・図式（2 種）
 
-学会発表用スライド・ポスター・ワークフロー図のデザインを担うスキル。
+学会発表用スライド・ポスター・科学図式のデザインを担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 45 | [scientific-presentation-design](scientific-presentation-design/SKILL.md) | 15 スライド構成テンプレート・tikzposter・matplotlib ワークフロー図・アクセシビリティ | 汎用 |
+| 73 | [scientific-scientific-schematics](scientific-scientific-schematics/SKILL.md) | CONSORT フロー図・NN アーキテクチャ図・パスウェイ図・TikZ/SVG | 汎用 |
 
-### O. 研究計画・グラント（2 種）
+### O. 研究計画・グラント・規制（3 種）
 
-助成金申請書と研究方法論の設計を担うスキル群。
+助成金申請書と研究方法論・規制科学の設計を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 46 | [scientific-grant-writing](scientific-grant-writing/SKILL.md) | NIH Specific Aims テンプレート・JSPS 科研費・予算計画・Budget Justification | 汎用 |
 | 47 | [scientific-research-methodology](scientific-research-methodology/SKILL.md) | SCAMPER/TRIZ ブレインストーミング・研究デザインマトリクス・FINER 基準・IRB 倫理チェック | 汎用 |
+| 74 | [scientific-regulatory-science](scientific-regulatory-science/SKILL.md) | FDA Orange Book/医療機器 510(k)/ISO 13485 QMS/CAPA/USPTO 特許検索 | 汎用 |
 
-### P. ファーマコビジランス（1 種）
+### P. ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス（2 種）
 
-市販後医薬品安全性監視のためのシグナル検出・定量評価を担うスキル。
+市販後医薬品安全性監視と薬理ゲノミクスのためのシグナル検出・定量評価を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 48 | [scientific-pharmacovigilance](scientific-pharmacovigilance/SKILL.md) | FAERS 不均衡分析 (PRR/ROR/IC/EBGM)・MedDRA 階層・時系列トレンド・Naranjo 因果評価 | 汎用 |
+| 75 | [scientific-pharmacogenomics](scientific-pharmacogenomics/SKILL.md) | PharmGKB/CPIC ガイドライン・Star アレル・代謝型・FDA PGx バイオマーカー | 汎用 |
 
 ### Q. 腫瘍学・疾患研究（2 種）
 
@@ -357,14 +402,15 @@ DICOM・WSI 等の医用画像の解析・セグメンテーションを担う
 |---|---|---|---|
 | 56 | [scientific-medical-imaging](scientific-medical-imaging/SKILL.md) | DICOM/NIfTI 処理・MONAI U-Net/SwinUNETR・WSI パッチ抽出・Radiomics・3D 可視化 | 汎用 |
 
-### T. シングルセル・空間オミクス（2 種）
+### T. シングルセル・空間・エピゲノミクス（3 種）
 
-scRNA-seq・空間トランスクリプトミクスの解析パイプラインを担うスキル群。
+scRNA-seq・空間トランスクリプトミクス・エピゲノミクスの解析パイプラインを担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 57 | [scientific-single-cell-genomics](scientific-single-cell-genomics/SKILL.md) | scRNA-seq QC・Scanpy Leiden クラスタリング・DEG・RNA velocity・CellChat 細胞間通信 | 汎用 |
 | 58 | [scientific-spatial-transcriptomics](scientific-spatial-transcriptomics/SKILL.md) | Visium/MERFISH 前処理・Squidpy SVG 検出・空間ドメイン・cell2location デコンボリューション | 汎用 |
+| 76 | [scientific-epigenomics-chromatin](scientific-epigenomics-chromatin/SKILL.md) | ChIP-seq MACS2/3・ATAC-seq・WGBS DMR・ChromHMM・Hi-C TAD・モチーフ濃縮 | 汎用 |
 
 ### U. 免疫・感染症（2 種）
 
@@ -493,24 +539,29 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
 │── [E] 信号・スペクトル・時系列
 │   ├── scientific-spectral-signal/
 │   ├── scientific-biosignal-processing/
-│   └── scientific-time-series/
+│   ├── scientific-time-series/
+│   └── scientific-neuroscience-electrophysiology/
 │
 │── [F] 生命科学・オミクス
 │   ├── scientific-bioinformatics/
 │   ├── scientific-metabolomics/
 │   ├── scientific-sequence-analysis/
 │   ├── scientific-multi-omics/
-│   └── scientific-network-analysis/
+│   ├── scientific-network-analysis/
+│   ├── scientific-proteomics-mass-spectrometry/
+│   └── scientific-gene-expression-transcriptomics/
 │
 │── [G] 化学・材料・イメージング
 │   ├── scientific-cheminformatics/
 │   ├── scientific-materials-characterization/
-│   └── scientific-image-analysis/
+│   ├── scientific-image-analysis/
+│   └── scientific-computational-materials/
 │
 ├── [H] 臨床・疫学・メタ科学
 │   ├── scientific-survival-clinical/
 │   ├── scientific-causal-inference/
-│   └── scientific-meta-analysis/
+│   ├── scientific-meta-analysis/
+│   └── scientific-clinical-trials-analytics/
 │
 ├── [I] Deep Research
 │   └── scientific-deep-research/
@@ -528,18 +579,22 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
 │   ├── scientific-variant-interpretation/
 │   └── scientific-clinical-decision-support/
 │
-├── [M] 実験室自動化
-│   └── scientific-lab-automation/
+├── [M] 実験室自動化・データ管理
+│   ├── scientific-lab-automation/
+│   └── scientific-lab-data-management/
 │
-├── [N] 科学プレゼンテーション
-│   └── scientific-presentation-design/
+├── [N] 科学プレゼンテーション・図式
+│   ├── scientific-presentation-design/
+│   └── scientific-scientific-schematics/
 │
-└── [O] 研究計画・グラント
+└── [O] 研究計画・グラント・規制
     ├── scientific-grant-writing/
-    └── scientific-research-methodology/
+    ├── scientific-research-methodology/
+    └── scientific-regulatory-science/
 │
-├── [P] ファーマコビジランス
-│   └── scientific-pharmacovigilance/
+├── [P] ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス
+│   ├── scientific-pharmacovigilance/
+│   └── scientific-pharmacogenomics/
 │
 ├── [Q] 腫瘍学・疾患研究
 │   ├── scientific-precision-oncology/
@@ -555,9 +610,10 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
 └── [S] 医用イメージング
     └── scientific-medical-imaging/
 │
-│── [T] シングルセル・空間オミクス
+│── [T] シングルセル・空間・エピゲノミクス
 │   ├── scientific-single-cell-genomics/
-│   └── scientific-spatial-transcriptomics/
+│   ├── scientific-spatial-transcriptomics/
+│   └── scientific-epigenomics-chromatin/
 │
 │── [U] 免疫・感染症
 │   ├── scientific-immunoinformatics/

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.10.0",
+  "version": "0.11.1",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {

package/src/.github/skills/scientific-admet-pharmacokinetics/SKILL.md

@@ -373,3 +373,4 @@ def one_compartment_pk(dose, ka, ke, vd, time_points):
 | `scientific-drug-repurposing` | → ADMET 通過化合物のリポジショニング候補評価 |
 | `scientific-clinical-decision-support` | → PK パラメータの臨床応用 |
 | `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |
+| `scientific-regulatory-science` | → FDA 規制申請・承認履歴 |

package/src/.github/skills/scientific-clinical-decision-support/SKILL.md

@@ -300,3 +300,5 @@ Clinical decisions must be made by qualified healthcare professionals.
 | `scientific-deep-research` | ← 最新エビデンスの収集 |
 | `scientific-presentation-design` | → 臨床結果のプレゼンテーション |
 | `scientific-academic-writing` | → 研究成果の論文化 |
+| `scientific-clinical-trials-analytics` | ← 臨床試験マッチング・競合解析 |
+| `scientific-pharmacogenomics` | ← PGx バイオマーカー・投与量調整 |