@nahisaho/satori 0.1.0 → 0.2.0

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.1.0",
+  "version": "0.2.0",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/SKILL.md

@@ -305,7 +305,59 @@ We have revised the manuscript accordingly (page X, lines YY-ZZ).
 **Response**: [回答]
 ```
 
-### 8. Supplementary Information 構成
+### 8. 図の埋め込みワークフロー
+
+論文作成時、解析で生成した図を原稿内に埋め込む。`figures/` ディレクトリに
+保存された画像ファイルを自動的に検出し、Markdown の画像構文で本文に挿入する。
+
+```markdown
+## 図の埋め込みルール
+
+### 基本手順
+1. `figures/` ディレクトリを走査し、生成済みの画像ファイル一覧を取得する
+2. 各図を Results セクションの該当箇所に `![Figure N](figures/filename.png)` で埋め込む
+3. Figure Captions / Figure Legends セクションにも同じ画像を配置する
+4. Supplementary の図は `![Figure SN](figures/filename.png)` で埋め込む
+
+### 画像埋め込み構文
+
+#### 本文中（Results セクション）
+- 結果の記述と共に図を直接埋め込む
+- キャプションは図の直下に記述する
+
+![Figure 1](figures/fig1_overview.png)
+**Figure 1.** [図の説明]
+
+#### マルチパネル図
+- composite figure は 1 つの画像として埋め込む
+- パネルの説明はキャプション内で (a), (b), (c) で記述する
+
+![Figure 2](figures/fig2_composite.png)
+**Figure 2.** [図全体の説明。]
+(a) [パネル a]。(b) [パネル b]。(c) [パネル c]。
+
+### ジャーナル別の図参照 + 埋め込み
+
+| ジャーナル | 埋め込み例 |
+|---|---|
+| Nature 系 | `![Fig. 1](figures/fig1.png)` + `**Fig. 1 \| [タイトル].**` |
+| Science 系 | `![Fig. 1](figures/fig1.png)` + `**Fig. 1. [タイトル].**` |
+| ACS 系 | `![Figure 1](figures/figure1.png)` + `**Figure 1.** [説明]` |
+| IEEE 系 | `![Fig. 1](figures/fig1.png)` + `**Fig. 1.** [説明]` |
+| Elsevier 系 | `![Fig. 1](figures/fig1.png)` + `**Fig. 1.** [説明]` |
+| Qiita | `![代替テキスト](./figures/Fig1_description.png)` |
+
+### figures/ ディレクトリの走査
+
+論文執筆時、以下の手順で図を収集する:
+1. ワークスペース内の `figures/` ディレクトリを検索
+2. `.png`, `.svg`, `.pdf` ファイルを一覧取得
+3. ファイル名から図番号・内容を推定（例: `violin_hardness.png` → 硬さの Violin Plot）
+4. Results の記述順に合わせて Figure 番号を割り当て
+5. 本文中の該当箇所に画像を埋め込み、キャプションを生成
+```
+
+### 9. Supplementary Information 構成
 
 ```markdown
 ## Supplementary Information テンプレート

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/assets/acs_article.md

@@ -83,7 +83,11 @@ at an accelerating voltage of XX kV.
 
 ### [Subsection 1: 結果のテーマ]
 
-[結果の記述と解釈を織り交ぜる。Figure 1a,b を参照。]
+[結果の記述と解釈を織り交ぜる。]
+
+![Figure 1](figures/figure1.png)
+
+**Figure 1.** [タイトル。] (a) [パネル a の説明。] (b) [パネル b の説明。]
 
 As shown in Figure 1a, [結果の記述].
 This result is consistent with [先行研究の結果],⁶ suggesting that
@@ -91,11 +95,20 @@ This result is consistent with [先行研究の結果],⁶ suggesting that
 
 ### [Subsection 2: 結果のテーマ]
 
-[結果の記述と解釈。Figure 2 を参照。]
+[結果の記述と解釈。]
+
+![Figure 2](figures/figure2.png)
+
+**Figure 2.** [タイトル。] [説明]
 
 ### [Subsection 3: 結果のテーマ]
 
-[結果の記述と解釈。Figure 3 を参照。]
+[結果の記述と解釈。]
+
+![Figure 3](figures/figure3.png)
+
+**Figure 3.** [タイトル。] [説明]
+
 Additional characterization data are provided in the
 Supporting Information (Figure S1, Table S1).
 
@@ -164,6 +177,8 @@ The authors thank [謝辞の対象] for [貢献内容].
 
 ## Figure Captions
 
+<!-- 図は Results and Discussion セクションに埋め込み済み。以下はキャプション一覧（参照用）。 -->
+
 **Figure 1.** [タイトル（太字）。] [詳細な説明。]
 (a) [パネル a の説明。]
 (b) [パネル b の説明。]

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/assets/elsevier_article.md

@@ -99,7 +99,11 @@ considered statistically significant.
 
 ### 3.1. [Result 1 のタイトル]
 
-[結果の客観的な記述。Fig. 1(a) を参照。]
+[結果の客観的な記述。]
+
+![Fig. 1](figures/fig1.png)
+
+**Fig. 1.** [タイトル。] (a) [パネル a の説明。] (b) [パネル b の説明。]
 
 Fig. 1(a) shows [測定対象の説明].
 The [パラメータ] increased from XX to YY with increasing [条件]
@@ -107,7 +111,11 @@ The [パラメータ] increased from XX to YY with increasing [条件]
 
 ### 3.2. [Result 2 のタイトル]
 
-[結果の記述。Fig. 2 を参照。]
+[結果の記述。]
+
+![Fig. 2](figures/fig2.png)
+
+**Fig. 2.** [タイトル。] [説明]
 
 ### 3.3. [Result 3 のタイトル]
 
@@ -203,6 +211,8 @@ Author, A.B., Author, C.D., Author, E.F., 2024. Title of article.
 
 ## Figure Captions
 
+<!-- 図は Results セクションに埋め込み済み。以下はキャプション一覧（参照用）。 -->
+
 **Fig. 1.** [タイトル。] (a) [パネル a の説明。] (b) [パネル b の説明。]
 
 **Fig. 2.** [タイトル。] [説明]

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/assets/ieee_transactions.md

@@ -108,14 +108,22 @@ The proposed method was implemented in [language/framework].
 
 ### *B. [実験 1 のタイトル]*
 
-[結果の記述。Fig. 1(a) を参照。]
+[結果の記述。]
+
+![Fig. 1](figures/fig1.png)
+
+**Fig. 1.** [タイトル。] (a) [パネル a の説明。] (b) [パネル b の説明。]
 
 As shown in Fig. 1, the proposed method achieves [結果].
 TABLE I summarizes the quantitative comparison.
 
 ### *C. [実験 2 のタイトル]*
 
-[結果の記述。Fig. 2 を参照。]
+[結果の記述。]
+
+![Fig. 2](figures/fig2.png)
+
+**Fig. 2.** [タイトル。] [説明]
 
 ### *D. Computational Complexity*
 
@@ -165,6 +173,8 @@ The authors would like to thank [謝辞の対象] for [貢献内容].
 
 ## Figure Captions
 
+<!-- 図は本文セクションに埋め込み済み。以下はキャプション一覧（参照用）。 -->
+
 **Fig. 1.** [タイトル。] (a) [パネル a の説明。] (b) [パネル b の説明。]
 
 **Fig. 2.** [タイトル。] [説明]

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/assets/imrad_standard.md

@@ -77,17 +77,30 @@ Author A¹*, Author B², Author C¹
 ### 3.1 [Result 1 のタイトル]
 
 [客観的な結果の記述。図表を参照しながら定量的に述べる]
-(Figure 1, Table 1)
+
+![Figure 1](figures/fig1_result1.png)
+
+**Figure 1.** [一文目: 図全体の説明。] (a) [パネル a の説明。] (b) [パネル b の説明。]
+
+(Table 1)
 
 ### 3.2 [Result 2 のタイトル]
 
 [客観的な結果の記述]
-(Figure 2, Table 2)
+
+![Figure 2](figures/fig2_result2.png)
+
+**Figure 2.** [キャプション]
+
+(Table 2)
 
 ### 3.3 [Result 3 のタイトル]
 
 [客観的な結果の記述]
-(Figure 3)
+
+![Figure 3](figures/fig3_result3.png)
+
+**Figure 3.** [キャプション]
 
 ---
 
@@ -160,6 +173,8 @@ The data that support the findings of this study are available from the correspo
 
 ## Figure Captions
 
+<!-- 図は Results セクションに埋め込み済み。以下はキャプション一覧（参照用）。 -->
+
 **Figure 1.** [一文目: 図全体の説明（太字推奨）] [パネルごとの説明: (a) ..., (b) ..., (c) ...]
 
 **Figure 2.** [キャプション]

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/assets/nature_article.md

@@ -45,15 +45,23 @@ Here we report [本研究のアプローチと主要な発見を 1-2 文で予
 
 ### [Result 1 のタイトル — 発見内容を反映]
 
-[結果の記述。Fig. 1a を参照。定量値 ± 誤差を明記。]
+[結果の記述。定量値 ± 誤差を明記。]
+
+![Fig. 1](figures/fig1.png)
+
+**Fig. 1 | [タイトル].** **a**, [パネル a の説明]。**b**, [パネル b の説明]。Data are mean ± s.e.m. (n = XX).
 
 ### [Result 2 のタイトル]
 
-[結果の記述。Fig. 1b,c を参照。]
+[結果の記述。]
 
 ### [Result 3 のタイトル]
 
-[結果の記述。Fig. 2 を参照。統計情報: mean ± s.e.m., n = XX, P = X.XX。]
+[結果の記述。統計情報: mean ± s.e.m., n = XX, P = X.XX。]
+
+![Fig. 2](figures/fig2.png)
+
+**Fig. 2 | [タイトル].** [説明]
 
 ---
 
@@ -148,6 +156,8 @@ The authors declare no competing interests.
 
 ## Figure Legends
 
+<!-- 図は Results セクションに埋め込み済み。以下はキャプション一覧（参照用）。 -->
+
 **Fig. 1 | [タイトル（太字・簡潔）].** [詳細な説明。]
 **a**, [パネル a の説明].
 **b**, [パネル b の説明].

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/assets/science_research_article.md

@@ -55,15 +55,23 @@ Author A¹*, Author B¹†, Author C²
 
 ### [Result 1 のタイトル]
 
-[結果の記述 (Fig. 1A)。定量値を含む。]
+[結果の記述。定量値を含む。]
+
+![Fig. 1](figures/fig1.png)
+
+**Fig. 1. [タイトル].** (**A**) [パネル A の説明。] (**B**) [パネル B の説明。] (**C**) [パネル C の説明。] Error bars indicate mean ± SD (n = XX).
 
 ### [Result 2 のタイトル]
 
-[結果の記述 (Fig. 1, B and C)。]
+[結果の記述。]
 
 ### [Result 3 のタイトル]
 
-[結果の記述 (Fig. 2)。補足は (fig. S1) で参照。]
+[結果の記述。補足は (fig. S1) で参照。]
+
+![Fig. 2](figures/fig2.png)
+
+**Fig. 2. [タイトル].** [説明]
 
 ---
 
@@ -148,6 +156,8 @@ References (XX–YY)
 
 ## Figure Captions
 
+<!-- 図は Results セクションに埋め込み済み。以下はキャプション一覧（参照用）。 -->
+
 **Fig. 1. [タイトル（太字）].** [説明。]
 (**A**) [パネル A の説明。]
 (**B**) [パネル B の説明。]