@mcptoolshop/research-os 0.3.1 → 0.3.3

package/README.pt-BR.md

@@ -7,7 +7,7 @@
 </p>
 
 <p align="center">
-  <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/releases/tag/v0.1.0"><img src="https://img.shields.io/badge/version-0.1.0-blue" alt="version 0.1.0"></a>
+  <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/releases/tag/v0.3.3"><img src="https://img.shields.io/badge/version-0.3.3-blue" alt="version 0.3.3"></a>
   <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/actions/workflows/ci.yml"><img src="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/actions/workflows/ci.yml/badge.svg" alt="CI"></a>
   <a href="LICENSE"><img src="https://img.shields.io/badge/license-MIT-green" alt="MIT License"></a>
   <img src="https://img.shields.io/badge/node-%E2%89%A520-brightgreen" alt="Node ≥20">
@@ -24,7 +24,67 @@ Uma ferramenta de linha de comando (CLI) que transforma um tópico amplo em um "
 
 Não é um gerador de relatórios. Não é um framework de orquestração de LLMs (Large Language Models). Não escreve a síntese para você. Ele impõe as condições sob as quais a síntese pode começar.
 
-**A versão 0.1 foi usada apenas uma vez: por si só, em si mesma.** Essa única utilização identificou sete falhas na `research-os`, todas corrigidas antes desta versão. O histórico de validação — sete sessões, dois padrões de integração implementados, 463 casos de teste `vitest`, um pacote finalizado — está disponível em [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md). Manual completo: <https://mcp-tool-shop-org.github.io/research-os/handbook/>.
+Os pacotes congelados são armazenados em [`mcp-tool-shop-org/research-packs`](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs) — e estão disponíveis, com dois pacotes iniciais. Consulte [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md) para o caminho da versão 1.0.
+
+A versão 0.1 foi extensivamente testada em duas fases de testes internos. A primeira — em que o próprio "research-os" analisou suas próprias especificações — identificou sete inconsistências antes do lançamento da versão 0.1.0, cada uma exigindo uma correção no código e resultando em uma regra ou padrão de integração. A segunda (Experimento 1 da versão 1: durabilidade do fluxo de trabalho ComfyUI, 11 sessões, um domínio sem sobreposição de vocabulário com "research-os") foi concluída em 09 de maio de 2026: o pacote foi congelado, o arquivo está disponível e a aplicação do Padrão 2 foi concluída através do commit `22b5dba`. A documentação dos testes da versão 0.1 está disponível em [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md); a documentação do Experimento 1 está disponível em [`docs/experiment-1-proof.md`](docs/experiment-1-proof.md). O manual está disponível em: <https://mcp-tool-shop-org.github.io/research-os/handbook/>.
+
+## Instalação
+
+**Requisitos:** Node.js ≥ 20.
+
+```bash
+npm install -g @mcptoolshop/research-os
+```
+
+Para colaboradores que estão construindo a partir do código-fonte:
+
+```bash
+git clone https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os.git
+cd research-os
+npm install
+npm run build
+npm link
+```
+
+## Início rápido
+
+```bash
+# Create a new research-pack
+research-os init "How should X be structured?"
+
+# Add a section
+research-os section add 01-landscape --purpose "Map the current landscape"
+
+# Discover and approve sources, then gather
+research-os discover run 01-landscape
+research-os discover approve 01-landscape --top 8
+research-os gather 01-landscape --approved
+
+# Run the per-section chain
+research-os claim extract 01-landscape
+research-os claim audit-density 01-landscape
+research-os claim triage 01-landscape
+research-os contradict map 01-landscape --triaged-only
+research-os review 01-landscape --triaged-only --preset hermes-two-pass --profile hermes-two-pass
+research-os review-promote 01-landscape --profile hermes-two-pass
+research-os gate 01-landscape
+research-os section report 01-landscape
+
+# Pack-level finish
+research-os audit
+research-os index build --all
+research-os cowork handoff
+research-os synth workspace   # only if handoff returned synthesis_ready
+research-os freeze
+
+# Export to the research-packs archive
+research-os pack publish \
+  --to <research-packs>/packages/<name>
+```
+
+**Para um exemplo prático**, veja o pacote de teste em `research-os-packs/research-os-spec/` — todos os arquivos, todos os registros, todas as disposições, todas as "impressões digitais" do "freeze", tudo armazenado em arquivos que só podem ser adicionados. Esse pacote gerou o arquivo `docs/dogfood-proof.md`.
+
+**Requer que o [ollama-intern-mcp](https://github.com/mcp-tool-shop-org/ollama-intern-mcp) esteja em execução localmente** para extração, triagem, revisão e descoberta de modelos de linguagem (LLM). O modelo padrão é `hermes3:8b`; você pode alterá-lo definindo a variável de ambiente `OLLAMA_INTERN_MODEL=<modelo>`. Defina a variável de ambiente `OLLAMA_HOST` se o Ollama não estiver no endereço padrão `localhost:11434`.
 
 ## As 16 leis fundamentais
 
@@ -76,55 +136,6 @@ Cada etapa é um comando de linha de comando (CLI). Cada etapa grava informaçõ
 
 Esta é a alternativa estrutural para *pesquisar → resumir → gerar relatório detalhado*. A cadeia é o produto.
 
-## Instalação
-
-**Requisitos:** Node.js ≥ 20.
-
-```bash
-# From source (v0.1.0 is not yet published to npm)
-git clone https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os.git
-cd research-os
-npm install
-npm run build
-npm link   # makes `research-os` available on your PATH
-```
-
-## Início rápido
-
-```bash
-# Create a new research-pack
-research-os init "How should X be structured?"
-
-# Add a section
-research-os section add 01-landscape --purpose "Map the current landscape"
-
-# Discover and approve sources, then gather
-research-os discover run 01-landscape
-research-os discover approve 01-landscape --top 8
-research-os gather 01-landscape --approved
-
-# Run the per-section chain
-research-os claim extract 01-landscape
-research-os claim audit-density 01-landscape
-research-os claim triage 01-landscape
-research-os contradict map 01-landscape --triaged-only
-research-os review 01-landscape --triaged-only --preset hermes-two-pass --profile hermes-two-pass
-research-os review-promote 01-landscape --profile hermes-two-pass
-research-os gate 01-landscape
-research-os section report 01-landscape
-
-# Pack-level finish
-research-os audit
-research-os index build --all
-research-os cowork handoff
-research-os synth workspace   # only if handoff returned synthesis_ready
-research-os freeze
-```
-
-**Para um exemplo prático**, veja o pacote de teste em `research-os-packs/research-os-spec/` — todos os arquivos, todos os registros, todas as disposições, todas as "impressões digitais" do "freeze", tudo armazenado em arquivos que só podem ser adicionados. Esse pacote gerou o arquivo `docs/dogfood-proof.md`.
-
-**Requer que o [ollama-intern-mcp](https://github.com/mcp-tool-shop-org/ollama-intern-mcp) esteja em execução localmente** para extração, triagem, revisão e descoberta de modelos de linguagem (LLM). O modelo padrão é `hermes3:8b`; você pode alterá-lo definindo a variável de ambiente `OLLAMA_INTERN_MODEL=<modelo>`. Defina a variável de ambiente `OLLAMA_HOST` se o Ollama não estiver no endereço padrão `localhost:11434`.
-
 ## Vocabulário
 
 | Termo | Significado |
@@ -140,24 +151,39 @@ research-os freeze
 
 ## Status
 
+**v0.3.3** — Publicado no npm como `@mcptoolshop/research-os@0.3.3`, 10 de maio de 2026. Inclui melhorias na clareza da semântica das "gates" obtidas com o Pack-3 (durabilidade da exportação/runtime do Godot, Experimento 3, pacote nº 3 de 3). A saída da "gate" agora inclui contadores específicos da seção, além dos contadores globais (F-43); a mensagem `no_source_cluster_monopoly` foi alterada de um aviso para um diagnóstico informativo (F-41). **O comportamento de aprovação/reprovação não foi alterado; os pacotes congelados existentes são verificados byte a byte.** 570/570 testes do vitest passaram. Consulte o arquivo [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) e o arquivo [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md).
+
+**v0.3.2** — Publicado no npm como `@mcptoolshop/research-os@0.3.2`, 09 de maio de 2026. Inclui a normalização das reivindicações aceitas, levando em consideração a aprovação para publicação do pacote. A verificação estrita de igualdade entre `claim-reviews.jsonl` e `pack-audit.json::accepted_claims` foi substituída por uma comparação de conjuntos efetivos — as reivindicações aceitas são os `claim_id`s únicos cuja última decisão de revisão canônica é "aceita para síntese" (a última decisão prevalece para cada `claim_id`). Pacotes congelados cuja contagem de auditoria legada difere do conjunto efetivo agora são aceitos com um aviso, em vez de serem rejeitados; o arquivo de auditoria legada é preservado integralmente (Lei 15), enquanto o manifesto do arquivo reflete a contagem normalizada. A rejeição permanece intransigente para `claim_id`s inexistentes, decisões duplicadas incompatíveis e restrições não elegíveis para síntese. Obtido através do Experimento 3 XRPL pack Session K — a publicação do pacote foi rejeitada devido a uma divergência real no registro de fechamento (a Seção 07 continha 24 linhas brutas de "aceito para síntese", mas apenas 19 `claim_id`s únicos devido a janelas de revisores sobrepostas). 558/558 testes vitest passaram. Consulte [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) e [`docs/pack-publish.md`](docs/pack-publish.md).
+
+**v0.3.1** — publicado no npm como `@mcptoolshop/research-os@0.3.1`, em 09 de maio de 2026. Inclui isenções de direitos autorais de seção (`primary_source_waiver.section_waivers[]`) e um reconhecimento por parte do revisor, de modo que uma descoberta de "monopólio da fonte" em toda a seção seja um aviso visível, em vez de direcionar automaticamente todas as reclamações para "needs_source_repair". Isso foi obtido no Experimento 3, pacote XRPL, Sessão 2 — as seções do protocolo canônico (cadeias de base única, especificações de API fechadas, documentação de órgãos de padronização) inverteram a suposição de que a diversidade de publicadores é um indicador da qualidade da informação. 540/540 testes vitest passaram. Consulte [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) e [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md).
+
+**Isenções de direitos autorais por seção** — Use-as quando a diversidade de publicadores é estruturalmente incompatível com a fonte de informação da seção, e não quando uma seção simplesmente não conseguiu encontrar fontes suficientes. Inclui um campo "reason" (motivo) com validação de esquema e um array "compensating_controls" (controles compensatórios) que não pode estar vazio. A política do pacote `primary_source_waiver_allowed: false` bloqueia tanto as isenções de nível de pacote quanto as isenções de seção. O "workaround" (solução alternativa) anterior à versão 0.3.1, que permitia `min_independent_publishers: 0`, está agora obsoleto; os pacotes congelados existentes permanecem válidos sob seus recibos existentes. Consulte [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md) e o [manual do operador do repositório "research-packs"](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs/blob/main/docs/operator-playbook.md).
+
+**v0.3.0** — publicado em 09 de maio de 2026. Inclui a flag `--detector <auto|heuristic|ollama-intern>` no comando `contradict map` (correção F-09 do bloqueador de cadeia do Experimento 3, Sessão 1, pacote XRPL). 527/527 testes vitest passaram. A seleção do detector agora é uma escolha explícita do operador, em vez de uma dança dependente do estado com variáveis de ambiente; o modo é anunciado de forma visível em cada execução. Consulte [`docs/contradict-map.md`](docs/contradict-map.md).
+
+**v0.2.0** — publicado em 09 de maio de 2026. Inclui o comando `research-os pack publish` (Experimento 2) e a correção do predicado de prontidão para o Padrão 2. 515/515 testes vitest passaram. Consulte [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md). Os pacotes congelados são exportados para o repositório canônico "research-packs" com um único comando; o contrato de admissão é aplicado por código, e não por uma lista de verificação. Consulte [`docs/pack-publish.md`](docs/pack-publish.md).
+
 **v0.1.0** — bloqueado em 2026-05-08. O pacote de teste em `research-os-packs/research-os-spec/` (repositório relacionado) atingiu o estado de bloqueio com 296 afirmações aceitas em 8 seções, 17 dispostas, 30 substituídas por operadores, 0 bloqueadores de correção ativos, 0 contradições não resolvidas, todos os "gates" com `synthesis_eligible=true`. 463/463 testes "vitest" passaram. Dezesseis leis fundamentais foram implementadas. Consulte [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md) para as sete descobertas e as "impressões digitais" dos registros de bloqueio.
 
+**Repositório monolítico "research-packs"** — está disponível em [`mcp-tool-shop-org/research-packs`](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs), com dois pacotes iniciais. `comfyui-workflow-durability` (Experimento 1, 302 reclamações aceitas, 8 seções) e `research-os-self-dogfood` (backfill do teste interno da versão 0.1, 296 reclamações aceitas, 8 seções). Ambos os pacotes PASSAM `verify-pack.mjs`.
+
+**Experimento 1 da versão 1 (durabilidade do fluxo de trabalho ComfyUI)** — FINALIZADO em 09 de maio de 2026. Todas as 8 seções em Terminal A, pacote congelado, arquivo disponível. Consulte [`docs/experiment-1-proof.md`](docs/experiment-1-proof.md) e [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md).
+
 ### O que a versão 0.1 não é
 
-- Não foi testada por usuários externos. A única execução de teste encontrou sete bugs.
-- Ainda não está disponível no npm. Instale a partir do código-fonte até que a publicação no npm ocorra.
-- Não é um gerador de conteúdo. O comando `synth workspace` gera o ambiente de trabalho estruturado; humanos (ou Cowork) escrevem o texto em relação aos IDs das afirmações aceitas.
-- Não tem estabilidade de API compatível com a versão semântica. A versão 1.0.0 é um estado alcançado, não uma data no calendário — consulte [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md) para os cinco experimentos que preencherão essa lacuna.
+- Não foi testado em condições reais por usuários externos. Três ciclos de testes internos foram concluídos — um autoreferencial e dois relacionados a domínios externos — e o Experimento 3 (estabilidade da API sob pressão externa) foi **CONCLUÍDO em 10 de maio de 2026**: todos os três pacotes (ComfyUI, XRPL, Godot) atingiram o estado de "freeze" sem alterações disruptivas na interface da linha de comando (CLI) v0.3.x. Este ciclo de testes resultou nas versões v0.3.0 com o recurso `--detector` (F-09), v0.3.1 com as opções de isenção de responsabilidade específicas da seção (F-10/F-11), v0.3.2 com a normalização da contabilidade de "accepted claims" (F-36) e v0.3.3 com a clareza da semântica das "gates" (F-43/F-41).
+- Não é um gerador de texto. O comando `synth workspace` gera o ambiente de trabalho estruturado; os humanos (ou o Cowork) escrevem o texto com base nos IDs de "accepted claims".
+- A estabilidade da API não é garantida pela versão semântica. A versão 1.0.0 é um estado alcançado, não uma data no calendário — consulte o arquivo [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md) para os seis experimentos que preencherão essa lacuna.
 
 ### Limitações conhecidas
 
-- **A origem do extrator não é visível na junção da porta.** Uma seção pode passar pelo limite aceitável, mesmo utilizando mecanismos de fallback heurísticos, quando o extrator calibrado (Ollama com o modelo configurado) não está disponível. Isso foi registrado como uma vulnerabilidade conhecida; as futuras melhorias reportarão as reivindicações aceitas pelo extrator e exigirão um número de reivindicações aceitas equivalente ao limite definido, provenientes do caminho calibrado.
-- **A seleção do modelo de revisão, além da linha de base calibrada `hermes-two-pass`, ainda não foi resolvida.** O ambiente de testes internos validou uma configuração de revisão; modelos alternativos precisam de sua própria calibração para cenários de falha simulada antes de poderem ser considerados confiáveis.
-- **O pacote de testes internos utilizou `mistral-nemo:12b` para a extração (o padrão é `hermes3:8b`).** O sistema apresentou alucinações, gerando resultados para domínios incorretos para nomes de seções que se referiam a si mesmas. Isso foi corrigido através de uma disciplina de precisão na consulta (ver manual) e URLs pré-definidas pelos operadores para tópicos ambíguos.
+- **A origem do extrator não é visível na junção da interface.** Uma seção pode passar pelo limite de reivindicações aprovadas, mesmo que utilize reivindicações de fallback heurísticas quando o extrator calibrado (Ollama com o modelo configurado) não estiver disponível. Isso foi registrado como o Experimento 4 no roteiro; aprimoramentos futuros indicarão as reivindicações aprovadas por extrator e exigirão o número mínimo de reivindicações aprovadas do caminho calibrado.
+- **A seleção do modelo de revisão além da linha de base calibrada `hermes-two-pass` não foi resolvida.** O ciclo de testes internos validou uma configuração de revisão; modelos alternativos precisam de sua própria calibração de recall de falhas simuladas antes de poderem ser confiáveis. Isso é o Experimento 5 no roteiro.
+- **O pacote de testes internos v0.1 utilizou `mistral-nemo:12b` para a extração (o padrão é `hermes3:8b`).** O modelo `hermes3:8b` não estava disponível neste ambiente durante o ciclo v0.1. Essa substituição será mantida até que seja disponibilizado um modelo baseado em hermes3 — isso é o Experimento 6 no roteiro. Para operadores em ambientes sem `hermes3:8b`, defina `OLLAMA_INTERN_MODEL` para um modelo disponível; URLs pré-configuradas pelo operador e disciplina na precisão das consultas (consulte o manual) ajudam a mitigar alucinações em tópicos ambíguos.
 
 ## Roteiro para a versão 1.0
 
-A versão 1.0 é um estado alcançado, não uma data de lançamento. Cinco experimentos estão em andamento entre a versão 0.1 e a versão 1.0: estabilidade da API sob pressão externa, um pacote de testes internos que não se refere a si mesmo, fechamento da lacuna de rastreabilidade do extrator, generalização da calibração do revisor além do `hermes-two-pass` e uma execução de linha de base limpa no `hermes3:8b`. O plano completo está disponível em [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md). A arquitetura permanece fixa; a versão 1.0 aprofunda o que a versão 0.1 demonstrou, em vez de reabri-lo.
+A versão v1.0 é um estado alcançado, não uma data de lançamento. Seis experimentos estão em andamento entre as versões v0.1 e v1.0 — testes internos não de referência (atualmente em andamento como o pacote de durabilidade do fluxo de trabalho ComfyUI), um comando `research-os pack publish` que automatiza a exportação para o monorepository canônico `research-packs` (Experimento 2, com escopo definido após a conclusão manual do Experimento 1), estabilidade da API sob pressão externa, fechamento da lacuna de rastreabilidade do extrator, generalização da calibração do revisor além de `hermes-two-pass` e uma execução de linha de base limpa em `hermes3:8b`. O Experimento 1 não está concluído no momento do congelamento do pacote; ele é finalizado quando o pacote congelado é lançado como o primeiro pacote no monorepository `research-packs`, juntamente com o pacote de testes internos da versão v0.1. O plano completo está em [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md). A arquitetura permanece bloqueada; a versão v1.0 aprofunda o que a versão v0.1 comprovou, em vez de reabri-lo.
 
 ## Licença
 

package/README.zh.md

@@ -7,7 +7,7 @@
 </p>
 
 <p align="center">
-  <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/releases/tag/v0.1.0"><img src="https://img.shields.io/badge/version-0.1.0-blue" alt="version 0.1.0"></a>
+  <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/releases/tag/v0.3.3"><img src="https://img.shields.io/badge/version-0.3.3-blue" alt="version 0.3.3"></a>
   <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/actions/workflows/ci.yml"><img src="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/actions/workflows/ci.yml/badge.svg" alt="CI"></a>
   <a href="LICENSE"><img src="https://img.shields.io/badge/license-MIT-green" alt="MIT License"></a>
   <img src="https://img.shields.io/badge/node-%E2%89%A520-brightgreen" alt="Node ≥20">
@@ -16,77 +16,34 @@
 
 # research-os
 
-`research-os` 是一个本地优先的命令行工具，它将一个开放性的主题转化为一个结构化的**研究包**，在这个结构化的代码仓库中，Claude、Cowork或其他系统可以工作数小时，而不会出现幻觉或偏离研究方向。
+`research-os` 是一个本地优先的命令行工具，它将一个开放式的主题转化为一个结构化的 **研究包**，在这个结构化的代码仓库中，Claude、Cowork 或其他工具可以在不产生幻觉或歪曲研究结果的情况下工作数小时。
 
 ## 它是什么
 
-`research-os` 是“我想研究 X”和“一个经过验证、可追溯证据的基础”之间的控制层。它将发现线索与获取证据、原始提取与筛选后的论点、矛盾检测与矛盾解决、审查决策与综合结论等环节分开。每个步骤都会写入一个只追加的日志；每个准备就绪的判断都是基于这些日志计算得出的，而不是主观臆断。
+`research-os` 是“我想研究 X”和“一个经过验证、可追溯证据的基础”之间的控制层。它将发现线索与获取证据分离，将原始提取与筛选后的主张分离，将矛盾检测与矛盾解决分离，并将审查决策与综合结果分离。每个步骤都会写入一个只追加的日志；每个就绪的判断都是基于这些日志计算得出，而不是主观声明。
 
-它不是一个报告生成器。它不是一个大型语言模型（LLM）编排的**框架**。它不会为你自动生成综合结论。它强制执行在开始综合之前必须满足的条件。
+它不是一个报告生成器。它不是一个 LLM 编排的框架。它不会为你编写综合报告。它强制执行综合分析开始的条件。
 
-**v0.1 版本** 仅被使用过一次：它本身被用于测试自身。这次测试发现了 `research-os` 中的七个正确性问题，并在本次**发布**之前都已修复。完整的验证过程——七个会话、两种集成模式、463 个 `vitest` 测试用例、一个冻结的**研究包**——都记录在 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md) 文件中。 详细指南：<https://mcp-tool-shop-org.github.io/research-os/handbook/>。
+已冻结的研究包被归档在 [`mcp-tool-shop-org/research-packs`](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs) 仓库中，其中包含两个初始版本。请参阅 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md) 以了解 v1.0 的发展路线图。
 
-## 16 条核心原则
-
-| # | 原则 |
-|---|-----|
-| 1 | 在获得原始数据之前，不能进行综合。 |
-| 2 | 获取是证据；提取是解释。 |
-| 3 | 模型可以解释原始数据的片段，但不能生成证据片段。 |
-| 4 | 提取可能会产生过多的信息；综合不能简单地继承这些信息。 |
-| 5 | 矛盾映射会暴露潜在的冲突，但它不会解决、综合或决定哪个论点更胜一筹。 |
-| 6 | 闸门决定一个部分是否符合综合的条件。它们不进行综合，也不隐藏失败。 |
-| 7 | 对抗性审查用于评估研究的完整性。它不进行综合，也不重写原始数据。 |
-| 8 | 索引使研究结果可以被查询。它不创造新的事实，也不成为官方记录。 |
-| 9 | Cowork 模式将研究结果转化为可操作的指令。它不创造事实，也不绕过闸门。 |
-| 10 | 综合工作区用于组织 Cowork 模式中接受的研究结果。它不进行综合，也不绕过 Cowork 模式。 |
-| 11 | **研究包**审计汇总现有的研究结果。它不创造新的事实，也不隐藏部分级别的证据。 |
-| 12 | 发现阶段提出线索；只有获取阶段才能产生证据。 |
-| 13 | 只有当经过测试证明其能够准确回忆时，审查者才会被信任。 |
-| 14 | 论点的数量并不能代表研究的质量。在进行综合之前，必须对论点进行筛选。 |
-| 15 | 冻结锁定已完成的研究结果。它不完成未完成的研究，也不将修复状态转化为证据。 |
-| 16 | 豁免可以放宽对原始数据的限制，但不能制造证据。 |
-
-**第 3 条原则**：大型语言模型（LLM）绝不能生成证据文本。`research-os` 构建了一个确定性的摘录日志（具有稳定 ID，例如 `ex_<source_id_hex>_001`）；大型语言模型选择摘录 ID；`research-os` 复制原始文本。 “释义作为引用”的错误类型在结构上是无法实现的。
-
-**第 14 条原则**：在提取和审查之间，`research-os claim triage`（论点筛选）会去重、限制每个来源的贡献，并将低价值的候选论点放入待处理队列。 论点筛选不会修改 `claims.jsonl` 文件；待处理的论点仍然保留在原始日志中。
-
-## v0.1 的工作流程链
-
-```
-discover
-→ gather
-→ claim extract
-→ claim audit-density
-→ claim triage
-→ contradict map
-→ contradict resolve
-→ review
-→ review-promote
-→ gate
-→ section report
-→ audit
-→ index build
-→ cowork handoff
-→ synth workspace
-→ freeze
-```
-
-每个步骤都是一个命令行指令。每个步骤都会写入只追加的记录。没有哪个步骤会合成、解决或创建新的事实——这些不变性是被强制执行的，而不是被信任的。审查环节会接受、拒绝或要求修复候选声明；“gate”会根据审查结果计算“synthesis_eligible”（合成资格）。“freeze”（冻结）是最终的完整性锁，只有当所有层都同意时，才会标记一个包为完成。请参阅[docs/dogfood-proof.md](docs/dogfood-proof.md)，了解v0.1版本的证明，该证明表明整个流程是端到端的。
-
-这是一种替代 *搜索 → 摘要 → 精美报告* 的结构化方法。这个流程是最终产品。
+v0.1 版本已经在两个内部测试阶段进行了压力测试。第一次测试——`research-os` 研究自身的规范——在 v0.1.0 发布之前发现了七个正确性问题，每个问题都需要实际的代码修复，并衍生出相应的规则或集成模式。第二次测试（v1 实验 1：ComfyUI 工作流程的稳定性，11 个会话，一个与 `research-os` 没有任何词汇重叠的领域）于 2026-05-09 结束：研究包已冻结，归档已上线，模式 2 的执行通过提交 `22b5dba` 完成。v0.1 版本的验证记录位于 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md)；实验 1 的验证记录位于 [`docs/experiment-1-proof.md`](docs/experiment-1-proof.md)。 详细文档：<https://mcp-tool-shop-org.github.io/research-os/handbook/>。
 
 ## 安装
 
 **要求：** Node.js ≥ 20。
 
 ```bash
-# From source (v0.1.0 is not yet published to npm)
+npm install -g @mcptoolshop/research-os
+```
+
+对于从源代码构建的贡献者：
+
+```bash
 git clone https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os.git
 cd research-os
 npm install
 npm run build
-npm link   # makes `research-os` available on your PATH
+npm link
 ```
 
 ## 快速开始
@@ -119,41 +76,114 @@ research-os index build --all
 research-os cowork handoff
 research-os synth workspace   # only if handoff returned synthesis_ready
 research-os freeze
+
+# Export to the research-packs archive
+research-os pack publish \
+  --to <research-packs>/packages/<name>
+```
+
+**要查看一个实际的示例**，请参阅 `research-os-packs/research-os-spec/` 目录下的研究包——每个文件、每个记录、每个结论、每个冻结的指纹，都以只追加的日志形式存储在磁盘上。该研究包生成了 `docs/dogfood-proof.md`。
+
+**需要本地运行 [ollama-intern-mcp](https://github.com/mcp-tool-shop-org/ollama-intern-mcp)**，用于 LLM 的提取、筛选、审查和发现。默认模型是 `hermes3:8b`；可以使用 `OLLAMA_INTERN_MODEL=<model>` 进行覆盖。如果 Ollama 不在默认的 `localhost:11434` 地址上，请设置 `OLLAMA_HOST`。
+
+## 16 条核心规则
+
+| # | 规则 |
+|---|-----|
+| 1 | 在获得原始数据之前，不能进行综合分析。 |
+| 2 | 获取是证据；提取是解释。 |
+| 3 | 模型可以解释原始数据，但不能生成证据。 |
+| 4 | 提取可能会产生过多的信息；综合分析不能继承这种过剩。 |
+| 5 | 矛盾映射会暴露潜在的冲突，但它不会解决、综合或决定哪个主张是正确的。 |
+| 6 | 网关决定一个部分是否符合综合分析的条件。它们既不进行综合分析，也不隐藏失败。 |
+| 7 | 对抗性审查用于评估研究的完整性。它既不进行综合分析，也不重写原始数据。 |
+| 8 | 索引可以使研究结果可查询。它既不创建新的事实，也不成为原始记录。 |
+| 9 | Cowork 协作模式将研究结果转化为可操作的指令。它既不创建事实，也不绕过网关。 |
+| 10 | 综合分析工作区用于组织 Cowork 协作模式中接受的研究结果。它既不进行综合分析，也不绕过协作模式。 |
+| 11 | 研究包审计汇总现有的研究结果。它既不创建新的事实，也不隐藏部分级别的证据。 |
+| 12 | 发现阶段提出线索；只有获取才能产生证据。 |
+| 13 | 只有在经过多次失败测试证明其可回溯性后，才能信任审查者。 |
+| 14 | 声称拥有大量信息并不代表研究质量。在进行综合分析之前，必须对这些信息进行筛选。 |
+| 15 | “冻结”状态锁定已完成的研究成果，但不会完成未完成的研究，也不会将修复状态转化为证据。 |
+| 16 | 豁免可以放宽对来源的限制，但不能用于伪造证据。 |
+
+**第三条规则**：大型语言模型（LLM）绝不会生成证据文本。`research-os` 构建一个确定性的摘录记录（具有稳定 ID，例如 `ex_<source_id_hex>_001`）；LLM 选择摘录 ID；`research-os` 复制原始文本。 “释义作为引用”的错误类型在结构上是无法实现的。
+
+**第十四条规则**：在提取和审查阶段，`research-os claim triage`（研究主张筛选）会去除重复项，限制每个来源的贡献，并将低价值的主张放入待处理队列。筛选过程不会修改 `claims.jsonl` 文件；待处理的主张仍然保留在原始记录中。
+
+## v0.1 工作流程链
+
+```
+discover
+→ gather
+→ claim extract
+→ claim audit-density
+→ claim triage
+→ contradict map
+→ contradict resolve
+→ review
+→ review-promote
+→ gate
+→ section report
+→ audit
+→ index build
+→ cowork handoff
+→ synth workspace
+→ freeze
 ```
 
-**要查看一个实际的示例，**请查看 `research-os-packs/research-os-spec/` 目录下的“dogfood”包——每个记录、每个凭证、每个处理结果、每个冻结指纹，都存储在只追加的日志文件中。该包生成了 `docs/dogfood-proof.md`。
+每个步骤都是一个命令行指令。每个步骤都会写入只追加的记录文件。任何步骤都不会进行综合、解决或创建新的真理——这些原则是强制执行的，而不是被信任的。审查人员可以接受、拒绝或要求修复候选主张；“门禁”系统会根据审查结果计算 `synthesis_eligible`（是否符合综合条件）；“冻结”是最终的完整性锁定，只有当所有层级都同意时，才会标记一个项目为已完成。请参阅 [docs/dogfood-proof.md](docs/dogfood-proof.md)，了解 v0.1 的完整证明，该证明表明整个链条是端到端的。
 
-**需要本地运行 [ollama-intern-mcp](https://github.com/mcp-tool-shop-org/ollama-intern-mcp)**，用于LLM提取、分诊、审查和发现。默认模型是 `hermes3:8b`；可以使用 `OLLAMA_INTERN_MODEL=<模型>` 来覆盖。如果Ollama没有安装在默认的 `localhost:11434` 上，请设置 `OLLAMA_HOST`。
+这是 *搜索 → 总结 → 生成报告* 的结构性替代方案。整个链条是最终产品。
 
-## 词汇表
+## 术语
 
 | 术语 | 含义 |
 |------|---------|
-| `research-os` | 控制平面 / 命令行 / 闸门 / 编排规则 (此仓库) |
-| `research-pack` | 用于一个研究项目的生成的仓库记录 |
-| `research section` | 在某个包内部的有限的调查单元 |
-| `research receipt` | 证明某个部分通过了源/声明/闸门检查 |
+| `research-os` | 控制平面 / 命令行 / 门禁 / 编排规则（此仓库） |
+| `research-pack` | 用于单个研究项目的生成仓库文件 |
+| `research section` | 在项目中，一个受限的调查单元 |
+| `research receipt` | 证明某个部分通过了来源/主张/门禁检查 |
 
 ## 安全性
 
-`research-os` 是一个本地优先的命令行工具。它在您指定的 research-pack 目录下读取和写入文件，并在使用 `gather` 命令时，会向您提供的源 URL 发送 HTTP 请求。它不会：运行服务器、接受入站连接、存储凭据或发送遥测数据。任何敏感信息都不会写入到包的记录中。请参阅 [SECURITY.md](SECURITY.md)，了解漏洞报告政策。
+`research-os` 是一个本地优先的命令行工具。它在您指定的“研究包”目录中读取和写入文件，并在使用 `gather` 命令时，会向外部发送 HTTP 请求以获取您提供的来源 URL。它不会：运行服务器、接受传入连接、存储凭据或发送遥测数据。任何敏感信息都不会写入到包文件中。请参阅 [SECURITY.md](SECURITY.md)，了解漏洞报告政策。
 
 ## 状态
 
-**v0.1.0** — 冻结于 2026-05-08。`research-os-packs/research-os-spec/` (兄弟仓库) 中的“dogfood”包已完成冻结，共接受了 8 个部分中的 296 个声明，17 个已处理，30 个被操作员覆盖，0 个活动修复阻塞，0 个未解决的矛盾，所有闸门 `synthesis_eligible=true`。463/463 个 vitest 测试通过。共有 16 条关键规则。请参阅 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md)，了解 7 个发现和冻结凭证指纹。
+**v0.3.3** — 已发布到 npm，版本号为 `@mcptoolshop/research-os@0.3.3`，发布日期：2026年5月10日。此版本改进了“门”机制的语义清晰度，这是Pack-3（Godot导出/运行时稳定性，实验3的第3个包）所取得的成果。现在，“门”的输出结果除了包含整个包的计数外，还包含按“门”划分的发布者和主要计数（F-43）；`no_source_cluster_monopoly` 的警告信息已更改为信息性诊断信息（F-41）。**通过/失败的行为未改变；现有的冻结包在字节级别上进行验证。** 570/570 个 vitest 测试通过。请参阅 [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) 和 [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md)。
+
+**v0.3.2** — 已发布到 npm，版本号为 `@mcptoolshop/research-os@0.3.2`，发布日期：2026年5月9日。此版本对“已接受的声明”进行了标准化处理，以适应“包发布”的流程。严格的 `claim-reviews.jsonl` 文件和 `pack-audit.json::accepted_claims` 之间的相等性检查已被替换为集合比较——已接受的声明是具有最新规范审查决策为 `accepted_for_synthesis` 的唯一 `claim_id`（`claim_id` 遵循“最新决策优先”原则）。对于那些其历史审计计数与集合比较结果不同的冻结包，现在会发出警告而不是拒绝；原始的审计文件将被完整保留（第15条规定），而归档清单会反映标准化后的计数。对于虚假 `claim_id`、不兼容的重复决策以及不符合合成条件的“门”，仍然会拒绝。这是 Experiment 3 XRPL pack Session K 的成果——由于实际的账本关闭时的差异，包发布被拒绝（第07部分有 24 行原始的 `accepted_for_synthesis` 数据，但由于审查窗口的重叠，只有 19 个唯一的 `claim_id`）。558/558 个 vitest 测试通过。请参阅 [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) 和 [`docs/pack-publish.md`](docs/pack-publish.md)。
+
+**v0.3.1** — 已发布到 npm，版本号为 `@mcptoolshop/research-os@0.3.1`，发布日期：2026-05-09。 包含按章节划分的来源豁免 (`primary_source_waiver.section_waivers[]`)，以及审查人员的确认，因此，如果某个章节的“来源垄断”被豁免，则该豁免会成为一个可见的提示，而不是自动将所有主张都标记为“需要修复来源”。 这是通过实验 3 XRPL 包的第二阶段实现的——针对“标准协议”部分的分析（包括单链、封闭式 API 规范和标准机构文档）推翻了“发布者多样性是衡量真理质量的指标”的假设。 540/540 个 vitest 测试通过。 请参阅 [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) 和 [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md)。
+
+**按章节划分的来源豁免**：当发布者多样性与该章节的真理来源结构上不兼容时，才使用这些豁免，而不是仅仅因为某个章节未能找到足够的来源。 豁免必须包含经过模式验证的 `reason`（原因）以及非空 `compensating_controls[]`（补偿控制）。 包策略 `primary_source_waiver_allowed: false` 会阻止包级别和章节级别的豁免。 之前的 v0.3.1 版本中，包级别的 `min_independent_publishers: 0` 是一种解决方法，现在已弃用；现有的已冻结的包仍然在现有记录下有效。 请参阅 [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md) 和 [research-packs 操作手册](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs/blob/main/docs/operator-playbook.md)。
+
+**v0.3.0** — 发布于 2026-05-09。 针对 `contradict map`，发布了 `--detector <auto|heuristic|ollama-intern>` 标志（来自 Experiment 3 Session 1，XRPL pack 的 F-09 chain-blocker 修复）。 此时，527/527 个 vitest 测试通过。 检测器的选择现在是明确的操作员选择，而不是依赖于状态的环境变量；模式会在每次运行时显式显示。 参见 [`docs/contradict-map.md`](docs/contradict-map.md)。
+
+**v0.2.0** — 发布于 2026-05-09。 发布了 `research-os pack publish`（Experiment 2）以及 Pattern 2 的就绪谓词修复。 此时，515/515 个 vitest 测试通过。 参见 [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md)。 冻结的软件包导出到标准的 `research-packs` 归档，只需一个命令即可完成； 许可协议由代码强制执行，而不是检查清单。 参见 [`docs/pack-publish.md`](docs/pack-publish.md)。
+
+**v0.1.0** — 2026-05-08 冻结了内部测试软件包。 位于 `research-os-packs/research-os-spec/`（兄弟仓库）的软件包已冻结，共包含 8 个部分，有 296 个已接受的声明，17 个已处理，30 个被操作员覆盖，0 个活动修复阻止器，0 个未解决的矛盾，所有条件 `synthesis_eligible=true`。 共有 16 条关键规则。 参见 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md)，其中包含七个发现和冻结确认的指纹。
+
+**research-packs 归档单库** — 位于 [`mcp-tool-shop-org/research-packs`](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs)，包含两个初始软件包。 `comfyui-workflow-durability`（Experiment 1，302 个已接受的声明，8 个部分）和 `research-os-self-dogfood`（v0.1 内部测试回填，296 个已接受的声明，8 个部分）。 这两个软件包都通过了 `verify-pack.mjs` 测试。
+
+**v1 Experiment 1 (ComfyUI 工作流程的稳定性)** — 已于 2026-05-09 结束。 终端 A 的所有 8 个部分已完成，软件包已冻结，归档已上线。 参见 [`docs/experiment-1-proof.md`](docs/experiment-1-proof.md) 和 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md)。
+
+### v0.3 的局限性
+
+- 未经外部用户进行实际测试。三个内部测试阶段已结束——一个自指，两个涉及外部领域——并且 Experiment 3（在外部压力下的 API 稳定性）已于 **2026年5月10日 结束**：所有三个包（ComfyUI、XRPL、Godot）都已冻结，并且没有对 v0.3.x 的命令行界面进行任何重大更改。这些测试阶段带来了 v0.3.0 的 `--detector` 功能（F-09）、v0.3.1 的按“门”划分的豁免（F-10/F-11）、v0.3.2 的标准化“已接受的声明”处理（F-36）以及 v0.3.3 的“门”机制语义清晰度（F-43/F-41）。
+- 不支持自动内容生成。`synth workspace` 命令用于生成结构化的工作区；人类（或 Cowork）负责根据已接受的声明 ID 编写内容。
+- API 不保证语义版本兼容。v1.0.0 是一个需要通过实验才能达到的状态，而不是一个日期的约定——请参阅 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md)，了解实现这一目标所需的六个实验。
 
-### v0.1 的局限性
+### 已知的局限性
 
-- 尚未经过外部用户的严格测试。在一次内部测试中发现了 7 个 bug。
-- 尚未发布到 npm。在 `npm publish` 之前，请从源代码安装。
-- 不是一个合成器。`synth workspace` 命令会生成结构化的工作区；人类（或 Cowork）会根据已接受的声明 ID 编写文本内容。
-- 在语义版本控制下，API 稳定性尚未确定。v1.0.0 版本将在外部用户验证了该接口之后发布。
+- **提取器的来源信息在接口处不可见。** 一个部分可以满足已接受声明的最低要求，同时依赖于启发式回退声明，当经过校准的提取器（配置了模型的 Ollama）不可用时。 这已记录为路线图中的 Experiment 4； 未来的改进将报告每个提取器的已接受声明，并要求满足接口要求的已接受声明数量来自校准路径。
+- **超出经过校准的 `hermes-two-pass` 基线的审查器模型选择尚未解决。** 内部测试阶段验证了一种审查器配置； 其他模型需要在它们被信任之前，进行种子失败召回校准。 这是路线图中的 Experiment 5。
+- **v0.1 内部测试软件包使用了 `mistral-nemo:12b` 进行提取（标准的默认配置是 `hermes3:8b`）。** 在 v0.1 阶段，此设备上不可用 `hermes3:8b`。 此替代方案的说明将持续有效，直到生成基于 hermes3 的确认——这是路线图中的 Experiment 6。 对于在没有 `hermes3:8b` 的设备上的操作员，请将 `OLLAMA_INTERN_MODEL` 设置为可用的模型； 操作员预配置的 URL 和查询精度规范（参见手册）可以减轻对模糊主题的幻觉。
 
-### 已知限制
+## 通往 v1.0 的路线图
 
-- **提取器的来源信息在网关接缝处不可见。** 在校准后的提取器（配置了模型的 Ollama）不可用时，某些部分可能会通过“可接受声明”的阈值，但这依赖于启发式方法的备用方案。这被记录为已知的弱点；未来的改进将报告提取器提供的“可接受声明”数量，并要求校准路径必须达到阈值所需的“可接受声明”数量。
-- **关于超出校准的 `hermes-two-pass` 基准线的评审模型选择问题尚未解决。** 内部测试验证了一种评审模型配置；其他模型需要在被信任之前，进行独立的、基于预设失败情况的校准。
-- **内部测试使用的提取模型是 `mistral-nemo:12b`（默认配置是 `hermes3:8b`）。** 在发现过程中，系统会产生与当前主题不相关的错误结果，针对自指部分名称的问题，通过查询精度控制（参见手册）以及操作员预先设置的 URL 来进行修正，以解决模糊主题的问题。
+v1.0 是一个需要达成的状态，而不是一个发布日期。在 v0.1 和 v1.0 之间，有六个正在进行的实验。这些实验包括：非自指的内部测试版本（目前正在进行中的 ComfyUI 工作流程稳定性包）、一个 `research-os pack publish` 命令，该命令可以自动将内容导出到标准的 `research-packs` 单仓库（实验 2，其范围受实验 1 的手动关闭影响）、在外部压力下的 API 稳定性、弥补提取器溯源方面的差距、将评审员校准推广到 `hermes-two-pass` 之外，以及在 `hermes3:8b` 上进行的干净基准测试。实验 1 在打包完成时尚未结束——它会在打包版本作为 `research-packs` 单仓库中的第一个软件包发布时完成，同时也会发布 v0.1 的内部测试版本补丁。完整计划请参见 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md)。整个过程中，架构保持不变；v1.0 旨在深化 v0.1 已经证明的内容，而不是重新开启新的方向。
 
 ## 许可证