@mcptoolshop/research-os 0.3.1 → 0.3.2

package/README.zh.md

@@ -7,7 +7,7 @@
 </p>
 
 <p align="center">
-  <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/releases/tag/v0.1.0"><img src="https://img.shields.io/badge/version-0.1.0-blue" alt="version 0.1.0"></a>
+  <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/releases/tag/v0.3.2"><img src="https://img.shields.io/badge/version-0.3.2-blue" alt="version 0.3.2"></a>
   <a href="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/actions/workflows/ci.yml"><img src="https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os/actions/workflows/ci.yml/badge.svg" alt="CI"></a>
   <a href="LICENSE"><img src="https://img.shields.io/badge/license-MIT-green" alt="MIT License"></a>
   <img src="https://img.shields.io/badge/node-%E2%89%A520-brightgreen" alt="Node ≥20">
@@ -16,77 +16,34 @@
 
 # research-os
 
-`research-os` 是一个本地优先的命令行工具，它将一个开放性的主题转化为一个结构化的**研究包**，在这个结构化的代码仓库中，Claude、Cowork或其他系统可以工作数小时，而不会出现幻觉或偏离研究方向。
+`research-os` 是一个本地优先的命令行工具，它将一个开放式的主题转化为一个结构化的 **研究包**，在这个结构化的代码仓库中，Claude、Cowork 或其他工具可以在不产生幻觉或歪曲研究结果的情况下工作数小时。
 
 ## 它是什么
 
-`research-os` 是“我想研究 X”和“一个经过验证、可追溯证据的基础”之间的控制层。它将发现线索与获取证据、原始提取与筛选后的论点、矛盾检测与矛盾解决、审查决策与综合结论等环节分开。每个步骤都会写入一个只追加的日志；每个准备就绪的判断都是基于这些日志计算得出的，而不是主观臆断。
+`research-os` 是“我想研究 X”和“一个经过验证、可追溯证据的基础”之间的控制层。它将发现线索与获取证据分离，将原始提取与筛选后的主张分离，将矛盾检测与矛盾解决分离，并将审查决策与综合结果分离。每个步骤都会写入一个只追加的日志；每个就绪的判断都是基于这些日志计算得出，而不是主观声明。
 
-它不是一个报告生成器。它不是一个大型语言模型（LLM）编排的**框架**。它不会为你自动生成综合结论。它强制执行在开始综合之前必须满足的条件。
+它不是一个报告生成器。它不是一个 LLM 编排的框架。它不会为你编写综合报告。它强制执行综合分析开始的条件。
 
-**v0.1 版本** 仅被使用过一次：它本身被用于测试自身。这次测试发现了 `research-os` 中的七个正确性问题，并在本次**发布**之前都已修复。完整的验证过程——七个会话、两种集成模式、463 个 `vitest` 测试用例、一个冻结的**研究包**——都记录在 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md) 文件中。 详细指南：<https://mcp-tool-shop-org.github.io/research-os/handbook/>。
+已冻结的研究包被归档在 [`mcp-tool-shop-org/research-packs`](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs) 仓库中，其中包含两个初始版本。请参阅 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md) 以了解 v1.0 的发展路线图。
 
-## 16 条核心原则
-
-| # | 原则 |
-|---|-----|
-| 1 | 在获得原始数据之前，不能进行综合。 |
-| 2 | 获取是证据；提取是解释。 |
-| 3 | 模型可以解释原始数据的片段，但不能生成证据片段。 |
-| 4 | 提取可能会产生过多的信息；综合不能简单地继承这些信息。 |
-| 5 | 矛盾映射会暴露潜在的冲突，但它不会解决、综合或决定哪个论点更胜一筹。 |
-| 6 | 闸门决定一个部分是否符合综合的条件。它们不进行综合，也不隐藏失败。 |
-| 7 | 对抗性审查用于评估研究的完整性。它不进行综合，也不重写原始数据。 |
-| 8 | 索引使研究结果可以被查询。它不创造新的事实，也不成为官方记录。 |
-| 9 | Cowork 模式将研究结果转化为可操作的指令。它不创造事实，也不绕过闸门。 |
-| 10 | 综合工作区用于组织 Cowork 模式中接受的研究结果。它不进行综合，也不绕过 Cowork 模式。 |
-| 11 | **研究包**审计汇总现有的研究结果。它不创造新的事实，也不隐藏部分级别的证据。 |
-| 12 | 发现阶段提出线索；只有获取阶段才能产生证据。 |
-| 13 | 只有当经过测试证明其能够准确回忆时，审查者才会被信任。 |
-| 14 | 论点的数量并不能代表研究的质量。在进行综合之前，必须对论点进行筛选。 |
-| 15 | 冻结锁定已完成的研究结果。它不完成未完成的研究，也不将修复状态转化为证据。 |
-| 16 | 豁免可以放宽对原始数据的限制，但不能制造证据。 |
-
-**第 3 条原则**：大型语言模型（LLM）绝不能生成证据文本。`research-os` 构建了一个确定性的摘录日志（具有稳定 ID，例如 `ex_<source_id_hex>_001`）；大型语言模型选择摘录 ID；`research-os` 复制原始文本。 “释义作为引用”的错误类型在结构上是无法实现的。
-
-**第 14 条原则**：在提取和审查之间，`research-os claim triage`（论点筛选）会去重、限制每个来源的贡献，并将低价值的候选论点放入待处理队列。 论点筛选不会修改 `claims.jsonl` 文件；待处理的论点仍然保留在原始日志中。
-
-## v0.1 的工作流程链
-
-```
-discover
-→ gather
-→ claim extract
-→ claim audit-density
-→ claim triage
-→ contradict map
-→ contradict resolve
-→ review
-→ review-promote
-→ gate
-→ section report
-→ audit
-→ index build
-→ cowork handoff
-→ synth workspace
-→ freeze
-```
-
-每个步骤都是一个命令行指令。每个步骤都会写入只追加的记录。没有哪个步骤会合成、解决或创建新的事实——这些不变性是被强制执行的，而不是被信任的。审查环节会接受、拒绝或要求修复候选声明；“gate”会根据审查结果计算“synthesis_eligible”（合成资格）。“freeze”（冻结）是最终的完整性锁，只有当所有层都同意时，才会标记一个包为完成。请参阅[docs/dogfood-proof.md](docs/dogfood-proof.md)，了解v0.1版本的证明，该证明表明整个流程是端到端的。
-
-这是一种替代 *搜索 → 摘要 → 精美报告* 的结构化方法。这个流程是最终产品。
+v0.1 版本已经在两个内部测试阶段进行了压力测试。第一次测试——`research-os` 研究自身的规范——在 v0.1.0 发布之前发现了七个正确性问题，每个问题都需要实际的代码修复，并衍生出相应的规则或集成模式。第二次测试（v1 实验 1：ComfyUI 工作流程的稳定性，11 个会话，一个与 `research-os` 没有任何词汇重叠的领域）于 2026-05-09 结束：研究包已冻结，归档已上线，模式 2 的执行通过提交 `22b5dba` 完成。v0.1 版本的验证记录位于 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md)；实验 1 的验证记录位于 [`docs/experiment-1-proof.md`](docs/experiment-1-proof.md)。 详细文档：<https://mcp-tool-shop-org.github.io/research-os/handbook/>。
 
 ## 安装
 
 **要求：** Node.js ≥ 20。
 
 ```bash
-# From source (v0.1.0 is not yet published to npm)
+npm install -g @mcptoolshop/research-os
+```
+
+对于从源代码构建的贡献者：
+
+```bash
 git clone https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-os.git
 cd research-os
 npm install
 npm run build
-npm link   # makes `research-os` available on your PATH
+npm link
 ```
 
 ## 快速开始
@@ -119,41 +76,112 @@ research-os index build --all
 research-os cowork handoff
 research-os synth workspace   # only if handoff returned synthesis_ready
 research-os freeze
+
+# Export to the research-packs archive
+research-os pack publish \
+  --to <research-packs>/packages/<name>
 ```
 
-**要查看一个实际的示例，**请查看 `research-os-packs/research-os-spec/` 目录下的“dogfood”包——每个记录、每个凭证、每个处理结果、每个冻结指纹，都存储在只追加的日志文件中。该包生成了 `docs/dogfood-proof.md`。
+**要查看一个实际的示例**，请参阅 `research-os-packs/research-os-spec/` 目录下的研究包——每个文件、每个记录、每个结论、每个冻结的指纹，都以只追加的日志形式存储在磁盘上。该研究包生成了 `docs/dogfood-proof.md`。
+
+**需要本地运行 [ollama-intern-mcp](https://github.com/mcp-tool-shop-org/ollama-intern-mcp)**，用于 LLM 的提取、筛选、审查和发现。默认模型是 `hermes3:8b`；可以使用 `OLLAMA_INTERN_MODEL=<model>` 进行覆盖。如果 Ollama 不在默认的 `localhost:11434` 地址上，请设置 `OLLAMA_HOST`。
 
-**需要本地运行 [ollama-intern-mcp](https://github.com/mcp-tool-shop-org/ollama-intern-mcp)**，用于LLM提取、分诊、审查和发现。默认模型是 `hermes3:8b`；可以使用 `OLLAMA_INTERN_MODEL=<模型>` 来覆盖。如果Ollama没有安装在默认的 `localhost:11434` 上，请设置 `OLLAMA_HOST`。
+## 16 条核心规则
 
-## 词汇表
+| # | 规则 |
+|---|-----|
+| 1 | 在获得原始数据之前，不能进行综合分析。 |
+| 2 | 获取是证据；提取是解释。 |
+| 3 | 模型可以解释原始数据，但不能生成证据。 |
+| 4 | 提取可能会产生过多的信息；综合分析不能继承这种过剩。 |
+| 5 | 矛盾映射会暴露潜在的冲突，但它不会解决、综合或决定哪个主张是正确的。 |
+| 6 | 网关决定一个部分是否符合综合分析的条件。它们既不进行综合分析，也不隐藏失败。 |
+| 7 | 对抗性审查用于评估研究的完整性。它既不进行综合分析，也不重写原始数据。 |
+| 8 | 索引可以使研究结果可查询。它既不创建新的事实，也不成为原始记录。 |
+| 9 | Cowork 协作模式将研究结果转化为可操作的指令。它既不创建事实，也不绕过网关。 |
+| 10 | 综合分析工作区用于组织 Cowork 协作模式中接受的研究结果。它既不进行综合分析，也不绕过协作模式。 |
+| 11 | 研究包审计汇总现有的研究结果。它既不创建新的事实，也不隐藏部分级别的证据。 |
+| 12 | 发现阶段提出线索；只有获取才能产生证据。 |
+| 13 | 只有在经过多次失败测试证明其可回溯性后，才能信任审查者。 |
+| 14 | 声称拥有大量信息并不代表研究质量。在进行综合分析之前，必须对这些信息进行筛选。 |
+| 15 | “冻结”状态锁定已完成的研究成果，但不会完成未完成的研究，也不会将修复状态转化为证据。 |
+| 16 | 豁免可以放宽对来源的限制，但不能用于伪造证据。 |
+
+**第三条规则**：大型语言模型（LLM）绝不会生成证据文本。`research-os` 构建一个确定性的摘录记录（具有稳定 ID，例如 `ex_<source_id_hex>_001`）；LLM 选择摘录 ID；`research-os` 复制原始文本。 “释义作为引用”的错误类型在结构上是无法实现的。
+
+**第十四条规则**：在提取和审查阶段，`research-os claim triage`（研究主张筛选）会去除重复项，限制每个来源的贡献，并将低价值的主张放入待处理队列。筛选过程不会修改 `claims.jsonl` 文件；待处理的主张仍然保留在原始记录中。
+
+## v0.1 工作流程链
+
+```
+discover
+→ gather
+→ claim extract
+→ claim audit-density
+→ claim triage
+→ contradict map
+→ contradict resolve
+→ review
+→ review-promote
+→ gate
+→ section report
+→ audit
+→ index build
+→ cowork handoff
+→ synth workspace
+→ freeze
+```
+
+每个步骤都是一个命令行指令。每个步骤都会写入只追加的记录文件。任何步骤都不会进行综合、解决或创建新的真理——这些原则是强制执行的，而不是被信任的。审查人员可以接受、拒绝或要求修复候选主张；“门禁”系统会根据审查结果计算 `synthesis_eligible`（是否符合综合条件）；“冻结”是最终的完整性锁定，只有当所有层级都同意时，才会标记一个项目为已完成。请参阅 [docs/dogfood-proof.md](docs/dogfood-proof.md)，了解 v0.1 的完整证明，该证明表明整个链条是端到端的。
+
+这是 *搜索 → 总结 → 生成报告* 的结构性替代方案。整个链条是最终产品。
+
+## 术语
 
 | 术语 | 含义 |
 |------|---------|
-| `research-os` | 控制平面 / 命令行 / 闸门 / 编排规则 (此仓库) |
-| `research-pack` | 用于一个研究项目的生成的仓库记录 |
-| `research section` | 在某个包内部的有限的调查单元 |
-| `research receipt` | 证明某个部分通过了源/声明/闸门检查 |
+| `research-os` | 控制平面 / 命令行 / 门禁 / 编排规则（此仓库） |
+| `research-pack` | 用于单个研究项目的生成仓库文件 |
+| `research section` | 在项目中，一个受限的调查单元 |
+| `research receipt` | 证明某个部分通过了来源/主张/门禁检查 |
 
 ## 安全性
 
-`research-os` 是一个本地优先的命令行工具。它在您指定的 research-pack 目录下读取和写入文件，并在使用 `gather` 命令时，会向您提供的源 URL 发送 HTTP 请求。它不会：运行服务器、接受入站连接、存储凭据或发送遥测数据。任何敏感信息都不会写入到包的记录中。请参阅 [SECURITY.md](SECURITY.md)，了解漏洞报告政策。
+`research-os` 是一个本地优先的命令行工具。它在您指定的“研究包”目录中读取和写入文件，并在使用 `gather` 命令时，会向外部发送 HTTP 请求以获取您提供的来源 URL。它不会：运行服务器、接受传入连接、存储凭据或发送遥测数据。任何敏感信息都不会写入到包文件中。请参阅 [SECURITY.md](SECURITY.md)，了解漏洞报告政策。
 
 ## 状态
 
-**v0.1.0** — 冻结于 2026-05-08。`research-os-packs/research-os-spec/` (兄弟仓库) 中的“dogfood”包已完成冻结，共接受了 8 个部分中的 296 个声明，17 个已处理，30 个被操作员覆盖，0 个活动修复阻塞，0 个未解决的矛盾，所有闸门 `synthesis_eligible=true`。463/463 个 vitest 测试通过。共有 16 条关键规则。请参阅 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md)，了解 7 个发现和冻结凭证指纹。
+**v0.3.2** — 已发布到 npm，版本号为 `@mcptoolshop/research-os@0.3.2`，发布日期为 2026年5月9日。该版本对已接受的声明进行了标准化处理，考虑了 `pack publish` 的准入情况。 严格的 `claim-reviews.jsonl` 文件与 `pack-audit.json::accepted_claims` 之间的相等性检查已被替换为集合比较——已接受的声明是具有唯一 `claim_id`，且其最新的规范审查决定为 `accepted_for_synthesis`（每个 `claim_id`，最新决定优先）。 对于那些其历史审计计数与集合比较结果不同的已冻结的包，现在会发出警告而不是拒绝； 原始的审计文件将被完整保留（第15条），而归档清单会反映标准化后的计数。 对于虚构的 `claim_id`、不兼容的重复决策以及不符合合成条件的场景，仍然会拒绝。 这是通过实验 3 XRPL pack Session K 获得的，该实验在实际的账本边界不一致时，`pack publish` 被拒绝（第07部分有24行原始的 `accepted_for_synthesis` 数据，但由于审查员窗口的重叠，只有19个唯一的 `claim_id`）。 558/558 个 vitest 测试通过。 详情请参阅 [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) 和 [`docs/pack-publish.md`](docs/pack-publish.md)。
+
+**v0.3.1** — 已发布到 npm，版本号为 `@mcptoolshop/research-os@0.3.1`，发布日期：2026-05-09。 包含按章节划分的来源豁免 (`primary_source_waiver.section_waivers[]`)，以及审查人员的确认，因此，如果某个章节的“来源垄断”被豁免，则该豁免会成为一个可见的提示，而不是自动将所有主张都标记为“需要修复来源”。 这是通过实验 3 XRPL 包的第二阶段实现的——针对“标准协议”部分的分析（包括单链、封闭式 API 规范和标准机构文档）推翻了“发布者多样性是衡量真理质量的指标”的假设。 540/540 个 vitest 测试通过。 请参阅 [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md) 和 [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md)。
+
+**按章节划分的来源豁免**：当发布者多样性与该章节的真理来源结构上不兼容时，才使用这些豁免，而不是仅仅因为某个章节未能找到足够的来源。 豁免必须包含经过模式验证的 `reason`（原因）以及非空 `compensating_controls[]`（补偿控制）。 包策略 `primary_source_waiver_allowed: false` 会阻止包级别和章节级别的豁免。 之前的 v0.3.1 版本中，包级别的 `min_independent_publishers: 0` 是一种解决方法，现在已弃用；现有的已冻结的包仍然在现有记录下有效。 请参阅 [`docs/section-scoped-waivers.md`](docs/section-scoped-waivers.md) 和 [research-packs 操作手册](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs/blob/main/docs/operator-playbook.md)。
+
+**v0.3.0** — 发布于 2026-05-09。 针对 `contradict map`，发布了 `--detector <auto|heuristic|ollama-intern>` 标志（来自 Experiment 3 Session 1，XRPL pack 的 F-09 chain-blocker 修复）。 此时，527/527 个 vitest 测试通过。 检测器的选择现在是明确的操作员选择，而不是依赖于状态的环境变量；模式会在每次运行时显式显示。 参见 [`docs/contradict-map.md`](docs/contradict-map.md)。
+
+**v0.2.0** — 发布于 2026-05-09。 发布了 `research-os pack publish`（Experiment 2）以及 Pattern 2 的就绪谓词修复。 此时，515/515 个 vitest 测试通过。 参见 [CHANGELOG.md](CHANGELOG.md)。 冻结的软件包导出到标准的 `research-packs` 归档，只需一个命令即可完成； 许可协议由代码强制执行，而不是检查清单。 参见 [`docs/pack-publish.md`](docs/pack-publish.md)。
+
+**v0.1.0** — 2026-05-08 冻结了内部测试软件包。 位于 `research-os-packs/research-os-spec/`（兄弟仓库）的软件包已冻结，共包含 8 个部分，有 296 个已接受的声明，17 个已处理，30 个被操作员覆盖，0 个活动修复阻止器，0 个未解决的矛盾，所有条件 `synthesis_eligible=true`。 共有 16 条关键规则。 参见 [`docs/dogfood-proof.md`](docs/dogfood-proof.md)，其中包含七个发现和冻结确认的指纹。
+
+**research-packs 归档单库** — 位于 [`mcp-tool-shop-org/research-packs`](https://github.com/mcp-tool-shop-org/research-packs)，包含两个初始软件包。 `comfyui-workflow-durability`（Experiment 1，302 个已接受的声明，8 个部分）和 `research-os-self-dogfood`（v0.1 内部测试回填，296 个已接受的声明，8 个部分）。 这两个软件包都通过了 `verify-pack.mjs` 测试。
+
+**v1 Experiment 1 (ComfyUI 工作流程的稳定性)** — 已于 2026-05-09 结束。 终端 A 的所有 8 个部分已完成，软件包已冻结，归档已上线。 参见 [`docs/experiment-1-proof.md`](docs/experiment-1-proof.md) 和 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md)。
+
+### v0.3 的局限性
+
+- 尚未经过外部用户的实际测试。 两个内部测试阶段已结束，一个为自指代，一个为外部领域，实验 3（在外部压力下的 API 稳定性）正在进行中：3个包中的第2个包（XRPL 创建者令牌的持久性）已冻结，包含来自 7 个部分的总计 251 个已接受的声明，等待通过 npm v0.3.2 的 `pack publish` 准入。 该阶段已经获得了 v0.3.0 的 `--detector` 标志（F-09 链阻塞器）、v0.3.1 的部分范围的源代码豁免（F-10/F-11 规范协议压力）以及 v0.3.2 的标准化已接受声明处理（F-36 账本边界）。 还需要一个外部领域的包才能完成实验 3。
+- 不是合成内容生成器。 `synth workspace` 命令用于生成结构化的工作空间； 人类（或 Cowork）根据已接受的声明 ID 编写内容。
+- 在语义版本控制下，API 稳定性尚未实现。 v1.0.0 是一个需要实现的阶段，而不是一个日历日期； 详情请参阅 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md)，其中列出了用于弥补差距的六个实验。
 
-### v0.1 的局限性
+### 已知的局限性
 
-- 尚未经过外部用户的严格测试。在一次内部测试中发现了 7 个 bug。
-- 尚未发布到 npm。在 `npm publish` 之前，请从源代码安装。
-- 不是一个合成器。`synth workspace` 命令会生成结构化的工作区；人类（或 Cowork）会根据已接受的声明 ID 编写文本内容。
-- 在语义版本控制下，API 稳定性尚未确定。v1.0.0 版本将在外部用户验证了该接口之后发布。
+- **提取器的来源信息在接口处不可见。** 一个部分可以满足已接受声明的最低要求，同时依赖于启发式回退声明，当经过校准的提取器（配置了模型的 Ollama）不可用时。 这已记录为路线图中的 Experiment 4； 未来的改进将报告每个提取器的已接受声明，并要求满足接口要求的已接受声明数量来自校准路径。
+- **超出经过校准的 `hermes-two-pass` 基线的审查器模型选择尚未解决。** 内部测试阶段验证了一种审查器配置； 其他模型需要在它们被信任之前，进行种子失败召回校准。 这是路线图中的 Experiment 5。
+- **v0.1 内部测试软件包使用了 `mistral-nemo:12b` 进行提取（标准的默认配置是 `hermes3:8b`）。** 在 v0.1 阶段，此设备上不可用 `hermes3:8b`。 此替代方案的说明将持续有效，直到生成基于 hermes3 的确认——这是路线图中的 Experiment 6。 对于在没有 `hermes3:8b` 的设备上的操作员，请将 `OLLAMA_INTERN_MODEL` 设置为可用的模型； 操作员预配置的 URL 和查询精度规范（参见手册）可以减轻对模糊主题的幻觉。
 
-### 已知限制
+## 通往 v1.0 的路线图
 
-- **提取器的来源信息在网关接缝处不可见。** 在校准后的提取器（配置了模型的 Ollama）不可用时，某些部分可能会通过“可接受声明”的阈值，但这依赖于启发式方法的备用方案。这被记录为已知的弱点；未来的改进将报告提取器提供的“可接受声明”数量，并要求校准路径必须达到阈值所需的“可接受声明”数量。
-- **关于超出校准的 `hermes-two-pass` 基准线的评审模型选择问题尚未解决。** 内部测试验证了一种评审模型配置；其他模型需要在被信任之前，进行独立的、基于预设失败情况的校准。
-- **内部测试使用的提取模型是 `mistral-nemo:12b`（默认配置是 `hermes3:8b`）。** 在发现过程中，系统会产生与当前主题不相关的错误结果，针对自指部分名称的问题，通过查询精度控制（参见手册）以及操作员预先设置的 URL 来进行修正，以解决模糊主题的问题。
+v1.0 是一个需要达成的状态，而不是一个发布日期。在 v0.1 和 v1.0 之间，有六个正在进行的实验。这些实验包括：非自指的内部测试版本（目前正在进行中的 ComfyUI 工作流程稳定性包）、一个 `research-os pack publish` 命令，该命令可以自动将内容导出到标准的 `research-packs` 单仓库（实验 2，其范围受实验 1 的手动关闭影响）、在外部压力下的 API 稳定性、弥补提取器溯源方面的差距、将评审员校准推广到 `hermes-two-pass` 之外，以及在 `hermes3:8b` 上进行的干净基准测试。实验 1 在打包完成时尚未结束——它会在打包版本作为 `research-packs` 单仓库中的第一个软件包发布时完成，同时也会发布 v0.1 的内部测试版本补丁。完整计划请参见 [`docs/roadmap.md`](docs/roadmap.md)。整个过程中，架构保持不变；v1.0 旨在深化 v0.1 已经证明的内容，而不是重新开启新的方向。
 
 ## 许可证
 

package/dist/cli.js

@@ -11872,7 +11872,7 @@ var init_src = __esm({
     init_triage();
     init_discover();
     init_errors();
-    RESEARCH_OS_VERSION = "0.3.1";
+    RESEARCH_OS_VERSION = "0.3.2";
   }
 });
 
@@ -12311,12 +12311,55 @@ import { join as join31, basename, resolve as resolve24 } from "path";
 
 // src/pack/publish/manifest.ts
 init_schema();
+init_schema9();
 import { createHash as createHash11 } from "crypto";
 import { readFileSync, existsSync as existsSync28 } from "fs";
 import { join as join28 } from "path";
 import { parse as parseYaml } from "yaml";
 import { z as z23 } from "zod";
 
+// src/closure-ledger/effective-accepted.ts
+function getEffectiveDecisionMap(reviews) {
+  const map2 = /* @__PURE__ */ new Map();
+  for (const r of reviews) {
+    const existing = map2.get(r.claim_id);
+    if (!existing || r.created_at > existing.created_at) {
+      map2.set(r.claim_id, r);
+    }
+  }
+  return map2;
+}
+function getEffectiveAcceptedClaimIds(reviews) {
+  const decisionMap = getEffectiveDecisionMap(reviews);
+  const accepted = /* @__PURE__ */ new Set();
+  for (const [claim_id, r] of decisionMap) {
+    if (r.decision === "accepted_for_synthesis") accepted.add(claim_id);
+  }
+  return accepted;
+}
+function findIncompatibleDecisions(reviews) {
+  const groups = /* @__PURE__ */ new Map();
+  for (const r of reviews) {
+    const key = `${r.claim_id}|${r.created_at}`;
+    let set = groups.get(key);
+    if (!set) {
+      set = /* @__PURE__ */ new Set();
+      groups.set(key, set);
+    }
+    set.add(r.decision);
+  }
+  const conflicts = [];
+  for (const [key, decisions] of groups) {
+    if (decisions.size > 1) {
+      const sep3 = key.lastIndexOf("|");
+      const claim_id = key.slice(0, sep3);
+      const created_at = key.slice(sep3 + 1);
+      conflicts.push({ claim_id, created_at, decisions: [...decisions] });
+    }
+  }
+  return conflicts;
+}
+
 // src/pack/publish/schema.ts
 import { z as z22 } from "zod";
 var SectionSummarySchema = z22.object({
@@ -12348,6 +12391,7 @@ var GateResultMinimalSchema = z23.object({
   verdict: z23.enum(["pass", "warn", "fail", "blocked"]),
   synthesis_eligible: z23.boolean()
 });
+var ClaimIdOnlySchema = z23.object({ claim_id: z23.string() });
 function sha256Bytes(buf) {
   return createHash11("sha256").update(buf).digest("hex");
 }
@@ -12358,11 +12402,15 @@ function readJsonlSafe(filePath) {
   if (!existsSync28(filePath)) return [];
   return parseJsonl(readFileSync(filePath, "utf8"));
 }
-function latestClaimDecisions(reviews) {
-  const m = /* @__PURE__ */ new Map();
-  const sorted = [...reviews].sort((a, b) => a.created_at.localeCompare(b.created_at));
-  for (const r of sorted) m.set(r.claim_id, r.decision);
-  return m;
+function readClaimReviews(filePath) {
+  if (!existsSync28(filePath)) return [];
+  const raw = parseJsonl(readFileSync(filePath, "utf8"));
+  const valid = [];
+  for (const r of raw) {
+    const parsed = ClaimReviewSchema.safeParse(r);
+    if (parsed.success) valid.push(parsed.data);
+  }
+  return valid;
 }
 function latestContradictionStatuses(resolutions) {
   const m = /* @__PURE__ */ new Map();
@@ -12376,7 +12424,7 @@ function latestDispositionStatuses(dispositions) {
   for (const d of sorted) m.set(d.claim_id, "dispositioned");
   return m;
 }
-function deriveManifest(packDir, packageName, operatorNotes = "") {
+function deriveManifest(packDir, packageName, operatorNotes = "", warnings = []) {
   const yamlPath = join28(packDir, "research.yaml");
   if (!existsSync28(yamlPath)) throw new Error(`research.yaml not found in ${packDir}`);
   const research = ResearchYamlSchema.parse(parseYaml(readFileSync(yamlPath, "utf8")));
@@ -12404,15 +12452,43 @@ function deriveManifest(packDir, packageName, operatorNotes = "") {
   let totalPreserved = 0;
   for (const sectionId of sectionIds) {
     const sectionDir = join28(packDir, "sections", sectionId);
-    const reviews = readJsonlSafe(join28(sectionDir, "claim-reviews.jsonl"));
-    const decisionMap = latestClaimDecisions(reviews);
-    const acceptedCount = [...decisionMap.values()].filter(
-      (d) => d === "accepted_for_synthesis"
-    ).length;
+    const reviewsPath = join28(sectionDir, "claim-reviews.jsonl");
+    const reviews = readClaimReviews(reviewsPath);
+    const conflicts = findIncompatibleDecisions(reviews);
+    if (conflicts.length > 0) {
+      const first = conflicts[0];
+      throw new Error(
+        `Section ${sectionId}: claim-reviews.jsonl has incompatible decisions for claim_id=${first.claim_id} at created_at=${first.created_at} (decisions seen: ${first.decisions.join(", ")}). Latest-decision-wins tie-breaker undefined \u2014 investigate the review pipeline state.` + (conflicts.length > 1 ? ` (${conflicts.length - 1} other claim_id(s) similarly affected.)` : "")
+      );
+    }
+    const effectiveAccepted = getEffectiveAcceptedClaimIds(reviews);
+    const acceptedCount = effectiveAccepted.size;
+    const claimsPath = join28(sectionDir, "claims.jsonl");
+    if (existsSync28(claimsPath)) {
+      const claimRows = parseJsonl(readFileSync(claimsPath, "utf8"));
+      const claimIds = /* @__PURE__ */ new Set();
+      for (const c of claimRows) {
+        const parsed = ClaimIdOnlySchema.safeParse(c);
+        if (parsed.success) claimIds.add(parsed.data.claim_id);
+      }
+      const phantoms = [];
+      for (const cid of effectiveAccepted) {
+        if (!claimIds.has(cid)) phantoms.push(cid);
+      }
+      if (phantoms.length > 0) {
+        throw new Error(
+          `Section ${sectionId}: ${phantoms.length} effective accepted claim_id(s) absent from claims.jsonl \u2014 phantom claims violate the closure-ledger subset invariant. Examples: ${phantoms.slice(0, 3).join(", ")}` + (phantoms.length > 3 ? ` (+${phantoms.length - 3} more)` : "")
+        );
+      }
+    } else {
+      warnings.push(
+        `section ${sectionId}: claims.jsonl absent \u2014 phantom-claim integrity check skipped`
+      );
+    }
     const auditAccepted = auditSectionMap.get(sectionId);
     if (auditAccepted !== void 0 && auditAccepted !== acceptedCount) {
-      throw new Error(
-        `Section ${sectionId}: accepted_claims mismatch between claim-reviews.jsonl (${acceptedCount}) and pack-audit.json (${auditAccepted}). Closure-ledger seam disagreement \u2014 investigate before publishing.`
+      warnings.push(
+        `section ${sectionId}: legacy pack-audit.json accepted_claims (${auditAccepted}) differs from effective accepted set (${acceptedCount}). Using effective count (${acceptedCount}) in manifest. Legacy audit count preserved in pack/audits/pack-audit.json (immutable per Law 15).`
       );
     }
     const gateResultPath = join28(packDir, "audits", `${sectionId}-gate.json`);
@@ -12422,6 +12498,11 @@ function deriveManifest(packDir, packageName, operatorNotes = "") {
     const gateResult = GateResultMinimalSchema.parse(
       JSON.parse(readFileSync(gateResultPath, "utf8"))
     );
+    if (!gateResult.synthesis_eligible) {
+      throw new Error(
+        `Section ${sectionId}: gate is not synthesis_eligible (verdict=${gateResult.verdict}). Pack admission requires every section to be synthesis-eligible.`
+      );
+    }
     const dispositions = readJsonlSafe(
       join28(sectionDir, "claim-synthesis-dispositions.jsonl")
     );
@@ -12730,7 +12811,7 @@ async function publish(input) {
       );
     }
   }
-  const manifest = deriveManifest(fromDir, packageName, input.operatorNotes ?? "");
+  const manifest = deriveManifest(fromDir, packageName, input.operatorNotes ?? "", warnings);
   if (input.dryRun) {
     const finalReportPath2 = join31(fromDir, "synthesis/final-report.md");
     const finalReport2 = existsSync30(finalReportPath2) ? readFileSync3(finalReportPath2, "utf8") : "";