@hunter-harness/workflow-harness 0.2.9 → 0.2.11

package/harness/bundles/general/claude-code/.harness-build.json

@@ -2,5 +2,5 @@
   "schemaVersion": 1,
   "overlay": "none",
   "agent": "claude-code",
-  "coreHash": "76b89dae06dadb8a"
+  "coreHash": "61a84d6f204a76ae"
 }

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-archive/SKILL.md

@@ -20,7 +20,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(awk *)
   - Bash(curl *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-archive — 变更归档
 
 ## Purpose

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-archive/reference.md

@@ -12,7 +12,7 @@ description: harness-archive 的归档流程、manifest、summary-data、final-s
 - **Phase 3 执行归档**：
   1. 运行 `python <skills-root>/scripts/harness_archive.py status --change-dir ... --json` 做前置检查。
   2. `meta/archive-meta.md` 由 finalize 生成（与 summary `finalStatus` 同源）；禁止手写。维护者结论写入 events 即可。finalize 在 before-manifest 前执行 cleanup（删除 lock/pid/launcher/credential，截断超大日志）。
-  3. 运行 `python <skills-root>/scripts/harness_archive.py finalize --change-dir ... --archive-root ".harness/archive" --json`；读 JSON 结果。finalize 内部负责且仅负责一次 `phase.start` / `phase.end`，调用者不得重复追加。**finalize 报错或 validate 失败时不删除原 changes 目录**。
+  3. 运行 `python <skills-root>/scripts/harness_archive.py finalize --change-dir ... --archive-root ".harness/archive" --json`；读 JSON 结果。finalize 内部负责且仅负责一次 `phase.start` / `phase.end`，调用者不得重复追加。**finalize 报错或 validate 失败时不删除原 changes 目录**。finalize 为冻结优先（freeze-first）：collect 前先 fsync 事件并写 `evidence/evidence-cutoff.json`，cutoff 后不再追加事件；随后依次执行 source consistency（层 1，写入 `reportPipeline.sourceConsistency`）→ render → renderer consistency（层 2），任一层失败即恢复原目录并非零退出。
 - **Phase 4 验证与提示**：见 `checklist.md` 归档后验证项。
 
 ## manifest 生成
@@ -39,7 +39,7 @@ powershell.exe -NoProfile -ExecutionPolicy Bypass -File "harness-skills/harness-
 
 ## summary-data.json 与 harness_archive.py
 
-`reports/final/summary-data.json` 只能由 `harness_archive.py finalize`（归档时）或 `replay`（回放时）生成/校验；**禁止 agent 临场手写或拼装等价数据**，也不存在独立的 `report collect`/`report validate` CLI（参见 `../protocols/report-pipeline-protocol.md` 与 `templates/summary-data-template.json` schemaVersion 2.2）。必须保留原 final report 维度。必须包含：
+`reports/final/summary-data.json` 只能由 `harness_archive.py finalize`（归档时）或 `replay`（回放时）生成/校验；**禁止 agent 临场手写或拼装等价数据**，也不存在独立的 `report collect`/`report validate` CLI（参见 `../protocols/report-pipeline-protocol.md` 与 `templates/summary-data-template.json` schemaVersion 2.3）。必须保留原 final report 维度。必须包含：
 
 - `businessGoal`：本次变更为了做什么；
 - `stageStatus`：plan/run/test/review/submit/archive；
@@ -68,6 +68,16 @@ powershell.exe -NoProfile -Command "& '<node-path>' 'harness-skills/harness-arch
 
 `validate` 是 `harness_archive.py finalize` 的内嵌同进程步骤（不再作为独立 `report validate` CLI 调用）。finalize 在 validate error 存在时恢复原 `.harness/changes/<change>` 目录并 exit 非 0，绝不归档未通过校验的变更。
 
+## repair（归档后修复，不改写原版）
+
+归档后发现 source/renderer 不一致时，使用显式修复（`replay` 仍为只读）：
+
+```powershell
+python <skills-root>/scripts/harness_archive.py repair --archive-dir ".harness/archive/<archive-id>" --json
+```
+
+repair 在 archive 外生成候选版本，两层 validator 通过后写入不可变 `derived/v<N>/`（summary-data.json + final-summary.html + repair-record.json），并更新 `derived/authoritative.json` pointer；原 summary、HTML、manifest 不覆盖。知识层仅从 authoritative pointer 且 hash 校验通过的版本提取。
+
 ## archive-meta.md 模板
 
 由 `harness_archive.py finalize` 生成（手写视为数据丢失）。frontmatter 与 summary-data 同源：

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-archive/templates/summary-data-template.json

@@ -1,5 +1,5 @@
 {
-  "schemaVersion": "2.2",
+  "schemaVersion": "2.3",
   "changeName": "<change-name>",
   "businessGoal": "本次变更为了做什么",
   "finalStatus": "OK | WARN | CONDITIONAL_OK | FAIL",
@@ -119,7 +119,11 @@
         "phase": "archive"
       }
     ],
-    "validationIssues": []
+    "validationIssues": [],
+    "sourceConsistency": {
+      "ok": true,
+      "issues": []
+    }
   },
   "uncommittedTestEvidence": [],
   "maintenanceNotes": [],

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-codebase-map/SKILL.md

@@ -20,7 +20,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(awk *)
   - Bash(curl *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-codebase-map — 代码库地图
 
 ## Purpose

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-knowledge-ingest/SKILL.md

@@ -20,7 +20,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(awk *)
   - Bash(curl *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-knowledge-ingest
 
 从 `.harness/archive/**/reports/final/summary-data.json` 抽取项目知识，生成并维护本地 `.harness/knowledge/` 索引。
@@ -153,6 +153,8 @@ powershell.exe -Command "python '<skill-dir>\scripts\harness_knowledge.py' sync
 
 仅在用户点名单条、或 `manualReview=true` 需人工确认时使用 `promote` / `demote`。日常归档后不要逐条人工复核。
 
+**发布门禁**：promote / judge apply / autoPromote 会校验来源归档——`reportPipeline.sourceConsistency` 缺失或失败、authoritative pointer /hash 不通过的归档，其条目带 `lifecycle.publishBlocked`，只能停留在 quarantined candidate。先 `harness_archive.py repair` 修复并重新 ingest，再 promote（详见 `reference.md`「发布门禁」）。
+
 ### Phase 6：解释同步结果
 
 回复用户或交给后续 skill 前，应说明：

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-knowledge-ingest/reference.md

@@ -145,6 +145,13 @@ powershell.exe -Command "python '<skill-dir>\scripts\harness_knowledge.py' sugge
 powershell.exe -Command "python '<skill-dir>\scripts\harness_knowledge.py' promote --project '<project-root>' --id '<entry-id>' --note '<人工确认说明>'"
 ```
 
+**发布门禁（archive publication gate）**：promote / judge apply / autoPromote 只处理来自**已验证归档**的条目。以下来源归档会被阻断并在条目上标记 `lifecycle.publishBlocked`（ingest 仍可生成 quarantined candidate，但不得 active/promote）：
+
+- 归档 summary 缺少 `reportPipeline.sourceConsistency`（source consistency 未运行）或 `ok=false`；
+- `derived/authoritative.json` pointer 缺失、版本目录不可读，或 repair record / pointer 的 summary hash 不匹配（DEGRADED）。
+
+修复路径：先运行 `harness_archive.py repair` 生成通过两层 validator 的新 derived version，再重新 ingest（旧错误条目标记 superseded），之后 promote 才放行。
+
 将一条 `candidate` 提升为 `active`，写入：
 
 ```text

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-knowledge-ingest/scripts/harness_knowledge.py

@@ -353,6 +353,95 @@ def changed_file_paths(summary: dict[str, Any]) -> list[str]:
     return files
 
 
+def archive_publication_status(project: Path, archive_rel: str) -> dict[str, Any]:
+    """Knowledge publication gate for one archive (API-006/RET-40).
+
+    Blocks judge/apply/promote when: source consistency never ran or failed,
+    the authoritative version is missing or hash-mismatched, or the archive
+    is DEGRADED/UNVERIFIED. Ordinary ingest may still build quarantined
+    candidates, but nothing from a blocked archive becomes active.
+    """
+    result: dict[str, Any] = {"status": "missing", "allowed": False, "reasons": []}
+    archive_dir = (Path(project) / archive_rel).resolve()
+    summary_path = archive_dir / "reports" / "final" / "summary-data.json"
+    if not summary_path.is_file():
+        result["reasons"].append("summary-data.json missing")
+        return result
+    try:
+        summary = json.loads(summary_path.read_text(encoding="utf-8"))
+    except (OSError, json.JSONDecodeError):
+        result["reasons"].append("summary-data.json unreadable")
+        return result
+    if not isinstance(summary, dict):
+        result["reasons"].append("summary-data.json must be an object")
+        return result
+
+    # A versioned repair becomes authoritative only after its pointer and
+    # repair-record hashes are verified. Gate the authoritative summary, not
+    # the known-bad original that caused the repair.
+    pointer_path = archive_dir / "derived" / "authoritative.json"
+    if pointer_path.is_file():
+        try:
+            pointer = json.loads(pointer_path.read_text(encoding="utf-8"))
+            version = str(pointer.get("version") or "")
+            if re.fullmatch(r"v[0-9]+", version) is None:
+                raise ValueError("invalid authoritative version")
+            version_dir = (archive_dir / "derived" / version).resolve()
+            if not version_dir.is_relative_to((archive_dir / "derived").resolve()):
+                raise ValueError("authoritative version escapes derived root")
+            record = json.loads(
+                (version_dir / "repair-record.json").read_text(encoding="utf-8")
+            )
+            derived_path = version_dir / "summary-data.json"
+            summary_bytes = derived_path.read_bytes()
+            actual = "sha256:" + hashlib.sha256(summary_bytes).hexdigest()
+            if record.get("summarySha256") != actual:
+                result["status"] = "degraded"
+                result["reasons"].append("repair record summary hash mismatch")
+                return result
+            if pointer.get("summarySha256") not in {None, actual}:
+                result["status"] = "degraded"
+                result["reasons"].append("authoritative pointer hash mismatch")
+                return result
+            summary = json.loads(summary_bytes.decode("utf-8"))
+            if not isinstance(summary, dict):
+                raise ValueError("authoritative summary must be an object")
+            result["authoritativeVersion"] = version
+        except (OSError, json.JSONDecodeError, UnicodeDecodeError, ValueError):
+            result["status"] = "degraded"
+            result["reasons"].append("authoritative version unreadable")
+            return result
+
+    consistency = (summary.get("reportPipeline") or {}).get("sourceConsistency")
+    if consistency is None:
+        result["status"] = "unverified"
+        result["reasons"].append("source consistency never ran")
+        return result
+    if not consistency.get("ok"):
+        result["status"] = "failed"
+        codes = [
+            str(i.get("code"))
+            for i in (consistency.get("issues") or [])
+            if isinstance(i, dict) and i.get("code")
+        ]
+        result["reasons"].append(
+            "source consistency failed" + (f": {', '.join(codes)}" if codes else "")
+        )
+        return result
+
+    final_status = str(summary.get("finalStatus") or "").upper()
+    if final_status not in {"OK", "CONDITIONAL_OK"}:
+        result["status"] = "degraded" if final_status == "DEGRADED" else "unverified"
+        result["reasons"].append(
+            f"authoritative finalStatus is not publishable: {final_status or 'missing'}"
+        )
+        return result
+
+    result["status"] = "ok"
+    result["allowed"] = True
+    return result
+
+
 def archive_summary_records(project: Path, summary_paths: list[Path]) -> list[dict[str, Any]]:
     records = []
     for summary_path in summary_paths:
@@ -939,6 +1028,9 @@ def apply_confidence_scores(entries: list[dict[str, Any]], config: dict[str, Any
 def should_auto_promote(entry: dict[str, Any], policy: dict[str, Any]) -> bool:
     if not policy["enabled"]:
         return False
+    # API-006/RET-40: entries from blocked archives stay quarantined.
+    if entry.get("lifecycle", {}).get("publishBlocked"):
+        return False
     if entry.get("type") not in set(policy["allowedTypes"]):
         return False
     if entry.get("status") == "stale" and not policy["allowStale"]:
@@ -1731,6 +1823,19 @@ def compute_inputs_hash(
     versions + preserved entries (active / manually demoted), so promote/demote
     correctly invalidate the no-op fast path.
     """
+    return compute_inputs_hash_from_preserved(
+        records,
+        config,
+        load_preserved_entries(knowledge),
+    )
+
+
+def compute_inputs_hash_from_preserved(
+    records: list[dict[str, Any]],
+    config: dict[str, Any],
+    preserved_entries: list[dict[str, Any]],
+) -> str:
+    """Hash knowledge inputs using an already-resolved preserved closure."""
     archive_fingerprint = json.dumps(
         sorted(
             (
@@ -1751,7 +1856,6 @@ def compute_inputs_hash(
         },
         sort_keys=True,
     )
-    preserved = load_preserved_entries(knowledge)
     preserved_fingerprint = json.dumps(
         sorted(
             (
@@ -1760,7 +1864,7 @@ def compute_inputs_hash(
                     "status": e.get("status"),
                     "lifecycle": e.get("lifecycle", {}),
                 }
-                for e in preserved
+                for e in preserved_entries
             ),
             key=lambda item: item["id"] or "",
         ),
@@ -1946,6 +2050,17 @@ def build_index(
                     ingest_mode["cacheWrites"] += 1
             else:
                 ingest_mode["archivesReused"] += 1
+            # API-006/RET-40: entries from archives failing the publication
+            # gate stay quarantined (candidate only, never active/promoted).
+            archive_rel = rel_to_project(project, archive_dir_from_summary(summary_path))
+            publication = archive_publication_status(project, archive_rel)
+            if not publication.get("allowed"):
+                for entry in archive_entries:
+                    lifecycle = entry.setdefault("lifecycle", {})
+                    lifecycle["publishBlocked"] = list(publication.get("reasons") or [])
+                    if entry.get("status") == "active":
+                        entry["status"] = "candidate"
+                        ingest_mode["activeAutoDemoted"] += 1
             entries.extend(archive_entries)
         except Exception as exc:  # keep one bad archive from blocking the index
             failures.append({"path": rel_to_project(project, summary_path), "error": str(exc)})
@@ -2017,6 +2132,16 @@ def build_index(
     ingest_mode["confidenceScored"] = len(indexed_entries)
     ingest_mode["entriesPruned"] = prune_generated_entries(knowledge, indexed_entries)
 
+    # Lifecycle policies above may relocate or mutate preserved entries. The
+    # pre-build hash remains useful for the no-op gate, but the persisted index
+    # must describe the final preserved closure or an immediate sync will mark
+    # the freshly rebuilt index stale.
+    ingest_mode["inputsHash"] = compute_inputs_hash_from_preserved(
+        archive_records,
+        config,
+        load_preserved_entries(knowledge),
+    )
+
     sqlite_stats = write_sqlite(knowledge / "index.sqlite", indexed_entries)
     ingest_mode.update(sqlite_stats)
     index = make_manifest(
@@ -2064,6 +2189,20 @@ def promote_entry(project: Path, entry_id: str, note: str, allow_stale: bool = F
         raise ValueError(f"entry not found in promotable statuses: {entry_id}")
 
     source_path, entry = found
+    # API-006/RET-40: refuse promotion of entries from blocked archives.
+    blocked = (entry.get("lifecycle") or {}).get("publishBlocked")
+    if blocked:
+        raise ValueError(
+            "publication blocked: " + "; ".join(str(r) for r in blocked)
+        )
+    archive_rel = (entry.get("source") or {}).get("archive")
+    if archive_rel:
+        publication = archive_publication_status(project, archive_rel)
+        if not publication.get("allowed"):
+            raise ValueError(
+                "publication blocked: "
+                + "; ".join(str(r) for r in (publication.get("reasons") or []))
+            )
     entry["status"] = "active"
     lifecycle = entry.setdefault("lifecycle", {})
     lifecycle["promotedAt"] = now_iso()

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-knowledge-query/SKILL.md

@@ -20,7 +20,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(awk *)
   - Bash(curl *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-knowledge-query
 
 并行 change 中查询必须传 `--change <change-id>`；成功后以该 change 的 `meta/knowledge-context.json` 为稳定指针。全局 `context-packs/latest.json` 仅向后兼容，不得用于判断多个 active change 的上下文归属。

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-plan/SKILL.md

@@ -20,7 +20,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(awk *)
   - Bash(curl *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-plan — 需求规划
 
 ## Purpose

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-review/SKILL.md

@@ -21,7 +21,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(curl *)
   - Bash(codegraph *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-review — 代码审查
 
 ## Purpose
@@ -72,8 +72,8 @@ disallowed-tools:
 
 先运行 `python <skills-root>/scripts/harness_preflight.py check-agents --skills-root <skills-root> --agent harness-reviewer --json`。`usable=false` → **直接主会话审查**，记 `decision` 事件，**不委派**。`reasonCode=CUSTOM_AGENTS_UNSUPPORTED` 是当前工具没有自定义 agent 能力的正常 inline 路径，不显示缺失告警。`usable=true` 时用 Agent spawn `harness-reviewer`（只读, 6 维度）。返回空 / 无报告正文 → **不 retry**，降级主会话审查。
 
-3. **持久化报告（强制，主会话）** — Agent 返回后主会话 Write 到 `reports/review/review-report-*.md`。未 Write → 🟡WARN，不得宣称 review 完成。
-4. **生成修复反馈（原生协议）** — 若报告存在 RED/YELLOW 问题，执行 `protocols.md` 的 `review-fixback-protocol`，将问题转化为结构化 fixback 清单并落盘到 `.harness/changes/<change-name>/reports/review/fixback-YYYYMMDD-HHmm.md`。若无 RED/YELLOW，记录 `review-fixback-protocol: skipped(no findings)`。不调用 Superpowers `receiving-code-review`，也不记录外部 skill 降级。
+3. **持久化报告与事实 sidecar（强制，主会话）** — Agent 返回后主会话 Write 到 `reports/review/review-report-*.md`，并把同一批发现写成临时 JSON 后调用 `python <skills-root>/scripts/harness_review.py write-findings --change-dir <change-dir> --input <findings.json>`。权威计数来自 `reports/review/review-findings.json`，不是 Markdown。任一写入缺失 → 🟡WARN，不得宣称 review 完成。
+4. **生成修复反馈（原生协议）** — 若报告存在 RED/YELLOW 问题，执行 `protocols.md` 的 `review-fixback-protocol`，将问题转化为结构化 fixback 清单并落盘到 `.harness/changes/<change-name>/reports/review/fixback-YYYYMMDD-HHmm.md`；随后把 disposition 临时 JSON 交给 `python <skills-root>/scripts/harness_review.py write-dispositions --change-dir <change-dir> --input <dispositions.json>`，权威状态写入 `reports/review/fixback-dispositions.json`。若无 RED/YELLOW，也必须写空 findings sidecar，并记录 `review-fixback-protocol: skipped(no findings)`。不调用 Superpowers `receiving-code-review`，也不记录外部 skill 降级。
 5. **收尾** — append `phase.end` / `artifact` 事件；控制台输出摘要
 
 ## Review 定位（重要）

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-run/SKILL.md

@@ -21,7 +21,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(curl *)
   - Bash(codegraph *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-run — 需求编码
 
 ## Purpose

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-run/reference.md

@@ -528,6 +528,8 @@ python <skills-root>/scripts/harness_ledger.py record --change-dir ".harness/cha
 > `content-changeset-2` 同时读取 tracked diff、标准 untracked 文件和 manifest 的精确测试路径。manifest 缺失时保持普通行为；manifest 存在但路径越界、内容 hash 漂移或结构非法时命令失败，ledger 不可复用。checkpoint commit 不改变各路径的工作树内容，因此提交前后 hash 保持一致。
 
 > 这样 harness-test 的 Phase 1 可读取 ledger 判断是否复用 run 的 unitTest（diffHash commit-invariant + reuse 规则 #2 允许 HEAD 前移 → run 的 checkpoint commit 不破坏复用），submit 也可复用 compile 结果。详见 `../protocols/ledger-protocol.md`。
+>
+> **Ledger v3（v2 契约 / split-v1 布局起）**：`record` 自动解析并强制顶层身份（`schemaVersion=3/repositoryId/changeName/baseCommit/currentHead/diffHash/ownershipHash`），缺字段非零退出、不写账本；`--metrics-json` 必须通过 typed schema（unit=`total/passed/failed`，apiContract=`scenariosTotal/passed/failed`，browserE2E=`total/passed/failed`，dbCompatibility=`applicability(+reason)`）；新增 `--base-commit/--diff-hash/--applicability/--applicability-reason`。legacy 契约行为不变。详见 `../protocols/ledger-protocol.md` 第十节。
 
 阶段边界：`harness_gate.py begin/close`；测试跟踪：`harness_test_guard.py begin/close`。close 失败不得用自然语言覆盖。
 

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-submit/SKILL.md

@@ -20,7 +20,7 @@ disallowed-tools:
   - Bash(awk *)
   - Bash(curl *)
 ---
-<!-- generated by harness_deploy.py; core=76b89dae06dadb8a; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
+<!-- generated by harness_deploy.py; core=61a84d6f204a76ae; overlay=none; agent=claude-code; do not edit -->
 # harness-submit — 最终提交（含 worktree 合并）
 
 ## Purpose
@@ -74,7 +74,7 @@ worktree 合并前必须运行 `harness_change.py integration-lock acquire --run
 ### 提交流程（步骤 0–7）
 
 0. **启动准备** — `harness_change.py resolve` 确定变更名；**`harness_gate.py begin --phase submit --change <id>`**；读 ledger，以 `harness_ledger.py diff-hash --repo . --base <baseCommit> --change-dir ".harness/changes/<change-name>" --json` 计算 diffHash + post-test 7 类分类（禁止手写 ledger / 手工 phase.end）
-1. **合并最新代码** — 主目录：`stash` → `pull --rebase` → `stash pop`；**worktree：N/A**（远端同步在合并段主分支完成）
+1. **合并最新代码** — 主目录与 worktree 均**不在业务工作区 stash/pull**；远端同步由合并段 integration transaction 在隔离 integration worktree 内完成（见「worktree 合并流程」）；**正常路径禁止 `git stash` / `stash pop`**
 2. **最终验证** — ledger 复用优先；**提交前最终门禁只调 `can-reuse`**（删除与 coverage 冲突的二次全量门禁）：`harness_ledger.py can-reuse --verification unitTestFull --scope module --project . --profile-input unitTestFull --command <resolved commands.unitTestFull.command>`。`--command` **按 profile key resolve**：读 `build-profile.json` 的 `commands.unitTestFull.command`（v2），或 `harness_profile.py resolve --project . --key unitTestFull --json` 取 resolved command，**不复制示例模块名**（文档示例只展示 key）。`--profile-input unitTestFull` 从 `verificationInputs.unitTestFull`（v2 由 `commands.unitTestFull.inputs` 派生）展开依赖闭包，**禁止用仅含 staged 文件的 `--files` 快捷方式**冒充全量闭包。`reuse=true` → 不再执行二次全量测试；仅 `reuse=false` 时执行**同一 resolved verification**（profile `unitTestFull` 命令），成功后用同一文件集、command、`scope=module` 经 **`harness_ledger.py record`** 写回 ledger `unitTestFull` 项。增量 `unitTest` 永远不能冒充 `unitTestFull` 门禁。
 3. **.gitignore + 精确暂存** ⚠️ — 检查 `.harness/` 在 `.gitignore`；**禁止 `git add -A`**。若存在 `evidence/test-tracking.json`，先执行 `python <skills-root>/scripts/harness_test_guard.py stage --project . --change-dir ".harness/changes/<change-name>" --json`；失败即硬停止。无 manifest 时不使用 `-f`。manifest 之外的文件按精确业务路径正常暂存，**禁止全局 force-add**。
 4. **提交方式** — 主目录：AskUserQuestion 三选项（commit+push / 仅本地 / 取消）；**worktree：固定仅本地 commit**
@@ -86,15 +86,20 @@ worktree 合并前必须运行 `harness_change.py integration-lock acquire --run
 
 ### worktree 合并流程（requested=true，commit 后自动执行）
 
+合并由 `harness_integration.py` transaction 执行：隔离 integration worktree + journal + 保护 ref + 精确清理。skill 只负责确认提交信息、调用子命令、展示结构化结果；**禁止手工 `checkout --ours/--theirs`**。
+
 M0. append `phase.start`（phase=merge，若从 `/harness-merge` 重入则 note 标注重入）
-M1. **切回主目录主分支** — `symbolic-ref origin/HEAD` 读主分支名；必要时 stash；确认 checkout 主分支
-M2. **fetch + pull --rebase** — 记录是否引入他人提交（决定 M4 是否重跑验证）
-M3. **`git merge --no-ff worktree/<change-name>`** — 合并消息可让用户改文案，**方式固定 --no-ff**
-M4. **冲突处理** — 若 `CONFLICT` → **停下**，列出冲突文件，提示用户手动解决后重跑；**禁止 `checkout --theirs/--ours`**；状态 🟡WARN，不得宣称合并成功
-M5. **合并后验证** — 他人提交引入 → 必须重跑构建+测试；否则 ledger 复用 🔁REUSED
-M6. **push 主分支** — fetch 后 `log HEAD..@{u}` 非空则回 M2；否则 push，记录 `mergeFinalHash`
-M7. **清理 worktree** — `worktree remove` + `branch -D`（Windows 兜底见 `reference.md`）；更新 `worktree.json`（`created=false` + removedAt 等）
-M8. **ledger + 收尾** — 经 `harness_ledger.py record` 写入 `mergeFinalHash`；**`harness_gate.py close --phase merge`**（禁止手工 phase.end）；提示 `/harness-archive`
+M1. **preflight** — `harness_integration.py preflight --change <id> --run-id <run> --feature-branch worktree/<id> --target-branch <主分支> --temp-root <task temp>`；获取 integration lock、写 journal 与保护 ref；锁被持有即停止
+M2. **prepare** — fetch 后从已提交 target 创建临时 integration worktree；primary 的 dirty 状态不被触碰
+M3. **merge** — `--no-ff` 合并 feature 分支；merge diff 出现其他 Change 的 contract/runtime 路径 → 结构化拒绝；冲突 → step FAILED，**停下**列出冲突文件，人工解决后以 `recover` 续跑（已完成步骤返回 REUSED，不重复 merge/push）
+M4. **verify** — 在 integration worktree 内执行组合态验证；他人提交引入或 ledger 不可复用时必跑
+M5. **push** — 仅在验证身份与远端基线仍匹配时 push；远端漂移 → `TARGET_MOVED` 结构化失败，不继续
+M6. **cleanup** — `git worktree remove --force` 精确路径 + 临时分支 + （push 成功后）保护 ref；释放 integration lock；失败保留 journal 与诊断证据；更新 `worktree.json`（`created=false` + removedAt）
+M7. **ledger + 收尾** — 经 `harness_ledger.py record` 写入 `mergeFinalHash`（= journal `pushedHead`）；**`harness_gate.py close --phase merge`**（禁止手工 phase.end）；提示 `/harness-archive`
+
+> Ledger v3（v2 契约 / split-v1 布局起）：`record` 强制顶层身份（`schemaVersion=3/repositoryId/baseCommit/currentHead/diffHash/ownershipHash`，缺失非零退出、不写账本）与 typed metrics；legacy 契约行为不变。详见 `../protocols/ledger-protocol.md` 第十节。
+
+正常路径**禁止创建、应用或删除仓库级 stash**。中断恢复：`harness_integration.py status` 读 journal，`recover` 从首个未完成步骤续跑；protection refs 只在 push 成功后的 cleanup 删除。
 
 ## P0 执行可信度规则
 

package/harness/bundles/general/claude-code/harness-submit/checklist.md

@@ -36,25 +36,24 @@ description: harness-submit 的8 步工作流详细步骤和执行日志记录
 
 > **分支名自动读取**：不硬编码 `master` 或 `main`，使用 `git rev-parse --abbrev-ref @{u}` 自动读取 upstream 分支。
 
+**正常路径禁止 `git stash` / `stash pop`**。远端同步不在业务工作区执行；主目录与 worktree 模式统一由合并段的 `harness_integration.py` transaction 在隔离 integration worktree 内 fetch + merge：
+
 ```powershell
-# 0. 自动读取 upstream
+# 0. 自动读取 upstream 与目标分支（只读操作）
 powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' rev-parse --abbrev-ref @{u}"
 
-# 1. 暂存当前变更
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' stash"
-
-# 2. 拉取并合并远程
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' pull --rebase"
+# 1. preflight：获取 integration lock + 写 journal/保护 ref
+python harness/scripts/harness_integration.py preflight --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch <feature> --target-branch <target> --temp-root <task-temp>
 
-# 3. 恢复暂存的变更
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' stash pop"
+# 2. prepare：fetch + 从已提交 target 创建临时 integration worktree
+python harness/scripts/harness_integration.py prepare --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch <feature> --target-branch <target> --temp-root <task-temp>
 ```
 
 **Shell 安全规则（强制）**：
 - 任何 git 命令被 hook 拒绝（`Denied` / `PreToolUse:Bash hook error`）→ 停止流程，不得宣称"拉取成功"
-- 拉取成功的判断证据：git 输出包含 `Already up to date.` 或 `Fast-forward`、`Updating <hash>..<hash>`，且 exit code 为 0
+- transaction 各步骤状态以 journal 为唯一事实源；FAILED 步骤用 `recover` 续跑，不重复已完成副作用
 
-如果 stash pop 冲突或 merge 冲突，参考 `reference.md` 的常见问题处理。
+merge 冲突或 `TARGET_MOVED` 时，参考 `reference.md` 的恢复清单；**禁止 `checkout --ours/--theirs`**。
 
 ## 步骤 2：最终验证（ledger 复用优先）
 
@@ -311,122 +310,87 @@ powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' rev-parse HEAD"
 
 ---
 
-## worktree 合并流程（步骤 M0–M8）
+## worktree 合并流程（integration transaction，M0–M7）
 
-> worktree 模式 commit 成功后自动执行；用户仅说「合并分支」/`/harness-merge` 且已有本地 commit 时从 M0 重入。合并方式固定 `--no-ff`；冲突 → 停下 → 用户手动解 → 确认后继续；**禁止 `checkout --theirs/--ours`**。
+> worktree 模式 commit 成功后自动执行；用户仅说「合并分支」/`/harness-merge` 且已有本地 commit 时从 M0 重入。合并由 `harness_integration.py` transaction 执行：隔离 integration worktree + journal + 保护 ref + 精确清理。**禁止 `checkout --theirs/--ours`；正常路径禁止仓库级 stash。**
 
 ### P0 合并稳定性门禁
 
 - 主分支名不硬编码，用 `git symbolic-ref --short refs/remotes/origin/HEAD` 读取
 - push 只在主分支；worktree 分支不 push
-- 所有 git 命令通过 `powershell.exe -Command "..."` 执行
+- 所有 git 命令通过 `powershell.exe -Command "..."` 执行（transaction 脚本内部 git 调用除外）
+- transaction 步骤状态以 `.harness/state/integration/<transaction-id>/journal.json` 为唯一事实源
 
 ### 步骤 M0：启动合并段
 
 append `phase.start`（`--phase merge`；`note` 含 worktree 分支、主分支、ledger diffHash、验证策略；重入时 note 标注「重入 merge」）。
 
-### 步骤 M1：切回主目录主分支
-
-```powershell
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' symbolic-ref --short refs/remotes/origin/HEAD"
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' stash"   # 主目录有未提交变更时
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' rev-parse --abbrev-ref HEAD"
-```
-
-不在主分支则 `git checkout <主分支>`。
-
-### 步骤 M2：fetch + 同步主分支
+### 步骤 M1：preflight
 
 ```powershell
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' fetch origin"
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' pull --rebase"
+python harness/scripts/harness_integration.py preflight --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch worktree/<change-name> --target-branch <主分支> --temp-root <task-temp>
 ```
 
-pull 输出非 `Already up to date.` → 引入他人提交 → M4 必须重跑验证。
+获取 integration lock、解析 base/feature head、写 journal 与保护 refs（`refs/harness/integration/<txn>/base|head`）。锁被其他 run 持有 → **停止**，不改动工作区与状态文件。
 
-**CRLF 预检**（pull 后强制）：旧 working copy 的 `.gitattributes eol=lf` 文件可能是 CRLF（.gitattributes 后加未重新检出），曾导致 `core_content_hash` 跨工作树不一致 → sync 产生 dirty → M5 失败重跑。检测并修复：
+### 步骤 M2：prepare
 
 ```powershell
-# 1. renormalize 暴露 CRLF 漂移（仅规范化行尾，不改内容语义）
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' add --renormalize ."
-# 2. 若 git status --porcelain 非空 → working copy 存在 CRLF 漂移
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' status --porcelain"
-# 3. 有漂移 → 弃 staging + 强制 LF 重检（worktree 合并段 M2 在主仓库 main，应 clean，安全）
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' reset -q; git -C '<项目路径>' checkout -- ."
-# 4. 重新 renormalize 确认 clean（git status --porcelain 应空）
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' add --renormalize .; git status --porcelain"
+python harness/scripts/harness_integration.py prepare --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch worktree/<change-name> --target-branch <主分支> --temp-root <task-temp>
 ```
 
-> cluster 1 的 `core_content_hash` 改用 git blob sha 后，CRLF 不再影响 core hash，但 working copy CRLF 仍可能影响 workflow-data 包内容 hash，预检仍有价值。
+fetch 后从**已提交** target 创建临时 integration worktree；primary 的 staged/unstaged/untracked/ignored 与 mtime 均不被触碰。
 
-### 步骤 M3：合并 worktree 分支
+### 步骤 M3：merge
 
 ```powershell
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' merge --no-ff worktree/<change-name>"
+python harness/scripts/harness_integration.py merge --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch worktree/<change-name> --target-branch <主分支> --temp-root <task-temp>
 ```
 
-合并消息默认 `Merge branch 'worktree/<change-name>'`，用户可改文案，**方式固定 --no-ff**。
+- 方式固定 `--no-ff`；merge diff 出现其他 Change 的 contract/runtime 路径 → 结构化 `FOREIGN_CHANGE_PATHS` 拒绝
+- 冲突 → step FAILED：**停下**，`git -C <integration-worktree> diff --name-only --diff-filter=U` 列冲突文件，提示用户手动解决；保护 refs 与 journal 保留
+- 人工解决后以 `recover` 续跑；已完成步骤返回 REUSED，不重复 merge
 
-### 步骤 M4：冲突处理
+### 步骤 M4：verify（组合态验证）
 
-若输出 `CONFLICT`：
+在 integration worktree 内执行验证命令；远端引入他人提交或 ledger 不可复用时必跑：
 
 ```powershell
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' diff --name-only --diff-filter=U"
+python harness/scripts/harness_integration.py verify --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch worktree/<change-name> --target-branch <主分支> --temp-root <task-temp> --command "<resolved command>"
 ```
 
-- 列出冲突文件，**停下**，提示用户手动解决（编辑 → `git add` → `git commit`）
-- 状态 `🟡WARN(merge 冲突，待手动解决：<文件列表>)`
-- 用户确认解决后重跑 submit（从 M0 重入）
-- **禁止自动 `git checkout --theirs/--ours`**
-
-### 步骤 M5：合并后验证（ledger 复用优先）
-
-- 步骤 M2 引入他人提交 → **必须重跑** 构建+测试
-- 否则 diffHash 一致且 post-test 非行为性 → 🔁REUSED
-
-重跑后写回 ledger 的 `compile`/`unitTest`，更新 `diffHash`/`currentHead`。
+任一命令非零退出 → step FAILED，不进入 push。
 
-**写 check-ok marker**（npm run check exit 0 后强制）：让 pre-push hook 跳过重复 check。三重校验（marker ts<10min + command + commit tree），任一不满足照跑。marker 写入时记录 `git write-tree`，因此验证后创建 commit 不会仅因 HEAD 前移而使缓存失效。
+**写 check-ok marker**（npm run check exit 0 后强制）：
 
 ```powershell
-# npm run check exit 0 后立即写 marker（M5 或 REUSED 后均可）
 powershell.exe -Command "python harness/scripts/harness_check_gate.py --write"
 ```
 
-> marker 写入 `.harness/check-ok.marker`（gitignored，本地）。push 时 pre-push hook 比较 `HEAD^{tree}` 与 marker 的 `treeHash`，再校验 ts<10min + command；commit tree 未变化即可跳过，任何内容变化都照跑（安全默认）。
-
-### 步骤 M6：push 主分支
+### 步骤 M5：push
 
 ```powershell
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' fetch"
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' log HEAD..@{u} --oneline"
+python harness/scripts/harness_integration.py push --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch worktree/<change-name> --target-branch <主分支> --temp-root <task-temp>
 ```
 
-远端有新提交 → 回 M2；无则：
-
-```powershell
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' push"
-```
-
-记录 `mergeFinalHash`：`git rev-parse HEAD`。
-
-### 步骤 M7：清理 worktree
+远端基线漂移 → `TARGET_MOVED` 结构化失败，不继续。成功后 journal `pushedHead` 即 `mergeFinalHash`。
 
-若存在 test-tracking manifest，删除 worktree 前必须逐一确认 manifest 路径已包含在 worktree commit 中，且合并后的主分支可用 `git ls-files --error-unmatch -- <exact-path>` 找到；任一路径缺失即停止清理并报告，防止 ignored test 随 worktree 被永久删除。
+### 步骤 M6：cleanup
 
 ```powershell
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' worktree remove '<worktree-path>' --force"
-powershell.exe -Command "git -C '<项目路径>' branch -D worktree/<change-name>"
+python harness/scripts/harness_integration.py cleanup --change <change-name> --run-id <run-id> --feature-branch worktree/<change-name> --target-branch <主分支> --temp-root <task-temp>
 ```
 
-> Windows 兜底见 `reference.md`「Worktree 清理兜底（Windows）」。
+- `git worktree remove --force` 精确路径 → 验证注销 → 临时分支 `branch -D` → （push 成功后）删除保护 refs → 释放 integration lock
+- 清理只接受 journal 登记的精确 integrationRoot；仓库根、父目录、空路径、逃逸路径与其他 transaction 路径一律拒绝
+- 失败保留 journal 与诊断证据，状态 🟡WARN，不得宣称清理完成
+- 若存在 test-tracking manifest，确认其路径已由合并后的目标分支跟踪（`git ls-files --error-unmatch -- <exact-path>`），缺失即停止
 
 更新 `meta/worktree.json`：`created=false` + `removedAt`/`removedBy`/`removalNote`。
 
-### 步骤 M8：更新 ledger + 收尾
+### 步骤 M7：更新 ledger + 收尾
 
-ledger 顶层写入 `"mergeFinalHash": "<hash>"`；append `phase.end`（merge 段）。
+ledger 顶层写入 `"mergeFinalHash": "<journal pushedHead>"`；经 `harness_gate.py close --phase merge` 关闭（禁止手工 phase.end）。
 
 ```markdown
 ## 合并完成 — <change-name>