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package/esm/wasm/htscodecs.js.map

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EAAC,CAAC,CAAC,CAAC,CAAA,CAAC,EAAE,CAAA,CAAA,CAAC,EAAC,CAAC,CAAC,CAAC,CAAA,CAAC,CAAA,CAAC,EAAE,CAAA,CAAA,CAAC,CAAC,EAAE,CAAC;IAAA,CAAC,CAAA,CAAC,CAAA,SAAS,GAAC,CAAC,CAAA,CAAC,CAAA,SAAS,GAAC,IAAI,OAAO,CAAC,CAAC,CAAC,EAAC,CAAC,EAAC,EAAE,GAAC,CAAC,GAAC,CAAC,CAAC,CAAA,CAAC,GAAC,CAAC,CAAA,CAAA,CAAC,CAAC,CAAC;IAC5d,CAAC;IAAA,OAAO,SAAS,CAAA;AAAA,CAAC;AAAA,eAAe,qBAAqB,CAAC"}

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 {
   "name": "@gmod/cram",
-  "version": "8.0.0",
+  "version": "8.0.1",
   "description": "read CRAM files with pure Javascript",
   "license": "MIT",
   "repository": "GMOD/cram-js",
@@ -60,18 +60,18 @@
   "devDependencies": {
     "@gmod/indexedfasta": "^5.0.2",
     "@types/md5": "^2.3.2",
-    "@vitest/coverage-v8": "^4.0.17",
+    "@vitest/coverage-v8": "^4.0.18",
     "buffer": "^6.0.3",
     "documentation": "^14.0.3",
     "eslint": "^9.29.0",
     "eslint-plugin-import": "^2.31.0",
     "eslint-plugin-unicorn": "^62.0.0",
     "mock-fs": "^5.2.0",
-    "prettier": "^3.8.0",
+    "prettier": "^3.8.1",
     "rimraf": "^6.0.1",
     "typescript": "^5.7.0",
-    "typescript-eslint": "^8.53.1",
-    "vitest": "^4.0.17",
+    "typescript-eslint": "^8.54.0",
+    "vitest": "^4.0.18",
     "webpack": "^5.99.9",
     "webpack-cli": "^6.0.1"
   },

package/src/cramFile/file.ts

@@ -380,6 +380,88 @@ export default class CramFile {
 
     return block
   }
+
+  async readBlockFromBuffer(
+    buffer: Uint8Array,
+    bufferOffset: number,
+    filePosition: number,
+  ) {
+    const { majorVersion } = await this.getDefinition()
+    if (!this._sectionParsers) {
+      this._sectionParsers = getSectionParsers(majorVersion)
+    }
+    const sectionParsers = this._sectionParsers
+    const { cramBlockHeader } = sectionParsers
+
+    const headerBytes = buffer.subarray(
+      bufferOffset,
+      bufferOffset + cramBlockHeader.maxLength,
+    )
+    const blockHeader = parseItem(
+      headerBytes,
+      cramBlockHeader.parser,
+      0,
+      filePosition,
+    )
+    const blockContentPosition = blockHeader._endPosition
+    const contentOffset = bufferOffset + blockHeader._size
+
+    const d = buffer.subarray(
+      contentOffset,
+      contentOffset + blockHeader.compressedSize,
+    )
+    const uncompressedData =
+      blockHeader.compressionMethod !== 'raw'
+        ? await this._uncompress(
+            blockHeader.compressionMethod,
+            d,
+            blockHeader.uncompressedSize,
+          )
+        : d
+
+    const block: CramFileBlock = {
+      ...blockHeader,
+      _endPosition: blockContentPosition,
+      contentPosition: blockContentPosition,
+      content: uncompressedData,
+    }
+    if (majorVersion >= 3) {
+      const crcOffset = contentOffset + blockHeader.compressedSize
+      const crcBytes = buffer.subarray(
+        crcOffset,
+        crcOffset + sectionParsers.cramBlockCrc32.maxLength,
+      )
+      const crc = parseItem(
+        crcBytes,
+        sectionParsers.cramBlockCrc32.parser,
+        0,
+        blockContentPosition + blockHeader.compressedSize,
+      )
+      block.crc32 = crc.crc32
+
+      if (this.validateChecksums) {
+        const blockData = buffer.subarray(
+          bufferOffset,
+          bufferOffset + blockHeader._size + blockHeader.compressedSize,
+        )
+        const calculatedCrc32 = crc32(blockData) >>> 0
+        if (calculatedCrc32 !== crc.crc32) {
+          throw new CramMalformedError(
+            `crc mismatch in block data: recorded CRC32 = ${crc.crc32}, but calculated CRC32 = ${calculatedCrc32}`,
+          )
+        }
+      }
+
+      block._endPosition = crc._endPosition
+      block._size =
+        block.compressedSize + sectionParsers.cramBlockCrc32.maxLength
+    } else {
+      block._endPosition = blockContentPosition + block.compressedSize
+      block._size = block.compressedSize
+    }
+
+    return block
+  }
 }
 
 'getDefinition getSectionParsers getSamHeader'.split(' ').forEach(method => {

package/src/cramFile/record.ts

@@ -479,7 +479,12 @@ export default class CramRecord {
       // substitution
       for (const readFeature of this.readFeatures) {
         if (readFeature.code === 'X') {
-          decodeBaseSubstitution(this, refRegion, compressionScheme, readFeature)
+          decodeBaseSubstitution(
+            this,
+            refRegion,
+            compressionScheme,
+            readFeature,
+          )
         }
       }
     }

package/src/cramFile/slice/index.ts

@@ -226,7 +226,37 @@ export default class CramSlice {
   // memoize
   async getBlocks() {
     const header = await this.getHeader()
-    // read all the blocks into memory and store them
+
+    if (this.sliceSize) {
+      // if we know the slice size (from the index), do one big read for all
+      // blocks and parse from the in-memory buffer
+      const containerHeader = await this.container.getHeader()
+      const sliceFilePosition =
+        containerHeader._endPosition + this.containerPosition
+      const blocksFilePosition = header._endPosition
+      const headerSize = blocksFilePosition - sliceFilePosition
+      const remainingBytes = this.sliceSize - headerSize
+
+      const allBlocksBuffer = await this.file.read(
+        remainingBytes,
+        blocksFilePosition,
+      )
+
+      const blocks: CramFileBlock[] = new Array(header.parsedContent.numBlocks)
+      let bufferOffset = 0
+      for (let i = 0; i < blocks.length; i++) {
+        const block = await this.file.readBlockFromBuffer(
+          allBlocksBuffer,
+          bufferOffset,
+          blocksFilePosition + bufferOffset,
+        )
+        blocks[i] = block
+        bufferOffset = block._endPosition - blocksFilePosition
+      }
+      return blocks
+    }
+
+    // fallback: read blocks one at a time (non-indexed access)
     let blockPosition = header._endPosition
     const blocks: CramFileBlock[] = new Array(header.parsedContent.numBlocks)
     for (let i = 0; i < blocks.length; i++) {
@@ -234,7 +264,6 @@ export default class CramSlice {
       blocks[i] = block
       blockPosition = blocks[i]!._endPosition
     }
-
     return blocks
   }