@dzhechkov/keysarium 1.7.14 → 1.7.18

package/templates/.claude/skills/analyst-manual-full/SKILL.md

@@ -35,7 +35,7 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 
 **Контрольные точки:** После каждой фазы скилл останавливается для подтверждения. Пользователь может скорректировать направление или продолжить.
 
-**Cryptographic Verification:** Ed25519 подписи для верификации источников (через goap-research-ed25519).
+**Проверка происхождения:** Research фиксирует, какие источники были прочитаны и какие утверждения ими поддержаны. Ed25519 проверяет подпись издателя только при наличии настоящих ключей издателя и источника с подписанной выдачей. Подпись подтверждает происхождение конкретных байтов, а не истинность утверждения.
 
 ## Workflow Architecture
 
@@ -52,9 +52,9 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 │  → Output: Task Brief                                           │
 │  → ⏸️ CHECKPOINT 1: "Подтвердите Task Brief"                    │
 │                         ↓                                       │
-│  Phase 2: RESEARCH (Ed25519 Verified)                           │
+│  Phase 2: RESEARCH (GOAP + статус доказательств)                 │
 │  → Загрузи: ../goap-research-ed25519/SKILL.md                   │
-│  → Output: Verified Research Findings                           │
+│  → Output: Research Findings + Verification Status              │
 │  → ⏸️ CHECKPOINT 2: "Подтвердите findings"                      │
 │                         ↓                                       │
 │  Phase 3: SOLVE                                                 │
@@ -105,57 +105,82 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 [показать Task Brief]
 
 Варианты действий:
-• "ок" — перейти к Verified Research (moderate mode)
-• "режим strict" — research с порогом 0.95
-• "режим paranoid" — research с порогом 0.99
+• "ок" — перейти к Research (moderate mode)
 • "скорректируй X" — внести изменения
 
 Что выберете?
 ═══════════════════════════════════════════════════════════════
 ```
 
+Показывай дополнительные варианты `режим strict` и `режим paranoid` только после проверки **обоих** фактов для выбранного класса источников: `issuer_keys_available` (реальные закреплённые ключи издателей) и `source_class_verified` (источники действительно отдают подписанные данные). Если пользователь просит один из этих режимов без подтверждения хотя бы одного факта, назови недостающий факт и остановись на CHECKPOINT 1. Предложи `moderate` отдельно; не подменяй выбор молча. Для обычных PubMed/PMC/DOI/WHO эти факты не установлены.
+
+| Ключи издателя | Подписанная выдача | Можно предложить `strict`/`paranoid`? |
+|---|---|---|
+| Нет | Нет | Нет; штатный выбор — `moderate`. |
+| Да | Нет | Нет; назови недостающую подписанную выдачу. |
+| Нет | Да | Нет; назови недостающие ключи издателя. |
+| Да | Да | Да, после явного выбора пользователя. |
+
 ### Phase 2: Research (goap-research-ed25519)
 
 **Загрузи:** Прочитай `../goap-research-ed25519/SKILL.md` и выполни по его инструкциям.
 
 **Verification Modes (выбор на CHECKPOINT 1):**
 
-| Mode | Threshold | Команда на checkpoint |
-|------|-----------|----------------------|
-| `moderate` | 0.85 | "ок" или "продолжай" |
-| `strict` | 0.95 | "режим strict" |
-| `paranoid` | 0.99 | "режим paranoid" |
+| Mode | Threshold | Условие |
+|------|-----------|---------|
+| `moderate` | 0.85 | Штатный режим по "ок" или "продолжай"; неподписанные факты остаются явно отмеченными. |
+| `strict` | 0.95 | Только когда установлены оба capability-факта и пользователь выбрал режим. |
+| `paranoid` | 0.99 | То же условие; более сильные требования к избыточности источников. |
+
+Перед исследованием передай установленные capability-факты в `GOAPResearchPlanner`; не выставляй флаги `True` по имени сайта, наличию URL или желанию получить высокий confidence. Обрабатывай ответ как `ResearchPlan` **или** `PlanNotFound`, не как `None`:
+
+- `PlanNotFound` с `GOAL_UNREACHABLE`: покажи verdict, причину и недостающие факты; остановись на research checkpoint. Увеличение бюджета поиска не исправит недоступные подписи.
+- `PlanNotFound` с `SEARCH_EXHAUSTED`: покажи verdict и причину; остановись на research checkpoint. Можно предложить ограниченный повторный поиск, но не объявлять план найденным.
+- Только `ResearchPlan` разрешает перейти к сбору находок; Phase 3: Solve доступна после успешного CHECKPOINT 2. `ResearchPlan` сам по себе не доказывает подписи или истинность фактов.
 
-**Output — Verified Research Findings:**
+Если получен `PlanNotFound`, вместо шаблона «Research Findings Ready» покажи отдельный CHECKPOINT 2: «Research остановлен», фактический verdict, сообщение planner и недостающие capability-факты либо исчерпанный бюджет поиска. Предложи новый явный выбор: перейти на `moderate` при `GOAL_UNREACHABLE` из-за недоступной подписи, исправить интеграцию подписанной выдачи или сузить цель/повторить поиск при `SEARCH_EXHAUSTED`. Не переходи к Solve и не заполняй успешный research-шаблон на этом пути.
+
+Для каждого использованного факта запиши результат `Ed25519Verifier.verify_fact`: `verified`, `trust_class` и причину отказа. Отдельно запиши результат `verify_citation_chain`; целостность цепочки исследователя не превращает `SELF_ATTESTED` в подпись издателя. Считай `issuer-verified` только факты с `verified=true` и `trust_class=ISSUER_SIGNED`; `SELF_ATTESTED` и `UNVERIFIED` показывай отдельно. Confidence, наличие DOI/URL и подпись исследователя не повышают класс до `ISSUER_SIGNED`. Если проверка не запускалась, напиши «не проверено», не ноль успешных или зелёный статус.
+
+**Output — Research Findings:**
 ```markdown
-## Verified Research Findings
+## Research Findings
 
 ### Verification Status
 - **Mode:** [selected_mode] ([threshold] threshold)
-- **Chain Integrity:** ✅ VERIFIED (ed25519)
-- **Unsigned Claims:** 0
-- **Total Citations:** [число]
+- **Source access:** [сколько источников прочитано; сколько только из выдачи; сколько не открыто]
+- **Issuer provenance:** [issuer-verified X/N; SELF_ATTESTED Y/N; UNVERIFIED Z/N из результатов verify_fact]
+- **Citation-chain integrity:** [verified / failed / not checked по verify_citation_chain]
+- **Claims without issuer verification:** [идентификаторы и причины; если нет — 0 по результатам]
+- **Total citations:** [из списка фактически использованных ссылок]
 
-### Verified Findings
-[Findings с signed citations]
+### Findings
+[Утверждение, ссылка, evidence class и его фактический trust class]
 
 ### Confidence Assessment
-- **Cryptographically Verified (≥0.95):** [список]
-- **Cross-Reference Verified (0.85-0.95):** [список]
+- **Confidence:** [оценки с отдельным основанием; порог не заменяет подпись]
 
 ### Citation Chain
-[Ed25519 verified chain — см. Appendix]
+[Что именно проверено, каким ключом и с каким результатом; если не запускалось — not checked]
 ```
 
+| Состояние результатов | Допустимая формулировка |
+|---|---|
+| Нет `ISSUER_SIGNED` с `verified=true` | «Источники процитированы; криптографическая проверка издателя не установлена». Укажи `SELF_ATTESTED` и `UNVERIFIED` отдельно. |
+| Часть фактов issuer-verified | «Подпись издателя подтверждена для X из N фактов». Перечисли остальные факты и причины; общего «все проверено» нет. |
+| Все факты issuer-verified | «Подпись издателя подтверждена для N из N фактов» **только после** фактического `verify_fact` для каждого факта. Целостность цепочки заявляй лишь при отдельном успешном `verify_citation_chain`; истинность фактов из подписи не следует. |
+
 **⏸️ CHECKPOINT 2:**
 ```
 ═══════════════════════════════════════════════════════════════
-⏸️ CHECKPOINT 2: Verified Research Complete
+⏸️ CHECKPOINT 2: Research Findings Ready
 
 **Verification Status:**
-- Mode: [strict/moderate/paranoid]
-- Unsigned Claims: 0 ✅
-- Citation Chain: VERIFIED (Ed25519) ✅
+- Mode: [фактически выбранный режим]
+- Issuer provenance: [X/N issuer-verified; Y self-attested; Z unverified]
+- Citation-chain integrity: [verified / failed / not checked]
+- Неустановленные элементы: [факты и причины]
 
 **Ключевые находки:**
 [краткое summary]
@@ -165,7 +190,7 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 
 Варианты действий:
 • "ок" — перейти к Solution
-• "исследуй глубже X" — дополнительный verified research
+• "исследуй глубже X" — дополнительный research с новыми источниками
 • "повысь confidence для Y" — найти больше источников
 
 Что выберете?
@@ -210,8 +235,9 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 [краткое summary]
 
 **Data Quality:**
-- Все рекомендации основаны на verified research ✅
-- Citation chain integrity: VERIFIED (Ed25519) ✅
+- Основание рекомендаций: [перечень подтверждённых и неподтверждённых находок]
+- Issuer provenance: [X/N фактов, по результатам verify_fact]
+- Citation-chain integrity: [отдельный результат verify_citation_chain]
 
 Варианты действий:
 • "ок" — создать все документы
@@ -228,10 +254,11 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 ## Strategic Analysis: [Название задачи]
 
 ### Executive Summary
-### Verification Status (Ed25519)
+### Verification Status
 - Research Mode: [mode]
-- All Claims Verified: ✅
-- Citation Chain: CRYPTOGRAPHICALLY VERIFIED ✅
+- Issuer provenance: [X/N фактов; причины для остальных]
+- Citation-chain integrity: [verified / failed / not checked]
+- Source support: [какие утверждения подтверждены прочитанными источниками; какие нет]
 
 ### Key Research Insights
 ### Recommended Strategy
@@ -258,17 +285,18 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 | Документ | Файлы |
 |----------|-------|
 | Task Brief | `01_task_brief.md`, `01_task_brief.docx` |
-| Verified Research | `02_research_findings.md`, `02_research_findings.docx` |
+| Research Findings | `02_research_findings.md`, `02_research_findings.docx` |
 | Solution | `03_solution.md`, `03_solution.docx` |
 | Final Summary | `04_final_summary.md`, `04_final_summary.docx` |
 
 ## Quality Standards
 
 **Anti-Hallucination Checks:**
-- [ ] 100% claims имеют citations
-- [ ] Citation chain cryptographically verified (Ed25519)
-- [ ] Нет утверждений без DOI/URL
-- [ ] Confidence levels для всех findings
+- [ ] Для каждого существенного утверждения указан источник либо явно сказано, что подтверждения нет.
+- [ ] Статус `ISSUER_SIGNED` взят из результата `verify_fact`, а не из confidence, режима или подписи исследователя.
+- [ ] Статус цепочки взят отдельно из `verify_citation_chain`; если проверка не запускалась, это написано.
+- [ ] Утверждения без issuer verification перечислены, а `SELF_ATTESTED` не названы подписями издателя.
+- [ ] Confidence и ограничения источника показаны отдельно от криптографического происхождения.
 
 **Completeness:**
 - [ ] Все 9 модулей problem-solver пройдены
@@ -278,7 +306,7 @@ Scripts и references для Phase 2 находятся в:
 
 **Required skills** (installed as sibling skill directories alongside this skill):
 - `explore` — task clarification and brief generation
-- `goap-research-ed25519` — verified research with Ed25519 (includes scripts/ and references/)
+- `goap-research-ed25519` — source-aware research with optional issuer-signature verification (includes scripts/ and references/)
 - `problem-solver-enhanced` — 9-module problem solving with TRIZ
 
 **Runtime:**

package/templates/.claude/skills/feature-adr/SKILL.md

@@ -60,17 +60,19 @@ Trigger on:
 │   ├── adr-template.md                ← ADR document template
 │   ├── c4-template.md                 ← C4 diagram templates
 │   ├── qe-checklist.md                ← Quality engineering checklist
-│   └── agentic-qe/                    ← Integrated agentic-qe skills (15 total)
+│   └── agentic-qe/                    ← 15 QE references (8 pinned protocols)
 │       ├── README.md                  ← Skill mapping, modes, install guide
-│       ├── shift-left-testing.md      ← Step 3: ADR testability (Tier 3)
-│       ├── qcsd-ideation-swarm.md     ← Step 3.5: Quality swarm (Tier 3)
+│       ├── UPSTREAM-MANIFEST.json     ← Pinned upstream paths and hashes
+│       ├── LICENSE.agentic-qe         ← Upstream MIT notice
+│       ├── qe-ref-shift-left-testing/REFERENCE.md      ← Step 3: ADR testability (Tier 3)
+│       ├── qe-ref-qcsd-ideation-swarm/REFERENCE.md     ← Step 3.5: Quality swarm (Tier 3)
 │       ├── code-goal-planner.md       ← Step 6: SPARC-GOAP agent
-│       ├── brutal-honesty-review.md   ← Step 8: Code review (Tier 2)
-│       ├── qe-requirements-validation.md  ← Step 9: Traceability (Tier 3)
-│       ├── risk-based-testing.md      ← Step 9: Risk scoring (Tier 3)
-│       ├── enterprise-integration-testing.md ← Step 9: Integration (Tier 3, condensed)
-│       ├── regression-testing.md      ← Step 9: Regression (Tier 3)
-│       ├── qe-coverage-analysis.md    ← Step 9: Coverage (Tier 3)
+│       ├── qe-ref-brutal-honesty-review/REFERENCE.md   ← Step 8: Code review (Tier 2)
+│       ├── qe-ref-qe-requirements-validation/REFERENCE.md  ← Step 9: Traceability (Tier 3)
+│       ├── qe-ref-risk-based-testing/REFERENCE.md      ← Step 9: Risk scoring (Tier 3)
+│       ├── qe-ref-enterprise-integration-testing/REFERENCE.md ← Step 9: Integration
+│       ├── qe-ref-regression-testing/REFERENCE.md      ← Step 9: Regression (Tier 3)
+│       ├── qe-ref-qe-coverage-analysis/REFERENCE.md    ← Step 9: Coverage (Tier 3)
 │       ├── chaos-engineering-resilience.md ← Extended: Chaos (Tier 3)
 │       ├── security-testing.md        ← Extended: OWASP (Tier 3)
 │       ├── performance-testing.md     ← Extended: Load/stress (Tier 3)
@@ -649,17 +651,17 @@ statusline/JSON and its ETA keep their existing behavior. Do not start a termina
 
 ### What changes with `--full-qe`
 
-Full agentic-qe protocols for the same 9 core skills. No new agents, just deeper methodology.
+The eight vendored core skills already provide pinned full protocols in Reference Mode. Direct Mode adds the installed aqe runtime, its MCP pattern memory, and the steps explicitly listed below; it does not make the bundled references more complete.
 
 | Step | Reference Mode (default) | Direct Mode (`--full-qe`) |
 |------|--------------------------|---------------------------|
 | Step 0 | Standard routing | + pattern recall → `{LEARNED_PATTERNS}` |
-| Step 3 | Condensed shift-left protocol | Full Level 1-4 shift-left with BDD generators |
-| Step 3.5 | 3 core + flag-based conditionals | Full QCSD swarm with all 9 agents + DDD mapping |
-| Step 6 | SPARC-GOAP goal state analysis | Full agent with milestone tracking + success metrics |
+| Step 3 | Pinned shift-left protocol | Same protocol; installed aqe tooling when available |
+| Step 3.5 | Bundled QCSD protocol and conditional perspectives | Installed aqe runtime can coordinate its full swarm |
+| Step 6 | SPARC-GOAP goal state analysis | Installed planner agent when available |
 | Step 7 | Standard code generation | Standard code generation (no change) |
-| Step 8 | Brutal-honesty 3-mode review | Full calibration levels (1-3) + evidence protocol + QE pattern recall/store |
-| Step 9 | 4 agents with condensed protocols | 4 agents with full agentic-qe protocols + fleet pattern recall/store |
+| Step 8 | Pinned brutal-honesty protocol | Same review plus aqe pattern recall/store |
+| Step 9 | 4 agents with pinned full protocols | Same agents plus aqe fleet pattern recall/store |
 
 ### What `--full-qe-extended` adds on top
 

package/templates/.claude/skills/feature-adr/modules/03-adr.md

@@ -227,7 +227,7 @@ Fitness readiness:
 
 After all ADRs are drafted, apply **shift-left-testing** protocol (Level 4: Risk Analysis in Design).
 
-> Load: `references/agentic-qe/shift-left-testing.md`
+> Load: `references/agentic-qe/qe-ref-shift-left-testing/REFERENCE.md`
 
 ### Testability Check per ADR
 

package/templates/.claude/skills/feature-adr/modules/03.5-ideation-swarm.md

@@ -6,7 +6,7 @@
 
 Adapted from [agentic-qe qcsd-ideation-swarm](https://github.com/proffesor-for-testing/agentic-qe) (Tier 3: Verified).
 
-> Load: `references/agentic-qe/qcsd-ideation-swarm.md`
+> Load: `references/agentic-qe/qe-ref-qcsd-ideation-swarm/REFERENCE.md`
 
 ## When
 

package/templates/.claude/skills/feature-adr/modules/06-implementation-plan.md

@@ -13,7 +13,7 @@ Always runs, and ALWAYS writes `features/<slug>/06_implementation_plan.md` — e
 
 ## Model
 
-sonnet (analytical decomposition) + code-goal-planner SPARC-GOAP methodology
+Use the planning model selected by the active feature-ADR routing policy, distinct from the coding model, with code-goal-planner SPARC-GOAP methodology.
 
 ## Input
 
@@ -25,7 +25,7 @@ sonnet (analytical decomposition) + code-goal-planner SPARC-GOAP methodology
 
 ## Protocol
 
-> Load: `references/agentic-qe/code-goal-planner.md` for SPARC-GOAP methodology.
+In Claude Code, if the `code-goal-planner` agent is available, delegate goal-state analysis to it with the requirements, ADR decisions and quality risks. Check its proposed milestones against the project evidence before writing the plan. In Codex, or whenever that agent surface is unavailable, load `references/agentic-qe/code-goal-planner.md` and apply the same methodology directly. Do not report agent execution when only the reference was read.
 
 ### 0. Apply SPARC-GOAP Goal State Analysis
 

package/templates/.claude/skills/feature-adr/modules/08-qe.md

@@ -249,7 +249,7 @@ produced blockers. Non-blocking: empty result or error → proceed with the stan
 
 ### 3. Code Review via Brutal Honesty Review (M+)
 
-> Load: `references/agentic-qe/brutal-honesty-review.md`
+> Load: `references/agentic-qe/qe-ref-brutal-honesty-review/REFERENCE.md`
 
 Apply the **brutal-honesty-review** protocol from agentic-qe (Tier 2: Validated).
 

package/templates/.claude/skills/feature-adr/modules/09-fleet-qe.md

@@ -28,11 +28,11 @@ sonnet (analytical fleet coordination — multiple parallel agents)
 ### 1. Fleet Assembly
 
 > Load agent protocols:
-> - Agent 1: `references/agentic-qe/qe-requirements-validation.md`
-> - Agent 2: `references/agentic-qe/risk-based-testing.md`
-> - Agent 3: `references/agentic-qe/enterprise-integration-testing.md`
-> - Agent 4: `references/agentic-qe/regression-testing.md`
-> - Shared: `references/agentic-qe/qe-coverage-analysis.md`
+> - Agent 1: `references/agentic-qe/qe-ref-qe-requirements-validation/REFERENCE.md`
+> - Agent 2: `references/agentic-qe/qe-ref-risk-based-testing/REFERENCE.md`
+> - Agent 3: `references/agentic-qe/qe-ref-enterprise-integration-testing/REFERENCE.md`
+> - Agent 4: `references/agentic-qe/qe-ref-regression-testing/REFERENCE.md`
+> - Shared: `references/agentic-qe/qe-ref-qe-coverage-analysis/REFERENCE.md`
 
 Spawn a QE fleet of 4 parallel assessment agents:
 
@@ -100,7 +100,7 @@ Any UNMITIGATED critical risk (score ≥ 20) = GAP.
 
 ### 4. Integration Check (Agent 3)
 
-> Protocol from: `enterprise-integration-testing` (Tier 3, condensed)
+> Protocol from: `enterprise-integration-testing` (pinned upstream protocol)
 
 Apply the **enterprise-integration-testing** hierarchical testing strategy:
 
@@ -251,17 +251,17 @@ Gaps requiring attention:
 ## Direct Mode (`--full-qe`)
 
 When `{AGENTIC_QE_MODE}` = `direct` (activated via `--full-qe` flag), Step 9
-uses full agentic-qe protocols for the same 4 core agents. No additional agents
-are added — the same fleet runs with deeper methodology from the full skill files.
+uses the same four pinned full protocols as Reference Mode. No additional agents
+are added; the installed aqe runtime adds its memory and fleet services.
 
 ### What changes
 
 | Agent | Reference Mode | Direct Mode (`--full-qe`) |
 |-------|---------------|---------------------------|
-| Agent 1 | Condensed qe-requirements-validation | Full SMART + BDD + sprint coverage protocol |
-| Agent 2 | Condensed risk-based-testing | Full 5×5 matrix + ML-enhanced + dynamic reassessment |
-| Agent 3 | Condensed enterprise-integration | Full hierarchical fleet + QCSD flags |
-| Agent 4 | Condensed regression-testing | Full change-based + historical + time-budget strategies |
+| Agent 1 | Pinned qe-requirements-validation protocol | Same protocol; aqe runtime services |
+| Agent 2 | Pinned risk-based-testing protocol | Same protocol; aqe runtime services |
+| Agent 3 | Pinned enterprise-integration protocol | Same protocol; aqe fleet services |
+| Agent 4 | Pinned regression-testing protocol | Same protocol; aqe runtime services |
 
 ## Pattern Memory Loop (Direct Modes)
 

package/templates/.claude/skills/feature-adr/references/agentic-qe/LICENSE.agentic-qe

@@ -0,0 +1,21 @@
+MIT License
+
+Copyright (c) 2025 Agentic QE Contributors
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.

package/templates/.claude/skills/feature-adr/references/agentic-qe/README.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # Agentic QE Skills Integration
 
-Skills from [agentic-qe](https://github.com/proffesor-for-testing/agentic-qe) integrated into the feature-adr pipeline.
+Reference material from [agentic-qe](https://github.com/proffesor-for-testing/agentic-qe) integrated into the feature-ADR pipeline. Eight core skills are vendored from commit `0a6de058575cbe292afe220df105cc74120f7674` (MIT; see `LICENSE.agentic-qe`). The remaining reference files are Keysarium's older adapted copies.
 
 ## Installation (for Direct Mode)
 
@@ -51,7 +51,7 @@ Without installation, all core skills work in Reference Mode (no setup needed).
 ## Source Repository
 
 - Repository: https://github.com/proffesor-for-testing/agentic-qe
-- Skills path: `assets/skills/`
+- Pinned skills path: `.claude/skills/`
 - Agents path: `.claude/agents/goal/`
 - Total skills in repo: 77+
 - Skills integrated: 15 (9 core + 6 extended)
@@ -79,13 +79,11 @@ Without installation, all core skills work in Reference Mode (no setup needed).
 
 ### Reference Mode (default, no setup)
 
-Skills are stored as condensed copies in `references/agentic-qe/`.
-Feature-adr modules read the skill instructions and apply their methodology
-within the feature-adr checkpoint framework.
+The eight core skills listed below include their pinned upstream `SKILL.md`, output schemas, evals, and supporting files. Feature-ADR modules load those instructions from their own directories and apply the methodology within the feature-ADR checkpoint framework. Five skills also carry clearly marked Keysarium additions. The other reference files remain adapted copies.
 
 - Works out of the box
-- 15 files, ~50KB total
 - Covers all core pipeline steps
+- No `aqe` executable, MCP tools, pattern memory, or fleet runtime is installed by these reference files
 
 ### Direct Mode (`--full-qe`, requires installation)
 
@@ -95,7 +93,7 @@ When `--full-qe` flag is used and agentic-qe is installed:
 2. Sets `{AGENTIC_QE_MODE}` = `direct`
 3. Modules load full skill files from agentic-qe package for the same 9 core skills
 4. Full QCSD swarm protocols with all agents + DDD mapping
-5. No additional skills — same agents, deeper protocols
+5. The same pinned core protocols can use the installed runtime's CLI, MCP tools, memory and fleet agents when those capabilities are verified
 
 **When to use:**
 - L/XL tier features needing deeper QE methodology
@@ -123,16 +121,22 @@ Everything from `--full-qe` PLUS 6 additional skills:
 
 ## Files in this directory
 
-### Core (always loaded)
-- `shift-left-testing.md` — Full copy (Tier 3)
-- `qcsd-ideation-swarm.md` — Condensed from ~77KB (Tier 3)
+### Core (loaded by the corresponding module)
+- `qe-ref-shift-left-testing/REFERENCE.md` — pinned upstream plus Keysarium addition
+- `qe-ref-qcsd-ideation-swarm/REFERENCE.md` — pinned upstream plus Keysarium addition
 - `code-goal-planner.md` — Full copy (Agent)
-- `brutal-honesty-review.md` — Full copy (Tier 2)
-- `qe-requirements-validation.md` — Full copy, 254 lines (Tier 3)
-- `risk-based-testing.md` — Full copy, 212 lines (Tier 3)
-- `enterprise-integration-testing.md` — Condensed from 735 lines (Tier 3)
-- `regression-testing.md` — Full copy, 233 lines (Tier 3)
-- `qe-coverage-analysis.md` — Full copy, 193 lines (Tier 3)
+- `qe-ref-brutal-honesty-review/REFERENCE.md` — pinned upstream
+- `qe-ref-qe-requirements-validation/REFERENCE.md` — pinned upstream
+- `qe-ref-risk-based-testing/REFERENCE.md` — pinned upstream plus Keysarium addition
+- `qe-ref-enterprise-integration-testing/REFERENCE.md` — pinned upstream plus Keysarium addition
+- `qe-ref-regression-testing/REFERENCE.md` — pinned upstream plus Keysarium addition
+- `qe-ref-qe-coverage-analysis/REFERENCE.md` — pinned upstream
+
+Each vendored skill keeps its auxiliary files under the same directory, so its frontmatter paths such as `schemas/output.json` resolve from the skill root. `run-history.json` is excluded because it records upstream run history rather than the skill contract.
+
+The `qe-ref-` directory prefix marks these as bundled references and keeps them distinct from separately installed skills with the same names. `UPSTREAM-MANIFEST.json` maps each local path to its original upstream path and hash.
+
+The upstream `brutal-honesty-review/scripts/*.sh` files are bundled as reference utilities and are not run by Keysarium. They use simple text heuristics and, in one case, invoke the consumer project's `npm test`; their output is not a feature-ADR gate verdict. `assess-tests.sh` has a known upstream early-exit at its first `((found_count++))` under `set -e`; keep its verdict out of the gate. The JSON schemas are available for machine checks, but the pipeline does not yet claim that it runs every upstream eval automatically.
 
 ### Extended (loaded in Direct Mode)
 - `chaos-engineering-resilience.md` — Full copy, 164 lines (Tier 3)