@delta-infra/cli 1.1.0 → 1.1.1

package/skills/delta-science/references/rdkit.md

@@ -1,138 +1,138 @@
-# RDKit 详细规则
-
-只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。以下业务响应位于 CLI 顶层 `data`；只按本文件
-说明读取字段，不得递归搜索。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
-
-一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
-`batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
-descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
-`a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
-
-只报告业务响应实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
-`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-## Parse
-
-operation：`parse`。
-
-```json
-{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
-```
-
-Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
-`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
-`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
-
-## Descriptors
-
-operation：`descriptors`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
-`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
-`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
-`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
-
-## Batch Descriptors
-
-operation：`batch-descriptors`。
-
-```json
-{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-Limits: 1-500 SMILES.
-
-## Batch Parse Describe
-
-operation：`batch-parse-describe`。
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
-  ],
-  "descriptor_set": "basic",
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
-fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
-`warnings`, and `error`.
-
-## Render
-
-operation：`render`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
-```
-
-Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
-Width/height range: 150-2000.
-
-## Fingerprint
-
-operation：`fingerprint`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
-
-## Similarity
-
-operation：`similarity`。
-
-```json
-{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Returns Tanimoto similarity.
-
-## Similarity Matrix
-
-operation：`similarity-matrix`。
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
-  ],
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
-Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
-
-```json
-{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
-```
-
-Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
-
-## Substructure
-
-operation：`substructure`。
-
-```json
-{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
-```
-
-Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.
+# RDKit 详细规则
+
+只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。以下业务响应位于 CLI 顶层 `data`；只按本文件
+说明读取字段，不得递归搜索。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
+
+一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
+`batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
+descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
+`a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
+
+只报告业务响应实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
+`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+## Parse
+
+operation：`parse`。
+
+```json
+{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
+```
+
+Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
+`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
+`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
+
+## Descriptors
+
+operation：`descriptors`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
+`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
+`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
+`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
+
+## Batch Descriptors
+
+operation：`batch-descriptors`。
+
+```json
+{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+Limits: 1-500 SMILES.
+
+## Batch Parse Describe
+
+operation：`batch-parse-describe`。
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
+  ],
+  "descriptor_set": "basic",
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
+fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
+`warnings`, and `error`.
+
+## Render
+
+operation：`render`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
+```
+
+Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
+Width/height range: 150-2000.
+
+## Fingerprint
+
+operation：`fingerprint`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
+
+## Similarity
+
+operation：`similarity`。
+
+```json
+{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Returns Tanimoto similarity.
+
+## Similarity Matrix
+
+operation：`similarity-matrix`。
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
+  ],
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
+Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
+
+```json
+{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
+```
+
+Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
+
+## Substructure
+
+operation：`substructure`。
+
+```json
+{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
+```
+
+Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.

package/skills/delta-science/references/strbo.md

@@ -1,87 +1,87 @@
-# STRBO 详细规则
-
-STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
-`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
-不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
-
-所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
-用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
-
-## 初始化
-
-- 同步 operation：`molecules-init`
-- 异步 operation：`molecules-init-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
-  "num_initial": 3,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
-成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
-
-## 建议下一批候选
-
-- 同步 operation：`molecules-suggest`
-- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
-- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
-  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
-  "history_ys": [
-    [-6.8, 0.31],
-    [-7.1, 0.42],
-    [-6.5, 0.28]
-  ],
-  "num_suggestions": 2,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
-顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
-
-## 评估候选
-
-- 同步 operation：`molecules-evaluate`
-- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
-
-```json
-{
-  "designs": ["CCO", "CCN"]
-}
-```
-
-成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
-明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
-
-## 异步作业
-
-提交异步 operation 后，从当前业务响应读取非空 `job_id`，再轮询：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-status --params JSON
-```
-
-只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-result --params JSON
-```
-
-`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
-但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
-未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
-
-## 完整科研流程
-
-用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
-调用已验证的业务响应作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
-不得擅自扩展为完整循环。
+# STRBO 详细规则
+
+STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
+`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
+不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
+
+所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
+用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
+
+## 初始化
+
+- 同步 operation：`molecules-init`
+- 异步 operation：`molecules-init-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
+  "num_initial": 3,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
+成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
+
+## 建议下一批候选
+
+- 同步 operation：`molecules-suggest`
+- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
+- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
+  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
+  "history_ys": [
+    [-6.8, 0.31],
+    [-7.1, 0.42],
+    [-6.5, 0.28]
+  ],
+  "num_suggestions": 2,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
+顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
+
+## 评估候选
+
+- 同步 operation：`molecules-evaluate`
+- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
+
+```json
+{
+  "designs": ["CCO", "CCN"]
+}
+```
+
+成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
+明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
+
+## 异步作业
+
+提交异步 operation 后，从当前业务响应读取非空 `job_id`，再轮询：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-status --params JSON
+```
+
+只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-result --params JSON
+```
+
+`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
+但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
+未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
+
+## 完整科研流程
+
+用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
+调用已验证的业务响应作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
+不得擅自扩展为完整循环。