@delta-infra/cli 1.0.97 → 1.0.99

package/skills/delta-shared/SKILL.md

@@ -1,95 +1,97 @@
----
-name: delta-shared
-description: "delta-cli 全局共享规则：配置/认证检查、安全红线、错误处理、sandbox 销毁。"
----
-
-# delta-cli 共享规则
-
-指导 AI 使用 `delta-cli` 的通用规则。核心原则：**只检查、不猜测、不泄露密钥**。
-
-## 执行任何操作之前
-
-1. 确认服务端地址：
-   ```bash
-   delta-cli config show
-   ```
-2. 确认认证状态：
-   ```bash
-   delta-cli auth status
-   ```
-
-- 若 `auth status` 显示 `method: token`，**直接执行目标命令**，不要重复登录或初始化配置。
-- 若显示 `method: none`，或操作返回 `error.type: auth` / `permission`，才进入下面的“补全配置”流程。
-
-## 补全配置
-
-缺少服务端地址或凭证时，**向用户询问一次**，然后用 flag 初始化：
-
-```bash
-delta-cli config init --base-url <server-url> --token <token>
-```
-
-不要用交互式 `config init`（无 flag），避免在 stdin 不可用时卡住。
-
-### 信息来源优先级
-
-1. 环境变量：`DELTA_INFRA_BASE_URL`、`DELTA_INFRA_TOKEN`
-2. `~/.delta-infra/config.json` 中的 `base_url` / `token`
-3. 默认值：仅 `base_url` 有内部默认值
-4. 以上都缺失时，**必须询问用户**，禁止虚构
-
-### 运行时凭证
-
-CLI 使用 `token` 发送请求头 `Authorization: Bearer <token>`，并自动从 JWT 中提取 `uid` 作为 `X-User-Uid`。
-
-## 安全红线
-
-- **禁止输出密钥**：`token` 不得出现在日志、消息、终端。
-- **禁止自己拼 URL / 构造 HTTP 请求**：所有请求都走 `delta-cli`。
-- **不要主动安装 CLI**：如果用户说没装，建议他去 README 或 install.sh，不要自己选安装方式。
-- **写入/删除操作前确认意图**：`sandbox kill`、`sandbox finish`、`sandbox write` 等必须告诉用户影响。
-- `~/.delta-infra/config.json` 权限为 `0600`，不要手动放宽。
-- **sandbox 必须销毁**：调用 `sandbox create` 后，当前任务结束前必须调用 `sandbox kill`。server 端无自动清理，不销毁 = 永久占用 GPU；即使出错也不得跳过。
-
-## JSON 输出约定
-
-```json
-{"ok":true,"data":{...}}
-{"ok":false,"error":{"type":"auth","message":"...","hint":"..."}}
-```
-
-AI Agent 解析规则：
-- 始终检查 `ok`，不要只看 exit code。
-- `error.type` 是稳定分支字段：`auth`, `permission`, `not_found`, `validation`, `network`, `api`, `internal`。
-- `error.hint` 可展示给用户。
-
-## 退出码约定
-
-| Type | Exit Code | 场景 |
-|------|-----------|------|
-| validation | 2 | flag / 参数错误 |
-| auth | 3 | 未认证或认证失败 |
-| permission | 4 | 权限不足 |
-| not_found | 5 | sandbox/file 不存在 |
-| network | 6 | DNS、超时、连接失败 |
-| api | 7 | 服务端非 2xx |
-| internal | 10 | 客户端内部错误 |
-
-## 升级检查
-
-完成用户请求后，如果 JSON 中有 `_notice.update`，可建议：
-
-```bash
-delta-cli upgrade
-```
-
-## 常见恢复
-
-| 错误 / 现象 | 恢复动作 |
-|-------------|----------|
-| `error.type: auth` / `method: none` | 询问用户后执行 `config init --base-url <url> --token <token>` |
-| `error.type: permission` | 确认当前认证是否有权限；必要时换 token |
-| `error.type: not_found` | 检查 `sandbox_id` / path |
-| `error.type: network` | 检查 `base_url` 和网络连通性 |
-| `error.type: validation` | 检查必填 flag 和参数格式 |
-| 配置文件解析失败 | 检查 `~/.delta-infra/config.json` 是否为有效 JSON |
+---
+name: delta-shared
+description: "delta-cli 全局共享规则：配置/认证检查、安全红线、错误处理、sandbox 销毁。"
+---
+
+# delta-cli 共享规则
+
+指导 AI 使用 `delta-cli` 的通用规则。核心原则：**只检查、不猜测、不泄露密钥**。
+
+## 执行任何操作之前
+
+1. 确认服务端地址：
+   ```bash
+   delta-cli config show
+   ```
+2. 确认认证状态：
+   ```bash
+   delta-cli auth status
+   ```
+
+- 若 `auth status` 显示 `method: token`，**直接执行目标命令**，不要重复登录或初始化配置。
+- 若显示 `method: none`，或操作返回 `error.type: auth` / `permission`，才进入下面的“补全配置”流程。
+
+## 补全配置
+
+缺少服务端地址或凭证时，**向用户询问一次**，然后用 flag 初始化：
+
+```bash
+delta-cli config init --base-url <server-url> --token <token>
+```
+
+不要用交互式 `config init`（无 flag），避免在 stdin 不可用时卡住。
+
+### 信息来源优先级
+
+1. 环境变量：`DELTA_INFRA_BASE_URL`、`DELTA_INFRA_TOKEN`
+2. `~/.delta-infra/config.json` 中的 `base_url` / `token`
+3. 默认值：仅 `base_url` 有内部默认值
+4. 以上都缺失时，**必须询问用户**，禁止虚构
+
+### 运行时凭证
+
+CLI 使用 `token` 发送请求头 `Authorization: Bearer <token>`，并自动从 JWT 中提取 `uid` 作为 `X-User-Uid`。
+
+## 安全红线
+
+- **禁止输出密钥**：`token` 不得出现在日志、消息、终端。
+- **禁止自己拼 URL / 构造 HTTP 请求**：所有请求都走 `delta-cli`。
+- **不要主动安装 CLI**：如果用户说没装，建议他去 README 或 install.sh，不要自己选安装方式。
+- **写入/删除操作前确认意图**：`sandbox kill`、`sandbox finish`、`sandbox write` 等必须告诉用户影响。
+- `~/.delta-infra/config.json` 权限为 `0600`，不要手动放宽。
+- **sandbox 必须销毁**：调用 `sandbox create` 后，当前任务结束前必须调用 `sandbox kill`。server 端无自动清理，不销毁 = 永久占用 GPU；即使出错也不得跳过。
+
+## JSON 输出约定
+
+```json
+{"ok":true,"data":{...}}
+{"ok":false,"error":{"type":"auth","message":"...","hint":"..."}}
+```
+
+AI Agent 解析规则：
+- 始终检查 `ok`，不要只看 exit code。
+- `error.type` 是稳定分支字段：`auth`, `permission`, `not_found`, `validation`, `network`, `api`, `command_failed`, `internal`。
+- `error.hint` 可展示给用户。
+
+## 退出码约定
+
+| Type | Exit Code | 场景 |
+|------|-----------|------|
+| validation | 2 | flag / 参数错误 |
+| auth | 3 | 未认证或认证失败 |
+| permission | 4 | 权限不足 |
+| not_found | 5 | sandbox/file 不存在 |
+| network | 6 | DNS、超时、连接失败 |
+| api | 7 | 服务端非 2xx |
+| command_failed | 8 | sandbox 内命令执行失败（非零 exit_code 或报错）；SSE 路径在 complete 帧后追加该 error 信封，**message 附 stderr 尾部**便于快速扫读 |
+| internal | 10 | 客户端内部错误 |
+
+## 升级检查
+
+完成用户请求后，如果 JSON 中有 `_notice.update`，可建议：
+
+```bash
+delta-cli upgrade
+```
+
+## 常见恢复
+
+| 错误 / 现象 | 恢复动作 |
+|-------------|----------|
+| `error.type: auth` / `method: none` | 询问用户后执行 `config init --base-url <url> --token <token>` |
+| `error.type: permission` | 确认当前认证是否有权限；必要时换 token |
+| `error.type: not_found` | 检查 `sandbox_id` / path |
+| `error.type: network` | 检查 `base_url` 和网络连通性 |
+| `error.type: validation` | 检查必填 flag 和参数格式 |
+| `error.type: command_failed` | sandbox 内命令失败：信封 `message` 已带 stderr 尾部，可快速定位；完整 `stderr`/`result_summary` 在 complete 帧里，重试或修正命令 |
+| 配置文件解析失败 | 检查 `~/.delta-infra/config.json` 是否为有效 JSON |

package/skills/delta-shared/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "Delta CLI 共享规则"
-  short_description: "处理 Delta CLI 的配置、认证、错误与安全边界"
-  default_prompt: "使用 $delta-shared 检查并处理 Delta CLI 的配置或认证问题。"
+interface:
+  display_name: "Delta CLI 共享规则"
+  short_description: "处理 Delta CLI 的配置、认证、错误与安全边界"
+  default_prompt: "使用 $delta-shared 检查并处理 Delta CLI 的配置或认证问题。"

package/skills/manifest.json

@@ -1,19 +1,19 @@
-{
-  "skills": [
-    "delta-sandbox",
-    "delta-shared",
-    "delta-science"
-  ],
-  "retired_skills": [
-    "pubchem",
-    "rdkit",
-    "pymatgen",
-    "gsasii",
-    "lammps",
-    "delta-bo",
-    "ldm-bo",
-    "synbo-service",
-    "antbo-service",
-    "antbo-ldm-guard"
-  ]
-}
+{
+  "skills": [
+    "delta-sandbox",
+    "delta-shared",
+    "delta-science"
+  ],
+  "retired_skills": [
+    "pubchem",
+    "rdkit",
+    "pymatgen",
+    "gsasii",
+    "lammps",
+    "delta-bo",
+    "ldm-bo",
+    "synbo-service",
+    "antbo-service",
+    "antbo-ldm-guard"
+  ]
+}

package/skills/delta-science/references/cli-contract.md

@@ -1,53 +0,0 @@
-# Delta CLI 执行约定
-
-## 使用 CLI
-
-所有实时 Science 调用最终都使用已安装的 Delta CLI；CLI 是服务调用边界。标准命令为：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
-```
-
-`TOOL` 与 `ENDPOINT` 必须逐字使用当前 reference 或实时目录中的
-`tools.name`、`tool_endpoints.name`；不得增加别名映射、裁剪前缀或在 `not_found` 后改名重试。
-仅当 operation 文档明确要求查询参数时使用 `--params JSON`。不要同时传递 `--data` 和
-`--params`，也不要改用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
-
-CLI 使用其标准认证和由 `base_url` 派生出的 Science 服务地址（`{base_url}/science_tool`）。
-Skill 不得通过环境变量、命令参数或临时配置改写服务路由，也不读取、修改或伪造凭据。
-
-## 成功与结果
-
-CLI 成功时输出单个 JSON 信封：
-
-```json
-{
-  "ok": true,
-  "data": {}
-}
-```
-
-只有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。顶层 `data` 保存服务响应。
-按 operation reference 规定的响应结构读取字段：若文档明确说明网关或业务信封的 `data`，
-可读取该已知层级；不得递归搜索字段，也不得将业务返回的 `valid:false`、空结果或警告误报为
-CLI 传输失败。
-
-退出码非 0 或顶层 `ok:false` 时，本次调用失败；转发 CLI 的原始错误短摘要，不得切换到
-其他调用链、修改参数或重试可能已执行的远程变更。
-
-## 实时目录
-
-当用户点名 reference 以外的新工具，或 reference 缺失、过期或与 CLI 返回不一致时，依次执行：
-
-```text
-delta-cli science list
-delta-cli science endpoints list TOOL
-```
-
-两次调用都必须满足成功条件。目录只用于获取精确名称；若其未提供足以安全构造请求的 schema，
-说明该限制而不要猜测请求体。
-
-## 二进制产物
-
-operation 返回 base64 数据时，只解码 operation 文档指定的 `data` 字段。PNG 文件必须以
-`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。

package/skills/delta-science/references/generated-catalog.md

@@ -1,48 +0,0 @@
-# Science catalog（自动生成）
-
-本文件由 `skills/science-tools.json` 生成；不要手工修改。规范名称供 CLI/Skill 使用，legacy 名称仅用于兼容已部署的 `/science_tool` catalog。
-
-| 规范 tool | Skill | 类别 | operation | legacy endpoint |
-| --- | --- | --- | --- | --- |
-| pubchem | pubchem | molecule-information | health | chem_pubchem_health |
-| pubchem | pubchem | molecule-information | compound-resolve-cids | chem_pubchem_compound_resolve-cids |
-| pubchem | pubchem | molecule-information | compound-properties | chem_pubchem_compound_properties |
-| pubchem | pubchem | molecule-information | compound-synonyms | chem_pubchem_compound_synonyms |
-| pubchem | pubchem | molecule-information | compound-summary | chem_pubchem_compound_summary |
-| pubchem | pubchem | molecule-information | compound-batch-summary | chem_pubchem_compound_batch-summary |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | health | chem_rdkit_health |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | parse | chem_rdkit_parse |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | descriptors | chem_rdkit_descriptors |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | batch-descriptors | chem_rdkit_batch-descriptors |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | batch-parse-describe | chem_rdkit_batch-parse-describe |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | render | chem_rdkit_render |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | fingerprint | chem_rdkit_fingerprint |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | similarity | chem_rdkit_similarity |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | similarity-matrix | chem_rdkit_similarity-matrix |
-| rdkit | rdkit | cheminformatics | substructure | chem_rdkit_substructure |
-| pymatgen | pymatgen | materials-informatics | health | chem_pymatgen_health |
-| pymatgen | pymatgen | materials-informatics | composition-parse | chem_pymatgen_composition_parse |
-| pymatgen | pymatgen | materials-informatics | structure-parse | chem_pymatgen_structure_parse |
-| pymatgen | pymatgen | materials-informatics | structure-summary | chem_pymatgen_structure_summary |
-| pymatgen | pymatgen | materials-informatics | structure-convert | chem_pymatgen_structure_convert |
-| pymatgen | pymatgen | materials-informatics | structure-symmetry | chem_pymatgen_structure_symmetry |
-| gsasii | gsasii | diffraction | health | chem_gsasii_health |
-| gsasii | gsasii | diffraction | powder-simulate | chem_gsasii_powder_simulate |
-| gsasii | gsasii | diffraction | powder-refine | chem_gsasii_powder_refine |
-| lammps | lammps | molecular-dynamics | health | chem_lammps_health |
-| lammps | lammps | molecular-dynamics | lj-melt-example | chem_lammps_examples_lj-melt |
-| lammps | lammps | molecular-dynamics | run | chem_lammps_run |
-| delta-bo | delta-bo | optimization | commands | chem_delta-bo_commands |
-| delta-bo | delta-bo | optimization | generate | chem_delta-bo_generate |
-| ldm-bo | ldm-bo | molecule-optimization | health | chem_ldm-bo_health |
-| ldm-bo | ldm-bo | molecule-optimization | recommend | chem_ldm-bo_recommend |
-| ldm-bo | ldm-bo | molecule-optimization | trajectory | chem_ldm-bo_trajectory |
-| synbo | synbo-service | reaction-optimization | health | chem_synbo_health |
-| synbo | synbo-service | reaction-optimization | initialize | chem_synbo_initialize |
-| synbo | synbo-service | reaction-optimization | optimize | chem_synbo_optimize |
-| antbo | antbo-service | antibody-optimization | health | biology_antbo_health |
-| antbo | antbo-service | antibody-optimization | run-default-job | biology_antbo_run_default_job |
-| antbo | antbo-service | antibody-optimization | run | biology_antbo_run |
-| antbo | antbo-service | antibody-optimization | log | biology_antbo_log |
-| antbo | antbo-service | antibody-optimization | jobs | biology_antbo_jobs |
-| antbo | antbo-service | antibody-optimization | stop | biology_antbo_stop |

package/skills/delta-science/references/ldm.md

@@ -1,73 +0,0 @@
-# LDM 科研工作流
-
-这里的 **LDM / 大发现模型** 是用户可见的科研工作流名称，不是可以直接访问网关的
-tool。在线计算必须先按任务语义选择 `ldm-bo`、`strbo` 或 `antbo`，再通过
-`delta-cli science invoke`
-调用 Delta CLI；禁止运行旧 `large-discovery-model` Skill、`run_ldm_loop.py`、gateway
-backend、`stream_widget` 中的联网命令或任何 HTTP 客户端。
-
-## 路由
-
-| 用户目标 | 实际 tool | 需要同时读取 |
-| --- | --- | --- |
-| 在给定 SMILES 候选池中推荐下一批，或运行 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹 | `ldm-bo` | `references/ldm-bo.md` |
-| 围绕服务端固定 KRAS G12D 生成、评估并迭代小分子 | `strbo` | `references/strbo.md` |
-| 为指定抗原生成、评估并迭代 11-aa CDRH3 | `antbo` | `references/antbo.md` |
-
-不得因为用户只说“LDM”“药物发现”就自动选择后端。根据实体、已有数据和目标判断；
-仍无法区分时，结束并说明需要用户确认“小分子候选池、KRAS G12D 生成优化或抗体
-CDRH3”中的哪一种。
-
-## 最小执行范围
-
-- 用户只要求检查参数时，只调用相应 `*-validate` operation。
-- 用户只要求评估已有候选时，只调用 evaluate，不生成新候选。
-- 用户只要求推荐下一批且已经给出历史记录时，只调用 suggest/recommend。
-- 用户明确要求“完整迭代优化”时，才运行初始化、评估、建议、再评估的闭环。
-- 用户未给轮数时，STRBO/AntBO 最多执行一个建议轮次；不得沿用旧 Skill 的 6/8 轮
-  隐式默认值。LDM-BO `trajectory` 的评估次数必须来自用户，缺失时先要求确认。
-
-生成、评估、建议和 trajectory 都会消耗远端资源。一次自然语言中的“帮我优化”视为
-执行授权，但不得擅自扩大候选数、轮数或切换后端。
-
-## STRBO 完整闭环
-
-1. 调用 `molecules-init` 或 `molecules-init-job`，取得初始 SMILES。
-2. 调用 `molecules-evaluate` 或对应异步 operation，取得 `[vina, activity]`。
-3. 使用当前成功业务响应中的 SMILES 和 scores 构造 `history_xs/history_ys`。
-4. 调用一次 `molecules-suggest-job`，按 STRBO reference 轮询至成功。
-5. 只评估新建议，并把结果与当前任务内历史合并后返回。
-
-提交 operation 不得重试。任一步失败、超时或返回数量不一致，立即结束；不得用旧
-gateway、离线 mock、本地 RDKit/Vina 或模型猜测补全。
-
-## AntBO 完整闭环
-
-1. 用户必须提供抗原；未提供时不得替用户选择。
-2. 必要时调用一次 `ldm-health`，确认抗原与 CDRH3 长度约束。
-3. 调用 `ldm-init` 取得初始 CDRH3，再调用 `evaluate` 取得结合能。
-4. 使用当前成功业务响应构造一维 `history_ys`，调用一次 `ldm-suggest`。
-5. 只评估新建议，并返回当前任务内的候选与结合能。
-
-不得把 AntBO 的一维 score 改成 STRBO 的二维 score，也不得把 CDRH3 交给小分子
-LDM-BO。
-
-## 固定候选池与轨迹
-
-- 已有候选池和历史分数，要求下一批：使用 `ldm-bo/recommend`。
-- 用户明确要求完整 PDF2Dock/Vina+NN 搜索并给出评估次数：使用
-  `ldm-bo/trajectory`。
-- 不得把 `ldm-bo` 的 provider、模型路径、密钥、GPU 或 Vina 配置放进请求；这些由
-  Science Server 管理。
-
-## 结果与展示
-
-只报告当前 Delta CLI 业务响应中真实存在的候选、目标值、warnings、job_id、状态和
-服务端 provenance。不得自行添加相似度阈值、机制解释、湿实验结论或“最优”断言；
-只有在方向明确且比较集合完整时，才能按实际目标值指出当前集合中的最好候选。
-推荐结果中的 acquisition value 不是预测目标值、置信度或推荐理由；除非业务响应
-明确给出语义和方向，否则只作为原始采集函数值报告。
-
-LDM 的仪表盘是展示层，不是计算入口。用户明确要求图表时，先完成一次 CLI 计算，
-再让外层使用同一份已验证结果绘图；禁止为了仪表盘再次提交远端任务。普通请求直接
-返回简洁文本。

package/skills/delta-science/references/molecule-enrich.md

@@ -1,59 +0,0 @@
-# Molecule Enrichment 详细规则
-
-这是一个由 Science Server 编排的联合 workflow：先用 PubChem 批量解析输入，再按服务
-返回的 SMILES 回退顺序调用 RDKit 批量解析/描述符/指纹。它适合用户明确要求“一次拿到
-身份信息和结构计算结果”的场景；推荐结果仍只来自当前 CLI 业务响应。
-
-当前 Science Server 的注册标签是 `chemistry`，operation 是 `molecule.enrich`。实际
-名称必须以当前 catalog 返回值为准；该 operation 的存在不能通过直接访问
-`/chem/molecule/enrich` 推断或替代。所有调用都使用：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool chemistry --endpoint molecule.enrich --data JSON
-```
-
-## Request
-
-请求体：
-
-```json
-{
-  "inputs": ["aspirin", "caffeine"],
-  "namespace": "name",
-  "pubchem": {
-    "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES"],
-    "synonym_limit": 5
-  },
-  "rdkit": {
-    "descriptors": true,
-    "canonicalize": true,
-    "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-    "sanitize": true
-  }
-}
-```
-
-`inputs` 接受 1–100 个字符串；`namespace` 为 `cid`、`name`、`smiles`、`inchi`、
-`inchikey` 或 `formula`。`pubchem.properties` 和 `synonym_limit` 遵循 PubChem reference。
-RDKit 默认执行 descriptors、canonicalize 和 sanitize；`fingerprint` 可为 `false` 或
-Morgan 配置对象，radius 为 1–6，n_bits 为 128–8192。不要把一个服务的字段名改写成
-另一个服务的字段名。
-
-## Result
-
-成功业务结果通常包含 `valid`、`count`、`failed_count`、`results`、`warnings` 和
-`metadata`。每个 `results[*]` 保留：
-
-- 原始输入 `input`；
-- PubChem 的 `valid`、`cid`、`smiles`、`formula`、`properties`、`aliases`、`synonyms`
-  和 `error`；
-- 可选 RDKit 的 `valid`、`canonical_smiles`、`descriptors`、`fingerprint_metadata`、
-  `on_bits`、`bit_count`、`warnings` 和 `error`。
-
-SMILES 回退顺序固定为 `CanonicalSMILES -> ConnectivitySMILES -> SMILES ->
-IsomericSMILES`。PubChem 没有可用 SMILES，或 RDKit 失败时，该条记录保持无效并计入
-`failed_count`；不要用本地 RDKit/PubChem 或人工字符串补齐。
-
-只要用户需要单一中间结果，就不要为了使用 workflow 额外调用另一服务。不要主动调用
-health 或保存文件；用户明确要求图片时仍单独使用 RDKit `render`，不要把本 workflow 的
-描述符响应当成图像。

package/skills/delta-science/references/operation-contracts.md

@@ -1,137 +0,0 @@
-# Delta Science operation 最小契约
-
-本文只记录当前 CLI catalog 已暴露的 9 个 tools、42 个 operations。选择 operation 后
-只读取对应小节。代码示例均在同一个 `python_repl` 中先定义以下函数；禁止 Bash、
-目录探测、直接 HTTP 和字面 CLI 命令。
-
-调用 `python_repl` 时工具参数必须严格为 `{"code":"..."}`；禁止添加 `deps`、
-`dependencies`、`packages` 或任何其他字段。
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-
-def invoke(tool, endpoint, data=None, params=None):
-    argv = [sys.executable, wrapper, "--tool", tool, "--endpoint", endpoint]
-    if data is not None:
-        argv += ["--data-json", json.dumps(data)]
-    if params is not None:
-        argv += ["--params-json", json.dumps(params)]
-    p = subprocess.run(argv, capture_output=True, text=True, shell=False)
-    if p.returncode != 0:
-        raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-    r = json.loads(p.stdout)
-    if r.get("ok") is not True or r.get("transport") != "delta-cli":
-        raise RuntimeError(r)
-    return r["native"]
-```
-
-每个代码示例只调用一次。将返回值投影成用户要求的有界 JSON 并显式 `print`，然后
-调用 `step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)` 恰好一次。失败则
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`，禁止重试或改走其他链路。
-
-## PubChem（tool=`pubchem`）
-
-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “PubChem 服务现在能用吗？” | `n=invoke("pubchem","health")` | status、availability、metadata、limits、warnings |
-| `compound-resolve-cids` | “把 aspirin 解析成 CID。” | `n=invoke("pubchem","compound-resolve-cids",data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_records":20})` | identifier、valid、cids、error |
-| `compound-properties` | “查 aspirin 的分子式和分子量。” | `n=invoke("pubchem","compound-properties",data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","properties":["MolecularFormula","MolecularWeight"]})` | cid、valid、properties、aliases、error |
-| `compound-synonyms` | “列出 aspirin 的前 5 个同义词。” | `n=invoke("pubchem","compound-synonyms",data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_synonyms":5})` | cid、valid、synonyms、error |
-| `compound-summary` | “查阿司匹林的基础身份信息。” | `n=invoke("pubchem","compound-summary",data={"identifier":"aspirin","namespace":"name"})` | valid、cid、properties 中用户要求的键 |
-| `compound-batch-summary` | “一次比较 aspirin 和 caffeine 的基础属性。” | `n=invoke("pubchem","compound-batch-summary",data={"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"})` | results[*].input、valid/error、properties |
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-## RDKit（tool=`rdkit`）
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “RDKit 服务可用吗？” | `n=invoke("rdkit","health")` | status、availability、metadata、limits、warnings |
-| `parse` | “这个 SMILES 合法吗？” | `n=invoke("rdkit","parse",data={"input":"CCO","format":"smiles","sanitize":True})` | valid、canonical_smiles、formula、inchi_key、warnings/error |
-| `descriptors` | “计算乙醇的基础 RDKit 描述符。” | `n=invoke("rdkit","descriptors",data={"smiles":"CCO","descriptor_set":"basic","sanitize":True})` | valid、descriptors、warnings/error |
-| `batch-descriptors` | “批量算几个 SMILES 的描述符。” | `n=invoke("rdkit","batch-descriptors",data={"smiles":["CCO","c1ccccc1"],"descriptor_set":"basic","sanitize":True})` | results 中输入、valid、descriptors、error |
-| `batch-parse-describe` | “校验阿司匹林并给基础描述符。” | `n=invoke("rdkit","batch-parse-describe",data={"molecules":[{"id":"aspirin","smiles":"CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O"}],"descriptor_set":"basic","sanitize":True})` | results[*].id、valid、canonical_smiles、descriptors、warnings/error |
-| `render` | “画一张乙醇结构图。” | `n=invoke("rdkit","render",data={"smiles":"CCO","image_format":"png","width":500,"height":400})` | 指定图像字段；PNG 解码后验证 magic bytes |
-| `fingerprint` | “生成乙醇 Morgan 指纹。” | `n=invoke("rdkit","fingerprint",data={"smiles":"CCO","radius":2,"n_bits":2048})` | valid、fingerprint_metadata、on_bits、warnings/error |
-| `similarity` | “比较乙醇和乙胺的结构相似度。” | `n=invoke("rdkit","similarity",data={"query_smiles":"CCO","target_smiles":"CCN","radius":2,"n_bits":2048})` | similarity、metric、fingerprint metadata |
-| `similarity-matrix` | “比较一组分子的两两相似度。” | `n=invoke("rdkit","similarity-matrix",data={"molecules":[{"id":"a","smiles":"CCO"},{"id":"b","smiles":"CCN"}],"fingerprint":{"type":"morgan","radius":2,"n_bits":2048},"sanitize":True})` | matrix、ranked_pairs[{a,b,similarity}] |
-| `substructure` | “筛出含羧酸子结构的分子。” | `n=invoke("rdkit","substructure",data={"query_smarts":"C(=O)O","target_smiles":["CC(=O)O","CCO"]})` | query 与每个目标的 match/matches、valid/error |
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-## pymatgen（tool=`pymatgen`）
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “pymatgen 服务是否正常？” | `n=invoke("pymatgen","health")` | status、availability、metadata、limits、warnings |
-| `composition-parse` | “解析 LiFePO4 的组成和式量。” | `n=invoke("pymatgen","composition-parse",data={"formula":"LiFePO4","format":"formula"})` | valid、formula、reduced_formula、chemical_system、weight、element_amounts |
-| `structure-parse` | “校验这段 CIF 能否解析。” | `n=invoke("pymatgen","structure-parse",data={"input":cif_text,"format":"cif","primitive":False})` | valid、formula、nsites、lattice、warnings/error |
-| `structure-summary` | “总结这段 CIF 的结构信息。” | `n=invoke("pymatgen","structure-summary",data={"input":cif_text,"format":"cif","primitive":False})` | formula、reduced_formula、density、volume、lattice、species |
-| `structure-convert` | “把 CIF 转成 POSCAR。” | `n=invoke("pymatgen","structure-convert",data={"input":cif_text,"input_format":"cif","output_format":"poscar","primitive":False})` | valid、output_format、转换后的结构文本、warnings/error |
-| `structure-symmetry` | “分析这段 CIF 的空间群。” | `n=invoke("pymatgen","structure-symmetry",data={"input":cif_text,"format":"cif","primitive":False,"symprec":0.01,"angle_tolerance":5.0})` | space_group_symbol/number、crystal_system、point_group_symbol、hall、nsites |
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-## GSAS-II（tool=`gsasii`）
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “GSAS-II 服务能做衍射计算吗？” | `n=invoke("gsasii","health")` | status、gsasii_available、metadata、limits、warnings |
-| `powder-simulate` | “用这个 CIF 模拟 Cu Kα 粉末衍射。” | `n=invoke("gsasii","powder-simulate",data={"cif":cif_text,"phase_name":"phase","radiation":"CuKa","t_min":10.0,"t_max":80.0,"t_step":0.02,"include_profile":True,"max_profile_points":1000,"include_reflections":True,"max_reflections":1000,"return_refined_cif":False,"return_project":False})` | valid、profile、reflections、metadata、warnings |
-| `powder-refine` | “用真实粉末数据和仪器文件做 Rietveld 精修。” | `n=invoke("gsasii","powder-refine",data={"powder_data":powder_text,"powder_format":"xy","instrument_parameters":instrument_text,"phases":[{"name":"phase","cif":cif_text}],"refinement_mode":"rietveld","refinement_steps":[],"max_cycles":3,"histogram_name":"powder","include_profile":True,"max_profile_points":1000,"include_reflections":True,"max_reflections":1000,"return_refined_cif":False,"return_project":False})` | valid、residuals、phase summaries、profile、reflections、warnings |
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-## LAMMPS（tool=`lammps`）
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “LAMMPS 服务可用吗？” | `n=invoke("lammps","health")` | status、lammps_available、metadata、limits、warnings |
-| `lj-melt-example` | “给我跑部署自带的最小 LJ 示例做检查。” | `n=invoke("lammps","lj-melt-example")` | 示例说明与精确 `request`；此调用本身不执行模拟 |
-| `run` | “执行刚才返回的最小 LJ 请求。” | `example=invoke("lammps","lj-melt-example"); n=invoke("lammps","run",data=example["request"])` | valid、last_thermo、thermo rows、warnings、请求的输出文件；此场景固定两次依赖调用 |
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-`run` 也可接收用户明确提供的 `input_script`、相对路径 files、timeout 和有界输出配置；
-不得从化学式猜力场。长任务需明确授权，失败后不得重试。
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-## Delta-BO（tool=`delta-bo`）
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `commands` | “当前 Delta-BO 支持哪些命令？” | `n=invoke("delta-bo","commands")` | 当前部署返回的命令列表，不从旧文档补充 |
-| `generate` | “在 0 到 1 之间给两个随机初始实验点。” | `n=invoke("delta-bo","generate",data={"params":[{"name":"x","type":"numeric","low":0.0,"high":1.0}],"num_suggestions":2,"algorithm":"random-search","seed":42})` | suggestions、suggestion_metadata、warnings、diversity |
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-有历史观测且用户明确要求 BO 时，`generate` 可加入 objectives、object-form histories、
-model/acquisition/solver；历史少于 5 条默认 random-search，不编造观测。
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-## LDM-BO（tool=`ldm-bo`）
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-只用于小分子 SMILES/PDF2Dock，不用于抗体、CDRH3 或 AntBO。
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “分子 LDM-BO 服务可用吗？” | `n=invoke("ldm-bo","health")` | availability、Vina/ReaSyn/模型/LLM 配置状态、warnings |
-| `recommend` | “从候选池给下一条小分子 SMILES。” | `n=invoke("ldm-bo","recommend",data={"method":"bo-tanimoto","pool":["CCO","CCN","CCC"],"history":[{"smiles":"CCO","scores":[-7.1]},{"smiles":"CCN","scores":[-6.8]}],"batch_size":1})` | recommendations、acquisition_values、n_objectives、llm diagnostics |
-| `trajectory` | “跑一个有界的小分子 BO 轨迹。” | `n=invoke("ldm-bo","trajectory",data={"method":"bo-tanimoto","seed":42,"seed-smiles":"CCO,CCN,CCC","num-evaluations":4,"batch-size":1,"objective":"vina+nn"})` | config、history、summary、llm_trajectory；保留连字符字段 |
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-## SynBO（tool=`synbo`）
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “SynBO 服务当前可用吗？” | `n=invoke("synbo","health")` | status、synbo_available、metadata、limits、runtime、warnings |
-| `initialize` | “没有实验历史，先选三组反应条件。” | `n=invoke("synbo","initialize",data={"condition_dict":{"catalyst":["Pd(OAc)2","Pd(PPh3)4"],"solvent":["THF","Toluene"],"base":["K2CO3","DBU"]},"opt_metrics":["yield"],"opt_metric_settings":[{"opt_direct":"max","opt_range":[0,100],"metric_weight":1.0}],"batch_size":3,"sampling_method":"random","desc_normalize":"minmax","random_seed":42})` | recommendations/initial conditions、warnings、metadata |
-| `optimize` | “根据真实历史收率推荐下一批条件。” | `n=invoke("synbo","optimize",data={"condition_dict":{"catalyst":["Pd(OAc)2","Pd(PPh3)4","Pd2(dba)3"],"solvent":["THF","Dioxane","Toluene"],"base":["K2CO3","NaOEt","DBU"]},"opt_metrics":["yield"],"previous_results":[{"batch":0,"catalyst":"Pd(OAc)2","solvent":"THF","base":"K2CO3","yield":42.0},{"batch":0,"catalyst":"Pd(PPh3)4","solvent":"Dioxane","base":"NaOEt","yield":55.0},{"batch":0,"catalyst":"Pd2(dba)3","solvent":"Toluene","base":"DBU","yield":63.0}],"batch_size":2,"accuracy":"tiny","device":"cpu","random_seed":42})` | recommendations、model/acquisition metadata、warnings；失败/空结果不得本地替代 |
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-## AntBO（tool=`antbo`）
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-抗体/CDRH3 场景即使出现 “LDM” 也必须路由到 AntBO，不得改用分子 LDM-BO。
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-| operation | 人类情景 | 最小代码 | native 投影 |
-| --- | --- | --- | --- |
-| `health` | “AntBO 环境可用吗？” | `n=invoke("antbo","health")` | status、antbo_available、metadata、limits、warnings |
-| `run-default-job` | “启动标准 AntBO 后台任务。” | `n=invoke("antbo","run-default-job",params={"log_name":"antbo_<唯一时间戳>.log","append":False,"timeout_seconds":86400})` | started、pid、log_name/log_path、timeout_seconds |
-| `run` | “用明确的受限配置同步跑一次 AntBO。” | `n=invoke("antbo","run",data={"script_path":"./bo/main.py","config_path":"./bo/config.yaml","n_trials":1,"seed":42,"antigens_file":"<项目根内路径>","extra_args":[],"timeout_seconds":86400,"cuda_visible_devices":"0","conda_env":"DGM","log_name":"antbo_custom.log","append":False})` | ok、returncode、timed_out、log_path、log_truncated |
-| `log` | “查看 antbo_run.log 的尾部。” | `n=invoke("antbo","log",params={"log_name":"antbo_run.log"})` | log_name、log、log_truncated |
-| `jobs` | “查看当前活动 AntBO 作业。” | `n=invoke("antbo","jobs")` | jobs[*].pid/running/returncode/log_name/log_path |
-| `stop` | “停止 PID 12345。” | `n=invoke("antbo","stop",params={"pid":12345})` | stopped、pid、message |
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-`run-default-job`、`run`、`stop` 是远程变更，必须有用户明确授权，未知结果不得重试。
-AntBO `ldm/suggest`、`ldm/initialize`、`ldm/evaluate` 当前不在 catalog：不调用工具，
-固定报告“未暴露该 operation；未发送远端请求”。
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-注意：AntBO `health` 可能公布公司服务内部的 `ldm_suggest` 等 endpoint，但它们并不
-因此成为 Delta CLI operation；禁止调用不存在的 `antbo/catalog`，也禁止根据 health
-为 Memento 推导新的 endpoint。