@delta-infra/cli 1.0.96 → 1.0.97

package/skills/delta-science/references/strbo.md

@@ -1,87 +1,87 @@
-# STRBO 详细规则
-
-STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
-`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
-不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
-
-所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
-用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
-
-## 初始化
-
-- 同步 operation：`molecules-init`
-- 异步 operation：`molecules-init-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
-  "num_initial": 3,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
-成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
-
-## 建议下一批候选
-
-- 同步 operation：`molecules-suggest`
-- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
-- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
-  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
-  "history_ys": [
-    [-6.8, 0.31],
-    [-7.1, 0.42],
-    [-6.5, 0.28]
-  ],
-  "num_suggestions": 2,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
-顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
-
-## 评估候选
-
-- 同步 operation：`molecules-evaluate`
-- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
-
-```json
-{
-  "designs": ["CCO", "CCN"]
-}
-```
-
-成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
-明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
-
-## 异步作业
-
-提交异步 operation 后，从当前业务响应读取非空 `job_id`，再轮询：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-status --params JSON
-```
-
-只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-result --params JSON
-```
-
-`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
-但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
-未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
-
-## 完整科研流程
-
-用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
-调用已验证的业务响应作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
-不得擅自扩展为完整循环。
+# STRBO 详细规则
+
+STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
+`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
+不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
+
+所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
+用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
+
+## 初始化
+
+- 同步 operation：`molecules-init`
+- 异步 operation：`molecules-init-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
+  "num_initial": 3,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
+成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
+
+## 建议下一批候选
+
+- 同步 operation：`molecules-suggest`
+- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
+- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
+  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
+  "history_ys": [
+    [-6.8, 0.31],
+    [-7.1, 0.42],
+    [-6.5, 0.28]
+  ],
+  "num_suggestions": 2,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
+顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
+
+## 评估候选
+
+- 同步 operation：`molecules-evaluate`
+- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
+
+```json
+{
+  "designs": ["CCO", "CCN"]
+}
+```
+
+成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
+明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
+
+## 异步作业
+
+提交异步 operation 后，从当前业务响应读取非空 `job_id`，再轮询：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-status --params JSON
+```
+
+只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-result --params JSON
+```
+
+`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
+但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
+未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
+
+## 完整科研流程
+
+用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
+调用已验证的业务响应作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
+不得擅自扩展为完整循环。

package/skills/delta-science/references/synbo.md

@@ -1,198 +1,198 @@
-# SynBO operation 参考
-
-所有在线调用都通过 `delta-cli science invoke`，服务地址来自 CLI 的标准
-`base_url` 派生配置（`{base_url}/science_tool`）。这里的路径只说明业务 operation，不得据此直连 HTTP。
-
-用户说“优化反应条件”“推荐下一批实验”“偶联反应怎么继续做”，或给出溶剂、温度、
-催化剂、碱、配体和历史得率时，即使没有提到 SynBO、BO、CLI 或字段名也使用本节。
-每个用户任务最多一次 SynBO 业务调用；成功后立即结束，validation、502、504、
-timeout、断连或空 recommendations 均不得换参数、换模型或重试。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-Reports SynBO import status, Torch/CUDA runtime availability, service limits,
-default device, and visible CUDA devices.
-
-Important fields inside gateway `data`:
-
-```json
-{
-  "status": "ok",
-  "synbo_available": true,
-  "metadata": {
-    "service": "synbo-service",
-    "engine": "synbo",
-    "version": "0.1.0",
-    "synbo_version": "0.1.0",
-    "default_device": "cpu",
-    "cuda_visible_devices": ""
-  },
-  "limits": {
-    "max_batch_size": 128,
-    "max_reaction_space_size": 200000,
-    "max_previous_rows": 10000
-  },
-  "runtime": {
-    "torch_available": true,
-    "cuda_available": false,
-    "cuda_device_count": 0,
-    "cuda_device_names": []
-  },
-  "warnings": []
-}
-```
-
-## Initialize
-
-operation：`initialize`。
-
-Use for initial condition sampling when no measured previous results exist.
-
-Request body:
-
-```json
-{
-  "condition_dict": {
-    "catalyst": ["Pd(OAc)2", "Pd(PPh3)4", "Pd2(dba)3"],
-    "solvent": ["THF", "Dioxane", "Toluene"],
-    "base": ["K2CO3", "NaOEt", "DBU"]
-  },
-  "opt_metrics": ["yield"],
-  "opt_metric_settings": [
-    {"opt_direct": "max", "opt_range": [0, 100], "metric_weight": 1.0}
-  ],
-  "batch_size": 3,
-  "sampling_method": "random",
-  "desc_normalize": "minmax",
-  "random_seed": 42
-}
-```
-
-Supported `sampling_method` values: `sobol`, `random`, `lhs`, `kmeans`.
-
-## Optimize
-
-operation：`optimize`。
-
-Use after measured experiment rows are available. Each previous row must contain
-all condition columns and all objective metric columns.
-
-Request body:
-
-```json
-{
-  "condition_dict": {
-    "catalyst": ["Pd(OAc)2", "Pd(PPh3)4", "Pd2(dba)3"],
-    "solvent": ["THF", "Dioxane", "Toluene"],
-    "base": ["K2CO3", "NaOEt", "DBU"]
-  },
-  "opt_metrics": ["yield"],
-  "previous_results": [
-    {"batch": 0, "catalyst": "Pd(OAc)2", "solvent": "THF", "base": "K2CO3", "yield": 42.0},
-    {"batch": 0, "catalyst": "Pd(PPh3)4", "solvent": "Dioxane", "base": "NaOEt", "yield": 55.0},
-    {"batch": 0, "catalyst": "Pd2(dba)3", "solvent": "Toluene", "base": "DBU", "yield": 63.0}
-  ],
-  "batch_size": 2,
-  "accuracy": "tiny",
-  "surrogate_model": "RF",
-  "acq_func": "UCB",
-  "device": "cpu",
-  "random_seed": 42
-}
-```
-
-### 数值条件必须先离散化
-
-SynBO 的 `condition_dict` 只接受显式列表，不接受连续范围对象。对于“温度
-40–100°C、催化剂用量 0.5–2.0%”并已有 60/70/80/90°C 与
-0.5/1.0/1.5/2.0% 历史值的任务，使用：
-
-```json
-{
-  "condition_dict": {
-    "solvent": ["ethanol", "acetonitrile", "DMSO"],
-    "temperature_C": ["40", "60", "70", "80", "90", "100"],
-    "catalyst_loading_pct": ["0.5", "1.0", "1.5", "2.0"]
-  },
-  "opt_metrics": ["yield"],
-  "previous_results": [
-    {
-      "batch": 0,
-      "solvent": "ethanol",
-      "temperature_C": "60",
-      "catalyst_loading_pct": "1.0",
-      "yield": 55.0
-    }
-  ],
-  "batch_size": 3,
-  "accuracy": "tiny",
-  "surrogate_model": "RF",
-  "acq_func": "UCB",
-  "device": "cpu",
-  "random_seed": 42
-}
-```
-
-约束：
-
-- 每个条件值统一为字符串，objective metric 保持数值。
-- 每条 `previous_results` 中的条件值必须出现在对应 `condition_dict` 列表中。
-- 连续范围的离散网格必须包含用户上下界和全部历史观测值；最终答案必须说明实际网格。
-- 将条件值显式序列化为字符串，并确保每条历史记录只使用 `condition_dict` 中列出的值。
-  如需小数据 CPU 设置，显式传递 `accuracy:"tiny"`、`surrogate_model:"RF"`、
-  `acq_func:"UCB"` 和 `device:"cpu"`；不得假定客户端会补充默认值。
-
-Useful optional fields:
-
-- `accuracy`: `tiny`, `low`, `medium`, `high`, or `ultra`.
-- `acq_func`: `EHVI`, `UCB`, `ParEGO`, or `NEI`.
-- `surrogate_model`: `GP`, `RF`, `BNN`, or `BayesianLinear`.
-- `device`: `cpu`, `auto`, `cuda`, or `cuda:0`.
-- `cuda_visible_devices`: request-level CUDA visibility hint. Use only when the
-  user explicitly asks for it and `/health` indicates a CUDA-capable runtime.
-- `constraints`: map condition type to prohibited values.
-
-## Descriptors
-
-If omitted, SynBO uses generated OneHot descriptors. To provide descriptors:
-
-```json
-{
-  "descriptors": {
-    "solvent": [
-      {"name": "THF", "polarity": 0.207, "boiling_point_C": 66.0},
-      {"name": "Toluene", "polarity": 0.099, "boiling_point_C": 110.6}
-    ]
-  },
-  "descriptor_index_col": "name"
-}
-```
-
-`descriptors` must contain exactly the same keys as `condition_dict`. Descriptor
-rows must include the configured index column and numeric descriptor columns.
-
-## Error Handling
-
-Gateway errors have the standard envelope:
-
-```json
-{
-  "code": 1,
-  "message": "SynBO service returned HTTP 400",
-  "data": {
-    "endpoint": "/synbo/optimize",
-    "synbo_response": {
-      "detail": "previous_results is missing metric columns: ['yield']"
-    }
-  }
-}
-```
-
-常见原因包括条件空间过大、条件值重复、历史条件值不在 condition_dict 中、
-descriptor 非数值、历史行缺列、metric 非数值，以及无 GPU 时请求 CUDA。
-
-服务端有独立于客户端的单次请求时限。GP、EHVI、高 accuracy 或共享资源繁忙可能导致
-timeout。普通用户任务中不得自动换参数重试；应报告“未产生推荐”，保留本次错误，
-由用户决定是否另起一次明确的回归测试。
+# SynBO operation 参考
+
+所有在线调用都通过 `delta-cli science invoke`，服务地址来自 CLI 的标准
+`base_url` 派生配置（`{base_url}/science_tool`）。这里的路径只说明业务 operation，不得据此直连 HTTP。
+
+用户说“优化反应条件”“推荐下一批实验”“偶联反应怎么继续做”，或给出溶剂、温度、
+催化剂、碱、配体和历史得率时，即使没有提到 SynBO、BO、CLI 或字段名也使用本节。
+每个用户任务最多一次 SynBO 业务调用；成功后立即结束，validation、502、504、
+timeout、断连或空 recommendations 均不得换参数、换模型或重试。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+Reports SynBO import status, Torch/CUDA runtime availability, service limits,
+default device, and visible CUDA devices.
+
+Important fields inside gateway `data`:
+
+```json
+{
+  "status": "ok",
+  "synbo_available": true,
+  "metadata": {
+    "service": "synbo-service",
+    "engine": "synbo",
+    "version": "0.1.0",
+    "synbo_version": "0.1.0",
+    "default_device": "cpu",
+    "cuda_visible_devices": ""
+  },
+  "limits": {
+    "max_batch_size": 128,
+    "max_reaction_space_size": 200000,
+    "max_previous_rows": 10000
+  },
+  "runtime": {
+    "torch_available": true,
+    "cuda_available": false,
+    "cuda_device_count": 0,
+    "cuda_device_names": []
+  },
+  "warnings": []
+}
+```
+
+## Initialize
+
+operation：`initialize`。
+
+Use for initial condition sampling when no measured previous results exist.
+
+Request body:
+
+```json
+{
+  "condition_dict": {
+    "catalyst": ["Pd(OAc)2", "Pd(PPh3)4", "Pd2(dba)3"],
+    "solvent": ["THF", "Dioxane", "Toluene"],
+    "base": ["K2CO3", "NaOEt", "DBU"]
+  },
+  "opt_metrics": ["yield"],
+  "opt_metric_settings": [
+    {"opt_direct": "max", "opt_range": [0, 100], "metric_weight": 1.0}
+  ],
+  "batch_size": 3,
+  "sampling_method": "random",
+  "desc_normalize": "minmax",
+  "random_seed": 42
+}
+```
+
+Supported `sampling_method` values: `sobol`, `random`, `lhs`, `kmeans`.
+
+## Optimize
+
+operation：`optimize`。
+
+Use after measured experiment rows are available. Each previous row must contain
+all condition columns and all objective metric columns.
+
+Request body:
+
+```json
+{
+  "condition_dict": {
+    "catalyst": ["Pd(OAc)2", "Pd(PPh3)4", "Pd2(dba)3"],
+    "solvent": ["THF", "Dioxane", "Toluene"],
+    "base": ["K2CO3", "NaOEt", "DBU"]
+  },
+  "opt_metrics": ["yield"],
+  "previous_results": [
+    {"batch": 0, "catalyst": "Pd(OAc)2", "solvent": "THF", "base": "K2CO3", "yield": 42.0},
+    {"batch": 0, "catalyst": "Pd(PPh3)4", "solvent": "Dioxane", "base": "NaOEt", "yield": 55.0},
+    {"batch": 0, "catalyst": "Pd2(dba)3", "solvent": "Toluene", "base": "DBU", "yield": 63.0}
+  ],
+  "batch_size": 2,
+  "accuracy": "tiny",
+  "surrogate_model": "RF",
+  "acq_func": "UCB",
+  "device": "cpu",
+  "random_seed": 42
+}
+```
+
+### 数值条件必须先离散化
+
+SynBO 的 `condition_dict` 只接受显式列表，不接受连续范围对象。对于“温度
+40–100°C、催化剂用量 0.5–2.0%”并已有 60/70/80/90°C 与
+0.5/1.0/1.5/2.0% 历史值的任务，使用：
+
+```json
+{
+  "condition_dict": {
+    "solvent": ["ethanol", "acetonitrile", "DMSO"],
+    "temperature_C": ["40", "60", "70", "80", "90", "100"],
+    "catalyst_loading_pct": ["0.5", "1.0", "1.5", "2.0"]
+  },
+  "opt_metrics": ["yield"],
+  "previous_results": [
+    {
+      "batch": 0,
+      "solvent": "ethanol",
+      "temperature_C": "60",
+      "catalyst_loading_pct": "1.0",
+      "yield": 55.0
+    }
+  ],
+  "batch_size": 3,
+  "accuracy": "tiny",
+  "surrogate_model": "RF",
+  "acq_func": "UCB",
+  "device": "cpu",
+  "random_seed": 42
+}
+```
+
+约束：
+
+- 每个条件值统一为字符串，objective metric 保持数值。
+- 每条 `previous_results` 中的条件值必须出现在对应 `condition_dict` 列表中。
+- 连续范围的离散网格必须包含用户上下界和全部历史观测值；最终答案必须说明实际网格。
+- 将条件值显式序列化为字符串，并确保每条历史记录只使用 `condition_dict` 中列出的值。
+  如需小数据 CPU 设置，显式传递 `accuracy:"tiny"`、`surrogate_model:"RF"`、
+  `acq_func:"UCB"` 和 `device:"cpu"`；不得假定客户端会补充默认值。
+
+Useful optional fields:
+
+- `accuracy`: `tiny`, `low`, `medium`, `high`, or `ultra`.
+- `acq_func`: `EHVI`, `UCB`, `ParEGO`, or `NEI`.
+- `surrogate_model`: `GP`, `RF`, `BNN`, or `BayesianLinear`.
+- `device`: `cpu`, `auto`, `cuda`, or `cuda:0`.
+- `cuda_visible_devices`: request-level CUDA visibility hint. Use only when the
+  user explicitly asks for it and `/health` indicates a CUDA-capable runtime.
+- `constraints`: map condition type to prohibited values.
+
+## Descriptors
+
+If omitted, SynBO uses generated OneHot descriptors. To provide descriptors:
+
+```json
+{
+  "descriptors": {
+    "solvent": [
+      {"name": "THF", "polarity": 0.207, "boiling_point_C": 66.0},
+      {"name": "Toluene", "polarity": 0.099, "boiling_point_C": 110.6}
+    ]
+  },
+  "descriptor_index_col": "name"
+}
+```
+
+`descriptors` must contain exactly the same keys as `condition_dict`. Descriptor
+rows must include the configured index column and numeric descriptor columns.
+
+## Error Handling
+
+Gateway errors have the standard envelope:
+
+```json
+{
+  "code": 1,
+  "message": "SynBO service returned HTTP 400",
+  "data": {
+    "endpoint": "/synbo/optimize",
+    "synbo_response": {
+      "detail": "previous_results is missing metric columns: ['yield']"
+    }
+  }
+}
+```
+
+常见原因包括条件空间过大、条件值重复、历史条件值不在 condition_dict 中、
+descriptor 非数值、历史行缺列、metric 非数值，以及无 GPU 时请求 CUDA。
+
+服务端有独立于客户端的单次请求时限。GP、EHVI、高 accuracy 或共享资源繁忙可能导致
+timeout。普通用户任务中不得自动换参数重试；应报告“未产生推荐”，保留本次错误，
+由用户决定是否另起一次明确的回归测试。