@delta-infra/cli 1.0.95 → 1.0.97

package/skills/delta-science/SKILL.md

@@ -1,140 +1,152 @@
----
-name: delta-science
-description: "公司在线 Science 能力的统一入口，所有调用都经 Delta CLI。凡是查询具体化合物/CID/SMILES/分子性质、计算分子描述符或相似度、解析晶体/CIF/空间群、模拟或精修 XRD、执行 LAMMPS、根据实验数据做贝叶斯优化、反应条件优化，以及任何 LDM/大发现模型、KRAS G12D 小分子生成优化、固定候选池/PDF2Dock 轨迹或抗体 CDRH3 优化任务，都必须使用本 Skill；不得调用旧 large-discovery-model Skill、旧 gateway 脚本、网页搜索或本地科学库绕过 Delta CLI。普通查询、比较或校验默认直接返回文本，不要主动增加 JSON/CSV、报告、图片或图表步骤；只有用户明确要求保存、导出、绘图或生成文件时才创建产物。"
-metadata:
-  requires:
-    bins: ["delta-cli"]
-  cliHelp: "delta-cli science --help"
----
-
-# Delta Science
-
-把自然语言科研任务转换为最少数量、可验证的 Delta CLI Science 调用。只暴露本
-Skill；工具选择、operation、参数、跨工具交接和结果校验都在本 Skill 内完成。
-
-## 服务调用边界
-
-- 所有在线 Science 操作最终都经
-  `delta-cli science invoke -> Science Server`。
-- 使用 CLI 的标准认证与 `base_url` 派生出的 Science 服务地址（`{base_url}/science_tool`）。
-  不得通过环境变量、命令参数或业务 URL 改写服务路由。
-- 禁止使用 `curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和 PowerShell Web 命令直接访问公司网关或
-  业务服务 URL。
-- 不得将本地 RDKit、pymatgen、LAMMPS、BO、回归或 sandbox 结果冒充为 Science 结果。
-  本地工具可用于格式转换、文件解析或展示，但必须明确其来源，并与 CLI 结果分开。
-- 执行前读取对应 reference，并按其选择 operation 和请求字段；reference 缺失、过期或与
-  当前目录不一致时，可查询实时目录。禁止凭记忆创造字段或枚举值。
-- `tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威调用名称。传给 CLI 的 tool 和
-  endpoint 必须与当前数据库目录完全一致；CLI 不做别名映射、前缀裁剪、
-  profile 判断或 `not_found` 后改名重试。reference 与目录不一致时终止并报告配置问题。
-- 只有 CLI 子进程退出码为 0 且输出 JSON 顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。
-  CLI 顶层 `data` 保存服务响应；仅按对应 reference 说明的信封和业务结构读取字段，
-  不得递归搜索看似合理的值，也不得把 `valid:false` 等业务结果误报为传输失败。
-
-调用模板：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
-```
-
-仅当 reference 明确将字段定义为查询参数时使用 `--params JSON`。不要将 JSON 拼接为命令
+---
+name: delta-science
+description: "公司在线 Science 能力的统一入口，所有调用都经 Delta CLI。凡是查询具体化合物/CID/SMILES/分子性质、批量 PubChem 与 RDKit 分子增强、计算分子描述符或相似度、解析晶体/CIF/空间群、材料表格建模与候选推荐、Quantum ESPRESSO/QE DFT、模拟或精修 XRD、执行 LAMMPS、根据实验数据做贝叶斯优化、反应条件优化，以及任何 LDM/大发现模型、KRAS G12D 小分子生成优化、固定候选池/PDF2Dock 轨迹或抗体 CDRH3 优化任务，都必须使用本 Skill；不得调用旧 large-discovery-model Skill、旧 gateway 脚本、网页搜索或本地科学库绕过 Delta CLI。普通查询、比较或校验默认直接返回文本，不要主动增加 JSON/CSV、报告、图片或图表步骤；只有用户明确要求保存、导出、绘图或生成文件时才创建产物。"
+metadata:
+  requires:
+    bins: ["delta-cli"]
+  cliHelp: "delta-cli science --help"
+---
+
+# Delta Science
+
+把自然语言科研任务转换为最少数量、可验证的 Delta CLI Science 调用。只暴露本
+Skill；工具选择、operation、参数、跨工具交接和结果校验都在本 Skill 内完成。
+
+## 服务调用边界
+
+- 所有在线 Science 操作最终都经
+  `delta-cli science invoke -> Science Server`。
+- 使用 CLI 的标准认证与 `base_url` 派生出的 Science 服务地址（`{base_url}/science_tool`）。
+  不得通过环境变量、命令参数或业务 URL 改写服务路由。
+- 禁止使用 `curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和 PowerShell Web 命令直接访问公司网关或
+  业务服务 URL。
+- 不得将本地 RDKit、pymatgen、LAMMPS、BO、回归或 sandbox 结果冒充为 Science 结果。
+  本地工具可用于格式转换、文件解析或展示，但必须明确其来源，并与 CLI 结果分开。
+- 执行前读取对应 reference，并按其选择 operation 和请求字段；reference 缺失、过期或与
+  当前目录不一致时，可查询实时目录。禁止凭记忆创造字段或枚举值。
+- `tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威调用名称。传给 CLI 的 tool 和
+  endpoint 必须与当前数据库目录完全一致；CLI 不做别名映射、前缀裁剪、
+  profile 判断或 `not_found` 后改名重试。reference 与目录不一致时终止并报告配置问题。
+- 只有 CLI 子进程退出码为 0 且输出 JSON 顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。
+  CLI 顶层 `data` 保存服务响应；仅按对应 reference 说明的信封和业务结构读取字段，
+  不得递归搜索看似合理的值，也不得把 `valid:false` 等业务结果误报为传输失败。
+
+调用模板：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
+```
+
+仅当 reference 明确将字段定义为查询参数时使用 `--params JSON`。不要将 JSON 拼接为命令
 代码；使用调用环境的安全参数传递机制传入单个 JSON 参数。
 
-只调用完成目标所需的 operation。跨工具任务在同一个 Skill 执行中按依赖顺序调用，
-下游只能使用上一步已验证的业务字段。已知工具默认不要额外调用 health、schema、
-catalog、render、descriptors 或文件操作；用户请求、诊断需要或 reference 与实时目录不一致时，
-可执行最少的只读调用。
-
-## 选择工具
-
-| 科研目标 | tool | 详细规则 |
-| --- | --- | --- |
+Materials Design 的训练表 multipart 上传、QE 的原始 artifact 上传和要求自定义
+`Idempotency-Key` 的请求，只有在 Science Server 已提供明确的 JSON/query adapter 时才能
+通过本 CLI 使用。不要把本地路径、base64 或请求头伪装成普通 `--data` 字段；若目录没有
+这样的 adapter，按“未暴露、未发送远端请求”处理，不要直连 preflight Gateway。
+
+只调用完成目标所需的 operation。跨工具任务在同一个 Skill 执行中按依赖顺序调用，
+下游只能使用上一步已验证的业务字段。已知工具默认不要额外调用 health、schema、
+catalog、render、descriptors 或文件操作；用户请求、诊断需要或 reference 与实时目录不一致时，
+可执行最少的只读调用。
+
+## 选择工具
+
+| 科研目标 | tool | 详细规则 |
+| --- | --- | --- |
 | 化合物身份、CID、同义词、公共属性、名称转 SMILES | `pubchem` | [pubchem.md](references/pubchem.md) |
 | SMILES/InChI、描述符、指纹、相似度、渲染、子结构 | `rdkit` | [rdkit.md](references/rdkit.md) |
+| 批量名称解析并联合 PubChem/RDKit 增强 | `chemistry` | [molecule-enrich.md](references/molecule-enrich.md) |
 | 无机化学式、CIF/POSCAR、晶体结构、空间群 | `pymatgen` | [pymatgen.md](references/pymatgen.md) |
-| 粉末衍射模拟、Rietveld 精修 | `gsasii` | [gsasii.md](references/gsasii.md) |
+| 粉末衍射模拟、Rietveld 精修 | `gsasii` | [gsasii.md](references/gsasii.md) |
 | 分子动力学、最小化、thermo 与输出文件 | `lammps` | [lammps.md](references/lammps.md) |
 | 通用数值/整数/分类实验变量优化 | `delta-bo` | [delta-bo.md](references/delta-bo.md) |
+| 表格材料 surrogate、候选空间、EI/PI/UCB 与异步推荐作业 | `materials-design` | [materials-design.md](references/materials-design.md) |
+| Quantum ESPRESSO/QE 的 PP、异步 DFT 作业、日志与 artifact | `qe` | [qe-dft.md](references/qe-dft.md) |
 | 固定候选池 next-SMILES、PDF2Dock、分子 BO 轨迹 | `ldm-bo` | [ldm-bo.md](references/ldm-bo.md) |
-| KRAS G12D 小分子生成、vina/activity 多目标迭代 | `strbo` | [strbo.md](references/strbo.md) |
-| 反应条件初始化、基于真实得率推荐下一批实验 | `synbo` | [synbo.md](references/synbo.md) |
-| 抗体 CDRH3 生成/评估及 AntBO 作业管理 | `antbo` | [antbo.md](references/antbo.md) |
-
-用户使用 “LDM”“大发现模型”“小分子药 LDM” 或 “抗体 LDM” 表述完整科研流程时，
-先读取 [ldm.md](references/ldm.md)，再只读取其中选定后端对应的一个 reference。
-`ldm.md` 是编排规则，不是 tool，不得把 `ldm` 当作 `--tool` 参数。
-
-工具明确时直接读取所选 tool 的 reference，其中已经包含 operation、参数和最小场景；
-不要读取其他工具文档。只有任务在两个或多个工具之间存在歧义时，才先读
-[routing-index.md](references/routing-index.md)。跨工具任务再读
-[workflows.md](references/workflows.md)。
-
-本表是经过验证的科研路由，不是服务端工具清单。若用户点名本表之外的新工具，或 reference
-缺失、过期或与 CLI 返回不一致，允许运行 `delta-cli science list`，再使用目录返回的精确 tool name 运行一次
-`delta-cli science endpoints list <tool>`；两次输出都必须满足退出码为 0 且顶层
-`ok:true`。不得用空 body、错误参数、源码或直接 HTTP 探测。实时 endpoint
-元数据若没有足够的请求字段契约，应说明“目录已发现，
-但服务端未提供可安全构造请求的 schema”，不得猜 body、模糊匹配或转换名称。新增工具
-因此无需修改 CLI；只有需要自然语言自动选路或自动组装参数时，才补充对应 reference。
-
-## 路由边界
-
+| KRAS G12D 小分子生成、vina/activity 多目标迭代 | `strbo` | [strbo.md](references/strbo.md) |
+| 反应条件初始化、基于真实得率推荐下一批实验 | `synbo` | [synbo.md](references/synbo.md) |
+| 抗体 CDRH3 生成/评估及 AntBO 作业管理 | `antbo` | [antbo.md](references/antbo.md) |
+
+用户使用 “LDM”“大发现模型”“小分子药 LDM” 或 “抗体 LDM” 表述完整科研流程时，
+先读取 [ldm.md](references/ldm.md)，再只读取其中选定后端对应的一个 reference。
+`ldm.md` 是编排规则，不是 tool，不得把 `ldm` 当作 `--tool` 参数。
+
+工具明确时直接读取所选 tool 的 reference，其中已经包含 operation、参数和最小场景；
+不要读取其他工具文档。只有任务在两个或多个工具之间存在歧义时，才先读
+[routing-index.md](references/routing-index.md)。跨工具任务再读
+[workflows.md](references/workflows.md)。
+
+本表是经过验证的科研路由，不是服务端工具清单。若用户点名本表之外的新工具，或 reference
+缺失、过期或与 CLI 返回不一致，允许运行 `delta-cli science list`，再使用目录返回的精确 tool name 运行一次
+`delta-cli science endpoints list <tool>`；两次输出都必须满足退出码为 0 且顶层
+`ok:true`。不得用空 body、错误参数、源码或直接 HTTP 探测。实时 endpoint
+元数据若没有足够的请求字段契约，应说明“目录已发现，
+但服务端未提供可安全构造请求的 schema”，不得猜 body、模糊匹配或转换名称。新增工具
+因此无需修改 CLI；只有需要自然语言自动选路或自动组装参数时，才补充对应 reference。
+
+## 路由边界
+
 - 普通分子名称先用 PubChem；只有需要结构计算时才把成功返回的 SMILES 交给 RDKit。
 - 无机化学式、组成和式量优先 pymatgen，不用 PubChem 或本地元素表补算。
+- 表格材料建模与候选排序使用 Materials Design；必须区分可控变量、目标、候选空间、
+  交叉验证和不确定性，推荐结果只是待验证假设。
+- 需要显式电子结构计算时使用 QE；先处理元素全集、PP policy/lock 和结构 artifact，
+  再提交异步 workflow，不把作业接收、scheduler 完成或 solver 收敛混为一谈。
 - 通用实验变量使用 Delta-BO；已有固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；
-  围绕服务端固定 KRAS G12D 生成并迭代小分子使用 STRBO；偶联反应、反应条件和历史
-  得率使用 SynBO；抗体/CDRH3 使用 AntBO，不得混用。
-- 在线 LDM、STRBO、AntBO 和 LDM-BO 任务不得转交旧 `large-discovery-model` Skill，
-  不得运行其 gateway 脚本或内置服务地址。离线演示不属于公司 Science 结果；只有用户
-  明确要求“不调用公司资源”时才能说明该边界，但本 Skill 仍不得运行旧 Skill。
-- GSAS-II 精修必须有真实粉末数据、仪器参数和 phase CIF。LAMMPS 必须有明确的
-  input/data/force-field；禁止编造实验数据、CIF、力场、历史观测或优化结果。
-
-## 安全、重试与产物
-
-- `run-default-job`、`run`、`stop` 等远程变更必须由用户明确授权。结果未知、超时或
-  断连时不得重试，因为远端操作可能已经发生。
-- 参数校验、空 recommendations 和业务后端失败均按本次失败结束。对 `health`、目录和其他
-  明确只读、幂等的 operation，网络类 502、504 或 timeout 可按相同参数最多重试一次。
-  SynBO 每个用户任务最多一次业务调用；不得换模型、换 acquisition 或改用本地算法。
-- CLI 首次返回失败后应返回原始错误短摘要。用户明确要求排障时，可运行只读的
-  `delta-cli auth status`、`delta-cli config show` 或 `delta-cli ... --help`；不得自行登录、
-  修改配置或环境变量、伪造 UID、令牌或 API Key，也不得改变 operation、参数或调用链重试。
-- `X-User-Uid`、登录、quota 或 permission 错误属于终止性认证错误；只转发原始错误和
-  登录提示。Skill 绝不自行登录、检查凭据、猜测用户标识或尝试绕过 quota。
-- 重型调用串行执行。客户端超时不代表远端计算已取消。
-- 用户未要求文件时不创建 CSV、图片或报告。内部交接文件只能写入当前
-  `WORKSPACE_ROOT`，不得读取其他会话 workspace 或历史结果补全当前任务。
-- 外层规划器自动附加的路径、JSON、图表或报告不等同于用户明确要求。若任务本质只是
-  查询、比较或校验，直接返回最小文本结果；不得为了满足附加产物而重复 Science 调用。
-- 二进制产物只解码文档明确的字段；PNG 必须验证 magic bytes。
-- 用户明确要求公开背景资料或文献时，可进行网页检索，但不得将其作为 Science 服务调用或
-  用其替代 CLI 结果；分别标明来源。
-
-## 输出
-
-将当前 CLI `data` 中、由对应 reference 定义的业务响应投影为用户要求的最小结果；逐字保留字符串、数值、警告和来源。
-不得补充服务未返回的单位、机制、引用、链接、预测值或记忆知识。预测结果不得
-描述为实测结果。
-成功取得最后一个所需业务结果后，直接将其投影为最终答复。禁止为了排序、排版、生成
-表格或摘要再次执行 CLI，也禁止把结果手工复制成新的数据字面量；简单
-筛选、比较和文本组织直接在最终答复中完成。
-
-成功时只返回由当前 CLI 业务结果生成的有界纯文本；失败时只返回 CLI 原始错误短摘要。
-完成后不得重新计算、改写或用手工建议替代成功/失败的 Science 结果。
-
-每次成功结果保留：
-
-```text
-证据边界：仅限当前 Delta CLI `data` 中的业务结果
-调用链：delta-cli
-禁止补充未返回内容：是
-```
-
-## 完成标准
-
-- 每个在线操作都有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok:true` 的证据；
-- 每个科学数值来自当前调用 `data` 中、由 reference 定义的业务字段；
-- 下游输入来自当前任务中已验证的上游结果；
-- 失败准确归类为配置、CLI、参数、Science Server、业务服务或超时；
-- 没有直接 HTTP、本地科学库、跨会话文件或人工结果替代。
+  围绕服务端固定 KRAS G12D 生成并迭代小分子使用 STRBO；偶联反应、反应条件和历史
+  得率使用 SynBO；抗体/CDRH3 使用 AntBO，不得混用。
+- 在线 LDM、STRBO、AntBO 和 LDM-BO 任务不得转交旧 `large-discovery-model` Skill，
+  不得运行其 gateway 脚本或内置服务地址。离线演示不属于公司 Science 结果；只有用户
+  明确要求“不调用公司资源”时才能说明该边界，但本 Skill 仍不得运行旧 Skill。
+- GSAS-II 精修必须有真实粉末数据、仪器参数和 phase CIF。LAMMPS 必须有明确的
+  input/data/force-field；禁止编造实验数据、CIF、力场、历史观测或优化结果。
+
+## 安全、重试与产物
+
+- `run-default-job`、`run`、`stop` 等远程变更必须由用户明确授权。结果未知、超时或
+  断连时不得重试，因为远端操作可能已经发生。
+- 参数校验、空 recommendations 和业务后端失败均按本次失败结束。对 `health`、目录和其他
+  明确只读、幂等的 operation，网络类 502、504 或 timeout 可按相同参数最多重试一次。
+  SynBO 每个用户任务最多一次业务调用；不得换模型、换 acquisition 或改用本地算法。
+- CLI 首次返回失败后应返回原始错误短摘要。用户明确要求排障时，可运行只读的
+  `delta-cli auth status`、`delta-cli config show` 或 `delta-cli ... --help`；不得自行登录、
+  修改配置或环境变量、伪造 UID、令牌或 API Key，也不得改变 operation、参数或调用链重试。
+- `X-User-Uid`、登录、quota 或 permission 错误属于终止性认证错误；只转发原始错误和
+  登录提示。Skill 绝不自行登录、检查凭据、猜测用户标识或尝试绕过 quota。
+- 重型调用串行执行。客户端超时不代表远端计算已取消。
+- 用户未要求文件时不创建 CSV、图片或报告。内部交接文件只能写入当前
+  `WORKSPACE_ROOT`，不得读取其他会话 workspace 或历史结果补全当前任务。
+- 外层规划器自动附加的路径、JSON、图表或报告不等同于用户明确要求。若任务本质只是
+  查询、比较或校验，直接返回最小文本结果；不得为了满足附加产物而重复 Science 调用。
+- 二进制产物只解码文档明确的字段；PNG 必须验证 magic bytes。
+- 用户明确要求公开背景资料或文献时，可进行网页检索，但不得将其作为 Science 服务调用或
+  用其替代 CLI 结果；分别标明来源。
+
+## 输出
+
+将当前 CLI `data` 中、由对应 reference 定义的业务响应投影为用户要求的最小结果；逐字保留字符串、数值、警告和来源。
+不得补充服务未返回的单位、机制、引用、链接、预测值或记忆知识。预测结果不得
+描述为实测结果。
+成功取得最后一个所需业务结果后，直接将其投影为最终答复。禁止为了排序、排版、生成
+表格或摘要再次执行 CLI，也禁止把结果手工复制成新的数据字面量；简单
+筛选、比较和文本组织直接在最终答复中完成。
+
+成功时只返回由当前 CLI 业务结果生成的有界纯文本；失败时只返回 CLI 原始错误短摘要。
+完成后不得重新计算、改写或用手工建议替代成功/失败的 Science 结果。
+
+每次成功结果保留：
+
+```text
+证据边界：仅限当前 Delta CLI `data` 中的业务结果
+调用链：delta-cli
+禁止补充未返回内容：是
+```
+
+## 完成标准
+
+- 每个在线操作都有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok:true` 的证据；
+- 每个科学数值来自当前调用 `data` 中、由 reference 定义的业务字段；
+- 下游输入来自当前任务中已验证的上游结果；
+- 失败准确归类为配置、CLI、参数、Science Server、业务服务或超时；
+- 没有直接 HTTP、本地科学库、跨会话文件或人工结果替代。

package/skills/delta-science/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "Delta Science"
-  short_description: "通过 Delta CLI 统一调用并编排全部 Science 工具"
-  default_prompt: "使用 $delta-science 分析科研目标，选择合适工具并通过 Delta CLI 完成任务。"
+interface:
+  display_name: "Delta Science"
+  short_description: "通过 Delta CLI 统一调用并编排全部 Science 工具"
+  default_prompt: "使用 $delta-science 分析科研目标，选择合适工具并通过 Delta CLI 完成任务。"

package/skills/delta-science/references/antbo.md

@@ -1,100 +1,100 @@
-# AntBO 详细规则
-
-直接用 `delta-cli science invoke` 设置 `endpoint`、`data`、`params`。按本文件定义的
-CLI 服务响应字段读取业务结果。标为“变更”的 operation 只有用户明确授权时才能执行，且不得重试。
-
-抗体/CDRH3 场景即使出现 “LDM” 也不得改用小分子 LDM-BO 或 STRBO。当前 catalog
-同时暴露 CDRH3 生成/建议/评估接口和传统 AntBO 作业管理接口。
-
-## health（只读）
-
-- 情景：检查远程 AntBO 环境是否可用。
-- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
-- 投影：status、antbo_available、metadata、limits、warnings。
-
-## run-default-job（变更）
-
-- 情景：用户明确要求启动标准后台续跑任务。
-- 代码：`endpoint="run-default-job"; data=None; params={"log_name":"antbo_<唯一时间戳>.log","append":False,"timeout_seconds":86400}`
-- 投影：started、pid、log_name/log_path、timeout_seconds；未知结果禁止重试。
-
-只有同一次业务响应同时包含 `started=true`、非空 `pid` 以及 `log_name` 或
-`log_path` 时，才能声称作业已启动；字段缺失时标记为未验证，不得重复提交。
-
-## run（重型变更）
-
-- 情景：用户明确给出受限 AntBO 脚本、配置、抗原文件并要求同步执行。
-- 代码：`endpoint="run"; data={"script_path":"./bo/main.py","config_path":"./bo/config.yaml","n_trials":1,"seed":42,"antigens_file":"<项目根内路径>","extra_args":[],"timeout_seconds":86400,"cuda_visible_devices":"0","conda_env":"DGM","log_name":"antbo_custom.log","append":False}; params=None`
-- 投影：ok、returncode、timed_out、log_path、日志截断状态；不在最终答复展开完整日志。
-
-## log（只读）
-
-- 情景：用户提供已知 log_name 并要求查看尾部日志。
-- 代码：`endpoint="log"; data=None; params={"log_name":"antbo_run.log"}`
-- 投影：log_name、log、log_truncated；长日志只给有界尾部摘要。
-
-## jobs（只读）
-
-- 情景：查看当前 service 容器登记的活动作业。
-- 代码：`endpoint="jobs"; data=None; params=None`
-- 投影：jobs 中 pid、running、returncode、log_name、log_path。
-
-## stop（变更）
-
-- 情景：用户明确要求停止已确认 PID 的任务。
-- 代码：`endpoint="stop"; data=None; params={"pid":12345}`
-- 投影：stopped、pid、message；不得盲目重试或在多任务时无参数调用。
-
-## CDRH3 生成与优化
-
-服务端支持的抗原由 health 的 `supported_antigens` 决定；不得猜测或把任意蛋白文件
-路径当成 antigen。部署通常支持 `1ADQ_A`、`1FBI_X`、`1H0D_C`、`1NSN_S`、
-`1OB1_C`，但执行前以当前服务响应和用户选择为准。
-
-### ldm-health（只读）
-
-- 代码：`endpoint="ldm-health"; data=None; params=None`
-- 投影：supported_antigens、cdrh3_length、objective、Absolut/模型真实性字段。
-
-### ldm-init / ldm-init-validate
-
-```json
-{
-  "task": "为指定抗原生成初始 CDRH3 候选",
-  "num_initial": 3,
-  "antigen": "1ADQ_A",
-  "seed": 42
-}
-```
-
-只校验参数时使用 `ldm-init-validate`；正式生成使用 `ldm-init`。成功候选必须是服务
-返回的 CDRH3 序列，不得由模型自行编造。
-
-### ldm-suggest / ldm-suggest-validate
-
-```json
-{
-  "task": "继续降低抗原结合能",
-  "history_xs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
-  "history_ys": [-18.2, -17.4],
-  "num_suggestions": 2,
-  "antigen": "1ADQ_A",
-  "seed": 42
-}
-```
-
-AntBO 是单目标，`history_ys` 必须是一维有限数值数组，并与 `history_xs` 等长。
-每条 CDRH3 必须是 11 个标准氨基酸字符；以 `ldm-health` 当前返回的
-`cdrh3_length` 为最终约束。
-
-### evaluate / evaluate-validate
-
-```json
-{
-  "designs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
-  "antigen": "1ADQ_A"
-}
-```
-
-成功 score 数量必须与 designs 一致；结合能越低越好。生成、建议和评估均为远端重型
-调用，结果未知或超时时不得重试，也不得用本地随机分数补全。
+# AntBO 详细规则
+
+直接用 `delta-cli science invoke` 设置 `endpoint`、`data`、`params`。按本文件定义的
+CLI 服务响应字段读取业务结果。标为“变更”的 operation 只有用户明确授权时才能执行，且不得重试。
+
+抗体/CDRH3 场景即使出现 “LDM” 也不得改用小分子 LDM-BO 或 STRBO。当前 catalog
+同时暴露 CDRH3 生成/建议/评估接口和传统 AntBO 作业管理接口。
+
+## health（只读）
+
+- 情景：检查远程 AntBO 环境是否可用。
+- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
+- 投影：status、antbo_available、metadata、limits、warnings。
+
+## run-default-job（变更）
+
+- 情景：用户明确要求启动标准后台续跑任务。
+- 代码：`endpoint="run-default-job"; data=None; params={"log_name":"antbo_<唯一时间戳>.log","append":False,"timeout_seconds":86400}`
+- 投影：started、pid、log_name/log_path、timeout_seconds；未知结果禁止重试。
+
+只有同一次业务响应同时包含 `started=true`、非空 `pid` 以及 `log_name` 或
+`log_path` 时，才能声称作业已启动；字段缺失时标记为未验证，不得重复提交。
+
+## run（重型变更）
+
+- 情景：用户明确给出受限 AntBO 脚本、配置、抗原文件并要求同步执行。
+- 代码：`endpoint="run"; data={"script_path":"./bo/main.py","config_path":"./bo/config.yaml","n_trials":1,"seed":42,"antigens_file":"<项目根内路径>","extra_args":[],"timeout_seconds":86400,"cuda_visible_devices":"0","conda_env":"DGM","log_name":"antbo_custom.log","append":False}; params=None`
+- 投影：ok、returncode、timed_out、log_path、日志截断状态；不在最终答复展开完整日志。
+
+## log（只读）
+
+- 情景：用户提供已知 log_name 并要求查看尾部日志。
+- 代码：`endpoint="log"; data=None; params={"log_name":"antbo_run.log"}`
+- 投影：log_name、log、log_truncated；长日志只给有界尾部摘要。
+
+## jobs（只读）
+
+- 情景：查看当前 service 容器登记的活动作业。
+- 代码：`endpoint="jobs"; data=None; params=None`
+- 投影：jobs 中 pid、running、returncode、log_name、log_path。
+
+## stop（变更）
+
+- 情景：用户明确要求停止已确认 PID 的任务。
+- 代码：`endpoint="stop"; data=None; params={"pid":12345}`
+- 投影：stopped、pid、message；不得盲目重试或在多任务时无参数调用。
+
+## CDRH3 生成与优化
+
+服务端支持的抗原由 health 的 `supported_antigens` 决定；不得猜测或把任意蛋白文件
+路径当成 antigen。部署通常支持 `1ADQ_A`、`1FBI_X`、`1H0D_C`、`1NSN_S`、
+`1OB1_C`，但执行前以当前服务响应和用户选择为准。
+
+### ldm-health（只读）
+
+- 代码：`endpoint="ldm-health"; data=None; params=None`
+- 投影：supported_antigens、cdrh3_length、objective、Absolut/模型真实性字段。
+
+### ldm-init / ldm-init-validate
+
+```json
+{
+  "task": "为指定抗原生成初始 CDRH3 候选",
+  "num_initial": 3,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只校验参数时使用 `ldm-init-validate`；正式生成使用 `ldm-init`。成功候选必须是服务
+返回的 CDRH3 序列，不得由模型自行编造。
+
+### ldm-suggest / ldm-suggest-validate
+
+```json
+{
+  "task": "继续降低抗原结合能",
+  "history_xs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "history_ys": [-18.2, -17.4],
+  "num_suggestions": 2,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+AntBO 是单目标，`history_ys` 必须是一维有限数值数组，并与 `history_xs` 等长。
+每条 CDRH3 必须是 11 个标准氨基酸字符；以 `ldm-health` 当前返回的
+`cdrh3_length` 为最终约束。
+
+### evaluate / evaluate-validate
+
+```json
+{
+  "designs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "antigen": "1ADQ_A"
+}
+```
+
+成功 score 数量必须与 designs 一致；结合能越低越好。生成、建议和评估均为远端重型
+调用，结果未知或超时时不得重试，也不得用本地随机分数补全。

package/skills/delta-science/references/cli-contract.md

@@ -1,53 +1,53 @@
-# Delta CLI 执行约定
-
-## 使用 CLI
-
-所有实时 Science 调用最终都使用已安装的 Delta CLI；CLI 是服务调用边界。标准命令为：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
-```
-
-`TOOL` 与 `ENDPOINT` 必须逐字使用当前 reference 或实时目录中的
-`tools.name`、`tool_endpoints.name`；不得增加别名映射、裁剪前缀或在 `not_found` 后改名重试。
-仅当 operation 文档明确要求查询参数时使用 `--params JSON`。不要同时传递 `--data` 和
-`--params`，也不要改用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
-
-CLI 使用其标准认证和由 `base_url` 派生出的 Science 服务地址（`{base_url}/science_tool`）。
-Skill 不得通过环境变量、命令参数或临时配置改写服务路由，也不读取、修改或伪造凭据。
-
-## 成功与结果
-
-CLI 成功时输出单个 JSON 信封：
-
-```json
-{
-  "ok": true,
-  "data": {}
-}
-```
-
-只有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。顶层 `data` 保存服务响应。
-按 operation reference 规定的响应结构读取字段：若文档明确说明网关或业务信封的 `data`，
-可读取该已知层级；不得递归搜索字段，也不得将业务返回的 `valid:false`、空结果或警告误报为
-CLI 传输失败。
-
-退出码非 0 或顶层 `ok:false` 时，本次调用失败；转发 CLI 的原始错误短摘要，不得切换到
-其他调用链、修改参数或重试可能已执行的远程变更。
-
-## 实时目录
-
-当用户点名 reference 以外的新工具，或 reference 缺失、过期或与 CLI 返回不一致时，依次执行：
-
-```text
-delta-cli science list
-delta-cli science endpoints list TOOL
-```
-
-两次调用都必须满足成功条件。目录只用于获取精确名称；若其未提供足以安全构造请求的 schema，
-说明该限制而不要猜测请求体。
-
-## 二进制产物
-
-operation 返回 base64 数据时，只解码 operation 文档指定的 `data` 字段。PNG 文件必须以
-`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。
+# Delta CLI 执行约定
+
+## 使用 CLI
+
+所有实时 Science 调用最终都使用已安装的 Delta CLI；CLI 是服务调用边界。标准命令为：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
+```
+
+`TOOL` 与 `ENDPOINT` 必须逐字使用当前 reference 或实时目录中的
+`tools.name`、`tool_endpoints.name`；不得增加别名映射、裁剪前缀或在 `not_found` 后改名重试。
+仅当 operation 文档明确要求查询参数时使用 `--params JSON`。不要同时传递 `--data` 和
+`--params`，也不要改用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
+
+CLI 使用其标准认证和由 `base_url` 派生出的 Science 服务地址（`{base_url}/science_tool`）。
+Skill 不得通过环境变量、命令参数或临时配置改写服务路由，也不读取、修改或伪造凭据。
+
+## 成功与结果
+
+CLI 成功时输出单个 JSON 信封：
+
+```json
+{
+  "ok": true,
+  "data": {}
+}
+```
+
+只有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。顶层 `data` 保存服务响应。
+按 operation reference 规定的响应结构读取字段：若文档明确说明网关或业务信封的 `data`，
+可读取该已知层级；不得递归搜索字段，也不得将业务返回的 `valid:false`、空结果或警告误报为
+CLI 传输失败。
+
+退出码非 0 或顶层 `ok:false` 时，本次调用失败；转发 CLI 的原始错误短摘要，不得切换到
+其他调用链、修改参数或重试可能已执行的远程变更。
+
+## 实时目录
+
+当用户点名 reference 以外的新工具，或 reference 缺失、过期或与 CLI 返回不一致时，依次执行：
+
+```text
+delta-cli science list
+delta-cli science endpoints list TOOL
+```
+
+两次调用都必须满足成功条件。目录只用于获取精确名称；若其未提供足以安全构造请求的 schema，
+说明该限制而不要猜测请求体。
+
+## 二进制产物
+
+operation 返回 base64 数据时，只解码 operation 文档指定的 `data` 字段。PNG 文件必须以
+`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。