@delta-infra/cli 1.0.82 → 1.0.84

package/skills/delta-science/references/pymatgen.md

@@ -1,68 +1,68 @@
-# pymatgen 详细规则
-
-所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。无机化学式、组成和式量优先使用 pymatgen，不用 PubChem
-或本地元素表替代。结构 operation 必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；
-支持 `cif`、`poscar`、`json`、`cssr`、`xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-## Composition Parse
-
-operation：`composition-parse`。
-
-```json
-{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
-```
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
-`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
-`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
-`weight_fractions`, `error`.
-
-## Structure Parse / Summary
-
-operation：`structure-parse` 或 `structure-summary`。
-
-```json
-{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
-```
-
-Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
-`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
-`species`.
-
-## Structure Convert
-
-operation：`structure-convert`。
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "input_format": "cif",
-  "output_format": "poscar",
-  "primitive": false
-}
-```
-
-Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-## Symmetry
-
-operation：`structure-symmetry`。
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "format": "cif",
-  "primitive": false,
-  "symprec": 0.01,
-  "angle_tolerance": 5.0
-}
-```
-
-Returns `space_group_symbol`, `space_group_number`, `crystal_system`,
-`point_group_symbol`, `hall`, and `nsites`.
+# pymatgen 详细规则
+
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。无机化学式、组成和式量优先使用 pymatgen，不用 PubChem
+或本地元素表替代。结构 operation 必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；
+支持 `cif`、`poscar`、`json`、`cssr`、`xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+## Composition Parse
+
+operation：`composition-parse`。
+
+```json
+{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
+```
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
+`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
+`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
+`weight_fractions`, `error`.
+
+## Structure Parse / Summary
+
+operation：`structure-parse` 或 `structure-summary`。
+
+```json
+{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
+```
+
+Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
+`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
+`species`.
+
+## Structure Convert
+
+operation：`structure-convert`。
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "input_format": "cif",
+  "output_format": "poscar",
+  "primitive": false
+}
+```
+
+Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+## Symmetry
+
+operation：`structure-symmetry`。
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "format": "cif",
+  "primitive": false,
+  "symprec": 0.01,
+  "angle_tolerance": 5.0
+}
+```
+
+Returns `space_group_symbol`, `space_group_number`, `crystal_system`,
+`point_group_symbol`, `hall`, and `nsites`.

package/skills/delta-science/references/rdkit.md

@@ -1,138 +1,138 @@
-# RDKit 详细规则
-
-只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。以下业务响应位于 CLI 顶层 `data`；只按本文件
-说明读取字段，不得递归搜索。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
-
-一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
-`batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
-descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
-`a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
-
-只报告业务响应实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
-`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-## Parse
-
-operation：`parse`。
-
-```json
-{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
-```
-
-Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
-`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
-`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
-
-## Descriptors
-
-operation：`descriptors`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
-`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
-`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
-`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
-
-## Batch Descriptors
-
-operation：`batch-descriptors`。
-
-```json
-{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-Limits: 1-500 SMILES.
-
-## Batch Parse Describe
-
-operation：`batch-parse-describe`。
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
-  ],
-  "descriptor_set": "basic",
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
-fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
-`warnings`, and `error`.
-
-## Render
-
-operation：`render`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
-```
-
-Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
-Width/height range: 150-2000.
-
-## Fingerprint
-
-operation：`fingerprint`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
-
-## Similarity
-
-operation：`similarity`。
-
-```json
-{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Returns Tanimoto similarity.
-
-## Similarity Matrix
-
-operation：`similarity-matrix`。
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
-  ],
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
-Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
-
-```json
-{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
-```
-
-Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
-
-## Substructure
-
-operation：`substructure`。
-
-```json
-{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
-```
-
-Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.
+# RDKit 详细规则
+
+只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。以下业务响应位于 CLI 顶层 `data`；只按本文件
+说明读取字段，不得递归搜索。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
+
+一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
+`batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
+descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
+`a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
+
+只报告业务响应实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
+`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+## Parse
+
+operation：`parse`。
+
+```json
+{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
+```
+
+Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
+`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
+`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
+
+## Descriptors
+
+operation：`descriptors`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
+`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
+`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
+`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
+
+## Batch Descriptors
+
+operation：`batch-descriptors`。
+
+```json
+{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+Limits: 1-500 SMILES.
+
+## Batch Parse Describe
+
+operation：`batch-parse-describe`。
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
+  ],
+  "descriptor_set": "basic",
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
+fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
+`warnings`, and `error`.
+
+## Render
+
+operation：`render`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
+```
+
+Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
+Width/height range: 150-2000.
+
+## Fingerprint
+
+operation：`fingerprint`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
+
+## Similarity
+
+operation：`similarity`。
+
+```json
+{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Returns Tanimoto similarity.
+
+## Similarity Matrix
+
+operation：`similarity-matrix`。
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
+  ],
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
+Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
+
+```json
+{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
+```
+
+Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
+
+## Substructure
+
+operation：`substructure`。
+
+```json
+{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
+```
+
+Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.

package/skills/delta-science/references/routing-index.md

@@ -1,36 +1,36 @@
-# Delta Science 路由索引
-
-本文件只描述稳定的科研意图边界，不复制 Science Server 的工具和 endpoint 清单。
-实际可用工具以 `delta-cli science list` 和 `delta-cli science endpoints list` 返回的
-实时目录为准。
-
-## 路由优先级
-
-- 普通化合物名称、CID 和公共属性使用 PubChem；已有 SMILES/InChI 且需要结构计算时
-  使用 RDKit。
-- 无机化学式、组成、CIF、POSCAR 和空间群使用 pymatgen；粉末衍射模拟或 Rietveld
-  精修使用 GSAS-II。
-- 明确的 LAMMPS input、data 和力场任务使用 LAMMPS；不得从化学式或 CIF 猜测势函数。
-- 通用数值、整数或分类实验变量优化使用 Delta-BO。
-- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；固定 KRAS G12D 生成式优化使用
-  STRBO；反应条件与真实历史得率使用 SynBO；抗体 CDRH3 使用 AntBO。
-- “LDM/大发现模型”是跨上述三类能力的工作流意图，先读取 `ldm.md` 决定唯一后端，
-  不是服务端 tool，也不得路由到旧 `large-discovery-model` Skill。
-
-## 已验证 reference
-
-- [pubchem.md](pubchem.md)
-- [rdkit.md](rdkit.md)
-- [pymatgen.md](pymatgen.md)
-- [gsasii.md](gsasii.md)
-- [lammps.md](lammps.md)
-- [delta-bo.md](delta-bo.md)
-- [ldm-bo.md](ldm-bo.md)
-- [ldm.md](ldm.md)
-- [strbo.md](strbo.md)
-- [synbo.md](synbo.md)
-- [antbo.md](antbo.md)
-
-以上 reference 是已验证参数契约，不是服务端完整目录。用户明确点名新工具时，按
-`SKILL.md` 的实时 catalog 流程发现工具和 endpoint；若目录未返回请求 schema，不猜测
-请求体。
+# Delta Science 路由索引
+
+本文件只描述稳定的科研意图边界，不复制 Science Server 的工具和 endpoint 清单。
+实际可用工具以 `delta-cli science list` 和 `delta-cli science endpoints list` 返回的
+实时目录为准。
+
+## 路由优先级
+
+- 普通化合物名称、CID 和公共属性使用 PubChem；已有 SMILES/InChI 且需要结构计算时
+  使用 RDKit。
+- 无机化学式、组成、CIF、POSCAR 和空间群使用 pymatgen；粉末衍射模拟或 Rietveld
+  精修使用 GSAS-II。
+- 明确的 LAMMPS input、data 和力场任务使用 LAMMPS；不得从化学式或 CIF 猜测势函数。
+- 通用数值、整数或分类实验变量优化使用 Delta-BO。
+- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；固定 KRAS G12D 生成式优化使用
+  STRBO；反应条件与真实历史得率使用 SynBO；抗体 CDRH3 使用 AntBO。
+- “LDM/大发现模型”是跨上述三类能力的工作流意图，先读取 `ldm.md` 决定唯一后端，
+  不是服务端 tool，也不得路由到旧 `large-discovery-model` Skill。
+
+## 已验证 reference
+
+- [pubchem.md](pubchem.md)
+- [rdkit.md](rdkit.md)
+- [pymatgen.md](pymatgen.md)
+- [gsasii.md](gsasii.md)
+- [lammps.md](lammps.md)
+- [delta-bo.md](delta-bo.md)
+- [ldm-bo.md](ldm-bo.md)
+- [ldm.md](ldm.md)
+- [strbo.md](strbo.md)
+- [synbo.md](synbo.md)
+- [antbo.md](antbo.md)
+
+以上 reference 是已验证参数契约，不是服务端完整目录。用户明确点名新工具时，按
+`SKILL.md` 的实时 catalog 流程发现工具和 endpoint；若目录未返回请求 schema，不猜测
+请求体。

package/skills/delta-science/references/strbo.md

@@ -1,87 +1,87 @@
-# STRBO 详细规则
-
-STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
-`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
-不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
-
-所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
-用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
-
-## 初始化
-
-- 同步 operation：`molecules-init`
-- 异步 operation：`molecules-init-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
-  "num_initial": 3,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
-成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
-
-## 建议下一批候选
-
-- 同步 operation：`molecules-suggest`
-- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
-- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
-  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
-  "history_ys": [
-    [-6.8, 0.31],
-    [-7.1, 0.42],
-    [-6.5, 0.28]
-  ],
-  "num_suggestions": 2,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
-顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
-
-## 评估候选
-
-- 同步 operation：`molecules-evaluate`
-- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
-
-```json
-{
-  "designs": ["CCO", "CCN"]
-}
-```
-
-成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
-明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
-
-## 异步作业
-
-提交异步 operation 后，从当前业务响应读取非空 `job_id`，再轮询：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-status --params JSON
-```
-
-只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-result --params JSON
-```
-
-`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
-但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
-未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
-
-## 完整科研流程
-
-用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
-调用已验证的业务响应作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
-不得擅自扩展为完整循环。
+# STRBO 详细规则
+
+STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
+`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
+不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
+
+所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
+用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
+
+## 初始化
+
+- 同步 operation：`molecules-init`
+- 异步 operation：`molecules-init-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
+  "num_initial": 3,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
+成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
+
+## 建议下一批候选
+
+- 同步 operation：`molecules-suggest`
+- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
+- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
+  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
+  "history_ys": [
+    [-6.8, 0.31],
+    [-7.1, 0.42],
+    [-6.5, 0.28]
+  ],
+  "num_suggestions": 2,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
+顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
+
+## 评估候选
+
+- 同步 operation：`molecules-evaluate`
+- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
+
+```json
+{
+  "designs": ["CCO", "CCN"]
+}
+```
+
+成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
+明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
+
+## 异步作业
+
+提交异步 operation 后，从当前业务响应读取非空 `job_id`，再轮询：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-status --params JSON
+```
+
+只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-result --params JSON
+```
+
+`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
+但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
+未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
+
+## 完整科研流程
+
+用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
+调用已验证的业务响应作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
+不得擅自扩展为完整循环。